청구법인이 적격합병의 요건을 충족했는지 여부

요지청구법인은 사실상 지주회사업을 영위하고 있었던 것으로 보임

주문OOO세무서장이 2023.12.6. 청구법인에게 한 종합소득세(배당소득) 2019년 귀속 원천징수분 OOO원과 법인세 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원 및 2022사업연도분 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2019.10.8. 계열회사인 ㈜A(이하 “피합병법인”이라 한다)를 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하는 계약을 체결한 후 2019.12.31. 흡수합병 등기를 경료하고 쟁점합병이 「법인세법」제44조에 따른 적격합병요건을 충족하였다고 보아 2020사업연도 이후 법인세 신고 시 피합병법인의 이월결손금을 승계하여 법인세를 신고하였다.나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.7.20.부터 2023.10.11.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인의 법인등기부상 목적사업이 부동산임대업이지만 청구법인이 부동산임대업에 사용하던 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 양도(2019.7.26.)하여 쟁점합병 당시 부동산임대업 관련 매출이 발생하지 않았고, 법인등기부상 목적사업으로 기재되지 않은 지주사업과 관련해서도 손익이 발생한 사실이 확인되지 않아 청구법인이 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하지 않은 것으로 보고,쟁점합병을 「법인세법」제44조 제2항 제1호 요건(합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인간 합병일 것)을 충족하지 못한 비적격합병이라고 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고,이에 따라 처분청은 2023.12.6. 피합병법인 주주에 대한 의제배당에 따른 2019년 귀속 배당소득세 OOO원(원천징수분)과 지급명세서 미제출에 따른 2019사업연도 법인세 OOO원(가산세) 및 피합병법인의 이월결손금 승계 부인에 따른 2020~2022사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.28. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구주장에 앞서 법인등기부상 목적사업과 관계없이 ‘지주회사업’을 영위할 수 있는지 여부와 적격합병 요건 등에 대하여 살펴보면 아래와 같다.(가) 법인등기부상 목적사업과 상관없이 지배목적 주식 보유를 통해 ‘지주회사업’을 영위할 수 있다.1) 지주회사(Holding Company)는 다른 회사를 지배할 정도의 비율의 주식을 ‘보유’함으로써 그 회사에 대하여 실질적인 지배권을 취득하는 것을 목적으로 하는 회사로서, 자회사에 주주로서의 영향력을 행사하는 것을 그 본질적인 요소로 하는 회사를 의미한다(대전고등법원 2012.6.21. 선고 2011누2314 판결 참조).2) 한국표준산업분류도 금융업 산하에 지주회사(64992)를 두면서, 위 업종을 ‘다른 기업체의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영전략에 영향력을 행사할 목적으로 주식을 확보, 유지하는 산업활동’으로 정의하고 있다.

이유 2따라서 회사가 다른 회사의 지분을 소유하여 다른 기업의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영전략에 영향력을 행사하는 영업을 하였다면, 이는 ‘지주회사업’으로서 독립된 사업에 해당하고, 위와 같은 사업을 합병등기일 현재 1년 이상 영위하고 있었다면 사업영위기간 요건을 충족한 것으로 보아야 한다.3) 기획재정부는 ‘자본시장법상 허용되는 투자 또는 재산의 운용’을 등기부상 목적사업으로 기재한 회사가 (등기부상 목적사업이 아닌) ‘지주회사업’을 영위한 경우 사업영위기간 요건을 충족한 것인지 여부와 관하여 “내국법인이 직원을 고용하거나 물리적인 사무실을 보유하는 등 형식적 요건을 갖추지 않더라도 주주총회 참여를 통한 의결권 행사, 주식인수를 위한 차입금 원리금의 상환, 외부감사 수감, 각종 회계·법률 수수료의 지출, 경영활동에 대한 모니터링, 주식의 관리 및 이사회 결의에 의한 재무제표 승인 등 실질적으로 다른 기업체의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영전략에 영향력을 행사할 목적으로 주식을 확보·유지하는 한국표준산업분류상 지주회사(64992)에 해당하는 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 