① 쟁점용역비의 귀속시기가 용역제공이 완료된 2018년인지 여부 ② 쟁점용역비의 귀속시기가 각 대가를 받기로 한 2016년 및 2018년인지 여부③ 가산세 면제의 정당한 사유 여부

요지① 쟁점판결이 확정되기 전까지는 쟁점용역의 공급가액이 확정되지 않은 특별한 사정이 있었다고 보임② 역무제공이 완료된 2018년 10월경 청구법인과 쟁점조합 간에 쟁점계약의 효력 및 쟁점용역비 채권의 존부에 대한 다툼(소송진행)이 있어 역무제공 완료시에 그 공급가액이 확정될 수 없는 특정한 사정이 있다고 보아 쟁점용역의 공급시기를 쟁점판결이 확정된 2021.6.19.로 봄이 상당함③ 처분청은 당초 쟁점용역의 공급시기 등을 용역제공이 완료된 2018년으로 판단하여 과세하였고, 국세청장도 심사청구 결정에서 2018년을 공급시기로 판단하였는데, 법원에서 해당 공급시기를 2021년으로 판결하자,처분청도 귀속시기를 2021년으로 변경하여 재부과하였으므로 청구법인의 단순한 법률의 무지나 오해의 범위를 넘어 과세관청과 법원 간에 세법해석상 견해의 대립이 존재하였다고 보임

주문역삼세무서장이 2025.5.16. 청구법인에게 한 2021년 제1기 부가가치세 OOO원(일반과소신고가산세 등 합계 OOO원 포함) 및 2021사업연도 법인세 OOO원(일반과소신고가산세 등 합계 OOO원 포함)의 부과처분은 각 가산세액을 제외하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2002.9.17. 개업하여 부동산컨설팅업을 영위하는 법인으로, 2015.7.1. 대구광역시 OOO에서 ‘OOO지역주택조합아파트 신축사업’을 시행하는 OOO지역주택조합 추진위원회(추후 ‘OOO지역주택조합’으로 변경되었고, 이하 “쟁점조합”이라 한다)와 조합원 모집 및 관리, 사업부지 확보, 사업자금 조달 및 비용 집행, 조합설립인가 및 사업계획승인 등 사업에 필요한 각종 인허가와 관련된 업무 등 조합을 위한 업무대행계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하면서 업무기간은 계약의 효력발생일부터 사업승인후 착공까지로, 업무대행용역비(이하 “쟁점용역비”라 한다)는 사업계획 승인세대수× OOO원으로, 쟁점용역비 지급시기는 사업계획 세대수의 50% 이상 조합원 모집 시 익일 100%를, 사업승인 이후 미지급 용역비가 있을 경우 미지급분 전체에 대하여 45일 안에 일괄 지급하기로 약정하였고, 청구법인의 쟁점용역 수행에 따라 쟁점조합은 2018.2.28. 638세대에 대한 사업계획승인을 받았으며, 2018년 10월경 일반분양까지 완료되었다.나. 이후 청구법인은 최종 사업계획승인(승인일 2018.2.28.) 세대수인 638세대 관련 OOO원(638세대× OOO원, VAT 별도)의 용역비 채권을 취득하였음에도 쟁점조합이 그 중 OOO원만 지급하고 나머지 OOO원을 지급하지 아니하자, 2018.10.2. 쟁점조합을 상대로 용역비 청구의 소(이하 “쟁점소송”이라 한다)를 제기하였고, 법원은 청구법인 승소 판결(서울고등법원 2021.6.4. 선고 OOO 판결, 쟁점조합 상고 포기로 2021.6.19. 확정되었고, 이하 “쟁점판결”이라 한다)을 하였다.다. 처분청은 2023.5.24.부터 2023.7.7.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여, 쟁점용역비 중 2018년 제2기 부가가치세 과세기간 전에 세금계산서를 발행한 금액(OOO원)을 제외한 나머지 OOO원을 2018년 제2기 부가가치세 과세표준에 가산하고, 2018사업연도 법인소득금액 계산상 익금에 산입한 후, 2023.9.1. 청구법인에게 2018년 제2기 부가가치세 OOO원과 2018사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.8. 국세청 심사청구를 거쳐(기각) 2024.2.6. 서울행정법원에 행정소송을 제기하여 취소판결(서울행정법원 2025.3.13. 선고 OOO 판결, 이하 “선행판결”이라 한다)을 받았고, 처분청은 2025.4.18. 위 부가가치세와 법인세 부과처분을 취소하였다.라. 이후 처분청은 쟁점용역비의 공급시기를 쟁점소송의 판결이 확정된 2021.6.19.로 보아 2025.5.16. 청구법인에게 2021년 제1기 부가가치세 OOO원(일반과소신고가산세 등 합계 OOO원 포함), 2021사업연도 법인세 OOO원(일반과소신고가산세 등 합계 OOO원 포함)을 각 경정·고지하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.13. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가.

