쟁점토지에 대한 농지전용허가를 받은 후 전용목적에 사용하지 않고 그대로 양도한 것으로 보아 토지등 양도차익에 대한 법인세를 과세한 처분의 당부

요지청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 호텔 개발사업을 목적으로 전용허가를 받았으나 쟁점토지 보유기간 중 건축을 위한 사전절차를 이행하였다는 사정만으로는 착공하였다고 보기 어려움

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2016.9.2. 개업하여 부동산 개발 및 컨설팅을 주업으로 하는 법인으로, 2017.12.29.∼2018.6.8. 기간 동안 강원특별자치도 OOO 외 45필지 토지 면적 70,227㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 호텔·리조트 개발사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 추진하다가 2021.5.31. a 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 양도하였다.나. 청구법인은 쟁점토지 양도차익 OOO원에 대하여 2021사업연도 법인세 신고시 각 사업연도 소득에 포함하여 신고·납부하였으나, 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 신고·납부하지 않았다.다. 처분청은 2024.8.26.～2024.9.12. 기간 동안 교차종합감사를 실시하여 청구법인이 쟁점토지에 대한 농지전용허가를 받은 후 전용목적인 호텔 개발사업에 사용하지 않고 농지 상태로 양도하였으므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다고 보아 2025.5.21. 청구법인에게 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 부과하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.10. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 「법인세법」 제55조의2 제2항 제1호 가목 및 같은 법 시행령 제92조의5 제3항 제2호에 따르면, 「농지법」 제6조 제2항 제7호에 따른 농지전용허가를 받은 법인이 소유한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지는 비사업용 토지에 해당하지 않아 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상이 아닌데, 쟁점토지는 농지전용허가를 받은 청구법인이 소유한 농지로서 전용목적에만 사용되었으므로 비사업용 토지에 해당하지 않는다.청구법인은 농업을 경영하거나 경영할 목적으로 설립된 법인이 아니므로 농지인 쟁점토지를 취득할 수 없으나, OOO(이하 “OOO”이라 한다) 제31조에 따라 사업계획 승인을 받은 시행자로서 청구법인은 같은 법 제33조 제1항 제3호에 따라 쟁점토지에 대하여 「농지법」 제6조 제2항 제7호 및 제34조 제1항에 따른 농지전용허가를 받은 것으로 의제된 것이다.청구법인은 쟁점토지 취득 이후 아래 ＜표1＞과 같이 다른 용도로 사용함이 없이 오직 쟁점사업의 용도로만 사용하였다.＜표1＞ 쟁점사업 추진내역(2) 청구법인은 쟁점법인과 쟁점토지 매매계약을 체결할 당시(2020.12.3.) 착공신고(2020.12.9.)가 예정되어 있었으며, 쟁점토지 양도 당시(2021.5.31.) 이미 공사에 착수한 상태로, 착공신고 수리가 완료(2020.12.29.)된지 이미 5개월 간 공사가 진행된 상황이었다.공사일정 변경보고 공문, 건축물대장 등 다수의 공문서에서 착공일이 2020.12.29.로 확인되며, 쟁점사업 사업기간이 2020.12.31.까지로 인가되어 있었기 때문에 기간 내 착공하지 않았다면 쟁점사업 인허가가 취소되었을 것이다.주식회사 b의 2022사업연도 사업보고서상에도 쟁점사업 관련 호텔·리조트 조성공사 계약 체결일은 2020.11.19.로, 공사 계약기간은 ‘2020.12.1.～2024.11.30.’로 공시되어 있다.

