재조사 결정 이후 처분청이 당초 처분을 그대로 유지한 것이 재조사 결정의 기속력에 위배되는지 여부

요지재조사 결정에 따른 추가 조사 없이 동일한 사실관계 하에서 당초 처분을 유지하는 것은 「국세기본법 65조 제6항에서 규정한 당초의 처분을 취소·경정하지 아니할 수 있는 사유에 해당하지 않아 기속력에 반하는 위법한 처분에 해

주문서산세무서장이 2021.3.18. 청구인에게 한 2019년 제2기 부가가치세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구인은 2004.12.13. 공동사업자인 A(청구인과 합하여 “청구인 등”이라 한다)와 충청남도 서산시 OOO를 사업장으로 하고, 상호를 ‘B’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)으로 하여 부동산 임대업 및 건물신축판매업을 개업하였다(청구인 지분 49%, A 지분 51%).나. 청구인 등은 2019.7.17. 쟁점사업장의 상가건물(1층~4층, 전체 71개 호실, 12호실 분양 후 잔여 59호실) 중 42개 호실(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 영화관 운영업/부동산 임대업을 영위하는 주식회사 C(이하 “C”라 한다)에게 매매가액 OOO원[건물 OOO원(부가가치세 포함), 토지 OOO원]에 양도(이하 “쟁점매매계약”이라 하고, 그 계약서를 “쟁점매매계약서”라 한다)하였다.다. 청구인 등은 2020.1.19. 납부할 세액을 OOO원으로 하여 2019년 제2기 부가가치세를 확정신고하였고, 처분청은 청구인 등이 2019년 제2기 확정신고분 부가가치세를 납부하지 아니하자, 2020년 3월 가산세를 포함하여 2019년 제2기 부가가치세 OOO원을 무납부고지하였다.라. 한편 청구인은 2020.11.4. 쟁점부동산의 매매가 사업의 포괄양수도에 해당함에도 공동사업자인 A가 청구인 몰래 OOO원을 공급가액으로 하여 매출세금계산서를 발급함과 동시에 2019년 제2기 부가가치세 확정신고도 하였다고 주장하며 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 이에 대하여 대전지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점부동산의 양도는 사업의 포괄양수도에 해당하지 않는다고 보아 2021.3.18. 경정청구 거부통지를 하였다.마. 이에 청구인은 2022.12.27. 심판청구(조심 OOO 2023.12.23.)를 제기하였으며, 우리 원은 청구인이 3년여간 임대업을 영위하여 양수인인 C와 업종의 동일성이 유지되는 점 등을 이유로 쟁점부동산의 양도가 사업의 포괄양도에 해당하지 않는다고 단정하기 어렵다고 판단하면서,다만, 쟁점부동산 관련 모든 권리·의무 및 임차인의 승계여부가 구체적으로 확인되지 않아 그 사실여부가 불분명하(조심 OOO, 2023.12.23.)므로 이를 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하라고 결정하였으나, 조사청은 2024.2.20. 청구인에게 당초 처분을 유지한다는 처분결과통지를 하였다.＜표1＞ 조심 OOO(2023.12.23.) 결정 주문 및 이유○○○바. 청구인은 이에 불복하여 2024.4.2. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 처분청의 당초 처분 유지 결정은 조세심판원의 재조사 결정의 기속력에 반하는 것으로 위법하다.(가) 청구주장에 앞서 쟁점부동산의 양도, 당초 처분 및 처분 유지 결정의 경과는 아래와 같다.1) 청구인 등은 2015년 8월경 쟁점부동산을 신축한 후 공동사업을 위하여 차입한 채무에 비하여 쟁점부동산의 분양이 부진하고 영화관 이외의 임대수익도 크지 않아 공동사업을 양도하고자 하였고, 2018.8.28. D와 C에게 공동사업을 양도하기 위하여 ‘B 이행계약’(이하 “쟁점이행계약”이라 한다)을 체결하였으나, 공동사업 양도대가로 청구인이 당초 받기로 한 OOO원 중 OOO원만 지급 받은 상태에서 쟁점이행계약이 제대로 이행되지 아니하였다.2) 이에 청구인 등은 2019.7.17. 쟁점사업장 중 근린생활시설 17세대를 제외한 쟁점부동산을 먼저 C에게 양도하기로 하고, C가 쟁점부동산의 금융사상환금, 채무상환금, 임대차보증금 등 채무 전부를 모두 인수하기로 하는 쟁점매매계약을 체결하였다.

