쟁점매입을 가공거래로 보아 법인세 등을 부과한 처분의 당부

요지청구법인이 쟁점매입처들에 지급한 매입대금이 대표이사의 모친 등을 비롯한 여러 단계를 거쳐 대표이사의 개인계좌로 반환된 사실이 확인되고,쟁점매입처들은 쟁점매입 관련 부가세를 체납하고 있으며, 청구법인도 쟁점매입을 매출에 활용한 사실이 확인되지 않는바, 쟁점매입을 가공거래로 보아 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없음

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2020.10.12. 설립되어 사진자판기 도·소매업을 영위하는 법인이며, 대표자 A가 100% 소유하고 있다.나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인이 고액의 세금계산서를 수취한 후 취소한 정황을 파악하여, 2025.2.5.∼2025.5.21. 청구법인에 대한 비정기 세무조사를 한 결과 청구법인이 2020∼2023사업연도에 ＜표1＞과 같이 ㈜B(이하 “쟁점매입처1”이라 한다)과 ㈜C(이하 “쟁점매입처2”라 하고, 쟁점매입처1과 합하여 “쟁점매입처들”이라 한다) 외 4곳의 매입처로부터 공급가액 합계OOO원의 가공세금계산서를 수취하였다고 보아 처분청에게 과세자료를 통보하였다.＜표1＞ 조사청의 세무조사 결과○○○다. 이에 처분청은 2025.6.9. ＜표2＞와 같이 청구법인에게 2020∼2023사업연도 법인세 합계 OOO원, 2020년 제2기∼2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각각 경정·고지하고, 가공으로 판단한 세금계산서의 공급대가 상당액을 포함한 조사적출금액을 대표자 A에 대한 상여로 보아 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다.라. 청구법인은 이 건 처분 중 ＜표2＞과 같이 쟁점매입처들의 가공매입에 대한 처분에 불복하여 2025.8.29. 심판청구를 하였다.＜표2＞ 이 건 심판청구○○○2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 ‘D’라는 무인사진관 프랜차이즈 사업을 운영하는 법인으로서, 새로운 프랜차이즈 사업 아이템을 모색하는 과정에서, E이 경영하는 쟁점매입처들과 거래하게 되었다. 청구법인은 기존의 프랜차이즈 사업 기반과 노하우에 쟁점매입처들의 레이싱 시뮬레이션 기술을 결합하여, 일반인을 대상으로 가격경쟁력과 운영의 편의성 등을 갖춘 보급형 레이싱 시뮬레이션 기기를 개발한 후 이를 이용하여 레이싱 시뮬레이션 프랜차이즈 사업을 추진하고자 하였고, E은 투자자를 추가로 모집하여 인천광역시에 OOO를 먼저 만들고 이를 마케팅 수단으로 활용하여 프랜차이즈 사업을 추진하고자 하였다.(가) 위의 입장을 절충하여 쟁점매입처들과 OOO을 함께 추진하기로 하여 아래 ＜표2＞와 같이 3가지 계약을 정식으로 체결한바, 만약 실질 없는 허위거래라면 여러 계약서를 체결할 이유가 없고, 계약서에 중고기기 인수·우선사업권·영업위탁관계 등 복잡한 법률관계를 기재할 이유 없으며, 계약해지합의서 체결 및 감액 수정세금계산서 발급·가지급금 처리로 정리할 이유가 없다.＜표2＞ 청구법인과 쟁점매입처들의 사업계약서 주요내용○○○(나) 다만, 쟁점매입처들의 대표인 E의 사업계획과 달리 위 사업은 대중의 관심을 받지 못한 채 신규 투자자 유치에 실패하였고, 청구법인도 무인사진관 아이템이 예상보다 오래 유행하면서 당장 새로운 아이템을 시작할 필요는 없는 상황이 되었다. 그래서 청구법인과 쟁점매입처들은 전략적 제휴를 일시 중단하기로 하고, 청구법인이 2020년 및 2021년 동안 쟁점매입처들로부터 기존에 개발되어 있던 OOO 기기, 사업모델 등과 관련하여 지급한 지급한 물품대금 및 교육훈련 용역비는 변동 없이 효력을 유지하는 한편, 전략적 제휴 합의안의 용역대금은 계약해지합의서에 의하여 “2022년도에 거래된 금원에 대해서는 원상태를 회복”하는 방법으로 확정한 것이다.(다) 이에 따라, 쟁점매입처들은 2022년에 발급분 세금계산서들에 대하여 2022.12.30.