이유 2단지 공사비용 지출이 없었으므로 실질적으로 착공한 것으로 보기 어렵고 쟁점토지가 전용목적에 사용되지 않았다는 처분청의 의견은 사실관계를 오인한 것으로 부당하다.(3) 처분청은 쟁점사업을 위한 도급공사 계약 및 실제 착공을 한 사실이 없다는 의견이나, 시공사 주식회사 b의 공사계약 공시내역, 2020.12.9.자 착공신고서, 청구법인이 강원특별자치도 강릉시에 제출한 공사일정변경 공문, 건축물대장 등에 의하면 실제 착공을 하였음을 확인할 수 있으며, 쟁점토지 양수 이후에도 실질적으로 청구법인이 진행하던 공사가 사업시행자만 쟁점법인으로 변경되어 계속되었다고 보아야 한다.처분청은 청구법인이 진행하던 건축물 신축공사와 쟁점법인이 진행한 공사가 별개의 공사라는 전제 하에 청구법인이 공사에 착수하지 않았다고 주장하나 이는 사실관계를 오인한 것이다.공사현황판 및 주식회사 b의 2022사업연도 사업보고서상 2022.4.경부터 호텔 공사에 착수한 것으로 공사일정이 기재된 것은 쟁점법인이 새로운 사업명칭으로 숙박시설을 확대하는 등 사업내용을 변경함에 따라 새로이 강원특별자치도지사로부터 사업실시계획 변경승인을 받음에 따라 형식적·임의적으로 기재한 것에 불과하다.쟁점사업 관련한 건축물 착공신고는 2020.12.9. 유효하게 이루어졌으며, 2020.12.29. 정상수리되었고, 쟁점법인은 쟁점토지 양수(2021.5.31.) 후 해당 착공신고에 의해 신축공사를 계속하였다. 다만 쟁점법인은 쟁점토지 양수 이후 사업시행자 변경과정에서 공사를 일시적으로 중단하였고 2022.4.29. 공사를 재개하였다.

이유 3즉 청구법인이 진행하던 공사와 쟁점법인이 진행한 공사는 사실상 하나의 공사이며, 완공된 리조트 건물OOO의 건축물대장에 착공일이 2020.12.29.로 기재된 것을 통해서도 이를 확인할 수 있다.(4) 처분청은 쟁점토지 양도 당시 최소한의 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하지 않았으므로 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호에 따라 쟁점토지가 건설에 착공되지 않는 토지로서 비사업용 토지에 해당한다는 의견이나, 해당 규정은 건물신축용 토지에 적용되는 것으로서 호텔·리조트 건물 신축뿐만 아니라 도로·주차장, 운동·문화·집회시설, 조경녹지 조성 등 전반적인 부지조성 사업 시행을 위하여 사업시행 인허가 및 전용허가를 받은 쟁점토지에는 적용될 수 없다.조세심판원(조심 2009구3381, 2010.8.20.)은 사업시행자가 중도에 사업을 양도하고 「농지법」에 따라 농지전용허가를 받아 취득한 사업대상토지를 이후 사업시행자에게 양도한 경우 해당 토지를 비사업용 토지가 아니라고 판단하였고, 어떤 토지가 사업용으로 사용되었는지 여부는 당해 토지의 용도에 따라 사용하였는지 여부를 기준으로 판단하여야 하고, 사업 도중에 사업시행자가 변경되었다 하여 곧바로 비사업용 토지에 해당된다고 단정할 수는 없으며, 해당 토지를 취득할 당시부터 전용목적에 사용할 목적으로 취득하였고 당해 전용목적 외의 목적으로 사용하였다는 사실이 확인되지 아니하므로 취득 당시부터 양도 당시까지 전용목적으로 사용한 것으로 볼 여지가 있다는 입장이다.청구법인은 쟁점토지의 전용허가를 받을 때 전용목적으로 아래 ＜그림1＞의 “특구개발사업 실시계획승인 신청서”와 같이 건물 신축 외에도 여러 목적을 기재하여 신청하여 승인받았는데, 처분청은 쟁점토지의 전용목적을 오직 건물 신축에 한정하여 법규정을 잘못 적용하고 있다.(＜그림＞ 삽입을 위한 여백)＜그림1＞ 특구개발사업 실시계획승인 신청서쟁점토지의 전용목적은 건물 신축을 포괄하는 더 넓은 범주에 해당하므로 쟁점사업 시행을 위하여 공사에 착수한 날(2020.12.29.)부터 전용목적에 사용되고 있다고 보아야 한다. 또한 건물신축용 토지의 착공 기준과 유사하게 최소한의 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하지 않았다는 이유로 공사 착수 자체를 부정하는 것은 타당하지 않다.청구법인은 쟁점토지를 양도하기 전까지 안내사인 설치, 경작지 정리, 진입로 개설, 가설울타리 및 컨테이너 설치 공사를 진행하여 쟁점토지가 쟁점사업 외에 다른 용도에 사용될 가능성이 없었다.(5) 쟁점토지 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 것은 「법인세법」 제55조의2의 입법취지에도 부합하지 않는다.법인 소유 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 「법인세법」 제55조의2의 취지는 토지를 그 생산력 등 고유한 특성을 활용하는 방식으로 사용하지 않고 단순히 거래의 객체로 삼아 양도차익을 통한 재산증식수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하고 부동산시장을 안정화하며 투기이익을 환수하려는 데에 있다(대법원 2017.10.26.