이유 2청구법인 주장(1) 처분청은 선행판결의 ‘방론’에만 기대어 청구법인과 쟁점조합 간의 쟁점소송 관련 판결이 확정된 2021년을 쟁점용역의 공급시기로 보았으나, 쟁점소송은 채권의 존부나 범위에 관한 ‘정당한 분쟁’이 아니라 수차례 법원에서 배척된 근거없는 주장을 내세운 쟁점조합의 일방적인 채무불이행에 불과하므로, 쟁점소송이 계속 중이라는 사정만으로 이미 역무제공이 완료되어 객관적으로 확정된 권리의 귀속시기를 2021년으로 볼 수 없고, 역무제공이 완료된 2018년으로 보아야 한다.(가) 선행판결은 쟁점용역비 채권의 귀속시기에 관해 쟁점소송이 계속되었다는 형식적인 사정에만 주목하여 판결이 확정된 2021년에 비로소 채권이 ‘확정’됨에 따라 귀속시기가 도래하였다고 판단하였으나, 이는 권리의 ‘확정’ 여부를 분쟁의 ‘실질’이 아니라 ‘형식’에 의해 판단한 것으로서 권리의무확정주의에 관한 대법원 법리를 오해하였거나 부당하게 적용한 위법이 있다.귀속시기는 권리의무확정주의에 따라 “용역제공을 완료한 날” 또는 “대가의 각 부분을 받기로 한 날”에 도래하는데,「법인세법」제40조 제1항에서 익금의 귀속시기를 권리의무확정주의에 따라 판단하고 있고, 이는 소득의 원인이 되는 권리가 실현 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정된 때를 기준으로 익금을 인식하는 원칙으로 단순히 현금을 수령한 때가 아니라 권리가 법률적으로 유효하게 성립하고 그 금액을 합리적으로 산정할 수 있는 시점에 과세소득이 발생한 것으로 보는 것이며(대법원 2018.8.30. 선고 2016두51696 판결 참조), 같은 법 시행령은 이러한 대원칙을 구체화하여, 용역 제공에 따른 손익의 귀속시기를 명확히 규정하고 있는데, 특히 건설·제조 기타 용역의 제공으로 인한 익금과 손금은 원칙적으로 ‘용역의 제공을 완료한 날’이 속하는 사업연도에 귀속되고(「법인세법 시행령」제69조 제2항), 계약 조건에 따라 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 날’이 정해져 있다면 바로 ‘그 날’이 속하는 사업연도에 귀속되며(대법원 2015.8.19. 선고 2015두1588 판결 참조), 이는 용역제공이 완료되거나 대가 지급기일이 도래하면 특별한 사정이 없는 한 그로 인한 권리가 성숙·확정되었음을 전제하는 것이다.「부가가치세법」상 공급시기에 관한 규정 역시「법인세법」의 권리의무확정주의와 그 궤를 같이 하는바,「부가가치세법」은 원칙적으로 ‘역무의 제공이 완료되는 때’를 용역의 공급시기로 보되(법 제16조 제1항 제1호) 계약에 따라 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’가 정해져 있다면 그 때를 공급시기로 보며(시행령 제29조 제1항), 다만 이러한 원칙적 공급시기가 도래했음에도 공급가액이 ‘확정’되지 아니한 경우에는 ‘공급가액이 확정되는 때’를 공급시기로 보는 예외를 두고 있는데(시행령 제29조 제2항), 이들 규정을 종합하면, 용역제공이 완료되거나 대가 지급기일이 도래한 때를 원칙적으로 공급가액 확정시점으로 보되, 예외적으로 그때까지 확정될 수 없는 경우에 한해 ‘확정되는 때’를 공급시기로 본다는 것을 알 수 있고(대법원 2015.8.19.

