① 쟁점해외자회사 이익잉여금의 자본전입을 의제배당으로 보아 과세한 처분의 당부 ② 이 건 처분청의 2020년 사업연도에 대한 처분이 재조사 금지규정을 위반한 처분인지 여부

요지① 청구법인의 해외자회사가 이익잉여금을 자본에 전입하여 신주를 발행한 것은 사실관계를 통해 확인되는바, 이는 「법인세법」 제16조에 따라 의제배당의 과세요건에 해당하고, 해외자회사의 이익잉여금 자본전입으로 주주에게 이익을 분여할 목적이 없었다는 것은 의제배당의 예외사유에 해당하지 않는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어려움② 이 건 처분에 앞서 과세관청이 24.6.14.부터 25.5.8.까지 1년여에 걸쳐 청구법인에게 수차례 질문을 하고 자료를 요청한 행위는 단순한 사실관계 확인이나 통상적으로 수반되는 간단한 질문으로 보기 어렵고 실제 영업의 자유 등을 침해할 정도의 수인의무가 발생한 것으로 보임

주문남대문세무서장이 2025.6.9. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 OOO 설립되어 대부업을 주된 업종으로 영위하였으며, 2022.12.31. 현재 OOO에 소재한 외국법인 A(이하 “A”라 한다)의 지분을 40% 보유하고 있다.나. A는 2020년부터 2022년까지 총 3회에 걸쳐 이익잉여금 총 USD OOO를 자본에 전입(이하 “쟁점자본전입”이라 한다)하였으나, 청구법인은 각 사업연도 법인세 신고 시 별도의 의제배당 세무조정을 수행하지 않았다.다. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.1.18.∼2022.4.22. 청구법인을 대상으로 2016∼2020사업연도에 대한 법인제세 통합세무조사를 실시하였으며, 이후 처분청은 A의 이익잉여금 자본전입에 따른 의제배당 신고의 적정 여부에 대해 2026.6.14. 청구법인에 해명자료 제출안내를 통지하였다.라. 조사청은 청구법인의 해외자회사인 A가 이익잉여금을 자본에 전입함으로써 청구법인에게 의제배당이 발생하였다고 판단하여 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2025.6.9. 청구법인에게 2020∼2022사업연도 법인세 합계 OOO원(2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원, 2022사업연도분 OOO원을 각 경정·고지하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.3. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) A의 이익잉여금 자본전입은 OOO 정부의 자본확충 규제에 따라 자본건전성을 확보하기 위한 것으로 주주에게 이익을 분여하고자 하는 의도가 없어, 과세처분은 부당하다.(2) 대법원(대법원 1992.02.28. 선고 90누2154 판결)은 주식발행초과금 등의 자본전입을 의제배당의 예외로 한 취지에 대해 자본전입에 따른 증자를 통하여 회사채권자를 보호하고 기업의 신용도를 높여 기업경영의 합리화를 도모하기 위하여 자본전입을 촉진하겠다는 정책적 고려로 판시한바, 이 건 자본전입도 같은 취지에 따라 의제배당으로 볼 수 없다.(3) 처분청은 2022.1.18.∼2022.4.22. 청구법인의 2020년 과세연도에 대한 통합세무조사를 실시하면서 쟁점자본전입과 관련된 자료를 제출받았으며, 다른 A 주주의 의제배당 익금산입 사실도 확인가능하고, 쟁점자본전입에 대한 국세청의 유권해석도 있어 해당 과세이슈도 인지하였으나, 청구법인에 별도의 과세처분이 없었다.(4) 처분청의 이 건 처분을 위한 일련의 과정은 처분청이 주장하는 단순한 사실관계 확인이 아니라 ‘세무조사’에 해당한다.

