관할 지자체에 부동산거래계약신고 시 계약서상 매매가액을 잘못기재하여 작성·제출하였으나, 양도소득세 기한후신고 시 실제 매매가액을 양도가액으로 적용한 경우 쟁점토지의 자경농지 감면을 적용받을 수 있는지 여부
o쟁점감면은 농업인의 생활안정과 농업의 계속성을 보호하기 위하여 장기간 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농민의 조세부담을 경감하려는 데에 그 취지가 있음o청구인은 당초 부동산거래계약신고 시 거래가액을 실지와 다르게 작성한 쟁점①계약서를 제출하였을 뿐, 양도소득세 기한후신고 시 쟁점②계약서를 첨부하고 실제 거래가액(1억원)을 기재하는 등 처분청의 부과권 행사 등에 지장을 준 사실이 없으므로, 자경농지에 대한 감면요건을 충족하는 한 쟁점감면을 적용하는 것이 쟁점감면의 입법 취지에 부합하는 것으로 보이는 점, o달성군수의 검토보고서를 보면, 청구인은 매수자와 사실혼관계로 재산을 나누는 과정에서 다른 부동산과 같이 거래하기로 하였으나, 쟁점토지만 거래하기로 합의하는 과정에서 거래가액의 착오로 부동산거래를 허위신고하였다는 취지로 기재되어 있는 점,o청구인은 향후 매수인이 취득가액을 과다하게 계상하는 것을 방조할 목적이 아니라 단순 착오로 인해 거래가액을 다르게 하여 쟁점①계약서를 작성한 것으로 보이는 점, o위 내용을 종합해 볼 때, 처분청이 쟁점감면을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있음.
요지o쟁점감면은 농업인의 생활안정과 농업의 계속성을 보호하기 위하여 장기간 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농민의 조세부담을 경감하려는 데에 그 취지가 있음o청구인은 당초 부동산거래계약신고 시 거래가액을 실지와 다르게 작성한 쟁점①계약서를 제출하였을 뿐, 양도소득세 기한후신고 시 쟁점②계약서를 첨부하고 실제 거래가액(1억원)을 기재하는 등 처분청의 부과권 행사 등에 지장을 준 사실이 없으므로, 자경농지에 대한 감면요건을 충족하는 한 쟁점감면을 적용하는 것이 쟁점감면의 입법 취지에 부합하는 것으로 보이는 점, o달성군수의 검토보고서를 보면, 청구인은 매수자와 사실혼관계로 재산을 나누는 과정에서 다른 부동산과 같이 거래하기로 하였으나, 쟁점토지만 거래하기로 합의하는 과정에서 거래가액의 착오로 부동산거래를 허위신고하였다는 취지로 기재되어 있는 점,o청구인은 향후 매수인이 취득가액을 과다하게 계상하는 것을 방조할 목적이 아니라 단순 착오로 인해 거래가액을 다르게 하여 쟁점①계약서를 작성한 것으로 보이는 점, o위 내용을 종합해 볼 때, 처분청이 쟁점감면을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있음.
주문남대구세무서장이 2025.7.10. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원(잔존세액 : OOO원)의 부과처분은 이를 취소한다.