이유 3선고 2015두1588 판결 참조), 여기서 공급가액의 ‘확정’ 여부를 어떻게 판단할 것인지가 문제되는데,「부가가치세법」은 그 의미에 관해 별도의 정의 규정을 두고 있지 않으므로「법인세법」상 권리의무확정주의에 따라 소득의 원인이 된 권리가 그 실현 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었는지를 기준으로 판단해야 하는 것이다.결국「법인세법」상 익금 귀속시기와「부가가치세법」상 공급시기에 관한 규정들에 의하면 ‘용역제공 완료일’이나 ‘대가 지급기일’이라는 객관적 사실의 발생으로 권리의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 보아 그 날을 기준으로 귀속시기가 정해짐을 알 수 있고, 후술하는 바와 같이 청구법인에게는 위의 객관적 사실이 발생하였음이 명확하므로, 이를 기준으로 귀속시기가 정해진다고 보아야 한다.대법원은 귀속시기를 판단함에 있어 소송이 계속 중이라는 형식적 사정만으로 권리가 미확정되었다고 보지 않고, 분쟁의 실질적인 내용을 면밀히 심리하여 권리의 존부나 범위에 관한 ‘정당한 분쟁’이 있어 판결에 의해서만 권리가 확정될 수 있는 경우인지, 아니면 이미 확정된 권리에 대해 채무자가 부당하게 채무이행만을 거부하고 있는 경우인지를 구분하여 판단하는바, 구체적으로는 계약내용 자체가 불분명하거나 해석의 다툼이 있는 등으로 권리의 존재 자체를 확정하기 어려운 ‘정당한 사유’가 있는 분쟁이라면, 소송을 통해 그 권리의 존부와 범위가 정해지는 판결확정 시점에 비로소 권리가 확정된다고 볼 수 있으나, 이와 달리 계약에 따라 권리가 이미 객관적으로 성립·확정되었음에도 채무자가 근거 없는 주장을 내세우며 일방적으로 채무 이행을 거부하는 경우, 이에 관한 소송은 이미 확정된 권리의 실현, 즉 ‘추심’을 위한 사후 절차에 불과한 것이고, 이러한 경우까지 소송이 계속 중이라는 이유만으로 권리의 귀속시기를 늦추게 되면, 채무자는 부당한 소송 제기를 통해 과세시기를 인위적으로 조작할 수 있게 되어 권리의무확정주의의 근간을 흔들고 조세 정의에 반하는 불합리한 결과를 초래하게 되며, 또한 용역 제공의 당사자 사이에 조금이라도 분쟁이 있는 경우에는 법원의 판단이 있을 때까지 조세 채권채무 관계가 확정되지 아니하여, 국가와 납세자 모두 예측 불가능한 위험에 노출될 수 있으므로, 법원은 이러한 경우에 소송 결과와 무관하게 본래 계약 내용에 따라 정해진 시점(예: 용역 제공 완료일 또는 대가 지급기일)에 권리가 확정되었다고 판단(대법원 2019.5.16. 선고 2015다35270 판결 등 다수 참조)하고 있다.이 건에 있어 쟁점계약은 청구법인의 용역제공 기간을 ‘일반분양 완료 시’까지로 명확히 정하고 있고(쟁점계약서 제4조 제1항), 실제로 이 건 조합아파트 신축사업은 2018년 10월경 일반분양까지 모두 완료되었으므로 계약상 청구인이 제공하여야 할 역무는 2018년 10월경에 명백히 완료되었으며, 또한 쟁점용역비는 ‘사업계획 승인세대수’에 세대당 OOO원을 곱하여 산정하도록 약정되어 있는데, 쟁점조합은이 2018.2.28. 