선의의 거래당사자라는 청구주장의 당부

요지청구법인이 제출한 더존 및 ERP시스템 등록 화면에 따르면 쟁점거래처 최초 거래시 쟁점거래처 정보를 확인하여 입력한 것으로 나타나는 점, 청구법인의 전 관리사장은 2008.7.1. 이후 자료상으로 인한 부가가치세 탈루를 방지하기 위해 사업자와 거래시 사업자등록증과 금거래전용계좌를 통해 본인 확인을 하고 있다고 진술하였고, 쟁점거래처와의 거래는 모두 금거래전용계좌를 통해 이루어진 점 등에 비추어 선의의 거래당사자로 봄이 타당

주문종로세무서장이 2025.9.2. 청구법인에게 한 2022년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2005.1.7. 개업하여 서울특별시 종로구 OOO에서 귀금속 및 귀금속 관련 제품 제조 및 도소매업을 주된 사업으로 영위하고 있는 법인이다.나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.10.15.∼2025.5.12. 기간 동안 청구법인에 대하여 법인세 일반통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2022.1.21.부터 2022.2.9.까지 주식회사 A(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 실제 재화(금지금)의 공급 없이 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 5매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 것으로 보아 청구법인 및 처분청에 세무조사 결과를 통지하였고, 처분청은 이에 따라 2025.9.2. 청구법인에게 2022년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.18. 이의신청을 거쳐 2026.3.19. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 물품매도확약서 수령, 사업자등록증 확인, 물품수령증 발급, 재고관리대장 계상 등 실제 금지금 입고사실과 금거래계좌를 통한 대금지급 사실을 통해 청구법인이 실제 재화의 공급 없이 쟁점세금계산서를 수취한 것이 아님이 확인되고, 청구법인은 선량한 거래당사자로서 주의 의무를 다한 것으로 보아야 하므로 쟁점세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.(가) 청구법인은 주요 매입처인 ㈜B의 소개로 쟁점거래처의 대표를 알게 되었고, 2022.1.21.

이유 2첫 거래를 하게 되었는데 청구법인의 직원은 “㈜B의 대표가 쟁점거래처의 대표와 동행하여 ㈜B의 계열사라고 소개하였다”고 하였다.(나) 쟁점세금계산서를 수취한 5건의 거래에 있어서 매 거래 시마다 매도확약서를 수취하고 물품인도확인서를 발급하였으며, 물품대금은 전부 금거래계좌를 통해 결제하였다.(다) 청구법인은 2020년부터 ERP 시스템을 갖추고 아래 ＜표1＞과 같이 임원진, 구매팀, 자금팀, 영업팀, 자재팀, 재고부서의 철저한 내부통제 하에서 자료를 관리하고 있어 청구법인의 어느 누구도 실제 재화의 공급 없이 거래가 이루어진 것처럼 임의로 조작할 수 없으며, 이는 청구법인의 직원 C 외 3인의 진술서에 의하여 일관되게 확인되는 내용이다.＜표1＞ 청구법인의 금 매입 업무흐름도 ①임원진(사전협상 및 물품매도확약서작성) ⇒ ②구매팀(구매지급품의서) ⇒ ③자금팀(금거래계좌송금) ⇒ ④영업팀(지금 수령 및 물품수령증 발행) ⇒ ⑤자재팀(재고 순도 측정)⇒ ⑥재고부서(재고수불부 기입) (2) 조사청은 청구법인을 「조세범 처벌법」 위반으로 서울수서경찰서장에게 고발하고 청구법인에게 이 건 부가가치세 및 2022사업연도 법인세를 부과하였으나, 서울수서경찰서장은 청구법인을 ‘혐의없음’으로 불송치 결정하였고, 서울지방국세청 국세심사위원회는 청구법인의 이의신청에 대하여 쟁점세금계산서 공급가액을 손금으로 인정하여 법인세 부과처분을 취소하는 결정을 하였다.(가) 조세심판원의 최근 심판례(조심 2023중9880, 2024.5.2.)를 예로 들어보더라도, 재고수불이 맞지 않고 거래대금이 입금된 직후 현금으로 출금되어 다시 거래처 계좌로 입금되는 등 비정상적인 금융거래형태를 보이면서도 합리적인 소명이 없는 경우에 대해서는 사실과 다른 세금계산서로 인정하였으나, 청구법인은 내부 회계시스템으로 재고수불을 관리하고 모든 대금을 금지금계좌로 거래하였으므로 쟁점세금계산서 수취와 관련하여 선의의 관리책임을 다하였다고 보아야 한다.(나) 법원도 허위의 세금계산서 발급의 증거가 불충분하여 무혐의 처분된 경우에 대하여 허위의 세금계산서를 발급하였다고 보기 어렵다고 판단한 사례(서울고등법원 2011.4.20. 선고 2010누34455 판결 등)가 다수 존재한다.(다) 처분청은 쟁점거래처가 2021년에 동일 유형의 거래로 고발된 사실이 있으므로 쟁점세금계산서도 실제 재화의 공급이 없는 허위의 세금계산서라고 보았으나, 쟁점거래처에 대한 해당 고발 사건은 무죄로 확정(서울북부지방법원 제13형사부 2024.8.20. 선고 OOO 판결)되었다.나.

