㉠쟁점토지 거래가 담보제공 후 반환(차입거래)인지, 매도 후 재매입(매각거래)인지㉡청구법인이 2대 주주인 쟁점장학회에 기부금을 지급한 행위를 부당행위계산 부인대상으로 보아 쟁점기부금을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부㉢청구법인이 한국연기자노동조합에 지급한 후생사업경비는 비지정기부금으로 보아 손금불산입한 과세처

요지㉠청구법인이 쟁점토지에 대한 통제권 등을 유지하고 있었던 점 등으로 보아 쟁점토지의 쟁점거래를 차입거래로 봄이 타당 ㉡정수장학회는 주무관청의 허가를 받은 비영리법인이자 기재부장관이 고시한 지정기부금단체로서 특별한 사정이 없는 한 청구법인이 지출한 기부금은 손금인정액 한도에서 손금으로 인정됨이 타당한 점㉢쟁점후생사업이 한국연기자노동조합이 운영하는 후생복지기금의 용도로 사용되었는지 등을 확인할 수 있는 객관적, 구체적 입증자료가 확인되지 않으는 점, 손금불산입 처분은 정당 ㉣처분청은 MBC플러스에게 방송중계권을 재판매한 거래는 저가로 양도하였다는 의견이나, MBC플러스가 지상파로부터 매입한 중계권은 독점적 중계권으로 마포세무서장 등이 어떤 금액을 시가로 보고 있는지 등이 입증되지 않는 점 등

주문처분청들이 ＜별지1＞ 기재와 같이 2023.1.9. 등에 한 2019～2021사업연도 법인지방소득세 OOO원의 부과처분은, 청구법인에게 한 이월결손금 2017사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO원의 각 감액경정처분 및 법인세 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원의 각 부과처분은 OOO원(장기차입금) 및 OOO원(토지)을 2019사업연도 익금 및 손금에서 각각 제외하고, 2017～2021사업연도에 재단법인 정수장학회에 지급한 기부금 합계 OOO원을 익금에서 제외하며, 주식회사 A에 B 중계방송권을 재판매한 것에 대하여 「법인세법」(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에 따른 부당행위계산의 부인 규정을 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 아래와 같은 거래 등을 하고 2017～2021사업연도 법인세 등을 신고하였다.(1) 청구법인은 2014년 서울특별시 영등포구OOO 31 대 17,795㎡(이하 “구사옥토지”라 한다)에서 같은 시 OOO 1603 소재 신사옥으로 본사를 이전하고, 2018.6.7. 주식회사 OOO(이하 “이 건 C”라 한다)에 구사옥토지를 OOO원에 매각하는 토지매매계약(이하 “쟁점매매계약”이라 한다)과 구사옥토지 위에 신축되는 건물 중 연면적 57,998.5㎡(이하 “재매입건물”이라 한다) 및 그 대지권 면적 4,440.376㎡(이하 “쟁점대지권”이라 하고, 구사옥토지 중 쟁점대지권에 대응되는 4,440.376㎡를 이하 “쟁점토지”라 한다)를 이 건 C로부터 OOO원에 매수하기로 하는 업무시설 선매매계약(이하 “쟁점선매매계약”이라 한다)을 각각 체결한 후, 2019.7.24. 구사옥토지에 대한 잔금청산(쟁점토지의 매각 및 쟁점대지권의 선매입 약정을 이하 “쟁점거래”라 한다)을 하면서 쟁점거래를 차입거래로 보아 쟁점토지에 대한 유형자산처분이익 OOO원(이하 “쟁점처분이익”이라 한다)을 2019사업연도 익금에 산입하지 아니하였다.(2) 청구법인의 지분은 OOO진흥회(70%, 이하 “D”이라 한다)와 재단법인 OOO회(30%, 이하 “E”라 한다)가 소유하고 있고, 청구법인은 2017～2021사업연도에 E에 합계 OOO원의 기부금(이하 “쟁점기부금”이라 한다)을 지급하고 이를 지정기부금으로 계상하였다.