이미 638세대에 대한 사업계획승인을 받았으므로 그 시점에 쟁점용역비는 객관적·산술적으로 확정된 것이고, 늦어도 2018년 10월경에는 ‘역무의 제공 완료’와 ‘대가의 확정’이라는 권리 발생의 두 가지 핵심 요건이 모두 충족되었으며, 이러한 사정에 대해서는 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점소송의 1심 판결문(서울중앙지방법원 2020.1.9.

이유 4선고 OOO 판결)의 사실인정 부분에서 명확하게 확인할 수 있다.＜표1＞ 서울중앙지방법원 OOO 판결문 제16면 일부 발췌OOO청구법인이 제기한 쟁점소송은 계약내용이 불분명하거나 해석상 다툼이 있어 권리의 존재 자체를 확정하기 어려운 ‘정당한 분쟁’이 아니고, 오히려 채무자인 쟁점조합이 근거 없는 주장을 내세우며 일방적으로 채무이행을 거부하자 채권자인 청구법인이 확정된 채권에 기초하여 사후적인 ‘추심’ 절차로 나아간 것에 불과한바, 이는 쟁점소송 1심과 항소심에서 상대방인 쟁점조합의 주장이 모두 배척된 사실에서도 알 수 있다.(나) 쟁점용역의 공급시기나 쟁점용역비의 익금 귀속시기는 역무의 제공이 완료된 2018년 10월경이므로 이 건 부가가치세 등 부과처분은 부과제척기간이 도과되어 위법하다.먼저 청구법인은 쟁점계약에 따라 아래 ＜표2＞와 같이 조합원 모집 및 관리, 사업부지 확보, 사업자금 조달 등의 조합을 위한 업무대행용역을 제공하고, 그 대가로 사업계획 승인세대수당 OOO원(VAT 별도)을 지급받기로 하였으며, 청구법인의 용역제공 기간은 계약의 효력발생일로부터 사업승인 후 착공까지이고, 잔여세대가 발생하여 일반분양으로 전환되는 경우에는 일반분양 완료 시까지로 정해져 있음을 알 수 있는바, 쟁점계약은 계약효력 발생일로부터 사업승인 후 착공까지, 일반분양으로 전환 시에는 일반분양 완료시까지 사업진행을 위한 각종 조합업무를 대행하는 것을 그 내용으로 하고 있으므로, 쟁점용역과 관련하여 ‘역무의 제공이 완료되는 때’는 일반분양 완료시점인 2018년 10월경으로 보는 것이 타당하다.＜표2＞ 쟁점계약 주요 내용OOO선행판결 또한, 아래 ＜표3＞과 같이 쟁점용역비 채권의 귀속시기에 관하여 ‘역무의 제공이 완료되는 때’로 보았고, 그에 따라 일반분양 완료 시점인 2018년 10월을 기준으로 원칙적인 귀속시기가 도래한다고 보았으며, 다만 분쟁이 소송으로 인해 종결되지 않았다는 형식적 사정만을 이유로 예외적으로 그 귀속시기를 늦추어 2021년으로 판단하였는데, 이는 앞서 언급한 바와 같이 형식에 치우쳐 분쟁의 실질을 간과한 것이다.＜표3＞ 서울행정법원 OOO 판결문 제14면 일부 발췌OOO(2) 설령, 쟁점용역의 공급시기가 역무의 제공이 완료된 2018년이 아니라고 보는 경우에도, 대가의 각 부분을 받기로 한 때인 2016년과 2018년이 공급시기이므로 이 건 부과처분은 부과제척기간이 도과되어 부당하다.