위법한 세무조사 등 절차상 하자 있는 처분에 해당하는지 여부

요지쟁점세무조사 통지서를 보면 관련 법령에 따라 사전통지를 생략한다고만 기재되어 있고, 조사목적을 달성할 수 없다고 판단하는 구체적인 근거나 사유에 관하여는 기재되어 있지 아니한 바, 사전통지의 생략은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차상의 하자에 해당하는 것이고,처분청은 00.0.00. 쟁점세무조사 결과통지를 하면서 같은 날 쟁점고지서를 동시에 청구법인에게 교부송달하였는데, 사실상 세무조사 결과통지(과세예고통지)를 생략한 채 법인세 과세처분을 하였으므로, 세무조사 사전통지와 과세예고통지를 생략한 이 건 처분은 절차상 중대한 하자가 있음

주문OOO세무서장이 2025.3.27. 청구법인에게 한 2019사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 OOO 개업하여 경상북도 OOO에서 OOO제조업을 영위하는 비상장 법인으로 대표이사 A(지분율 40%)과 A의 자녀 B(지분율 30%), C(지분율 30%)이 청구법인의 주식 100%를 2024년말 현재까지 보유하고 있고,D(청구법인의 대표이사 A의 배우자)은 OOO 설립되어 경상북도 OOO에서 OOO 제조업 등을 영위하고 있는 ㈜E의 지분 28%를 보유한 주주로 2005년 ㈜E의 대표직에서 사임한 후 2006년경 ㈜E의 인도네시아 현지법인인 F(비상장법인, 이하 “쟁점현지법인”이라 한다)의 주식 OOO주(1주당 미화 OOO달러)를 출자하여 2019.5.20. 쟁점현지법인의 주식 지분 42.5%(총 OOO주, 취득가액 OOO원)를 보유하다가,2019.5.20. 특수관계법인인 청구법인에게 자기가 보유한 쟁점현지법인의 주식 전량 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도가액 OOO원(1주당 미화 OOO달러)에 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하고 환율 차이인 OOO원을 양도차익으로 하여 2019.9.2. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.나. 처분청은 2025.2.17.부터 2025.3.27.까지 기간 동안 D에 대한 양도소득세 세목별조사 및 청구법인에 대한 법인통합조사, 청구법인의 주주 3명에 대한 증여세 세목별조사를 실시(D, 청구법인 및 청구법인의 주주 3명에 대한 세무조사를 이하 “쟁점세무조사”라 하고, 위 세무조사대상자를 함께 “조사대상자들”이라 한다)한 결과, 쟁점주식 양도일 전후 6개월간 매매사례가액이 없어 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법을 이용하여 평가한 가액[1주당 가액 OOO원(미화 OOO달러, 2019.5.20. 기준환율 OOO원)]과 D의 신고가액[1주당 신고가액 OOO원(미화 OOO달러, 2019.5.20. 기준환율 OOO원), 이하 “신고가액”이라 한다]과의 차액을 OOO원으로 산정하여 2025.3.27. 청구법인에게 「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제88조에 따라 법인세 부과대상이라는 세무조사결과를 통지하였고, OOO원을 익금산입하여 같은 날 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지(고지서는 교부송달, 이하 “쟁점고지서”라 한다)하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.18. 이의신청을 거쳐 2025.9.26. 심판청구를 제기하였다.라. 한편 처분청은 쟁점주식 양도에 대하여 D에게 「소득세법 시행령」제167조 제3항 제1호 부당행위계산부인 규정에 따라 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 부과하였고, D이 2025.7.30. 심사청구를 제기한 결과, 국세청장은 2025.9.24. 쟁점현지법인의 2019년 4월말 가결산 재무상태표를 고려하여 쟁점주식의 시가를 재조사하라는 결정을 하였다.마. 처분청은 쟁점주식의 신고가액[1주당 신고가액 OOO원(미화 OOO달러, 2019.5.20. 기준환율 OOO원)]과 보충적 평가액[1주당 보충적 평가액 OOO원(미화 OOO달러, 기준환율 OOO원)]과의 차액(OOO원)을 반영하여 2025년 11월 D에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 감액경정하였고, 2025.11.26. 청구법인에게 부과한 2019사업연도 법인세 OOO원을 감액경정하였다.＜표1＞ 쟁점주식의 시가○○○2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가.