이유 2쟁점매매계약의 매매대금은 토지 OOO원과 건물가격 OOO원을 합한 OOO원으로 하였다.3) 청구인 등은 쟁점매매계약과 같은 날 매매계약에 우선하는 특약(이하 “쟁점특약”이라 한다)을 체결하였고, 쟁점특약에는 체납 건강보험료를 포함하여 쟁점매매계약 및 쟁점특약에 표기되지 않은 B타운 사업과 관련된 채무가 발생할 경우 해당 채무를 C와 A, D가 모두 인수하는 내용이 담겨있다.4) 청구인은 2020.11.4. 쟁점매매계약은 단순 부동산 매매계약이 아닌 쟁점특약 등에 따라 부동산 임대업의 포괄양도에 해당하여 부가가치세 과세대상이 아니라고 보아 경정청구를 하였으나, 조사청이 2021.3.18. 이를 거부함에 따라 청구인은 2022.12.27. 심판청구를 제기하였다.5) 이에 조세심판원은 2023.12.26. 쟁점부동산의 권리·의무 및 임차인을 승계하였는지 여부 등 사업의 양도에 해당하는지 여부를 재조사하라는 결정을 하였으나, 처분청이 2024.2.19. 당초 처분을 유지하는 결정을 함에 따라 청구인은 다시 심판청구를 하게 되었다.(나) 조세심판원의 재조사 결정에 대한 「국세기본법」상 규정 및 대법원 판결과 조세심판원의 결정은 아래와 같다.1) 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호 단서에 따르면 재조사 결정은 조세심판원 결정의 한 유형으로, ‘취소·경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다’라고 규정되어 있다.2) 대법원은 이러한 재조사 결정에 대하여 ‘재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사 결정을 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형 결정에 해당하므로(대법원 2010.6.25. 선고 2007두12514판결), 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있다고 보아야 한다. 따라서 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건 사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다고 할 것이다’라고 판시(대법원 2017.5.11. 선고 2015두37549 판결)한 바 있다.3) 이외에도 처분청이 원고가 판매원들에게 물품을 판매한 것은 모두 재화를 실제로 공급한 것이라고 주장한 건과 관련하여 조세심판원이 원고의 판매원들에 대한 물품판매 또는 물품 구입 전부가 재화의 공급에 해당하지는 않는다는 전제에서 실질적으로 원고의 청구를 일부 또는 전부 인용하는 취지로 재조사 결정을 하였음에도 처분청이 여전히 원고의 물품 구입 및 물품 판매 전부가 실질적인 재화의 공급에 해당한다는 전제에서 당초 세액을 그대로 유지한 것은 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단에 반하는 것으로 재조사 결정의 기속력에 어긋나므로 당초 처분을 취소한다고 판결(대법원 2023.8.18.

이유 3선고 OOO 판결)하는 등 재조사 결정의 기속력을 인정하여 당초 처분을 유지한 결정을 취소한 바 있다.4) 조세심판원 또한 상기 대법원 판결 취지 등에 따라 ‘향후 2년간 가입자 수수료 예상금액’을 확정된 외상매출금으로 보아 외상매출금에 포함하여 순자산가액에 반영하여 증여세를 과세한 건과 관련하여 쟁점외상매출금을 실제 외상매출금이 아닌 앞으로 발생할 수입금액을 미리 예상하여 계상한 금액이라 보고 과다 계상된 외상매출금에 대하여 재조사하도록 하였음에도, 처분청이 재조사 결정의 취지와 달리 당초 처분을 그대로 유지한 사안에 대하여 재조사 결정의 기속력에 저촉된다고 보아 당초 처분을 취소하는 결정(조심 2022인6423, 2023.1.4.)을 한 바 있다.(다) 위와 같은 법리와 판례 등에 비추어 이 건을 살펴보면, 재조사 결정의 주문에서 쟁점부동산의 권리·의무 및 임차인을 승계하였는지 여부 등을 재조사하라고 결정하였으나, 처분청은 근거도 구체적으로 기재하지 않고 당초 처분 유지 결정을 하였는바 이는 조세심판원의 재조사 결정 사항을 조사하지 아니하고 처분을 한 것이므로 재조사 결정의 기속력에 반하는 것이다.