쟁점특허권의 정상가격을 쟁점평가액으로 보아 과세한 처분의 당부 등

요지특허법인은 삼원계 배터리 사업을 전제로 한 예상매출액을 기초로 쟁점평가액을 산정한 것으로 보이나, 실제 중국 내에서 리튬인산철 배터리가 주력이 됨에 따라 쟁점특허권 활용사업의 실현가능성이 현저히 낮아진 것으로 보이고, 산출된 정상가격이 적법하다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다고 보아야 할 것이나 처분청은 쟁점평가액 산정의 기초가 된 사업계획, 경제적 편익 발생가능성 등에 대한 충분한 검토와 입증 없이 쟁점평가액을 정상가격 산정의 근거로 인정한 것으로 보이는 바, 정상가격 산정에 대한 입증책임을 다한 것으로 보기 어려워, 미래현금흐름의 산정 근거 등을 재조사하는 것이 타당함

주문1. 삼성세무서장이 2025.6.9. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원 및 2022사업연도 법인세 OOO원의 각 부과처분은 청구법인이 2020.1.21. 취득한 27종 특허권 중 OOO 및 OOO 실용신안권 2종을 제외한 25종의 특허권과 관련하여 특허법인 A에서 작성한 기술가치 평가보고서상 예상매출액에 대한 산정근거와 적정성을 재조사한 후 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.2. 삼성세무서장이 2025.6.9. 청구법인에게 한 2023사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인으로부터 2023.6.9. 청구법인과 B Co., Ltd. 간 체결된 OOO 구매계약과 관련하여 공급받은 물품 내역 및 판매 자료를 제출받아 그 내용을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.3. 나머지 심판청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2018.12.20. 설립하여 화학제품 도·소매업을 영위하는 법인으로 2020.1.21. 주식회사 C(이하 “C지”라 한다)에 대한 파산선고에 따른 C 보유 특허권 매각입찰에 단독입찰하여 OOO 관련 특허권 27종을 20백만원(이하 “쟁점경매가격”이라 한다)에 매입하였다(이하 “비교대상거래”라 한다).(1) 청구법인은 2020년 3월 특허법인 A(이하 “A”라 한다)에 위 특허권 27종 중 OOO 및 OOO 2종을 제외한 25종의 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)에 대한 평가를 의뢰하여 평가액이 OOO백만원(이하 “쟁점평가액”이라 한다)이라는 내용의 기술가치평가 보고서를 제공받았다.(2) 이후 청구법인은 2020년 9월 청구법인의 지분을 100% 보유한 홍콩법인 D(이하 “D”이라 한다)에 쟁점특허권을 미화 OOO달러(약 OOO백만원, 이하 “쟁점양도가액”이라 한다)에 양도하였고(이하 “쟁점양도거래”라 한다),D은 2020년 10월 E Co., Ltd.(이하 “E”이라 한다.)에 지분율 67.5%로 출자하면서 납입금액 중 일부를 쟁점특허권으로 중국화폐 OOO 위안(약 OOO백만원)에 현물출자하였으며,E은 2020년 12월 B Co., Ltd.(이하 “B”이라 한다)에 쟁점특허권을 다시 같은 가액에 현물출자하면서 지분 85.5%를 보유하게 되었다.나. 한편, 청구법인은 B에 리튬인산철배터리 구매를 위한 선급금 명목으로 2023.5.22., 2023.6.13. 총 OOO백만원(이하 “쟁점선급금”이라 한다)을 지급하였다.다. 또한, 청구법인은 2023.6.1. 사채업자로부터 OOO백만원(송금자 ‘F’)을 차입하였고, 2023.6.1. ‘G’에게 송금한 OOO백만원을 대여금으로, 2023.5.31. 수표로 인출한 OOO백만원(‘G’에게 송금한 OOO백만원과 합하여 이하 “쟁점선이자”라 한다) 이자비용으로 각 회계처리하였다.라. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.10.31.부터 2025.2.14.