청구법인과 쟁점법인이 공정거래법상 동일한 기업집단에 속하는 계열회사로 법인세법상 특수관계에 해당하는지 여부

요지공정거래법 시행령 제3조 제1호는 기업집단에 속하는 계열회사를 동일인이 단독 또는 동일인관련자와 합하여 발행주식 30% 이상을 소유한 경우로 규정할 뿐 동일인이 1주도 소유하지 않은 경우를 제외하도록 규정하지 않으므로 동일인의 지분 없더라도 계열회사에 해당할 수 있어 법인세법상 특수관계에 해당함

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2019.11.22. 청구법인의 전 대표이사 A가 100% 지분을 소유한 주식회사 B(이하 “쟁점법인”이라 한다)에게 주식회사 C(이하 “C”라 한다) 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원(합계 OOO원)에 양도하였고, 쟁점주식의 시가를 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법에 따라 평가한 1주당 OOO원으로 산정한 후 청구법인이 특수관계법인인 쟁점법인에게 쟁점주식을 시가보다 저가에 양도하였다고 보아 부당행위계산 부인 규정에 따라 시가와 대가의 차액인 OOO원의 2019사업연도 익금 산입 등을 하여 2019사업연도 법인세 OOO원 및 2020사업연도 법인세(미환류소득에 대한 법인세 포함) OOO원을 신고·납부하였다.나. 청구법인은 2025.2.25. 쟁점법인이 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제4호 또는 제7호의 특수관계법인에 해당하지 않는다는 이유로 위 OOO원의 익금불산입 등을 하여 법인세 합계 OOO원[2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원(미환류소득에 대한 법인세)]의 환급을 구하는 경정청구를 각각 제기하였다.다. 처분청은 쟁점법인이 청구법인의 특수관계법인에 해당한다고 보아 2025.5.14. 위 경정청구를 각각 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.19. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) D은 청구법인의 설립자·최대주주 및 공동 대표이사(명예회장)로서 쟁점주식 거래 당시 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 “공정거래법”이라 한다) 제2조 제2호 나목에 따른 ‘동일인’(E기업집단 사업내용을 사실상 지배하는 자)에 해당한다.A는 쟁점주식 거래 이전인 2019.10.31. 청구법인의 대표이사에서 사임(퇴사)하였고, 퇴사 전 청구법인의 주주(명목상 지분비율 3.OOO%, 자기주식을 제외한 실질 지분비율 4.OOO%)이면서 청구법인의 공동 대표이사(회장)로 재직한 이력이 있는 한편, 청구법인에서 퇴사할 당시 C의 사내이사(계열회사의 등기임원을 겸직하였던 것으로, 별도의 보수를 수령한 사실은 없다)에서는 사임하지 않았다.쟁점법인은 2007.1.10. 건축자재 도·소매업을 영위할 목적으로 설립된 회사로, A가 지분 100%를 소유하고 있고, 이사회 구성원과 감사는 모두 A와 그 가족으로만 구성되어 있다.한편, 쟁점법인은 2019.11.22. 쟁점주식 거래 당시 청구법인의 소액주주(명목상 지분비율 0.OOO%, 자기주식을 제외한 실질 지분비율 0.OOO%)이다.(2) D이 발행주식을 1주도 보유하고 있지 아니한 쟁점법인이 E 기업집단에 속한다고 볼 수 없다. 그리고 쟁점법인 이사회의 구성원과 감사는 모두 A와 그 가족으로만 구성되어 있으므로, D이 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있다고도 볼 수 없다. 따라서 쟁점법인은 청구법인과의 관계에서 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제7호의 ‘공정거래법상 계열회사 관계에 따른 특수관계인’에 해당하지 않는다.(가) 공정거래법 제2조 제2호에 의하면 “기업집단”이란 동일인이 같은 법 시행령 제3조 제1호 소정의 지분율 요건 또는 제2호 소정의 지배력 요건 중 어느 하나를 충족하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말하며, 같은 조 제3호는 2 이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우 서로 상대방의 “계열회사”에 해당된다고 규정하고 있다.