이유 2발급된 금액을 전부 취소하는 수정세금계산서를 발급하고, 청구법인은 이를 수취하는 방법으로 전부 취소하였으며 법인세 과세표준에도 영향이 없었다.(2) 처분청은 청구법인이 쟁점매입처들과 실제 거래 없이 매입세금계산서를 수취하였다는 의견이나, 청구법인은 쟁점매입처들과 실제 재화 및 용역을 공급받고 매입세금계산서를 수취하였으므로, 이를 가공세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 위법·부당하다.(가) 쟁점매입처들은 유명 게임개발자가 참여하여 연구개발·제품개발·교육훈련을 담당하는 실질 있는 법인으로서, OOO 판매까지 실제 사업을 영위하였으며, OOO 등에서 OOO를 운영하는 등 실질적으로 사업을 수행하였다. 조사청에서도 쟁점매입처들과 청구법인 외 타 거래처의 세금계산서를 확인한 결과 별다른 문제를 확인하지 못하였다.(나) 청구법인이 2022년에 쟁점매입처들에 지급한 금액은 실질상 전략적 제휴합의에 따른 투자유치용역비였고, 2022.12.26. 전략적 제휴합의를 해지하면서 원상회복하는 방법으로 용역대금을 사후 확정한 것이다.(다) 청구법인이 매입한 OOO는 7축 구동 대형 기계(3개 대형 모니터, 컴퓨터, 각종 센서·변속기·브레이크·클러치 페달 등)로 구성된 전문 장비로, 전문가가 보관·관리하는 것이 합리적인바, 청구법인은 적법한 소유권 이전방법인 「민법」 제189조 점유개정의 방법으로 공급받은 재화를 쟁점매입처들에 계속 보관하면서 연구개발·업데이트에 활용하도록 한 것이고, A도 E, F으로부터 OOO의 특징·사용법, OOO 운영 노하우를 이전받았다. 그러나, 매입한 물품은 2024.2.18. 파주 공장 화재로 전소되었고, 담당자인 (故)F 이사도 화재로 사망하여 현재 실물 확인이 불가능할 뿐이다.(3) 처분청은 매입대금이 A의 개인계좌로 환류되었으므로 청구법인이 가공거래를 했다는 의견이나, 청구법인은 E을 완전히 신뢰할 수 없어 쟁점매입처들이 당장 필요하지 않은 금액을 에스크로(중립적인 제3자의 금품 일시보관) 목적으로 A 개인계좌에 보관한 것이며, 이는 공동사업 무산 시 안전을 도모하기 위한 것일 뿐, 청구법인이 리베이트나 허위거래를 의도한 것이 아니다. 계약해지합의에 따라 A가 에스크로 목적으로 보관하던 금액은 2022.12.31. 대표이사 가지급금으로 회계처리하고 인정이자까지 포함하여 청구법인에 분할 변제하였으며, 2025.8.22. 모두 변제가 완료되었다. 또한, A가 취득한 부동산은 전세보증금을 받고 취득한 것으로 실 취득자금은 OOO원 정도의 개인재산 범위에 해당한다.(4) 이 건은 청구법인의 대표인 A가 1인 사업체로 무인사진관 사업을 시작한 후 홀로 영업, 회계, 세무 등 전문영역까지 전담하며 생긴 실수로 세무조사에서 쟁점매입처들과의 거래가 가공거래라는 확인서를 작성한 것은 법적의미를 모르는 상태에서 청구법인의 대표자가 임의로 작성한 것이나, 세무조사에서 부과된 세금 또한 전부 완납하였고, A 가지급금으로 회계처리하였던 부분도 청구법인에 전부 변제하였으며, 현재는 그간의 주먹구구식 운영을 깊이 반성하고 회계, 세무 등 전담직원을 확충하고 수시로 전문가의 조언을 받고 있다.다만, 청구법인이 쟁점거래처와 실제로 거래를 한 것은 사실이고, 적어도 아무런 실질 없는 가공거래였던 것은 아니며, 영리목적이거나 어떠한 이득을 얻고자 매입세금계산서를 수취 및 취소한 것은 아니다.

