청구법인이 해외현지법인에 대한 대부채권을 출자전환하여 취득한 쟁점주식 시가와 채권 장부가액의 차액의 손금 귀속시기를 출자전환시로 보아야 한다는 청구주장의 당부

요지청구법인은 출자전환을 통하여 쟁점자회사에 대한 채권을 소멸시키는 대신 쟁점자회사의 신주를 취득한 것으로 손익거래에 해당하고, 쟁점주식 시가, 쟁점자회사와 금융기관간 계약 등에 비추어 쟁점자회사의 자본잠식에 따른 청구법인의 지급보증의무 이행의 위험이 현실화되었다고 볼 수 있는 등 그 출자전환 손실은 출자전환시의 손금으로 인정하는 것이 타당함

주문분당세무서장이 2025.6.16. 청구법인에게 한 2019사업연도 귀속 법인세 OOO원 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2002년 설립되어 건강기능식품의 개발, 제조 및 판매를 주요 사업으로 영위하는 법인으로, 2019사업연도 기간 동안 여섯 차례에 걸쳐 각각 지분율 100%인 미국 소재 해외자회사 OOO(이하 “미국자회사”라 한다)와 호주 소재 해외자회사 OOO(이하 “호주자회사”라 하고, “미국자회사”와 “호주자회사”를 통틀어 “쟁점자회사들”이라 한다)에 대한 유상증자에 참여하여 주금납입상계방식으로 쟁점자회사들에 대한 외화대부채권을 출자로 전환하고 쟁점자회사들의 신주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득(이하 “쟁점출자전환”이라 한다)하면서,취득한 쟁점자회사들 신주의 취득가액을 취득 당시의 시가(1주당 OOO원, 보충적 평가액)가 아닌 쟁점자회사들 대부채권의 장부가액(미국자회사 주식 1주당 USD OOO 총 20,500,000주, 호주자회사 주식 1주당 AUD OOO 총 10,000,000주)으로 처리하고, 외화환산에 따른 차액만을 외환차익 또는 외환차손으로 계상하였다.나. 청구법인은 2020.3.26. 별도의 세무조정 없이 2019사업연도 법인세 과세표준 OOO원 및 세액 OOO원을 신고·납부하였고, 2025.3.31. 처분청에게 쟁점주식의 시가와 쟁점출자전환으로 소멸된 쟁점자회사들에 대한 대부채권 가액의 차액인 OOO원(이하 “쟁점출자전환손실”이라 한다)을 2019사업연도 세무상 손금에 산입하여 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.다. 처분청은 2025.6.16. “쟁점출자전환은 액면발행으로서 「법인세법」상 ‘자본거래’에 해당하여 ‘출자전환손실(손금)’이 발생할 여지가 없고, 현지법인의 자본잠식, 순손익 및 순자산 등 재무상황의 추이만으로는 쟁점주식의 보충적 평가액을 장부가액보다 적게 평가할 만한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어려움”이라는 이유를 들어 청구법인의 경정청구를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.21. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가.

