청구법인이 부동산개발사업 과정에서 설립된 특수관계법인에 후순위로 자금대여하였다가 상환받은 쟁점금액이 원금충당이 아니라 이자수익에 해당하는지 여부

요지특수관계법인과 대주단 간 업무위탁계약등에 따라 대주단이 특수관계법인 자금을 관리·통제하였고 쟁점금액을 원금상환으로 처리하는 등의 상환조건 등은 대주단 동의 및 청구법인·특수관계법인 간의 묵시적 합의에 따른 것으로 보이며, 이러한 상환조건 등이 경제적 합리성이 결여된 비정상적 거래라 보기 어려움

주문분당세무서장이 2024.3.8. 청구법인에게 한 2018～2022사업연도 법인세 합계 OOO원(2018사업연도분 OOO원, 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원, 2022사업연도분 OOO원) 및 2019년도∼2021년도 종합부동산세 합계 OOO원(2019년도분 OOO원, 2020년도분 OOO원, 2021년도분 OOO원)의 부과처분은1. 청구법인이 2021.12.7. 및 2022.12.16. a㈜로부터 지급받은 OOO원과 OOO원은 이자소득이 아니라 후순위대출 원금으로 각각 회수(상환)한 것으로 하여 2021～2022사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 각각 경정하고,2. 청구법인이 2006년경부터 2010년경까지 취득·소유하고 있는 인천광역시 OOO토지를 업무무관부동산에서 제외하고, 관련 지급이자 상당액을 손금산입하는 것으로 하여 2018～2022사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 각각 경정하며,3. 나머지 심판청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 1991.3.25. 설립된 후 주택건설업 및 분양업 등을 영위하고 있고, 설립 이후 현재까지 청구법인의 최대주주이자 사내이사 에 있는 b가 그 회장직을 수행해오고 있으며, 부동산 개발사업을 시행할 목적으로 서울특별시 용산구 OOO소재 토지(이하 “OOO”라 한다), 경기도 용인특례시 수지구 OOO 소재 토지(이하 “OOO”라 한다), 경기도 김포시 OOO소재 토지(이하 “OOO”라 한다) 및 인천광역시 OOO소재 토지(이하 “OOO”라 하고, OOO 및 OOO와 합하여 이하 “쟁점토지들”이라 한다)를 각각 매입하였다.나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.9.14.부터 2023. 11.8.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 취득한 OOO에 대한 개발사업과 관련한 a㈜(이하 “a”이라 한다)의 대여금에 대한 이자수익을 인식하지 않아 그 인정이자 상당액을 익금산입(이하 “쟁점①처분”이라 한다), 쟁점토지들을 업무무관부동산으로 보아 관련 지급이자 등을 손금불산입(이하 “쟁점②처분”이라 한다), b에게 과다 지급한 인건비(이하 “쟁점인건비”라 한다)를 손금불산입(이하 “쟁점③처분”이라 한다)한다는 등과, OOO에 대한 종합부동산세를 부과(이하 “쟁점④처분”이라 한다)한다는 내용으로 청구법인에게 세무조사결과통지를 한 후, 관련 자료를 처분청에 통보하였는데, 구체적 내용은 아래 라-1~라-4와 같다.다. 처분청은 이에 따라 2024.3.8. 청구법인에게 2018사업연도∼2022사업연도 법인세 합계 OOO 및 2019년도∼2021년도 종합부동산세 합계 OOO을 각각 경정·고지하였다.라. 청구법인은 이에 불복[2018사업연도∼2022사업연도 법인세 합계 OOO, 2019년도∼2021년도 종합부동산세 합계 OOO원하여 2024.6.4. 심판청구를 제기하였다(아래 ＜표1＞ 참조).＜표1＞ 쟁점처분별 불복 청구세액의 내용(단위: 원)라-1. 청구법인은 부동산 개발사업을 시행할 목적으로 2017년 6월경 OOO가 실시한 입찰에 참여하여 OOO를 낙찰받은 후, 2017.7.3. OOO와 OOO에 대한 매매대금을 OOO원으로 하는 매매계약을 체결하고, 같은 날에 계약금 OOO원을 지급하였다.OOO 개발사업에 대한 중도금을 대출해 주기로 한 c(주) 등 대주단은 청구법인에게 별도의 법인을 설립하여 OOO 개발사업을 진행할 것을 요구하였고, 이에 따라 청구법인은 2017. 