특수관계법인 고가매입에 대하여 시가와의 차액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분 등

요지처분청이 시가로 판단한 쟁점단가조정 전 거래단가도 특수관계자간의 거래가액으로 시가로 보기 어렵고, 법인세법령상 시가의 개념에 부합하는지 여부도 불분명함

주문동울산세무서장이 2024.8.7. 청구법인 A에게 한 2021～2022사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분과 2024.9.5. 청구인 B에게 한 2021년～2022년 증여세 합계 OOO원의 부과처분은 2021년 11월 및 2022년 12월 경 청구법인 주식회사 A가 청구법인 C 주식회사에게 제공한 외주가공용역의 단가조정과 관련하여 청구법인 주식회사 A로부터 제공받은 외주가공용역의 시가를 재조사한 후 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 각 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가.청구법인 C 주식회사(이하 “청구법인 C”이라 한다)는 OOO 설립되어 OOO부품 제조업을 영위하고 있는 법인이고, 청구법인 주식회사 A(이하 “청구법인 A”이라 한다)는 OOO 설립되어 OOO부품 제조업을 영위하고 있는 법인이며, 청구인 B(C, A와 합하여 “청구인들”이라 한다)은 청구법인 A의 지배주주이다.청구법인 C은 매출처인 D·E(이하 “쟁점고객사”라 한다)에 납품하기 위한 OOO 제품 등을 청구법인 A로부터 유상사급형태로 공급받던 중, 2021년 10월과 2022년 11월에 당초 약정한 거래단가를 일시적으로 각각 15%와 5.2% 인상하는 단가 조정(이하 “쟁점단가조정”이라 한다)을 하였다.청구법인 C은 2019.10.1. 청구법인 A에 울산광역시 OOO 공장(기계장치 포함, 이하 “F”이라 한다)을 임대하였다.나. 처분청은 2024.4.15.～2024.8.5. 기간 동안 청구인들에 대한 세무조사를 실시한 결과, 2024.8.7. 청구법인 C이 쟁점단가조정을 통해 특수관계법인인 청구법인 A에게 이익을 분여하였다고 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 손금 OOO원을 부인(이하 “쟁점①처분”이라 한다)하는 등 2021～2022사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정·고지하였고,쟁점①처분과 관련하여 청구법인 A가 청구법인 C에게 용역을 고가로 공급함에 따라 그 지배주주인 청구인 B이 특정법인과의 거래를 통한 이익을 증여받은 것으로 보아 청구인 B에게「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제45조의5 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제규정을 적용하여 2021년～2022년 증여세 합계 OOO원을 결정·고지(이하 “쟁점②처분”이라 한다)하였다.한편, 처분청은 청구법인 A가 개업 이후 F을 임차하여 청구법인 C이 F에서 수행하던 OOO 생산공정을 그대로 수행하였으므로「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제6조에 따른 창업중소기업에 대한 세액감면 대상에 해당하지 않는다고 보아 법인세 감면세액 합계 OOO원을 부인(이하 “쟁점③처분”이라 한다)하는 등 2024.8.7. 2019년～2022년 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.다.청구인들은 이에 불복하여 2024.11.4. 심판청구를 각 제기하였다.2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장(1) 청구법인 C과 청구법인 A 사이의 쟁점단가조정은 경제적 합리성을 갖추고 있는 등 부당행위계산 부인대상이 아니다.(가)「법인세법」제52조에서 정한 부당행위계산 부인이란, 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우에 적용되는 규정이다.대법원은 “경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다”고 판시하고 있다(대법원 2018.7.20.