경우에는 「법인세법」 제44조 제2항 제1호의 요건을 갖춘 것으로 보는 것”이라고 판단하였다(기획재정부 법인세제과-1053, 2019.7.29.).4) 국세청도 위와 유사하게 정관이나 법인등기부등상 목적사업으로 등재되지 않은 사업인 지주회사업을 영위한 자가 사업영위기간 요건을 충족한 것인지 여부에 관하여 “내국법인이 정관이나 등기부에 자회사의 주식 보유를 목적사업으로 규정하고 있지 아니하나, 합병등기일 현재 사실상 한국표준산업분류상 비금융 지주회사(71520)에 해당하는 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 경우에는 「법인세법」 제44조 제1항 제1호의 요건을 갖춘 것으로 보는 것”이라고 판단하고 있다(국세청 법인세과-792, 2009.7.14.).5) 즉, 사업영위기간 요건 총족여부에 대한 판단에 있어서 ‘사업’을 계속하였는지 여부는 정관 또는 등기부상목적사업 등 형식적 요건과 관계없이 실질적으로 해당 업무를 수행했는지 여부에 따라 판단해야 하고, 주식 보유를 통하여 계열회사에 대한 실질적인 지배권을 취득하고 영향력을 행사하는 것도 ‘지주회사’에 해당하는 ‘사업’을 영위한 경우에 해당하는바, 이를 1년 이상 영위한 경우 사업영위기간 요건을 충족하는 것이다.(나) 적격합병 등에 관한 법원 판례와「법인세법」상 규정 등을 살펴보면 아래와 같다.1) 대법원은 “법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 한다. 그리고 그 과정에서 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하고, 나아가 법률의 입법 취지와 목적, 그 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 앞서 본 법 해석의 요청에 부응하는 타당한 해석이 되도록 하여야 한다”라고 판시함으로써 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계를 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 통한 법해석도 법의 ‘문언상 해석’의 한 방법으로 인정하고 있다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81035 판결).2) 「법인세법」은 1998.12.28. 전부 개정을 통하여, 기업조직재편을 촉진할 목적에서, 사업의 계속성과 지분의 연속성이 유지되는 합병·분할의 경우, 이를 과세의 계기로 삼지 않도록 하는 적격합병 및 적격분할 규정을 동시에 도입하였다(대법원 2018.6.28. 선고 2016두40986 판결 참조).

이유 3즉, 적격합병 및 분할에 관한 「법인세법」 규정은, 동일한 입법목적(기업조직재편 지원)을 달성하기 위하여, 기업조직재편의 각 방법(기업결합, 기업분할)에 대하여 각각 규정하고 있는 것이므로, 적격합병 및 분할 관련 규정은 법령 상호 간의 관계를 종합하여 체계적으로 해석하여야 한다.3) 「법인세법」은 적격분할의 요건 중 하나로 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문’을 분할할 것을 요하고 있는데(「법인세법」 제46조 제2항 제1호 가목), 이때 ‘지배목적으로 보유한 주식 등과 그와 관련된 자산·부채만으로 구성된 사업부문’을 독립된 사업부문으로 인정하고 있다. 즉, 법인세 법령은 ‘지배목적으로 주식 및 관련 자산을 보유하는 사업부문’을 분리하여 위 사업부문만으로도 법인을 설립하기에 적합한 사업부문이라고 여기고, 그러한 점을 법 문언에 명확히 규정한 것이다.4) 따라서 적격합병 요건 중 사업영위기간 요건을 해석함에 있어서도 법인이 ‘지배목적으로 주식 및 관련 자산을 보유’하였다면 이는 독립된 사업을 영위한 것으로 보아야 한다. 그렇게 해석하지 않는다면, 어떠한 법인이 지배목적으로 보유하는 주식 및 그와 관련된 자산, 부채만을 보유하고 있는 경우에 대하여, ① 적격분할 세제에서는 이를 분리하여 사업이 가능하고, 위 사업부문만으로 법인을 설립하기에 적합한 독립된 사업부문으로 보는 반면, ② 적격합병 세제에서는 이를 ‘사업’을 영위하고 있지도 않은, 사실상의 폐업 중인 법인이라고 보는 불일치가 발생하게 되는바, 이는 「법인세법」체계정합성에 반한다. 따라서, 적격분할 세제와의 체계적·논리적 해석 방법을 고려할 때, 법인이 주식 보유를 통하여 계열회사에 대한 실질적인 지배권을 취득하고 영향력을 행사하였다면, 이는 ‘사업’을 영위한 경우에 해당함이 명백하다.(2) 청구법인은 지배목적으로 주식을 보유하고 지주업을 영위하였으므로 쟁점합병은 적격합병요건을 충족한 적격합병에 해당한다.