지방이전 세액감면 요건을 미충족한 것으로 보아 법인세를 부과한 처분의 당부

요지청구법인의 등기부등본 및 사업자등록 변경 내역에 따르면 청구법인이 부산으로 본사를 이전한 사실은 확인되지 않고, 당초 부산으로 이전하였다는 주장을 하지 않았으나, 처분청의 해명안내 이후 쟁점감면 요건이 강화된 사실을 확인하여 청구주장과 같이 해명한 것으로 보이는바, 청구주장 받아들이기 어려움

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2008.1.28. 서울특별시 서초구 OOO에서 경영컨설팅 및 광고대행업을 영위하기 위해 설립된 법인으로서, 2022.2.14. 본사를 서울특별시(이하 “서울”이라 한다)에서 충청남도 천안시(이하 “천안”이라 한다)로 이전하였다며, 「조세특례제한법」 제63조의2 “수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면”(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)을 적용하여 2022~2023사업연도 법인세 신고를 하였다.나. 대전지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인의 신고내역을 검증한 결과 청구법인 본사의 근무인원이 20명 이상 수도권 밖으로 이전하지 않았다고 보아 쟁점감면규정의 적용여부에 대한 해명을 요청하였고, 청구법인은 당초 천안으로 본사를 옮기기 이전인 2021.8.26. 서울에서 부산광역시(이하 “부산”이라 한다)로 본사를 이전하였으며, 부산으로 본사 이전일은 본사 근무인원 20명 이상 요건 규정이 시행되기 이전이므로 쟁점감면규정 적용이 타당하고 해명하였다.다. 조사청은 청구법인의 해명을 검증한 결과 청구법인이 부산으로 본사를 이전하지 않았다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2025.1.8. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원, 2023사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.7. 이의신청을 거쳐, 2025.9.24. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 부산 사무실 확보, 핵심 인력 배치, 업무 인프라 이전, 사무실 인테리어 공사와 함께 주요 의사결정과 거래처 협업을 부산 중심으로 수행하고, 이어 실질적으로 2022.1.10. 천안으로 다시 본사를 이전한바, 부산으로의 본사 이전은 일시적 외관작출이나 사후 조작된 명목상의 이전으로 보기 어렵고, 사업상 필요에 따라 실제로 수행된 본사 기능의 이동으로 보는 것이 타당하다. 따라서, 처분청의 2022~2023사업연도 법인세 부과처분은 사실오인, 실질과세원칙 위반 및 법리오해에 기초한 위법·부당한 처분이므로 전부 취소되어야 한다.(2) 청구법인은 광고대행업 및 경영컨설팅업을 영위하면서 병원과 로펌을 대상으로 광고·홍보, 브랜드 전략, 운영지원, 사업확장 지원 등의 서비스를 제공하였는데, 이러한 사업은 거래처와의 지속적 협의, 신속한 의사결정, 밀접한 현장 대응을 전제로 하므로, 거래처의 소재지와 사업수행 거점의 물리적 접근성은 청구법인의 운영과 긴밀히 연관되어 있다.(가) 청구법인은 부산에 소재한 주요 거래처 법무법인 L(이하 “L”이라 한다)과 협업을 확대하였는데, 청구법인의 역할은 단순한 광고용역업체의 역할이 아니라, 브랜드 전략, 방송 콘텐츠 제작, 사업확장 지원 등 L의 사업운영 전반에 밀접하게 관여한바, L과의 협업 확대는 사업수행의 중심을 부산으로 이전할 필요성을 높이는 계기가 되었다.(나) 청구법인은 부산 이전을 전제로 국세상담센터에 사전 질의를 하고, 이전 후에도 감면 적용 가능성을 질의하는 등 상당한 기간에 걸쳐 부산이전을 검토·실행한바, 이는 경영상 판단에 해당하고 단지 세제혜택을 사후적으로 적용받기 위해 이를 주장하는 것이 아니다.(3) 청구법인은 2021.7.26. 이사회 및 주주총회 결의를 통하여 본사의 부산 이전을 결정하였고, 2021.8.1. 부산 사무실에 관한 임대차계약을 체결한 뒤 보증금을 지급하였다. 또한, 본사 이전에 따라 서버 및 통신환경 변경으로 인터넷 고정 IP 변경을 신청하였고, 2021.11.20.