이유 2청구법인 주장(1) 쟁점세무조사는 사전통지를 생략하고 자의적으로 조사대상선정 하여 조사권을 남용하였으므로 위법한 세무조사에 해당한다.(가) 「국세기본법」 제81조의7은 조사목적을 달성할 수 없다고 판단되는 경우에 한하여 세무조사 사전통지를 생략하도록 규정하고 있고, 청구법인과 D은 쟁점주식 양도에 대하여 모든 신고를 이행하여 증거인멸의 우려가 없음에도 처분청은 조사자들에게 세무조사 사전통지를 생략하였다.처분청의 조사내용을 보면 청구법인이 쟁점주식을 저가양수하였다고 하면서 쟁점주식 평가액을 1주당 OOO원으로 과다하게 평가하였는데, 이는 세무조사 사전통지를 생략하기 위하여 주식평가액을 부풀려 청구법인의 탈루혐의가 큰 것으로 보이도록 한 것으로 처분청이 주식평가액 산정당시 근거로 한 재무제표가 어떤 것이었는지 알 수 가 없다.청구법인이나 D에게 사전통지를 생략할 정도의 심각한 세금탈루 행위가 있었다면, D의 양도소득세 신고서를 검토할 때 법인의 저가양수 여부가 검토되어야 하고, 양도소득세 신고자료는 대부분 1년 이내에 자료결정을 하도록 하고 있음에도 처분청은 부과제척기간이 임박하여 세무조사에 착수하다 보니 부과제척기간 내에 조사 결과를 도출하지 못할 우려가 있어 세무조사 사전통지를 생략한 것으로 보인다.(나) 쟁점세무조사는 「국세기본법」 제81조의4 제1항 및 같은 법 제81조의6 제3항 세무조사권 남용금지 및 세무조사 대상자 선정규정에 위배된다.1) D은 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세를 신고하여 신고시인되었고, 청구법인은 2020년 3월 쟁점주식 취득사실을 신고하였으며, 처분청은 이로부터 약 5년이 경과한 시점에 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호 ‘신고내용에 탈루나 오류혐의가 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우’라는 사유로 세무조사에 착수하였으나, 청구법인은 쟁점주식 양도·양수에 대하여 5년 동안 아무런 문제가 제기되지 않았었으므로 쟁점세무조사 당시 조사자들에게 어떠한 명백한 탈루혐의가 있었다는 것인지 알지 못하였다.2) 청구법인은 인도네시아의 관행에 따라 제3자간 거래가액을 참고하여 매매사례가액와 동일한 가액으로 쟁점주식을 거래하였는데, 처분청은 조사종결시까지도 시가를 정하지 못하고 D이 제출한 주식평가서상 보충적 평가방법으로 평가한 점을 볼 때 이는 처분청이 세무조사대상 선정을 잘못하였다는 것을 스스로 자인하는 것이다.3) 대법원은 우리나라의 비상장법인과 외국의 비상장법인은 사업환경이 다르기 때문에 미래수익과 위험도가 다를 수밖에 없으므로 그 발행주식의 순손익가치를 산정할 때 적용하는 할인율도 서로 달라야 하는 것이 원칙이고, 쟁점주식은 인도네시아 비상장법인의 주식으로 상증세법상 보충적 평가방법으로 평가했다 하더라도 국내의 보충적 평가방법을 그대로 적용하는 것은 각국의 사업환경과 위험도 차이를 고려하지 않은 것으로 이를 근거로 하여 세무조사대상으로 선정한 것은 위법성이 있다고 보아야 할 것(대법원 2018.4.12.