이유 4선고 2017두50249 판결 외 다수).쟁점토지는 OOO에 따라 지정된 강릉시 “녹색비즈니스·해양휴양지구” 특구 내에 소재한 농지로, OOO에 따라 지정된 사업시행자만 취득할 수 있고 전용목적에만 사용되도록 용도가 엄격히 제한되어 있다.청구법인은 쟁점사업을 추진하던 중 부득이 쟁점토지 및 사업시행권 일체를 양도하였으므로, 이를 일반토지의 양도와 같이 보아 단순히 토지양도차익을 통한 재산증식수단으로 이용한 것으로 볼 수 없다.(6) 처분청이 제시한 심판례는 모두 건축행위가 이루어지지 않은 사안으로, 이 사건과 사실관계 및 법리가 상이하여 이 사건에 적용될 수 없다.대구지법 2022.9.21. 선고 2021구합25372 판결은 부지정리공사만 하고 더 이상 건축물 신축공사를 진행하지 아니한 경우로 착공신고서만 제출하였으나, 쟁점토지의 경우 착공신고가 수리되어 청구법인이 진입로, 부지정리공사, 가설울타리 설치 등을 한 뒤 양도하여 건축물도 정상적으로 완공되었다.조심 2017서5160(2018.5.15.)의 경우 농지 전용목적도 공장 신축으로 한정되고, 착공신고 전에 양도한 건으로, 전용목적의 범주도 더 포괄적이며 착공신고 수리를 거친 쟁점토지와는 사실관계가 다르다.나. 처분청 의견(1) 청구법인은 쟁점토지를 ‘호텔·리조트 건설’이라는 전용목적에 사용하지 않고 양도하였으므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다.청구법인은 쟁점토지를 취득하여 양도하기 전까지 사업실시계획을 승인받고 실시설계용역 계약 등을 체결했을 뿐 쟁점사업 추진을 위한 도급공사 계약을 하거나 실제 착공을 한 사실이 없다.청구법인이 쟁점사업을 추진했다는 증거로 제시한 설계용역계약, 자문계약, 공동사업참여 양해각서, 예비기술지도계약 등은 쟁점사업을 위한 준비행위에 불과하며, 실제 건축행위 없는 준비행위만으로는 쟁점토지를 전용목적에 사용했다고 보기 어렵다.공장 신축을 위해 농지전용허가를 받은 농지를 취득하여 형질변경·공장허가를 득하고 설계건축비 지급, 농지보전부담금 납부, 측량비 지급, 착공신고 후 실제 건축행위 없이 토지를 양도한 사건에서 조세심판원(조심 2017서5160, 2018.5.15.)은 공장 신축을 위한 사전 절차를 이행하였다는 사정만으로는 농지 소유기간 동안 당초 전용목적으로 사용되었다고 보기 어렵다고 결정하였으며, 서울행정법원(서울행법 2019.4.5. 선고 2018구합5277 판결)도 건축을 위한 준비행위만이 있었을 뿐 실제 건축행위가 이루어지지 않았으므로 전용목적으로 사용되는 토지로 볼 수 없다고 판시하였다.(2) 청구법인은 쟁점토지 양도 당시(2020.12.경) 주식회사 b이 공사에 착수했다고 주장하나, 이는 사실과 다르다.쟁점법인이 쟁점토지 양수 이후 2022.4.29.

