쟁점거래를 가공거래로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 부가가치세 등을 부과한 처분의 당부 등

요지자료상인 쟁점거래처로부터 가공세금계산서 등을 수취하여 매입세액 공제받은 것은 조세범처벌법상 ‘사기나 그 밖의 부정행위’에 해당하여 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당함

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2010.8.10.부터 2016.12.28.까지 OOO에서 고철ㆍ비철 도소매업을 영위하면서, 2015년 제1기∼제2기 부가가치세 과세기간 동안 OOO으로부터 공급가액 합계 OOO원, OOO(이하 OOO과 합하여 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 합하여 “쟁점세금계산서”라 하고, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 수취하고, 해당 매입세액을 공제하는 등 하여 부가가치세 및 법인세를 신고ㆍ납부하였다.나. 처분청은 2016년 10월경 중부지방국세청장으로부터 쟁점거래처가 실물거래 없이 사실과 다른 세금계산서를 발행하였다는 과세자료를 통보받고, 2025.3.28.부터 2025.5.23.까지 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아, 2025.7.25.과 2025.10.15. 청구법인에게 2015년 제1기∼제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2015사업연도 법인세 OOO원을 각 경정·고지(공시송달)하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.13. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 처분청은 청구법인에 대한 아무런 조사 없이 이 건 처분을 하였다.(가) 청구법인은 경영악화로 인하여 2016년 7월경에 파산선고를 받은 후 2016.12.28. 폐업하였다.처분청은 2025.3.28.～2025.5.23. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시하였다고 하나, 청구법인의 대표이사 A은 위 기간 동안 OOO와 OOO 등에서 일용직 근로를 하고 있어 조사에 대응할 수 없는 상황이었고, 이 건과 관련하여 처분청에 어떠한 진술도 한 사실이 없다.처분청에서 청구법인에 대한 실질적인 조사 없이 청구법인이 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하였다고 간주하여 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 납세자의 권익을 침해한 일방적인 처분으로 부당하다.(나) 일반적으로 자료상이라 함은 부가가치세를 탈루할 목적으로 단기간에 사업을 영위하다가 폐업하는 자를 의미하는 반면, 청구법인은 2010.8.10. 개업 이후 약 7년 동안 정상적으로 사업을 영위하다가 경영악화로 인하여 파산선고를 받고 2016.12.28.

