쟁점계산서를 가공계산서로 보아 청구인의 소득을 추계경정하여 종합소득세를 부과한 처분의 당부

요지청구인이 공사를 진행할 당시 대주들도 주택신축공사를 진행하며 쟁점거래처로부터 공급대가 기준 42억원에 달하는 세금계산서 및 계산서 등을 수취한 것으로 확인되어, 청구인이 제시한 대주들의 입금내역을 청구인의 공사대금을 대납한 것으로 단정하기 어려운바, 청구주장은 받아들이기 어려움

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구인은 2016.5.20. 개업하여 OOO에서 주택신축판매업(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 영위하고 있는 개인사업자로, 2016년부터 2018년까지 주식회사 A(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 공급가액 OOO원의 매입계산서(이하 “쟁점계산서”라 한다)를 수취하였고, 2021년 귀속 종합소득세 신고 시 손익계산서상 공사원가로 OOO원을 반영하였다.나. 처분청은 2025.3.11.부터 2025.5.20.까지 청구인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점계산서는 가공계산서에 해당하고, 주요 경비 등 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하여 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없으므로 추계결정하는 것이 타당하다고 보아, 2025.8.6. 청구인에게 종합소득세 2016년 귀속분 OOO원, 2017년 귀속분 OOO원, 2018년 귀속분 OOO원, 2021년 귀속분 OOO원 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.10. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인이 제출한 대금지급내역과 증빙내용을 인정하지 않고 쟁점계산서를 가공계산서로 보아 추계의 방법으로 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다.(가) 청구인은 2016.5.10. 쟁점거래처와 OOO원에 경기도 파주시 OOO 다세대주택 신축공사 계약을 체결하였고, 이후 재료비 등의 변동으로 2016.12.1. OOO원으로 공사금액을 변경하였으며, 이후 실제 다세대주택 신축공사가 이루어졌다.청구인이 제출한 금융증빙에 따르면, B(청구인의 자매), C(B의 자녀), D(B의 자녀), E(B의 배우자)(이하 “OOO들”이라 한다)은 쟁점거래처에 공사대금을 대납하였고, 청구인은 동 금액을 차입금으로 처리하였다가 이후 OOO들에게 상환하였으며, 쟁점사업장과 쟁점거래처의 장부(계정별원장)상 공사대금 지급내역이 계상되어 있다.그럼에도 처분청은 청구인이 제출한 대금지급내역과 증빙내용을 인정하지 않고 쟁점계산서를 가공계산서로 보고 추계의 방법으로 종합소득세를 부과하였으므로 이는 부당하다.(나) OOO들과 청구인이 쟁점거래처에 공사대금을 지급한 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 쟁점거래처 공사비 지급내역(다) OOO들의 공사대금 대납과 관련하여 청구인이 OOO별로 계상한 차입·상환 내용을 정리한 자료는 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ OOO별 차입·상환 내용(2) 처분청 답변에 대한 청구인의 항변내용은 다음과 같다.(가) 종합소득세 과세표준을 산정함에 있어서는 장부와 증빙자료에 의한 근거과세를 원칙으로 하고 추계결정의 경우에는 「소득세법 시행령」 제143조에 따라 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 한국표준산업분류에 따른 동종업종 사업자의 신고내용 등에 비추어 수입금액 및 주요 경비 등 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에만 예외적으로 적용되어야 한다.조세심판원의 선결정례(조심 2012중3288, 2012.12.28., 조심 2008중111, 2008.12.11.