이유1. 처분개요가. 청구인은 2022.8.12. A와 대구광역시 OOO 소재 전(田) 2,370㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 매도하는 내용의 계약서(이하 “쟁점계약서①”이라 한다)를 작성하여 2022.9.1. A에게 쟁점토지의 소유권을 이전한 후, 같은 날 대구광역시 OOO에 부동산거래계약신고를 하였다.나. 이후 청구인은 쟁점토지의 거래가액을 OOO원으로 정정한 계약서(이하 “쟁점계약서②”라 한다)를 작성하여 2024.3.18. 쟁점토지의 양도소득에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조 제1항에 따른 자경농지에 대한 감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용하여 2022년 귀속 양도소득세 0원[산출세액(OOO원) 전부 쟁점감면 적용]을 기한후신고하는 한편, 2024.3.20. 당초 부동산거래계약 신고시의 쟁점토지의 거래가액은 실제 거래가액이 아닌 허위임을 인정하는 내용의 신고서를 자진해서 대구광역시 OOO에 제출하였다.다. 처분청은 2024.5.8. 대구광역시 OOO으로부터 ‘청구인이 쟁점토지의 거래가액을 허위로 신고한 후, 이를 자진해서 수정신고하였다’는 내용의 자료를 통보받고, 청구인이 쟁점토지의 거래가액을 실제와 다르게 쟁점계약서①을 작성하여 쟁점감면 적용을 받을 수 없다고 보아, 2025.7.10. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원(무신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다가, 추후 청구인의 요청에 따라 세무사 수수료(OOO원)를 필요경비로 인정하여 OOO원을 감액(잔존세액 : OOO원)하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.16. 이의신청을 거쳐 2026.3.4. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장청구인은 2024.3.18. 쟁점토지의 양도가액을 실제 거래가액(OOO원)으로 기재하여 양도소득세 기한후신고를 하였고, 당시 첨부한 매매계약서상 거래가액이 OOO원으로 기재되어 있는바, 청구인은 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적어 쟁점토지에 대한 양도소득세를 신고한 사실이 없으므로 처분청이 쟁점감면의 적용을 배제하여 양도소득세를 부과한 처분은 위법하다.(1) 조특법 제129조에서 “자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 「소득세법」 제91조 제2항에 따라 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한한다”고 규정되어 있는데, 이는 양도소득세 신고시 거래가액이 허위로 기재된 계약서를 첨부하여 양도가액을 실제와 다르게 기재하여 신고서를 제출한 경우 감면 적용의 제한을 받는다는 의미이다.(2) 청구인은 2022.8.12. A와 쟁점계약서①을 작성할 때 쟁점토지의 거래가액을 실지와 다른 OOO원으로 기재하였지만, 추후 세무대리인의 조언에 따라 쟁점계약서②(쟁점토지의 거래가액을 OOO원으로 정정한 계약서)를 다시 작성하는 한편, 대구광역시 OOO에 당초 부동산거래계약신고 시 거래가액을 실제와 다르게 허위로 신고하였음을 인정하는 내용의 자진 신고서를 제출하였다.청구인은 2024.3.18.
이유 2쟁점토지에 대한 양도소득세 기한후신고서를 제출하면서, 쟁점토지의 거래가액이 OOO원으로 기재된 쟁점계약서②를 첨부하여 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 기재하는 등 매매계약서의 거래가액을 실지와 다르게 기재하지 아니하였다.(3) 청구인이 당초 부동산거래계약신고를 허위로 하였음을 인정하여 자진 신고를 한 경우에도 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」에 따라 과태료 처분 등의 불이익을 받는바, 처분청이 청구인에게 쟁점감면의 적용까지 배제하는 것은 부당하다.