이유 3선고 2017두75477 판결, 참조)이라고 판단하였는바,처분청은 세무조사대상 선정사유가 없음에도 청구법인을 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고, 조사 중 쟁점현지법인의 주식평가 자료를 요구하였으며, 이에 청구법인은 조사중지를 요청하면서 D은 인도네시아로 출국하여 G회계법인에 쟁점주식의 가치평가를 의뢰하여 처분청에 주식평가보고서를 제출하였는데, 청구법인이 이러한 협조를 하지 않았다면 처분청은 쟁점주식에 대한 보충적 평가액을 산정할 수 없었을 것이고, 부과제척기간도 경과했을 것으로 보인다.처분청이 이러한 방식으로 쟁점주식 평가보고서를 확보한 것으로 볼 때, 처분청은 쟁점현지법인의 재무제표를 확보하지 못한 상태에서 유사매매사례가액도 없는 쟁점현지법인의 주식의 시가를 몰랐음에도 청구법인이 쟁점주식을 저가로 인수하였다며 조사대상으로 선정하였다.(다) 쟁점세무조사는 「국세기본법」 제81조의14 제1항(납세자의 권리 행사에 필요한 정보의 제공)을 정면으로 위반한 위법한 세무조사로, 이의신청 당시 청구법인과 D은 처분청의 1주당 미화 OOO달러의 산정근거를 알 수가 없어 처분청에 산정근거의 열람을 요청하였으나, 처분청이 이를 거부하였고, 주식가치 산정 시 재무상태표의 내용이 잘 반영되었는지가 핵심임에도, 당시 처분청은 청구법인이 요청한 과세정보를 열람해 주지 않아 어떠한 근거로 산정되었는지 알지 못하는바, 이는 「국세기본법」 제81조의14 제1항을 위반하여 납세자의 권익을 침해하는 위법행위에 해당한다.(2) 처분청은 청구법인의 과세전적부심사청구 기회를 박탈하였고, 세무조사결과 통지서와 쟁점고지서를 같이 교부하였으므로 이는 절차적 하자가 있는 처분에 해당한다.(가) 처분청은 청구법인에게 5년 동안 아무런 조치를 취하지 않는 등 부과제척기한이 불과 40여일 남을 때까지 업무를 해태하여 청구법인의 과세전적부심사 기회를 박탈하였다.1) 처분청은 양도인의 양도소득세에 대한 자료검토 시 적정한 것으로 종결한 이후, 청구법인에 대한 과세권을 행사할 수 있는 기간이 약 5년이 있었음에도 5년 동안 아무런 조치를 취하지 않는 등 업무를 해태하고 있다가 부과제척기간 만료일(2025.3.31.) 약 40여일 전 세무조사 사전통지를 생락하고 세무조사에 착수하였으며, 과세예고통지를 생략하여 과세전적부심사의 기회까지 박탈하였다.2) 「국세기본법」 제81조의15(과세전적부심사) 제3항 제3호는 “세무조사 결과통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우”에는 과세전적부심사규정을 적용하지 않도록 규정하고 있고, 청구법인에 대한 조사 착수일이 2025.2.17.이며, 2025.3.27. 세무조사 결과통지서를 받았는데 세무조사 착수 당시 이미 부과제척기간 만료일 3개월 이내에 해당된다.3) 또한 쟁점세무조사 팀장은 2025.3.27.

이유 4법인세 고지서를 교부하면서 조기결정신청서를 함께 가지고 와 청구법인의 대표자에게 서명할 것으로 요구하였고, 이에 대표이사는 조기결정서에 확인 서명을 하지 않았음에도 처분청은 청구법인이 조기결정신청서에 서명하였다고 호도하고 있다.이는 「국세기본법」상 청구법인의 2019사업연도 법인세 부과처분은 과세전적부심사청구의 대상이 되지 않는데도 납부고지서를 전달하면서 조기결정신청서를 제시한 것 자체가 앞뒤가 맞지 않는 행위이고, 과세예고통지서(조사결과통지서 포함)가 먼저 통지된 경우에만 조기결정신청서가 유효한 것이며, 고지서를 교부하는 시점에 조기결정신청서를 확인받았다고 해서 과세전적부심사기회가 부여되었다는 처분청의 의견은 처분청이 과세전적부심사 기회를 박탈했음을 스스로 인정하는 것에 불과하다.4) 조세심판원은 과세예고통지는 처분청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려 줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견 청취 절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서, 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 세무 조사결과통지 및 과세예고통지 등을 하게 되면 납세자의 과세전적부심사청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 경우에 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 하는 것이지, 처분청이 세무조사를 장기간 해태함으로써 부과제척기간 만료일이 임박한 경우에도 동 규정을 적용하게 되면 과세관청이 자의적으로 납세자의 사전적인 권리구제절차를 박탈할 수 있게 되고, 이는 과세예고통지를 의무화한 입법 취지와 부합하지 아니할 뿐 아니라, 합목적인 해석으로도 볼 수 없으며 과세예고통지를 생략한 과세관청의 귀책 있는 부과처분으로 인해 납세자의 불이익이 초래하는 것은 조리에도 맞지 아니하는 점 등에 비추어 이 건은 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세예고통지를 생략하여 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니할 수 있는 예외적인 사유가 있다고 인정하기 어렵다고 결정(조심 2022서1817, 2022.9.22. 등 다수)한바 있고,대법원은 과세관청이 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다고 하여 과세관청에 입증책임을 부여(대법원 2025.6.5.