이유 2그리고 공정거래법 시행령 제3조 제1호는 ‘동일인이 단독으로 또는 동일인관련자(6촌 이내의 혈족 등 친족 또는 계열회사의 임원)와 합하여 당해 회사의 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사는 동일인이 지배하는 기업집단에 포함한다’고 규정하고 있다.(나) 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 시, A가 2019.10.31. 청구법인에서 퇴사하였으나, 청구법인의 계열회사인 C의 사내이사(등기임원을 겸직한 것으로서, 별도의 보수를 수령한 사실이 없다)를 사임하지 않아서 2019.11.22. 쟁점주식 거래 당시 A가 동일인관련자(계열회사의 임원)에 해당하므로, 동일인관련자가 지분 100%를 소유한 쟁점법인을 청구법인과 계열회사 관계에 따른 특수관계인(「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제7호)으로 보았다.(다) 그러나 이 건과 쟁점이 동일한 조세심판원 선결정례(조심 2016전3135, 2017.6.30., 조심 2020중733, 2020.7.21.)는 ‘공정거래법 시행령 제3조는 “동일인이 단독으로 또는 동일인관련자와 합하여 당해 회사 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사”를 동일인이 지배하는 기업집단에 포함한다고 규정하고 있으므로, 동 규정은 ① 동일인이 단독으로 위 지분율 기준 이상의 당해 회사 발행주식을 보유하는 경우 및 ② 동일인과 동일인관련자가 각 보유하는 당해 회사 발행주식을 합하여 위 지분율 기준 이상이 되는 회사를 기업집단의 범위에 포함한다고 해석함이 타당한 점 등에 비추어 동일인이 당해 회사 발행주식을 1주도 보유하고 있지 아니한 경우에는 당해 회사를 공정거래법상 동일인이 지배하는 기업집단에 속한다고 볼 수 없다’고 해석하였다.따라서 조세심판원 선결정례와 동일하게 이 건의 경우에도 E기업집단의 동일인인 D이 쟁점법인의 발행주식을 1주도 보유하고 있지 아니하므로, 쟁점법인이 공정거래법상 D을 동일인으로 하는 E기업집단에 속한다고 볼 수 없다.(라) 국세청의 예규(서면-2019-법인-2476, 2019.12.13.)에서도 내국법인(A법인)과 해당 내국법인의 자회사(내국법인이 73.6% 출자) 주주인 대표이사가 출자한 다른 내국법인(자회사의 대표이사가 50% 출자한 B법인)이 서로 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있지 않아「법인세법 시행령」제2조 제5항 각 호의 규정에 해당하지 않는 경우에는 A법인과 B법인을 특수관계인으로 보지 아니하는 것으로 해석하고 있는바, 해당 국세청 예규에 의하면 임원의 임면권 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하지 않는 경우에는 동일인관련자(계열회사의 임원)가 30% 이상을 소유하면서 최다출자자에 해당하는 경우에도 당해 법인은 기업집단 소속기업(계열회사)에 해당되지 않는다고 해석한 것이다.(마) 2019.11.22.자 쟁점주식 거래 당시 쟁점법인은 A가 100%의 지분을 소유하고 있었고, 쟁점법인의 이사회 구성원[대표이사 F(A의 아들), 사내이사 A]과 감사[G(A의 배우자)]는 모두 A와 그 가족이므로, E기업집단의 동일인인 D이 이사 임명, 임원의 100분의 50 이상의 선임 또는 그러한 선임을 할 수 있는 회사·조직의 변경 등과 관련된 주요 의사결정이나 업무집행에 지배적인 영향력을 행사하는 등 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있었다고 볼 수 없다.(바) 참고로, 청구법인의 2017년부터 2019년까지의 사업보고서 공시자료(계열회사 등에 관한 사항)에서도 쟁점법인을 청구법인의 계열회사(E기업집단 소속기업)로 공시하고 있지 않았다.(3) 쟁점주식 거래 당시 청구법인이 쟁점법인의 발행주식을 1주