※ 허위계약서 제출 및 세금신고에 따른 제재 비교 구분 국토교통부(지자제)의 소관(과태료 등) 재정경제부/국세청 소관(국세 등) 비고 허위계약서 제출 및 세금신고 과태료 부과 국세 부과 (비과세/감면 제한) 탈세 야기 당초 허위계약서 자진 수정 후 실지거래가액으로 세금 신고 과태료 부과 국세 미부과 과세 정상화 준수 ※ 매매계약서 작성 및 신고 의무 자체는 국토교통부(과태료 부과는 지자체)의 소관입니다. (가) 청구인은 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고시에는 쟁점토지의 양도가액을 허위로 신고하거나 거래가액이 실제와 다른 계약서를 첨부한 사실도 없는데, 청구인의 자진 신고를 이유로 감면의 적용을 배제한다면, 청구인과 같이 부동산거래계약을 허위 신고하였음을 자진해서 신고하는 사람은 없을 것이다.(나) 청구인은 실지 거래내용대로 쟁점토지에 대한 양도소득세를 성실하게 신고하여 과세 정상화에 기여하였다.(4) 처분청이 제시한 조세심판례는 모두 납세자가 양도소득세 신고시 거래가액이 허위로 기재된 경우이므로, 청구인과 같이 허위의 계약서를 첨부하여 양도소득세를 신고한 사실이 없는 경우에는 해당 심판례를 원용할 수 없다.(5) 청구인은 당초 거래가액이 실제와 다른 계약서를 작성하였다고 하더라도 추후 거래가액을 실지거래가액으로 수정하여 매매계약서를 작성한 후 이를 첨부하여 양도소득세를 신고한 경우 감면을 적용받을 수 있는지에 대해 재정경제부(구 기획재정부)에 질의하였으나, 재정경제부는 청구인의 질의를 국세청으로 이관하였고, 국세청이 법령사무처리규정을 내세워 답변을 회피함에 따라 청구인은 재정경제부에 다시 질의한 상태이다.나. 처분청 의견청구인이 쟁점토지를 양도하면서 거래가액이 실제와 다른 허위계약서를 작성하여 부동산거래계약신고까지 한 이상, 추후 계약서의 거래가액을 정정하였다고 하더라도 쟁점감면을 적용받을 수 없다.(1) 조특법 제129조 및 「소득세법」제91조에서 거래가액을 실지와 다르게 하여 허위계약서를 작성한 경우 감면이 배제됨을 명시적으로 규정하고 있다.조세심판원도 이와 유사한 사례에서 실지거래가액이 다른 허위계약서를 작성한 경우 쟁점감면을 배제함이 타당하다고 판단(조심 2022중7024, 2023.2.15. 참조)한바, 청구인이 거래가액을 허위로 하여 계약서를 작성하게 된 경위, 고의성 등과 무관하게 허위계약서를 작성하였다는 사실만으로도 쟁점감면의 적용을 배제함이 타당하다.(2) 관할군청이 부동산거래계약신고의 위반으로 청구인에게 과태료를 부과했는지 여부와는 별개로, 조특법령에 따라 감면적용의 배제여부를 판단해야 한다.청구인이 허위계약서를 작성하였음을 자진 신고하여 과태료를 납부하였다고 하더라도 양도소득세의 감면 여부는 「소득세법」 및 조특법상 규정에 따라 판단하여야 하고, 조세심판원도 허위계약서를 작성한 경우 과태료의 부과여부와는 상관없이 감면배제 대상이 된다고 판단(조심 2022중7024, 2023.2.15.
이유 3참조)하였다.(3) 조특법령에서 허위계약서를 작성한 경우 감면을 배제하도록 규정하고 있는 이상 청구인이 허위계약서를 작성하였음을 자진 신고하였다는 이유만으로 쟁점감면을 적용할 수는 없다.비과세·감면제도는 법이 정한 요건을 성실히 이행했을 때만 예외적으로 인정되는 특례로 관련 법령에 따른 요건을 갖춘 경우에만 감면을 적용받을 수 있으므로 청구인이 허위계약서를 작성하여 감면요건을 충족하지 못한 이상 사후적으로 계약서를 수정하여 자진신고를 하였다고 하여 감면을 적용하는 것은 조세행정의 신뢰성·형평성 확보에도 부합하지 아니한다.3. 심리 및 판단가. 쟁점관할지자체에 부동산거래계약신고 시 매매가액을 잘못 기재한 계약서를 작성·제출하였으나, 양도소득세 기한후신고시 실제 매매가액을 양도가액으로 적용한 경우 쟁점토지의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용할 수 있는지 여부나. 관련 법령 등 : <별지> 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인이 쟁점토지를 양도하기 위해 A와 매매계약을 체결한 후 이 건 양도소득세를 경정하기까지의 주요 사실관계를 정리하면 아래 <표1>과 같다.<표1> 청구인의 쟁점토지 양도 관련 주요 사실관계 정리OOO(2) 양측이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 주요 사실관계는 다음과 같다.(가) 대구광역시 OOO가 2022.9.1. 발행한 부동산거래계약신고필증에 의하면 ‘청구인은 2022.8.12. 쟁점토지를 A에게 OOO원에 매도하기로 매매계약(쟁점계약서①)을 체결한 사실’이 나타난다.(나) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면 청구인으로부터 쟁점토지를 매수한 A의 2022.9.1. 소유권이전등기 접수 당시 거래가액은 OOO원으로 나타난다.