이 건 등기가 「지방세법」 제28조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제44조에서 규정하고 있는 중과제외업종을 영위하는 것으로 보아 일반세율을 적용할 수 있는지 여부

요지청구법인은 대도시 중과제외업종인 「소프트웨어 진흥법」 제2조 제3호에 따른 소프트웨어사업을 영위하기 위하여 설립된 법인으로서 이 건 증자대금 전액이 중과제외업종에 사용된 사실이 확인되는 이상, 처분청이 「지방세법」 제28조 제2항 및 같은 법 시행령 제45조 제4항을 적용하여 청구법인에게 이 건 등록면허세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

주문서울특별시 강남구청장이 2024.12.13. 청구법인에게 한 등록면허세(등록)OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2020.7.31. 서울특별시 강남구를 본점으로, 자본금을 OOO원으로 하여 설립된 법인으로, 설립 이후 2022.6.7.까지 5회의 자본금 증자등기(이하 “이 건 등기”라 한다)에 대한 등록면허세 신고시 청구법인이 영위하는 업종이 「지방세법 시행령」제26조 제1항 제12호에서 정하는 「소프트웨어 진흥법」제2조 제3호에 따른 소프트웨어사업으로서 중과제외업종에 해당한다고 보아, 아래 ＜표1＞과 같이 2020.12.3. 등에 「지방세법」제28조 제1항에서 정하는 표준세율을 적용하여 등록면허세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.＜표1＞ 당초 등록면허세 신고내역(단위 : 원)○○○나. 처분청은 청구법인이 영위하는 업종이 중과제외업종에 해당하지 아니한다고 보아 청구법인의 2023년 매출액(OOO원) 중 중과제외업종 매출에 해당하는 비율(0.82%)을 제외한 나머지가 「지방세법」제28조 제2항의 중과세율을 적용대상으로 보아,아래 ＜표2＞와 같이 2024.12.13. 청구법인에게 등록면허세(등록) OOO원, 지방교육세OOO원 합계OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 등록면허세”라 한다)을 부과·고지하였다.＜표2＞ 이 건 등록면허세 추징내역(단위 : 원)○○○다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.11. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인이 영위하는 사업은 중과제외업종인 「소프트웨어 진흥법」제2조 제3호에 따른 소프트웨어사업이므로 이 건 등기에 대한 등록면허세는 중과세율 적용대상에 해당하지 아니한다.(가) 「지방세법」제28조 제2항에서 중과세율 적용의 예외로 ‘대도시 중과 제외 업종’을 열거하고 있고, 같은 법 시행령 제26조 제1항에서 대도시 중과 제외 업종을 규정하면서, 제12호에서 ‘소프트웨어 진흥법 제2조 제3호에 따른 소프트웨어 사업’을 규정하고 있으며, 「소프트웨어 진흥법」제2조에서 소프트웨어 사업을 소프트웨어의 개발, 제작, 생산, 유통 등과 이에 관련된 서비스 및 「전자정부법」 제2조 제13호에 따른 정보시스템의 구축·운영 등과 관련된 산업과 관련된 경제활동으로 정의하고 있다.(나) 청구법인은 음악/영상/게임/VFX/XR 각 분야의 콘텐츠 제작을 대표하는 주식회사OOO, OOO 주식회사, 주식회사 OOO, 주식회사 OOO, 주식회사 OOO 등 5개사가 합작하여 설립한 법인으로, 2020.10.30. 도시개발사업 시행자인OOO주식회사가 공급하는 경기도 의정부시 OOO소재 관광시설용 토지(이하 “이 건 토지”라 한다)을 분양받아 취득하고, 그 지상에 건축물을 신축한 후 Virtual Production(이하 “VP”라 한다) 기술을 활용하여 문화공간을 창출하고 콘텐츠 개발에 대한 서비스를 제공할 예정이며, 실제 이 건 증자대금으로 이 건 토지의 매입대금을 지급하여 2024.8.30.