12.12. a을 설립하였으며, 2017.12.18. a에게 OOO에 관한 권리의무를 포괄적으로 이전하였다.또한, a은 2018.1.3.부터 2020.1.2.까지 대주단이 설립한 OOO인 d㈜로부터 4차례에 걸쳐 합계 OOO원의 중도금 대출을 받아 이를 OOO 중도금으로 지급하였고, 청구법인은 a이 OOO와 관련한 취득세, 중도금 대출이자 및 각종 수수료 등을 지급하기 위한 추가 자금이 필요하게 되어 대주단의 요구로 따라 아래 ＜표2＞와 같이 a에게 d㈜의 채권보다 후순위로 하는 약 OOO원의 자금 대여(이하 “이 건 후순위대출”이라 한다)를 하였다.＜표2＞ 이 건 후순위대출 내용(단위: 원)한편, a은 2021.12.17. d㈜ 및 e㈜로부터 OOO원의 제1차 토지담보대출로 차입한 자금으로 d㈜로부터 받은 중도금대출 OOO원을 상환하고, OOO 매매잔대금 OOO원과 지연이자를 각각 지급하였으며, 같은 날에 대주단의 동의를 받아 청구법인의 후순위대출 중 OOO원을 상환하였다.이후, a은 2022.12.16.

이유 2d㈜, e㈜ 및 f㈜로부터 OOO원의 제2차 토지담보대출로 차입한 자금으로 제1차 토지담보대출 OOO원을 상환하고, 대주단의 동의를 받아 2022.12.19. 이 건 후순위대출 중 OOO원을 상환하였다.이에 청구법인은 a이 2021.12.17. 지급한 OOO원과 2022.12.19. 지급한 OOO원(이하 이들을 합하여 “쟁점지급금”이라 한다)을 이 건 후순위대출의 원금에 충당하는 등 이를 반영하여 2021사업연도 및 2022사업연도 법인세 신고·납부를 하였다.그러나 처분청은 쟁점지급금을 이 건 후순위대출의 이자가 회수된 것으로 보아, 법인세 2021사업연도분 OOO원, 2022사업연도분 OOO원 합게 OOO원을 경정결정하였다.라-2. 청구법인은 부동산 개발사업을 시행할 목적으로 2002년경부터 2010년경까지 쟁점토지들을 매입하였다.처분청은 청구법인이 쟁점토지들을 취득한 후 5년이 경과할 때까지 사업에 직접 사용하지 아니하여 이들을 업무무관부동산으로 보아, 그 지급이자 상당액(지급이자 및 제세공과금)을 손금불산입하는 등으로 하여 2018사업연도∼2022사업연도 법인세 합계 OOO원(＜표1＞ 참조)을 경정결정하였다.라-3. 청구법인은 그 회장인 b에게 2020사업연도부터 2022사업연도까지 합계 OOO원의 급여 및 성과급(아래 ＜표3＞ 참조, 쟁점인건비)을 지급하였다.＜표3＞ 쟁점인건비 지급내역(단위 : 원)처분청은 청구법인이 b에게 지급한 쟁점인건비를 실질상「법인세법 시행령」제43조에 따른 이익처분에 의한 상여금과 동일한 것으로 보아, 쟁점인건비 중 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원, 2022사업연도분 OOO원 합계 OOO원을 과다지급한 것으로 보아 이를 각각 손금불산입하여 2020사업연도~2022사업연도 법인세 합계 OOO원(＜표1＞ 참조)을 경정결정하였다.라-4. 청구법인은 2006월경부터 2010년경까지 OOO 토지의 취득과 관련한 매매대금을 모두 지급하였고, 취득 당시 토지거래허가구역으로 지정되었다가, 2014.2.6. 그 지정이 해제되었다.청구법인은 2014년 9월경 OOO 토지가「조세특례제한법」(2016.1.19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것) 제104조의19 제1항의 ‘주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지’에 해당한다고 보아, 같은 조 제2항에 따라 종합부동산세 과세표준 합산배제신고를 하였다.처분청은 청구법인이 OOO 토지의 잔금을 모두 지급하였고, 2014.2.6. 토지거래허가구역의 지정이 해제되었으므로 청구법인이 OOO 토지를 취득한 것으로 볼 수 있는데, 그로부터 5년이 경과할 때까지 OOO에 대하여 관련 법령상 사업계획의 승인을 받지 못하였으므로 종합부동산세 과세표준 합산배제대상이 아니라고 보아, 2019년도~2020년도 종합부동산세 합계 OOO원(＜표1＞ 참조)을 경정결정하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가.

