청구법인이 자회사들의 고가 유상증자시 이를 포기하고 특수관계법인으로 하여금 제3자 배정방식으로 인수하게 한 것으로 보고 그 발행가액과 상증법 보충적 평가액 과의 차액을 분여받은 것으로 본 처분의 당부

요지청구법인은 자회사들의 DCF법상 평가액을 제시하나, 그 평가시 적용된 추정영업이익은 실제 영업이익과의 차이가 과다한 등 적용할 수 없고 달리 시가에 해당하는 금액이 없으므로 상증법상 보충적평가액을 근거로 한 이 건 처분에 잘못이 없음

주문1. 남대문세무서장이 2022.11.21. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원의 감액경정처분에 대한 심판청구는 이를 각하한다.2. 남대문세무서장이 2022.11.21. 청구법인에게 한 2017사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 영등포세무서장이 2025.5.14., 2022.5.22. (주)A와 (주)B에 통지한 세무조사 결과에 따라 청구법인이 2020.10.20. 주식취득법인에 양도한 (주)A와 (주)B 발행주식의 보충적평가액을 재계산하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2016.4.12. 설립되어 부동산 투자업, 부동산 컨설팅업 및 기타 경영자문업 등을 영위하는 법인으로, OOO 보따리상을 면세점에 송객하여 주고 수수료를 수취하는 사업에 진출하기 위하여 2017.2.24.∼2017.5.4. 기간 동안 (주)A, (주)B(이하 “2개 여행사”라 한다)와 (유)C(이하 2개여행사와 합하여 “3개 여행사”라 한다)의 발행주식 전부를 취득하는 한편, 2017.7.25.∼2017.8.26. 기간 동안 D(주)(이하 “주식취득법인”이라 한다)의 발행주식 2,575,047주를 취득하여 주식취득법인의 최대주주(지분율 42.15%)가 되었다.나. 3개 여행사는 2017.8.22.∼2017.8.28. 기간 동안 유상증자(이하 “쟁점유상증자”라 한다)를 실시하였고, 3개 여행사의 지분 전부를 보유한 청구법인이 유상증자에 참여하지 않아 발생한 실권주를 주식취득법인이 제3자 배정방식으로 실권주를 인수하여 3개 여행사 발행주식의 지분 51%를 보유하게 되었다.다. 청구법인은 2020.10.20. 청구법인이 보유한 3개 여행사와 (주)E, (유)F, (주)G, ㈜H(이하 “7개 여행사”라 한다)의 발행주식 전부를 주식취득법인에 양도(이하 “쟁점양도”라 한다)하였다.라. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.3.21.∼2022.4.29. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시한 결과, ① 청구법인이 쟁점유상증자 시 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가액보다 고가로 발행된 신주의 인수를 포기하고 청구법인의 특수관계인인 주식취득법인이 실권주를 제3자 배정방식으로 인수함에 따라 청구법인이 주식취득법인으로부터 이익을 분여 받은 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 OOO원을 청구법인의 익금에 산입(유보)하고, ② 청구법인이 보유한 7개 여행사의 지분을 주식취득법인에게 양도하면서, 2개 여행사의 발행주식을 특수관계인인 주식취득법인에게 시가보다 낮은 가액으로 저가 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 OOO원을 청구법인의 익금에 산입(기타사외유출)하는 한편, 쟁점유상증자 시 유보로 처분된 금액 중 2개 여행사에 해당하는 부분(OOO원)은 추인하여 손금에 산입(△유보)하여야 한다는 조사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2022.11.21. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원(과소신고가산세 OOO원 및 납부지연가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하고, 2020사업연도 법인세 OOO원을 감액경정하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.2.13. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가.