(3) 청구법인은 OOO노동조합(이하 “F”라 한다)과 체결한 ‘단체협약, 출연료 합의서’에 의거하여 F에 2019.5.2. OOO원, 2020.7.31. OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점후생사업금액”라 한다)을 지급한 후, 이를 출연료/기타 계정과목으로 계상하여 각각 2019사업연도 및 2020사업연도 손금에 산입하였다.(4) 청구법인은 「방송통신발전 기본법」 제25조에 따라 납부하는 방송통신발전기금 분담금(이하 “방발기금분담금”이라 한다)을 금액 산정의 기준(전년도 방송광고 매출액)이 되는 사업연도의 비용으로 계상하고, 다음 사업연도에 납부고지서를 고지받은 후 기 계상한 비용과 실제 고지된 방발기금분담금의 차액을 다음 사업연도의 이익 또는 손실로 계상하였다.(5) 청구법인은 2016년 3월 OOO연맹(이하 “연맹”이라 한다)으로부터 2016.3.1.～2019.12.31. B 중계방송권 및 뉴스권(이하 “B중계권등”이라 한다)을 연간 OOO원씩 총 OOO원에 매입하고, 이 중 B 중계방송권(이하 “쟁점중계권”이라 한다)을 특수관계인인 주식회사 A(이하 “A”라 한다)에 연간 OOO원씩 총 OOO원에 재판매하였다.나.

이유 2서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.8.31.부터 2021.10.26.까지 청구법인에 대한 2018～2020사업연도 법인세에 대한 통합조사를 실시한 결과,(1) 쟁점거래가 차입거래가 아닌 매각거래에 해당한다고 보아 쟁점토지에 대한 쟁점처분이익을 익금산입하는 것으로,(2) 쟁점기부금은 특수관계자에게 경제적 합리성이 결여된 사실상 배당금을 지급한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 손금불산입하는 것으로,(3) 쟁점후생사업금액은 비지정기부금 또는 접대비로 보아 손금불산입하는 것으로,(4) 방발기금분담금은 미확정비용인 상태에서 손금에 산입된 것으로 보아 각 방발기금분담금 납부의 고지일이 속한 각 사업연도를 손금의 귀속시기로 재조정하는 것으로,(5) 청구법인이 쟁점중계권을 시가보다 낮은 가액으로 특수관계인에게 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 익금을 재계산하는 등 그 세무조사 결과를 청구법인에게 통지하고, 이에 따라 경정하도록 마포세무서장에 통보하였다.다. 마포세무서장은 이에 따라 2022.12.5. 이월결손금 2017사업연도분 OOO원 및 2018사업연도분 OOO원을 감액경정하고, 청구법인에 법인세 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분OOO원, 부가가치세 2018년 제1기분 OOO원, 2019년 제1기분 OOO원을 각각 경정·고지하고 관련 자료를 처분청들에게 통보하였고, 이에 따라 처분청들은 2023.1.9. 등에 ＜별지1＞과 같이 청구법인에 대하여 2019～2021사업연도 법인지방소득세 OOO원을 부과·고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.2.28. 심판청구를 제기하였다.1. 청구법인 주장 및 처분청들 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점토지가 매각되었지만 쟁점토지에 대한 사용·수익·처분 권한 모두 청구법인에게 유보되어 쟁점토지에 대한 지배권리(실질적 통제권)가 이 건 C에게 이전된 바 없고, 위험·보상이 구매자에게 실질적으로 이전되지 않아 기업회계기준에 따라서도 차입거래로 취급함이 타당하며, 국세청장의 ‘세법해석 사전답변’에 대한 신뢰를 바탕으로 쟁점거래를 「법인세법」(2020.12.22.

