쟁점매입을 가공거래로 보아 법인세 등을 부과한 처분의 당부

요지청구법인은 쟁점거래에 대한 통상적인 입증자료(거래명세표, 입금내역 등)를 제시하거나, 쟁점매입이 소액으로 가공거래를 할 이유도 없다고 소명한 반면, 처분청은 과세권자로서 쟁점거래가 가공거래에 해당한다는 점을 입증할 필요가 있으나, 통보받은 과세자료 외의 조사를 하였거나 처분근거 등을 제시하지 아니한바, 쟁점매입이 실지거래에 해당하는지 여부를 재조사하는 것이 그 세액 등을 경정하는 것이 타당함

주문동안양세무서장이 2025.11.5. 청구법인에게 ＜별지1＞ 기재와 같이 부과 등을 한 처분은 청구법인이 2021년 제1기부터 2022년 제1기까지 A 주식회사로부터 안전물품 등을 매입한 거래(＜별지1＞)가 실지 거래에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준, 세액 및 소득금액을 경정한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인(건설업)은 2021년 제1기부터 2022년 제1기까지의 과세기간에 경기교육청 등으로부터 발주받은 공사(이하 “쟁점공사”라 한다) 현장에 필요한 안전용품을 A㈜로부터 매입(이하 “쟁점매입처” 및 “쟁점매입”이라 한다)한 것으로 하여 매입세액공제 및 손금 계상 후 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.나. 처분청은 쟁점매입처에 대한 서산세무서의 조사결과 통보(이하 “조사청” 및 “쟁점과세자료”라 한다)를 받고, 쟁점매입을 가공거래로 보아 2025.11.5. 청구법인에게 ＜별지1＞ 기재와 같은 처분을 하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.28. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장쟁점매입은 정상적으로 재화(안전물품)를 구매한 거래임이 거래명세표, 전자세금계산서, 거래대금 입금내역, 산업안전보건관리비 사용내역서 및 안전용품을 지급하는 현장사진 등 객관적 자료로 명백히 확인될 뿐만 아니라, 「산업안전보건법」에 따라 의무적으로 지출하여야 하는 것으로 가공 처리 자체가 불가한데도, 처분청은 쟁점매입처 관할인 조사청이 파생시킨 쟁점과세자료에만 절대적으로 의존한 채(쟁점매입처의 일부 거래를 대상으로 담당 조사관이 주관적으로 작성한 자료로 보일 뿐, 청구법인에 대한 직접적인 조사 내용은 전혀 없다), 자의적 추정만으로 쟁점매입을 가공거래로 단정하여 위법·부당한 이 건 처분을 하였다.나. 처분청 의견이 건 처분은 처분청이 독자적으로 판단하여 한 것이 아니라, 조사청의 선행조사 결과에서 파생된 쟁점과세자료에 기초하여, 처분청이 그 자료를 종합적으로 검토한 후 쟁점매입을 가공거래로 판단한 것이다. 즉, 쟁점과세자료라는 합리적 근거에 기초하고 있어 쟁점매입을 가공거래로 추정하는 것은 합리적이라 할 것이므로, 그 추정을 배척하려면 청구법인이 정상거래임을 입증할 객관적·구체적인 증빙을 제시하여야 하는데 청구법인은 제시하지 못하였다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 쟁점매입처로부터 건설현장에 필요한 안전용품 등을 구매한 것으로 처리한 쟁점매입이 가공거래에 해당하는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재다.