이유 5강원특별자치도지사로부터 실시계획 변경 승인을 받아 숙박시설을 확대하고 문화 및 집회시설을 건설하지 않기로 하여 사업내용이 대폭 변경된 바, 그 전에 주식회사 b이 쟁점토지에 착공하는 것은 불가능하다.청구법인의 매입세금계산서 검토 결과, 쟁점토지 양도계약을 체결(2020.12.3.)했을 때부터 양도(2021.5.31.)할 때까지 매각자문수수료, PM용역수수료, 임대료 등 수수료 매입만 있을 뿐, 공사와 관련된 매입내역이 없는 것으로 확인되며, 청구법인도 공사 진행에 대한 직접적이고 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있다.쟁점토지 현장 사진, 쟁점사업 관련 신문기사, 공사기간 변경 공문 등에 따르면 청구법인이 쟁점토지 양도 이후 최소 1년 후인 2022.4.경에야 쟁점법인이 착공을 한 것으로 확인되며, 쟁점법인과 주식회사 b 간 제1차 공사기성청구는 2022.7.21.에 최초 발생했으므로 청구법인이 쟁점토지 양도 당시에는 어떠한 공사도 진행되지 않는 상태로 보는 것이 타당하다.청구법인이 쟁점토지를 소유하고 있는 기간 동안 쟁점토지는 농지로서 종합합산과세되었다.쟁점토지 양수 이후 쟁점법인이 설치한 공사현황판에 따르면 공사기간을 ‘2022년 4월～2025년 2월(34개월)’로 기재하고 있으며, 주식회사 b은 2022사업연도 사업보고서에 착공일을 2022.4.29.로 공시하였다.(3) 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 일정 기간 동안 사업용 토지로 보도록 규정하고 있는데, 청구법인이 쟁점사업을 위한 실질적인 건축행위 없이 건축을 위한 준비행위를 한 것만으로는 쟁점토지를 전용목적에 사용했다고 인정하기 어렵다.대법원은 사회통념상 특정 토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에 ‘착공’하였다고 인정하기 위해서는, 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축 도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 ‘착공’하였다고 볼 수 있다고 판시(대법원 1994.12.2. 선고 94누7058 판결)하였다.하급심 판례(대구지법 2022.9.21. 선고 2021구합25372 판결)도 기존 건물이나 시설 등의 철거, 벌목이나 수목 실재, 신축 건물의 부지 조성, 울타리 가설이나 진입로 개설 등 건물 신축의 준비행위에 해당하는 작업이나 공사를 개시한 것만으로는 공사 착수가 있었다고 할 수 없고, 부지 정리공사만 하고 나서 더 이상 건축물 신축공사를 진행하지 아니한 경우 착공신고서를 제출하는 것만으로 공사에 착수하였다고 인정하기에 부족하다고 판시하였다.(4) 자금경색, 지가상승 등의 이유없이 단순히 실질적인 개발행위 없이 개발 준비행위만을 진행하다가 토지를 양도하는 경우까지 사업용 토지로 보는 것은 토지의 생산적인 이용을 목적으로 신설된 「법인세법」 제55조의2의 취지에도 어긋나며, 법규정을 확대해석하는 것이다.(5) 대지와는 달리 농지전용허가를 받은 농지에 대해서는 부지 정리, 가설물 설치 등 사업준비행위를 하였다면 사업용 토지로 보는 것은 농지에 대하여 과도한 혜택을 주는 불형평을 야기하며, 입법취지에도 부합하지 않는다.3. 심리 및 판단가. 쟁 점쟁점토지를 농지전용허가를 받은 후 전용목적에 사용하지 않은 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분의 당부나.

