종전해석례(1세대1주택 비과세 적용)를 신뢰하여 주택의 양도를 진행하였다가 이후 상반된 신규해석례로 인해 양도소득세를 납부하게 된 경우 이를 취소해야 한다는 청구주장의 당부

요지종전해석례를 바탕으로 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 존재하게 되었다고 보기 어려움

주문심판청구를 기각한다.

이유1.처분개요가. 청구인은 2016.12.5. 취득한 경기도 용인시 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 보유한 상태에서, 2022.1.17. 경기도 성남시 OOO(이하 “신규주택”이라 한다)을 취득(배우자와 각각 1/2 지분)하고, 서울특별시 강동구 OOO분양권(배우자 취득, 이하 “신규분양권”이라 한다)을 2023.3.20.(청약당첨일) 취득한 후 2024.8.9. 쟁점주택을 OOO원에 양도(계약체결일 : 2024.6.10.)하고 2024.10.31. 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.나. 청구인은 기존의 국세청 예규(사전-2023-법규재산-739, 2023.11.15., 이하 “종전해석례”라 한다)를 신뢰하여 쟁점주택의 양도가 비과세 적용대상이라고 판단하고 양도를 진행하였으나 중도금(2024.7.10.)까지 치른 후에 비로소 새로운 예규(기획재정부 재산세제과-906, 2024.7.31., 이하 “신규해석례”라 한다)가 생성된 것이므로, 신의성실원칙 등을 적용하여 쟁점주택을 1세대1주택 비과세 대상으로 보아 기납부한 양도소득세를 환급해 달라는 취지로 2025.11.14. 경정청구를 하였으나 처분청은 2025.12.31. 이를 거부하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.22. 심판청구를 제기하였다.2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장처분청은 청구인의 사정은 고려하지 않고 단지 신규해석례가 납세의무 성립일 이전에 발표되었다는 이유로 해당 내용을 적용하여 청구인의 경정청구를 거부하였는바, 이는 다음과 같은 이유로 위법·부당할 뿐만 아니라, 세액(OOO원) 규모를 감안했을 때 청구인 세대에게 지나치게 가혹한 재산상 손실을 가져온다.(1) (매매계약 해지 불능) 청구인은 쟁점주택의 매매잔금일(2024.8.9.)을 앞둔 시점에서 상기 종전해석례가 신규해석례로 변경된 사실을 인지하게 되었지만, 이미 중도금까지 수령한 시점에서 계약을 해지하면 위약금이 발생할 수밖에 없는 사유 등이 있어 예정된 잔금일에 쟁점주택에 대한 소유권이전을 완료하였다.대법원은 매매대금과 관련하여 매수인이 중도금을 지급하여 이미 이행에 착수한 이상 매수인은 「민법」 제565조에 의하여 계약금을 포기하고 매매계약을 해지할 수 없다고 판시하였는바(대법원 2000.2.11. 선고 99다62074 판결), 청구인은 쟁점주택 매매와 관련하여 중도금까지 수령(2024.7.10.)했던 상황에서 그 이후 고시(2024.7.31.)된 신규해석례를 이유로 쟁점주택의 매매계약을 현실적으로 해지할 수 없었다. 또한 배우자가 2023.3.20. 청약당첨된 신규분양권OOO도 홀로 사시는 부친과 함께 거주할 목적이었기 때문에 단지 쟁점주택의 양도소득세 부담이 많다는 이유로 당첨 취소를 결정할 수 없었다.(2) (신뢰보호의 필요성) 청구인은 종전해석례를 신뢰한 시점에서 쟁점주택의 양도계약을 체결(계약금 수령) 및 진행(중도금 수령)하여 어떠한 방법으로도 쟁점주택의 계약 체결 이전 상태로 되돌릴 수 없었던 불가항력적인 구속 상태(계약 파기 시 위약금 발생)에 있었다. 또한, 신규분양권(2023.3.20.

