현금흐름할인법(DCF)에 따라 산정한 주식평가액을 시가로 볼 수 있는지 여부

요지법인세법상 부당행위계산 부인 적용을 위한 시가 산정에 대한 준용규정 중 외국에 있는 증여재산으로서 보충적 평가방법을 적용하는 것이 부적당한 경우의 평가방법을 규정한 상증세법 시행령 58조의3에 따라 쟁점주식의 시가를 재산정하고 출자전환손실 등이 발생하였는지 여부를 재조사하는 것이 타당함

주문익산세무서장이 2025.5.13. 청구법인에게 한 2022∼2023사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 OOO 대공국 법인인 A이 2022.6.29. 실시한 유상증자에 따라 발행된 신주의 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

이유1.처분개요가.청구법인은 2019.10.1.부터 OOO 사업을 영위하는 법인으로 청구법인이 지분 53.71%를 보유한 OOO 대공국 법인 A(이하 “해외자회사”라 한다)에게 2022.3.10. 미화 OOO불(이하 “쟁점대여금”이라 한다)을 대여하였다가, 2022.6.29. 해외자회사의 이사회가 발행신주 1주당 가액 미화 OOO불(이하 “쟁점유상증자 신주가액”이라 한다)로 산정하여 유상증자(이하 “쟁점유상증자”라 한다)를 실시하는 것으로 결의하자, 2022.6.29. 이에 참여하여 쟁점대여금에 대한 출자전환(이하 “쟁점출자전환”이라 한다)으로 해외자회사 발행신주 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하고, 현금 미화 OOO불을 납입하여 해외자회사 발행신주 OOO주를 취득하였으며, 2022사업연도 결산시 쟁점주식에 대하여 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 따라 산정한 1주당 가액 OOO원(평가기준일 2022.6.30., 이하 “쟁점주식 청구법인 시가”라 한다)을 기준으로 산정한 쟁점주식의 취득가액(OOO원)과 쟁점대여금의 출자전환으로 소멸된 쟁점대여금 채권가액(OOO원)의 차액(OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손실로 계상한 뒤 쟁점출자전환이 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정 적용대상에 해당하는 것으로 보아 이를 손금불산입하여 2022사업연도 법인세를 신고·납부하였다.나.이후 청구법인은 쟁점출자전환이 경제적 합리성이 있는 경우로서 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정 적용대상에 해당하지 않으므로 쟁점출자전환에 따라 발생한 쟁점금액을 손금불산입함으로서 2022사업연도 및 2023사업연도 법인세 각 사업연도소득 및 미환류소득이 과다하게 신고된 것으로 보아 2022∼2023사업연도 법인세 합계 OOO원(2022사업연도분 OOO원 및 2023사업연도분 OOO원)을 환급해달라는 취지로 2025.2.6. 처분청에 경정청구를 제기하였다.다.처분청은 쟁점유상증자시 발행신주 1주당 가액인 쟁점유상증자 신주가액이 「법인세법」상 시가에 해당하므로 쟁점출자전환에 따른 손실액인 쟁점금액을 손금으로 인정할 수 없고, 쟁점주식 청구법인 시가를 「법인세법」상 시가로 인정하더라도 특수관계법인인 해외자회사에 대한 쟁점대여금을 시가 대비 고가로 출자전환한 쟁점출자전환에 대한 경제적 합리성을 인정할 수 없어 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정 적용대상에 해당하는 것으로 보아 2025.5.13. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.라.청구법인은 이에 불복하여 2025.5.22.

이유 2심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 청구법인이 쟁점대여금 대여 및 쟁점출자전환의 경위는 다음과 같다.(가) 청구법인은 OOO 제조 등을 영위할 목적으로 주식회사 B에서 인적분할로 설립된 법인으로, 북미 OOO 시장 진출을 위해 2024년 7월 경 OOO 소재 공장부지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매입하기로 결정하였고, 해외자회사가 쟁점부동산에 대한 매매 계약을 체결하였으며, OOO 생산을 위해 해외자회사의 100% 자회사로 OOO 법인 C(이하 “해외손자회사”라 한다)를 설립하였다.(나) 이후 쟁점부동산에 OOO 생산공장 설립을 위해 쟁점부동산 매입대금 미화 OOO불을 포함하여 총 미화 OOO불이 소요될 것으로 산정되자, 청구법인은 유상증자를 실시하기로 결정하여 유상증자대금을 재원으로 해외자회사에 출자하고자 하였으나, 쟁점부동산의 매매계약상 잔금지급일(2022.3.31.)과 유상증자 주식대금 납입일(2022.5.17.)의 차이가 발생하여 우선적으로 OOO과 브릿지론 계약을 체결하여 단기 자금 OOO원을 차입한 후 이를 재원으로 하여 2022.3.10. 해외자회사에게 쟁점대여금을 대여하는 의사결정을 하였다.(다) 한편 해외자회사는 2022.3.31. 쟁점부동산 매매계약상 매수인의 지위를 해외손자회사에게 이전하기로 계약을 체결하고, 쟁점대여금을 재원으로 하여 해외손자회사에 미화 OOO불 규모의 자본출자를 실시하였으며, 해외손자회사가 쟁점부동산을 매수하였다.(라) 청구법인은 유상증자에 따른 신주발행대금 약 OOO원이 납입되자 OOO과의 브릿지론 계약상 조기의무상환약정에 따라 2022.3.3. 차입한 OOO원을 2022.5.18.

