쟁점설비가 환경보전시설 투자세액공제 대상인 재활용시설에 해당한다는 청구주장의 당부

요지쟁점설비는 시멘트 제조 과정에서 발생하는 폐열을 대상으로 하는 회수시설과 그 폐열을 활용하는 발전시설로 이루어져 있는데, 그 중 회수시설은 시멘트 제조의 필수적인 설비가 아니라 폐열자원을 재사용하기 위해 추가 설치한 것으로, 재활용가능자원의 수집·운반·보관을 위하여 특별히 제조 또는 설치되어 사용되는 시설(자원재활용칙 §3)에 해당하므로, 쟁점설비 중 폐열 회수시설의 투자금액을 재조사하여 세액을 경정함이 타당함

주문남대문세무서장이 2025.1.20. 청구법인에게 한 2018사업연도 법인세 경정청구 거부처분은, 강원특별자치도 OOO에 위치한 청구법인의 A에 설치된 폐열발전설비 중 폐열을 수집·운반·보관하는 시설의 투자금액을 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 OOO 설립되어 서울특별시 OOO 소재지에서 OOO 제조·판매업을 영위하는 법인으로, 2016사업연도부터 2018사업연도까지 강원특별자치도 OOO에 위치한 A에 전력비 절감을 위한 대규모 폐열발전설비(이하 “쟁점설비”이라 한다)를 설치하는 투자를 수행하고 각 사업연도 투자금액(2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원 및 2018사업연도분 OOO원)에 대하여 「조세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 “조특법”이라 한다) 제25조의2에서 규정하는 에너지절약시설 투자에 대한 세액공제(공제율 : 100분의 1, 이하 “에너지투자세액공제”라 한다)를 적용하여 법인세 산출세액에서 공제하였다.나. 이후, 청구법인은 2024.3.8. 처분청에 2018사업연도 투자금액에 대하여 에너지절약시설에 대한 투자세액공제가 아닌 조특법 제25조의3에서 규정하는 환경보전시설에 대한 세액공제(공제율 : 100분의 3, 이하 “환경보전투자세액공제”라 한다)를 적용하여 법인세 OOO원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 제기하였다.다. 처분청은 청구법인의 위 경정청구를 검토한 결과, 쟁점설비는 「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」(이하 “자원재활용법”이라 한다)에 따른 재활용시설에 해당하지 아니하여 환경보전투자세액공제를 적용할 수 없다고 보아 2025.1.20. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.11. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점설비는 자원재활법에 따른 재활용시설에 해당하므로 환경보전투자세액공제 대상자산에 해당한다. 조특법 제25조의3 및 같은 법 시행규칙 [별표 8의5]에 따르면 자원재활용법에 따른 재활용시설이 환경보전시설로 열거되어 있고, 자원재활용법 제2조 제10호 및 같은 법 시행규칙 제3조 제1호에서 ‘재활용시설이란 재활용가능자원의 수집·운반·보관을 위하여 특별히 제조 또는 설치되어 사용되는 수집·운반 장비 또는 보관시설’로 규정하고 있다.(가) 처분청은 자원재활용법상 재활용시설은 주로 폐기물의 수거·분리·가공을 위한 시설이고, 에너지 재활용시설로 인정받으려면 회수되는 폐열이 단순 사업상의 부산물이 아닌 폐기물 처리 과정에서 발생하는 열이어야 한다는 의견이나, 이는 문언에 근거하지 않은 해석이다.