이유 2취득) 역시 분양대금(OOO원)의 20%에 해당하는 금액(OOO원)을 계약금으로 납부한 이래 중도금 총 6회차 중 5회차에 해당하는 금액(분양대금의 50%, OOO원)을 신규해석례(2024.7.31.) 전인 2024.5.22.까지 납부하여 총 OOO원(분양대금의 70%)을 지급한 상태였는바, 이를 취소(포기)하는 것은 현실적으로 불가능했다.처분청은 대법원 판례를 인용하면서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 예외적인 경우에만 적용된다고 주장하는데, 위에서 살펴본 바와 같이 이 사건은 그 ‘특별한 사정이 있는 예외적인 경우’에 완벽히 부합한다.(3) (예측가능성 위배) 처분청은 잔금일(납세의무성립일) 기준으로 새로운 해석(신규해석례)을 적용하는 것이 정당하다고 주장하나, 이는 법령의 기계적 적용에 불과하다.국세청 기본통칙 18-0…2(새로운 세법해석의 적용시점)의 본래 취지는 납세자가 충분히 예측할 수 있는 상황에서 새로운 해석을 적용하라는 것인바, 청구인은 쟁점주택 양도 절차의 90% 이상이 진행된 시점(잔금일부터 불과 9일 전)에 발표된 새로운 해석을 도저히 예측할 수 없었다. 거래가 사실상 종결 단계에 이르렀음에도 불구하고, 단지 잔금을 정산하지 않았다는 이유만으로 기존의 모든 행정 해석을 뒤집어 과세하는 것은 조세행정의 예측가능성과 법적안정성을 침해하고 실질적으로는 해석 변경 이전에 이미 형성된 청구인의 거래관계와 신뢰를 사후적으로 심각하게 침해하는 결과를 초래한다.(4) (세법상 경과규정의 일반적 적용) 일반적으로 양도소득세 비과세 요건에 대한 부칙 개정 시 “개정 전 계약금을 지급한 경우에는 종전의 규정에 따른다”고 규정하는 것에서 알 수 있듯이 세법은 양도소득세 1세대1주택 비과세 요건 관련 개정내용 적용시기를 ‘계약금 지급 시점’ 등을 기준으로 판단하는 경향성이 있다. 2017년 발표된 ‘8.2 부동산 대책’과 관련하여 개정된 「소득세법 시행령」 부칙(대통령령 제28293호, 2017.9.19.) 제2조(1세대1주택 비과세 요건에 관한 적용례 등)에서도 ‘계약금을 지급한 사실이 확인되는 주택’에 대해서는 종전의 규정을 따르도록 명시하고 있다.본 건은 법령이 아닌 예규의 변경이지만, 그 실질적인 파급효과가 법령 개정과 다름없으므로 조세법의 일반 원칙에 따라 계약 체결 및 중도금 수령 당시의 해석을 적용하여 납세자의 신뢰를 보호함이 타당하고 조세 정의에도 부합한다. 따라서, 청구인이 종전해석례가 유효하게 존재하던 시점에 이미 매매계약을 체결하고 중도금을 수령했음에도, 이러한 사정을 고려하지 않고 단지 잔금일이라는 형식적 기준만으로 새로운 해석을 적용하는 것은 세법상 경과규정이 일반적으로 지향하는 신뢰보호의 취지와 조화되기 어렵다.(5) (처분청의 자기 부정) 처분청은 청구인이 신뢰한 종전해석례가 생성된 지 1년 미만이라며 그 가치를 폄훼하나, 이는 국가기관인 국세청의 공식적인 법규 해석을 스스로 부정하는 모순된 태도이다. 오히려 처분청의 자료에서도 언급된 조세심판원 선결정례(조심 2015서1874, 2015.8.21.)는 “기존 예규를 신뢰한 납세자의 신뢰를 보호함이 타당하다”고 판단하여 청구주장에 대해 인용 결정한 바 있다. 본 사건 또한 납세자가 국세청의 공식 답변인 종전해석례을 신뢰하여 거래를 진행한 것이므로 위 인용 사례와 동일한 잣대로 신뢰보호의 원칙이 적용되어야 한다.또한, 처분청이 인용한 판례(부산지방법원 2024.1.18.