(가)「법인세법」과「부가가치세법」은 모두 ‘역무의 제공이 완료된 때’를 용역제공 거래의 공급시기 및 익금 귀속시기의 대원칙으로 삼고 있으나, 용역의 성격상 그 ‘완료’ 시점을 특정하기 어려운 경우가 존재하는데, 예를 들어 이 건과 같은 부동산개발 컨설팅 용역은 조합원 모집, 토지 확보, 인허가, 자금 조달 등 다양한 업무가 장기간에 걸쳐 복합적·계속적으로 제공되므로, 어느 한 시점을 ‘완료’ 시점으로 명확하게 구획하기가 매우 곤란하고(조심 2019서2768, 2020.8.21. 참조), 이러한 경우를 대비하여 우리 세법은 당사자 간의 계약 내용을 존중하는 합리적인 예외 규정을 두고 있으며, 즉「법인세법」은 계약에 따라 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 날’이 정해져 있다면 특별한 사정이 없는 한 바로 그 날이 도래함으로 해당 부분에 대한 익금이 확정된다고 일관되게 판시하고 있고(대법원 2015.8.19.

이유 5선고 2015두1588 판결 참조), 나아가「부가가치세법 시행령」제29조 제1항 제4호는 ‘공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우’에는 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’를 공급시기로 보도록 규정하고 있는바, 결국 계약상 지급기일의 도래는 그 자체로 소득발생의 원인이 되는 권리의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었음을 의미하는 객관적 지표가 되는 것이다.(나) 쟁점용역비 채권은 2016년과 2018년에 계약상 지급기일이 도래하였으므로, 이때를 용역의 공급시기나 익금의 귀속시기로 보아야 한다.청구법인은 쟁점계약에서 위 ＜표2＞의 제10조 내용과 같이 조합원 모집율 50% 달성 시 그 다음날에 사업계획 세대수인 615세대에 대한 용역비를 일단 전액 지급받고, 이후 최종 사업계획 승인때까지 추가로 승인된 세대수에 대해서는 그로부터 45일 이후 용역비를 추가 지급받기로 쟁점조합 측과 약정하였는바, 사업계획 세대수 615세대에 대한 용역비 OOO원에 대해서는 조합원 모집율 50% 달성이 객관적으로 증명되는 변경인가일의 익일인 2016.11.4.이 공급시기가 되고, 이후 당국의 최종 사업승인 시 추가로 확정된 23세대에 대한 용역비 OOO원에 대해서는 그 사업승인일로부터 45일이 되는 2018.4.14.가 그 공급시기가 되는 것이다.쟁점조합은 2015.11.11. 건설예정 세대수를 615세대로 하는 사업계획서를 첨부하여 아래 ＜표4＞와 같이 관할 지방자치단체의 장에게 주택조합 설립인가 신청을 하였고, 2015.12.30. 신청 내용대로 인가처분을 받았다＜표4＞ 설립인가신청서 일부 내용OOO이후, 청구법인은 2016.2.29. 사업계획 세대수 615세대의 50%가 넘는 308세대의 조합원 모집에 이미 성공하였는바, 특히 아래 ＜표5＞의 2016.11.3.자 조합변경인가서를 보면 319세대의 조합원 모집사실을 공식적으로 확인할 수 있다.＜표5＞ 조합변경인가서 일부 내용OOO결국, 청구법인은 아무리 늦어도 50% 이상의 조합원 모집사실이 공식적으로 확인된 다음 날인 2016.11.4.

