청구법인이 법인전환시 현물출자 받은 쟁점건물을 사후관리 기간이 경과한 후 철거한 것을 쟁점건물의 사실상 유상양도로 보아 과세한 처분의 당부

요지쟁점건물 철거비용을 임차인이 부담하였다거나 임차인이 신축건물의 임대기간 종료 후 청구법인에게 무상 이전하기로 하였다하여 사실상 양도에 해당한다고 볼 수 없고 청구법인이 임대기간 종료 후 임차인으로부터 신축건물을 무상 취득하는 경우 쟁점토지의 임대료 성격으로 보는 것이 타당함

주문부천세무서장이 2025.1.24. 청구법인에게 한 2021사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2011.12.15. 청구법인의 주주인 A, B, C(이하 “현물출자자”라 한다)으로부터 OOO 등 3필지 토지(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 그 지상 건축물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)을 현물출자받아 부동산임대업을 영위하기 위하여 2011.12.15. 설립된 법인으로,현물출자자는 2012년 귀속 양도소득세 신고시 「조세특례제한법」 제32조 및 같은 법 시행령 제29조의 현물출자에 의한 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 요건을 충족한 것으로 보아, 2012.2.29. 이월과세를 신청하였다.＜표1＞ 이 건 부동산에 대한 현물출자자의 양도소득세 신고내역ㅇㅇㅇ나. 청구법인은 2020.12.14. D(OOO 사업장을 운영하는 개인사업자로, 이하 “임차인”이라 한다)과 쟁점건물을 철거한 후 임차인의 명의로 건물을 신축하는 조건으로 이 건 부동산에 대한 임대차계약을 체결하였고, 이에 따라 임차인은 2021.2.16. 쟁점건물을 철거한 후 2021.6.8. 임차인의 명의로 이 건 토지 지상에 건축물 867.48m2(이하 “신축건물”이라 한다)을 신축하였다.다. 처분청은 청구법인이 B로부터 현물출자받은 쟁점건물을 철거한 후 임차인 명의의 신축건물을 무상 이전받기로 약정한 것은 이월과세를 적용받은 쟁점건물을 사실상 유상양도한 것에 해당한다고 보아 2025.1.24. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 OOO원(B가 이월과세 신청한 쟁점건물분 양도소득세 OOO원 및 가산세 포함)을 경정·고지하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.15. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인이 쟁점건물을 철거한 것은 양도에 해당하지 아니하므로 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.「조세특례제한법」 제2조 제1항 제6호에서 이월과세를 정의하면서, 개인이 종전 사업용고정자산 등을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용 고정자산 등을 양도하는 경우 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것으로 규정하고 있다.이때의 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말하는 것으로(「소득세법」 제88조 제1호),청구법인이 현물출자를 통하여 양수한 사업용 고정자산 중 쟁점건물을 멸실한 후 신축건물(임차인 명의)을 신축한 것은 쟁점건물을 유상으로 사실상 이전하는 행위인 “양도”로 볼 수는 없다.