이유 2사실관계 및 판단(1) 처분청은 쟁점과세자료에 따라 쟁점매입처는 자료상으로 확정되었기에, 쟁점매입처와 청구법인 간의 거래인 쟁점매입 또한 가공거래로 추정함이 타당하다며 아래와 같은 사항을 제시하였다.(가) 조사청은 쟁점매입처를 조사(2021년부터 2023년까지의 거래질서 조사)하여 가공업체(자료상)로 고발하였다(또한, 쟁점매입처는 2020년 귀속 분에 대해 실물거래 없이 거짓 세금계산서를 발급한 혐의로 형사판결을 확정받기도 하였다).(나) 조사대상 과세기간 중 쟁점매입처의 실물 매입은 확인되지 않았으며, 쟁점매입처의 (명의상) 매입처들은 쟁점매입처의 대표로부터 소정의 대가를 받고 사업자 명의를 대여한 것이라고 진술하였다(또한, 쟁점매입처의 대표도 이를 인정하였다).(다) 쟁점매입처의 전자세금계산서 발급과 관련한 항목[IP주소, 랜카드 고유번호(MAC Address), CPU 고유번호 및 저장매체 고유번호]에 대한 분석 결과, 쟁점매입처가 수취한 매입세금계산서는 쟁점매입처 대표가 발급한 것으로 조사되었다.(라) 쟁점매입처 명의의 계좌에 매출 명목으로 입금된 금액은 이후 명의위장 사업자(형식적 매입처) 명의의 계좌를 통해 하루에도 수십 차례 반복적으로 이체되었다.(2) 처분청은 청구법인에게 쟁점매입에 대한 소명을 요청하여 거래명세표, 전자세금계산서, 대금입금내역 등을 제시받았으나, 이들 자료는 거래당사자 간 임의로 작성 가능한 형식적 증빙에 불과하여 인정할 수 없었고(적어도 물품 운송내역, 납품확인서, 재고 반영 자료 등 실물거래가 있었음을 인정할 자료가 필요하다), 청구법인이 추가로 제시한 산업안전보건관리비 사용 내역과 현장사진 등에 나타나는 물품들이 쟁점매입처로부터 공급받았다고 단정할 수 없다는 의견이다.(3) 반면, 청구법인은 쟁점물품은 건설현장에서 반드시 필요한 안전장비들로, 이들 없이 주된 사업(건설공사)을 영위하는 것 자체가 불가할 뿐만 아니라, 「산업안전보건법」에 따라 지출이 의무화되어 있고, 특히 쟁점공사의 발주자가 관공서라는 점까지 고려하면, 쟁점매입은 가공거래가 될 수 없다면서 다음 사항들을 제시하였다.(가) 「산업안전보건기준에 관한 규칙」 제32조 제1항은 “사업주(건설공사자 등)는 작업조건에 맞는 보호구를 작업하는 근로자 수 이상으로 지급하고 착용하도록 하여야 한다”고 명시하고 있는데, 쟁점물품은 이를 준수하기 위한 안전모, 안전대, 안전화, 보안경 등 안전장비들로 건설현장에서 반드시 갖추어야 할 재화이다.(나) 쟁점매입은 「산업안전보건법」에 따라 산업재해 예방을 위해 사용하는 산업안전보건관리비의 일부로, 같은 법 제7조 제5항은 “건설공사도급인은 산업안전보건관리비를 산업재해 예방 외의 목적으로 사용해서는 아니된다”고 규정하여, 해당 지출은 청구법인과 같이 공사도급자가 마음대로 전용할 수 없음은 물론, 어차피 의무적으로 지출하여야 하기에 이를 가공으로 처리할 유인이 있을 수 없다(처분청 의견에 따라 쟁점매입을 가공으로 보면, 청구법인은 쟁점공사현장에서 의무지출을 하지 않은 결과가 되는 등 모순이 발생한다).(다) 또한, 산업안전보건관리비는 관련 규정 등에 따라 발주처에게 보고하도록 되어 있는데, 이 사건 쟁점공사의 발주처가 경기교육청 등 모두 관공서였다는 점을 고려하면, 청구법인이 관공서를 상대로 가공경비를 보고하리라고 쉽게 단정하기도 어려워, 이를 가공으로 보려면 오히려 과세관청이 철저한 조사를 거쳐 명백히 입증하여야 할 것인데도, 처분청은 이 건 처분 근거로 오직 쟁점매입처에 대한 조사결과를 제시할 뿐이다(청구법인 입장에서는 쟁점매입처의 어떠한 거래가 문제가 되었는지 알 수도 없다).＜표1＞ 이 사건 쟁점공사 현장OOO(라) 산업안전보건관리비