까지 청구법인의 2019∼2023 각 사업연도 법인통합조사를 실시하여 ① 쟁점특허권의 정상가격을 쟁점평가액으로 보아 쟁점양도가액과의 차액 OOO백만원을 익금산입하고, ② 쟁점 선급금을 사실상 대여금으로 보아 OOO백만원의 정상이자를 익금산입하고, ③ 쟁점선이자를 채권자 불분명 사채이자로 보아 대여금으로 계상한 OOO백만원을 손금에 산입한 후, OOO백만원을 손금불산입하는 것으로 처분청에 과세자료를 통보하였고 처분청은 2025.6.9. 청구법인에 2020사업연도 법인세 OOO원, 2022사업연도 법인세 OOO원, 2023사업연도 법인세 OOO원을 각각 경정·고지하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.18. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점평가액을 정상가격으로 하여 과세한 처분은 위법하다.(가) 2020.6.9. 법률 제17339호로 개정된「국제조세조정에 관한 법률」(이하 “국조법”이라 한다)에서 국외특수관계인과의 무형자산 거래에 있어서는 비교가능 제3자 거래방법 또는 이익분할방법을 우선적으로 적용하도록 규정하고 있으며, 쟁점경매가격은 비교가능 제3자 거래가격이므로 정상가격에 해당한다.

이유 2또한, 쟁점평가액은 감정평가법인의 감정가액이 아닌 현재가치할인법에 따라 산출된 금액으로서, 비교가능 제3자 거래가격이 있으므로 후순위에 해당한다.정상가격이란 거주자, 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용하거나 적용할 것으로 판단되는 가격으로서, 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 국조법 제5조 제1항 각 호의 산출방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 하여야 하되, 제6호의 방법(그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 합리적이라고 인정되는 방법)은 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용하여야 한다.한편, 국조법 시행령 제6조의3 제4항에서는 거주자와 국외특수관계인 간의 무형자산거래에 대한 정상가격 산출방법은 제5조 제1항에서 정한 기준을 고려하여 비교가능 제3자 가격방법 또는 이익분할방법을 우선적으로 적용하여야 한다고 규정하고 있으며, 위 방법을 적용할 수 없는 경우 다른 방법을 적용하되 국조법 제8조 제1항 제6호를 적용할 때에는 해당 무형자산의 사용으로 창출할 수 있는 미래의 현금흐름 예상액을 현재가치로 할인하는 방법에 따르도록 하고 있다.따라서, 국외특수관계자 간 무형자산 거래에 있어 정상가격을 산출할 때에는 비교가능 제3자 가격방법 또는 이익분할방법을 우선 적용하되, 위 방법 또는 다른 방법의 적용이 불가한 경우에 한해서만 국조법 제8조 제1항 제6호 기타 합리적인 방법(미래의 현금흐름 예상액을 현재가치로 할인하는 방법, 이하 ‘현재가치할인법’)을 적용하여야 한다.(나) 쟁점특허권은 청구법인이 2020년 1월 대법원 공고게시판에 게시된 C 지적재산권 매각공고를 보고 제5회차 경매 입찰에 참가신청을 한 후 최종적으로 법원 허가를 받아 취득한 것으로서, 쟁점경매가격은 공개시장을 통해 제3자인 C로부터 취득한 가격이다.또한, 경매가격은 국조법 시행령 제5조 및 집행기준 8-5-1에서 정한 제3자 가격방법을 적용시 고려사항을 충족하므로 비교가능 제3자 가격방법에 따른 정상가격에 해당한다.＜국조법 집행기준 8-5-1에 따른 비교가능 제3자 거래방법 고려사항＞ 고려사항 쟁점특허권 거래 제품의 동일성 특허권 27종 중 디자인권 2종을 제외한 25종의 양도, 제외된 2종은 디자인 관련 실용신안에 관한 것으로서 이전할 필요가 없어 제외된 것임 거래시기의 동일성 경매는 2020년 1월이며, 쟁점특허권 거래는 2020년 9월로 크게 차이나지 않음 거래시장의 동일성 경매는 국내거래이지만 대법원은 국내거래도 비교대상거래가 될 수 있다는 입장(대법원 2011.10.13.