이유 2폐업하였다.청구법인이 자료상에 해당한다면 장기간 사업을 영위할 이유도 없었을 것이며, 사업 정상화를 위하여 법원에 회생절차를 신청할 이유도 없었을 것이다.(2) 청구법인은 선량한 관리자로서의 주의 의무를 다한 선의의 거래 당사자이므로 이 건 과세처분은 부당하다.청구법인은 중간도매상인 쟁점거래처로부터 매입한 고철을 대형업체에게 납품하였는데, 이 과정에서 고철 적재장 보유 여부, 재고물량 확인 현장확인 등을 통해 일정 수준 이상의 물량 수집능력이 있는 업체를 선별하여 거래하였다.이와 같이 거래상대방에 대한 충분한 주의의무를 다하였는데도, 단지 중부지방국세청장의 조사결과 쟁점거래처가 자료상으로 확정되었다는 사정만으로 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서 전부를 가공거래라고 단정하는 것은 부당하다.또한 쟁점거래가 가공거래라면 그 이후 단계인 청구법인의 매출거래 및 최종 수요처인 A 주식회사의 매입거래가 모두 부인되어야 하는데, 후속 거래는 정상거래라고 인정하면서 청구법인의 매입거래만 가공거래라고 보는 것은 조세형평에 반하는 부당한 처분이다.(3) 처분청은 과세자료 통보 이후 아무런 조치를 취하지 않고 있다가 국세부과제척기간 만료일이 임박한 시점에서 청구법인을 세무조사대상으로 선정하여 무리하게 과세하였다.처분청은 2016년 10월경 중부지방국세청장으로부터 쟁점거래처에 대한 과세자료를 통보받고도 약 9년이 지난 2025년 3월에서야 청구법인을 조사대상자로 선정하였다.이는 과세자료 수보 이후 상당한 기간 동안 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박하여 급하게 과세함으로써 과세전적부심사 기회를 박탈하는 등 납세자의 방어권 행사 기회를 제한한 것으로 과세편의주의적이고 독단적인 처분이며 납세자의 권익을 무시한 처사이다.나. 처분청 의견(1) 청구법인은 이미 자료상으로 확정된 쟁점거래처와의 거래를 통하여 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 확인되므로 정상적인 사업을 영위한 것으로 볼 수 없다.중부지방국세청장의 조사결과에 따르면, 쟁점거래처는 매출에 대응하는 매입내역이 확인되지 아니하고, 매출대금이 입금되면 곧바로 현금으로 인출하는 등 전형적인 폭탄 업체의 행태를 띄고 있으며, 쟁점거래처에서 발급한 매출세금계산서 전부가 가공세금계산서로 확정되었다.이와 같은 사정에 비추어 볼 때, 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받고 법인세 신고시 이를 손금으로 계상한 행위는 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당하는바, 10년의 부과제척기간을 적용한 이 건 처분은 적법하다.(2) 청구법인은 쟁점거래처에 대하여 현장 확인 등을 충분히 하였으므로 선의의 거래당사자에 해당한다는 주장을 하고 있으나, 이를 입증할 수 있는 구체적인 증거자료를 제시하지 못하고 있다.청구법인은 과거 2014년 제1기 부가가치세 과세기간 중 대성철강으로부터 가공세금계산서를 수취하여 부가가치세를 부과받은 사실이 있으며, 당시 조세심판원에서도 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당하지 않는 것으로 판단(조심 2016전824, 2016.5.18.)한바 있다.(3) 청구법인의 대표이사 A은 처분청의 조사를 회피하였다.처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 조사에 착수하기 위해 2025.2.17. 오후 2시 OOO에서 A과 만나기로 약속하고 이동하던 중 A의 일방적인 취소로 만나지 못했다.이후 처분청은 A과 다시 만나기 위해 전화 및 문자를 통하여 접촉을 시도하였으나 만날 수 없었으며, A은 청구법인이 파산하여 제출할 자료가 없다는 취지로 답변하였다.3. 심리 및 판단가.

이유 3쟁점① 쟁점세금계산서 수취행위를 사기나 그 밖의 부정한 행위로 보아 10년의 부과제척기간을 적용한 처분의 당부② 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정할 수 있는지 여부③ 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 하여 과세전적부심사기회가 박탈되었다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 중부지방국세청장은 2016.2.17.～2016.7.24. 기간 동안 OOO에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, OOO이 가공세금계산서를 발급ㆍ수취한 것으로 보아 2014년 제2기∼2015년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였으며, OOO에서 청구법인에게 매출한 OOO원을 가공거래로 확정하고 처분청에게 과세자료를 통보하였다.＜OOO에 관한 조사종결보고서 중 청구법인 관련 내용 발췌＞ㅇㅇㅇ(나) 중부지방국세청장은 2016.5.25.～2016.8.18. 기간 동안 OOO에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, OOO이 가공세금계산서를 발급ㆍ수취한 것으로 보아 자료상으로 확정하고 처분청에게 과세자료를 통보하였다.＜OOO에 관한 조사종결보고서 중 청구법인 관련 내용 발췌＞ㅇㅇㅇ(다) 처분청은 2016년 10월경 중부지방국세청장으로부터 쟁점거래처에 관한 과세자료를 통보받은 것으로 확인된다.(라) 처분청의 조사종결보고서에 의하면, 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 조사에 착수하기 위해 2025.2.17. 청구법인의 대표이사 A과의 면담을 시도하였으나, A의 사정으로 만나지 못한 것으로 확인되고, 이후 여러 차례 연락을 시도하였으나 연락되지 않은 것으로 확인된다.(마) 처분청은 A을 직접 조사하지 못하자 2025.3.28.∼2025.5.23. 기간 동안 아래와 같이 청구법인에 대한 금융거래 현장확인(금융거래 조회)을 실시한 것으로 확인된다.＜금융거래 현장확인 승인요청 사유서 발췌＞ㅇㅇㅇ(바) 처분청은 2025.6.16. 폐문부재 등의 사유로 2015년 제1기∼제2기 부가가치세 세무조사 결과통지서를 공시송달(효력발생일 : 2025.7.1.)하였으며, 2025.7.10. 2015년 제1기∼제2기 부가가치세 합계 OOO원을 공시송달(효력발생일 : 2025.7.25.)하였다.(사) 처분청은 2025.7.9. 폐문부재 등의 사유로 2015사업연도 법인세 과세예고통지서를 공시송달(효력발생일 : 2025.7.24.)하였으며, 2025.9.30. 2015사업연도 법인세 OOO원을 공시송달(효력발생일 : 2025.10.15.)하였다.(아) 처분청은 2025.6.20.