이유 3사용내역(쟁점매입 포함)은 발주자에게 보고하여야 하기에, 쟁점매입 내역을 각 공사현장별로 구분하여 특정할 수도 있다며 다음 내역을 제시하였다(청구법인은 쟁점공사를 진행하면서 현장에 필요로 하는 안전모, 안전화, 안전조끼 등 안전용품을 쟁점거래처로부터 실제로 구입하였고, 해당 물품은 쟁점거래처에서 각 공사현장으로 납품하여 근로자들에게 지급되었다).(4) 청구법인의 대리인은 2026.6.17. 조세심판관회의에 출석하여 청구법인 외에 쟁점매입처로부터 물품을 구입한 B㈜(이하 “쟁점외법인”이라 한다)도 가공매입을 한 혐의가 있다는 자료가 파생되었으나, 이후 추가 소명과 조사청 추가 조사를 거쳐 정상 거래로 인정받은 사실이 있다며, 자료를 파생한 조사청조차 파생자료가 절대적인 과세근거는 아니라는 점을 확인하였는데, 오히려 직접 조사하지 않고 수보한 처분청이 쟁점과세자료를 근거로 쟁점매입을 가공거래로 단정하는 것은 부당하다는 취지의 진술을 하였다.(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 조사청으로부터 수보한 쟁점과세자료 등에 기초하여, 청구법인이 쟁점거래처로부터 안전물품 등을 구입한 것으로 처리한 쟁점매입은 가공거래였다고 보아 이 건 처분을 하였으나,조사청이 쟁점매입처를 가공거래 사업자로 확정하여 처분청에게 쟁점과세자료를 통보한 것은 사실이나, 이 건 처분청 답변서에 따르면 쟁점매입처의 가공거래 범위가 특정되어 있지 않아(모든 거래인지 아니면 특정한 거래로 한정되는지 등), 그 사실만으로 쟁점매입이 가공거래였다고 단정하기 어려워 보이는 점(특히, 쟁점매입처와 거래한 쟁점외법인의 경우에도 과세자료가 파생되었으나 이후 소명 등을 거쳐 정상 거래로 인정받은 사실이 있다는 청구법인의 진술 등에 따르면 더욱 그러하다),처분청에 따르면 쟁점매입처는 2020년 귀속분에 대해 거짓세금계산서를 발급한 혐의로 유죄로 확정되었다고 하나, 이 건 과세기간(2021년 제1기～2022년 제1기) 분에 대하여는 동일한 내용에 대한 언급은 없었던 점(심리기간 중 처분청 담당자에게 이에 대한 확인을 요청하였으나 확인받지 못하였다),청구법인의 소명[쟁점매입은 공사현장에서 반드시 필요한 안전물품 등을 구입한 것으로 법적으로 의무화된 지출이기에 가공 거래의 유인이 있을 수 없다(즉, 어차피 지출하여 매입할 수밖에 없다)]에 대해, 중고품(안전물품)을 재활용할 가능성에 대해 질문하였는데, 이에 대해 청구법인은 해당 물품은 구매와 동시에 현장근로자들에게 지급하고 즉시 비용으로 처리(소모품으로 수익적지출)할 뿐만 아니라, 현장근로자들이 안전 및 청결 문제 등을 이유로 중고품 사용을 꺼려, 현장에서 사용했던 물품을 회수하였다가 다시 다른 현장근로자들에게 지급하는 것은 감히 상상하기 어렵다고 진술한 점,또한, 위장거래의 가능성에 대해서도 청구법인은 어차피 구입할 수밖에 없는 물품을 굳이 거래상대방을 고의로 위장·변경하면서까지 거래할 유인이 없고, 특히 쟁점매입 금액은 공사에 필요한 다른 원가 항목들에 비하면 현저히 낮은 소액일 뿐만 아니라 해당 물품의 구입 가격도 거래처에 따라 그 차이도 크지 않아, 굳이 소액 지출분에 대해 위험을 무릅쓰고 위법한 행위를 저지를 이유가 없다고 소명한 점,청구법인은 통상적인 입증자료(거래명세표, 전자세금계산서, 거래대금 입금내역, 산업안전보건관리비 사용내역서 및 안전용품을 지급하는 현장사진 등)는 제시한 것으로 보이고, 이 건 쟁점이 단순한 손금 인정 여부에서 더 나아가 가공거래 여부를 판단함에 있음을 고려하면, 그 입증 부담을 청구법인에게만 전적으로 부담하게 하는 것도 공평하지 않은바, 처분청도 조사청에서 통보받은 쟁점과세자료 외에 과세권자의 지위에서 쟁

