청구법인이 영세율 세금계산서를 적법하게 수취한 것인지 여부

요지영세율세금계산서가 전부 가공거래라고 단정할 수 없으나, 실제 수출된 물품 내역에 대한 재조사가 필요하고, 주의의무 위반이 명백하므로 선의의 거래당사자로 보기 어려움

주문강동세무서장이 2025.1.23. 및 2025.3.7. 청구법인에게 한 2019년 제2기 부가가치세 OOO원과 2020년 제1기～2022년 제1기 부가가치세 OOO원은 청구법인이 수취한 영세율세금계산서 중 실제 수출된 물품과 금액 및 그 수취자 등을 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 농축산물 수출 지원을 위해 설립된 무역회사로, 2016.9.7. A과 A이 구매한 조미김 등을 청구법인이 수출하는 것으로 계약을 체결하였고, 2018.8.27. 주식회사 A과 2021.3.16. 주식회사 B과 같은 내용의 계약을 이어서 체결(이하 “쟁점계약”이라 한다)하였으며, 청구법인은 A, 주식회사 A, B(이하 세 개 업체를 합하여 “쟁점거래처들”이라 한다)을 하나의 거래처로 인식하여, 쟁점계약에 따라 쟁점거래처들에게 조미김 등에 대한 공급가액을 지급하고 영세율세금계산서를 수취(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다.나. 2022년 1월경 청구법인은 내부 직원이 쟁점거래처들에 대한 결제서류를 확인하는 과정에서 수출계약서상의 품명ㆍ중량과 쟁점거래처들에서 제시한 포장명세서상의 품명ㆍ중량이 상이한 것을 발견하여 쟁점거래처들에게 사실관계 확인을 요청하였으나, 쟁점거래처들은 소명을 회피하였고, 청구법인이 중국현지법인을 통해 중국 바이어들과의 거래 사실을 확인한바, 거래기록이 없음을 확인하여 쟁점거래처들과 거래를 중단하였다.다. 이후 쟁점거래처들이 발행한 채권이 연체됨에 따라, 청구법인은 자체조사를 실시한바, 쟁점계약을 주선한 C(당시 가명 D)의 계획 하에 수출 관련 서류가 위·변조되었고, 쟁점거래의 중국 통관대행사인 ‘E’(이하 “통관대행사”라 한다)는 중국 바이어들과 거래한 사실이 없으며, 2022.3.4. 기준 OOO원 상당의 채권미회수 손실이 발생하였다는 사실을 확인하였다.라. 이에 따라 청구법인은 청구법인의 모회사인 F 경제지주 감사부(이하 “감사부”라 한다)로 특별감사를 요청하였고, 감사 결과, ‘부당 수출거래 취급에 따른 손실 예상 등’을 확인하여 쟁점거래를 사고로 확정하면서, 사고 관련 임직원들에게 징계 및 변상금 처분하였으며, 청구법인은 쟁점거래처들의 관련자 및 청구법인 임원에게 민·형사소송을 진행하였다.마. 처분청은 2024.10.2.부터 2024.12.31.까지 청구법인의 2020ㆍ2021사업연도 법인세 통합조사를 실시한바, 청구법인이 쟁점거래의 일부 수출거래 건에 대해 G 김가공 공장(이하 “G”이라 한다)을 끼워넣어 거래하기로 G 및 쟁점거래처들과 협의한 사실을 확인하였고, G이 쟁점거래처들로부터 매입한 수출용 김을 청구법인이 G으로부터 재매입하고 세금계산서를 수취한 거래를 「조세범처벌법」 제10조 제3항을 위반한 것으로 보아 2024.10.31. 범칙조사로 전환하였다.바. 또한 쟁점계약은 청구법인이 쟁점거래처들로부터 생김을 매입하여 중국에 수출하는 매취거래로 체결되었음에도 불구하고, 실제로는 쟁점거래처들이 직접 중국 바이어들에게 조미김 등을 공급하기로 하는 매취대행거래를 하였고, 청구법인은 쟁점거래처들이 작성한 수출 관련 서류를 토대로 형식적인 요건 충족 여부만 심사한 것을 확인하였으며, 쟁점거래로 인해 청구법인이 인식해야 할 수익금(수수료) 또한 쟁점거래처들이 청구법인에게 직접 지급한 사실을 확인하였다.사. 이에 따라 처분청은 쟁점계약 관련 증빙 서류들이 쟁점거래를 가장하기 위해 작성된 위·변조 서류이고, 중국 바이어들도 허위 거래처에 해당한다고 판단하여, 청구법인이 쟁점거래처들로부터 수취한 영세율세금계산서를 실물거래 없는 가공매입세금계산서로 보아 2025.1.23. 2019년 제2기 부가가치세(가산세) OOO원을 경정·고지하였고, 2025.3.7. 2020년 제1기～2022년 제1기 부가가치세(가산세) 합계 OOO원(2020년 제1기분 OOO원, 2020년 제2기분 OOO원, 2021년 제1기분 OOO원, 2021년 제2기분 OOO원, 2022년 제1기분 OOO원)을 각 경정·고지하였다.아.