(가) 청구법인의 지배목적 주식보유를 통한 지주회사 사업을 수행하였다.1) 청구법인은 합병등기일 현재 1년 이상, 지배목적으로 ㈜B 주식을 보유함으로써 ㈜B를 자회사로 두고(지분비율 50.53%), 지배력을 행사하고 있었다(2019년 감사보고서).2) 아래 ＜표1＞의 C 지분구조도를 보면, 청구법인은 ㈜B를 자회사로 지배하고, ㈜B는 다시 ㈜D(100%), ㈜E(49%), ㈜F(48.3%), ㈜G(50.61%), ㈜H(100%), ㈜I(61.1%), ㈜J(100%) 등을 지배하고 있으며, 그 중 ㈜D은 ㈜K 지분 47.62%를 확보함으로써 위 회사를 지배하고, ㈜K는 ㈜L(지분 100%) 및 ㈜M(지분 47.75%)를 각 지배하고 있음을 알 수 있다. 즉, 청구법인은 C 지배구조의 정점에 있는 회사로서 지주회사의 역할을 수행할 수밖에 없는 구조를 가지고 있는 것이다.＜표1＞ C그룹 지분구조(2019.6.30. 기준)○○○3) 특히, 쟁점합병 이후에도 청구법인은 C 지주회사 역할을 계속하여 수행하고 있는데, 순환출자구조 정리 및 청구법인의 추가적인 지분확보를 통하여 청구법인의 지주회사 지위는 더욱 강화된 것을 확인할 수 있다.＜표2＞ C그룹 지분구조(2023.6.30. 기준)○○○4) 뿐만 아니라 청구법인이 쟁점부동산을 매각하기 이전의 재무제표를 보더라도, 청구법인의 주요 자산은 ‘투자부동산’이 아닌 ‘종속기업 투자주식’인 것을 알 수 있다.

이유 4합병등기일이 속하는 사업연도의 경우 청구법인의 자산 총액 중 약 69% 이상이 종속기업 투자주식에 해당하는바, 이에 비추어 볼 때 청구법인은 쟁점부동산 매각 이전에도 지배목적 주식보유를 통한 지주회사업을 주된 사업으로 수행하고 있었던 것이다.5) 또한 청구법인은 종속기업 투자주식을 회사 설립 직후부터 계속하여 상당한 비율로 보유하고 있었고, 2001.6.5. 설립된 직후인 2003년부터 종속기업 투자주식을 보유하기 시작하였는데, 그 이후부터 합병등기일 이전까지 전체 보유자산 대비 투자주식의 비율은 50% 이상, 많게는 약 85%에 달하였으며, 합병등기일 이후에는 그 비중이 더욱 확대되어 80% 이상을 차지하고 있다. 즉, 실질에 비추어 볼 때, 청구법인이 설립 이래로 계속하여 영위한 사업은 ‘지주회사업’임이 명백하다.(나) 청구법인은 지주회사로서 업무를 수행하였고 이를 구체적으로 살펴보면 아래와 같다.1) 청구법인은 지배목적으로 주식을 보유하였을 뿐만 아니라, 특수관계인의 차입을 위해 보유 주식을 담보로 제공하거나, 계열회사에 자금을 대여하고, 자회사 주주총회에 출석하며, 계열회사 주식을 추가로 취득하는 등 지주회사로서의 구체적인 업무도 함께 수행하였다.2) 청구법인은 쟁점합병 이전에 특수관계인인 ㈜N의 차입에 대하여, 보유하고 있던 ㈜B 주식 OOO주를 O에 담보로 제공함으로써 특수관계인의 자금 조달을 지원하였다.3) 또한 청구법인은 2019.7.29. 계열회사인 ㈜P에게 OOO원을 만기일을 2020.7.28.로, 이자율을 4.6%로 하여 대여함으로써 계열회사의 원활한 사업 수행을 보조하였다.4) 뿐만 아니라 청구법인은 쟁점합병 이전인 2019.3.25. 자회사 ㈜B의 제OOO기 주주총회에 출석하여, 재무제표 승인, 이사, 감사의 각 선임 등 안건에 대한 의결권을 행사하였다. 즉, 청구법인은 ㈜B의 주식을 보유하기만 한 것이 아니라, 과반수 지분에 해당하는 의결권을 적극적으로 행사함으로써 ㈜B를 실질적으로 지배하였고, 이를 통하여 C 전체의 경영전략에 영향력을 행사하였음을 알 수 있다.5) 그 외에도 청구법인은 쟁점합병 이전인 2019.7.29. Q 회장으로부터 계열회사인 R의 기명식 보통주 OOO주를 OOO원에 양수함으로써 지주회사로서의 역할을 더욱 강화하기도 하였다(2019.7.18.자 이사회의사록).6) 위와 같은 점을 종합할 때, 청구법인은 지배목적 주식 보유 및 의결권 행사를 통하여 계열회사에 대한 지배력 및 영향력을 행사하고, 계열회사의 자금조달을 지원하는 등의 역할을 수행하였는바, 청구법인은 지주회사에 해당하는 사업을 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 영위함으로써 사업영위기간 요건을 충족하였음이 명백하다.(다) 쟁점합병을 비적격합병으로 보아 과세한 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.1) 사업영위기간 요건으로서의 ‘사업’은 등기부상 목적사업에 국한되지 않는다. 조사청은 청구법인이 수행할 수 있는 사업이 등기부상 목적사업에 한정된다는 전제에서, 청구법인의 등기부상 목적사업이 ‘부동산임대업’인데 청구법인은 임대사업을 영위할 인적·물적 설비가 없어 사실상 휴업상태였다고 판단하였다. 하지만, 사업영위기간 요건 충족 여부를 판단할 때의 ‘사업’ 영위 여부는 등기부상 목적사업이 아닌 실제 영위한 사업을 기준으로 판단하여야 하는바, 이와 다른 전제에 선 조사청의 과세근거는 위법하다.가) 조세법률주의 위반대법원은 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 판시하면서(대법원 2004.5.28.