이유 3청구법인 주장(1) 쟁점지급금은 청구법인과 a의 묵시적 합의에 따라 이 건 후순위대출의 이자가 아닌 원금에 충당되었고, 원금에 충당하기로 합의한 것에 사업상 합리적인 이유가 존재하므로 이 건 처분은 부당하다.(가) 채무자가 채무의 일부를 변제한 경우「민법」상 변제충당의 법리가 적용되므로 명시적 또는 묵시적 합의에 따라 원금과 이자 중에 어떤 것에 충당할 것인지의 순서를 자유롭게 결정할 수 있다.채무의 일부를 변제한 경우 이를 비용, 이자, 원본 중에 어느 것에 충당할 것인지를 정한「민법」제476조 내지 제479조는 임의규정으로 변제자와 변제받는 자 사이에 위 규정과 다른 약정이 있다면 약정에 따른 변제충당의 효력이 발생하고, 이를 합의충당이라 한다(대법원 2015.11.26. 선고 2014다71712 판결 등 참조).합의충당은 묵시적 합의로도 성립할 수 있고, 당사자의 일방적인 지정에 대하여 상대방이 지체 없이 이의를 제기하지 않은 경우에는 묵시적 합의에 따른 충당의 순서를 인정할 수 있다(대법원 2014.10. 15. 선고 2013다91788 판결 등 참조).(나) 법인의 회계처리 등을 통해 당사자들의 공통된 의사가 확인되는 경우에는 그 회계처리에 부합하는 의사표시를 인정할 수 있다는 것이 조세심판원과 법원의 입장이다.조세심판원은 ① 채무자법인이 원금의 반환으로 회계처리하고 채권자법인이 원금의 회수로 회계처리하였으며, 그 회계처리가 반영된 재무제표가 외부감사인에 의해 적정한 것으로 판단된 사안에서 원금부터 변제한다는 묵시적 약정을 인정하였고(국심 2007서1333, 2007. 10.25.), ② 채권자법인과 채무자법인이 각각 자신의 회계장부에서 채권·채무를 상계하는 회계처리를 하고, 더 이상 채권 회수 및 변제를 위한 행위를 하지 않은 사안에서 채무면제에 관한 묵시적 합의를 인정하였다(조심 2019서4470, 2024.5.30.).법원은 주주들이 배당결의를 하면서 회사의 주주들에 대한 가지급금과 배당금을 상계하기로 합의하였고, 회사가 그에 응하여 배당금을 지급하지 않고 배당금 상당액만큼 주주들의 가지급금이 상환된 것으로 회계처리를 한 사안에서 쌍방의 의사가 합치함에 따라 배당금과 가지급금이 소멸하였다는 취지로 판시(서울고등법원 2022.6.9. 선고 2022나2004265 판결)하였다.위와 같이 의사의 합치가 없었다면 법인 간의 회계처리가 완전히 동일한 내용으로 이루어질 수 없으므로 공통된 회계처리는 당사자들의 의사 합치를 확인할 수 있는 강력한 정황에 해당한다.처분청은 위 사례가 특수관계 없는 자 사이의 거래에서 문제된 사안으로 특수관계법인 간의 거래에서 문제된 이 건에는 적용할 수 없다는 의견이나, 특수관계 있는지 여부는 묵시적 합의가 인정되는지를 판단함에 있어 본질적인 사항이 아니다.묵시적 합의가 존재하는지 여부는 당사자 사이에 동일한 의미를 가지는 표시행위가 있는지 여부에 따라 판단하는 것이다.