이유 3처분청 의견(1) 청구법인은 신규 거래처와 OOO원이라는 고액의 거래를 하면서도 조사 당시에 쟁점거래처의 사업자등록증, 금거래계좌, 대표자 신분증 등을 제출하지 아니하였고, 쟁점거래처와 단가·물량을 사전조율했다는 임원이 누구인지도 특정하지 못하므로 청구법인의 선의·무과실을 인정할 수 없다.(가) 청구법인은 주요 매입처인 ㈜B 대표의 소개로 쟁점거래처를 알게 되어 사업자등록증, 금거래계좌, 대표자 신분증을 확인하였다고 하였으나 조사 당시 이를 제출하지 아니하였고, 주요 매입처 대표의 소개라는 해명은 주의 의무를 다했다는 입증으로 볼 수 없다.(나) 청구법인은 임원진이 거래 단가와 물량을 사전결정하였다고 하였으나, 2024.12.2.자 자재팀 I의 문답서, 2024.12.11.자 D부회장의 문답서를 보면 쟁점거래처와 단가·물량을 사전 조율한 임원이 누구인지 답변하지 못하였으므로 이는 정상적인 상거래 관행에 부합한다 할 수 없고, D부회장은 문답 과정에서 쟁점거래처의 거래 행태에 문제의 소지가 있다는 것을 뒤늦게 알아챘다는 취지로 답변하였다.(2) 청구법인은 2020년부터 ERP 시스템을 갖추고 임원진·구매·자금·영업·자재·재고 등 부서별로 순차적으로 거래가 이루어지므로 자료가 철저히 내부통제되고 있다고 주장하나, 적어도 쟁점세금계산서 관련 거래에 있어서는 이러한 내부통제가 이루어졌다고 단정하기 어렵다.(가) 청구법인은 조사과정에서 2020년에 ERP 도입을 진행한 사실이 있으나 여러 오류로 인하여 조사대상 기간 이후에 개발을 완료하여 사용하였다고 진술하였고, 이의신청 과정에서는 ERP가 아닌 OOO 프로그램이라고 번복하였으며, 청구법인의 주장과 같이 조사대상 기간에 OOO 프로그램과 엑셀기록을 병행하였다 하더라도 재고 매입창구의 담당자와 OOO프로그램의 담당자가 달라 매입창구 담당자가 창구 접수 시 조작을 할 수 있다는 점에서 재고수불부에 기재된 사항이 철저한 내부통제 하에서 기재되었다고 보기 어렵다.(나) 청구법인은 2022.1.21.부터 2022.2.9.까지 총 5건의 거래를 하면서 이 중 4건의 거래대금은 거래일에 지급하였으나, 2022.2.9. 쟁점거래처에 쟁점세금계산서 5매의 공급대가 합계액 OOO원을 일시에 송금한 사실이 있는데, 만일 청구법인의 주장과 같이 구매팀이 구매지급품의서를 확인하고 이에 따라 자금팀이 대금을 지급하였다면 이러한 단계별 근거 서류가 있을 것이고 대금도 거래 건별로 지급되었을 것이나 2022.2.29.자 송금 건에 대한 구매지급품의서는 확인되지 아니하고, 청구법인은 이에 대하여 담당 직원의 송금 오류로서 대금을 바로 회수하였다고 주장하나 이 정도의 큰 금액을 구매지급품의를 통한 내부결재도 없이 담당직원의 실수로 잘못 송금한 것이라는 주장은 신뢰하기 어렵고 단순한 오류임을 입증할 수 있는 자료도 확인되지 아니하며, 정작 송금을 담당한 직원은 이미 퇴직하였다면서 조사청의 인터뷰에 응하지 아니하였다.(3) 청구법인은 이의신청 결과 쟁점세금계산서 거래의 손금성을 인정받았으나 쟁점세금계산서는 지금을 실제로 공급한 자와 세금계산서 발급자가 달라 사실과 다른 세금계산서로 판단하여 부가가치세 부과처분은 그대로 유지되었고, 청구법인이 이 건 관련 조사청의 고발사건에 대하여 무죄 판결을 받았다고 주장하며 제출한 판결(서울북부지방법원 제13형사부 2024.8.20.