이유 2청구법인 주장(1) 쟁점출자전환으로 취득한 쟁점주식의 취득가액은 ‘취득 당시의 시가’이고, 쟁점출자전환은 자본거래가 아니라 손익거래이다.(가) 「법인세법」제41조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제72조 제2항 제4의2는 “채무의 출자전환에 따라 취득한 주식의 취득가액은 ‘취득 당시의 시가’로 한다”고 규정하고 있으므로 청구법인이 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가가 크다면 그 차액(출자전환이익)만큼 순자산이 증가하여 익금에 산입하여야 하고, 반대로 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가가 작다면 그 차액(출자전환손실)만큼 순자산이 감소하여 이에 대한 손금으로 산입하여야 한다.(나) 조세심판원은 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가(취득가액)가 컸던 사안에서 “그 차액인 출자전환이익만큼 순자산의 증가가 발생하였으므로 해당 차액을 익금에 산입하여야 한다”는 취지로 결정(조심 2020서2807, 2021.11.8.)하였으며, 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가가 작았던 사안에서도 “채권자인 청구법인의 입장에서는 이 건 출자전환은 자본거래의 성격보다는 손익거래의 성격이 더 크므로 출자전환 시점에 손익을 인식함이 합리적으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점출자전환손실을 청구법인의 2016사업연도 손금으로 인정함이 타당하다”는 취지로 결정(조심 2023서9444, 2024.7.9.)하는 등 출자전환을 손익거래로 판단하고, 그 관점에서 출자전환으로 인한 손익 발생 시 이를 익금 또는 손금으로 산입하는 것이 타당하다는 입장을 일관되게 취하고 있다.(다) 법원 또한 “채권자 법인은 채무의 출자전환을 통해 채무자 법인에 대한 채권을 소멸시키는 대신 채무자 법인의 신주를 취득하는 것으로서, 채권의 소멸과 신주의 취득은 서로 대가관계에 있다고 봐야 하는바, 이 사건 채무의 출자전환은 하나의 거래를 구성하는 것이므로, 그 전후를 비교해 원고의 순자산의 증감이 있었는지 따져 과세하는 것이 타당하고, 원고의 주장과 같이 이를 대여금 반환채무와 주금 납입 채무의 상계 및 순수한 신주 취득행위로 나누어 개별적으로 파악할 것이 아니다”고 판결(서울고등법원 2024.1.30.

이유 3선고 2023누34363 판결 참조)하였고, 대법원은 원심을 그대로 확정(대법원 2024.5.31.자 2024두34818 판결)하여 출자전환을 손익거래로 판단하는 입장인바, 쟁점출자전환을 손익거래로 봄이 타당하다.(2) 쟁점출자전환으로 취득한 쟁점주식의 매매사례가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)에 따른 보충적 평가금액이 「법인세법」상 시가로 간주되는 바, 이때 보충적 평가금액이 장부가액보다 적은 것에 대한 ‘정당한 사유’를 고려하는 것은 옳지 않다.(가) 「법인세법 시행령」제72조 제2항 제4의2호 및 같은 법 시행령 제89조 제2항 제2호는 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 시가로 보는 것이나, 그러한 시가가 불분명한 경우 상증세법상 규정을 준용하여 평가한 가액(이하 “보충적 평가금액”이라 한다)을 시가로 보도록 규정하는데, 보충적 평가금액이 장부가액보다 낮은 경우 보충적 평가금액을 시가로 봄에 있어 장부가액과의 차이에 대한 ‘정당한 사유’의 존재 여부를 별도로 판단하도록 하는 문언은 존재하지 아니한다.(나) 처분청이 거부사유로 제시한 “현지법인의 자본잠식, 순손익 및 순자산 등 재무상황의 추이만으로는 쟁점주식의 보충적 평가액을 장부가액보다 적게 평가할만한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵다”는 이유는 상증세법 시행령 제55조 제1항 단서의 취지와 유사하나 이는 비상장법인의 순자산가액을 계산하는 방법에 관한 단서 규정일 뿐 「법인세법」상 주식의 ‘시가 인정’ 자체를 부정하거나 ‘정당한 사유’라는 별도의 요건을 부가할 근거가 될 수 없다.