이유 3선고, 2009두15357 판결)이며, 특허권 자체가 한국 내 등록 특허권으로 한국시장에서만 특허의 효력이 있음을 고려할 때 거래시장이 동일함 거래조건의 동일성 특허권 전부이전등록을 조건으로 한다는 점에서 동일 공개시장거래가격이 있는 경우 이를 바탕으로 정상가격 산출 경매가격은 전형적인 공개시장거래가격에 해당함( 「상속세 및 증여세법」 제60조 제2항 등에 따르면 경매가격을 시가로 간주) (다) 한편, 특허법인이 산정한 쟁점평가액은 현재가치할인법을 적용하였는데, 현재가치할인법은 비교가능 제3자 거래방법으로 산정한 가격이 있는 경우 고려할 필요가 없는 후순위방법에 해당하므로 쟁점 평가액은 정상가격 산정 시 고려대상이 아니다.또한, 특허법인은 감정평가법인에 해당하지 않아 쟁점평가액은 감정평가법인의 감정평가액에도 해당되지 않으므로, 비교가능 제3자 가격으로도 볼 수 없다.(라) 처분청이 쟁점특허권의 정상가격 산정시 현재가치할인법을 적용한다 하더라도 쟁점특허권은 국조법 시행령 제6조의3 제6항 각 호의 요건을 모두 갖춘 가치측정이 어려운 무형자산으로서, 당초 거래가격과 사후에 평가된 가격의 차이가 당초 거래가격의 20퍼센트를 초과하는 등 현저한 차이가 발생한 경우에 해당하므로, 처분청은 당초 거래가격(이 사건에서는 조사청이 제시한 정상가격인 쟁점평가액)이 합리적이지 않은 것으로 추정하여야 한다. 그리고 이는 강행규정으로 보아야 한다.2019.2.12.

이유 4대통령령 제29525호 일부개정에 따라 신설된 위 규정은 가치측정이 어려운 무형자산(Hard-To-Value Intangible)의 경우 사후평가를 바탕으로 당초 거래가격의 적정성을 판단할 수 있도록 이전가격세제의 국제기준을 반영하도록 개정되었다.쟁점특허권의 경우 경매가격이라는 비교가능 제3자 가격이 존재하여 현재가치할인법을 적용할 여지가 없으나, 설령 조사청에서 현재가치할인법을 적용한 쟁점평가액으로 보아야 한다고 하더라도 쟁점 특허권은 국조법 시행령 제6조의3 제6항에서 정한 가치측정이 어려운 무형자산에 해당하며, 이 경우 쟁점평가액은 사후의 평가된 가격과 현저한 차이가 발생한다.쟁점특허권은 리튬2차전지 중 삼원계배터리 관련 특허권으로서, 삼원계배터리는 2019년 Covid-19 발생 이후 배터리의 단가, 안정성 등으로 중국 내 매출이 급감하였으며, 이로 인해 쟁점특허권으로부터 예상되는 경제적 편익 등에 대한 불확실성이 매우 높은 상황이었다.쟁점평가액은 2020년 3월 기준으로 B의 중국 내 삼원계배터리 현금흐름 예상액을 기준으로 산정한 금액이나, 실제로 중국 내에서 리튬인산철배터리가 주력이 됨에 따라 삼원계배터리 특허를 활용한 사업이 전혀 이루어지지 않았으므로 쟁점평가액이 미래 현금흐름 예상액을 정확히 반영한다고 볼 수 없다.