이유 2청구법인 주장(1) 3개 여행사의 쟁점유상증자가액은 업종의 특성을 반영한 합리적인 방법에 따라 평가한 가액으로, 이는 「법인세법」상 시가에 해당한다.(가) 쟁점유상증자 시 3개 여행사의 주식 가치는 현금흐름할인법(이하 “DCF법”이라 한다)에 따라 평가하였는바, DCF법은 상증세법상 보충적 평가방법보다 여행사들의 주식가치를 더 적절하게 평가할 수 있다.1) 주식취득법인은 쟁점유상증자에 참여할 때, 3개 여행사의 주식 가치를 ‘증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정’에 따라 2017.6.30.을 평가기준일로 하여 자산가치와 수익가치를 2:3으로 가중평균한 금액으로 평가하는 한편, 외부 검토기관인 I에 주식평가를 요청하여 DCF법에 따른 주식평가금액과 비교하여 주식가치에 큰 차이가 없음을 확인하였다.2) 처분청은 청구법인이 제시한 평가방법을 인정하지 않고 보충적 평가액이 해당 주식의 시가라는 의견이나, 법원은 “비상장주식의 평가방법을 규정한 관련 법규들은 그 제정목적에 따라 서로 상이한 기준을 적용하고 있으므로, 어느 한 가지 평가방법(예컨대, 「증권거래법 시행령」 제84조의7 제1항 제2호의 평가방법이나 「상속세 및 증여세법 시행령」 제54조의 평가방법)이 항상 적용되어야 한다고 단정할 수는 없고, 당해 회사의 상황이나 업종의 특성 등을 종합적으로 고려하여 공정한 가액을 산정하여야 할 것이다”고 판시한 바 있고(대법원 2006.11.24.

이유 3선고 2004마1022 판결), 조세심판원도 자회사 주식을 DCF법으로 평가하여 특수관계법인에 양도한 건에 대해 “상증세법상 평가액이 이 건에서도 무조건 적용되어야 한 기준이라거나 가장 객관적이고 합리적인 방법이라고 단정하기 어렵다”고 결정한 바 있다(조심 2020서2120, 2022.4.27.).즉, 여행사와 같이 미래 수익성에 중대한 변동이 예측되는 회사의 경우 DCF법이 해당 기업이 영위하는 산업의 전망, 내부 경영상황, 사업계획 등을 보다 잘 반영할 수 있어, 보충적평가방법보다 주식의 객관적 교환가치를 더 적정하게 반영한다고 볼 수 있다.반면, 상증세법상 보충적평가방법은 과거 손익을 기준으로 하므로 미래 추정이익을 반영하지 못하는 단점이 있으며, 아래 ＜표1＞을 보면 보충적평가액에 따른 기업가치는 2017년 상반기에 실현된 영업이익 수준에도 미치지 못한다는 사실을 알 수 있다.＜표1＞ 보충적 평가액과 실제 기업가치의 차이(단위 : 주, 원)○○○(나) 처분청은 DCF법에 사용된 미래 영업손익 추정치가 실제 매출액에 비해 과다하게 추정되었다는 의견이나, 청구법인은 미래 합리적 근거를 토대로 미래 영업손익을 최대한 보수적으로 추정하였으며, 이는 타 법인의 평가 사례를 통해서 확인할 수 있다.J(주)는 사업다각화를 위해 (주)K(이하 “비교대상여행사”라 한다) 지분을 취득하면서, L에 의뢰하여 비교대상여행사의 주식가치를 DCF법에 따라 평가하였는데, 이를 청구법인이 3개 여행사의 주식가치를 평가한 것과 비교해 보면, 아래 ＜표2＞와 같이 비교대상여행사에 비해 3개 여행사의 실적이 우수한 것으로 나타나는데도 불구하고 미래 추정치에서는 이익 격차가 점차 줄어드는 것을 확인할 수 있으며, 오히려 비교대상여행사의 이익이 3개 여행사의 이익을 앞지르는 것도 확인할 수 있다.＜표2＞ 3개 여행사와 비교대상여행사의 미래 추정치 비교(단위 : 백만원)○○○위 ＜표2＞에서 알 수 있듯이, 청구법인은 업계의 경쟁 심화, OOO 정부의 규제 및 불확실성 등을 반영하여 영업이익률이 매년 10% 이상 감소하는 추세를 보일 것으로 예상하여 보수적으로 영업이익을 추정한 반면, J(주)는 비교대상여행사의 영업이익률이 불과 1% 남짓 감소할 것으로 예상하였다. 또한, 청구법인은 3개 여행사의 기업가치 산정 시 할인율로 적용되는 가중평균자본비용(WACC, Weighted Average Cost of Capital)도 17.58%를 적용하여 보수적으로 기업가치를 산정하였다.(다) 주식취득법인의 주가 추이를 보더라도, 쟁점유상증자 시 3개 여행사의 주식을 고가로 발행하였다고 볼 수 없다.주식취득법인은 코스닥 상장기업으로, 투자공시는 즉각적으로 일반투자자들의 의사결정에 영향을 미친다. 처분청 의견처럼 주식취득법인이 3개 여행사의 유상증자에 참여하여 시가보다 고가로 주식을 인수하였다면, 주식취득법인의 주가가 유의미하게 하락하였을 것이나, 투자자의 판단은 그렇지 않았다는 것을 주식취득법인의 주가 흐름을 통해 확인할 수 있다. 주식취득법인은 2017.8.22.부터 2017.8.29.까지 3개 여행사에 대한 투자공시를 하였으나, 주식취득법인의 주가는 아래 ＜그림＞과 같이 2017.8.30.