이유 2대법원은 ‘세무조사’ 해당 여부는 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적 판단하며, 그 조사행위가 ①과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 ②납세자의 사무실·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하여 과세요건사실을 조사·확인하고 ③일정한 기간 과세에 필요한 직·간접의 자료를 검사·조사하고 수집하는 일련의 행위를 한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 ‘세무조사’로 보아야 한다고 판시하였다.(가) 처분청의 해명자료 제출안내문을 보면 쟁점자본전입이 의제배당에 해당함에도 불구하고 법인세 신고를 누락하였고 청구법인이 과소신고한 경우 수정 신고할 것을 권유하고 있으므로, 이는 처음부터 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하기 위한 의도이다.(나) 처분청은 2024년 6월부터 2025년 5월까지 무려 1년 이상 수차례 납세자측과 접촉하여 자료 제출 요구와 사실관계, 과세대상 여부확인을 위한 질문을 하였고, 다수의 장부 및 서류 제출을 요청하였다.(5) 처분청의 세무조사는 조세탈루 혐의를 인정할 만한 새로운 명백한 자료가 없으므로, 「국세기본법」 제81조의4 제2항 각호 및 동 시행령 제63조의2에 따른 재조사를 할 수 있는 사유에 해당하지 않아 중복조사 금지규정을 위반한 것이다.(가) 처분청은 최초 해명자료 제출안내 당시 2020년의 쟁점자본전입에 대한 자료를 요청했으나, 중복조사에 해당한다는 청구법인의 의견에 따라 구두로 자료제출 대상연도를 2021년으로 변경하였다.(나) 처분청이 이 건 처분을 하면서 요청한 자료는 앞선 세무조사에서 대부분 제출된 중복자료로 그 목록은 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 처분청의 과세자료 제출목록○○○(6) 결론적으로 이 건 처분과 같이 법인세 신고 검증을 이유로 이미 조사가 종결된 자료와 동일한 자료를 해명 안내를 통해 제출받아 과세하는 것은 부실조사 및 재조사를 용인하여 납세자의 법적 안정성 침해하는 것이므로 위법·부당하다.나. 처분청 의견(1) 「법인세법」 제16조 제1항 제2호에 따라 내국법인의 해외자회사가 이익잉여금을 자본에 전입함으로써 내국법인이 신주를 취득하는 경우 내국법인의 의제배당에 해당함은 이론의 여지가 없으며, 의제배당의 예외는 자본준비금과 재평가적립금을 자본에 전입한 경우뿐이다.(2) 청구법인이 근거로 제시한 대법원 판례는 채권자를 보호하고 기업의 신용도를 높이기 위한 모든 조치가 아닌 ‘주식발행초과금의 자본전입’에 한하여 적용되는 예외사유를 의미하며, 해당 판례에 따르더라도 사내에 유보된 이익이 법이 정한 사유로 주주나 출자자에게 환원되어 귀속되는 경우 이러한 이익은 실질적으로 현금배당과 유사한 경제적 이익이므로 과세형평의 원칙에 비추어 이를 배당으로 의제한다고 명확히 판시하고 있다. 또한, 의제배당은 「법인세법」이 정하는 요건에 해당하는 경우 과세되는 것이지 과세요건으로 해외자회사의 주주에 대한 이익분여 목적까지 파악해야 하는 것은 아니다.(3) 처분청의 해명자료 제출안내문 발송은 청구법인의 신고서 등과 처분청의 내부자료를 기초하여 과세사실의 오류를 지적한 것으로, 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 수반되는 간단한 질문일 뿐, 포괄적 질문검사권을 행사한 것이 아니므로, 이를 세무조사로 볼 수 없다.(4) 대법원(2017.3.16.