특히 재조사 결정의 판단을 살펴보면, ‘① 양수인인 C와 임차인간 임대차계약서상 C가 임대차계약을 모두 승계하는 것으로 기재되어 있는 것으로 보아 처분청의 양수인에 대한 부가가치세 환급 검토 당시 “임차권 등 소유권의 완전한 행사를 제한하는 권리가 설정되어 있을 때에는 이를 소멸시켜 완전한 소유권으로 이전하는 조건으로 계약이 체결되었다”는 내용과 일치하지 않고, ② 양수인이 부동산 임대업을 포괄양수하면서 건물 일부를 자기가 사용하는 것은 부동산 임대업의 포괄양도를 판단하는데 영향을 미칠 수 없는 점, ③ 쟁점특약상 D, C, F, A가 공동사업과 관련한 채무를 모두 C 등이 부담하는 것으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 양도가 「부가가치세법」 제10조 제9항 제2호의 사업의 포괄양도가 아니라고 단정하기 어렵다고 판단된다’고 기재되어 있어 조세심판원이 이미 쟁점부동산의 양도가 사업의 포괄양도가 아니라고 볼 수 없다는 취지로 판단하였음에도 불구하고 처분청은 당초 처분을 유지한 것이므로 이는 명백하게 재조사 결정의 기속력에 어긋난다 할 것이다.(2) 청구인이 제출한 증빙자료에 의하여 쟁점부동산과 관련한 모든 권리·의무 및 임차인을 C가 승계한 사실이 확인되므로 쟁점부동산의 양도는 사업의 포괄적 양도에 해당한다.(가) 조세심판원은 재조사 결정에서 “사업의 포괄적 양도·양수에 해당되는지 여부를 판단함에 있어서는 사업의 양도·양수에 관한 실질적인 요건에 의하여 판단하며, 양수인이 사업의 종류를 추가하거나 변경하였다고 하여 사업의 포괄양도·양수가 아니라고 할 수는 없다고 할 것이고, 해당 사업과 직접 관련이 없거나 사업의 동일성을 상실하지 아니하는 범위 내에서의 일부 권리 또는 의무를 제외하였어도 사업의 포괄적인 양도에 해당된다고 할 것이다”라고 설시하였다.(나) 쟁점매매계약서와 양수인인 C와 임차인간 체결한 임대차계약서 및 처분청이 C에 대한 환급검토와 관련하여 제출한 임대차승계확인서에 따르면, 부동산임대업과 관련한 임대인으로서의 권리를 모두 양수인인 C에 승계되었음이 확인되고, 쟁점매매계약서와 쟁점특약에 의하면, 부동산임대업으로 인하여 발생한 채무인 임대차보증금반환채무뿐만 아니라, 금융사상환금, 건강보험료, 각종 공과금 등도 모두 양수인이 부담하기로 하였음을 충분히 확인할 수 있으므로 쟁점부동산의 양도는 사업의 포괄양도에 해당한다.(다) 거래당사자가 날인한 매매계약서, 임대차계약서, 특약사항은 모두 처분문서로 원칙적으로 그 성립의 진정함이 인정되는 이상 그 기재된

이유 4문언대로 의사표시의 존재와 내용을 인정하여야 하므로(대법원 2021.4.29. 선고 2021다202309 판결 참조), 위와 같은 문서에 따라 C가 임대업에 관한 권리·의무를 양수하였다고 봄이 타당하며, 실제 청구인이 제출한 2023년도 쟁점 부동산 임대업 현황 사진도 2018.8.28. 기준 임차인과 유사하게 확인되므로 결국 쟁점매매계약과 쟁점특약에 따라 청구인이 부동산임대업을 포괄 양도한 것으로 봄이 타당하므로 당초 처분은 취소되어야 할 것이다.(3) 처분청의 답변에 대한 추가 항변은 아래와 같다.(가) 처분청은 자신들이 재조사하여 확인한 사실관계가 청구인 주장과 다르다고 주장하나, 처분청이 답변서에서 당초 처분 유지의 근거로 주장한 것은 이미 처분청이 선행사건(조심 OOO, 2023.12.26.)에서 동일하게 주장하여 조세심판원에서 판단한 사항으로 처분청이 재조사하여 확인한 사실관계도 아니며 해당 사실에 기초하여 한 주장에 대하여는 이미 모두 인정받지 못한 바 있다.(나) 처분청이 이 건의 답변서에서 한 주장이 이미 선행사건에서 모두 제시한 사실에 기반한 것이라는 점과 쟁점부동산과 관련한 모든 권리·의무 및 임차인의 승계 여부에 대한 구체적인 확인이 이루어지지 않아 그 사실 여부를 재조사할 것을 명하였음에도 처분청 답변서 어디에도 해당 부분을 확인하였는지 나타나지 않는다는 점 등을 감안할 때 처분청의 당초 처분 유지 결정은 기속력을 위반한 것이다.나. 처분청 의견(1) 재조사 결정에 따라 처분청이 당초 처분을 유지하는 결정을 한 것은 법령에 근거한 적법한 처분이다.