이유 4무상증자로 인한 권리락에 따른 주가 변동 이외에는 비교적 안정적인 흐름을 보여주고 있다.＜그림＞ 주식취득법인의 주가 흐름(2017.6.1.∼2017.12.31.)○○○(라) 처분청은 회계법인의 보고서에 기재된 “본 보고서의 내용은 귀사가 보유한 피투자회사의 지분과 관련된 내부적인 검토의 참고자료 목적으로 작성된 것이므로 동 목적 이외의 용도로 사용되어서는 아니된다” 등의 문구를 근거로 제시하면서 DCF법에 따른 평가가액을 「법인세법」상 시가로 인정할 수 없다는 의견이나, 회계법인이 보고서에 평가상의 한계에 대해 기재한 것은 DCF법만의 고유한 특성인 미래 예측의 어려움에 대해 언급한 것으로 이해하여야 할 것이지, 이것이 곧바로 주관적인 요소가 개입되었으므로 DCF법의 신뢰성에 심각한 문제를 야기한다고 보아서는 아니되며, 이러한 문구는 비단 청구법인이 제시한 보고서에서만 기재되어 있는 것이 아니라, DCF법을 사용하는 수많은 기업들의 보고서에서 유사한 문구를 찾을 수 있다.(2-1) 청구법인이 주식취득법인에게 7개 여행사 지분을 일괄 양도함에 있어서, 기업가치가 음수인 여행사의 주식가치는 양도가액에서 할인을 적용하는 것이 타당하다.(가) 청구법인은 주식취득법인에게 7개 여행사를 양도하기에 앞서 M에 7개 여행사에 대한 주식가치 평가를 의뢰하였고, M이 2020.10.13. DCF법으로 7개 여행사의 주식가치를 평가한 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 7개 여행사의 주식가치 평가내용(단위 : 백만원)○○○(나) 처분청은 상증세법상 보충적평가액을 시가로 보아, 청구법인이 보유한 7개 여행사의 발행주식을 주식취득법인에게 저가 양도하였다는 의견이나, 해당 거래는 거래당사자의 이해관계를 고려했을 때 충분히 합리성이 인정되는 거래이다.비록 코로나19로 인해 7개 여행사의 성장세가 주춤하기는 하였으나, 주식취득법인은 사업구조의 재편이 필요한 상황에서 성장성이 높은 여행산업을 주력 사업으로 키우고자 하는 목적이 있었고, 이를 위해 청구법인이 보유하고 있던 7개 여행사의 지분을 인수하여 7개 여행사를 합병하게 된 것이다.주식 매매가액은 M의 DCF법에 기초하여 산정한 7개 여행사의 지분가치를 합산하여 산정되었는데, 그 이유는 ① 경제적 실질을 고려하였을 때, 주식취득법인에 합병된 후 7개 여행사가 기업가치에 기여하는 효과는 기업가치가 양수인 여행사와 음수인 여행사가 서로 상계되고 난 후의 평가액이 될 것이므로 매매가액도 합산된 금액으로 산정하는 것이 합리적이고, ② 청구법인과 같이 여러 법인의 지분을 일괄 양수도 하는 경우, 영업현금흐름의 현재가치가 음수로 측정되거나, 상환하여야 할 부채가치가 자산가치를 상회하는 기업의 주식은 비록 평가액이 ‘0’이라고 하더라도 실제 마이너스(-)의 가치를 가지므로, 전체 양수도금액에 할인을 적용하는 것이 타당하다고 판단했기 때문이다.(다) 따라서, 단순히 개별여행사 측면에서 보면 일부 여행사를 시가에 미달되는 가액으로 저가 양도한 것처럼 보이나, 합병 후의 최종적 결과를 고려하여 양수도 대상이 되는 전체 기업을 기준으로 보면 청구법인과 주식취득법인은 합리적으로 지분 인수가격을 결정한 것이다.(2-2) 한편, 이 건 심판청구일(2023.2.13.) 이후 영등포세무서장은 2개 여행사에 대한 세무조사를 실시하여 2개 여행사의 매출·매입 거래 대부분을 가공거래로 보아, 2025.5.14., 2022.5.22.