이유 4점거래가 가공거래에 해당한다는 점을 입증할 필요가 있는 점(적어도 앞서 언급된 청구법인의 소명 등을 배척할 처분근거는 제시할 필요가 있어 보인다) 등에 비추어, 처분청은 쟁점매입이 실지거래에 해당하는지 여부를 재조사(금융증빙, 쟁점외법인의 매입이 정상거래로 인정된 것에 대한 사실확인, 청구법인이 각 공사현장별로 사용한 안전물품의 출처 및 위장거래 가능성 등)하여 그 결과에 따라 이 건 부가가치세 및 법인세의 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지의 소득금액을 경정함이 타당하다고 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.＜별지1＞ 이 사건 부과처분 및 공사현장별 쟁점매입 현황ㅇ 이 사건 부과처분 등OOOㅇ 공사현장별 쟁점매입 내역OOO＜별지2＞ 관련 법령 등(1) 부가가치세법제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우(2) 법인세법제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.(3) 산업안전보건법제5조(사업주 등의 의무) ① 사업주(제77조에 따른 특수형태근로종사자로부터 노무를 제공받는 자와 제78조에 따른 물건의 수거ㆍ배달 등을 중개하는 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제6조에서 같다)는 다음 각 호의 사항을 이행함으로써 근로자(제77조에 따른 특수형태근로종사자와 제78조에 따른 물건의 수거ㆍ배달 등을 하는 사람을 포함한다. 이하 이 조 및 제6조에서 같다)의 안전 및 건강을 유지ㆍ증진시키고 국가의 산업재해 예방정책을 따라야 한다.1. 이 법과 이 법에 따른 명령으로 정하는 산업재해 예방을 위한 기준2. 근로자의 신체적 피로와 정신적 스트레스 등을 줄일 수 있는 쾌적한 작업환경의 조성 및 근로조건 개선3. 해당 사업장의 안전 및 보건에 관한 정보를 근로자에게 제공② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 발주ㆍ설계ㆍ제조ㆍ수입 또는 건설을 할 때 이 법과 이 법에 따른 명령으로 정하는 기준을 지켜야 하고, 발주ㆍ설계ㆍ제조ㆍ수입 또는 건설에 사용되는 물건으로 인하여 발생하는 산업재해를 방지하기 위하여 필요한 조치를 하여야 한다.1. 기계ㆍ기구와 그 밖의 설비를 설계ㆍ제조 또는 수입하는 자2. 원재료 등을 제조ㆍ수입하는 자3.

이유 5건설물을 발주ㆍ설계ㆍ건설하는 자제6조(근로자의 의무) 근로자는 이 법과 이 법에 따른 명령으로 정하는 산업재해 예방을 위한 기준을 지켜야 하며, 사업주 또는 「근로기준법」 제101조에 따른 근로감독관, 공단 등 관계인이 실시하는 산업재해 예방에 관한 조치에 따라야 한다.제38조(안전조치) ① 사업주는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 위험으로 인한 산업재해를 예방하기 위하여 필요한 조치를 하여야 한다.1. 기계ㆍ기구, 그 밖의 설비에 의한 위험2. 폭발성, 발화성 및 인화성 물질 등에 의한 위험3. 전기, 열, 그 밖의 에너지에 의한 위험② 사업주는 굴착, 채석, 하역, 벌목, 운송, 조작, 운반, 해체, 중량물 취급, 그 밖의 작업을 할 때 불량한 작업방법 등에 의한 위험으로 인한 산업재해를 예방하기 위하여 필요한 조치를 하여야 한다.③ 사업주는 근로자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 장소에서 작업을 할 때 발생할 수 있는 산업재해를 예방하기 위하여 필요한 조치를 하여야 한다.1. 근로자가 추락할 위험이 있는 장소2. 토사ㆍ구축물 등이 붕괴할 우려가 있는 장소3. 물체가 떨어지거나 날아올 위험이 있는 장소4. 천재지변으로 인한 위험이 발생할 우려가 있는 장소④ 사업주가 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 하여야 하는 조치(이하 “안전조치”라 한다)에 관한 구체적인 사항은 고용노동부령으로 정한다.제72조(건설공사 등의 산업안전보건관리비 계상 등) ① 건설공사발주자가 도급계약을 체결하거나 건설공사의 시공을 주도하여 총괄ㆍ관리하는 자(건설공사발주자로부터 건설공사를 최초로 도급받은 수급인은 제외한다)가 건설공사 사업 계획을 수립할 때에는 고용노동부장관이 정하여 고시하는 바에 따라 산업재해 예방을 위하여 사용하는 비용(이하 “산업안전보건관리비”라 한다)을 도급금액 또는 사업비에 계상(計上)하여야 한다.