이유 3도 보유하고 있지 아니하였고, A가 독립적으로 쟁점법인에 지배적인 영향력을 행사하고 있었므로, 쟁점법인은 청구법인과의 경영지배관계에 따른 특수관계인(「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제4호)에 해당하지 않는다.(가) 「법인세법」 제52조에 따라 부당행위계산으로 부인되는 거래의 상대방인 특수관계인에 대하여 같은 법 시행령 제2조 제5항은 ‘법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다’고 규정하면서, 제2호에서 소액주주가 아닌 주주를 특수관계인으로 규정하고 있고, 제4호에서 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인을 특수관계인으로 규정하고 있다.「국세기본법 시행령」 제1조의2 제3항 제2호 가목에서 본인이 법인인 경우 직접 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인을 특수관계인으로 규정하고 있고, 같은 조 제4항 제1호 가목에서 ‘같은 조 제3항 제2호 가목의 규정을 적용할 때 영리법인의 발행주식 총수의 30% 이상을 출자한 경우 해당 법인의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다’고 규정하고 있다.(나) 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 시, 청구법인의 주주인 A(특수관계인)가 쟁점법인의 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하고 있었으므로, 쟁점법인은 청구법인과의 경영지배관계에 따른 특수관계인(「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제4호)에 해당한다고 보았다.(다) 그러나 이 건과 쟁점이 동일·유사한 경영지배관계에 따른 특수관계인 해당 여부와 관련한 조세심판원 선결정례(조심 2019중3517, 2021.3.22.)에서 「소득세법」상 양도소득에 대한 부당행위계산 부인 규정의 적용 여부와 관련하여, 개인인 본인(A)은 직접 출자하지 아니한 채 그와 「국세기본법 시행령」상의 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자(B : A의 아버지)만이 해당 법인(C : B가 대표이사로서 76% 출자한 법인)의 발행주식 총수 30% 이상을 출자한 경우, 경영지배관계에 따른 특수관계법인에 해당하기 위해서는 해당 법인이 본인이 단독으로 또는 본인의 친족관계 등에 있는 자와 함께 소유한 주식 등의 합계가 총 발행주식의 100분의 30 이상인 법인이어야 하고, 본인(A)이 그 주식을 소유하지 않은 채 그와 친족관계 있는 자(B)만이 그 주식을 소유한 법인(C)은 본인(A)의 특수관계인에 해당하지 않는다고 해석하였다.(라) 또한 이 건과 쟁점이 동일·유사한, 경영지배관계에 따른 특수관계인 해당 여부와 관련한 대법원 판례(대법원 2021.5.7. 선고 2020두49324 판결, 대법원 2022.1.14. 선고 2021두51593 판결, 대법원 2024.7.25. 선고 2022두63386 판결, 대법원 2024.10.8.