이러한 관점에서 보면 쟁점특허권은 가치측정이 어려운 무형자산으로서 국조법 시행령 제6조의3 제6항의 요건을 모두 갖추고 있고, 법 규정에 따라 사후에 평가된 정상가격이 거래가격(여기에서는 쟁점 평가액) 현저한 차이가 발생한 경우 과세관청은 쟁점평가액을 합리적인 가정에 근거하지 않은 것으로 추정하여야 한다.실제로 쟁점특허권에 대한 사후적으로 검증한 실제 매출액은 0원으로 나타나고 청구인은 쟁점특허권의 공정가치를 사후적으로 검증하기 위하여 2025년 4월 외부회계법인 2곳으로부터 평가를 받았으며, 현재가치할인법을 이용한 쟁점 특허권의 가액은 0원으로 산출되었다.이와 같이 쟁점평가액은 사후에 평가된 가격과의 차이가 당초 가격의 20%를 초과하는 등 현저한 차이가 발생하므로 조사청은 당초 거래가격이 합리적이지 않은 것으로 추정하여야 하고, 쟁점평가액은 정상가격으로 인정받을 수 없다.(2) 쟁점선급금은 업무무관 대여금에 해당하지 아니하며 정상이자를 수취하지 못한 사정에 대하여는 정당한 사유가 존재한다.(가) 청구인이 B으로부터 공급받기로 한 리튬인산철 배터리의 경우 B이 원자재를 구입하기 위해서는 원자재의 특수성으로 인하여 30일 정도 소요가 되고, 그 후 배터리를 생산하는 데 60일 정도의 기간이 더 소요된다.

이유 5여기에 선적에서 납품까지의 기간을 고려하면 통상 110∼120일 정도가 소요된다.(나) 이에 B은 청구인으로부터 확보한 자금으로 원재료 구입, 임금 지급 등 운영에 필요한 제반 업무를 수행하여야 하므로 청구인은 원활한 배터리 공급을 위하여 B에 쟁점 선급금을 지급하였으며, 이는 청구인의 배터리 사업을 진행하기 위해서 필수불가결하게 지출할 수 밖에 없는 비용이다.과거 조세심판원에서는 해외 현지법인과 관련하여 운영자금·시설자금 명목으로 대여금을 지원하거나, 수출물품의 원활한 제조나 수출증대를 위하여 현지법인을 설립하고 선급금 형식으로 자금을 지원한 경우 이를 업무무관가지급금으로 볼 수 없다고 판단하였다(조심 2017서4241, 2018.10.24., 국심 2007서4134, 2009.11.9., 조심 2008서664, 2009.4.8., 등).또한, 대법원은 ‘기업이 특수관계인과의 거래에서 통상적인 거래에 적용되는 가격보다 적은 대가를 받는 등의 행위를 하더라도 그것이 경제적 합리성을 갖춘 전략적 판단에 따른 것이라면 정상가격에 해당한다고 볼 수 있는 점 등을 근거로 정상이자의 익금산입 여부를 판단함에 있어서는 경제적 합리성 여부도 함께 고려해야 한다’고 판시하였고, 청구법인의 매출채권 회수가 지연된 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여된 것이 아니므로 정상이자를 익금산입한 것은 위법하다고 판단하였다(대법원 2018.6.15.