이유 2청구법인은 이에 불복하여 2025.4.15. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 처분청은 일부 서류의 흠결을 근거로 쟁점거래가 가공거래라는 의견이나, 쟁점거래는 복합(해상 및 육상 운송 등) 운송 환경을 전제로 한 대한민국과 중국 사이의 국경을 넘는 무역거래로, 해당 물품이 실제 수출되었는지를 증명하기 위해서는 ① 관세통관 기록, ② 물류운송 기록, ③ 비용 및 대금 흐름, ④ 상거래 기록 등 독립된 시스템의 객관적 자료들을 교차 검증하여 판단해야 하는바, 아래와 같이 상술한 결합증명의 모든 축에서 이 건 거래 관련 실물 공급 사실이 명백히 입증된다.(가) 청구법인의 모든 수출 건은 관세청 시스템상 정상적으로 수출신고가 수리되었고, 기한 내 적재까지 완료되었으며, 청구법인을 포함한 쟁점거래 당사자들은 미선적 과태료나 범칙 처분을 받은 사실이 없는바, 이는 국가기관이 쟁점거래의 물리적 선적 사실을 공적으로 인정한 것으로, 실물 없는 허위의 가공거래였다면 불가능한 일이다.또한 청구법인의 수출 건이 선박을 통해 중국 항구에 도착한 후, 수입자의 통관대행업체가 해당 제품을 수입자 명의로 통관하였고, 통관 완료 후 통관사는 상업송장번호, H(B/L) 번호, 제품명, 수량, 제조자, 컨테이너 번호 등을 모두 기재하여, “정상적으로 통관되었고, 외관 및 수량에 이상 없음”이 기재되어 있는 ‘통관확인증’을 발급하였으며, 쟁점거래처들은 해당 문서를 청구법인에게 전달한바, 이 역시 중국 세관이 쟁점거래의 물리적 선적 사실을 공적으로 인정한 것으로, 실물 없는 허위의 가공거래였다면 불가능한 일이다.(나) 청구법인은 컨테이너 번호 및 Seal 번호가 찍힌 사진, H(B/L), 선사·포워더로부터 발급받은 운임(Freight Invoice) 및 터미널 취급료(THC) 등 실제 물류비용 영수증 및 지급 전표를 모두 확보하고 있고, 처분청이 H(B/L)의 기재사항이 일부 다르다는 점을 문제 삼고 있으나 물류 실무에서는 하나의 화물에 대해 두 종류의 H(MBL, HBL)이 함께 사용되는 경우가 많으며, 서류를 확정하기 전 초안을 검토하고 수정하는 과정에서 내용이 바뀌는 것은 아주 자연스럽고 흔한 일로 아래 ＜참고＞에서 실무적인 내용을 설명하고자 한다.＜참고＞ 무역실무 설명 내용상기와 같은 이유로 선사가 발행하는 MBL과 포워더가 발행하는 HBL이 병존하고, Draft B/L이 수정되어 Final B/L이 되는 과정에서 기재사항이 달라지는 것은 흔히 발생하는 것이며, 오히려 조직적 사기 사건에서는 사기범이 H(B/L)을 위·변조하는 과정에서 이러한 불일치가 발생하기도 하므로, 이는 사기의 정황일 뿐 실물 부존재의 증거가 될 수 없다.(다) 처분청은 수입자 측의 클레임이 없었다는 점이 오히려 거래 부존재의 방증이라 의견이나, 이는 무역 사기의 특성을 이해하지 못한 주장일 뿐이고, 이 건 거래는 정상적인 상거래의 흐름을 보여주는 객관적 정황이 존재한다.최종 소비자의 클레임이 수출자에게 전달되지 않도록 차단하는 것은 사기 범행의 전형적인 수법으로, 사기범이 유통 경로를 장악하고 정보를 통제하여 정보를 왜곡ㆍ차단하기 위한 사기 거래의 정황으로 보아야 하는 것이지 실물거래가 없었다는 것을 의미하는 것이 아니다.