이유 4선고 2024두46255 판결)에서, 대법원은 문언체계가 동일한 「지방세기본법」, 「국세기본법」 및 「법인세법」상 특수관계인 여부를 판정함에 있어서 세법의 문언상 “‘본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여’ 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 경우를 ‘본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자가’ 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 경우로 볼 수 없으며, 따라서 본인(A)의 특수관계인(B : 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자)이 어느 법인(C)에 지배력을 행사하는 관계에 있더라도 그러한 사정만으로 곧바로 본인(A)과 해당 법인(C)의 특수관계가 인정되지 않고, 지배적인 영향력의 행사는 특수관계인(B)이 아닌 본인(A)을 기준으로 판단하여야 하고, 본인(A)이 직접 지배적인 영향력을 행사하지 않고 특수관계인(B)을 통하여 지배적인 영향력을 행사한다고 인정되려면 그 영향력을 본인(A)이 직접 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있는 정도에 이르러야 한다”고 일관되게 판시하고 있다.부언하면, 대법원은 “‘통하다’의 사전적 의미가 ‘어떤 사람을 매개로 하거나 중개하게 하다’인 점에서, 본인이 그와 특수관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한다고 인정되기 위해서는, 본인(A)이 그와 특수관계에 있는 자(B)의 의사결정을 좌우함으로써 본인이 법인에 직접 지배적인 영향력을 행사하는 것과 동등하게 볼 수 있을 정도에 이르러야 하고, 이때 ‘본인과 특수관계에 있는 자’(B)는 본인(A)이 법인에 대하여 행사하고자 하는 영향력을 그 중간에서 매개하는 역할을 수행하는 경우를 의미한다고 해석되어야 하는 것이지, ‘본인과 특수관계에 있는 자’(B)가 본인(A)의 영향 없이 독자적으로 법인에 대하여 영향력을 행사하는 경우를 의미하는 것이라고는 해석할 수 없다”고 판시하고 있다.(4) 청구법인의 항변 내용은 ＜별지1＞과 같다.나. 처분청 의견(1) 쟁점법인은 구 공정거래법 시행령 제3조의 지분율 요건을 충족하여 기업집단에 속하는 법인이므로 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제7호의 특수관계인에 해당한다.(가) 동일인인 D과 동일인관련자인 A가 합하여 쟁점법인의 발행주식 총수의 100분의 30 이상(A가 100% 소유)하는 경우로서 최다출자자인 쟁점법인은 기업집단의 계열회사이므로 청구법인의 특수관계인에 해당한다.1) 서울고등법원은 “공정거래법 시행령 제4조 제1호(구 공정거래법 시행령 제3조 제1호에 해당)는 ‘동일인이 지분을 소유한 바 없이 동일인관련자만이 해당 회사의 발행주식총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우’가 포함된다고 해석함이 타당하고, 나아가 위 조항이 위임의 범위를 일탈한 것이라거나 과잉금지원칙에 위반된다고 볼 수도 없다”고 판시하였다(서울고등법원 2024.2.15. 선고 2022누39835 판결, 확정).법원은 “‘동일인이 동일인관련자와 합하여’에서 ‘합하다’는 사전적으로 ① ‘여럿이 한데 모이다, 또는 여럿을 한데 모으다’라는 의미와 ② ‘둘 이상의 수나 식을 더하다’라는 의미를 지닌다.

이유 5따라서 ‘합하여’를 전자의 의미로 사용하는 경우에는 여럿으로서, 후자의 의미로 사용하는 경우에는 동일인과 동일인관련자가 ‘0’이 되는 경우를 특별히 배제할 이유가 없다”고 판시하였다.법원은 “위 규정의 문언을 있는 그대로 이해하면 ‘동일인이 소유한 주식의 수’와 ‘동일인관련자가 소유한 주식의 수’를 ‘합하여’ 발행주식총수의 100분의 30 이상이 되는 경우를 의미한다고 할 것이므로, 즉 동일인이 소유한 주식의 존재를 전제하지 않는 후자의 의미로 사용되었다고 봄이 자연스럽다”고 판시하였고, “종래의 실무 역시 동일인이 주식을 소유하지 않은 회사라 하더라도 지분율 요건을 충족할 수 있음을 당연한 전제로 하여 왔다(대법원 2022.5.12. 선고 2017두63993 판결, 대법원 2020.2.27. 선고 2019도19190 판결, 대법원 2015.3.26. 선고 2012두27268 판결, 같은 뜻임)”고 판시하였다.법원은 여기에 덧붙여 “기업집단 제도에 관한 공정거래법령의 입법취지와 목적, 제·개정 연혁에 비추어 보더라도 이와 달리 보기 어렵다”고 판시하였다.2) 청구법인 또한, 이와 같은 법원의 판결 및 법령의 취지 및 실무상 처리방법 등을 알고 당초 정기신고 시에는 ‘특수관계법인’으로 인식하고 법인세의 자진 신고 및 납부를 하였으나, 세무조사 및 경정을 할 수 없도록 부과제척기간을 한 달 남겨두고 경정청구를 한 것으로 보인다.청구법인은 2024.9.4. 법인세 수정신고 및 OOO원 가량을 자진하여 납부하였는데, 청구법인이 그때까지도 이 건에 대해 경정청구를 하지 않았던 것은 청구법인 스스로도 쟁점법인이 특수관계인에 해당하는 사실을 알고 있었기 때문으로 보인다.앞서 언급한 서울고등법원 2024.2.15.