(다) 청구인은 2024.3.18. 2022년 귀속 양도소득세 기한후신고 당시 아래 <그림>과 같이 거래가액이 OOO원으로 기재된 쟁점토지 매매계약서(쟁점계약서②)를 첨부하였는데, 쟁점계약서②상 거래를 중개한 공인중개사는 없는 것으로 나타난다.<그림> 쟁점계약서②OOO(라) 처분청은 2024.5.8. 대구광역시 OOO으로부터 ‘부동산 거래신고 자진신고에 따른 조사결과 거래가액 허위신고’를 통보받았는데, 공문에 첨부된 대구광역시 OOO가 작성한 ‘부동산 거래신고 검토내역’은 아래 <표2>와 같고, 이를 보면 청구인은 조사기관(국토교통부장관 또는 신고관청)의 조사가 시작되기 전에 부동산거래가액의 허위신고 사실을 자진신고하였다는 사유로 과태료 전액을 감면받은 것(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제3조 제1항 제1호, 제28조 제3항, 제29조 및 같은 법 시행령 제21조 제1항 제1호 참조)으로 나타난다.<표2> 대구광역시 OOO가 작성한 부동산 거래신고 검토내역OOO(마) 대구광역시 OOO가 2024.5.10. 발급한 부동산거래계약신고필증에 의하면 쟁점토지의 거래금액이 OOO원으로 정정된 사실이 나타난다.(3) 처분청은 청구인의 2022년 귀속 양도소득세 기한후신고서를 접수한 후 신고시인 결정을 하였다가, 2025.5.1. 쟁점감면을 배제하여 양도소득세를 부과하였는데, 이를 비교하면 아래 <표3>과 같다.<표3> 양도소득세 기한후신고 및 처분청의 경정내역 비교OOO(4) ‘청구인이 작성한 세법해석 신청서’ 등에 의하면 청구인은 2025.9.2. 기획재정부에 ‘양도소득세 신고 전에 당초 거래가액이 잘못 작성된 계약서를 실지거래가액이 기재된 계약서로 정정한 경우에도 허위 계약서를 작성한 경우로 보아 감면이 배제되는지’에 대해 질의하였고, 기획재정부로부터 이관받은 국세청은 2025.9.9.
이유 4청구인의 서면질의에 대해 구체적인 사실관계를 조사하여 판단할 사항이므로 회신대상이 아니라고 통지한 것으로 나타난다.(5) 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 「소득세법」제91조 및 2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 조특법 제129조에서 ‘허위계약서 작성시 양도소득세 비과세·감면 제한’ 규정을 신설하였는데, 재정경제부에서 발간한 ‘2010년 간추린 개정세법’에 기재되어 있는 해당 규정의 신설 취지는 아래 <표4>와 같다.<표4> ‘허위계약서 작성시 양도소득세 비과세 제한’ 신설 취지 III. 과세정상화 (소득법§91, 조특법 §129) (1) 개정내용 종전 개정 □ 양도소득세 비과세·감면 적용 배제 ○ 미등기 양도자산 <신 설> □ 비과세·감면 적용 배제(제한) 대상 거래유형 추가 ○ (좌 동) ○ 허위계약서를 작성한 경우 * 토지 등 부동산을 대상으로 하며, 거래가액을 사실과 다르게 기재한 경우로 한정 (2) 개정이유 ○ 투명성 제고를 통한 실거래가 과세제도 장착 (3) 적용시기 및 적용례 ○ 2011.7.1. 이후 양도·취득분부터 적용 (6) 청구인은 2022년 귀속 양도소득세 기한후신고 당시 쟁점토지가 쟁점감면의 대상임을 입증하기 위해 주민등록표(초본), 농지원부, 거래자별상품매출집계·상세내역, 토지대장, 소득금액 증명원(2010년부터 2022년까지의 귀속분)을 첨부하였는데, 처분청은 청구인이 쟁점감면을 적용받기 위한 요건을 충족한다는 사실에 대해서는 별다른 이견이 없으나, 거래가액이 허위로 작성된 매매계약서(쟁점계약서①)를 작성하여 쟁점감면이 배제된다는 의견이다.(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 「소득세법」제91조 제2항에서 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따른 양도소득세의 비과세 또는 감면에 관한 규정을 적용할 때 비과세 또는 감면받았거나 받을 세액에서 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 빼도록 규정하고 있고, 조특법 제129조 제1항에서 「소득세법」제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 「소득세법」제91조 제2항에 따라 이 법에 따른 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한한다고 규정하고 있다.이 건의 경우 처분청은 청구인이 2022.8.12.