이유 3법률 제17652호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 차입거래로 인식하였는바, 쟁점거래를 매각거래로 보아 과세한 처분은 부당하다.(가) 청구법인이 쟁점토지를 실질적으로 양도한 것으로 볼 수 없으므로, 「법인세법」상 청구법인은 쟁점토지에 대한 양도손익을 인식할 수 없다.1) 「국세기본법」 제14조 제2항은 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.”고 하여 거래 등의 형식 또는 외관과 그 실질이 일치하지 않는 경우 거래의 ‘실질’에 따라 세법을 적용해야 한다는 실질과세의 원칙을 규정하고 있다.2) 관련하여 청구법인은 구사옥토지 개발사업 진행과정에서 구사옥토지(17,795㎡) 전체를 이 건 C에 매각하는 형식을 취하여 쟁점토지의 소유권이 개발과정에서 일시적으로 이 건 C에 이전되었지만, 이는 일반 상업지역에 속하는 구사옥토지에 주거복합건축물의 개발이라는 사업목적을 이루기 위한 관련 법령을 충족하기 위해서 불가피하게 선택된 거래 형식에 불과하며(사업목적상 구사옥토지 전체를 이 건 C에 매각하는 형식의 토지매매계약을 체결함에 따라 청구법인은 계산서를 수취하고 지체상금을 수령함),① 앞서 언급한 바와 같이 쟁점매매계약과 동시에 동일가격으로 업무시설 쟁점선매매계약을 체결하여 ‘쟁점토지 거래와 관련하여 청구법인이 실제 얻는 차익’이 없어 쟁점토지의 가격변동에 대한 위험과 보상을 청구법인이 그대로 보유한 점, ② 청구법인은 설계도서 확정 등을 포함하여 업무시설 건축에 깊이 관여하며, 매매대금을 건물의 일부 또는 전부가 완성되는 각 시점에 지급하고, 완공 즉시 그 소유권을 이전받기로 하는 등 실제 자신이 이미 소유하고 있는 쟁점토지 위에 자기 책임하에 업무시설을 건축하는 것과 사실상 동일한 점을 고려할 때, 「법인세법」상 쟁점토지를 실질적으로 양도하여 양도차익을 실현한 것으로 볼 수 없으므로, 쟁점거래는 매각거래에 해당하지 않는다.3) 실제로 ① 기획재정부(재법인-47, 2011.1.20.), ② 조세심판원(조심 2009부4118, 2010.11.23.) 및 ③ 법원(울산지방법원 2013.1.23. 선고 OOO판결)도 ‘미분양된 주택에 대한 환매조건부 매매거래’에 대해서 매매계약에 따른 매매목적물의 위험과 효익이 양도인으로부터 양수인에게 이전되지 않은 것으로 보아 차입거래로 판단한 바 있고, 조세심판원(조심 2006서1320, 2010.7.8.)은 양수자가 양도채권에 대한 처분권이 없고 양도자가 상환청구권(Put option)을 갖는 등 양도자가 여전히 양도채권에 대한 통제권을 갖고 있는 경우, 당해 매출채권 양도거래는 형식적인 매각거래일 뿐 그 실질은 담보부 차입거래에 해당된다고 판단한 바 있다. 마찬가지로 쟁점거래의 경우, 쟁점토지에 대한 지배권리는 청구법인에게 그대로 유보되어 이 건 C에게 사실상 이전된 바가 없으므로, 쟁점거래는 「법인세법」상 양도에 의한 매각거래로서의 요건을 충족하지 않는 것이다.4) 또한, 「법인세법 시행령」(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제4항은 「자산유동화에 관한 법률」 제13조에 따른 방법에 의하여 보유자산을 양도하는 경우 및 매출채권 또는 받을어음을 배서양도하는 경우에는 (납세자의 회계처리와 무관하게 일률적으로) “해당 자산이 매각된 것으로 보아 관련 손익의 귀속사업연도를 정한다”고 규정되어 있었으나, 2012년 세법개정 시, “기업회계기준에 의한 손익인식방법에 따라 관련 손익의 귀속사업연도를 정한다”로 변경된 바 있다.