② 고용노동부장관은 산업안전보건관리비의 효율적인 사용을 위하여 다음 각 호의 사항을 정할 수 있다.1. 사업의 규모별ㆍ종류별 계상 기준2. 건설공사의 진척 정도에 따른 사용비율 등 기준3. 그 밖에 산업안전보건관리비의 사용에 필요한 사항③ 건설공사도급인은 산업안전보건관리비를 제2항에서 정하는 바에 따라 사용하고 고용노동부령으로 정하는 바에 따라 그 사용명세서를 작성하여 보존하여야 한다.④ 선박의 건조 또는 수리를 최초로 도급받은 수급인은 사업 계획을 수립할 때에는 고용노동부장관이 정하여 고시하는 바에 따라 산업안전보건관리비를 사업비에 계상하여야 한다.⑤ 건설공사도급인 또는 제4항에 따른 선박의 건조 또는 수리를 최초로 도급받은 수급인은 산업안전보건관리비를 산업재해 예방 외의 목적으로 사용해서는 아니 된다.제175조(과태료) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 1천만원 이하의 과태료를 부과한다.3. 제41조제2항(제166조의2에서 준용하는 경우를 포함한다), 제42조제1항ㆍ제5항ㆍ제6항, 제44조제1항 전단, 제45조제2항, 제46조제1항, 제67조제1항ㆍ제2항, 제70조제1항, 제70조제2항 후단, 제71조제3항 후단, 제71조제4항, 제72조제1항ㆍ제3항ㆍ제5항(건설공사도급인만 해당한다), 제77조제1항, 제78조, 제85조제1항, 제93조제1항 전단, 제95조, 제99조제2항 또는 제107조제1항 각 호 외의 부분 본문을 위반한 자(4) 산업안전보건기준에 관한 규칙제32조(보호구의 지급 등) ① 사업주는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 작업을 하는 근로자에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 그 작업조건에 맞는 보호구를 작업하는 근로자 수 이상으로 지급하고 착용하도록 하여야 한다.1.

이유 6물체가 떨어지거나 날아올 위험 또는 근로자가 추락할 위험이 있는 작업: 안전모2. 높이 또는 깊이 2미터 이상의 추락할 위험이 있는 장소에서 하는 작업: 안전대(安全帶)3. 물체의 낙하ㆍ충격, 물체에의 끼임, 감전 또는 정전기의 대전(帶電)에 의한 위험이 있는 작업: 안전화4. 물체가 흩날릴 위험이 있는 작업: 보안경5. 용접 시 불꽃이나 물체가 흩날릴 위험이 있는 작업: 보안면6. 감전의 위험이 있는 작업: 절연용 보호구7. 고열에 의한 화상 등의 위험이 있는 작업: 방열복8. 선창 등에서 분진(粉塵)이 심하게 발생하는 하역작업: 방진마스크9. 섭씨 영하 18도 이하인 급냉동어창에서 하는 하역작업: 방한모ㆍ방한복ㆍ방한화ㆍ방한장갑10. 물건을 운반하거나 수거ㆍ배달하기 위하여 「도로교통법」 제2조제18호가목5)에 따른 이륜자동차 또는 같은 법 제2조제19호에 따른 원동기장치자전거를 운행하는 작업: 「도로교통법 시행규칙」 제32조제1항 각 호의 기준에 적합한 승차용 안전모11. 물건을 운반하거나 수거ㆍ배달하기 위해 「도로교통법」 제2조제21호의2에 따른 자전거등을 운행하는 작업: 「도로교통법 시행규칙」 제32조제2항의 기준에 적합한 안전모② 사업주로부터 제1항에 따른 보호구를 받거나 착용지시를 받은 근로자는 그 보호구를 착용하여야 한다.(5) 건설업 산업안전보건관리비 계상 및 사용기준제1조(목적) 이 고시는 「산업안전보건법」 제72조, 같은 법 시행령 제59조 및 제60조와 같은 법 시행규칙 제89조에 따라 건설업의 산업안전보건관리비 계상 및 사용기준을 정함을 목적으로 한다.제9조(사용내역의 확인) ① 도급인은 산업안전보건관리비 사용내역에 대하여 공사 시작 후 6개월마다 1회 이상 발주자 또는 감리자의 확인을 받아야 한다.