이유 2이 건 토지의 취득을 완료하였다.(다) VP는 미래 영상제작의 핵심기술로서 스튜디오라는 물리적 공간에 영상그래픽, 가상화면 제작, 애니메이션 콘텐츠, 라이브이벤트 등 가상의 시각공간을 구현할 수 있는 소프트웨어 기술이며, 청구법인은 기존의 창고형 스튜디오에서 활용할 수 없는 VP기술을 적극 활용하기 위하여 이 건 토지상에 실감형 디지털미디어센터(이하 “I-DMC”라 한다)를 신축하여 설치할 예정에 있고, I-DMC 사업계획서상 신설 예정 건축물에는 VP관련 제작사의 오피스 공간과 VP R＆D를 위한 아카데미 공간을 비롯하여 VP기술 인프라가 구축된 스튜디오 등 소프트웨어 기술을 기반으로 서비스가 제공되는 것을 확인할 수 있다.또한, 「소프트웨어 진흥법」제11조에서 소프트웨어사업자의 영업활동을 지원하기 위하여 법령상 정한 요건을 갖춘 시설물을 소프트웨어진흥시설로 지정 신청할 수 있도록 규정하고 있고, 청구법인은 I-DMC 신축 후 소프트웨어 진흥시설로 신청할 예정으로, 소프트웨어 진흥시설 지정권자인 과학기술정보통신부와 정보통신산업진흥원의 담당자와 2022.1.28. 소프트웨어 진흥시설 지정 안건을 구체적으로 회의한 사실도 있으며, 청구법인과 동일한 사업을 영위하는OOO(주)의 도심형 OOO스튜디오 ‘OOO’가 원주시에 소프트웨어 진흥시설로 예비지정된 바 있다.(2) 이 건 증자대금이 이 건 토지의 취득 및 그 지상 건축물의 신축을 위한 용역비 등에 소요된 사실이 명확한 이상, 이 건 등기에 대한 등록면허세의 과세표준이 구분되지 아니한 것으로 보아 「지방세법 시행령」제45조 제5항을 적용하는 것은 부당하다.(가) 청구법인이 설립되기 이전인 2019년 말 발기인이었던 주식회사 OOO와 OOO주식회사간 체결된 출자의향서와 2020년 초 양사간 체결된 주주간 계약서에 의하면, 법인등기사항전부증명서상 목적사업에 소프트웨어 사업이 명시되어 있지는 않았지만 VP기술을 기반으로 한 다목적 스튜디오 운영을 목적으로 설립되었음이 충분히 입증된다.(나) 처분청은 대법원 판결(대법원 1986.2.25. 선고 85누858 판결, 대법원 2002.6.28.

이유 3선고 2000두7896 판결)을 근거로 등록면허세는 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 것이므로 실질적 권리귀속 여부와 관계 없이 오로지 등기 당시의 중과제외업종 영위여부에 따라 판단하는 것이 타당하다고 주장하면서 이 건 등기에 대해 「지방세법 시행령」제45조 제5항을 적용하여 중과하였으나,위 대법원 판결은 납세주체를 판단함에 있어서 형식과 실질이 다르더라도 형식적 행위자를 기준으로 판단하고, 등록행위가 원인무효로 말소되더라고 이미 등록이 이루어졌다면 납세의무가 발생한다는 의미로 설시한 것임에도 처분청은 등록면허세 과세표준 산정도 실질 귀속 여부와 관계없이 계산하여야 한다고 관련성 없는 판결을 근거로 임의해석하고 있는 것이다.(다) 「지방세법 시행령」제45조 제5항은 중과제외업종과 중과대상업종을 겸영하고 있어서 ‘등기에 대한 등록면허세의 과세표준이 구분되지 아니한 경우’에만 적용되는 규정이므로, 증자로 유입된 금액의 사용처와 해당 사용처의 업종구분이 명확하다면 ‘과세표준이 구분되는 경우’로 보아야 한다.청구법인의 경우 이 건 증자를 위한 임시이사회 개최시마다 이 건 토지의 매입대금 지급목적임을 명확히 하였으므로 이 건 증자대금은 ‘등록면허세의 과세표준이 구분되는 경우’에 해당하므로 위 규정을 적용할 여지가 없다.(라) 처분청의 주장과 같이 증자대금의 사용처를 구분하지 않고 모든 증자를 ‘과세표준이 구분되지 않는 경우’로 해석한다면 신규사업 관련 대규모 투자를 위해 증자행위가 이루어졌을 때 기존 매출액과는 무관함에도 불구하고 기존 매출액에 따라 중과세율이 적용되는 불합리한 결과가 발생하는 상황이 발생하게 될 것이며,조세심판원(조심 2012지453, 2015.8.10.)