이유 4선고 OOO판결)은 청구법인의 「조세범 처벌법」 위반 혐의에 대하여 그 행위의 고의성이나 세금을 부당하게 탈루한 사실을 입증할 증거자료의 미비를 논하여 범죄가 성립하지 않는다고 판결한 것으로서, 청구법인이 사실과 다른 쟁점세금계산서를 수취한 행위가 선의 또는 무과실인지 여부를 판단하는 이 건 쟁점과는 별개이다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인과 쟁점거래처의 거래에 관하여 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 있는지 여부나. 관련 법률(1) 부가가치세법제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3. 공급가액과 부가가치세액4. 작성 연월일5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.(2) 조세범 처벌법제10조【세금계산서의 발급의무 위반 등】② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.1. 「부가가치세법」에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 행위③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.1. 「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인의 2025.11.18.자 이의신청에 대한 서울지방국세청장의 이의결정서(2026.1.13.

이유 5송달)에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.(가) 청구법인은 쟁점세금계산서가 금지금을 실제로 쟁점거래처로부터 매입하고 정상적으로 수취한 세금계산서로서 청구법인이 사기 기타 부정한 방법으로 부가가치세를 탈루한 사실이 없고, 과거 쟁점거래처를 가공세금계산서 발급 혐의로 고발한 사건도 법원에서 무죄로 확정되었다고 주장하였으며, 처분청은 청구법인이 조사 당시 사업자등록증, 금거래계좌 사본, 대표자 신분증 등 증빙서류를 제출하지 못하였고 재고수불부 및 구매지급품의서의 내용도 쟁점거래처로부터의 매입인지 ㈜B로부터의 매입인지 불분명한 등 쟁점세금계산서는 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 의견이었던 것으로 나타난다.(나) 쟁점거래처는 2019.9.1. 서울특별시 강남구 OOO에서 소프트웨어 개발업으로 개업하였다가, 2021년 3월에 서울특별시 서초구 OOO으로 사업장 소재지를 이전하여 부업종으로 지금·귀금속 제조·도매업을 추가한 것으로 나타나며 이후 서초세무서장이 2022.6.30. 사업장 없음을 사유로 직권폐업한 것으로 나타난다.(다) 쟁점거래처 및 ㈜B에 대한 과거 국세청의 조사이력은 아래 ＜표2＞와 같고, 청구법인은 이 중 쟁점거래처와 ㈜B의 2021년 제1기분 거래에 대해 법원이 무죄로 확정하였다고 하며 법원 판결문(서울북부지방법원 제13형사부 2024.8.20. 선고 OOO 판결)을 제출하였다.＜표2＞ 쟁점거래처 및 ㈜B 조사 이력○○○(라) 조사청은 서초세무서장의 쟁잼거래처에 대한 2022년 제1기 부가가치세 조사 결과에 따른 청구법인의 과세자료를 통보받아 청구법인에게 쟁점거래처와의 거래에 대한 소명자료를 요청하였고, 쟁점거래처와 ㈜B와의 쟁점세금계산서 관련 거래가 모두 가공거래로 확정되었으므로 청구법인과 쟁점거래처의 거래가 실제 재화가 공급된 거래이기는 어렵다고 보아 쟁점세금계산서를 실제 재화의 공급이 없는 사실과 다른 세금계산서로 확정한 것으로 나타난다.(마) 처분청이 제시한 2022.1.21.자 쟁점거래처, ㈜B 및 청구법인의 3자 간 거래흐름 내역은 아래 ＜표3＞과 같은바, 처분청은 쟁점거래처가 청구법인에게 금지금을 선매출(단가/g OOO원)한 후 ㈜B로부터 동일 물량을 매입(단가/g OOO)하여 OOO원/g 손실을 보는 구조이므로 실제 재화의 공급이 있는 정상적인 거래로 볼 수 없다고 하였으나, 청구법인은 쟁점거래처와 단가와 물량을 선확정하는 방법으로 거래하였으며 쟁점거래처의 손실에 대해서는 알지 못한다고 설명한 것으로 나타난다.＜표3＞ 2022.1.21.자 3자 간 전자세금계산서 발급내역○○○(바) 처분청은 서초세무서장이 2022.2.11. 쟁점거래처에 대한 세무조사 사전통지를 할 당시 쟁점거래처를 방문하지 못하고 대표자인 E과 전화통화를 하였고, 서울지방국세청 조사3국의 쟁점거래처에 대한 세무조사(조사기간 2021.9.29.∼2022.2.10.) 후에도 쟁점거래처의 실제 사업장이 확인되지 않아 납부고지서를 공시송달하였으며, 서초세무서장이 쟁점거래처의 사업자를 2022.6.30. 사업장 없음을 사유로 직권폐업하였던 점 등으로 볼 때, 쟁점거래처의 대표자 E의 거처가 일정치 않았다는 의견이다.(사) 쟁점거래처의 금거래 계좌(OOO은행 계좌번호 100-035-14****) 거래내역에 따르면, 청구법인은 2022.2.9.