이유 2선고 2015두39842 판결 등 다수 참조).(나) 청구법인 C과 청구법인 A는 2019년～2022년 기간 중 총 11차례에 걸쳐 단가를 조정하였는데, 이 건 과세대상은 9차 단가 조정(2021년 11월)과 11차 단가 조정(2022년 12월)이다.처분청은 쟁점단가조정 외 9차례의 단가 조정에 대해서는 정상적인 단가 조정으로 보아 과세대상으로 보지 않은 것으로 보이는데, 쟁점단가조정 또한 다른 9차례 단가 조정과 다를 바 없이 경제적 합리성을 가진 단가조정이었다.쟁점단가조정 중 9차 단가 조정은 청구법인 A에게 발생한 설비상의 문제로 인한 설비 개선 및 손실 보전(설비의 잦은 비가동으로 인한 생산성 하락 등으로 인한 지속적 손실 누적, 생산설비 노후화로 인한 생산·관리비용 증가 등)을 위하여 2021년 1월부터 12월 사이의 단가를 한시적으로 인상한 것이다.또한 11차 단가 인상은 청구법인 A의 임률 인상에 따른 부분을 반영하여 2022년 1월부터 12월 사이의 단가를 한시적으로 인상한 것이고, 쟁점단가조정 이후 2023년 1월부터는 당초 거래단가를 적용하여 거래하였다.청구법인 C은 청구법인 A 외에 거래하는 다른 업체로부터도 손실 보전에 따른 단가 인상 요청을 받으면 이를 검토하여 단가를 인상하고 소급금액을 지급하여 주기도 하였고, 상거래 관행상 거래단가는 제반 상황에 따라 상호 합의하에 수시로 조정하는 것이 일반적이다.청구법인 A가 일방적으로 단가 조정을 요구하고 청구법인 C이 이에 단순히 동의하여 단가가 인상된 것이 아니라 청구법인 A가 설비상의 문제로 생산에 따른 손실이 발생하고 있는 사실, 임률이 상승하여 생산에 따른 손실이 발생하고 있는 사실 등을 이유로 단가를 조정하여 줄 것을 요청하였고, 청구법인 C이 내부적으로 검토 및 품의를 거쳐 이에 동의한 것이다.청구인들은 각자 상대방과의 거래를 단절하기보다는 납품단가를 일정 부분 조정하는 방식에 동의할 만한 합리적인 이유(외주가공처 변경의 어려움, 안정적인 품질 및 납기관리 등)가 있어 상호 단가 조정에 동의하였고, 그 단가 조정 자체도 한시적으로 적용되는 것으로서 약정한 기한이 종료된 후에는 다시 원래의 단가가 적용되어 납품이 이루어졌던 점 등을 고려하면 쟁점단가조정은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것이라고 볼 수는 없다.(다) 쟁점단가조정이 부당행위계산부인 대상이 된다고 보더라도 그 시가는 쟁점고객사와의 거래단가를 기준으로 하여야 한다.처분청은 쟁점단가조정 전 청구인들간의 거래단가를 시가로 보고 이 건 부과처분을 한 것으로 보이나, 해당 가액은 특수관계에 있는 청구인들간에 거래되던 가격이므로 이를 특수관계가 없는 제3자와의 거래가격인「법인세법」상 시가로 볼 수 없다.청구법인 C은 청구법인 A로부터만 해당 제품을 공급받고 있고, 청구법인 A 역시 청구법인 C에게만 해당 제품을 납품하고 있기에, 해당 완제품에 대한 특수관계 없는 제3자에 대한 판매가격은 존재하지 않아 시가를 산정할 수도 없다.다만, 청구법인 C이 청구법인 A로부터 완제품을 공급받아 쟁점고객사에게 그대로 공급하고 있으므로, 만약 해당 제품에 대한 시가를 산정하여야 한다면, 그 값은 청구법인 C이 쟁점고객사에 공급한 고객단가를 기준으로 하여야 한다.＜표＞ 청구법인 C·A 간 거래구조○○○청구법인 C은 청구법인 A로부터 공급받은 제품을 추가가공 없이 쟁점고객사에 공급하고 있으므로 해당 제품의 「법인세법」상 시가는 쟁점단가조정 전 단가가 아니라, 청구법인 C이 쟁점고객사에게 납품한 단가로 보아야 한다.청구법인 C과 쟁점고객사는 특수관계가 아니고, 청구법인 A가 공급한 제품을 그대로 납품하고 있으므로 쟁점고객사

이유 3에 대한 납품단가는 해당제품의「법인세법」상 시가에 부합한다고 보인다.(2) 청구인 B에 대한 증여세 부과처분은 쟁점단가조정이「법인세법」상 부당행위계산부인에 해당한다는 것을 전제로 하므로 쟁점①처분과 함께 취소되어야 한다.처분청은 청구법인 C이 청구법인 A에게 쟁점단가조정을 통해 부당하게 제품을 고가로 공급받음에 따라 이익을 분여하여, 청구법인 A의 지배주주인 청구인 B이 특정법인으로부터 이익을 증여받은 것으로 과세하였다.그러나 쟁점①처분에 대한 청구인들의 주장과 같이 쟁점단가조정은 경제적 합리성을 갖추고 있는 거래로서「법인세법」상 부당행위계산 부인 대상이 아니므로 이를 전제로 한 증여세 부과처분도 취소대상이다.설령 쟁점단가조정을 부당행위계산 부인대상으로 보더라도 쟁점①처분과 같이 그 시가를 쟁점고객사와의 거래단가 기준으로 정하여 증여이익을 산정하는 것이 타당하다.(3) 청구법인 A는 2019～2022사업연도 중 창업중소기업에 대한 세액감면의 요건을 모두 갖추었다.조특법 제6조에서 정하고 있는 창업중소기업에 대한 세액감면의 요건을 보면, 해당 규정에서는 적용 요건으로 ① 대통령령으로 정하는 중소기업에 해당할 것(이하 “중소기업 요건”이라 한다), ② 특정 시점 이전에 조특법 제6조 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업하였을 것(이하 “업종 요건”이라 한다), ③ 조특법 제6조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아닐 것(이하 “창업 요건”이라 한다) 정하고 있다.청구법인 A는 해당 과세기간에 자산총액이 OOO원에 이르지 못하고, 공시대상기업집단에 속하지 않는 등 중소기업 요건을 충족하고 있으며, 제조업, 그중에서도 OOO 및 OOO 제조업의 하위 업종에 속하는 OOO부품 제조업을 영위하여 업종 요건도 충족하고 있다.또한 청구법인 A는 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 등 조특법 제6조 제10항 각 호에서 규정하고 있는 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우 중 어디에도 해당하지 않으므로 창업 요건도 충족한다.따라서 청구법인 A는 2019～2022사업연도 중 조특법 제6조의 창업중소기업에 대한 세액감면의 요건을 모두 갖추었으므로 처분청이 이와 다른 전제에서 한 쟁점②처분은 위법한바 취소되어야 한다.나.