「국세기본법」제65조 제6항은 청구의 대상이 된 당초 처분을 취소·경정하지 않을 수 있다고 규정하고 있고, 이는 2022.12.31. 신설된 법령으로 청구인이 주장하는 심판례(조심 2022인6423, 2023.1.4.) 등은 위 법령 이전 재조사 완료 건에 한하여 적용되는 것이므로 이 건에는 적용되지 않는다.(2) 청구인은 부동산매매업자에 해당하고 부동산매매업자가 일시적으로 임대하던 부동산을 양도한 경우에는 사업의 포괄양도로 볼 수 없다.(가) 청구인 등은 신축건물의 분양 호실에 대하여 2015년 토지 등 매매차익 예정신고를 한 사실이 있고, 부동산임대업 외에 사업소득으로 종합소득세 신고도 하였으며 쟁점부동산을 재고자산(완성건물)으로 관리하다 2019년 종합소득세 신고 시 부동산임대업 외의 사업소득으로 종합소득세를 신고하면서 재고자산(상품, 완성건물)이 감소한 것으로 처리하였다. 이는 청구인 등이 쟁점부동산을 계속하여 부동산매매업의 재고자산으로 인식하고 관리하였다는 방증이고 신고된 소득 또한 부동산임대소득 외의 사업소득이므로 청구주장을 받아들일 수 없다.(나) 사업 활동으로 반복하여 부동산매매를 계속하는 이상 부동산을 보유하는 기간 동안 임대업자로서 사업자등록을 마치고 그 부동산에 관하여 임대업을 하면서 그에 관한 부가가치세를 납부하였다고 하여 부동산매매업자로서의 사업성에 영향을 미친다고 보기 어려운 것(대법원 1997.10.24.

이유 5선고 97누10192 판결)인 바, 쟁점사업장은 사업계획서상 그 목적사업을 분양·임대로 명확히 하고 있으며 사업자등록의 업종도 분양·임대로 등록하였고, 부동산의 양도와 관련하여 재고자산의 감소와 사업소득으로 인식하여 세금신고를 하는 등 쟁점부동산의 양도가 부동산매매업의 재고자산 판매라는 것은 의심할 여지가 없다.(다) 건물신축판매 사업자의 판매되지 아니한 호실에 대한 일시적 임대는 일반적인 것으로 상가 일부 미분양 시 임차인이 없는 빈 상가의 경우 매수인을 찾기가 더욱 어렵고 양도 시까지 임대라도 하여 수익을 내고자 일시적 임대를 하고 있는바, 청구인은 매매가 이루어지지 않은 일부 호실을 3년여 임대하였으나 부동산매매 사업자의 미분양 등에 따른 3~4년 이상의 임대도 일시적 임대로 보는 것이며, 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도로 볼 수 없다.(라) 또한 청구인은 쟁점사업장 중 일부를 경정청구일 현재 보유 중이고 일부만 양도한 것으로 나타나며, 양수인은 쟁점부동산 매입 당시부터 본인의 키즈카페(401호~408호)를 운영할 목적으로 인테리어 공사를 진행한 것으로 보여 양도자의 사업을 승계한 것으로 볼 수 없다.(마) 청구인은 사업자등록 이후 현재까지 부동산 임대 및 건물신축판매업을 영위하고 있고, 양수인인 C는 서비스/영화배급업으로 사업자등록을 한 후 2019.8.26. 부동산임대업을 추가하였을 뿐이므로 청구인의 건물신축판매 사업을 양수인이 승계하였다고 보기 어려우므로 양도인과 양수인간 사업의 동일성이 유지된 것으로 볼 수 없다.(바) 양수인인 C에 대한 부가가치세 매입세액공제에 대하여 재검토한 결과 정상환급 결정은 적정한 것으로 확인된다. 양수인의 쟁점부동산 매입의 주목적은 임대사업이 아닌 키즈카페 사업을 추가한 관련 서비스업 운영인 것으로 나타나고, 이와 관련한 세금계산서를 수취 후 부가가치세 환급 신고를 한 것으로 확인된다. 쟁점매매계약서를 보면 부가가치세를 포함하는 것으로 표기되어 있고 청구인이 주장하는 사업의 포괄양도에 대한 양수인의 의사표시는 어디에서도 확인되지 않는다.(사) 조세심판원의 재조사 결정문은 다음과 같이 일부 사실관계 등을 오해한 것으로 보인다. ⅰ) 양도자의 사업을 승계한 이후 양수자가 업종을 변경하거나 추가한 경우 사업의 양도에 해당하나, 양수인이 양수시점에 키즈카페 사업을 실시하여 양도자의 사업을 승계받은 것으로 볼 수 없고, ⅱ) 양수인에 대한 환급결정은 처분청이 관련된 모든 사안에 대하여 검토 후 정상적으로 환급한 것이며, ⅲ) 키즈카페 운영여부를 포괄양도 여부와 무관하다고 보았으나 처음부터 양수인이 키즈카페를 운영할 목적이었으므로 사업의 승계에 해당하지 않고, ⅳ) 청구인이 3년간 임대업을 영위하였다고는 하나 이는 건물신축 후 미분양시 일반적인 것으로 이를 근거로 임대사업자로 볼 수 없으며, ⅴ) 양수인이 부동산임대업을 유지하였으나 청구인이 영위한 건물신축판매업을 승계받은 사실이 없고, ⅵ) 양수인이 쟁점사업장과 관련한 추가 발생 채무에 대하여 법적 책임을 진다는 내용 또한 A가 청구인과 공동사업자의 위치에 있는 점을 감안할 때 포괄양도의 근거로 보기 어렵다.