이유 4당시 기획재정부의 보도자료에 따르면, 동 개정이유는 2011년 말 국제회계기준이 도입되면서 일반기업회계기준에서 매각거래로 회계처리되던 자산유동화 거래 중 일부가 한국채택국제회계기준에 따라(위험과 보상의 이전 여부에 따라) 차입거래로 회계처리됨으로 인하여 기업회계기준을 그대로 인정하여 세무조정의 부담을 줄여주는 취지였는데, 동 개정의 배경과 취지를 살펴보면, 거래에 의한 위험과 보상의 대부분이 양수인에게 이전되는 「자산유동화에 관한 법률」 제13조에 따른 유동화거래의 경우에도 한국채택국제회계준을 적용하는 법인이 그 경제적 실질에 따라 차입거래로 회계처리하면 「법인세법」상 그 ‘실질’을 존중하여 차입거래로 인정하겠다는 것이 핵심이다.5) 이렇듯, 기존의 유권해석, 조세심판원 사례 및 상기 「법인세법」 개정사항을 고려할 때, 실질과세의 원칙과 「법인세법」 제43조에 의거해 쟁점거래는 차입거래에 해당한다.(나) 「법인세법」상 쟁점거래가 매각거래 혹은 차입거래인지 판단할 수 있는 근거 규정이 없으므로 쟁점거래의 구분은 기업회계기준에 따라 판단해야 한다.1) 「법인세법」 제43조는 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 「법인세법」 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계기준 또는 관행에 따르도록 하는바, 세법에서 정해지지 않은 내용에 대해서는 기업회계기준 및 관행을 따르는 것이다.쟁점거래는 쟁점토지를 이 건 C에 매도하는 동시에 동일한 가액으로 쟁점대지권을 선매입한 것으로 일반적인 매매거래와 다른데, 이를 「법인세법」상 매각거래로 구분할지, 혹은 차입거래로 구분할지에 대한 별도의 규정이 없는 상황이다. 이러한 경우, 「법인세법」 제43조에 따라 쟁점거래의 성격에 대한 판단은 기업회계기준에 따라야 하는 것이며, 청구법인이 신청한 ‘세법해석 사전답변’에서도 과세관청 역시 쟁점거래는 기업회계기준에 따라 판단하는 것으로 해석하였다.2) 쟁점토지의 법적 소유권은 이전되었지만 청구법인이 쟁점토지의 위험과 보상을 여전히 보유하며 쟁점토지를 실질적으로 지배하므로, 쟁점거래는 기업회계기준상 차입거래이고 따라서 「법인세법」상으로도 차입거래에 해당한다.일반기업회계기준 제16장 및 ＜적용사례 5＞는 소유권이 이전되었더라도 위험·보상이 구매자에게 실질적으로 이전되지 않으면 차입거래로 판단한다. 즉, 일반기업회계기준은 거래의 법적 형식보다는 거래의 경제적 실질에 따라야 한다는 입장으로, 재화판매거래의 수익인식에서 중요한 것은 위험과 보상의 이전 여부라는 입장이다.관련하여 쟁점거래의 경우 ① 쟁점매매계약과 동시에 쟁점선매매계약을 통해 쟁점대지권을 양도가액과 동일하게 확정된 가액으로 같은 날 매수하기로 하였기 때문에 쟁점토지의 가액 변동을 포함한 어떠한 위험도 이 건 C에게 이전된 바 없고, ② 이 건 C는 쟁점토지로 인해 추가적인 보상도 기대할 수 없어 쟁점토지와 관련된 보상 역시 이 건 C에 이전된 바 없다.