이유 3쟁점거래처가 자료상이 아니라 실제 사업을 영위하는 법인인 점, 레이싱 시뮬레이션 기기, 교육훈련, 송도 투자유치 활동 등이 실재하였던 점, 청구인이 고심하여 3건의 계약서를 체결하고, 1건의 계약해지합의서를 체결한 점, 2022 사업연도분은 원상회복하였는데 이에 대하여 실제 계약을 정리하고자 하는 의사 외에 다른 부정한 의도가 없었던 점에 비추어, 청구법인이 실물 거래 없이 가공세금계산서를 수취하였다는 취지의 처분은 위법·부당하다.나. 처분청 의견(1) 청구법인이 쟁점매입처들로부터 실지 거래 없이 가공세금계산서를 수취하여 부가가치세, 법인세를 신고하였으므로, 가공매입액을 취소하여 청구법인에게 부가가치세, 법인세를 부과하고 청구법인 매입대금의 실제 귀속자인 A에 대한 소득금액변동통지는 적법하다.(가) 청구법인이 쟁점매입처들에 매입대금을 지급한 후 여러 번의 계좌이체를 통해 매입대금 송금 당일 또는 익일에 매입대금이 청구법인의 대표자 A의 개인계좌로 입금된바, 이는 가공거래를 숨기기 위한 전형적인 금융거래 패턴에 해당하고, 청구법인도 A에게 매입대금이 흘러갔다는 사실을 인정하였으며, A는 이렇게 전달받은 자금으로 부동산 투자를 하는 등 청구법인의 자금을 유용하였다.청구법인은 에스크로 목적으로 매입대금을 A에게 보관한 것이라고 주장하였으나, 에스크로는 이해관계 없는 금융기관 등 중립적 제3자에게 보관하는 것인데, 매입대금이 쟁점매입처들의 대표자 → 배우자 → 지인의 계좌를 거쳐 청구법인의 대표이사 개인계좌로 재입금된 것은 에스크로의 개념이 될 수 없고, 계약서에도 에스크로 관련 내용이 전혀 없어 청구주장은 이유 없다.(나) 쟁점매입처들 모두 이 건 가공거래로 인한 법인세·부가가치세를 체납하고 있으며, 쟁점매입처1은 매출의 대다수가 청구법인과의 거래이며 청구법인 외 타 거래처의 매출 실적 미미하므로 관련 체납액이 모두 이 건과 관계된 것바, 청구법인과 쟁점매입처들의 거래는 거래 형식만 맞추어 놓은 전형적인 가공세금계산서 수취 거래처에 해당한다.(다) 청구법인은 쟁점매입처2의 (故)F 이사에게 쟁점매입처들의 업무자료(IR자료)를 토대로 교육을 받았다고 주장하나, F은 2019.4.30. 쟁점매입처2를 퇴사하고 이사직에서도 사임하였음이 법인등기부 및 급여지급명세서로 확인되어 퇴사이후에도 쟁점매입처들 업무를 수행하였다는 주장은 신빙성 없으며, 월 OOO원의 교육훈련비가 정당한 대가라면 이에 상응하는 용역 내용·제공 횟수·장소를 구체적으로 입증하여야 하나 청구법인이 주장하는 교육에 대한 교육일지, 참석기록, 교육장소, 교육내용 등 어떠한 증빙자료도 제시하지 못하였다.(라) A는 세무조사에서 “㈜G는 2020∼2023사업연도 법인세 신고 시 쟁점매입처들로부터 실제 재화 또는 용역을 공급받지 않고 가공 매입세금계산서 113매, 공급가액 OOO원을 수취한 사실이 있으며, 쟁점매입처들에 이체된 금액은 대표 A에게 귀속되었음을 확인합니다”라고 2025.5.22. 자필서명하여 제출하였고, 2025.3.27.