이유 6선고 2022누39835 판결에서 판시한 바와 같이 기업집단의 범위는 ‘지분율 요건’과 ‘지배력 요건’ 둘 중 하나만 충족하면 되므로 쟁점법인은 기업집단의 범위에 포함되어 청구법인의 특수관계인임이 분명하다.(나) 청구법인의 비소액주주이자 전 대표이사인 A가 쟁점법인의 지분 100%를 소유하여 청구법인이 쟁점법인의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하는 경우에 해당하므로 쟁점법인은 청구법인의 특수관계인에 해당한다.청구법인의 2019.11.4.자 이사회 회의록에 따르면 청구법인은 쟁점주식의 매수자를 A로 결정하였으나, 실제 거래는 A가 사주로 있는 쟁점법인과 거래를 하였는바, A가 40년간 청구법인에 근무했을 뿐 아니라 20년 가까이 대표이사로 재직하였으며, 비소액주주였으므로 거래상대방을 지정할 수 있었던 것으로 보인다.A는 2019년 10월 경영 일선에서 물러났음에도 불구하고 청구법인 지분을 포함해 주요 계열사인 C, 주식회사 H 및 주식회사 I의 지분을 보유하여 여전히 영향력을 가지고 있었던 것으로 평가받았다(202OOO자 기사 참조).그리고 쟁점주식 거래 시점에 청구법인과 A는 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인의 관계회사 주식을 거래하였다.＜표1＞ 청구법인과 A 사이의 청구법인 관계회사 주식 거래내역○○○위 거래는 청구법인의 관계회사 주식 거래를 통해 계열분리를 위한 작업으로 보이고, 이는 C의 지배력을 청구법인의 실권자이자 최고경영자였던 A에게 넘겨주고 주식회사 H 및 주식회사 I의 지배력을 청구법인이 확보하기 위한 것으로 보인다.또한 ① A가 청구법인의 대표이사로서 퇴사 직전 쟁점주식의 평가를 의뢰한 점, ② A가 퇴직하였음에도 퇴직 이후 향후 3년간 고문으로 위촉하기로 의결한 사실이 있는 점, ③ A가 2012년 OOO월부터 2018년 OOO월까지 청구법인과 쟁점법인의 대표이사를 겸임한 적이 있는 점, ④ 쟁점법인의 감사가 청구법인의 재경지원부에서 근무했던 J으로 두 회사 간에 서로 인사 교류가 있는 점, ⑤ C의 대주주는 쟁점법인이지만 여전히 청구법인과 인사교류(C의 대표자는 청구법인의 CFO였던 K)가 있는 점으로 보아, 청구법인과 쟁점법인은 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제4호의 ‘해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우’에 해당한다.이뿐만 아니라 쟁점주식의 양도계약서 작성과 동시에 고액의 양도대가가 지불되어 거래가 완료된 것은 A가 퇴직 전 쟁점주식 양도에 대해 지배적 영향력을 행사할 수 있었기에 가능한 것임이 분명하다.(다) 청구법인이 주장한 판례는 이 건과 무관하며, 지배적 영향력은 사실판단 사항으로 개별적으로 검토되어야 한다.청구법인이 제시한 대법원 2024.7.25. 선고 2022두63386 판결의 거래당사자는 개인과 법인으로, 계열회사가 공정거래법상 기업집단의 범위에 포함되는 이 건과 관련이 없다(개인이 동생 부부가 100% 지분을 보유한 법인에게 공장건물 등을 양도).