이유 3조기상환하였다.(마) 이후 해외자회사는 북미 OOO 시장 진출계획에 따른 투자자금 마련을 위해 미화 OOO불 규모의 쟁점유상증자를 실시하기로 결정하였고, 해외자회사의 기존 주주 중 청구법인과 D(이하 “해외특수관계법인”이라 한다)이 각각 해외자회사에 대한 지분율에 비례하여 쟁점유상증자에 참여하였으며, 이에 따라 청구법인은 미화 OOO불을 해외자회사에 출자하기로 하면서 미화 OOO불 규모의 쟁점대여금과 신주 발행가액을 쟁점유상증자 신주가액으로 산정하여 그에 상응하는 쟁점주식에 대한 주식대금 납입을 상계하기로 하여 쟁점출자전환을 하였다.(2) 쟁점유상증자 신주가액의 경우 「법인세법」상 시가에 해당한다고 볼 수 없고, 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 산정한 쟁점주식 청구법인 시가를 기준으로 쟁점주식의 시가를 산정하여야 한다.(가) 채무의 출자전환에 따라 취득한 신주의 취득가액은 「법인세법」제41조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제72조 제1항 제4의2호에 따라 ‘취득 당시의 시가’로 한다고 규정하고 있는데, 위 규정에서 말하는 주식의 시가란 「법인세법 시행령」제89조에 따라 비특수관계인간에 거래된 가격이 있는 경우 그 가격을 시가로 하되 시가가 불분명한 경우 상증세법 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액을 말한다고 할 것이고, 이에 따라 청구법인은 쟁점주식을 취득한 후 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 산정한 쟁점주식 청구법인 시가에 따라 쟁점주식의 취득가액을 산정하여 회계처리하였다.(나) 처분청은 쟁점유상증자시 조정순자산법 및 현금흐름할인법(이하 “DCF 평가방법”이라 한다)을 적용하여 산정된 쟁점유상증자 신주가액을 기준으로 청구법인이 쟁점주식을 취득한 이상 합리적인 이유 없이 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하여 쟁점주식에 대한 시가를 산정할 이유가 없고, DCF 평가방법이 「법인세법」상 객관적인 시가 산정방법이 아니라는 점을 입증하지 못한 이상 쟁점유상증자 신주가액을 기준으로 시가를 산정하여야 한다는 의견이나, 청구법인은 비상장법인인 해외자회사의 발행주식에 대한 매매사례가액이 없는 경우에 해당하여 「법인세법 시행령」제89조에 따라 상증세법상 보충적 평가방법으로 쟁점주식의 시가를 산정하여 회계처리를 하였고, 해외자회사가 쟁점유상증자를 목적으로 DCF 평가방법을 적용하여 쟁점유상증자 신주가액을 산정한 것일 뿐, 쟁점유상증자 신주가액을 쟁점주식의 시가로 주장한 사실이 없으며, 유상증자시 신주 발행가액의 경우 매매사례가액 등에 해당되지 않아 이를 「법인세법」상 주식의 시가로 인정되지 않는바(조심 2014서1082, 2014.11.26., 같은 뜻임), 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다.(다) 따라서, 청구법인이 최초부터 쟁점주식의 「법인세법」상 취득 당시 시가를 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 산정한 이상 처분청이 이를 부인하고 DCF 평가방법 등 기타 다른 평가방법을 적용하여 산정된 가액이 「법인세법」상 시가에 해당한다고 주장하기 위해서는 이를 주장하는 처분청이 청구법인이 적용한 상증세법상 보충적 평가방법의 부적정함과 DCF 평가방법의 적정성을 입증해야 할 것이다.(3) 한편, 처분청은 청구법인이 쟁점주식 취득시 쟁점출자전환에 따른 투자주식평가손실을 인식하여 회계처리 하지 않은 이상 세무상 쟁점출자전환에 따른 손실이 발생하지 않았다는 의견이나, 투자주식평가손실에 대하여 한국채택국제회계기준의 경우 장부금액이 회수가능액을 초과할 때 인식되는 것으로 회수가능액의 경우 해당 자산의 공정가치와 사용가치 중 더 큰 금액으로 한다고 규정하고 있는바, 「법인세법」상 인정되지 않는 DCF 평가방법을 통해 산정되는 것으로서 처분청의 위와 같은 의견은 「법인세법」