이유 2부산 사무실 인테리어 공사계약을 체결하여 공사대금을 지급하는 등 부산 본사 이전의 실질을 뒷받침하는 객관적 정황이 존재한다.(가) 위와 같은 일련의 조치는 단순한 이전 검토나 명목상 주소이전에 그치는 것이 아니라, 본사 기능 수행을 위한 사무공간 확보, 운영 인프라 이전, 실사용을 전제로 한 것이고, 해당 공간을 실제 본사 기능 수행 장소로 사용할 의사와 필요성이 없었다면 사무실 인테리어와 고액의 공사비 지출은 통상 지출하기 어려운 투자에 해당한다.(나) 청구법인은 2021년 4월부터 부산 거주하는 J를 영입하여 부산·경남 지역 법무법인 담당 업무를 수행하게 하였고, 대표이사 및 핵심 인력들이 부산 주소가 기재된 명함을 사용하여 대외활동을 수행하였으며, 본사 이전 이후 주요 회의 역시 부산에서 개최하였다. 본사는 회사의 중추적 기능과 대표이사의 주요 의사결정이 수행되는 장소라는 점에 비추어 볼 때, 이러한 사정은 부산이 청구법인의 실질적 본사였다고 보아야 한다.(다) 청구법인은 부산 지역방송 K의 「OOO」 프로그램 제작에 직접 관여하고 관련 비용을 부담하였으며, L의 브랜드 및 상표권 형성에도 깊이 관여하였다. 이는 청구법인이 거래처와 단순 거래관계를 넘어 사업운영과 성장전략에 구조적으로 결합된 형태로 사업을 수행하였음을 보여주는 사정으로서, 부산이 사업수행 중심지였다는 점에 관한 정황으로 볼 수 있다.(4) 처분청은 서울 사무실의 임차료, 전기료, 관리비, 난방비 등이 일정 기간 계속 지급되었으므로 서울이 본사 소재지라는 의견이나, 사용하지 않는 사무실이라 하더라도 계약 종료 전까지 임차료, 관리비, 공과금이 발생할 수 있는 등 임대차계약의 존속과 본사 기능은 별개로 보아야 하고, 그러한 사정만으로 실제 본사 기능이 계속 서울에서 수행되었다고 보는 것은 불합리하다. 오히려 서울 사업장은 2021년 12월 한국산업기술진흥협회의 불시 실사로 상주인원이 없어 기업부설연구소 추진이 취소되었다. 또한, 청구법인은 부산 이전 이후 거래구조의 변화, L 업무영역의 천안 확장, 신규 거래처 확보 등의 사정으로 2022년 1월 천안으로 본사를 재이전하게 되었는데, 청구법인 본사의 부산과 천안 이전은 청구법인의 사업 특성과 거래관계 변화에 따라 본사 기능이 순차적으로 이동한 연속적 경과이다.(5) 수도권 밖 본사 이전에 대한 세액감면제도는 수도권 과밀 완화와 지방 이전 유인을 목적으로 하는 정책적 규정이므로, 실질적으로 지방으로 이전하여 사업을 수행한 청구법인에 대하여 형식적 하자만을 이유로 세액감면을 부인하는 것은 입법취지를 몰각한 처분이다.(가) 본점 이전일은 원칙적으로 법인등기부상 이전일이나 사업자등록 정정일을 기준으로 보되, 실제 이전 사실이 확인되는 경우에는 실질과세원칙에 따라 실제 이전일을 기준으로 판단하여야 하는바, 이는 본사 이전 여부가 외형적 신고행위보다 실질적 사업운영의 이동 여부에 의하여 좌우되어야 함을 의미한다.(나) 이 건 청구법인은 본사이전 관련 다수의 객관적 정황을 제시하고 있으므로, 설령 등기 또는 사업자등록 정정이 다소 지연되었다 하더라도 2021년 하반기 청구법인의 실질적 본사 기능이 부산에서 수행되었다는 점은 충분히 인정될 수 있다. 처분청은 사전 핵심인력 영입, 직원 주소지 등을 이유로 부산 이전의 실질을 부인하고 있으나, 본사 이전 전에 핵심인력을 확보하고 이전 이후의 업무를 준비하게 하는 것은 통상적이고 합리적인 경영행위에 해당하며, 청구법인의 업종 특성상 재택·원격근무가 가능하므로 직원의 주민등록지나 거주지는 본사 판단의 법적 기준으로 볼 수 없다.나.