이유 5(주)A와 (주)B의 2018년 제1기∼2020년 제2기 부가가치세 합계 각 OOO원을 경정하는 내용의 세무조사 결과를 통지하여, 쟁점양도 시 2개 여행사의 보충적평가액이 아래 ＜표4＞와 같이 변동되었는바, 이를 반영하여 청구법인의 2017사업연도 법인세를 경정하여야 한다.＜표4＞ 2개 여행사 발행주식의 1주당 보충적평가액 변동내역(단위 : 원)○○○(3) 납부지연가산세는 환급세액을 납부세액에 충당한 후의 잔액을 기준으로 계산하여야 한다. (예비적 청구)(가) 「국세기본법」 제51조 제2항은 국세환급금으로 결정한 금액이 있는 경우 납세자의 동의에 따라 납부고지에 의하여 납부하는 국세에 충당할 수 있다고 규정하고 있고, 청구법인은 과세전적부심사 결정에 따라 처분청으로부터 납부고지서를 송달받기 전에 국세환급금 충당 청구서를 제출하여 아래 ＜표5＞와 같이 2020년 국세환급금을 2017년 납부세액에 충당하도록 처분청에 요청하였다.＜표5＞ 세무조사 결과 고지세액과 국세환급금의 내역(단위 : 원)○○○처분청은 청구법인의 요청에 따라 납부세액에서 국세환급금을 충당한 잔액 OOO원을 고지하였는데, 동 세액은 2017사업연도 납부세액과 2020사업연도 환급금에 대하여 각각 납부지연가산세와 환급가산금을 구한 후, 그 값을 단순 상계한 금액이다.(나) 조세심판원은 이 건과 유사한 사건에 대하여 “2006.9.8. 경정고지 및 환급 당시 1999년∼2002년분 신고누락 배당소득에 대하여 납부한 종합소득세액이 OOO원이고, 처분청이 심판결정에 따라 배당소득의 귀속시기를 조정하여 경정함에 따라 고지된 세액이 OOO원으로서 기납부세액의 범위 내에 있었고, 그 금액이 2003년분 종합소득세 법정납부기한 이전인 2004.2.27.에 납부되어 있었으므로, 환급할 기납부세액에서 2003년분 고지세액을 먼저 충당하고 그 나머지를 환급하는 것이 타당하며, 이 건과 같이 2003년 귀속 배당소득에 대한 소득세를 확정신고 납부기한보다 미리 납부한 경우로서 고지세액에 충당할 국세환급금이 있음에도 불구하고 이를 충당하지 아니하고 납부불성실가산세를 별도로 부과하는 것은 부당하다고 판단된다”(국심 2006중3858, 2008.1.21.)고 결정하였고, “2014～2016사업연도의 법인세 과세표준을 OOO원만큼 과다신고함과 동시에 동금액만큼 2012·2013사업연도의 법인세 과세표준을 과소신고하였고 이에 따라 과세기간을 변경한 처분청의 경정으로 인해 세금부과와 환급이 동시에 발생하였는바, 「국세기본법」 제47조의4 제6항에서 규정한 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구법인이 2012ㆍ2013사업연도에 과소신고납부한 법인세를 2014ㆍ2015ㆍ2016사업연도 법인세 과다신고납부 시 순차적으로 자진납부한 것으로 보는 것이 타당하다”고 경정한 바 있다(조심 2018전1631, 2019.4.30.).(다) 따라서, 2017사업연도 납부세액과 2020사업연도 환급세액을 개별로 보아 2017사업연도 납부세액에 대해서는 납부지연가산세를 계산하고 2020사업연도 환급가산금에 대해서는 환급가산금을 계산할 것이 아니라, 환급세액이 발생한 시점부터는 납부세액에 환급세액을 충당한 잔액에 대하여 납부지연가산세를 계산하여야 하며, 그렇게 하여야 납부지연가산세와 환급가산금 이자율 차이로 인한 납세자의 손해를 방지할 수 있을 것이다.(4) 쟁점유상증자로 인해 청구법인이 분여받은 이익을 2017사업연도에 익금에 산입(유보)하였다면, 2020사업연도에 해당 지분을 매각할 때 해당 유보 잔액은 손금에 산입(△유보)하여 추인하여야 한다.