이유 4각 세금계산서별 대금 지급 흐름을 제시하며 “실제 처음부터 가공세금계산서를 받기 위해서가 아니라 우선영업권 문제 때문에 돈을 지급하였다가 관리 차원에서 제가 보관하고 있었습니다”라고 진술하여 실물 거래가 없었음을 사실상 인정하였다.(마) 또한, 청구법인은 물품 수령·실물 확인 자료, 입고증, 검수 기록 등 일체 실물 거래가 있다는 증빙을 제시하지 못하였고, 청구법인이 매입물품을 화재로 소실하였다고 주장하는 장소(경기 파주 OOO)는 H 소유 건물로 F이 쟁점매입처2를 퇴사한 후 임차하여 ‘I’라는 시뮬레이터·가상현실기기 제조업체를 운영하던 곳으로, 쟁점매입처들과 관련이 없고, 화재로 소실된 OOO가 청구법인이 쟁점매입처들로부터 매입한 재화인지 확인도 불가능하며, 청구법인의 재무제표상 쟁점물품을 재고자산으로 계상한 사실이 없고, 전부 매출원가 또는 판매관리비로 계상하여 향후 사업 아이템으로 구입한 것이라면 자산화하여야 함에도 전액 비용처리 되었다.(2) 2022년 투자유치 용역 관련 세금계산서 전액을 취소한 이유에 대해 A는 심문조서에서 “E씨랑 그간의 사이가 안 좋아져서 홧김에 E씨가 마이너스 세금계산서를 발행하였음”이라 진술하였으나, 쟁점매입처들은 청구법인으로부터 부가가치세를 포함한 매입대금을 수령하고 부가가치세 상당액을 제외한 공급가액 전액을 청구법인에 돌려주고도 용역대가가 적어 취소했다는 주장은 타당성이 없다. 오히려 2022년에 발행한 세금계산서가 가공거래로서 허위로 발행하였기 때문에 전액을 돌려주어 취소한 것으로 보는 것이 합리적이다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 수취한 세금계산서를 실지거래 없이 수취한 가공세금계산서로 보아 과세 등을 한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 이 건 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) (쟁점매입처들 현황) 처분청이 제출한 쟁점매입처들의 현황은 ＜표3＞과 같으며, 쟁점매입처들 외 위 다른 거래처들에 대하여는 조사청의 세무조사 시 가공매입을 인정(2025.5.22. 대표자 A의 확인서)하였으며, 이 건 심판청구에서도 청구주장에서 제외되었다.＜표3＞ 쟁점매입처들 현황○○○쟁점매입처들의 홈페이지와 인터넷 검색 등에 의하면, 쟁점매입처2는 OOO를 공급하는 업체로 전국에 관련 기기를 납품하고 있으며, 쟁점매입처1은 현재 소재지가 경기도 성남시 OOO의 개인주택으로 되어 있으나, 쟁점매입처2의 영업 및 마케팅을 담당하는 것으로 보인다.(나) (청구법인과 쟁점매입처들의 거래내역) 청구법인은 쟁점매입처들로부터 ‘고급레이싱 기기, 시뮬레이터 교육’ 등의 명목으로 2020년∼2023년 매입세금계산서 OOO원 및 수정세금계산서 OOO원을 수취하고 2020년 OOO원, 2021년 OOO원 합계 OOO원을 매출원가 및 판매관리비로 계상하였다. 청구법인의 매입세금계산서 수취현황과 청구법인이 쟁점매입처들로부터 매입한 내역을 장부에 계상한 내역은 ＜표5＞와 같다. 이에 의하면, 해당 매입 거래를 비용으로 계상하였으며, 별도의 재고자산 등 계상내역은 없는 것으로 확인된다.해당 수정세금계산서에 대해 청구법인은 쟁점매입처들의 대표자인 E이 시뮬레이션 기기와 교육훈련의 대가가 적은 것에 대한 불만의 표시로 취소한 것이라고 주장하였으며, 세무조사 시 작성한 청구법인의 심문조서에도 같은 주장을 한 것이 확인된다. 다만, 이 건 심판청구에서는 2022.12.26.