이유 3한편, 무역 거래에서 실물의 수출 및 공급의 존재 여부는 아래와 같은 각 거래 단위별로 검증할 수 있는데, 이 건 거래의 경우 아래 ＜표1＞과 같이 거래 단위별로 그 존재가 증명된다.＜표1＞ 거래 단위 별 실물거래 증빙자료(2) 선량한 관리자의 주의의무는 ‘사후적 완벽성’이 아니라 ‘거래 당시 통상적으로 기대가능한 확인 범위’를 기준으로 판단되어야 하는바, 청구법인은 이 건 거래의 전 과정에 걸쳐 통상적 수준을 상회하는 주의의무를 이행하였고, 납세의무자로서의 선량한 관리자의 주의의무를 다하였다.(가) 청구법인은 쟁점거래 전, OOO공사를 통해 쟁점거래처들에 대한 신용조사를 하였고, 승인 한도 내에서만 거래를 진행하는 등 철저한 사전 검증을 하였으며, 거래 진행 중에도 필수 무역서류를 건별로 관리하고, 중국 바이어들로부터 납품확인서 수취를 이행하였으며, 쟁점거래 관련 이상징후를 인지하자마자 거래 상대방에 대한 소명 요구 및 현지 확인을 시도하였고, 최종적으로 거래를 중단하고 즉시 수사기관에 고소하는 등 적극적으로 대응하였다.(나) 쟁점거래처들은 법원이 징역 12년의 중형을 선고할 만큼 고도화된 조직적 사기 범죄자들이고, 청구법인은 사기범죄의 피해자로, 청구법인이 쟁점계약 및 이 건 거래에 대해 통상적인 주의의무를 다하였음에도 사기를 발견하지 못했다는 사실만으로 주의의무를 위반하였다는 것은 사실상 무과실 책임을 묻는 것으로서 부당하다.(다) 처분청이 가공거래의 근거로 제시하는 감사보고서, 형사판결문, 무역보험공사 면책 통보 등은 그 본질과 판단 기준이 세법과 다르므로, 이 건 거래가 실물의 이전이 없는 거래에 해당한다는 직접적인 증거가 될 수 없고, 재무제표 재작성은 회계적 조치일 뿐, 거래의 실재와는 관련이 없다.(라) 청구법인이 쟁점거래와 관련하여 재무제표를 재작성한 이유는 조직적 사기의 피해자로서 이 건 거래와 관련된 채권이 회수 불능에 해당한다는 보수적인 판단에 따라 손실을 인식한 ‘회계적’ 조치일 뿐, 과거 거래의 실재성을 부인하는 ‘세법상’ 자백이 결코 아니고, 관련 형사판결문 및 감사보고서 역시 형사책임 및 내부통제에 관한 것일 뿐이므로, 거래의 실재와는 관련이 없으며, 쟁점거래와 관련된 형사판결은 사기 범행의 ‘형사책임’을 판단한 것이고, 청구법인의 감사보고서는 ‘내부통제’의 책임을 물은 것으로, 결국 두 자료 모두 개별 거래의 ‘세법상 공급의 실재 여부’를 확정한 것이 아니며, 오히려 청구법인이 사기 범죄의 ‘피해자’임을 전제하고 있는 것이다.(마) OOO공사의 면책 통보 또한 ‘보험계약상 위험 배분’에 따른 보험사의 내부 판단일 뿐, 쟁점거래와 관련된 ‘세법상 공급의 실재 여부’를 확정하는 공적 결정이 아니다.(3) 처분청은 쟁점거래의 대금 흐름이 ‘돌려막기’라는 의견이나, 이 건 대금 흐름은 무역사기에서 신뢰 유지를 위해 흔히 사용되는 수법으로, 이는 「외국환거래법」상 신고·관리의 문제일 수는 있겠으나, 「부가가치세법」상 실물 공급의 존재 자체를 부정하는 근거가 될 수는 없다.(4) G을 이 건 거래에 끼워넣은 것은 적자 상태이던 G 김가공공장의 매출 증대를 도모하기 위한 것으로, 대법원 2026.3.12.