이유 6선고, 2018두36394 판결).B은 거래처와의 공급계약도 해지되었으며 자본 잠식 상태에 있어, 경영악화로 쟁점 선급금의 반환이 불가능한 상태였으므로, 청구인의 쟁점 선급금 회수 지연에 정당한 사유 및 경제적 합리성이 있고 조세심판원에서도 현지 법인과 체결된 공급계약 등이 해지되고, 현지법인 공장 가동이 정지되었으며, 공장 토지와 건물의 임대차 계약도 종료되어 현지법인이 실질적인 영업활동을 수행하고 있지 않았던 바, 사실상의 폐업일 이후부터 해외현지법인의 파산 및 청산절차 기간의 이자 상당액을 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 결정(조심 2017구2602, 2018.1.19.)한 바 있다.또한 청구법인은 쟁점선급금 반환을 위한 반환청구의 소를 제기하여 해당 소송이 진행 중에 있다.(3) 쟁점선이자는 실제 대주로 특정할 수 있는 당사자들(F, G)의 인적사항이 확정되어 있으므로 채권자 불분명 사채이자에 해당하지 않는다.(가) 쟁점선이자와 관련된 차입원금의 경우 ‘F’으로부터 전액 입금된 사실이 청구인의 분개장을 통해 확인되며, 쟁점선이자 지급액 중 100백만원은 ‘G’의 계좌로 입금되었고, 나머지 550백만원은 ‘H’에게 수표로 지급된 후 ‘H’가 실제 대주에게 전달하는 방식으로 거래를 진행하였다.(나) 청구인은 현재 해당 차입거래와 관련하여 ‘F’과 ‘G’을 채권자(피고인)로 하는 별도의 소송(서울중앙지방법원 OOO)을 진행하고 있다.(다) 「법인세법」 제28조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제51조 제1항 각 호에서 채권자 불분명 사채이자를 손금불산입 대상으로 정하고 있는 것은, 채권자의 신원이 명확하지 않거나 거래 내용이 불분명한 경우 지급되는 이자의 수취 대상자를 알 수 없으므로, 이를 대표자에게 귀속된 것으로 간주하는데 그 취지가 있고, 해당 시행령 규정에서는 채권자의 ‘주소 및 성명’을 확인할 수 없는 차입금에 대한 이자를 채권자가 불분명한 사채의 이자로 정하고 있다.이 사건의 경우 쟁점선이자를 지급받고, 차입원금을 납입한 대주들의 주소와 성명 등 인적사항이 모두 확인되므로, 지급되는 이자의 수취 대상자가 확정된 것이기 때문에 동 규정에 따른 손금불산입 대상 이자비용에 해당하지 않는다.(4) 처분청 의견에 대한 항변내용은 아래와 같다.(가) 처분청은 비교대상거래와 쟁점양도거래는 권리행사 제한 여부, 사용ㆍ수익권 양도 가부, 기대되는 추가 수입의 측면에서 전혀 다른 거래에 해당하는바, 비교 가능성이 높다고 볼 수 없어 정상가격 산출을 위한 비교대상으로 부적합하다는 의견이나,파산 매각절차에 따른 매매계약의 주체는 목적물의 원소유자인 채무자가 아니라 파산관재인이 되지만 매매 목적물의 처분으로 인한 경제적 효과의 실질 귀속자는 파산채권자로서, 재산을 환가하여 채무자에게 배당하기 위해 쟁점특허권을 처분할 권한만 파산관재인에게 위임하였을 뿐, 쟁점특허권 사용, 수익 권한을 원소유자가 가지고 있으며, 법원 허가에 따른 임의매각으로 인하여 쟁점특허권의 성질, 권리가 변동되는 것이 아니므로 거래에 따른 목적물의 사용, 수익, 처분이 언제든 가능하다.또한, 쟁점특허권은 매매와 동시에 청구법인에게 사용, 수익, 처분권한이 이전된다는 점에서 쟁점특허권의 권리행사에 제한이 있다는 주장은 그 실질을 오해한 것이다.처분청은 파산매각거래와 관련해서는 기대되는 추가수입이 매각외에 없다는 의견이나, 쟁점특허권 계약은 채무자 자산의 가치의 극대화하여 채권자의 이익을 도모하는 것으로서 경매가액 자체가 향후 기대되는 추가수입을 고려하여 제3자인 매수자들이 공정한 경매를 통해 결정된 시장가액이며, 실제로 청구법인이 D에 쟁점특허권에 대해 청구법인 역시 경매로 결정