이유 3처분청 의견(1) 청구법인은 당초 조사청에 해명자료로 청구법인의 본사 이전은 서울에서 부산이 아닌 2022.1.26. 서울에서 천안으로의 이전이라고 소명한바, 청구법인의 주장은 신뢰할 수 없다.(가) 처분청은 청구법인의 쟁점감면규정을 적용한 신고내역을 검토하여 청구법인에게 2023사업연도에 본사근무인원이 20명 미만이므로 쟁점감면규정이 적용되지 않음에도 쟁점감면규정을 적용한 이유에 대해 해명을 요청하였으나, 청구법인은 당초 “2022.1.26. 본사를 천안으로 이전하였고, 쟁점감면규정의 본사 근무인원 20명 이상의 요건은 2022.2.15. 이후에 적용되므로 청구법인의 쟁점감면규정 적용은 타당하다”고 해명하였다.(나) 그러나, 쟁점감면규정의 본사 근무인원 20명 이상의 요건은 부칙의 규정에 따라 2022.1.1. 이후 적용되므로, 2022과세연도까지 추가하여 쟁점감면규정의 적용에 대한 해명을 요청하였으나, 청구법인은 당초 해명과 달리 실제 본사를 2021.8.26. 부산으로 이전하였다고 주장하였다. 부산 사무실이 회사의 중추적인 기능을 수행하는 장소가 맞다면 당초 부산 사무실이 실제 본사임을 주장했을 것이나, 처분청이 2022과세연도까지 추가하여 다시 해명을 요청하였을 때 비로소 천안이 아닌 부산 사무실이 본사라고 주장하면서, 당초 해명은 세무대리인의 단순 실수이며, 사업자등록 정정신고 및 법인 등기사항 정정을 하지 않은 것은 추후 천안으로 본사를 재이전할 예정이라 번거로워 제반사항을 이행하지 않았다고 주장하였다. 조세감면혜택은 법령에 규정된 제반사항을 충실히 이행하고 그 요건을 충족하여야 가능한 것이지 단순 실수나 번거로워 이행하지 않았다는 청구주장은 이유 없다.(다) 청구법인은 사업자등록 정정신고를 이행하지 않았고, 법인 등기사항 정정도 이행하지 않다가 처분청이 해명안내를 보낸 이후 2024년 10월에 이르러 사후적으로 본사를 부산으로 이전하였다고 법인 등기사항을 소급하여 정정하는 등 청구법인의 주장은 신뢰하기 어렵다.(2) 청구법인이 제출한 해명자료는 2021.8.26.부터 청구법인의 본사가 부산이었다는 사실을 입증할 수 있는 객관적 증거에 해당하지 않는다.(가) 청구법인은 부산 지역 법률서비스 지원을 위해 지역 전문가인 J를 영입하였다고 주장하나, 청구법인이 주장하는 부산 이전 시점(2021년 8월) 이전인 2021년 4월부터 서울에서 J를 영입하여 부산 관련 업무를 맡겼고, 청구법인의 사업소득지급명세서를 살펴보면, 청구법인의 직원 중 부산에 주민등록을 완료한 자는 1명이고, 수도권 주민등록자는 2021년 6명, 2022년 4명으로 확인된다.(나) 청구법인은 주주총회 및 이사회를 개최하여 본사이전 결의를 하였고, 2021년 12월에는 부산에서 이사회와 주주총회를 개최하였으므로 본사가 부산이었다고 주장하나, 청구법인의 주주총회 및 이사회는 대표이사 1인만 참석하여 결의 및 날인하였고, 해당 회의록·의결자료는 ‘본사를 이전하였다’라는 의미보다는 ‘본사를 이전하기로 결정’한 것으로 청구법인의 본사가 부산으로 실제 이전하였다고 보기는 어렵다.(다) 청구법인은 2021년 8월부터 부산 사무실을 임차하여 본사로 사용하고 서울 사무실은 임대차 종료일까지 어쩔 수 없이 임대료 등을 지급하였다고 주장하나, 서울 사무실 임대인은 2021년 8월 이후부터 2022년 6월까지 청구법인에게 임대료, 전기료, 관리비, 난방비 등 관련 세금계산서를 발급하였으나, 부산 사무실 임대인인 L은 청구법인과의 임대차 계약 관련 부가가치세 신고 이력이 없다.

