주식변동상황의 기재를 누락하여 쟁점명세서를 제출한 것으로 보아 제출불성실가산세를 부과한 처분의 당부

요지쟁점명세서상의 주식 등 변동상황누락은 과세권을 행사하지 못하게 하려는 의도가 있다기 보다는 단순 착오에 의한 것으로 보이므로, 관련 규정의 취지가 주식이동을 통한 조세 등을 탈루하는 것을 방지하기 위하여 협력의무를 지운 것(국심 2004중1438)임을 감안시 쟁점가산세 부과처분은 취소함이 타당함

주문양천세무서장이 2025.11.6. 청구법인에게 한 2024사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유1.처분개요가.청구법인은 2024.4.16. 지분 및 주식취득을 목적으로 설립된 외국인투자법인으로, 2025.3.31. 주식등변동상황명세서(이하 “쟁점명세서”라 한다)에 주식 등 변동상황을 작성하지 아니한 채로 2024사업연도 법인세를 신고하였고, 이후 청구법인은 신고기한이 지난 시점인 2025.4.9. 수정분 주식등변동상황명세서(이하 “쟁점수정명세서”라 한다)를 작성하여 추가 제출하였다.나.처분청은 청구법인이 주주 등 명세의 전부를 누락하여 쟁점명세서를 제출한 것으로 보아, 주식등변동상황명세서 제출불성실가산세(이하 “쟁점가산세”라 한다)를 적용하여 2025.11.6. 청구법인에게 2024사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.다.청구법인은 이에 불복하여 2025.12.17. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1)청구법인이 당초 법인세 신고 시 쟁점명세서에 주식 등 변동상황을 누락한 것은 조세회피의 목적이 아닌 단순한 착오에 불과하다.(가)청구법인은 2025.3.31. 2024사업연도 법인세 신고 시 쟁점명세서도 함께 제출하였는데, 사업연도 중 변동상황이 없는 것으로 하여 기말잔액과 기초금액을 동일하게 작성하여 제출하였다.(나)이후, 청구법인은 쟁점명세서상 주식등 변동상황이 누락된 것을 발견하여 2025.4.9. 변동상황을 반영한 쟁점수정명세서를 보완하여 제출하였는바, 쟁점명세서상 주식 등 변동상황이 누락된 것은 조세회피 목적이 아니라 단순 착오에 해당한다.(2)유사쟁점 심판례 및 법원 판례 등에서 ‘단순한 기재 누락만을 이유로 가산세를 부과하는 것은 과세 형평성과 과잉금지 원칙, 조세의 합목적성에 반하므로 적법·타당하다고 보기 어렵다’고 명백히 판단하고 있다.(가)유사쟁점 심판례(국심 2004중4121, 2005.4.4.)에 의하면, ‘관련 법률의 취지는 주식 이동을 통한 양도소득세와 상속세 등의 조세 탈루를 방지하기 위해 법인에게 협력의무를 지운 것’이라는 점을 명백히 하고 있다.(나)법원 판례(서울고등법원 2006.9.21. 선고 2006누5092 판결)에 따르면, ‘주식변동상황의 기재는 양도소득세, 상속세, 증여세 등 관련 조세의 과세권을 제대로 행사하기 위한 과세자료로 활용하기 위해 법인에게 부과된 협력의무에 불과하다’는 점을 명백히 하고 있는바, 이 건 가산세 부과 이전에 주식 양도인이 이미 양도소득세를 이행했다는 사실은 관련 조세채권이 탈루되지 않았다는 점을 보여주는 근거이다.(다)위 판례에서는 ‘법인이 제출한 주식등변동상황명세서에 어떠한 하자가 있다 하더라도 과세관청은 원칙적으로 당해 법인에게 보정을 요구하여 당해 법인이 스스로 보완할 수 있는 기회를 부여하여야 함이 옳고, 당해 법인이 이러한 보완 요구에도 불구하고 적정한 주식등변동상황명세서를 제출하지 않을 경우에야 비로소 가산세의 부과처분을 하는 것이 법인의 협력의무 위반에 대한 적법·적정한 수준의 행정상의 제재’라고 판시하고 있다.(3)세무서를 방문하면 정문 입구에서 ‘따뜻한 세정’이라는 문구를 볼 수 있는데, 이러한 문구를 접할 때 민원인의 입장에서는 긍정적인 인상을 갖게 되나, 본 건과 같이 청구법인이 세금 회피 의도 없이 단순한 실수로 주식 등 변동상황을 누락한 사실을 발견하고, 이를 보완하여 쟁점수정명세서를 제출하였을 뿐만 아니라 주식변동과 관련된 양도소득세 신고도 성실히 이행하였음에도 불구하고 처분청이 쟁점가산세를 부과한 처분은 ‘따뜻한 세정’이 아닌 ‘차가운 세정’ 혹은 ‘잔인한 세정’으로 느껴진다.나.