이유 2자원재활용법 제2조의 재활용가능자원 및 재활용시설의 정의를 살펴보면, 「폐기물관리법」에는 ‘재활용’ 및 ‘폐기물’의 개념이 직접적으로 언급되어 있지 않고, 재활용가능자원은 부산물(제품의 제조·가공·수리·판매나 에너지의 공급 또는 토목·건축공사에서 부수적으로 생겨난 물건) 중 재사용 및 재생이용할 수 있는 것을 포함한다는 점에서 폐기물이 아닌 부산물도 포괄하고 있는 개념임을 확인할 수 있으며, 이는 청구법인의 질의에 대하여 ‘재활용가능자원으로서 폐열은 폐기물에 국한되지 않는 광의의 폐열이라고 답변한 환경부의 회신내용을 통하여도 확인할 수 있다.(나) 한편, 처분청은 쟁점설비가 에너지관련 사업으로 산업통상자원부의 승인을 받고 환경영향평가를 받은 사업의 설비이며 「에너지이용 합리화법」 등 에너지 관련 법령의 규제 및 관리대상임을 재활용시설에 해당하지 않는 이유 중 하나로 들고 있으나, 자원재활용법은 재활용시설에 대한 승인·신고의 절차를 규율하고 있지 않으며, 동 법에 따른 재활용시설은 「폐기물관리법」을 준용하여 인·허가를 받도록 하거나 「폐기물관리법」이 아닌 다른 법률에 근거하여 승인·신고된 시설은 재활용시설에 해당하지 않는다는 별도의 근거 규정도 존재하지 아니므로, 쟁점설비가 「에너지이용 합리화법」 등 에너지 관련 법령에 따라 규제·관리된다는 사실이 해당 시설이 자원재활용법에 따른 재활용시설에 해당하지 않는다는 근거가 될 수는 없다.(다) 또한, 처분청은 쟁점설비가 재활용시설로 인정받으려면 회수되는 폐열이 폐기물 처리과정에서 발생하는 열로 간주되어야 한다는 의견인데, 이는 처분청이 자원재활용법상 재활용시설과 「폐기물관리법」상 폐기물처리시설의 일종인 재활용시설을 동일한 개념으로 오인한 것이다. 이를 동일한 개념으로 보는 경우 조특법 시행규칙 [별표 8의5]에서 「폐기물관리법」에 따른 폐기물처리시설과 자원재활용법에 따른 재활용시설을 환경보전시설로 별도로 규정하고 있는 법문이 형해화되어 조세법률주의에 반하고, 폐자원의 재사용 및 재생이용을 촉진하고자 폐기물이 아닌 재활용가능자원을 활용하는 재활용시설에 대한 투자를 지원하는 입법취지도 몰각된다(조심 2020부542, 2020.7.30., 같은 뜻임).위 심판결정례에서도 과세관청은 자원재활용법에 따른 재활용시설이 「폐기물관리법」에 따른 승인을 득하지 아니하여 환경보전투자세액공제 적용을 거부하였으나, 조세심판원은 납세자가 「폐기물관리법」에 따른 폐기물처리시설이 아니라 자원재활용법에 따른 재활용시설에 대하여 환경보전투자세액공제 적용을 구하고 있는 것이므로 「폐기물관리법」에 따른 인·허가를 득하였는지 여부와 무관하게 관련 시설을 조특법상 환경보전투자세액공제 적용대상으로 결정한 바 있다.(라) 한편, 처분청은 쟁점설비가 재활용가능자원의 수집·운반·보관을 위하여 특별히 제조 또는 설치된 시설에 해당하지 않는다는 의견이나, 재활용가능자원인 폐열의 수집·운반·보관 기능 없이는 전력생산이 불가능하므로, 쟁점설비가 재활용시설로서 특별히 설치된 것이 아니라고 보기는 어렵다.

이유 3다만, 쟁점설비가 유기적인 통일체임에도 그 설비 전체를 재활용가능자원의 수집·운반·보관을 위해 특별히 설치된 시설로 볼 수 없다면, 폐열을 직접 취급하는 것과는 상대적으로 거리가 있는 전력을 생산하는 발전시설을 제외한 시설에 한하여 폐열의 수집·운반·보관을 위하여 특별히 설치된 재활용시설로 보아 그 투자액을 환경보전시설 투자액으로 인정함이 타당하다.(2) 자원재활법 제2조 제2호에 따르면, ‘재활용가능자원’이란 사용되었거나 사용되지 아니하고 버려진 후 수거된 물건과 부산물 중 재사용·재생이용할 수 있는 것으로서 회수할 수 있는 에너지와 폐열(廢熱)을 포함한다고 명시되어 있으나, 폐열의 범위에 대하여는 자원재활용법에서 별도의 정의를 두고 있지 않고, 같은 법 제2조 제2호에서는 ‘부산물’을 제품의 제조·가공·수리·판매나 에너지의 공급 또는 토목·건축공사에서 부수적으로 생겨난 물건으로, 같은 법 제2조 제6호는 ‘재사용’을 재활용가능자원을 그대로 또는 고쳐서 다시 쓰거나 생산활동에 다시 사용할 수 있도록 하는 것으로 각각 규정하고 있으며, ‘폐(廢)’의 사전적 정의가 일부 명사 앞에 붙어 ‘못 쓰게 된’, ‘이미 써 버린’의 뜻을 더하는 접두사임을 고려할 때 OOO 제조과정(사업활동)에서 부수적으로 발생하였으나 필요하지 않게 되어 남거나 못쓰게 된 폐열도 부산물로서 재활용가능자원에 해당함은 명백하다.