이유 6(예비적 청구)(가) 2017사업연도 쟁점유상증자 조사 시에는 3개 여행사가 조사대상에 포함된 반면, 2020사업연도 쟁점양도 조사 시에는 2개 여행사만 조사 대상으로 선정되었고, 쟁점양도 조사 시 조사대상에서 제외된 (유)C의 유상증자로 인해 2017사업연도에 익금산입된 유보 금액은 2020사업연도 지분 매각 시에 유보 추인이 누락되었다.(나) 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제5호는 “합병 또는 분할에 따라 취득한 주식 등의 취득가액은 종전의 장부가액에 증자 등 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 더한 금액으로 한다”고 규정하고 있고, 국세청도 “내국법인이 자본거래로 인해 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 익금에 산입한 경우, 해당 주식을 처분할 때 그 익금산입액 중 주식 처분비율 상당액을 손금에 산입한다”(사전-2015-법령해석법인-0288, 2015.9.25.)고 유권해석하고 있는바, 2017사업연도에 (유)C의 주식가액에 가산한 유보금액도 2020사업연도에 전부 추인되어야 한다.나. 처분청 의견(1) 청구법인이 쟁점유상증자 시 3개 여행사의 발행주식을 평가한 방법은 「법인세법」에서 인정하는 평가방법이 아니므로, 쟁점유상증자 발행가액은 「법인세법」상 시가에 해당하지 않는다.(가) 「법인세법」제52조는 부당행위계산의 부인을 규정하면서 제2항에서 “시가는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조 제2항은 시가가 불분명한 경우 감정가액, 상증세법 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액을 순차적으로 계산한 금액에 따른다고 규정하고 있으며, 상증세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조는 비상장주식의 평가가액은 손손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 하도록 규정하고 있다.따라서, 쟁점유상증자 시 적용한 ‘증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정’(금융위원회 고시)에 의한 평가액은 「법인세법」에서 규정한 평가방법에 따른 평가액이 아니므로, 「법인세법」상 시가에 해당하지 않는다.더구나 청구법인이 제출한 투자검토 내부보고서상 평가내용의 내용과 같이 3개 여행사의 주식가치는 총 OOO원으로 평가되었으나, 실제로는 3개 여행사의 총 유상증자가액을 OOO원으로 조정하고, 각 여행사의 면세점 이용액을 기준으로 임의 배분하여 발행가액을 결정하였는바, 쟁점유상증자 시 발행가액은 유상증자금액에 따른 배분액일 뿐, ‘증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정’에 따라 계산된 금액에도 해당하지 않는다.(나) 청구법인이 쟁점유상증자 발행가액이 정당하다고 주장하면서 근거로 제시한 I의 “DCF법에 의한 공정가치 산정 보고서(2017.11.8.)”는 쟁점유상증자(2017.8.22.∼2017.8.28.) 이후에 작성된 것으로, 쟁점유상증자 발행가액의 정당성을 입증할 수 있는 자료가 될 수 없다.주식취득법인은 제3자 배정방식으로 OOO원 규모의 유상증자에 참여하면서, 동 거래가 세법상 고가 발행으로 인한 불균등 자본거래에 해당된다는 사실을 인지하고, 이를 회피하기 위해 쟁점유상증자가 있었던 2017년 8월 이후에 회계법인에 형식적으로 주식평가를 의뢰하였고, 청구법인은 쟁점유상증자 이후에 작성된 위 보고서를 근거로 주식평가액이 적정하다고 주장하고 있는 것이다.(다) 설령, 회계법인의 보고서가 쟁점유상증자 전에 작성되었다고 하더라도, DCF법에 의해 평가된 쟁점유상증자 발행가액은 다음과 같은 사유로 「법인세법」상 시가로 인정할 수 없다.1) DCF법은 ‘기업이 보유한 자산을 가지고 향후