이유 2처분청 의견청구법인은 쟁점명세서를 제출하였으나 주식 등 변동상황을 누락하였고, 제출기한 이후 쟁점수정명세서를 제출하였는바, 이는 관련 법령에 따라 가산세 부과 대상에 해당하며, 달리 가산세 감면의 정당한 사유가 존재하지 아니하므로, 쟁점가산세를 부과한 처분은 정당하다.(1)청구법인이 2025.3.31. 법인세 신고 시 제출한 쟁점명세서에 주주 및 주식의 변동내역을 누락하였고, 제출기한 경과 후 2025.4.9. 주식 등 변동상황이 반영된 쟁점수정명세서를 제출하였다는 사실에는 다툼의 여지가 없다.(2)「법인세법」 제119조는 사업연도 중에는 주식 등의 변동사항이 있는 법인은 같은 법 제60조에 따른 신고기한까지 주식등변동상황명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 규정하고 있고, 본 의무를 이행하지 아니한 경우 같은 법 제75조의2에서 주주 등의 명세서 등 제출불성실가산세를 부과하도록 규정하고 있다.(3)주식등변동상황명세서는 주식변동에 관한 각종 조세를 부과하기 위한 과세자료의 수집에 해당하고, 주식등변동상황명세서를 적정하게 작성하여 제출하는 것은 청구법인의 세법상 의무임에도 불구하고 신고기한까지 변동내역을 누락하여 제출하였다.(4)쟁점명세서상 기재 오류 등의 확인 의무는 작성 주체인 청구법인에게 있는바, 쟁점명세서의 주식 등 변동내역의 단순누락은 「국세기본법」 제48조의 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는다.3.심리 및 판단가.쟁점주식변동상황의 기재를 누락하여 쟁점명세서를 제출한 것으로 보아 주주 등의 명세서 등 제출불성실가산세를 부과한 처분의 당부나.관련 법령(1) 법인세법제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다)3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류⑥ 납세지 관할 세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 제출된 신고서 또는 그 밖의 서류에 미비한 점이 있거나 오류가 있을 때에는 보정할 것을 요구할 수 있다.제75조의2(주주등의 명세서 등 제출 불성실 가산세) ① 제109조 제1항 또는 제111조 제1항 후단에 따라 주주등의 명세서(이하 이 항에서 “명세서”라 한다)를 제출하여야 하는 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 주주등이 보유한 주식등의 액면금액(무액면주식인 경우에는 그 주식을 발행한 법인의 자본금을 발행주식 총수로 나누어 계산한 금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자가액의 1천분의 5를 가산세로 설립일이 속하는 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.1. 명세서를 제출하지 아니한 경우2. 명세서에 주주등의 명세의 전부 또는 일부를 누락하여 제출한 경우3. 제출한 명세서가 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우② 제119조에 따라 주식등변동상황명세서(이하 이 항에서 “명세서”라 한다)를 제출하여야 하는 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 주식등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 1을 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.1.