이유 5선고 2003두7392 판결 등 다수), 예컨대 구 「소득세법」 제81조 제8항 소정의 증빙불비가산세 부과대상으로서의 ‘법정증빙서류 외의 증빙을 수취한 경우’에 ‘증빙을 수취하지 않은 경우’를 포함한다고 해석하는 것은 문언의 해석 가능한 범위를 넘어 조세법률주의에 기초한 엄격해석의 원칙에 반하므로 과세관청이 증빙서류를 수취하지 않은 납세자에 대하여 한 증빙불비가산세 부과처분이 위법하다고 판단하는 등(대법원 2007.6.28. 선고 2005두13537 판결) 조세 법규를 해석함에 있어서 문언의 범위를 넘어서는 해석은 허용되지 않는 것으로 판단하고 있다.사업영위기간 요건의 문언은 “합병등기일 현재 1년 이상 ‘사업’을 ‘계속’하던 내국법인 간의 합병일 것”이라고만 규정되어 있는바, 위 요건의 의미는 문언 그대로 어떠한 사업이든 1년 이상 계속하기만 하면 위 요건을 충족하는 것으로 해석하여야 하고, 사업의 범위를 등기된 목적사업으로 한정하는 것은 아무런 근거없이 조세법 문언을 축소해석하는 것으로서 조세법률주의에 위반된다.나) 타 입법례와 비교를 통한 해석다른 조세법 규정의 입법례와 비교하더라도, 업무 또는 사업의 범위를 정관 또는 등기부상 목적사업으로 한정하기 위해서는 그에 대한 명시적인 법규정이 있어야 함을 알 수 있다.예컨대, 「지방세특례제한법」은 특정목적 부동산 취득에 대하여 지방세를 감면 또는 면제하기 위한 요건으로 ‘고유업무에 직접 사용’할 것이라는 요건을 두고 있는데, 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제1호는 “‘고유업무’란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다”라고 규정하고 있는바, 지방세를 감면 또는 면제받기 위한 ‘업무’의 범위는 법령의 규정에 의하여 법인등기부에 기재된 목적사업만으로 제한된다.또한, 구 「지방세법」(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것)은 법인의 비업무용 토지에 대해서 취득세를 중과하도록 규정하고 있었는데, 같은 법 시행령(1996.12.31. 대통령령 제15211호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제2항은 법인의 고유업무를 “1. 법령에서 개별적으로 규정한 업무, 2. 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무, 3. 행정관청으로부터 인·허가를 받은 업무”라고 열거함으로써 취득세 중과세율을 적용받지 않기 위한 업무의 범위를 구체적으로 제한하고 있었다.법원은 위 각 규정을 해석할 때, 조세법령이 조세 감면 또는 중과세율을 적용받지 않기 위한 요건으로서의 ‘업무’(사업) 범위를 등기부상 목적사업 등으로 명확하게 규정하고 있는 경우에는, 목적사업 외의 업무를 수행하더라도 이는 ‘업무’에 해당하지 않는 것이라고 판시하고 있다(서울행정법원 2019.9.6. 선고 2019구합57305 판결, 대법원 1997.4.11. 선고 97누478 판결 참조).