이유 4또한, 부산으로 본사를 이전하였다는 2021년 8월 이후에도 서울 서초구의 주변 식당, 편의점, 제과점 등에서 법인카드가 계속 사용되어 실제 서울 사무실을 사용하지 않았다는 청구법인의 주장은 신뢰하기 어렵다.(라) 청구법인은 2021년 11월 부산 사무실 환경개선 인테리어 공사계약을 체결하였고, 이후 L의 사업영역 확장으로 부득이 2022.1.10. 본사를 천안으로 이전할 수밖에 없었다고 주장하나, 천안으로의 본사 이전 관련 이사회 및 주주총회는 2021.12.13.이나, 부산 사무실 인테리어 공사기간은 2021년 11월∼12월인바, 부산에서 인테리어 공사를 진행하면서 천안으로의 이전을 결의했다는 주장은 신빙성이 없고, 부산 사무실 인테리어 공사를 부득이 진행하였다고 하여도 공사가 진행 중인 부산 사무실이 정상적인 사업을 영위하며 주요 의사를 결정하고 회사의 중추적인 기능을 수행하는 장소로 볼 수는 없다고 할 것이다. 또한, 인테리어 공사를 한 사무실의 임대인은 청구법인의 거래처인 L이므로 실제 인테리어도 청구법인을 위한 것인지 불분명하고 인테리어 공사가 종료된 2022.3월에도 부산 사무실의 창문 등에 부착된 상호를 보면 여전히 L 사무실로 기재되어 있어 확인 실제 공사를 수행하였는지도 명확하지 않다.(마) 청구법인은 본사를 이전하기 위해 인터넷 고정 IP를 부산으로 변경하였으므로 본사가 부산이라고 주장하나, 고정 IP 변경 신청은 본사 이전을 확인할 수 있는 증빙으로 보기 어렵고, 고정 IP 사용과 관련하여 수취한 총 6건의 세금계산서(공급가액 : OOO원, 2020.6.29, 2021.1.11, 20218.17, 2023.3.13., 2024.4.29 발행)를 살펴보면 고정 IP 이용료는 본사 이전과 무관하게 지출되었다고 보아야 한다.(바) 청구법인은 국세청 국세상담센터에 본사 이전 감면에 대해 질의하였기 때문에 부산으로 본사를 이전한 것이 사실이라고 주장하나, 청구법인이 L에게 부산으로의 사업확장을 권유받은 시기는 2020년 10월이나, 국세상담센터의 질의는 2019.8.26.이고, 국세상담센터의 질의사실로 부산이 본사라는 주장이 확인될 수는 없다.(사) 청구법인은 2021년 12월 한국산업기술진흥협회의 불시 실사로 서울 기업부설연구소가 직권 취소되었다고 주장하나, 해당 사항을직접 확인한 결과, 청구법인의 주장과 달리 한국산업기술진흥협회는 2021년 12월에 연구소 존속여부에 대한 실사를 한 사실이 없으며, 연구소 취소는 직권취소가 아닌 청구법인의 연구소 자진취소 요청에 따라 2022년 2월 취소되었다고 회신한바, 청구법인의 주장은 신뢰하기 어렵다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 2021년도에 본사를 부산으로 이전하였으므로, 「조세특례제한법」 제63조의2에 따른 수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 대상에 해당한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 등(1) 국세기본법제14조【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위, 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.(2) 조세특례제한법제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.9. "수도권"이란「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권을 말한다.10.