이유 4과 기업회계기준의 기준 상 평가방식이 상이한 것에 기인한 것일 뿐이므로 회계상 손실로 인식하지 않았다는 이유로 세무상 손실도 발생하지 않았다는 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다.(4) 쟁점출자전환의 경우 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 해당하지 않으므로 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정의 적용대상에 해당하지 않는다.(가) 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것으로, 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 할 것이고(대법원 2018.12.28. 선고, 2017두47519 판결, 같은 뜻임), 어떠한 행위가 일반적이고 통상적인 업무관련성 있는 행위인지 여부는 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단해야 할 것이다(대법원 2007.9.20. 선고 2005두9415 판결, 같은 뜻임).(나) 청구법인은 자(손)회사의 주식을 취득, 소유함으로써 자회사의 제반 사업내용을 지배하고 경영사항을 지도 및 정리 육성하는 지주사업을 목적사업으로 영위하고 있는바, 자회사 사업을 위해 자금을 조달하여 자회사에 배분하는 행위는 매우 일반적이고 통상적인 행위라고 할 것이고, OOO 사업을 영위하는 청구법인이 해외현지법인을 통해 해당 사업을 영위하고자 하였는바, 이 중 앞선 쟁점유상증자 및 쟁점출자전환 경위에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 2022.2.28.

이유 5결정한 유상증자에 따라 신주발행대금이 납입된 후 단기차입금 OOO원을 우선 상환하여야 했고, 쟁점유상증자시 해외자회사에 대한 지분율에 따라 미화 OOO불(약 OOO원) 규모의 유상증자 대금을 현금으로 납입하는 것이 자금상황상 불가능하였으며, 설사 가능하다고 하더라도 추가적으로 불필요한 비용이 발생할 수밖에 없었던 상황에서 신속한 투자자금 집행을 위해 가용 현금액을 제외한 나머지 출자대금의 경우 기존 쟁점대여금과 상계하는 쟁점출자전환의 경우 목적사업 중 하나인 OOO 사업의 다각화를 위한 시설투자자금 목적으로 자회사에 대여한 행위는 그 자체로 업무관련성이 있는 행위이자 합리적인 의사결정에 따른 행위라고 볼 수 있으므로, 쟁점출자전환의 경우 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정 적용대상이 아니다.(다) 한편, 처분청은 해외손자회사가 계속기업으로서 경영상 위기가 없었던 이상, 청구법인의 쟁점출자전환행위는 「법인세법」부당행위계산 부인 대상에 해당한다는 의견이나, 처분청이 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점출자전환에 대해 ‘경제적 합리성’이 없다는 근거로 제시하고 있는 내용의 경우 그 내용이 사실과 다르거나 전후 사정을 충분히 고려하지 않은 일방적인 주장에 불과하고, 단기자금 차입을 통한 쟁점대여금의 대여 및 쟁점출자전환 실행의 경우 북미 시장 선점이 가장 중요하다고 판단하고 투자 일정을 최우선적으로 고려한 것으로서 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 한 것이라고 볼 수 없는 이상 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다.＜표1＞ 쟁점출자전환과 관련된 처분청 의견 및 청구법인 반박○○○(5) 또한 처분청은 특수관계인인 해외자회사에 대한 쟁점대여금을 임의포기한 것으로서 그와 관련된 쟁점금액을 손금으로 산입할 수 없고, 이를 기부금 또는 업무추진비로 보아야 한다는 의견이나, 청구법인이 자회사인 해외자회사와 거래관계의 원활한 진행을 도모할 목적으로 업무추진비를 지출할 이유가 없고, 쟁점출자전환의 경제적 합리성이 인정되는 이상 특수관계인에 대한 채권포기액에 대하여도 손금으로 산입될 수 있다.(가) 채권을 출자전환하는 경우 채권은 소멸하고 그에 대신하여 주식을 취득하게 되는 것이므로, 채권을 출자전환하면서 손실이 발생하였다면 그 손실은 청구권이 법적으로 소멸된 경우에 해당하는 것이고, 채무자와의 약정에 의한 채권 포기로서 ‘청구권이 법적으로 소멸하는 경우’에 해당하여 순자산 감소를 초래하므로 그 포기액을 손금에 산입할 수 있고(조심 2018서4915, 2020.1.22., 같은 뜻임), 이는 곧 ‘주식의 시가를 초과하는 채권의 출자전환’을 ‘약정에 의한 채권 포기’와 동일한 것으로 볼 수 있다.(나) 조세심판원은 특수관계인간 약정에 의한 채권포기와 관련하여 채권의 일부를 조기 회수하기 위하여 나머지 채권을 불가피하게 포기하거나 면제한 행위에 객관적으로 정당한 사유 또는 경제적 합리성이 인정된다면 된다면 해당 채권포기액을 손금에 산입할 수 있는 것으로 결정(조심 2022구1913, 2022.8.24.)하였고, 특수관계인 간 채권의 출자전환에서도 ‘경제적 합리성’이 인정된다면 출자전환손실은 손금에 산입되어야 하는 것이므로, 쟁점출자전환에 대한 경제적 합리성이 인정되는 이상 그에 따른 손실인 쟁점금액을 손금으로 인정하여야 한다.(다) 한편 처분청은 쟁점출자전환에 따른 쟁점대여금의 임의포기가 「법인세법」상 대손요건을 충족하지 못한 이상 쟁점금액을 비지정기부금 또는 업무추진비로 보아야 한다는 의견인데, 비지정기부금의 경우 특수관계인 외의 자와의 거래를 전제 요건으로 하는 것으로서 경제적 합리성이 있는 이상 출자전환손실의 경우 손금산입되는 것이고(조심 2024중2603, 2024.11.