이유 4청구법인 대표 A을 「조세범 처벌법」 위반(쟁점거래에 대하여 가공으로 세금계산서를 수취한 혐의)으로 고발한 것으로 확인된다.＜청구법인에 대한 고발서 발췌＞ㅇㅇㅇ(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 먼저, 쟁점①에 대해 살피건대, 청구법인은 처분청이 실질적인 조사 없이 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 것으로 간주하여 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 부당하다고 주장하나, 처분청은 청구법인을 조사하기 위해 청구법인의 대표이사인 A에게 수차례 연락을 한 것으로 보이고, A과 연락이 되지 않자 청구법인을 대상으로 금융거래 현장확인을 실시하였던 것으로 보이는 점, 쟁점거래처는 중부지방국세청장의 조사 결과 자료상으로 확정되어 고발되었으며, 청구법인은 자료상에 해당되는 쟁점거래처로부터 가공세금계산서 등의 자료를 수취하여 관련 매입세액을 공제받은 것으로 확인되는바, 이는 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 제5호에 따른 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위로 보이는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 선량한 관리자로서의 주의 의무를 다하였으므로 선의의 거래당사자로 보아야 한다고 주장하나, 선의의 거래대상자라 함은 비록 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재되어 있다고 하더라도 납세자가 실제 거래를 한 사실과 상대방을 신뢰할 수밖에 없었다는 사실이 증빙 등으로 확인되어 납세자의 잘못을 탓할 수 없을 때 인정되는 것(조심 2010중2716, 2011.1.18., 같은 뜻임)인데, 쟁점거래는 실제 물품 거래가 있었는지 여부가 불분명하고, 청구법인이 선의의 거래당사자로서 정당한 주의의무를 다하였음이 객관적으로 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 하여 과세전적부심사기회가 박탈되었다고 주장하나, 처분청이 2025.10.15. 청구법인에게 한 2015사업연도 법인세 부과처분의 경우 과세예고통지일로부터 2개월이 지난 후 납부고지서를 공시송달하였으며, 송달 당시 부과제척기간이 3개월 이상 남아있었던 것으로 확인되는바, 청구법인이 과세전적부심사를 신청하였다면 관련 절차를 이행할 시간적 여유가 충분했을 것으로 보이는 점, 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제2호에 따르면 「조세범 처벌법」 위반으로 고발하는 경우 과세전적부심사를 생략할 수 있도록 규정되어 있고, 처분청은 2025.6.20. 청구법인의 대표 A을 「조세범 처벌법」 위반으로 고발한 것이 확인되는 점 등에 비추어, 위 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.(라) 따라서 처분청이 실물거래 없이 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 보아 청구법인에게 법인세와 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 국세기본법제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.1.

이유 5납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간가. 「소득세법」 제81조 제3항 제4호나. 「법인세법」 제76조 제9항 제4호다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호ㆍ제3항 및 제4항2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우(2) 국세기본법 시행령제12조의3(국세 부과제척기간의 기산일) ① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.1.

이유 6과세표준과 세액을 신고하는 국세(「종합부동산세법」 제16조 제3항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.2. 종합부동산세 및 인지세의 경우 해당 국세의 납세의무가 성립한 날제63조의15(과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등) ④ 법 제81조의15 제2항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보(留保)하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제8항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.(3) 부가가치세법제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3. 공급가액과 부가가치세액제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한다.1. 제54조 1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.(4) 조세범 처벌법제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취3. 장부와 기록의 파기4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작7.