이유 2외)에 비추어 보아도 추계결정은 장부의 허위기장률이 50% 이상인 경우에 적용되어야 하고, 그러한 경우라고 하더라도 장부와 증빙에 의한 근거과세를 원칙으로 하여야 한다.(나) 청구인의 2021년 귀속 손익계산서에 따르면, 매출원가율은 72%이고 매출총이익률은 28%이며, 영업이익률은 22%로 한국표준산업분류에 따른 동종업종 사업자의 신고내용 등에 비추어 이익률이 낮은 수준이 아니다.(다) 처분청은 공사도급계약서 내용이 미비하고 공사대금 증액사유가 분불명하다는 의견이나, 청구인은 쟁점거래처와 계약 당시 공사예정원가와 분양예상금액의 변경으로 인해 공사대금을 증액하게 되었고, 그럼에도 2021년 영업이익률은 동종업계 평균보다 높으며, 직원이 착오로 사업 경험이 많은 청구인의 형부 E의 주소를 계약서상 표기하였으나 이는 단순 착오로 인한 것이므로, 이를 근거로 장부나 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다고 볼 수 없다.(라) OOO들은 2016.11.19. OOO으로부터 OOO원을 대출받았고 그 대출금을 기초로 쟁점거래처에 공사대금을 대납하였으며, 청구인은 이를 차입금으로 처리하고 향후 분양대금으로 차입금을 상환하기로 하였는바, 공사대금을 OOO들이 쟁점거래처에 대납하였다 하여 쟁점사업장 공사원가의 실재성을 부정할 수는 없다.(마) OOO들은 OOO으로부터 차입한 금액을 청구인에게 바로 송금할 수는 없어서 쟁점거래처가 공사대금을 실제 지출하면 그에 상응하는 금액을 OOO들이 쟁점거래처에 지급하였고, 여러 번에 나누어 자금거래가 이루어졌으므로 관련 대납금을 지출한 일정시점에 맞추어 금전소비대차계약서를 작성한 것이며, 청구인이 분양대금을 수령하면 차입금을 상환하는 약정이어서 계약상 OOO들의 위험부담은 없었다.청구인은 오래전에 발생한 금융거래내역과 계산서 수수내역 등을 대사하면서 소명내용을 작성하여 일부 착오가 있을 수도 있고, OOO들이 쟁점거래처에 대금을 송금할 때 다른 경비가 포함되어 있는 경우도 있어, 소명내용과 실제 입출금거래내역상 미미한 금액의 차이가 있는 것으로 나타나나, 설령 이러한 차이를 인정하더라도 차이금액은 전체 공사대금의 6% 정도(공사금액 OOO원 대비 아래 ＜표3＞의 차이금액 OOO원)로 중요성이 낮다고 보여지고, 6% 차이금액을 근거로 장부나 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다고 볼 수는 없다.(바) 처분청은 청구인이 종합소득세 신고 시 제출한 재무제표상 차입금 계상내역과 청구인이 주장하는 OOO들로부터의 차입내역이 일치하지 않는다는 의견이나, 당시 쟁점사업장을 기장하는 세무대리인이 차입금에 대해서 명확하게 정리하지 못한 부분이 있는 것으로 보이고, 개인사업자의 경우 종합소득세 과세표준을 산출하기 위한 손익계산서의 작성이 재무상태표보다 실무적으로 더 중요하다.청구인은 이 건 세무조사 과정에서 수입금액에 대한 증빙을 제출하여 누락이 없었음을 인정받았고, 공사원가를 제외한 기타 비용에 대한 지출내역도 모두 제출하여 처분청으로부터 인정받았으나, 처분청은 공사원가의 실제 발생내역에 대하여 문제를 제기하면서 공사대금의 6% 정도의 차이를 문제삼고 있으나, 이는 추계결정할 사유에 해당하지 않는다.(사) 처분청은 당시 세무대리인이 성실신고확인서를 제출하지 아니하여 신고내용에 혐의가 있다는 의견이나, 청구인은 다세대주택을 분양한 후 추가 공사원가 등을 지급하지 못하여 쟁송이 진행되는 상황에 처해 있었고, 당시 기장하는 세무대리인에게 성실신고 관련 수수료를 지급할 형편이 되지 않아 가산세를 부담하게 되었다.(아) 쟁점거래처가 사실상 청구인 등의 가족회사이고 특수관계자간 거래에 해당하더라도 종합소득세 산정

이유 3시 수입금액과 필요경비는 근거과세원칙에 따라 장부와 증빙에 의하여 결정하여야 하고, 쟁점거래처가 가족회사에 해당하거나 특수관계자간 거래라는 점은 종합소득세의 추계결정과는 아무런 관련이 없는 의견에 해당한다.나. 처분청 의견(1) 쟁점계산서는 사실과 다른 계산서에 해당하므로 가산세 부과대상에 해당하고, 쟁점사업장의 공사원가 등 주요 경비의 중요한 부분이 미비 또는 허위에 해당하므로 2021년 귀속 소득금액을 추계의 방법으로 산정하여 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다.(가) 청구인이 2016.12.1. 