(3) 청구인의 추가 항변에서 당초 처분 유지 결정은 조세심판원 결정의 기속력에 반하는 것이라고 주장하나, 처분청은 재조사 결정에 따라 본 청구 건에 대하여 양수인에게 매입세액의 공제로 환급이 이루어진 것과 임차인 승계여부에 대한 확인 및 본 건에 대한 판단 가능한 주요사안 등을 재조사를 하였다.

이유 6재조사 결과를 살펴보면 핵심 내용인 매수법인 C의 매입세액공제와 관련하여 매매계약서 등을 재검토하여 적정 환급이라고 판단하였고, 청구인 등의 공동사업자간 분쟁으로 정상환급을 받지 못한다면 「부가가세법」의 근간을 흔드는 것으로 피해는 매수법인이 받게 되므로 당연히 불복할 것으로 예상되어 매수법인이 소송 등 불복에서 승소할 경우 다시 청구인에게 청구세액을 추징해야 하는 상황이 발생할 수도 있다. 또한 임차인 승계여부에 대하여도 매수법인이 키즈카페를 준비·운영한 사실 등을 확인하여 사업의 양도에 해당하지 않은 것으로 판단하였으며, 전체 주요사안을 재조사 결정에 따라 재검토하여 사업의 양도는 아닌 것으로 검토하였다.기속력과 관련한 법원과 조세심판원의 결정은 위에서 답변한 바와 같이 법 개정 이전의 사항으로 이 건은 해당되지 않는 것이다. 따라서 본 건에 대한 재조사 결과 청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 달라 당초처분을 유지할 필요가 있는 경우 등에 해당하여, 「국세기본법」 제65조 제6항 심사청구의 대상이 된 당초의 처분을 취소·경정하지 아니할 수 있다는 법령에 따라 당초 처분을 유지한 것이다.3. 심리 및 판단가. 쟁점① 처분청이 재조사 결정에 따른 재조사를 실시하지 아니하고 당초 처분을 유지하는 결정을 하여 기속력에 위반된다는 청구주장의 당부② 쟁점부동산의 양도가 사업의 포괄적 양도에 해당하는지 여부나. 관련 법령(1) 국세기본법 제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.⑥ 처분청은 제1항 제3호 단서 및 제5항 전단에도 불구하고 재조사 결과 심사청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 다른 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 해당 심사청구의 대상이 된 당초의 처분을 취소ㆍ경정하지 아니할 수 있다.(2) 국세기본법 시행령 제52조의3(재조사 결과에 따른 처분의 통지 등) ① 처분청은 법 제65조 제5항(법 제66조 제6항, 제80조의2 및 제81조의15 제6항에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 재조사 결과에 따라 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정을 하거나 필요한 처분을 하였을 때에는 그 처분결과를, 법 제65조 제6항에 따라 당초의 처분을 취소ㆍ경정하지 않았을 때에는 그 사실을 지체 없이 서면으로 심사청구인(법 제66조 제6항, 제80조의2 및 제81조의15 제6항에서 준용하는 경우에는 이의신청인, 심판청구인 또는 과세전적부심사 청구인을 말한다)에게 통지하여야 한다.② 법 제65조 제6항(법 제66조 제6항, 제80조의2 및 제81조의15 제6항에서 준용하는 경우를 포함한다)에서 “심사청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 다른 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.1. 심사청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 달라 당초의 처분을 유지할 필요가 있는 경우2.