이유 6관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 처분청의 이 사건 토지 등 양도소득에 대한 법인세 부과처분 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 쟁점토지 양도소득에 대한 법인세 부과 내역(단위 : 원)(2) 청구법인의 쟁점사업 추진 관련 내용은 다음과 같다.“OOO사업시행자 지정 고시(강원도 고시 제2015-407호)”에 따르면 강원특별자치도지사는 「평창동계올림픽법」 제48조에 따라 2015.10.2. ‘숙박시설 등 관광휴양시설’을 사업내용으로 하는 녹색비즈니스·해양휴양지구의 사업시행자(대표사)를 c(주)로 지정하였으며, 아래 ＜그림2＞의 “OOO 사업시행자 지정 변경 고시(강원도 고시 제2017-63호)”에 따르면 강원특별자치도지사는 2017.2.20. 사업시행자(대표사)를 청구법인으로 변경하고 사업 시행기간을 2015.10.1.∼2019.9.30.으로 하였다.(＜그림＞ 삽입을 위한 여백)＜그림2＞ 사업시행자 지정 변경 고시(2017.2.20.)청구법인은 2017년 3월경 강원특별자치도지사에게 특구개발사업 실시계획승인 신청을 하였는데, 쟁점토지 이용계획을 아래 ＜그림3＞과 같이 숙박시설 용지, 문화 및 집회시설 용지, 공공시설 용지, 조성녹지로 하였다. 아래 ＜그림4＞의 “OOO특구 「녹색비즈니스·해양휴양지구(OOO 조성사업)」 실시계획 승인·고시 및 지형도면 고시(강원도 고시 제2017-513호)”에 따르면 강원특별자치도지사는 2017.12.8. 쟁점사업 실시계획을 승인하였다.＜그림3＞ 특구개발사업 실시계획승인 신청서＜그림4＞ 실시계획 승인 고시(2017.12.8.)아래 ＜그림5＞ “특구실시계획승인 의제 협의에 따른 농지전용 협의” 공문에 따르면 강원특별자치도 강릉시장(도시재생과)은 「농지법」 제34조 및 같은 법 시행령 제34조에 따라 전용목적을 ‘OOO 조성’으로 하고 농지보전부담금 OOO원을 납부하는 조건으로 농지전용 협의하였다.＜그림5＞ 농지전용 협의 공문(3) 건축주인 주식회사 d은 2020.12.9. 설계자 및 공사감리자를 주식회사 d로 하고, 공사시공자를 주식회사 b로 하여 강원특별자치도 강릉시장에게 착공신고를 하였으며, 강원특별자치도 강릉시장은 2020.12.29. 착공신고를 수리하였다.쟁점토지에 건설된 건축물OOO의 건축물대장에 따르면, 건축허가일은 2017.11.27., 착공일은 2020.12.29., 사용승인일은 2025.4.29.로 기재되어 있다.(4) 청구법인이 쟁점토지를 전용목적에 사용했다고 주장하면서 제출한 자료는 다음과 같다.청구법인은 쟁점사업 관련 주식회사 d와 2017.9.13. 인테리어 설계 용역계약을 아래 ＜그림6＞과 같이 체결하고, 2020.12.9. CM형 감리용역계약을 체결하였다.(＜그림＞ 삽입을 위한 여백)＜그림6＞ 인테리어 설계 용역(2017.9.13.)청구법인은 “OOO센터 조성사업”의 수행을 위하여 2017.4.24. OOO사업단과 아래 ＜그림7＞의 자문을 수행하는 것을 내용으로 자문계약을 체결하였다.＜그림7＞ 자문계약서청구법인은 주식회사 e 및 f 주식회사와 2019.11.25. ‘공동 사업 참여 양해각서’를 아래 ＜그림8＞과 같이 체결하고, 주식회사 e는 2020.7.9. 청구법인에게 쟁점사업 완성 조감도, 설계도 등 ‘레이아웃 검토서’를 제출하였으며, 2020.9.2. 주식회사 e와 ‘예비기술지도계약’을 체결하였다.＜그림8＞ 공동 사업 참여 양해각서청구법인은 2020.11.19.