(3) 쟁점출자전환은 청구법인의 경영상 위험을 회피하기 위한 거래로서 경제적 합리성이 있는 행위에 해당하므로 출자전환 시점에 손금에 산입하여야 한다.(가) 청구법인은 쟁점자회사들에게 대부채권을 취득하는 방식으로 자금을 공급하였고, 쟁점자회사들의 OOO 등 외부 금융기관 차입에 대해 지급보증을 제공하였다.(나) 쟁점자회사들 모두 시장 안착을 위한 판매관리비 투입 및 설비 투자의 지속 등으로 인해 지속적으로 비용이 발생하였으며, COVID-19와 소비 침체 등 영향으로 매출 또한 크게 감소하여 회사 운영에 어려움을 겪던 중 미국자회사가 손실 누적에 따라 채무초과상태에 이르렀다.(다) 청구법인은 자회사들의 재무구조 개선 등이 이루어지지 않는다면 기존 대여금 회수가 어려워지고 외부 금융기관에 대한 지급보증 의무까지 함께 이행하여야 할 수 있다고 판단하여 2018사업연도부터 쟁점자회사들에 대한 대부채권을 각각 1주당 액면가액(미국자회사는 주당 USD OOO, 호주자회사는 주당 AUD OOO)에 출자로 전환하고 신주를 취득하였는데, 쟁점출자전환이 있었던 2019사업연도의 미국자회사에 대한 대부채권금액은 USD OOO(원화기준 OOO원)이고 호주자회사에 대한 대부채권금액은 AUD OOO(원화기준 OOO원)이다.(라) 청구법인은 쟁점출자전환을 하지 않았다면 쟁점자회사들에 대한 대여금 회수가 불가능해질 수 있었고, 차용금을 대위변제해야하는 등 재정적 문제점이 발생할 가능성이 매우 높았으므로 쟁점출자전환은 청구법인이 경영상 위험을 회피하기 위해 정상적인 경제인으로서 행한 합리적 행위에 해당되며,조세심판원은 청구법인의 2018사업연도 미국자회사에 대한 출자전환의 경제적 합리성을 인정하여 「법인세법」상 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않는다고 결정(조심 2024중2603, 2024.11.14.)한 바 있다.(4) 쟁점출자전환에 경제적 합리성이 있다면 쟁점출자전환손실은 2019사업연도 세무상 손금으로 인정되어야

이유 4한다.(가) 조세심판원은 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가(취득가액)가 작았던 사안에서 “채권을 출자전환하는 경우 채권은 소멸하고 그에 대신하여 주식을 취득하게 되는 것이므로, 채권을 출자전환하면서 손실이 발생하였다면 그 손실은 청구권이 법적으로 소멸된 경우에 해당한다고 볼 수 있으므로 해당 채권의 출자전환손실은 대출채권이 소멸되어 손실이 발생한 날이 속하는 사업연도의 손금으로 산입하는 것이 타당하다”고 판단(조심 2011서1047, 2014.9.4.)한 바 있다.(나) 한편 특수관계인에 대한 채권포기손실과 관련하여 처분청을 기속하는 법인세법 기본통칙 19의2-19의2···5(아래 ＜표1＞ 참조)의 내용은 특수관계자와의 거래에서 발생한 채권을 포기하거나 면제한 행위에 대해서는 객관적으로 정당한 사유가 있는지를 불문하고 기부금 또는 접대비로 보는 것인지 여부가 다소 불분명한데,＜표 삽입을 위한 여백＞＜표1＞ 처분청이 근거로 한 법인세법 기본통칙 내용이에 대해 국세청 예규는 “부득이하게 특수관계법인에 대한 매출채권 또는 특수관계법인이 발행한 후순위사채의 회수를 포기한 것이 객관적으로 정당하다고 인정되는 경우에는 대손금으로 손금산입할 수 있는 것이나, 「법인세법」 제52조 규정에 의한 부당행위계산부인에 해당되는 경우에는 그러하지 아니한다”고 답변(법인세과-293, 2011.4.25.; 법규법인-2014-397, 2014.10.15.)하고 있고,조세심판원 또한 특수관계법인에 대한 채권 중 회수하지 못한 잔여채권을 포기한 행위에 대해 그 사실관계에 따라 경제적 합리성이 있었음을 인정하여 해당 채권포기액이 채권을 포기한 사업연도의 손금에 해당한다는 취지로 결정(조심 2022구1913, 2022.8.24.)한 바 있으므로,쟁점출자전환에 대해 경제적 합리성이 인정된다면 쟁점해외대부채권이 소멸되어 출자전환손실이 발생한 2019사업연도의 손금으로 산입하는 것이 타당하며, 쟁점출자전환손실을 채권포기액으로 보는 경우에도 청구법인은 스스로의 사업상 손실을 최소화하기 위해 채권의 일부를 불가피하게 포기한 것이므로 2019사업연도의 세무상 손금에 해당되어야 한다.