이유 4처분청 의견(1) 청구법인 C은 경제적 합리성을 무시하고 쟁점단가조정을 통해 부당하게 청구법인 A에게 이익을 분여하였으므로 쟁점①·②처분은 정당하다.(가) 청구법인 C은 특수관계자인 청구법인 A에 대해 객관적 근거 없이 단가를 인상하여 이익을 분여하였고, 이로 인해 법인의 소득에 대한 조세부담을 부당히 감소시켰다.청구법인 A는 설립 이래 인력·기술·기계장치 없이 오로지 청구법인 C의 공장과 장비를 이용해 외주 용역만을 제공하였음에도 불구하고, 2021～2022년에는 영업이익률이 평균 65.6%에 달하였다.반면 청구법인 C은 청구법인 A 설립 이후 영업이익률이 4% 내외로 급감하였는데, 이는 청구법인 A의 지배주주 청구인 B이 청구법인 C의 사주 G의 차남이 아니었다면 불가능한 일이다.청구법인 C은 쟁점매출처에 부품을 공급하기 위해 경쟁입찰에 지원하여 입찰을 수주하기 위해 영업활동을 하고, 기술개발·원가절감 등을 위한 노력을 기울여 왔으나, 청구법인 A는 청구법인 C의 공장과 시설을 임차하여 외주용역을 제공하고 있을 뿐 별다른 노력을 기울이지 않고 있다.특히 A/S COVER 제품의 경우 청구법인 C에서 투자하여 국산화시킨 장비를 별다른 임대료 지급 약정도 없이 청구법인 A가 활용하게 하였고, 동 장비를 활용하여 나오는 이익의 대부분이 청구법인 A에게 귀속되는 것은 정상적인 거래라고 보기 어렵다.(나) 청구인들은 쟁점단가조정이 손실보전 요청에 따른 것이라고 주장하나, 실제 손실사실이나 산정근거가 없는 등 임의적으로 결정되어 경제적 합리성을 무시한 비정상적 거래에 해당한다.쟁점단가조정전 청구법인 A는 품목별로 계산하거나, 전체적으로 계산해 보아도 손실이 발생한 사실이 없어 쟁점단가조정과 같이 단가를 인상할 이유가 없었다.청구법인 A는 각종 지출이 과다하여 단가를 인상해 주었다고 주장하나, 청구법인 C의 사주 G은 매월 청구법인 A의 매출 및 매입현황, 지출금액, 예금 잔액 등을 보고 받아왔기 때문에 청구법인 A의 손실을 보전해 주기 위해 쟁점단가조정을 결정하였다는 것은 정상적인 거래관계에서는 발생할 수 없는 거래이다.또한 쟁점단가조정 비율에 대해 청구인들은 인상비율을 산정한 근거를 조사기간이 끝날 때까지 제출하지 않았고, 본 심판청구에서도 별다른 근거자료를 제출하지 않고 있다.(다) 청구법인 C과 거래하는 다른 외주업체(예: H, I 등)는 통상 납품단가의 54～90% 수준에서 외주단가가 결정되나, 청구법인 A에 대해서는 최고 95%까지 인상된 사례가 확인되었다.각 외주업체별로 취급하는 품목도 다르고 작업공정도 다르기 때문에 직접적인 비교는 어렵지만 이러한 수치는 청구법인 C이 이익 극대화가 아닌, 특수관계법인인 청구법인 A의 이익을 극대화하려는 의도만 있다고 판단된다.특히 쟁점단가조정 중 9차 단가조정의 경우에는 조정대상 26개 품목 중 17개의 품목이 청구법인 C에서 고객사에 납품하는 단가보다 높게 책정되었는데, 이는 특수관계자간의 거래가 아니라면 발생할 수 없는 거래이다.(라) 다만, 청구법인 C의 사주 G과 원가팀 실무자 J 차장이 동석한 자리에서 청구법인 C과 청구법인 A간에 결정된 단가는 결정시기, 계산방식에 관계없이 모두 적절하게 결정된 단가이고, 여러 가지 조건을 감안하여 상호 협의하에 결정하였기 때문에 적절한 단가이며, 설령 청구법인 A에게 유리하게 책정된 단가라고 하더라도 청구법인 A가 능력이 있기 때문에 충분히 책정해 줄 수 있는 단가라는 취지로 진술한 바 있으므로 쟁점단가조정이 있기 전에 책정된 단가는 경제적 합리성이 충족된 단가라는 것이 청구법인 C과 청구법인 A의 입장이라고 보여진다.(2) 청구법인 C이 쟁점단가조정을 통해 청구법인 A에게 이