이유 6이를 반대해석하면, ‘사업’의 의미를 등기부상 목적사업으로 제한하기 위해서는, 사업의 범위를 제한한다는 명시적인 법규정이 있어야 하는 것임을 알 수 있다.그런데 이와 달리 적격합병 요건 중 사업영위기간 요건은 그 법규정에 ‘사업’을 ‘계속’할 것이라고만 규정되어 있고, 그와 달리 사업의 범위를 제한하는 어떠한 규정도 없음이 명확하므로, 위 사업의 범위를 등기부상 목적사업으로 한정하는 것은 위법하다.이러한 점을 종합할 때, 사업의 영위 여부는 등기부상 목적사업과 같은 형식에 따라 판단하는 것이 아닌 실제 사업의 존속 여부를 실질에 따라 판단해야 하므로, ㈜B 주식을 보유하고, 계열회사 지원 등의 업무를 수행함으로써 지주회사업을 수행하였던 청구법인은 사업영위기간 요건을 충족한 것으로 보아야 한다.2) 청구법인은 사업을 영위할 인적·물적 설비를 갖추고 있었다.가) 조사청은 청구법인이 2019년 7월경 쟁점부동산을 매도하였고, 2019년 대표이사 S가 퇴임하였다는 점을 근거로, 청구법인이 목적사업(부동산임대업)을 영위할 물적·인적 구성이 없는 사실상 휴업상태에 있다고 판단하였다.그러나 지주회사 사업의 경우, 보유하고 있는 주식 자체가 필수적인 물적설비에 해당하고, 종전 대표이사 S가 퇴임하였다고 하여 인적 공백이 발생하는 것은 아니므로, 조사청의 위 과세근거 역시 위법하다.나) 법원은 적격분할의 요건인 독립된 사업부문인지 여부가 문제된 사안에서 “부동산 임대·투자사업은 그 사업의 특성상 별다른 물적·인적 자원이 필요하지 않을 수 있으므로 수익을 목적으로 하여 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성을 가지고 사업을 영위하여 왔다면 이를 토대로 독립된 사업활동을 할 수 있다”라고 판시함으로써 사업 영위 여부는 물적·인적 시설 유무에 따라 일률적으로 판단하는 것이 아니고, 그 업종의 특성, 실질적인 사업수행 여부 등을 고려하여 판단해야 한다고 판시하고 있다(서울고등법원 2019.6.28. 선고 2018누73562 판결).이를 종합할 때, 다른 회사를 지배할 목적으로 주식을 보유함으로써 그 회사에 대한 실질적인 지배권을 취득하는 것을 목적으로 하는 지주회사의 경우에는(대전고등법원 2012.6.21. 선고 2011누2314 판결 참조) ‘보유’하고 있는 다른 회사의 주식 자체가 사업을 영위하기 위한 본질적이고 핵심적인 물적 설비라고 할 수 있다. 청구법인이 쟁점부동산을 매각하기 이전에도, 청구법인의 핵심 자산은 ‘투자부동산’이 아닌 자산총액의 약 69% 이상을 차지하는 ‘종속기업 투자주식’이었다. 즉, 지주회사업을 영위하는 청구법인이 쟁점부동산을 매각하였다고 하더라도 핵심자산으로서의 ㈜B 주식이 남아 있는 이상, 청구법인의 물적설비가 결여된 것으로 볼 수는 없다.다) 또한, 청구법인은 2019.8.16. S 대표이사의 사임 후, 같은 날 T을 대표이사로 선임하였는바, S의 대표이사 퇴임으로 인한 청구법인의 인적 공백도 발생하지도 않는다. 따라서 청구법인에는 지주회사 업무를 수행할 수 있는 대표이사가 있었음이 명백하므로, 청구법인에 인적 구성이 없었다는 조사청의 과세근거는 부당하다.(라) 사업영위기간 요건을 엄격하게 해석하여 쟁점합병을 비적격합병으로 판단한 것은 부당하다.1) 조사청은 사업영위기간 요건 충족 여부를 판단함에 있어서, 등기부상 목적사업을 영위하면서, 일정한 매출을 일으킨 경우에 이르러야만 위 요건이 충족한 것이라고 판단하는 등 위 요건을 매우 엄격하게 해석하고 있다.2) 그러나 사업영위기간 요건은 합병을 하려는 법인이 과거 1년 이상 사업을 계속하였어야 한다는 요건으로서 사업상의 목적 여부와는 관련없는 지극히 형식적인 요건에 불과하다.