이유 4특수관계인에 해당하더라도 당사자 간의 표시행위를 동일한 의미로 해석할 수 있다면 당연히 묵시적 합의를 인정할 수 있는 것이다.(다) 청구법인과 a은 쟁점지급금을 이 건 후순위대출의 원금에 충당한 것으로 공통적으로 회계처리를 하였고, 이 건 세무조사 이전부터 감사보고서상 원금에 충당한 것으로 기재·공시하였으므로, 청구법인과 a 간에는 쟁점지급금을 원금에 충당하는 묵시적 합의가 존재한다고 보아야 한다.청구법인은 자신의 거래처 원장에 쟁점지급금의 액수만큼 이 건 후순위대출의 원금을 차감한 후 원금이 회수된 이 건 후순위대출의 잔액을 감사보고서에 공시하였고, a도 자신의 거래처 원장에 쟁점지급금의 액수만큼 후순위 차입금의 원금을 차감한 후 원금이 상환된 후순위 차입금의 잔액을 감사보고서에 공시하였다.또한 a은 쟁점지급금에 앞서 2018사업연도부터 총 10회에 걸쳐 청구법인에 대한 후순위 차입금의 일부를 상환해 왔고, 청구법인과 a은 해당 금원을 모두 원금에 충당하는 것으로 회계처리(거래처원장 참조)를 하였다.청구법인과 a의 회계처리와 그에 따른 재무제표 작성 및 감사보고서 공시는 법인의 의사를 추단할 수 있는 객관적인 표시행위에 해당한다. 만약 청구법인과 a의 의사가 일치하지 않았다면, 양사 내부에서만 이루어지는 회계처리가 완전히 동일한 내용으로 이루어질 수 없으므로 원금 충당에 관한 묵시적 합의가 있었다고 봄이 타당하다.처분청은 묵시적 합의가 있었다면 총 8차례의 후순위대출 중 어느 것에 먼저 충당할 것인지도 합의하였어야 하나 이러한 합의가 없었으므로 묵시적 합의를 인정할 수 없다는 의견이나, 충당 순서에 관한 모든 사항에 대해 일일이 합의하지 않았더라도 원금에 충당하기로 하는 묵시적 합의는 인정할 수 있다.변제충당에 관한「민법」규정은 임의규정으로 당사자 간의 특별한 합의가 있다면 그에 따르지만, 당사자 간의 합의가 없는 공백의 부분에는 보충적으로 적용된다.「민법」제477조는 채무 전부의 이행기가 도래한 경우 변제이익이 많은 채무에 충당하고(제2호), 변제이익이 같으면 이행기가 먼저 도래한 채무에 충당하며(제3호), 위 사항이 동일한 때에는 채무액에 비례하여 각 채무의 변제에 충당한다(제4호)고 규정하고 있다.쟁점지급금을 지급할 당시 이 건 후순위대출의 변제기가 모두 도래(＜표6＞ 참조)하였고, 6차 후순위대출의 이자율은 연 4.6%이고, 이를 제외한 나머지는 모두 연 5%으로 변제이익은 6차 후순위대출이 적고, 나머지는 모두 동일하다. 따라서 1~8차 후순위대출 중 어느 원금에 충당할 것인지 합의하지 않으면「민법」제477조에 따라 6차 후순위대출을 제외한 나머지 후순위대출에 대해 채무액에 비례하여 각 채무의 변제에 충당된다.(라) a에 선순위 토지담보대출을 실행한 대주단은 a이 청구법인에게 쟁점지급금을 지급하는 것에 동의하였는바, 원금충당에 관한 묵시적 합의가 있음을 뒷받침하는 사정이 존재한다.a의 후순위차입금 원금 상환은 대주단이 결정한 것이고, a은 자금관리, 재무제표 작성 등 업무 일체를 g(주)에 위탁하였으며, 업무위탁계약서에 따라 a이 취득하는 모든 금전의 수령 및 관리·운용·처분, 대출금 상환에 관한 업무, 회계장부 작성 및 회계감사인 선정은 모두 g(주)가 수행하였다.토지담보대출 약정에 따르면, a이 대주단의 동의를 받지 않고 청구법인의 이 건 후순위대출을 상환하는 경우 기한의 이익을 상실하여 즉시 대주단에게 채무 전액을 상환하여야 한다.