이유 5또한, 쟁점매매계약 및 쟁점선매매계약을 통해 ③ 쟁점토지에 대한 실질적인 사용(청구법인이 선매수한 업무시설 건축용으로 배타적 사용), 수익(쟁점토지 및 업무시설 관련 주식회사 신영과의 책임임대차 계약에 따른 임대료 및 자본이득 모두 청구법인 귀속), 처분(쟁점토지는 청구법인에 선매입되어 이 건 C의 임의 처분 불가) 권한을 청구법인이 모두 보유하고 있어 쟁점토지에 대한 지배권리(실질적인 통제권)가 이 건 C에 이전된 바 없다.따라서, 쟁점토지에 대한 위험과 보상은 이 건 C에 이전된바 없고, 청구법인이 쟁점토지에 대한 실질적인 지배권을 보유하므로, 쟁점거래는 기업회계기준상 차입거래에 해당한다.3) 실제로 ① 청구법인의 외부감사인(OOO법인) 및 이 건 C의 외부감사인(OOO법인)은 쟁점거래에 대한 회계처리를 포함하여 청구법인 및 이 건 C가 “일반기업회계기준에 따라, 중요성의 관점에서 공정하게 표시하고 있다”는 적정의견을 표명하였고, ② 회계기준원은 청구법인이 쟁점거래를 차입거래로 회계처리한 것의 적절성을 확인한 바 있다.4) 이와 같이, 쟁점거래는 기업회계기준상 차입거래에 해당하며, 「법인세법」 제43조에 따라 이와 같은 기업회계기준상 취급은 「법인세법」 목적으로도 인정되므로, 쟁점거래는 「법인세법」상 차입거래에 해당한다.(다) 청구법인은 사실관계를 정확하고 자세하게 적시하여 국세청장에게 사전답변을 신청하였고, 국세청장은 ‘기업회계기준에 따라 매각거래인지 여부를 판단’하라는 의견을 표명하였는바, 기업회계기준과 국세청 회신내용에 따라 「법인세법」상 차입거래로 처리한 것이므로 청구법인의 신뢰는 보호받아야 마땅하다.5) 청구법인은 쟁점거래의 주요 사실관계를 적시하여 국세청장에게 사전답변을 신청하였고, 청구법인의 ‘세법해석 사전답변’ 신청에 대해 국세청장은 ‘내국법인이 토지를 양도하면서 향후 해당 토지 위에 신축될 복합건물 중 업무시설을 선매수하는 매매계약을 동시에 체결한 경우, 쟁점토지(전체 양도토지 중 업무시설에 상당하는 토지)에 대한 효율적인 통제권이 내국법인과 분리되어 양수인에게 실질적으로 이전되는 등 기업회계기준에 따른 매각거래에 해당하면 양도손익을 인식한다’고 답하였다. 동 사전답변의 핵심은 쟁점거래의 경우 「법인세법」상 매각거래인지 차입거래인지를 판단할 수 있는 기준이 없으므로, 쟁점거래에 대해 「법인세법」상 양도손익을 인식하려면 기업회계기준상 매각거래에 해당하여야 한다는 것이었다. 청구법인은 이와 같은 국세청장의 사전답변을 신뢰하여 쟁점거래를 기업회계기준에 따라 검토하여 차입거래로 처리한 후 외부감사인의 검토 및 확인을 거쳤으며, 이를 바탕으로 쟁점거래를 「법인세법」상 양도손익을 인식할 대상이 아닌 것으로 처리하였다.6) ‘세법해석 사전답변’ 제도는 납세자가 실명으로 본인과 관련된 특정 거래의 세무 질의사항에 대해 구체적인 사실관계를 명시하여 질의할 경우 이에 대해 답변해 주는 제도로서, ‘국세청 법령사무처리규정’ 제25조에 따르면 이러한 국세청의 답변에는 구속력이 있다.