이유 5"수도권과밀억제권역"이란「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역을 말한다.제63조의2【수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등】 ① 제1호 각 목의 요건을 모두 갖추어 본사를 이전하여 2022년 12월 31일까지 사업을 개시하는 법인(이하 이 조에서 “본사이전법인”이라 한다)은 제2호에 따른 감면대상소득(이전 후 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 사업을 승계하는 경우 승계한 사업장에서 발생한 소득은 제외한다)에 대하여 제3호의 구분에 따라 법인세를 감면한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인인 경우에는 그러하지 아니하다.1. 세액감면 요건가. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 본사를 둔 법인일 것나. 본사를 수도권 밖으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 이전할 것다. 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다)에 대한 투자금액 및 이전본사의 근무인원이 지역경제에 미치는 영향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준을 충족할 것2. 감면대상소득: 가목의 금액에 나목의 비율과 다목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 금액가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액나. 해당 과세연도의 이전본사의 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율다. 해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당 과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율3. 감면기간 및 감면세액가. 본사 이전일 이후 본사이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(수도권 밖의 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도 : 감면대상소득에 대한 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액나. 가목에 따른 과세연도의 다음 3년(수도권 밖의 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도 : 감면대상소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액② 제1항에 따라 감면을 적용받는 본사이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.1. 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우3. 수도권에 본사를 설치하거나 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우4.

이유 6제1항에 따른 감면기간에 대통령령으로 정하는 임원 중 이전본사의 근무 임원 수가 수도권 안의 사무소에서 근무하는 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 된 경우⑤ 제1항 및 제4항을 적용받으려는 본사이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 본사에서 본사의 이전등기일부터 소급하여 2년 이상 영위하던 업종과 이전 후의 본사에서 영위하는 업종이 같아야 한다.(3) 조세특례제한법 시행령제60조의2【수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등】 ② 법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 세액감면 요건이란 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권과밀억제권역 안에 본사를 두고 사업을 경영한 실적이 있을 것을 말한다.③ 법 제63조의2 제1항 제1호 나목에서 "본사를 수도권 밖으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 이전할 것"이란 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 법 제63조의2 제4항을 적용할 때에는 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하는 경우로 한정한다.1. 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 본사 외의 용도(제13항에서 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것2. 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 본사 외의 용도로 전환한 날부터 2년 이내에 수도권 밖에서 사업을 개시할 것. 다만, 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 본사 외의 용도로 전환한 날부터 3년 이내에 사업을 개시해야 한다.④ 법 제63조의2 제1항 제1호 다목에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 다음 각 호와 같다.1. 투자금액 : 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 대한 누적 투자액으로서 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액이 10억원 이상일 것2. 근무인원 : 해당 과세연도에 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다)의 근무인원이 20명 이상일 것 (이하생략)부칙 ＜제32413호, 2022.2.15.＞제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일(2022.1.1.) 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다.(3) 수도권정비계획법제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. "수도권"이란 서울특별시와 대통령령으로 정하는 그 주변 지역을 말한다.다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인은 당초 2022.2.14. 서울에서 천안으로 본사를 이전하는 취지의 사업자등록 정정신고를 하고 쟁점감면규정을 적용하여 법인세를 신고하였으나, 처분청은 쟁점감면규정 중 본사 근무인원 20명 이상의 요건을 달성하지 못했다고 보아 쟁점감면규정을 배제하였다. 이에 청구법인은 당초 천안으로 본사를 옮기기 이전인 2021.8.26. 서울에서 부산으로 본사를 이전하였으며, 부산으로 본사 이전일은 본사 근무인원 20명 이상 요건 규정이 시행되기 이전이므로 쟁점감면규정 적용이 타당하다는 의견이다.