이유 614., 같은 뜻임), 청구법인의 자회사인 해외자회사를 대상으로 접대·향응·오락·답례 등의 방식으로 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모할 목적의 업무추진비를 지출할 이유도 없으므로 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다.나. 처분청 의견(1) 쟁점유상증자 신주가액의 경우 「법인세법」상 시가에 해당한다고 볼 수 있으므로, 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 산정한 쟁점주식 청구법인 시가를 기준으로 쟁점주식의 시가를 산정하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.(가) 비상장주식의 경우에는 그에 관한 객관적인 교환가치를 적정하게 반영할 매매사례가 있으면 그 가격을 시가로 보아야 하고 그와 같은 사례가 없다거나 다른 방법으로 그 시가를 산정하기 어려울 때 상증세법상 보충적 평가방법에 의하여 시가를 산정하여야 할 것이고(대법원 1990.3.13. 선고 88누2861 판결, 같은 뜻임), 상증세법상 보충적 평가방법을 택할 수밖에 없었다는 점에 관한 입증책임은 이를 주장하는 자에게 있다고 할 것이다(대법원 1989.9.12. 선고 88누8463 판결, 같은 뜻임).(나) 청구법인은 DCF 평가방법에 따른 쟁점유상증자 신주가액이 「법인세법」상 적법한 시가 산정방식이 아니라고 주장하나, 상증세법 시행령 제54조 제6항 제2호는 비상장주식의 취득가액에 대해 평가심의위원회 심의를 거치면 DCF 평가방법으로 평가가 가능한 것으로 규정하고 있고, 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제13조 제4항에서도 거주자와 국외 특수관계인간 무형자산거래의 정상가격 산출방법으로 DCF 평가방법을 규정하고 있으며, DCF 평가방법에 따른 쟁점유상증자 신주가액을 시가로 볼 수 없고 쟁점주식에 대한 시가를 상증세법상 보충적 평가방법으로 산정하여야 한다는 점을 주장하는 청구법인이 이를 입증하지 못하는 이상 위 청구주장을 받아들일 수 없다.(다) 또한 청구법인은 DCF 평가방법에 따라 산정된 쟁점유상증자 신주가액을 기준으로 하여 쟁점출자전환에 따라 쟁점대여금과 상계처리하여 쟁점주식을 취득한 후 관련 회계처리를 하였는데, 청구법인의 주장과 같이 쟁점주식의 취득가액을 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 쟁점주식 청구법인 시가에 따라 산정하였다면 그 상당의 투자주식평가손실을 인식하여야 함에도 그러한 사실이 없고, 쟁점유상증자시 쟁점주식 이외 현금출자에 따른 해외자회사 발행신주 취득분에 대하여는 DCF 평가방법에 따른 쟁점유상증자 신주가액을 시가로 보아야 한다는 입장으로 쟁점주식에 대해서만 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 시가를 산정할 합리적인 이유가 없다.(2) 쟁점출자전환의 경우 경제적 합리성이 없는 경우에 해당하여 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정의 적용대상에 해당한다.(가) 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것으로, 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 할 것이다(대법원 2018.12.28.