[처분청 답변에 대한 청구법인의 추가 항변](5) 처분청은 “액면발행의 경우 주식발행법인(채무자)에게 채무면제이익(익금)이 발생하지 않으므로 이에 상응하여 채권자인 청구법인에도 출자전환손실(손금)이 발생하지 않아야 한다”고 답변하였으나 채무자의 채무면제이익 익금 여부와 채권자의 출자전환손실을 반드시 상응하여야 한다는 법리는 확인된 바 없으며,처분청 의견에 따를 경우 채무자가 액면발행을 택하면 채권자 손실은 부인되고 할증발행을 택하면 채권자 손실은 인정되는데, 이는 채권자의 경제적 손실이 동일함에도 다른 과세주체인 채무자의 발행형식에 따라 채권자에 대한 과세결과가 달라지는 불합리를 초래하게 된다.(6) 처분청은 “시가가 액면가액 미만이면 취득가액은 액면가액이 되어야 한다”는 입장이나, 이러한 하한 규정은 법문 어디에도 존재하지 않으며, 처분청의 해석은 유추·확대해석으로 허용될 수 없고,처분청이 해당 거래가 자본거래임을 주장하기 위해 원용한 법원 판결(수원지방법원 2023.2.16. 선고 2021구합73059 판결)는 부당행위계산 해당여부를 논증하는 과정에서의 부수적인 설시에 불과하고, 헌법재판소 결정(헌법재판소 2021.11.25.

이유 5선고 2017헌바280 결정) 또한 출자전환의 법적 성질을 설명하는 과정에서 채무자 측 채무면제이익 성립 여지를 논한 것으로, 이 건 취득가액 판단의 일반 법리가 될 수 없다.(7) 처분청이 주장하는대로 취득가액 인정 과정에서 ‘정당한 사유’가 문제될 여지가 있더라도, 처분청은 정당한 사유 검토의 기준이 되는 장부가액을 평가대상주식을 보유한 ‘주주(청구법인)의 주식 장부가액’으로 보는 입장이지만,상증세법 시행령 제55조 제1항에서 말하는 장부가액은 ‘평가대상법인이 보유한 자산의 장부가액’으로, 처분청이 정당한 사유의 검토 필요성을 주장하기 위해 원용한 판결(대법원 2016.12.15. 선고 2016두50730 판결) 또한 상증세법 시행령 제55조 제1항의 장부가액을 평가대상법인이 보유한 자산의 장부가액으로 보았다.그러므로 이 건에 적용할 경우 쟁점자회사들이 보유한 자산의 보충적 평가액이 해당 자산의 장부가액보다 낮은지 1차로 확인하고, 낮다면 그 자산가치 하락에 대한 정당한 사유를 검토하는 것이 법령과 판례의 취지이다.(8) 처분청은 “쟁점출자전환손실을 손금으로 산입할 경우 수익 없는 비용만 발생하게 되어 특수관계인 사이의 비정상적인 거래에 해당되고, 악의적 출자전환을 통한 악용 가능성이 높다”는 의견이나,쟁점자회사들은 청구법인과 독립된 과세주체로, 청구법인의 손금 인정은 「법인세법」제19조가 정한 요건에 따라 독립적으로 판단되어야하며, 국내외 관계사에 대한 대여금 관련 지급이자 및 대손금 부인을 취소한 조세심판원 결정(조심 2014광1638, 2015.8.11.) 또한 해외현지법인에 대한 과세권 문제와 무관하게 납세자의 관점에서만 손금 해당 여부를 판단한 바 처분청의 주장은 실질과세원칙에 반하여 타당하지 않다.(9) 처분청은 쟁점출자전환손실이 대손금에 해당하지 않으며, 기부금이나 기업업무추진비에도 해당하지 않으므로 손금산입할 수 없다는 의견이나,쟁점출자전환은 합리적인 경제주체의 선택에 해당하고, 위에서 언급한 바와 같이 특수관계자 채권이라도 객관적 정당한 사유가 존재하면 대손금 손금산입을 인정한 과세관청의 유권해석(법규법인2014-397, 2014.10.15, 서면-2020-법령해석법인-2109, 2020.10.20.)이 존재하며, 「법인세법」에서 대손처리의 대상이 되는 채권을 한정적으로 열거하고 있다는 전제에 선 주장은 법인세 체계와 맞지 않는다고 확인한 법원 판결(서울고등법원 2016.12.13. 선고 2016누29258 판결)를 감안했을 때 대손금으로서 손금에 산입됨이 타당하고,설사 대손요건을 엄격히 다투더라도 쟁점출자전환손실은 「법인세법」 제19조의 손금요건을 충족하는 자산거래손실로서 「법인세법 시행령」제19조 제24호의 “그 밖의 손비”에 해당하는 채권처분손실로서 손금에 산입되어야 함이 타당하다.나.