이유 5선고 2025두33014 판결)하였는바, 청구법인에 과세전적부심사를 생략한 사유를 입증하려면, 세무조사가 왜 지연되어 착수되었는지, 세무조사 사전통지서가 왜 발부되지 아니하였는지에 대한 적정한 근거가 없다면 이는 적법절차를 준수하지 않은 과세처분이므로 위법하다 할 것이다.(나) 쟁점고지서는 세무조사결과통지서와 동시에 송달되었으므로 쟁점고지서의 송달은 무효이다.‘국세징수사무처리규정’상 납부고지서의 송달방법을 보면 조사공무원은 부과처분에 대한 내부의사결정 단계로서 법인세 결의서를 관서장까지 결재를 받아야 하고 내부적으로 수입징수관에게 부과통보를 한 후, 수입징수관이 결재하여 징수결정이 확정되어야 조사공무원이 고지서를 발행할 수 있는데, 미납부가산세는 납부일 전일까지 계산하도록 되어 있어 고지일자에 따라 유동적으로 변하는 것임에도, 처분청은 청구법인이 미리 조기결정서를 제출한 것으로 기정사실화하여 납부고지서를 준비하여 세무조사결과통지서와 납세고지서를 동시에 송달하였는데, 이는 마치 조사결과통지서를 송달하고, 조기결정신청서의 날인을 받아 적법한 행정절차가 이루어진 것처럼 청구법인을 기만하는 것이므로 쟁점고지서의 송달 역시 위법하다.(3) 신고가액을 부인하고 보충적 평가방법에 따른 쟁점주식의 평가액을 시가로 보아 과세한 처분은 부당하다.(가) 쟁점주식을 미화 OOO달러에 거래한 이유는 다음과 같다.1) ㈜E(대표자 H)는 국내 OOO 생산에 필요한 원자재 구매가 어려워지자 해외법인을 설립을 알아보던 중 2006년 1월 쟁점현지법인을 설립하기로 하고 D, ㈜E, ㈜I, J, K, L이 출자하여 쟁점현지법인을 설립하였다.인도네시아의 토지매매방식을 보면, 토지매매 예약계약을 체결한 후 정식매매계약이 성립되면 토지 소유권은 건물 사용권으로 전환이 되고, 당초 회사설립 조건에는 15년 이내에 일부 주식은 인도네시아 국민이나 인도네시아 법인에 매도 및 공장운영 중 투자 조건을 위반할 경우에는 공장 허가가 취소될 수 있다는 내용이 포함되어 있어 쟁점현지법인의 주식 처분 시 시장가격을 정할 수도 없고 매수자를 찾기도 어렵다는 것을 알고 주주들은 배당을 통해 투자금을 회수하는 것이 최선의 방법이라고 생각했으며, 모든 부동산은 사용권이므로 법인 청산시 청산가치가 없다는 점을 인지하고 있었기 때문에 쟁점현지법인의 주식은 설립 이후 1주당 가액을 미화 OOO달러로 하여 거래될 수 밖에 없었다.2) D은 인도네시아에서 쟁점현지법인의 성장을 위해 열심히 노력하였으나, 건강이 악화(OOO)되어 도저히 현지에 근무할 형편이 되지 않아 기존 주주들에게 주식을 사라고 권유도 해보았고, 투자청에 쟁점현지법인의 주식을 매입할 인도네시아 사람이나 법인을 소개해주기를 요청해 보았으나 매수자가 없어 궁여지책으로 D의 배우자가 대표로 있는 청구법인에게 쟁점주식을 1주당 미화 OOO달러에 매각하면서 양도대금은 3년에 걸쳐 분할받기로 하였는데, 10년이 넘도록 쟁점현지법인의 주식 가액을 미화 OOO달러에 거래해 왔음에도 처분청은 이를 시가로 인정하지 않고 과세하였다.(나) 쟁점주식은 10년 동안 반복적·지속적으로 1주당 미화 OOO달러에 거래되었으므로 이를 매매사례가액으로 보아 1주당 미화 OOO달러를 쟁점주식의 시가로 인정하여야 한다.1) D은 2006년 1월 1주당 미화 OOO달러로 OOO주를 출자하였고, 2011년∼2013년 인도네시아 현지법인 M로부터 4차례에 걸쳐 주식 합계 OOO주를 1주당 미화 OOO달러에 매수하였다.㈜I과 L 사이에는 2007년 5월과 8월에 주식 OOO주가 1주당 미화 OOO달러에 매매된 사실이 있고, 2018년에는 ㈜E가 특수관계없는 K과 OOO주를 1주당 미화 OOO달러에 매매하기도