에서도 대도시 중과배제 업종을 판단함에 있어 매출액이 발생하고 있지 아니하고 유형고정자산 역시 소액의 집기비품에 불과해 각 업종별 구분이 불가능한 경우 토지공급계약 및 주무관청이 승인한 개발 협약 및 실시계획에서 확인되는 토지이행계획을 등록면허세 과세표준의 안분기준으로 삼는 것이 「지방세법 시행령」제45조 제5항의 입법취지에 부합한다고 판단하면서, 증자로 유입된 자금이 사용된 사업부지 중 중과제외업종에 사용하는 부지로 안분하여 계산하여 이러한 불합리를 해결한 바 있다.(마) 청구법인의 경우 이 건 증자대금의 대부분이 이 건 토지의 구입대금 또는 그 지상 건축물의 신축을 위한 용역비(설계비 등)임이 확인되고, 청구법인이 이 건 토지의 지상에 건축물을 신축하여 VP기술을 활용한 I-DMC 관련 사업을 진행하고 있는 사실이 확인되는 이상, 이 건 증자대금 전부는 중과배제업종을 영위하는 사업에 소요되었다고 보아 표준세율을 적용하는 것이 타당하다.따라서, 이 건 증자대금이 토지취득 및 건물 설계에 사용됨이 명확히 확인되므로 이 건 증자에 대한 등록면허세는 ‘과세표준이 명확하게 구분되는 경우’에 해당하여 「지방세법 시행령」제45조 제5항 적용 대상이 아니며, 중과세율이 아닌 일반세율이 적용대상에 해당함에도 중과세율을 적용하여 이 건 등록면허세를 부과한 처분은 부당하다.나.

이유 4처분청 의견(1) 등록면허세는 실질적 권리귀속 여부와 관계없이 오로지 등기 당시의 중과제외업종 영위여부에 따라 판단하여야 한다.(가) 등록면허세(등록)는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재, 즉 단순한 등록행위 자체를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록받는 자에게 부과하는 세금으로서, 그 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 수수료적 성격의 형식주의 조세이다(대법원 85누858, 1986.2.25., 대법원 2000두7896, 2002.6.28. 등 참조).(나) 이 건 등기 당시 부가가치세 신고서상 청구법인이 이 건 등기에 대하여 중과제외업종으로 신고한 공연장 등 문화예술시설운영사업을 영위하는 것으로 되어있지 않고, 현재 이 건 심판청구 과정에서 주장하고 있는 소프트웨어 업종 역시 부가가치세 신고서와 법인등기부등본상에도 영위하는 것으로 되어있지 않았기 때문에 이 건 증자대금의 사용처에 따라 이 건 등록면허세의 과세표준을 안분하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.(2) 이 건 등기에 대한 등록면허세의 과세표준이 구분되지 아니한 경우에 해당하므로 「지방세법 시행령」제45조 제5항을 적용하여 중과세율 과세표준을 산정하는 것이 타당하다.(가) 「지방세법 시행령」 제45조 제5항에서 등기에 대한 등록면허세의 과세표준이 구분되지 아니한 경우 해당 법인에 대한 등록면허세는 직전 사업연도(직전 사업연도의 매출액이 없는 경우에는 해당 사업연도, 해당 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 그 다음 사업연도)의 총 매출액에서 대도시 중과 제외업종과 대도시 중과 대상 업종의 매출액이 차지하는 비율을 산출한 후 안분하여 과세하도록 하면서, 그 다음 사업연도에 매출액이 없는 경우에는 유형고정자산가액의 비율에 따른다고 규정되어 있으므로, 안분기준은 ① 직전 사업연도 매출액, ② 해당 사업연도 매출액, ③ 그 다음 사업연도 매출액 순으로 안분하고 그 매출액까지도 없는 경우에는 ④ 등기년도의 유형자산가액으로 안분하여야 한다.(나) 청구법인은 이 건 등기의 원인이 되는 증자대금이 소프트웨어 사업에 해당하는 VP기술을 활용한 사업에 사용될 건축물을 건설하기 위한 토지의 취득에 사용되었으므로, 토지사용계획에 따라 안분할 것을 경정결정한 조세심판원 선결정례(조심 2012지453, 2015.8.10.)를 근거로 내세워 이 건 등기의 등록면허세율은 중과세율이 적용되지 않는다고 주장하나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2003.1.24.