이유 6청구법인은 쟁점거래의 중요성을 고려하여 사실관계를 상세히 적시하여 질의하였고, 이에 대하여 국세청은 답변의 형식으로 공적인 견해를 표명한바, 이와 같은 국세청의 답변을 믿고 쟁점거래를 기업회계기준에 따라 검토하여 차입거래로 판단하고, 「법인세법」상으로도 차입거래로 처리한 청구법인의 신뢰는 신뢰보호의 원칙 및 ‘국세청 법령사무처리규정’ 제25조에 의거해 보호되어야 마땅하다.(라) 마포세무서장은 ① 쟁점선매매계약에서 거래된 것은 「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」(이하 “집합건물법”이라 한다)상 전유부분과 분리하여 처분이 불가한 대지권이므로 원칙적으로 매매의 목적이 될 수 없고, ② 쟁점토지와 쟁점대지권은 동일한 자산이 아니며, ③ 쟁점거래는 공정가액으로 매입하는 것과 같으므로 재매입약정은 없는 것이라는 의견이다.7) 그러나 청구법인은 쟁점선매매계약을 통해 업무시설(건물)과 업무시설에 상응하는 쟁점대지권을 ‘본건 매매대상 토지(4,440.376㎡)’로 특정하여 매매목적물로서 기재하면서 쟁점대지권의 가액도 규정하여 이를 취득하였으며, 집합건물법의 특성상 동 대지권의 위치가 쟁점선매매계약으로 특정되지 않고 대지권이 건물의 연면적에 따라 결정되는 공유지분의 의미를 갖는다 하더라도, 청구법인은 집합건물법에 따른 대지권의 형식으로 쟁점토지에 대한 소유권을 취득한 것이므로, 청구법인이 업무시설에 상응하는 쟁점대지권의 소유권을 쟁점선매매계약의 계약목적물로서 재취득한 것은 분명하다.＜표1＞ 쟁점선매매계약의 매매목적물○○○8) 실제로 집합건물의 등기부에 대지권의 종류가 소유권(즉, 소유권대지권)으로 표시된다는 점에서 청구법인은 집합건물법에 따른 ‘대지권의 형식’으로 쟁점대지권에 대한 소유권을 취득한 것이고, 동 대지권의 실질은 ‘업무시설에 상응하는 쟁점토지’이다.9) 또한, 마포세무서장도 인용하고 있는 ‘재무보고에 관한 실무의견서 2006-6’의 1호에서는 부동산을 정의하면서 ‘부동산 등’에 토지 및 기타 이와 유사한 것을 포함하는 것으로 규정하고 있는바, 동 실무의견서에 따르면 회계처리목적상 청구법인이 쟁점선매매계약에 따라 취득하는 것이 집합건물법상 대지권이더라도 구사옥토지 중 쟁점토지와 쟁점대지권을 같은 부동산 자산으로 취급하는 것은 너무나 당연하고 자명한 것이다.○○○10) 더욱이 기업회계기준상 재매입약정의 대상이 되는 자산은 당초 판매했던 자산뿐 아니라 그 자산과 실질적으로 같은 자산도 포함하는 것으로 규정하고 있는바, 기업회계기준 검토 목적상 매매목적물의 법적 형식(즉, 토지인지 대지권인지)이 중요한 것이 아니고 그 실질의 동일성을 기준으로 판단해야 하는 것이다.○○○11) 한편, 마포세무서장은 재무보고에 관한 실무의견서 2006-6 ＜관여I＞ ①의 단서조항에 근거하여 청구법인은 쟁점대지권을 계약체결일의 공정가액으로 매입하였으므로 재매입약정이 없는 것이라는 의견이나, 청구법인은 개발이 시작되기도 전에 청구법인이 매각한 쟁점토지와 동일한 가격(즉, 개발이익이 반영되기 전 가액)으로 쟁점대지권을 재매입한 것이므로, 단순히 쟁점토지 거래가액이 계약체결일의 감정평가액으로 기재되었다 하더라도 동 단서조항을 적용할 수는 없다.또한 쟁점거래는 청구법인과 이 건 C 간에 발생한 거래로서 토지매매계약 및 선매매계약 모두에 있어 독립된 제3자가 존재하지 않아, 실무의견서 2006-6 ＜관여I＞①의 단서조항을 적용할 수 있는 ‘쟁점대지권을 매입할 의도와 능력이 있는 독립된 제3자’의 존재 자체가 성립되지 않으며, 동 단서조항은 자산 및 거래의 성격상 동일한 자산을 시장에서 재매입할 수 있는 경우 적용 가능한 것으로, 쟁점거래와 같이 부동산을 특정하여 매각한 이후 동시에 재매입하는 거래의