이유 6하였는데, 1주당 미화 OOO달러는 제3자 간의 거래도 15회에 걸쳐 OOO주가 되는 만큼 인도네시아 시장에서 형성된 거래 가격이자 반복적 거래가액으로서 제3자 간의 거래량은 쟁점주식수의 약 150%에 상회하는 거래량에 해당한다.2)「법인세법 시행령」 제89조 제2항은 부당행위계산 부인 규정을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다고 규정하고 있는 바, 쟁점현지법인의 주식은 인도네시아 특유의 정서가 반영된 것으로, D뿐만 아니라 모든 개인주주, 법인주주가 모두 미화 OOO달러에 거래하였으므로, 이는 특별한 사정이 없는 한 시가로 인정되어야 한다.3) 조세심판원 역시 특수관계 없는 자 간의 대등한 합의과정을 거친 주식가액은 적정한 가액이라고 하면서, 양수인과 양도인은 특수관계에 있지 아니한 자로 대등한 관계에서 실사 및 합의과정을 거쳤고 쟁점주식을 시가보다 높게 양수하였으나 거액의 이익을 증여할 이유를 찾기 어렵고 처분청은 상증세법상 보충적 평가액을 시가로 보고 쟁점주식의 가액을 고가로 보았을 뿐 구체적으로 조사한 일이 없는 점 등을 감안할 때, 쟁점주식은 적정한 가액으로 거래한 것으로 판단된다고 결정(조심 2012중783, 2012.6.28.)한바 있다.(다) 인도네시아 회사법상 명목가치에 의해 거래하는 것이 상관행이자 일반적인 상거래 방법이므로, 이를 준수한 청구법인과 D의 거래도 시가로 인정되어야 한다.쟁점현지법인과 같은 소기업이 해외진출 시 및 청산 시 어떠한 경우의 수가 발생할지 모르는 불확실한 상태이므로 적정선의 주식평가를 받아서 매매가 이루어지기가 어렵고,인도네시아의 주식회사에 관한 법률(UNDANG-UNDANG TENTANG PERSEROAN TERBATAS, 이하 “인도네시아 회사법”이라 한다)은 비상장회사의 주식에 대해 공정가치 평가절차를 규정하지 않고 있고, 상장회사의 경우에만 자본시장 규정에 따라 공정가치 평가가 요구되고 있는데 이마저도 인도네시아 자본시장 규정에 의한 것인데, 이러한 점을 고려할 때, 인도네시아의 회사법은 상장회사의 거래와 관련하여 주식의 공정가치를 얻기 위해 주식가치를 평가할 수 있는 포괄적인 규제를 제공하지 않고 있으며, 비상장주식의 경우에는 명목가치에 의한 평가가 불법적이지 않음을 나타내는 것이라 할 것이어서 인도네시아의 법적·제도적 공백은 비상장주식이 관행적으로 명목가치(예 : 1주당 미화 OOO달러)로 거래되는 구조적 원인으로 작용하고 있고, 주주 간의 합의에 의해 명목가치가 결정된다고 보고 있어 인도네시아의 비상장법인의 주식은 명목가치인 액면가액 거래가 일반적임을 알 수 있다.(라) 「법인세법」상의 시가는 상증세법상의 시가와 달리 매매사례가액으로 볼 수 있는 기간을 벗어나더라도, 평가기준일과 상관없이 경제적 합리성 등을 따져 시가 인정여부를 결정하는 것이 타당하다.1) 처분청은 2018.1.15.