(3) 쟁점설비는 재활용자원인 폐열을 발전동력으로 사용하기 위한 수집·운반·보관설비로서 자원재활용법에 따른 재활용시설에 해당하고, 청구법인이 2020.10.21. 이 건에 대하여 대리인을 통해 질의하여(신청번호 : 1AA-2010-056****) 2020.10.30. 회신받은 환경부 국민신문고 답변에서도 ‘OOO 제조업체에서 폐열 수집 및 전력생산을 위한 시설 등은 재활용시설에 해당할 수 있다’는 답변을 받은 바 있다.(가) 처분청은 조특법 시행규칙 [별표 8의5]의 자원재활용법에 따른 재활용시설 해당 여부는 세법 독자적으로 판단하는 것이 아니라 환경부의 해석을 따라야 하고 환경부는 쟁점설비가 재활용시설이 아니라고 답변하였다는 의견이나, 쟁점설비가 재활용시설에 해당하는지 여부에 대한 환경부의 입장은 현재 불분명한 상황이다. 청구법인 및 처분청은 직접 질의 또는 국민신문고를 통해 환경부에 ‘폐열’이 자원재활용법상 재활용가능자원에 해당하는지 여부 및 쟁점설비가 자원재활용법상 재활용시설에 해당하는지 여부에 대하여 여러 차례 질의하였고, 환경부는 이에 대하여 앞선 입장을 번복하는 등 일관성 없이 답변하였다.(나) 청구법인은 2020.10.21. 쟁점설비가 자원재활용법에 따른 재활용시설에 해당하는지 여부에 대하여 국민신문고를 통하여 환경부에 질의하였고, 이에 대하여 환경부는 쟁점설비가 자원재활용법 시행규칙 제3조 제1호의 재활용시설에 해당할 수 있다고 답변하였다. 또한 환경부는 OOO 제조 시 발생하는 열이 자원재활용법 제2조 제2호에 따른 재활용가능자원에 해당한다고도 답변하였다.(다) 청구법인은 이에 따라 2024.3.8. 쟁점설비를 자원재활용법에 따른 재활용시설로 보아 환경보전투자세액공제 적용을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 청구법인의 경정청구를 처리하면서 환경부에 직접 쟁점설비가 자원재활용법에 따른 재활용시설에 해당하는지 여부에 대하여 질의하였으며, 이에 대하여 환경부는 2024.7.12. 쟁점설비에서 사용되는 ‘폐열’이 폐기물에 해당하지 아니하여 쟁점설비가 자원재활용법에 따른 재활용시설에 해당하지 않는다고 답변하였다.

이유 4또한, 청구법인이 재활용시설에 대한 환경부의 승인, 허가 또는 관리에 대한 제출의무가 있는지 여부를 질의한 것에 대하여는 재활용시설은 자원재활용법이 아닌 「폐기물관리법」에 따라 허가 및 신고 등의 인·허가를 관리하고 있다고 답변하였다.(라) 청구법인은 2024.10.11. 위 환경부 답변의 확인을 위하여 자원재활용법상 재활용가능자원으로서의 폐열의 범위에 대하여 환경부 국민신문고에 다시 질의하였고, 2024.10.29. 환경부로부터 자원재활용법에서 정의하는 재활용가능자원은 광의의 폐열(廢熱)을 의미하며 폐기물에 국한되지 않는다는 답변을 받았다. 이후, 처분청도 위 환경부 답변(2024.7.12.)에 대하여 폐열이 재활용가능자원으로 정의되어 있음에도 쟁점설비가 자원재활용법에 따른 재활용시설에 해당하는지 재질의하였으나 관련 답변을 회신받지 못한 것으로 확인된다.(마) 위와 같이 환경부는 2020년 당시 OOO 제조과정에서 발생한 폐열 및 쟁점설비는 재활용가능자원 및 재활용시설에 해당한다고 답변하였다가 처분청이 2024년 경정청구를 진행하면서 한 질의에 대해서는 폐열은 폐기물에 해당하지 아니하여 쟁점설비는 재활용시설이 될 수 없다는 취지로 답변하였고, 이후 재활용가능자원의 범위에 관한 청구법인의 질의에 대해서는 폐기물이 아닌 폐열도 재활용가능자원이 될 수 있다고 답변하는 등 환경부의 답변 내용은 일관성이 없고 그 해석도 명확하지 아니하다.(바) 또한, 환경부가 2024.7.12.