이유 2＜서면-2017-부동산-3315, 2018.8.23., 서면-2017-법령해석재산-233, 2017.12.14.＞ 부동산임대업을 영위하는 거주자가 해당 사업용 건물과 토지를 현물출자하여 법인으로 전환하고 「조세특례제한법」 제32조 제1항에 따른 양도소득세의 이월과세를 적용받은 다음, 건물을 철거 후 신축하여 그 사업을 계속하는 경우는 「조세특례제한법」 제2조 제1항 제6호에 따른 사업용고정자산 등을 양도하는 경우와 같은 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업을 폐지하는 경우에 해당되지 아니하는 것임 처분청은 「도시 및 주거환경정비법」 상 도시환경 정비사업에 따라 건물을 철거 후 신축하여 그 사업을 계속하는 경우와 청구법인과 같이 임의 철거한 경우는 달리 보아야 한다는 의견이나, 국세청 세법해석 등을 살피더라도 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 철거에 해당하지 않는 경우에도 동일하게 해석하여야 함(서면-2017-부동산-3315, 2018.8.23.)을 알 수 있다.또한 처분청은 5년이 경과하더라도 사업의 폐지 등에 대한 사후관리 규정을 적용하여야 한다는 의견이나, 이와 관련한 예규(서면법규-837, 2014.8.11.)는 2016년 5월 삭제되었고, 조세법률주의 원칙상 법령에서 정하고 있는 과세요건은 확장할 수 없는 것이다.(2) 임차인이 청구법인으로부터 토지와 건물 등을 임차한 후 임차인의 비용으로 기존의 쟁점건물을 멸실한 후 신축건물을 신축하는 조건의 임대차계약은 특별한 형태의 계약이 아니고, 그 실질을 양도로 보기도 어렵다.처분청은 쟁점건물의 철거 비용 등을 임차인이 부담한 것으로 보이고, 청구법인과 임차인 간 체결한 임대차계약(이하 “이 건 임대차계약”이라 한다)의 내용상 임차인의 ‘계약 갱신 청구권’ 및 ‘지상물매수청구권’ 등이 전혀 언급되어 있지 아니하는 점 등을 근거로, 이 건 임대차계약은 일방적으로 임대인에게만 유리하게 작성된 것으로 진정한 임대차계약이 아닌 그 실질은 청구법인이 쟁점건물을 양도하고 신축 건물을 취득하는 것으로 보는 것이 타당하다는 의견이다.그러나 임차인이 임대인으로부터 쟁점건물과 그 부속토지를 임차한 후, 임차인의 비용으로 쟁점건물을 멸실하고 건물을 신축하는 형태의 임대차계약은 특별한 형태의 계약이 아니고, 그러한 경우 신축 건물의 명의를 임대인으로 하고 임차인은 임대차계약 기간 중 사용·수익한 후 임대차계약 기간 종료 시 신축 건물에 관한 비용 등을 청구하지 아니하는 조건의 임대차계약 방식이 일반적이다.다만, 이와 같은 방식의 임대차계약에 있어서 임차인으로서는 임대차계약 기간이 종료되기 전 임대인과 다툼이 발생하는 경우 자신의 비용 등이 투입된 신축 건물에 대한 권리행사에 어려움이 발생할 수 있으므로 임차인 명의로의 등기가 이루어지기도 하는데, 이 건 임대차계약이 이에 해당하는 경우이다.처분청은 이 건 임대차계약에 임차인의 ‘계약갱신청구권’ 및 ‘지상물매수청구권’ 등이 포함되지 아니하여 일반적인 계약이 아니라는 의견이나, 임차인의 해당 권리는 「상가건물 임대차보호법」 및 「민법」상 강행규정으로, 이 건 임대차계약 내용과 상관없이 보호되는 임차인의 권리이고, ‘지상물매수청구권’의 경우 본건과 같이 신축 건물의 명의가 임차인으로 되어 있는 경우에 임차인 입장에서의 권리행사가보다 더 용이하다는 점을 고려하여 보면, 이 건 임대차계약이 일방적으로 청구법인에게만 유리하게 작성되었다고 볼 수도 없다.(3) 설령, 처분청의 의견대로 이 건 임대차계약의 실질이 쟁점건물을 양도한 후 신축건물을 취득한 것으로 본다 하더라도, 쟁점 건물의 양도시기는 “대금을 청산한 날”에 해당하는 신축건물을 이전받는 때이므로, 양도시기가 아직 도래하지 아니하였으므로

이유 3이 건 처분은 부적법하다.처분청은 청구법인과 임차인이 체결한 이 건 임대차계약의 실질이 쟁점건물을 유상양도한 후 그 대가로 신축건물을 취득하는 유상이전에 해당한다는 의견이나, 처분청이 제시한 쟁점건물의 가치와 그 대가로서 얻은 이익의 적정 여부는 별론으로 하더라도,쟁점건물의 양도시기는 원칙적으로 “그 대금을 청산한 날”로서 쟁점건물의 양도대가인 신축건물을 취득하는 때로 보아야 할 것이나, 청구법인은 아직 임차인으로부터 신축건물을 이전받지 아니하여 쟁점건물의 양도시기가 도래하지 아니하였으므로, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 처분은 부적법하다.(4) 한편, 처분청은 쟁점건물을 철거하는 경우 “사업의 폐지”로 보아 법인세로 납부하여야 함이 타당하다는 의견이나,사업의 폐지 등 사후관리 요건은 청구법인이 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 적용을 신청(2011년)한 이후인 2012년에 마련된 것으로, 사업의 폐지에 대한 판단 기준은 2013년에 규정되었으므로, 청구법인이 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용 신청할 당시에 존재하지 아니하였던 사후관리 요건을 적용한 것으로 보아야 한다.ㅇㅇㅇ또한 사업의 폐지를 ‘양도’에 포함되는 것으로 보더라도 청구법인은 쟁점건물을 철거한 후 임차인 명의로 신축건물을 신축하여 부동산업을 계속 영위하고 있고, 임대차계약이 종료된 후에는 계약 내용에 따라 신축한 신축건물을 청구법인 명의로 이전해 오는 것이 예정되어 있는바, ‘사업의 폐지’에 해당한다고 보기는 어렵다.나.