이유 5쟁점매입처들과의 계약해지합의에 따라 2022년도에 거래된 금액을 원 상태로 회복하기 위하여 수정세금계산서를 발행한 것이며, 쟁점매입처들의 자금사정으로 수정세금계산서를 발행하더라도 대금은 회수하기 어려운 점을 반영하여 추후 사업이 재개되는 경우 우선협상권을 보유하는 조건이 있었다고 주장하였다.＜표4＞ 청구법인의 매입세금계산서 수취현황○○○＜계약해지합의서 주요 내용＞○○○(다) (매입대금의 자금흐름분석) 청구법인이 쟁점매입처들에 지급한 매입대금의 흐름을 처분청이 추적한 자료에 의하면 쟁점매입처들에 99차례에 걸쳐 지급한 매입대금 OOO원 중 부가가치세를 제외한 대부분의 금액인 OOO원이 최종적으로 청구법인의 대표자인 A의 개인계좌로 입금된 사실이 확인된다. 또한, 처분청이 주장하는 A의 부동산 취득내역은 ＜표5＞와 같다. 이에 대해 청구법인은 A가 에스크로 목적으로 매입대금을 보관한 것이며, 부동산은 전세보증금을 수취하고 구입하여 개인 자산으로 충분히 실 취득자금(OOO원)을 마련할 수 있었다고 주장하였다.＜표5＞ A의 부동산(서울특별시 용산구 OOO) 취득내역○○○(라) (매입 물품의 실질) 청구법인은 화재사실을 주장하기 위하여 화재증명원을 제출하였고, 이에 의하면 소실된 동산(動産) 중 시뮬레이션기기가 확인된다. 다만, 처분청은 화재장소가 청구법인과 관련없는 장소이며, 청구법인이 매입했다고 주장하는 물품의 구입증빙 및 소실 여부는 확인되지 않는다는 의견이다. 해당 장소는 F이 시뮬레이터 및 가상현실기기 제조업체를 운영하던 곳으로 확인된다.(마) (교육훈련 실질) 청구법인은 쟁점매입처2와 교육훈련 계약을 맺고 F에게 교육을 받았으며, 월 1억원의 교육비를 지급하였다고 주장하는바, 이에 대한 증빙은 다음 계약서와 같다. 이에 대해 처분청은 F이 쟁점매입처2를 퇴사한 것은 2019.4.30.이므로 F에게 교육을 받았다는 주장을 반박하고 있으며, 어떤 내용의 교육을 하였는지에 대한 추가 자료가 없어 신뢰할 수 없다는 의견이다.＜교육훈련 계약서 발췌＞○○○다만, 청구법인은 조사청의 세무조사 시 제출한 다음의 납세자 의견서에서 청구법인이 ‘레이싱 물품이나 교육훈련이 당장 필요하지 않았다’라고 진술하였다.(바) 청구법인에 대한 세무조사 시 청구법인의 대표자가 제출한 확인서에 의하면 청구법인과 쟁점매입처들과의 거래는 가공거래이고 매입대금은 대표자 A에게 귀속되었다는 확인서를 제출하였다.

이유 6다만, 청구법인은 해당 확인서가 법적 의미를 모르는 상태에서 대표자가 작성한 것이라고 주장하였다.(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입처들과의 거래는 적법한 거래로 처분청의 과세처분 등은 위법·부당하다고 주장하나, 이 건 사실관계를 보면, 청구법인이 매입을 주장하는 레이싱 물품이나 월 OOO원의 교육훈련에 대한 증빙은 부족해 보이고, 청구법인이 쟁점매입처들에게 지급한 매입대금이 여러 단계를 거쳐 대표자 A의 개인계좌로 반환된 사실이 확인되며, 이에 대한 청구법인의 제3자 물품보관(에스크로) 목적이라는 주장에 대해서도 청구법인을 100% 소유한 A가 제3자에 해당한다고 보기 어렵고, A에게 송금되기 전 쟁점매입처들과 관련 없는 A 어머니 등의 계좌를 통해 거래한 사실이 확인되는 점, 쟁점매입처들은 이 건 관련된 부가가치세를 체납하고 있으며, 쟁점매입처1은 매출의 대다수가 청구법인과의 거래인 점, 청구법인이 이 건 매입을 청구법인의 매출에 활용한 사실이 확인되지 않는 점, 청구법인의 대표자 A가 세무조사 과정에서 쟁점매입처들과의 거래가 가공거래임을 인정한 점, 청구법인에 대한 수정세금계산서를 발급한 이유에 대하여 쟁점매입처들의 대표자인 E이 이 건 거래 대가에 대한 불만으로 홧김에 수정세금계산서를 발급하였다고 세무조사 시 진술한 사실이 확인되는 점 등에 비추어, 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 국세기본법제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위, 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. (2) 부가가치세법제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3. 공급가액과 부가가치세액4. 작성 연월일5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.1.