이유 6쟁점거래처로부터 OOO원(공급가액 OOO원) 상당의 금을 매입하면서 쟁점세금계산서 5매의 공급대가 합계 OOO원(공급가액 합계 OOO원)을 송금하였다가 이를 3회에 걸쳐 반환받은 후 다시 2022.2.9.자 거래금액인 OOO원(공급가액 OOO원)을 송금한 것으로 나타난다.(아) 서울지방국세청장은 청구법인이 제출한 구매지급품의서, 물품매도확약서, 물품수령증, 입출금거래내역 등에 대하여 조사청이 허위라는 입증을 하지 못하였고, 쟁점세금계산서의 물품대금이 금거래전용계좌로 거래 당일 입금된 후 다시 반환되었다는 증거가 없으며, 쟁점거래처가 실제 사업장이 없고 거래경위가 불분명하여 청구법인이 실제로 쟁점거래처로부터 지금을 매입하였다고 볼 수 없다 하더라도 청구법인은 실제로 지금을 매입하였다고 보아, 쟁점세금계산서를 실제로 지금을 공급한 자와 세금계산서를 발급한 자가 다른 사실과 다른 세금계산서로 판단하는 한편, 처분청이 쟁점세금계산서 금액을 손금부인하여 청구법인에게 2022사업연도 법인세를 부과한 처분은 취소 결정한 것으로 나타난다.(2) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.(가) 청구법인은 쟁점세금계산서 관련 구매지급품의서(기안자 구매담당부서 F, 결재자 관리사장 G) 5매를 제출하였고, 그 내용은 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 쟁점세금계산서 관련 구매지급품의서 내용○○○(나) 청구법인은 쟁점세금계산서 관련 쟁점거래처의 물품매도확약서 4매를 제출하였고 그 예시는 아래 ＜표5＞와 같은바, 쌍방 간 확약서의 작성은 대면이 아닌 팩스로 이루어졌고 매도확약서의 작성일자 및 인도기일은 쟁점세금계산서 발급일과 각각 동일한 것으로 나타난다(2022.2.8.자 물품매도확약서상 공급가액은 OOO원이나 동일자 구매지급품의서상 공급가액은 OOO으로 기재되어 있고, 이에 대하여 청구법인은 실시간으로 시가가 변하는 금 거래의 특성상 이러한 차이가 발생할 수 있고, 금은 시가로 거래하는 품목이므로 거래시점의 시가를 확인하고 매도확약서를 팩스로 주고받는 것은 업계에서 흔하게 이루어지는 일이라고 설명하였다).＜표5＞ 물품매도확약서 예시○○○(다) 청구법인은 쟁점거래처는 지금을 직접 청구법인의 접수창구에 가지고 와서 입고하였다고 주장하며 쟁점세금계산서 관련 물품수령증 5매를 제출하였고 그 예시는 아래 ＜표6＞과 같다.＜표6＞ 물품수령증 예시○○○(라) 청구법인은 쟁점세금계산서 수취 건마다 각각 거래대금을 금거래전용계좌로 지급하였다고 주장하며, 청구법인의 금거래전용계좌인 OOO은행 계좌(계좌번호 100-024-79****) 및 쟁점거래처의 금거래전용계좌인 OOO은행 계좌(계좌번호 100-035-14****)의 건별 매매내역을 조회하여 제출하였고, 이에 따르면 청구법인은 쟁점세금계산서 각 수취일별로 해당 공급대가를 금거래전용계좌를 통해 지급한 것으로 나타난다.(마) 청구법인은 쟁점거래처의 사업자등록증 등 정보를 확인하여 2022.1.21. 내부 프로그램에 쟁점거래처 정보를 등록하였다고 주장하며 OOO 프로그램 및 ERP 시스템의 등록 화면 출력물을 각각 아래 ＜표7＞, ＜표8＞과 같이 제출하였고, ERP 시스템의 자료 생성일 및 변경 날짜는 ‘2022.1.21.