이유 6처분청 의견(1) 청구법인의 쟁점출자전환은 주식의 액면가 발행이므로 손익거래가 아니라 자본거래이고, 이에 따라 청구법인의 손금과 쟁점자회사들의 익금이 발생할 여지가 없다.(가) 「법인세법 시행령」제72조 제2항 제4의2호는 채무의 출자전환으로 취득한 주식 등의 취득가액을 ‘취득 당시의 시가’로 규정하고 있으며, 단서조항에서 같은 법 시행령 제15조 제1항 각 호의 일정 요건(회생계획인가 결정, 기업개선계획의 이행을 위한 약정 등에 따라 채무를 출자전환하는 경우 등)을 갖춘 경우 채권의 장부가액을 취득가액으로 규정하는 바,발행가액이 시가를 초과하는 경우 채무면제이익으로 익금산입하나 일정한 요건에 해당하는 경우 시가를 초과하는 발행가액을 익금에 산입하지 않음으로써 경영이 어려운 회사의 익금산입 시기를 이연하는 혜택을 주는 것이고, 이 경우 거래상대방인 채권자의 손금산입도 동일하게 이연된다.(나) 한편, 「법인세법 시행령」제15조 제1항 각 호는 위에서 언급된 일정 요건을 충족하는 경우 해당 주식 등의 시가를 초과하여 발행된 금액에 대한 익금불산입을 규정하는데, 시가가 액면가액에 미달하는 경우에는 액면가액을 초과하여 발행된 금액에 대하여만 익금불산입한다고 규정하는 바,이는 주식발행자의 입장에서 액면가액에 미달하는 시가는 당초부터 채무면제이익에 해당하는 익금으로 보지 않는다는 것을 의미하고, 따라서 이에 상응하는 출자전환손실에 해당하는 손금 또한 발생하지 않게 되므로 이러한 입법취지를 고려했을 때 출자전환된 주식의 시가가 액면가액에 미달하는 경우에는 취득가액을 액면가액으로 보아야 한다.(다) 다만, 「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호 또는 제9호에 따라 주식발행자의 입장에서 특수관계인과의 거래로 인해 법인소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 한하여 출자전환으로 발행주식의 시가가 대여금의 채권금액에 미달하는 경우에도 차액을 채무면제이익으로 익금에 산입하여 경제적 합리성이 결여된 거래에 대한 제재를 하는 것이고,반대로 경제적 합리성이 결여되었다고 볼 수 없는 경우 주식발행자의 채무면제이익에 대해 익금산입이 불가능하며 그 거래상대방인 주식취득자의 출자전환손실에 대해 손금산입 또한 불가능하다.(라) 법원 또한 “액면발행의 경우에는 설령 발행되는 주식의 시가가 액면가보다 낮다고 하더라도 그 시가와 액면가(발행가)의 차액은 자본의 납입 부분으로 액면가액을 주식의 취득대가로 보아야 하고, 법인세법상 명문의 규정이 없는 한 이를 채무의 면제 내지 채권의 포기로 볼 수 없다.”고 판결(수원지방법원 2023.2.16. 선고 2021구합73059 판결)한 바 있고,헌법재판소도 “액면발행의 경우에는 출자되는 채권의 액면가와 발행되는 주식의 액면가가 등가교환되므로 채무면제익이 발생할 여지가 없고, 시가초과발행액이 발생하는 경우인 할증발행의 경우에 비로소 채무면제익으로 인한 과세 문제가 발생한다”(헌법재판소 2021.11.25.