이유 3선고 2014두8360 판결)도 ‘세무조사’ 해당 여부는 ①조사의 목적과 실시 경위, ②질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, ③조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여야 한다고 판시한바, 이 건의 경우 세무조사에 해당하지 않는다.(가) 「법인세법」제60조 제6항에 따라 처분청은 납세자의 신고서에 오류가 있는 경우 보정을 요구할 수 있으며, 같은 법 제66조 제2항 및 제4항에 따라 신고내용에 오류·누락이 있는 경우 경정할 수 있는바, 이 건 법인세 신고검증 과정에서 의제배당 입금산입 누락을 확인하고 청구법인에게 소명 및 수정신고를 안내한 것이다.(나) 처분청은 A가 이익잉여금을 자본에 전입하였는지 확인하기 위해 해명안내문 우편발송·전화통화·메일을 통한 자료수집을 하였고, 「상법」 제448조에 따라 청구법인의 보관의무가 있는 특정자료에 대한 요청은 단순한 사실관계의 확인일 뿐 세무조사에 해당하지 않는다.(다) 처분청은 해명안내문을 2차례 발송하고, 서너차례 청구법인의 대리인과 통화했을 뿐, 청구법인의 사업장을 방문하거나 청구법인의 소속직원과 통화한 사실이 없는 등 상당한 시일 동안 납세자를 접촉하여 질문검사권을 행사한 사실이 없다. 또한, 처분청은 내부자료에 기초하여 청구법인의 신고 오류를 지적한 것으로 납세자의 영업의 자유를 침해하였다고 볼 수 없다. 또한, 조세심판원도 처분청의 해명자료 요청행위를 두고 세무조사로 볼 수 없다고 결정한 바 있다.(라) 조세심판원과 대법원도 ‘실질적’ 세무조사 여부에 대하여 ①단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안, ②납세자의 영업의 자유를 침해하거나 ③세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위에 대해서는 ‘재조사가 금지되는 세무조사’로 보지 않는다.(5) 「국세기본법」은 중복세무조사에 따른 부과권 행사를 원칙적으로 금지하고 있을 뿐, 세무조사를 받고 과세가 되지 않았다는 사실로 인해 향후 동일 과세연도·세목에 대한 면죄부가 주어지는 것이 아니다.(가) 통합세무조사 이후에도 납세자의 신고검증은 통상적인 것이며, 처분청의 청구법인에 대한 해명자료제출 요구를 실질적 세무조사로 보는 경우 과세관청의 적법한 신고 검증행위를 위축시킬 우려가 있다.(나) 세법은 기 조사대상 연도에 대한 추가 과세를 금지하고 있지 않은바, 청구법인의 주장은 세법에 따라 부담할 세금을 면하고자 하는 행위로 조세공평의 원칙에 현저히 반한다.3. 심리 및 판단가. 쟁점① 쟁점해외자회사 이익잉여금의 자본전입(쟁점자본전입)을 의제배당으로 보아 과세한 처분의 당부② 2020년 사업연도에 대한 법인세 부과처분이 재조사 금지규정을 위반한 것인지 여부나. 관련 법령(1) 법인세법제16조【배당금 또는 분배금의 의제】① 다음 각 호의 금액은 다른 법인의 주주 또는 출자자(이하 “주주등”이라 한다)인 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 다른 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 본다.2. 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본이나 출자에 전입함으로써 주주등인 내국법인이 취득하는 주식등의 가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액을 자본에 전입하는 경우는 제외한다.가. 「상법」 제459조 제1항에 따른 자본준비금으로서 대통령령으로 정하는 것제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】 ① 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입(算入)하지 아니한다.1. 주식발행액면초과액 : 액면금액 이상으로 주식을 발행한 경우 그 액면금액을 초과한 금액.

이유 4다만, 채무의 출자전환으로 주식등을 발행하는 경우에는 그 주식등의 제52조 제2항에 따른 시가를 초과하여 발행된 금액은 제외한다.(2) 법인세법 시행령제12조【자본전입 시 과세되지 아니하는 잉여금의 범위 등】① 법 제16조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 법 제17조 제1항 각 호의 금액에 해당하는 금액을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 제외한다.1. 법 제17조 제1항 제1호 단서에 따른 초과금액2. 자기주식 또는 자기출자지분을 소각하여 생긴 이익(소각 당시 법 제52조 제2항에 따른 시가가 취득가액을 초과하지 아니하는 경우로서 소각일부터 2년이 지난 후 자본에 전입하는 금액은 제외한다)제13조【배당 또는 분배의제의 시기】법 제16조 제1항에 따라 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 날은 다음 각 호의 구분에 따른 날로 한다.1. 법 제16조 제1항 제1호부터 제3호까지의 경우: 그 주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회에서 주식의 소각, 자본 또는 출자의 감소, 잉여금의 자본 또는 출자에의 전입을 결의한 날(이사회의 결의에 의하는 경우에는 「상법」제461조 제3항에 따라 정한 날을 말한다. 다만, 주식의 소각, 자본 또는 출자의 감소를 결의한 날의 주주와 「상법」제354조에 따른 기준일의 주주가 다른 경우에는 같은 조에 따른 기준일을 말한다) 또는 사원이 퇴사ㆍ탈퇴한 날(3) 국세기본법제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.※ 국세기본법 기본통칙 14-0…5 【거래의 실질내용 판단기준】거래의 실질내용은 형식상의 기록내용이나 거래명의에 불구하고 상거래관례, 구체적인 증빙, 거래당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 판단한다.제81조의4【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우4. 제65조 제1항 제3호 단서 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우(4) 국세기본법 시행령제63조의2【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】법 제81조의4 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우4. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우.다.