이유 5선고 2002두9537 판결, 같은 뜻임)이다.(다) 「지방세법 시행령」제45조 제5항에 따라 청구법인이 제출한 자료에 근거하여 등록면허세의 과세표준을 매출액 및 유형고정자산가액 기준으로 안분한다면 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 청구법인의 연도별 매출액 및 유형고정자산가액○○○구체적으로 2020년 등기(1건)의 경우 다음 사업연도(2021년도) 매출액이 없어 당해 등기연도(2020년도)의 유형고정자산가액 기준으로 보아야 할 것인데, 2020년도의 경우 가구 및 냉장고의 비품만 확인될 뿐 소프트웨어 사업목적으로 사용된 것이 확인되지 않으므로 중과제외업종으로 안분할 수 없고,2021년 등기(3건)의 경우, 직전(2020년도), 당해(2021년도), 다음 사업연도(2022년도) 매출액이 없어 당해 등기연도(2021년도)의 유형고정자산가액 기준으로 보아야 할 것인데, 비품 외 건설중인유형자산이 있으나, 이 건 등기 이후인 2022년도 11월에 소프트웨어 관련 업종으로 등기목적을 추가하였고 2022년까지의 부가가치세 신고서상 업종이 부동산개발업으로 확인되는바, 2021년까지의 등기에 대해서는 소프트웨어 개발 등을 위해 직접 사용하는 것이 아닌 부동산개발업 등을 위한 취득중인 건설중인자산으로 확인되므로 해당 유형자산이 소프트웨어 사업과 직접 관련되었다 보기 어려워 중과제외업종으로 안분할 수 없다.또한, 2022년 등기(1건)의 경우, 직전(2021년), 당해 사업연도(2022년) 매출액이 없어 다음 사업연도인 2023년 매출액을 기준으로 보아야 할 것인데, 컨설팅용역 및 장비임대에 대한 매출이 총 OOO원, 소프트웨어 사업에 대한 매출은 총 OOO원으로 확인되며 소프트웨어사업자 일반 현황 관리확인서상에서도 총 매출액 OOO원 중 소프트웨어분야 매출액이 OOO원으로 확인되므로, 이 건 등기 중 2022.6.7. 등기에 대하여 적용할 수 있는 2023년 매출액 OOO 중 중과제외업종 매출에 해당하는 OOO원인 약 0.82%에 대해서만 표준세율을 적용하는 것이 타당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 「지방세법」제28조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제44조에서 규정하고 있는 중과제외업종을 영위하는 것으로 보아 일반세율을 적용하는 것이 타당한지 여부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2020.7.31. 부동산개발업 및 부동산임대업, 부동산 및 부동산개발사업 관련 컨설팅업, 공연장 운영 및 운영대행업 등을 사업목적으로 하고, 서울특별시 OOO에 본점을 두고 설립된 대도시 내 법인으로, 2022.12.7. e스포츠 경기장 운영 및 운영대행업, 디지털 콘텐츠 개발, 제작 및 공급업, 인공지능(AI), 가상현실(VR), 증강현실(AR) 관련 제품, 서비스 개발 및 공급업 등의 목적사업을 추가하였다.(나) 청구법인은 설립시 이후 2022.6.7.까지 5회에 걸쳐 증자등기를 마쳤으며, 이와 관련된 등록면허세 신고내역은 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 청구법인의 등록면허세(등록) 신고내역(단위 : 원)○○○(다) 이 건 증자와 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.1) 청구법인은 2020.10.30.OOO단지 도시개발사업의 사업시행자인 OOO주식회사와 도시개발구역 내 조성예정인 관광시설용지 OOO 토지인 이 건 토지에 대한 부동산 매매계약을 체결하고, 매매대금을 아래 ＜표5＞와 같이 지급하기로 약정하였으며, 2024.8.30.