이유 3선고 2023구합22710 판결)는 원고가 당시 시행령이 개정되어 ‘최종 1주택 보유기간 재기산’이라는 강력한 규제가 생겼음에도, 이를 무시하고 과거 규정 기준으로만 질의하여 비과세 답변을 유도한 경우에 해당한다. 하지만 본 사건에서 청구인이 신뢰한 종전해석례는 국세청이 스스로 법적 쟁점을 심도있게 검토하여 확정한 공식 법규해석(해당 예규는 국세청 법령정보시스템에 공표되어 전국 모든 세무사, 회계사, 납세자들이 실무 지침으로 활용)이다.즉, 청구인은 국세청이 스스로 ‘완결된 형태’로 공표한 지침을 신뢰하여 매매계약을 체결하고 중도금까지 수령하는 구체적인 이행에 나선 것이므로, 사실관계를 누락한 채 개인적 질의를 했던 판례 속 원고의 사례와는 근본적으로 궤를 달리한다. 따라서 처분청이 해당 판례의 문구를 인용하여 청구인의 신뢰를 부정하는 것은 사실관계 오인에 기초한 부당한 주장이다.(6) 본 사건은 단순한 ‘타인 질의 회신의 원용’이 아니라, 국세청의 공식 법규해석에 기초하여 거래가 형성된 사안에 해당한다.처분청은 청구인이 신뢰한 종전해석례가 청구인 본인에게 직접 교부된 사전 답변이 아니라는 점을 들어 그 신뢰에 보호 가치가 없다고 주장하나, 종전해석례는 단순한 민원 상담이나 개별 담당공무원의 비공식 견해가 아니라 국세청이 법령해석 절차를 거쳐 공식적으로 생산·공표한 법규해석으로서, 청구인은 이와 같은 공식적 해석 사례를 확인한 뒤 이를 근거로 쟁점주택 양도를 결정하고 실제 계약을 체결하였으며, 계약금과 중도금을 수령하는 이행 단계에까지 이르게 되었다.즉, 청구인은 추상적 기대를 가진 것이 아니라 국세청이 외부에 공표한 법적 판단기준을 신뢰하여 구체적인 거래관계를 형성한 것인바, 본 사건에서 문제가 되는 것은 ‘청구인이 자기 명의의 개별 회신문을 받았는지 여부’가 아니라, 국가기관이 공식적으로 제시한 해석을 납세자가 신뢰하여 실제 경제행위를 완료하였는지 여부이다. 만일, 이와 같은 경우까지도 전혀 보호받지 못한다면, 납세자는 국세청이 법령정보시스템 등에 공표한 공식 해석사례를 신뢰할 수 없게 되고, 이는 조세행정 전반의 예측 가능성과 법적 안정성을 심각하게 훼손하게 된다. 그러므로 청구인의 신뢰는 단순한 기대이익이 아니라 보호할 가치가 있는 정당한 신뢰로 평가되어야 한다.비록, 관련 법령이 종전부터 존재하였다 하더라도, 국가기관이 동일한 법령에 관하여 상반된 해석을 제시한 이상, 그 해석에 대한 혼선의 책임은 본질적으로 국가에 있다. 국세청이 해석을 달리 제시하였다가 이후 기획재정부가 다시 바로잡은 이상, 그 해석의 혼선과 변경의 책임은 본질적으로 국가에 있는 것이지 이를 신뢰하고 거래한 납세자에게 전적으로 전가하는 것은 현저히 부당하다.

이유 4이는 신뢰보호의 원칙에 반할 뿐 아니라 조세행정의 권위와 예측 가능성을 스스로 무너뜨리는 결과이다.(7) 종전해석례는 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제1호에 따른‘민간건설임대주택’을 전제하고 있는 반면, 본 사건은 ‘일반주택’에 해당되어 서로 일치하지 않는 것으로 볼 여지가 있으나, 본 사안의 본질은 ‘두 가지 비과세 특례의 병존 가능성’이라는 법리적 판단에 있고, 국세청장조차 일반주택으로의 확대 적용을 고심하여 기재부에 질의한 사실은 청구인의 사안과 종전해석례의 본질적 동일성을 반증하는 것이며, 명시적 배제 단서가 없는 상태에서 이를 신뢰하여 중도금까지 수령한 납세자의 신뢰는 반드시 보호되어야 한다.(가) ‘주택의 성격’이 아닌 ‘법령의 구조’가 쟁점이다.종전해석례의 핵심은 주택A가 어떻게 취득되었느냐가 아니라, 「소득세법 시행령」 제155조 제1항(일시적 2주택)과 제156조의3 제2항(주택+분양권)이라는 2개의 독립된 비과세 특례가 ‘동시에’ 적용될 수 있느냐는 것이 질의의 본질이다. 주택A가 임대주택이든 일반주택이든, [A주택(종전) + B주택(신규) + C분양권]이라는 결합 구조는 동일하다. 이 구조에서 비과세를 인정한다는 것은 두 특례의 중첩을 허용한 것이지, 임대주택이라는 특정 ‘신분’에 혜택을 준 것이 아니다.(나) ‘전제’는 질의자의 상황일 뿐, ‘배제’의 근거가 될 수 없다.해당 예규에 ‘민간건설임대주택으로 전제함’이라고 적힌 것은 질의자가 OOO분양전환 주택을 소유하였기에 그 사실관계를 확정한 것일 뿐이다. 만약, 이 법리가 일반주택에는 절대로 적용되지 않는 특수한 예외였다면, 국세청은 답변에 ‘단, 일반주택은 제외함’ 또는 ‘본 답변은 임대주택에 한함’이라는 명시적 단서를 달았어야 하는 것으로서, 그러한 제한 규정이 없는 상태에서 국가가 공식 시스템에 공표한 해석은 유사한 법적 구조를 가진 모든 납세자에게 일반적인 지침으로 작용하는 것이다.(다) 과세관청의 ‘기재부 질의’ 자체가 동일성을 입증한다.2024년 3월 국세청장은 해당 예규와 관련하여 기획재정부에 “일반주택인 경우에도 이 예규를 적용해야 합니까?”라고 질의했는데, 만약 임대주택과 일반주택이 본질적으로 달라서 쟁점 예규를 적용할 여지가 아예 없었다면, 국세청장이 굳이 상급기관에 물어볼 이유도 없었을 것이다. 국가기관도 헷갈려서 확인이 필요했던 사안을, 납세자에게 “너는 왜 임대주택용인 걸 몰랐는가?”라고 탓하는 것은 자기모순이 될 것이다.나.처분청 의견청구인은 2023.11.15. 생산된 종전해석례를 신뢰하여 쟁점주택의 양도계약을 체결하였으므로 청구인의 신뢰는 보호받아야 하고 이후 종전해석례와 상반된 내용의 신규해석례를 적용하는 것이 신의성실 원칙에 위배된 것이라 주장하나, 다음과 같은 이유로 이를 받아들일 수 없다.(1) 청구인의 양도소득세 납세의무성립일(쟁점주택의 잔금청산일인 2024.8.9.)에는 국세청의 종전해석례와는 다른 새로운 해석으로서 변경된 기획재정부 예규인 신규해석례가 존재하고 있었다.대법원에서는 일반 행정법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의칙이 적용되기 위해서는 합법성의 원칙을 희생하여서라도 처분의 상대방의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 예외적으로 적용되어야하는 것으로 판시하고 있고(대법원 2004.7.22 선고 2002두11233 판결), 하급심 또한 유사한 취지로 판결(부산지방법원 2024.1.18.