이유 6쟁점조합에 대하여 사업계획 세대수 615세대에 각 OOO원씩 곱한 금액(OOO원)에 대한 금전적 권리를 확정적으로 취득하였다고 보아야 한다.또한, 사업계획승인일인 2018.2.28.에 당초 사업계획 세대수가 615세대에서 638세대로 23세대 증가하였는데, 이는 쟁점계약서상 ‘사업계획 승인세대수’에 포함되는 것이므로, 계약에 따른 지급기한인 45일이 경과된 이후인 2018.4.14.을 기준으로 증가된 23세대에 각 OOO원씩 곱한 금액(OOO원)에 대한 금전적 권리도 취득하였다고 보아야 한다.종합하면, 청구법인에게는 쟁점용역의 공급과 관련하여 2016.11.4.과 2018.4.14.에 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 도래하였으므로, 각 시점을 귀속시기로 보아야 하고, 따라서 이 건 부가가치세 등 부과처분은 5년의 부과제척기간이 각 경과하였으므로 부당한 것이다.(3) 예비적 주장으로 이 건 부과처분은 다음과 같은 사유로 가산세 면제의 정당한 사유가 인정되어야 하므로 가산세는 취소되어야 한다.(가) 이 건의 경우 선행판결 확정 전에 공급시기에 대한 법리적 이견 존재하였는바, 청구법인은 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’로, 처분청은 ‘역무제공 완료한 때’로 각기 다르게 판단하였고, 이처럼 선행판결이 선고된 2025년 3월 전까지 청구법인과 처분청 간 공급시기에 대한 견해가 대립하여 청구법인이 귀속시기를 단정하기 어려운 사정이 있었다.(나) 처분청과 국세청은 모두 쟁점용역 거래의 공급시기 등을 2018년으로 보아 일관되게 과세를 강행하였는바, 상급기관인 국세청까지 2018년 귀속이 타당하다고 명시적으로 판단한 상황에서 납세자가 이와 다른 2021년을 공급시기로 예견하여 신고·납부하는 것은 불가능하다.(다) 전체 채권액 약 OOO원 중 청구법인이 회수한 금액은 약 OOO원(25%)에 불과한바, 용역대금 대부분을 받지 못한 상태에 있고, 유일하게 회수한 OOO원조차 처분청이 법인세 및 부가가치세로 전액 즉시 충당하여 납세자의 실제 납부여력이 완전히 상실된 상태에 있다.(라) 처분청이 2025년에 이르러서야 공급시기를 2021년으로 재판단하여 과세하면서, 과거 기간분에 대한 가산세까지 납부하라고 요구하는 것은 부당하고, 여기에는 납세자의 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아야 한다(아래 ＜그림＞의 대법원 사례 비교 참고).＜그림＞ 대법원 판결사안과의 비교OOO(4) 청구법인이 추가로 제시한 항변서의 내용은 다음과 같다.(가) 용역의 공급시기와 관련하여 예외적으로 역무 제공이 완료되었음에도 그 공급가액이 확정되지 아니하는 ‘특별한 사정’이 있는 경우에는, 그 공급가액이 확정되는 때를 용역의 공급시기 및 익금의 귀속시기로 보는 것인바(대법원 2005.5.27. 선고 2004두9586 판결 참조), 여기에서 ‘특별한 사정’은 주로 용역제공이 완료된 후 그 대가를 둘러싸고 소송 등 분쟁이 발생한 경우에 문제되는데, 법원은 소송이 계속 중이라는 형식적 사정만으로 그러한 특별한 사정이 존재한다고 보지 않는 대신 분쟁의 실질적 내용을 면밀히 심리하여, 특별한 사정이 실제로 존재하는지 여부를 판단한 후 공급시기를 결정한다고 판시(대법원 2018.10.12. 선고 2018두45497 판결, 대법원 2010.8.19.