이유 6잔금을 지급하고 이 건 토지를 취득하였다.＜표5＞ 이 건 토지 매매대금 지급방법○○○2) 청구법인은 이 건 토지의 중도금 등의 지급을 위해 이 건 증자시마다 임시이사회를 개최하였고, 이사회 개최안건에 대한 제안이유가 OOO 관련 토지매입대금 지급임이 확인된다.＜ 임시이사회 의안 내용 ＞○○○3) 청구법인은 이 건 증자 후 그 증자대금이 이 건 토지의 취득 및 그 지상 건축물 신축을 위한 용역비 등으로 사용되었음을 주장하면서 아래 ＜표6＞과 같은 자료를 제출하였다.＜표6＞ 유상증자 대금입금 및 토지대금 및 건물설계비 지급내역(단위 : 원)○○○(라) 청구법인은 청구법인이 영위하는 업종이 중과배제업종인 소프트웨어사업임을 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다.1) 청구법인은 지구단위계획상 권장용도인 방송통신시설용 건축물을 신축하기 위해 이 건 증자 대금으로 이 건 토지를 취득하였고, 그 지상에 VP기술을 활용한 다목적(Multi) 스튜디오인 ‘OOO’를 건설할 예정임을 주장하면서 위 사업과 관련한 사업계획서를 제출하였다.2) 청구법인은 Virtual Production 기술에 대해 아래와 같은 자료를 제출하였다.＜ VP 기술에 대한 설명자료 ＞○○○3) 청구법인은 Virtual Production 기술을 활용한 I-DMC를 소프트웨어 진흥시설로 지정받을 예정이며, 이를 위해 과학기술정보통신부 및 정보통신산업진흥원 담당자와의 관련 현안에 관한 회의를 진행하였다고 주장하면서 관련 회의록을 제출하였다.4) 청구법인은 청구법인과 동일한 사업을 영위 중인 OOO(주)가 운영하는 원주시 소재 ‘OOO’가 소프트웨어 진흥시설로 지정받은 현황을 제출하였다.(마) 한국소프트웨어산업협회장이 2024.10.4. 발급한 소프트웨어사업자 일반 현황 관리확인서에 의하면, 청구법인의 사업분야는 ‘패키지소프트웨어 개발·공급사업, 디지털콘텐츠 개발서비스사업’으로, 2023년 12월 결산 기준 매출액OOO원 중 소프트웨어분야 매출액은 OOO원으로 기재되어 있고, 처분청은 청구법인이 청구한 과세전적부심사 결정에 따라, 청구법인의 2023년 매출액 OOO 중 중과제외업종 매출에 해당하는 OOO원인 약 0.82%에 대해 표준세율을 적용하여 이 건 등록면허세를 부과·고지하였다.(바) 청구법인의 2023년 매출액 및 관련 용역 등의 현황은 아래와 같다.1) 청구법인은 2023.3.10. OOO 주식회사로부터 ‘스튜디오 개발사업 시장조사’ 용역계약을 체결하고 해당 용역을 제공한 것으로 확인된다.2) 청구법인은 2023.4.14. 주식회사 OOO와 상품기획컨설팅 용역계약을 체결하고 방송제작시설 상품기획, 건축계획(개발컨셉, 마스터플랜) 검토자문, MD PLAN, 마케팅 자문검토 등의 용역을 제공한 것으로 확인된다.3) 청구법인은 2023.6.13. ㈜OOO와 ‘Grand Plaza Hotel Space Design’ 설계의 수행을 위한 문화공간 컨설팅 및 디자인 설계계약을, 2023.10.25. 변경계약을 체결하고 해당 용역을 제공한 것으로 확인된다.4) 청구법인은 2023.9.7. ㈜OOO와 ‘OOO2023 F/W 광고’ 콘텐츠 제작 위탁계약을 체결, 2023.10.10. ㈜OOO과 ‘IC VFX’ 콘텐츠 제작 위탁계약을 체결한 것으로 확인된다.5) 청구법인은 2023.10.18.