이유 5답변에서 자원재활용법에 따른 재활용시설에 적용되는 법령상 인·허가 및 제출의무에 대한 질의에 대하여 「폐기물관리법」에 따른 인·허가가 필요하다고 답변한 점을 고려하면 자원재활용법상 재활용시설과 「폐기물관리법」상 폐기물처리시설의 일종인 재활용시설을 동일한 개념으로 오인하고 있는 것으로 보이고, 심판결정례(조심 2020부542, 2020.7.30., 참조)에서도 「폐기물관리법」에 따른 승인을 득하지 않았으나 자원재활용법에 따른 재활용시설에 해당한다고 보아 조특법상 환경보전투자세액공제 적용대상으로 결정한 사례가 존재하므로 유관기관의 해석은 참고는 될 수 있으나 투자세액공제 대상을 판단하는 직접적인 근거는 될 수 없다.(사) 환경부가 처분청이 쟁점설비가 재활용시설에 해당하는지에 대하여 재질의한 건에 대하여 심판청구일 현재까지 답변을 제시하지 않고 있다는 점을 고려할 때 유관기관인 환경부의 입장은 현재 불분명하다고 봄이 타당하고, 설령 환경부가 쟁점설비가 재활용시설이 아니라고 답변한다 하더라도 이에 대한 명확한 근거가 존재하지 아니하며, 주무부처의 해석이나 실무 관행보다는 조세법률주의의 엄격해석의 원칙에 따라 조특법 및 자원재활용법 등 관련 법령의 조문 및 문언에 충실한 해석이 우선되어야 한다.(4) 처분청은 쟁점설비가 에너지절약시설에 해당한다는 의견이나, 쟁점설비가 조특법 제25조의2에 따른 에너지절약시설에 해당하는 것에는 이견이 없으나, 조특법상 특정시설투자 등에 대한 세액공제 적용에 있어서 에너지절약시설과 환경보전시설이 서로 양립할 수 없는 택일적 관계로 규정되어 있다고 보기는 어렵다.(가) 조특법 시행규칙 [별표 8의3]는 에너지절약시설에 해당하는 설비의 명칭 및 요건을 세부적으로 열거하고 있으나, 환경보전시설 대상을 규정하고 있는 같은 법 시행규칙 [별표 8의5]의 경우 자원재활용법 등 외부 법률을 준용하여 대상이 되는 자산을 판정하도록 하고 있어 양 규정은 적용 방식과 법적 구조가 서로 상이하므로, 환경보전시설의 경우 준용하고 있는 외부 법률에 입각하여 투자세액공제 대상자산 여부를 판단하여야 한다.(나) 청구법인은 쟁점설비가 자원재활용법에 따른 환경보전시설에 해당되는 것으로 보아 공제율이 더 높은 환경보전투자세액공제의 적용을 구하는 것이며, 처분청 의견과 같이 투자대상자산이 설계된 주목적이 세액공제 적용에 있어 직접적인 판단 요소는 아닌 것으로 보이나, 쟁점설비를 설치함으로써 폐열 재활용을 통한 화석연료 미사용으로 연간 약 OOO원의 온실가스 감축효과가 발생되고 있으므로 쟁점설비를 대기 환경오염을 방지하거나 저감하는 설비로 볼 수도 있다.(5) 또한, 처분청은 쟁점설비의 투자금액을 특정하기 어렵다는 의견이나, 청구법인이 당초 신고한 2018년 이전 투자금액에 대해서는 자료 관리의 부재 등의 사유로 세부내역 확인이 어려워 경정청구 시 2018년 투자금액에 대하여만 관련 규정 및 유권해석에 따라 투자금액을 재집계하였고, 이 건 경정청구 시 그에 따라 산정된 2018년 투자금액(OOO원)에 대하여 그 상세내역과 모든 증빙자료를 함께 제출하였으므로, 2018년 투자금액은 신뢰할 수 있다.