이유 4선고 2025두35961 판결에서도 거래 구조의 비정형성만으로 허위 거래로 단정할 수 없다고 판시한바 있고, 이와 관련한 조세포탈 혐의에 대해서도 수사기관이 불송치 결정한 바 있다.(5) 이 건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 청구법인은 거래 상대방의 조직적이고 치밀한 기망행위에 속은 선의의 피해자일 뿐, 이를 알지 못한 데에 어떠한 과실도 없는바, 청구법인에게 가공세금계산서 수취에 따른 가산세를 부과한 것은 위법·부당하므로, 이 건 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.(가) 대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결은 공급받는 자가 명의위장 사실을 알지 못하였고, 이를 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정을 입증하는 경우에는 매입세액공제가 허용된다고 일관되게 판시하고 있는바, 이러한 법리는 제재적 성격의 이 건 가산세 처분에도 마찬가지로 적용되어야 한다.(나) 최근 조세심판원(조심 2025서3874, 2026.2.9.)에서도 사업자 명의를 혼동한 사안에 대해 납세자의 손을 들어주었는데, 이 건의 경우 쟁점거래처들이 수년에 걸쳐 치밀하고 조직적인 사기 행각(수출입 서류 위·변조, 유령 회사 동원, 자금 순환)을 벌인 중대 범죄 사건으로 법원이 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(사기) 혐의를 적용하여 주범에게 징역 12년의 중형을 선고한 사실은 이 범죄가 선량한 관리자의 주의의무만으로는 사실상 발견할 수 없는 수준이었음을 객관적으로 증명하는 것인바, 청구법인은 충분한 주의의무를 이행한 것으로 보아야 한다.(다) 청구법인은 사기 정황을 인지한 후 이를 은폐하거나 방치하지 않고, 오히려 적극적으로 수사기관에 쟁점거래처들을 고소하여 범죄 사실을 밝혀내는 데 결정적인 역할을 하였는데, 사기 범죄의 피해자에게 그 사기 행위로 인해 오염된 서류를 근거로 다시 가산세라는 제재를 가하는 것은 가산세 제도의 취지 및 조세정의와 형평의 원칙에도 정면으로 반하는 것이다.(라) 상기와 같이, 청구법인은 ① 국가기관을 통한 신용조사, ② 체계적인 서류 관리, ③ 이상 징후 발생 시 즉각적인 거래 중단 및 법적 조치 등 통상적인 수준을 훨씬 뛰어넘는 주의의무를 다하였으나, 이러한 노력에도 불구하고 사기 피해를 막지 못한 것은 그만큼 상대방의 기망행위가 전문가의 관점에서도 간파하기 어려울 정도로 치밀했기 때문인 것이고, 이러한 사정을 종합하면, 청구법인은 사기 거래의 공모자나 방조자가 아닌 명백한 피해자이며, 이러한 피해자에게 결과만을 가지고 책임을 전가하여 거액의 가산세를 부과하는 것은 심히 부당하다.나.

이유 5처분청 의견(1) 쟁점계약은 감사부 감사 결과 명의가 도용된 중국 바이어들과 실물거래 없이 허위로 거래한 것임이 확인되었고, 이에 따라 관련 임직원 21명에 대해 징계 및 변상조치(견책 2명, 감봉 7명, 퇴직자 12명, 변상액 OOO원)받은 바 있다.(가) 쟁점거래처들은 수출 관련 일체의 서류를 위·변조하여 청구법인에 송부하였고, 청구법인은 쟁점거래처들이 알려준 명의가 도용된 가상의 중국 바이어들의 이메일을 통해 구매주문서 및 수출계약서 등을 주고받았으며, 쟁점거래처들이 보내온 이메일 자료와 서류 등의 수출물품 및 순중량에 총 705건 중 699건의 불일치가 있음에도 불구하고, 쟁점거래를 하면서 물품을 실제 검수하거나 수출계약서에 따른 정확한 물량이 선적되는지를 확인하지 않았다.(나) 수출대금은 계약서의 결제조건에 따라 중국 현지은행에서 달러 등의 외국통화 및 지정된 외국환계좌로 수취하여야 함에도 청구법인은 중국 바이어들로부터 수취해야 할 수출대금의 97.9%를 쟁점거래처들로부터 외국환계좌가 아닌 ‘국내송금’ 방식으로 수취하였는데, 그 자금의 흐름을 보면, 청구법인이 쟁점거래처들에게 지급한 수출물품 구매대금 전액이 쟁점거래처들 계좌로 입금되었고, 일정 시간 간격을 두고, 쟁점거래처들은 청구법인에게 수출대행수수료를 입금하였으며, 이 역시 쟁점거래처들의 주거래 은행인 OOO금융센터 등에서 입금된바, 쟁점거래처들은 청구법인이 지급한 수출물품 대금을 다시 청구법인에게 수출대행수수료로 입금한 이른바 ‘돌려막기’를 한 것으로 판단된다.