쟁점거래처와 작성하였다고 제출한 공사도급변경계약서상 도급인 서명란에 실제 청구인의 주소지와는 전혀 상관없는 서울 소재 아파트(OOO)가 주소지로 기재되어 있고, 수급인 서명란에 쟁점거래처의 상호(주식회사 A)도 기재되어 있지 않으며, 도급금액이 당초 OOO원에서 OOO원으로 변경되어 공사금액이 63% 증가하였으나 이에 대한 정확한 사유가 확인되지 않는 등 계약내용이 너무 부실하다.(나) 청구인은 공사대금 OOO원 중 OOO원만을 직접 지급하였고, OOO원은 청구인이 주장하는 OOO들이 쟁점거래처에 직접 지급하였다고 주장하나, 통상적으로 채무자가 채권자에게 돈을 빌려 채무자 명의로 송금하는 것이 사회통념 및 일반상식에 부합하므로 OOO들 명의로 송금하였다는 것은 이해하기 어려운 주장이다.(다) 청구인은 OOO들과의 금전소비대차계약서 4건을 제출하였으나, OOO들과의 계약내용상 OOO원에 달하는 금액을 평균 5년의 장기간에 걸쳐 차입하면서 모두 무이자 조건으로 하였고, 장기간에 걸쳐 수차례에 나누어 거래하고도 차입시마다 계약서를 작성하지 않고, 마지막 거래일을 작성일자로 하여 앞선 차입거래를 모두 포함한 하나의 계약서를 작성하였다.이와 같이 청구인과 OOO들과의 자금거래 내용은 일반적이지 않고 계약내용상 OOO들이 과도하게 위험부담을 하게 되는 등 특이한 거래형태이므로, OOO들에게 자금을 차입하여 쟁점거래처에 공사대금을 지급하였다는 청구주장을 신뢰할 수 없다.(라) 청구인이 제출한 OOO들이 쟁점거래처에 공사대금을 송금한 내역과 청구인이 OOO들에게 차입금을 상환한 내역 가운데 아래 ＜표3＞과 같이 실제 계좌거래내역과 청구인이 기재한 내용이 일치하지 않는 금액이 존재한다.＜표3＞ 계좌거래내역상 확인금액과 청구인 기재금액상 차이내역또한 청구인은 OOO D과 E에게 차입금을 현금으로 상환하였다고 주장하나, 채권자의 현금수령증 등 객관적인 증빙이 없고, 2022.5.17., 2022.7.4.

이유 4청구인이 E에게 상환하였다는 OOO원은 E이 청구인에게 계좌입금한 금액을 현금출금한 것으로 상환을 가장한 변칙거래에 해당한다.(마) 청구인이 종합소득세 신고 시 제출한 재무제표를 보면 청구인이 주장하는 공사대금의 운용내역이 제대로 반영되어 있지 않아 장부의 중요 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다.1) 청구인이 제출한 공사대금 차입·상환내역을 기초로 집계한 연도말 공사대금 채무액과 실제 장부상 반영된 연도말 차입금은 아래 ＜표4＞와 같이 현격한 차이가 존재한다.＜표4＞ 청구인이 제시한 채무액과 장부상 차입금 비교내역2) 청구인은 금전소비대차계약에 따라 공사대금을 조달하고 분양수입금 등으로 채무를 상환 중이며 미상환액이 계속 존재한다고 주장하나, OOO들에 대한 채무잔액이 장부에 반영되지 않는 등 쟁점거래처와의 거래 등과 관련하여 종합소득세 신고 시 제출된 장부와 그 밖의 증명서류에 허위나 미비 사항의 정도가 상당하다.(바) 청구인은 2018년 및 2021년 귀속 종합소득세 신고 시 성실신고확인서 제출대상임에도 미제출하고 가산세만을 자진신고하였는바, 스스로 공사원가 등 주요 경비의 중요한 부분이 미비하거나 허위임을 자인한 것으로 보이고, 세무대리인 입장에서 쟁점거래처와의 거래와 자금거래내역을 정상적인 것으로 인정하고 확인해 줄 수 없었기 때문으로 보인다.(사) 쟁점거래처의 주주는 청구인(37%), C(25%) 및 기타 주주로 친인척 관계인 청구인과 C의 주식을 합치면 과점주주에 해당하며, E은 쟁점거래처의 대표이사(2013년 2월～2015년 10월, 2017년 10월～2018년 4월)로 재직하였으므로 쟁점거래처는 사실상 청구인의 가족회사에 해당한다.또한 OOO들의 사업이력을 보면 쟁점사업장과 비슷한 기간에 인근 장소에서 모두 주택신축판매업을 영위하였고, 2016년～2018년 기간 동안 쟁점거래처로부터 아래 ＜표5＞와 같이 OOO원의 매입거래가 존재하는 것으로 확인된다.＜표5＞ OOO들의 사업이력 및 쟁점거래처로부터 매입내역(아) 위와 같이 쟁점거래처는 청구인과 특수관계에 있고 OOO들은 모두 청구인의 친인척이며, 쟁점거래처는 쟁점사업장과 같은 시기에 OOO들이 운영하는 공사현장에서도 공사용역을 제공한 것으로 나타나고, OOO들은 2016년～2018년 기간 동안 OOO원의 공사대금을 쟁점거래처에 지급해야 하므로, 이러한 상황에서 OOO들이 같은 기간에 청구인이 쟁점거래처에 지급해야 하는 공사대금 OOO원 중 OOO원을 무이자로 빌려주었다는 주장은 받아들이기 어렵다.더구나 청구인이 제출한 OOO들에 대한 자금 차입·상환내역상 청구인은 자금을 차입한 후 수년이 지나 변제를 시작한 것으로 주장하고, 차입일로부터 8년이 지난 현재까지 변제가 완료되지 아니하였다.