이유 5익을 제공하였으므로 지배주주인 청구인 B에게 상증세법 제45조의5를 적용하여 증여세를 부과하는 것은 타당하다.청구인 B은 청구법인 A의 100% 지배주주로서, 청구법인 A는 특정법인에 해당하고, 청구법인 C은 청구인 B의 아버지 G이 최대주주로서 청구인 B의 특수관계법인에 해당한다.따라서 청구법인 A가 특수관계자인 청구법인 C과의 거래에서 시가보다 현저히 높은 대가로 용역을 제공받음으로써「법인세법」상 부당행위계산부인 대상이 되는 이상 이는 특정법인의 거래를 통한 이익의 증여 의제에 해당한다.(3) 청구법인 A에 대해 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 배제하고 부과한 처분은 정당하다.(가) 청구법인 A는 형식상 신규 설립하여 창업의 외형을 갖추었으나, 실질적으로 청구법인 C으로부터 독립된 기업활동을 개시한 ‘창업’에 해당하는 것으로는 보기 어렵다.청구법인 A는 청구법인 C의 F을 임차하고 용접로봇 등의 기계장치를 그대로 승계하는 등 OOO 공정을 그대로 이어받아 사업을 영위하였다.또한 청구법인 C F에서 OOO 파트를 담당하던 직원이 청구법인 A로 소속을 옮겼고, 외주용역을 담당하던 I를 비롯한 모든 거래처를 그대로 승계하였다.또한 청구법인 C의 사주 G은 2021년 11월 청구법인 A의 대표이사로 취임하고, 그 이전부터 주요 경영활동을 보고 받는 등 사실상 청구법인 A를 지배하고 있었다.(나) 청구법인 C의 사주 G이 지배하는 청구외 주식회사 K 사업장내에 설립한 주식회사 L는 2024년 초 대전지방국세청 감사시 지적을 받고, 2021년, 2022년 귀속에 대한 창업중소기업에 대한 감면을 배제하여 수정신고하였다.이후 감사지적이 되지 않은 청구법인 A 역시 2023년 귀속 법인세 신고시 창업중소기업에 대한 감면을 적용하지 않고 신고하였는데 이는 청구인들 스스로 창업중소기업에 대한 감면 적용 대상이 아님을 시인한 것과 다름 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점① (주위적) 청구법인 A가 청구법인 C에 외주가공용역을 제공하고 받은 대가에 대한 쟁점단가조정은 경제적 합리성을 갖춘 거래여서 부당행위계산 부인 및 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 대상에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부② (예비적) 쟁점단가조정상 시가가 불분명하여 쟁점단가조정 전 단가가 아닌 청구법인 C과 쟁점고객사와의 거래단가를 기준으로 시가를 산정하여야 한다는 청구주장의 당부③ 청구법인 A가 청구법인 C에 외주가공용역을 현저히 높은 대가(쟁점①의 쟁점단가조정)로 제공함에 따라 청구법인 A의 지배주주인 청구인 B이 이익을 증여받은 것으로 보아 청구인 B에게 상증세법 제45조의5 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제규정을 적용하여 증여세를 과세한 처분의 당부④ 청구법인 A가 조특법 제6조에 따른 ‘창업’을 한 것으로 보아 창업중소기업에 대한 감면을 적용할 수 있는지 여부나.

이유 6관련 법령(1) 법인세법제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(2) 법인세법 시행령제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.7.금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우. 다만, 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다.9.그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.제89조(시가의 범위 등) ①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.