이유 5사실관계 및 판단(1) [쟁점① 관련] 청구법인이 제출한 A의 정관과 이사회 회의록, 처분청의 의제배당 점검 검토보고서에 따르면 A의 잉여금 자본전입에 따른 주식수와 자본금 변동내역은 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ A의 잉여금 자본전입에 따른 주식수와 자본금 변동내역○○○(2) [쟁점② 관련] 이 건 심리자료에 따르면 다음 사실이 확인된다.(가) 청구법인의 항변서에 따르면 처분청은 2022.1.18.∼2022.4.22. ＜표3＞과 같이 청구법인에 대한 비정기 특별 세무조사를 시행하였다.＜표3＞ 처분청의 세무조사 개요○○○(나) 2024.6.14. 처분청은 청구법인에 해명자료 제출안내서를 송부하였고, 청구법인은 2021년 사업연도 A 자본변동표, /*캄보디아*/ 금융기관 순자산규제 규정, 납세자 해명자료(과세대상에 해당하지 않는다는 의견 등)을 제출하였다. 처분청은 2025.5.8. 2차 해명자료 제출안내를 통보하였고 청구법인은 2020년∼2022년 A의 자본금 변동상황과 주식 총수 변동내역을 제출하였다.(다) 청구법인과 처분청의 심리자료에 의하면, 이 건의 일자별 사건 경위는 다음과 같다.○○○(라) 청구법인의 설명자료에 따르면 처분청은 2025.4.30. 해명자료 제출안내 공문을 통해 ‘OOO의 금융기관 순자산규제 규정과 법인세법의 의제배당 규정과의 관련성 설명’을 요청하였으나, 청구법인은 2024.6.20. 처분청의 의제배당 신고 누락에 대한 지적에 대응 자료를 준비하며 처분청의 정식 요청 이전인 2024.7.5.부터 해당 자료 작성을 준비하고 있었고, 2024.7.22. OOO의 금융기관 순자산규제 규정자료를 제출한 것으로 확인된다.

이유 6상세 경위는 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ OOO 순자산 규제규정 제출 관련 납세자 측 대응○○○(마) 청구법인이 제출한 OOO 금융기관 순자산 규제규정 자료는 다음과 같다.○○○(바) 처분청의 의제배당 점검 검토보고서와 결의서, 청구법인의 심판청구 이유서에 따르면 처분청의 결정·고지내역은 ＜표5＞과 같다.＜표5＞ 처분청의 법인세 경정내역○○○(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 해외자회사의 이익잉여금 자본전입으로 주주에게 이익을 분여할 목적이 없었으므로 이 건 해외자회사 이익잉여금의 자본전입을 의제배당으로 보아 과세한 처분이 부당하다고 주장하나, A가 이익잉여금을 자본에 전입하여 신주를 발행한 것은 사실관계를 통해 확인되는바, 「법인세법」 제16조에 따라 의제배당의 과세요건에 해당하는 점, 해외자회사의 이익잉여금 자본전입으로 주주에게 이익을 분여할 목적이 없었다는 것은 의제배당의 예외 사유에 해당하지 않는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인과 직접 접촉 없이 과세관청의 내부자료에 기초하여 청구법인의 법인세 신고 오류를 발견한 후 ‘해명자료 제출안내’ 등을 통해 사실관계 확인 및 청구법인의 해명기회를 제공한 것이고 과세관청의 안내에 청구법인의 수인의무가 없으며, 청구법인의 영업의 자유 등을 침해하지 않았으므로 이 건 과세관청의 해명자료 제출안내 등이 세무조사로 보기 힘들어 「국세기본법」에서 정하는 중복조사 금지의 원칙을 위반하지 않았다는 의견이나, 이미 종료된 세무조사에 대해 ‘해명자료 제출안내’의 형식으로 다시 조사하는 경우 청구법인의 영업의 자유나 법적 안정성을 침해할 우려가 있고 중복조사금지 규정의 취지가 저해될 우려가 있는 점, 처분청은 이 건 처분이 있기 전 통합세무조사를 실시하여 쟁점자본전입에 대하여 이미 사실관계 등을 확인하고 과세하지 않았으나, 과세관청의 세무조사 후 내부 소통 및 납세자 접촉에 관한 과세관청의 별도 내부 통제장치가 없어 보이는 가운데, 세무조사를 실시한 부서와 다른 부서에서 청구법인이 2020사업연도에 대해 세무조사를 받은 사실을 모르고 앞선 세무조사에서 제출된 자료와 같은 자료 및 추가작성에 일정한 시간이 요구되는 현지상황에 대한 자료를 요청하고 이에 근거하여 과세한 점, 이 건 처분에 앞서 과세관청이 2024.6.14.부터 2025.5.8.까지 1년 여에 걸쳐 청구법인에게 수차례 질문을 하고 자료를 요청한 행위는 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 수반되는 간단한 질문으로 보기 어렵고 실제 영업의 자유 등을 침해할 정도의 수인의무가 발생한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 2020사업연도 법인세 부과처분은 「국세기본법」 제81조의4 제2항의 재조사 금지규정을 위반하여 실시된 세무조사에 근거한 처분으로 잘못이 있는 것으로 판단된다.4.