상기 내용을 종합하면, OOO들은 위 ＜표4＞와 같이 건축 중인 주택들에 대한 쟁점거래처의 공사대금 OOO원을 각자 지급하였을 것이고, 청구인은 OOO들의 대금지급내역 중 OOO원을 별도로 구분하여 OOO들이 청구인의 공사대금을 대신 지급한 것처럼 주장하는 것으로 보인다.(2) 청구인은 쟁점사업장의 매출총이익률 및 영업이익률 등에 비추어 공사원가에 문제가 없다고 주장하나, 처분청은 청구인이 제시한 장부상 주요 경비 등 중요한 부분이 미비 또는 허위에 해당하여 추계결정한 것이다.처분청은 쟁점거래처로부터 수취한 공급가액 OOO원의 쟁점계산서가 가공계산서에 해당한다는 의견으로 이에 대한 합리적인 이유를 제시하였으나, 청구인은 OOO원 중 차입·상환 내용 소명시 청구인이 잘못 집계한 위 ＜표3＞의 차이금액 OOO원에 대하여만 증빙이 미비한 주요 경비인 것처럼 축소하여, 추계과세 대상에 해당하지 않는다고 주장하고 있으므로

이유 5, 이는 사실관계를 오인한 잘못된 주장에 해당한다.또한 종합소득세 신고 시 제출된 재무상태표가 부실하더라도 상대적으로 중요한 손익계산서에 오류가 없으면 장부상 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하지 않는다고 주장하나, 사업자의 자금 운용내역인 자산과 자금의 원천인 부채 및 자본을 나타내는 재무상태표 작성의 부실함을 청구인은 인정하였으며, 기업 경영활동의 성과가 재무구조에 반영되는 상호 밀접한 관계를 지닌 손익계산서와 재무상태표의 중요도 우위를 반영하여 추계과세 요건을 적용해야 한다는 청구주장은 이유 없다 할 것이다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점계산서를 가공계산서로 보고 장부상 주요 경비의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다고 보아 추계의 방법으로 소득금액을 계산하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령(1) 소득세법제70조의2(성실신고확인서 제출) ① 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정되어 수입금액이 업종별로 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업자(이하 “성실신고확인대상사업자”라 한다)는 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때에 같은 조 제4항 각 호의 서류에 더하여 제160조 및 제161조에 따라 비치ㆍ기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 사업소득금액의 적정성을 세무사 등 대통령령으로 정하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인하고 작성한 확인서(이하 “성실신고확인서”라 한다)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.제80조(결정과 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.제81조(가산세) ③ 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 구분에 따른 금액을 결정세액에 더한다. 다만, 제4항 또는 「부가가치세법」 제60조 제2항ㆍ제3항ㆍ제5항ㆍ제6항의 규정에 따라 가산세가 부과되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 : 공급가액의 100분의 2. 다만, 가목의 경우 제163조 제1항에 따라 전자계산서를 발급하여야 하는 자가 전자계산서 외의 계산서를 발급한 경우는 100분의 1로 한다.다. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 제163조 제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 발급받은 경우마. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 계산서를 발급받은 경우(2) 소득세법 시행령제143조(추계결정 및 경정) ①법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.1. 과세표준을 계산할 때 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 한국표준산업분류에 따른 동종업종 사업자의 신고내용 등에 비추어 수입금액 및 주요 경비 등 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우다.