이유 5선고 2023구합22710 판결)하고 있는바,종전해석례는 생성된지 1년 미만으로 대외적인 구속력을 갖는 행정규칙으로서 일반적으로 납세자에게 받아 들여졌다고 하기 어렵고, 설령 청구인이 종전해석례를 신뢰하여 양도를 진행하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 자율의지에 의해 잔금일 이전에 쟁점주택의 계약을 파기 또는 신규분양권을 처분(포기)할 수 있었으므로 청구인의 신뢰를 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없다.(2) 새로운 해석사례의 적용시점과 관련하여, 국세청의 기본통칙 및 관련예규 등에 따르면, 기존 해석사례와 상반된 새로운 해석사례의 적용시점은 일관되게 납세의무성립일(양도일)로 확인된다.따라서, 이 건 경정청구 거부처분에 있어 청구인의 양도소득세 납세의무성립일(2024.8.9.) 이전에 발표된 신규해석례(생산일자 2024.7.31.)를 적용한 것은 잘못이 없다.3.심리 및 판단가. 쟁점종전해석례(1세대1주택 비과세 적용)를 신뢰하여 주택의 양도를 진행했다가 이후 상반된 신규해석례로 인해 양도소득세를 납부하게 된 경우 이를 취소해야 한다는 청구주장의 당부나.관련 법령(1) 소득세법제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2) 소득세법 시행령제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하“조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.

이유 6(단서 생략)제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 같은 항 제2호 가목 및 같은 항 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다. ＜개정 2023. 2. 28.＞제156조의3(주택과 분양권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례) ① 법 제89조 제2항 단서에서“대통령령으로 정하는 경우”란 1세대가 주택과 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우로서 제2항부터 제8항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.② 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서“종전주택”이라 한다)을 양도하기 전에 분양권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1분양권을 소유하게 된 경우 종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 분양권을 취득하고 그 분양권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 같은 항 제1호, 제2호 가목 및 제3호에 해당하는 경우에는 종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 분양권을 취득하는 요건을 적용하지 않는다.다.사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 종전해석례와 신규해석례의 각 내용은 다음과 같다.1) 종전해석례(사전-2023-법규재산-739, 생산일자 2023.11.15.)2) 신규해석례(기획재정부 재산세제과-906, 생산일자 2024.7.31.)(나) 청구인의 쟁점주택, 신규주택, 신규분양권에 대한 각 취득 및 양도 시기는 다음 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 쟁점주택 등 취득 및 양도 시기(다) 청구인의 쟁점주택 양도와 관련하여, 청구인은 종전해석례가 생산되고 나서 관련 계약금(2024.6.10., OOO원)과 중도금(2024.7.10., OOO원) 합계 OOO원을 수취하였고, 신규해석례가 생산된 이후인 2024.8.9. 잔금 OOO원을 수취한 것으로 나타난다.(라) 청구인은 2025.11.14.