이유 5A와 쟁점토지에 대한 매매계약서 작성 시 거래가액을 실지와 다르게 기재한 이상 쟁점감면을 적용받을 수 없다고 보았으나, 쟁점감면은 농업인의 생활안정과 농업의 계속성을 보호하기 위하여 장기간 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농민의 조세부담을 경감하려는 데 그 취지가 있는바(헌법재판소 2003.11.27.자 2003헌바2 결정 참조), 청구인은 당초 부동산거래계약신고 시 거래가액을 실지와 다르게 작성한 쟁점계약서①을 제출하였을뿐, 양도소득세 기한후신고 시 쟁점계약서②를 첨부하고 실지거래가액(OOO원)을 기재하는 등 처분청의 부과권 행사 등에 지장을 준 사실이 없고, 자경농지에 대한 감면요건을 충족하는 한, 쟁점감면을 적용하는 것이 쟁점감면의 입법취지에 부합하는 것으로 보이는 점, 대구광역시 OOO가 처분청에 ‘부동산 거래신고 자진신고에 따른 조사결과 거래가액 허위신고’를 통보할 당시 첨부한 검토보고서를 보면 청구인은 매수자와 사실혼관계로 재산을 나누는 과정에서 다른 부동산과 같이 거래하기로 하였으나, 쟁점토지만 거래하기로 합의하는 과정에서 거래가액의 착오로 부동산거래를 허위신고 하였다는 취지로 기재되어 있고, 청구인이 자진해서 쟁점토지에 대한 매매계약서 작성 시의 거래가액이 실제와 다르다고 신고한 사실 등을 볼 때 청구인은 향후 매수인이 취득가액을 과다하게 계상하는 것을 방조할 목적이 아니라 단순 착오로 인해 거래가액을 다르게 하여 쟁점계약서①을 작성한 것으로 보이므로, 기재상 단순 착오만을 이유로 쟁점감면을 배제하는 것은 실질과세원칙에 반하는 것으로 보이는 점,「부동산 거래신고 등에 관한 법률 시행령」제21조 제1항 제1호에서는 조사기관의 조사가 시작되기 전에 자진 신고한 경우 과태료를 면제하도록 하여 매매당사자들이 허위계약서를 작성하였다고 하더라도 추후 자진신고를 통해 이를 바로잡을 수 있는 기회를 부여하고 있고 실제 매도자인 청구인은 자진해서 부동산거래계약신고를 수정 신고함으로써 과태료를 전액 감면받았음에도 청구인이 최초 계약서를 잘못 작성하였다는 이유만으로 쟁점감면을 배제하면, 자진하여 바로잡을 기회를 부여한 제도의 취지를 몰각시키는 결과가 초래될 우려가 있고, 나아가 향후 매수인이 쟁점토지 양도시 제반 신고서에 취득가액을 기재하거나 과세관청이 그 취득가액의 적정성을 확인하고자 할 때 청구인이 수정신고한 진정한 거래가액을 기준으로 하게 될 것이므로, 결과적으로 국세행정에 미치는 지장이나 교란이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점감면을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.<별지> 관련 법령(1) 소득세법제91조【양도소득세 비과세 또는 감면의 배제 등】② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따른 양도소득세의 비과세 또는 감면에 관한 규정을 적용할 때 비과세 또는 감면받았거나 받을 세액에서 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 뺀다.1. 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 비과세에 관한 규정을 적용받을 경우 : 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니하였을 경우의 제104조 제1항에 따른 양도소득 산출세액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액2.
이유 6이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 감면에 관한 규정을 적용받았거나 받을 경우: 감면에 관한 규정을 적용받았거나 받을 경우의 해당 감면세액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)나. 지상권다. 전세권과 등기된 부동산임차권(2) 조세특례제한법제69조【자경농지에 대한 양도소득세 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.제129조【양도소득세의 감면 배제 등】①「소득세법」제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 「소득세법」제91조 제2항에 따라 이 법에 따른 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한한다. <신설 2010.12.27.>(3) 조세특례제한법 시행령제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다.