이유 6사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실들이 나타난다.(가) 청구인은 2016.5.20. 개업하여 주택신축판매업을 영위하면서 아래 ＜표6＞과 같이 2016년부터 2018년까지 쟁점거래처로부터 쟁점계산서를 수취하였고, 2021년 귀속 종합소득세 신고 시 손익계산서상 공사원가로 OOO원을 반영하였다.＜표6＞ 쟁점계산서 수취내역(나) 처분청은 쟁점계산서가 가공계산서에 해당한다고 보아 2016년～2018년 귀속분 계산서불성실가산세 OOO원을 경정·고지하였고, 주요 경비 등 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하므로 2021년 귀속 종합소득세를 추계결정하는 것이 타당하다고 보아 2021년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.(다) 청구인이 쟁점사업장과 관련하여 제출한 2021년 귀속 재무제표상 주요내용은 아래 ＜표7＞·＜표8＞·＜표9＞와 같다. 청구인이 제출한 OOO별 상환내역에 따르면 2021년 말 청구인의 차입금이 OOO원이 있으나, 재무상태표상 부채는 OOO원인 것으로 기재되어 있고, 쟁점사업장의 2021년 귀속 공사원가는 쟁점거래처로부터의 매입분 중 OOO원이나 처분청은 쟁점계산서가 사실과 다르므로 주요 경비 등 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다는 의견이다.＜표7＞ 2021년 표준재무상태표＜표8＞ 2021년 손익계산서＜표9＞ 2021년 표준원가명세서(라) 청구인이 쟁점거래처와 2016.5.10., 2016.12.1. 계약한 공사계약서는 아래 ＜표10＞·＜표11＞과 같고, 처분청은 2016.12.1. 변경 공사계약서상 청구인의 주소지가 잘못 기재되어 있고 수급인란에 쟁점거래처 상호도 기재되어 있지 않으며, 공사대금을 OOO원 증액한 사유에 대한 구체적인 자료의 제시가 없어 계약서상 내용을 신뢰할 수 없다는 의견이다.＜표10＞ 2016.5.10.자 공사계약서＜표11＞ 2016.12.1.자 변경 공사계약서(마) 청구인은 OOO들(B, C, D, E)에 대한 금전소비대차계약서 4건을 제출하였고, 그 중 B과의 계약서는 아래 ＜표12＞와 같으며, 계약내용에 따르면 청구인은 장기간에 걸쳐 수차례 나누어 차입한 내역에 대하여 마지막 차입일을 작성일자로 하여 모든 차입거래를 포함한 계약서를 작성한 것으로 나타나고, 차입기간은 5년에 무이자 조건으로 계약한 것으로 나타난다. C, D, E과의 계약내용도 상기 내용과 유사한 것으로 나타난다.＜표12＞ B과의 금전소비대차계약서(바) 청구인이 제출한 대주별 차입·상환 내용과 실제 계좌거래내역에 따르면, 위 ＜표3＞과 같이 실제 지급금액과 청구인이 제출한 금액에 차이(OOO원)가 있는 것으로 나타난다.(사) 청구인은 쟁점거래처에서 작성한 공사미수금 계정별원장 내용을 아래 ＜표13＞과 같이 제출하였다.＜표13＞ 2016년 쟁점거래처의 청구인에 대한 공사미수금 원장(아) 청구인이 제출한 OOO 대출실행내역 자료에 따르면, 2016.11.29. B은 OOO원, 청구인은 OOO원, F은 OOO원, 한**은 OOO원을 대출받은 것으로 나타나고, 같은 날 B 계좌에 OOO원을 입금하고 E 계좌에 OOO원을 입금하며 한** 계좌에 OOO원을 입금한 것으로 나타난다.(자) 국세통합전산망 조회자료에 따르면, 쟁점거래처는 2013.1.2. 개업하여 건설업을 영위하고 있는 법인사업자로 2015.10.22. E에서 Q으로 대표이사가 변경되었다가 2017.10.16. E이 다시 대표이사로 취임한 것으로 나타나고, 2018.4.25. C의 배우자인 G이 대표이사로 취임한 것으로 나타난다.