이유 4처분청 의견(1) 청구법인은 쟁점건물의 멸실이 양도에 해당하지 아니하므로 이 건 양도소득세 부과가 부당하다고 주장하나, 쟁점건물을 철거한 후 임차인이 신축건물을 신축하여 임차인 명의로 소유권 보존등기한 것으로 나타나는 이상, 세법상 실질적인 양도가 발생한 것으로 봄이 타당하다.「국세기본법」 제14조 제2항에서는 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다고 규정하고 있고, 「소득세법」 제88조 제1호에서 “양도란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다”고 규정하고 있다.청구법인이 임차인 D과 체결한 임대차계약서의 실질은 쟁점건물을 유상양도한 후 신축마트를 취득하는 거래에 해당한다.멸실된 쟁점건물은 2007년 10월 소유권보존 등기된 근린생활시설로, 철거시점인 2021년 2월까지 13년 4개월이 경과된 건물에 해당하고, 청구법인의 2021사업연도 재무상태표상 장부가액(OOO원)에서 내용연수 20년을 적용하여 정액법으로 상각한 후의 잔존가치는 약 OOO원이다.한편, 계약기간이 경과한 이후 신축건물의 무상양수로 청구법인이 얻을 추정이득은 OOO원(아래 참조)으로, 청구법인은 쟁점건물의 철거 관련 잔존가치 OOO원을 포기한 대가로 추후 신축마트 무상취득시 얻게 될 OOO원을 얻은 것으로 봄이 상당하고, 청구법인이 임대차계약으로 인한 경제적 이익이 예정된 것이 분명하므로 쟁점건물을 유상양도한 후 그 대가로 신축건물을 취득한 것으로 봄이 타당하다.ㅇㅇㅇ(2) 청구법인이 임차인과 작성한 임대차계약서를 살피더라도, 청구법인이 쟁점건물을 철거한 대가로 신축건물의 소유권을 이전받을 것이 예정된 이상 사실상 「조세특례제한법」 제2조 제1항 제6호에 따른 양도가 발생한 것으로 보아야 한다.해당 계약서는 임대인에게 유리하게 작성되어 이를 진정한 임대차계약서로 보기 어렵고, 잔존가치가 남아있는 쟁점건물의 철거비용을 부담하면서까지 신축건물을 신축할 이유가 없어 보이며, 쟁점건물의 철거비용을 임차인 D이 부담한 것으로 나타난다.청구법인이 체결한 임대차계약서는 외관상으로는 일반적인 임대차계약이 아닌 사용수익 형태의 임대차계약에 해당하고, 통상적인 형태의 사용수익 임대차계약에 해당하지 아니하여 신뢰할 수 없는 임대차계약서로, 청구법인은 쟁점건물의 철거 관련 비용을 부담한 내역이 없고, 임대차계약서가 전적으로 모두 임대인에게 유리하게 작성된 상태에서 신축건물의 취득세도 임차인이 부담한 것으로 확인된다.「민법」 제643호에서 타인의 토지에 건물을 신축한 경우 계약기간 종료시 임차인의 갱신청구권에 관한 규정을 두고 있고, 토지소유주가 계약갱신을 거부한 경우 해당 건물을 적정가격에 매수해 줄 것을 요구하는 지상물 매수청구권을 규정하고 있으나, 청구법인과 D이 작성한 임대차계약서 특약사항 제3호 및 제8호에서 청구법인의 손해는 전혀 없도록 규정하고 있고, 임차인의 갱신청구권이나 지상물매수청구권은 전혀 언급하지 아니하였다.특히, 임대차계약서의 특약사항은 일반 계약내용에 우선 적용되는 것으로 볼 때 임대기간이 6년이라 할지라도 특약사항에 기재된 대로 언제든지 임대인이 요구하면 임차인은 건물을 철거 또는 무상이전해야 하며, 이 외에도 청구법인에게 불이익이 될 만한 규정은 전혀 없다.청구법인이 2020년 1월부터 10월까지 기존 임차인에게 쟁점건물을 임대하고 발행한 세금계산서는 총 10건(공급가액 OOO원)인데 비하여, 2021년 4월부터 12월까지 신축건물의 임차인에게 발행한 세금계산서는 총 9건(공급가액 OOO원)으로 확인되