한편, 2018년 투자금액 재집계 시 시설투자와 관련된 일반차입금 이자도 투자세액공제대상 시설을 위해 직접 지출된 비용으로 보아 투자금액에 포함된다고 할 수 있으나(조특법 기본통칙 5-0…1) 이와 상충되는 해석 사례들도 존재하여 이를 감안하여 투자와 관련된 건설자금이자를 제외하고 약 OOO원으로 산정하였으므로 이를 적정한 것으로 보아 인정함이 타당하다.(6) 법제처는 ‘폐열을 회수하여 전기를 생산하는 일련의 시설이 재활용가능자원의 수집·운반·보관을 위하여 특별히 제조 또는 설치되어 사

이유 6용되는 시설인지 여부’를 재활용시설의 판정기준 중 하나로 제시하고 있는데, 쟁점설비는 자원재활용법상 재활용가능자원에 해당하는 폐열을 회수·활용하기 위하여 기존 OOO 제조설비와는 별도로 추가 설치된 설비로서, 재활용가능자원의 활용을 목적으로 특별히 설치된 시설에 해당한다.(가) 쟁점설비는 OOO 제조에 필수적인 공정설비가 아니고, 쟁점설비 설치 이전에는 OOO 제조과정에서 발생하는 고온의 폐열은 별도의 활용 없이 그대로 대기 중으로 방출되었으나, 청구법인은 이러한 폐열을 자원으로 회수·전환 및 재사용하기 위하여 쟁점설비를 특별히 추가로 설치하였고, 그 결과 회수된 폐열을 전력으로 변환하여 생산공정에 재투입할 수 있게 되었다.(나) 자원재활용법 시행규칙 제3조 제1호에서 규정하고 있는 “재활용가능자원의 수집·운반·보관을 위하여 특별히 제조 또는 설치되어 사용되는 시설”이란 재활용가능자원의 회수 및 활용을 위하여 기존 공정과 구별되어 설치된 수집·운반·보관 기능을 수행하는 시설을 의미하는 것으로 해석하는 것이 타당하고, 그 기능만을 단독으로 수행해야 하거나 그 기능만을 유일한 목적으로 설치되어야 함을 요구하는 규정이라고 보기는 어렵다.(다) 또한, 쟁점설비를 통해 폐열이 전력으로 전환되어 사용된다는 사실만으로 이를 발전을 주된 목적으로 한 설비로 보아 자원재활용법 시행규칙 제3조 제1호에 해당하지 않는다고 보는 것은 재활용의 결과에만 착안한 해석이고, 쟁점설비의 설치 경위 및 기능을 고려할 때 이는 기존에 활용되지 못하던 폐열을 회수·재사용하기 위하여 특별히 설치된 설비로 봄이 타당하다. 즉, 자원재활용법 시행규칙 제3조 제1호는 재활용가능자원의 회수·재사용을 가능하게 하는 수집·운반·보관 기능을 가진 설비의 설치 여부를 기준으로 판단해야 할 것이다. 따라서 쟁점설비는 폐열의 회수 및 에너지 전환을 위하여 특별히 설치된 일련의 설비로서 재활용가능자원을 활용하기 위한 수집·운반·보관 기능을 수행하고 있는바, 자원재활용법 시행규칙 제3조 제1호에서 규정하는 재활용시설에 해당한다.(7) 또한, 법제처는 ‘해당 시설이 폐열을 실제로 수집·운반·보관을 할 수 있는 시설인지 여부’를 재활용시설의 판정기준 중 하나로 제시하고 있는데, 쟁점설비는 폐열의 물리적·기능적 특성을 고려할 때 폐열을 실제로 수집·운반·보관(관리)하는 기능을 수행하고 있다.(가) 폐열은 고체나 액체와 달리 장기간 저장이 어려운 에너지자원으로서, 발생 즉시 회수하여 에너지 손실 없이 다음 공정으로 전달·관리하는 방식으로만 재활용할 수 있으므로 통상적인 ‘보관’의 개념을 적용하기 어렵다.