이유 3명세서를 제출하지 아니한 경우2. 명세서에 주식등의 변동사항을 누락하여 제출한 경우3. 제출한 명세서가 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우③ 제1항 및 제2항에 따른 가산세는 산출세액이 없는 경우에도 적용한다.제119조(주식등변동상황명세서의 제출) ① 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있는 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등은 제외한다)은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식등에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다.1. 주권상장법인으로서 대통령령으로 정하는 법인 : 지배주주(그 특수관계인을 포함한다) 외의 주주등이 소유하는 주식등2. 제1호 외의 법인 : 해당 법인의 소액주주가 소유하는 주식등③ 제2항에 따른 지배주주 및 소액주주의 범위, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(2)법인세법 시행령제161조(주식등변동상황명세서의 제출) ① 법 제119조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 조합법인 등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.1. 제2조 제1항 각 호의 법인(그 중앙회 및 연합회는 제외한다)2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사, 투자유한회사, 투자합자회사(같은 법 제9조 제19항 제1호에 따른 기관전용 사모집합투자기구는 제외한다)3. 기업구조조정투자회사등 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제6조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우의 법인4. 해당 법인의 주주등이 재정경제부령으로 정하는 공공기관 또는 기관투자자와 주권상장법인의 소액주주로 구성된 법인5. 「도시 및 주거환경정비법」 제38조에 따른 정비사업조합6. 그 밖에 재정경제부령이 정하는 법인② 법 제119조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 해당 사업연도 중 주식의 명의개서 또는 변경을 취급하는 자를 통하여 1회 이상 주주명부를 작성하는 법인을 말한다.③ 법 제119조 제2항 제1호에서 “지배주주(그 특수관계인을 포함한다)”란 지배주주등을 말한다.④ 제1항 제4호 및 법 제119조 제2항 제2호에서 “소액주주”란 소액주주등으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주주등을 말한다.제120조(가산세의 적용) ② 법 제75조의2 제2항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 불분명한 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 내국법인이 주식등의 실제소유자를 알 수 없는 경우 등 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다.1. 제출된 변동상황명세서에 제161조 제6항 제1호부터 제3호까지의 기재사항(이하 이 항에서 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 주식등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우2. 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항이 주식등의 실제소유자에 대한 사항과 다르게 기재되어 주식등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우다.사실관계 및 판단(1)청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가)청구법인은 2025.3.31. 2024사업연도 법인세 신고 시 쟁점명세서를 제출하였으나, 아래 ＜표1＞과 같이 주식 등 변동상황 내역을 작성하지 아니하고 공란으로 하여 제출한 것으로 확인된다.＜표1＞ 쟁점명세서OOO(나)청구법인은 아래 ＜표2＞와 같이 2025.4.9.

이유 4주식 등 변동상황이 기재된 쟁점수정명세서를 처분청에 제출한 것으로 나타난다.＜표2＞ 쟁점수정명세서OOO(다)처분청은 쟁점명세서상 주식 등 변동상황이 누락된 것으로 보아 청구법인의 주식 기말잔액(OOO원)의 1%를 적용한 금액에 50%를 감면(신고기한으로부터 1개월 내 제출)하여 산정한 쟁점가산세를 청구법인에게 부과한 것으로 나타난다.(라)국세청 통합전산시스템에 의하면, 쟁점수정명세서의 주식 등 변동상황과 관련하여 청구법인의 주식을 양수한 A㈜는 B(외국법인)를 대신하여 2024.7.5. 증권거래세를 신고하였고, 2024.8.30. 유가증권 양도소득 지급명세서를 제출(양도금액과 양수금액이 동일하여 납부세액 없음)한 것으로 나타난다.(2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 신고기한 내 쟁점명세서를 제출하였으나 주식 등 변동상황의 기재를 누락하였으므로 가산세 부과 대상이라는 의견이나,법인에게 주식등변동상황명세서를 제출하도록 하고 있는 것은, 주주 등의 변동상황은 주식 등의 양도 시 취득가액을 산정하는데 필요하고, 추후 배당소득에 대한 종합소득세 등의 과세자료로 과세관청이 보유할 필요가 있으며, 이와 같이 수집된 주주 등의 변동상황을 적기에 활용함으로써 조세채권의 일실을 방지하고, 과세의 형평을 기할 수 있기 때문이고, 「법인세법」 제75조의2 제2항은 주식등변동상황명세서를 제출하지 않거나 변동상황을 누락 또는 불분명하게 기재함으로써 과세관청이 과세권을 행사하거나 조세채권을 실현하는 것이 어렵게 되거나 불가능하게 되는 것을 방지하기 위한 목적으로 입법된 규정이라고 할 것인바(대법원 2007.9.20.

이유 5선고 2006두1203 판결 등 참조),청구법인은 2024사업연도 법인세 신고 기한 내 쟁점명세서상 주식 등 변동상황의 기재를 누락하여 제출하였으나, 신고기한으로부터 불과 9일이 지난 시점에 주식 등 변동상황을 반영한 쟁점수정명세서를 제출한 점, 처분청이 쟁점가산세를 부과하기 이전에 해당 주식 등 변동상황과 관련한 증권거래세 신고 및 유가증권 양도소득 지급명세서 제출 등 관련 제세 신고가 되어 있는 점 등에 비추어, 쟁점명세서상의 주식 등 변동상황 누락은 과세권을 행사하지 못하게 하려는 의도가 있다기 보다는 단순 착오에 의한 것으로 보이고, 관련 규정의 취지가 주식이동을 통한 조세 등을 탈루하는 것을 방지하기 위하여 협력의무를 지운 것(국심 2004중1438, 2004.7.15., 같은 뜻임)인 점 등을 감안할 때 쟁점가산세 부과처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.4.결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

관련법령「법인세법 제75조의2 및 같은 법 시행령」 제120조