이유 5고, 쟁점건물의 마지막 임대료 발생 시점인 2020년 10월부터 불과 두 달도 경과되지 않은 2020년 12월에 임대료를 147% 상승시킨 것으로 임대차계약서를 작성하였다.이 같은 임대료 인상은 일반적인 시장 변화나 건물가치 상승으로는 설명하기 어려울 정도의 높은 인상률로 보이고, 쟁점건물과 신축건물의 가치 차이를 감안하더라도 과도하다고 판단된다.또한 임차인이 신축건물의 건설비용(쟁점건물의 철거비용 포함)을 청구법인에게 선급임차료 등의 명목으로 지불한 것으로 보는 것이 일반적이고, 청구법인은 신축건물의 가액을 선수임대료로 계상한 후 사용수익기간동안 이를 안분하여 수익으로 인식하여야 하는 것이나, 청구법인은 이러한 회계처리를 하지 아니하였음에도 이 건 임대차계약이 일반적인 형태의 사용수익 임대차계약이라고 주장하고 있다.(3) 2013.1.1. 시행된 「조세특례제한법」 제32조 제5항 제1호에 승계받은 사업을 폐지하는 경우 현물출자한 개인이 양도소득세를 납부하여야 한다는 규정이 신설되었으나, 이는 2012.12.31.까지는 5년의 경과 여부에 관계없이 사업의 폐지된 경우 법인세를 납부하도록 규정해오던 것을 2013.1.1. 시행분부터는 5년 이내에는 현물출자한 개인에게 양도소득세를 납부하도록 한 것일 뿐, 5년 이후 사업을 폐지한다고 하여 법인세를 납부할 의무가 면제된 것으로 볼 수는 없다.＜표2＞ 「조세특례제한법」 제32조의 개정 연혁 - 처분청 제출 개정시기 개정취지 개정내용 적용례 2003년 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 규정 완화 이월과세 가능 업종의 확대 2003.1.1. 이후 최초로 현물출자하거나 사업양도하는 분부터 적용 2012년 부동산 등에 대한 양도소득세 회피수단으로 악용되지 않도록 사후관리 규정 마련 법인전환 후 5년 이내 사업폐지하는 경우 양도소득세 상당액을 거주자로부터 징수 2012.1.1. 이후 사업폐지분부터 적용 2013년 중소기업의 원활한 구조조정 지원 및 조세회피방지 주주가 주식을 처분하거나 사업을 폐지하는 경우 이월된 양도소득세 추징 2013.1.1.

이유 6이후 주식을 처분하거나 사업을 폐지하는 분부터 적용 청구법인은 쟁점건물을 멸실한 후 신축한 신축건물은 청구법인의 소유로 귀속되어 청구법인의 사업에 계속 사용되는 것으로 보기 어렵고, 쟁점건물의 철거로 인해 사업의 계속성이 상실되었음이 명백하다.이월과세의 요건 중 하나는 현물출자받은 법인이 출자받은 자산으로 사업을 계속하여야 한다는 점인데, 출자받은 자산이 아닌 것이 명백한 사용수익계약상의 신축건물을 임대하는 것을 ‘출자받은 자산으로 사업을 계속하는 것’으로 보기는 어렵다.또한 청구법인이 제시한 세법해석에 따르면, 이월과세 세액을 법인세로 납부하여야 하는 건물의 철거 요건 중 건물 철거 후 신축하여 그 사업을 계속하는 경우는 사업의 폐지로 보지 않는 것으로 범위를 완화한 것으로 봄이 타당하고, 이는 종전 건물의 멸실 후 신축한 건물을 종전 건물의 사업과 계속하여 동일한 형태로 사업을 하는 경우까지 법인세를 과세하는 것이 이월과세의 취지에 맞지 않다고 보았기 때문이지 철거 자체를 법인세 추징사유에서 배제한 것은 아니다.청구법인의 쟁점건물은 철거로 인해 멸실되었고, 그에 따른 대가를 청구법인 대신 임차인이 부담한 것도 명백하며, 쟁점건물의 철거비를 임차인이 부담한 것은 소유권이전등기 여부와 무관하게 임차인에게 실질적으로 양도한 이후 임차인이 자신의 계산과 책임으로 멸실한 것으로 봄이 타당(OOO)하다.(4) 청구법인은 2024년 6월부터 2025년 1월까지의 기간 동안 ‘이월과세로 보지 아니할 근거를 제출하면 적극 검토해주겠다는 담당자의 유선상 요청’에도 해명자료의 제출을 지연하다가 오로지 임차인과 체결한 임대차계약서 1장만을 소명자료로 제출하였고, 이 외 어떠한 자료도 제출하지 아니하였으며, 이 과정에서 쟁점건물의 철거비를 누가 부담하였는지에 대한 내용도 확인되지 아니하였는바, 정당한 사유 없이 소명자료를 미제출한 이유도 함께 고려되어야 할 것이다.3. 심리 및 판단가. 쟁점법인전환시 현물출자되어 이월과세를 적용받은 쟁점건물의 철거를 사실상 양도 또는 사업의 폐지로 보아 과세한 처분의 당부나. 관련 법령(1) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제186345호로 개정되기 전의 것)제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.6.