(다) 또한, 청구법인이 통관대행사를 방문 및 유선으로 확인한바, 중국 바이어들은 청구법인과 거래사실이 없다는 것을 확인한 사실이감사부 사고조서에서 구체적으로 확인되는바, 쟁점거래처들은 청구법인과 실물거래 없이 수출물품대금만 금융 편취한 것으로 판단된다.(라) 청구법인이 쟁점거래 사실관계 확인을 위해 OOO회계법인에게 서류의 진위 여부 등에 대한 조사 용역을 요청한 바, OOO회계법인은 계약서 검토 및 관련자 인터뷰 등을 통해 청구법인의 수출계약서에는 원초김을 수출하는 것으로 되어 있으나, 쟁점거래처들이 작성한 포장명세서 등에는 조미김을 수출하는 것으로 작성되어 있고, 순중량에 큰 차이가 나며, 통관대행사는 중국 바이어들과 거래사실이 없고, 쟁점거래처들이 청구법인에게 제시한 업무위탁약정서, 통관확인서 및 통관대행사의 직인 모두 허위로 확인하였으며, 청구법인이 쟁점거래로 인하여 수출한 항목은 모두 청구법인과 계약을 체결한 수입자에게 이동하지 않은 것으로 보인다는 최종 의견을 제시하였다.(마) 청구법인은 쟁점거래로 인한 피해를 보상받기 위하여 OOO공사에 보험금을 청구하였는데 OOO공사의 사고조사 결과 ① 증권상 중국 바이어들(14개사) 모두 계약 체결사실을 부인하고 ② 서류 간 내용(선적항, 중량)이 서로 불일치하고 ③ 계약상 결제통화는 외화(USD/CNY)임에도 불구하고 수출대금이 국내은행(OOO금융센터)에서 원화로 송금되는 등의 사유로 청구법인과 수입자 간에는 유효한 수출 계약이 존재하지 않는 것으로 판단되어 OOO공사는 보험금 지급거절을 통보하였다.(바) 쟁점거래처들의 실질 운영자인 C에 대한 형사판결문(서울동부지방법원 2024.5.24.

이유 6선고 OOO, 이하 “형사판결문”이라 한다)의【범죄사실】에서도 청구법인이 허위의 구매주문서, 송장 등 수출 서류에 의하여 ① 중국 바이어들이 아닌 불상의 중국회사에 수출하였고, ② 구매주문서에 기재된 중량과 송장 및 포장명세서에 기재된 중량이 일치하지 않음을 들어 쟁점거래가 허위거래임을 구체적으로 설명하고 있다.(사) 청구법인은 2023년 금융감독원에 2020·2021사업연도에 대한 감사보고서를 정정하여 공시하였는데, 정정된 감사보고서 주석사항에는 수출물품 공급계약과 관련한 매출, 매출원가, 매출채권 과대계상에 따라 재무제표를 재작성한다고 기재되어 있고, 청구법인의 내부문건에 따르면 ‘쟁점거래처들에 대한 거래가 모두 허위로 판명됨에 따라 허위거래에 대한 취소로 인하여 재무제표를 재작성한다’고 재작성 사유를 기재한바, 이와 같은 재무제표 재작성 및 감사보고서 정정신고는 청구법인 스스로 쟁점거래가 실제 존재하지 않는 거래임을 인정한 것이다.또한, 청구법인은 이 건 세무조사 결과 관련 매출액 및 매출원가를 감액하고 법인세 환급을 받은 사실이 있는바, 청구법인의 주장대로 쟁점거래가 매취수출이라면 법인세 환급도 부적정하다고 주장했어야 했다.(2) 청구법인은 모든 무역서류를 정식으로 작성·보관하고 있으며, 실제 물리적 제품이 생산·포장·적재·운송·통관된 실물수출 거래라고 주장하지만, ① 감사부 사고조서, ② OOO회계법인의 조사보고서, ③ OOO공사 면책통보서, ④ C에 대한 형사판결문, ⑤ 재무제표 재작성 및 감사보고서 정정신고 모두 쟁점거래에 대해 동일하게 위·변조 서류를 통한 허위 거래임을 명시하고 있다.(가) 청구법인은 컨테이너 내부에 제품이 적재된 모습과 Seal 번호가 찍힌 컨테이너 도어 사진을 증거로 제시하였으나, 이러한 사진이 언제, 어디에서, 누가 찍은 것인지 및 트럭에 적재된 상자 안에 무엇이 있는지 알 수 없고, 이러한 거래 일부에 대한 사진이 거래의 존재를 증명하는 것도 아니며, 청구법인이 제출한 BILL of Landing 서류 또한 아래 B.