이유 5이에 대주단은 토지담보대출을 실행할 때마다 자금의 구체적인 용처와 금액을 기재한 ‘자금판’이라는 자료를 작성하여 a에게 송부하였다.대주단은 토지담보대출금 중 쟁점지급금 상당액을 청구법인의 이 건 후순위대출을 상환하는데 사용하도록 동의하였다. 2021.12.17.자 제1차 토지담보대출 관련 자금판에는 OOO원을 청구법인에 대한 대여금 상환에 사용하도록 기재되어 있고, 2022.12.19.자 제2차 토지담보대출 관련 자금판에는 OOO원을 청구법인에 대한 대여금 상환에 사용하도록 기재되어 있다.대주단이 토지담보대출금으로 이 건 후순위대출을 상환하는 것에 동의한 이유는, 청구법인이 OOO 개발사업의 실질적 주체로서 a의 취득세 등 비용을 부담하고 있는데, 청구법인의 자금난이 악화되면 a이 제대로 운영되지 못하여 OOO 개발사업이 실패할 위험이 있었기 때문이다.대주단은 이 건 후순위대출보다 우선하여 대출금을 회수할 권리를 보유하고 있음에도 대주단이 OOO 개발사업에 막대한 자금을 투입하고 OOO원도 회수하지 못한 상황에서 합리적 이유 등이 없이는 후순위 채권자인 청구법인이 자금을 먼저 회수할 뿐만 아니라 그 ‘이자’까지 빠짐없이 먼저 회수하는 것에 동의할 이유는 없다.청구법인과 a은 토지담보대출금을 유지하기 위하여는 대주단의 의사에 따를 수밖에 없었으므로 이 건 후순위대출의 원금 상환에 대한 대주단의 동의에 따라 쟁점지급금을 이 건 후순위대출의 원금에 충당하였던 것이다.(마) 청구법인과 a이 쟁점지급금을 이 건 후순위대출의 원금에 충당하기로 합의한 것은 ‘특수관계인에 대한 부당한 이익 분여’에 해당하지 않는다.「법인세법」상 부당행위계산의 부인은 조세의 감소를 초래한 거래행위가 건전한 사회통념이나 상거래 관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 경우에 한하여 적용할 수 있고, 경제적 합리성이 인정되는지 여부는 행위의 유형에 따라 일률적으로 단정할 수 있는 것이 아니라 개별적인 사안마다 구체적으로 판단하여야 하며, 단순히 특수관계인이 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 경제적 합리성이 없다고 판단할 수는 없다(대법원 2017.1.25. 선고 2016두50686 판결 등 참조).원금 충당은 a에게만 일방적으로 이익을 분여하는 행위가 아니라 a과 청구법인 모두에게 이익이 되는 행위이다.

이유 6a은 원금에 충당된 부분에 대해 장래 이자가 발생하지 않는 이익을 얻었고, 청구법인은 이 건 후순위대출을 보유하고 있음에도 대주단에 앞서 채권을 회수할 수 있는 이익을 얻은 것이다.청구법인이 OOO 개발사업을 성공시켜 더 큰 이익을 얻기 위해서는, 이자수익의 일부를 포기해서라도 대주단의 선순위채권보다 우선해서 채권원금을 회수하여 자금을 확보할 사업상 필요가 있었다.(바) 청구법인은 OOO 개발사업의 실질적인 주체로 당초 개발사업을 직접 진행할 계획이었으나 대주단이 별도 법인을 설립할 것을 요청함에 따라 a을 설립하여 이를 통해 OOO 개발사업을 진행하게 되었다.a은 오로지 OOO 개발사업을 시행할 목적으로 설립된 법인으로 개발사업이 완료될 때까지는 이익이 발생할 수 없어 영업에 필요한 자금을 제3자로부터 차입해야만 하고, 이에 OOO 개발사업의 실질적 주체인 청구법인이 a에게 필요한 자금을 대여하는 방식으로 개발사업을 진행해 왔는바, 청구법인의 자금사정으로 인해 a의 운영자금이 제대로 조달되지 않으면 개발사업이 제대로 진행될 수 없다.2021사업연도와 2022사업연도 전후로 청구법인의 재무상태(아래 ＜표4＞ 참조)는 고금리와 부동산 경기 침체로 인해 계속 악화되었고, 2019사업연도에는 청구법인의 매출액, 영업이익 및 당기순이익이 OOO원이었으나, 2021사업연도에는 그 2분의 1 내지 3분의 1밖에 되지 않는 OOO원으로 급감하였고, 2022사업연도에는 심지어 당기순손실을 기록하였다.＜표4＞ 청구법인의 재무상태 요약(단위 : 백만원)또한 쟁점지급금을 지급받기 전후 청구법인의 유동성 위기가 심각한 상황이었다. 청구법인의 현금 및 현금성 자산의 액수와 단기차입금의 액수(아래 ＜그림1＞ 참조)가 2020사업연도에는 OOO원과 OOO원이었고, 2021사업연도에는 OOO원이었으며, 2022사업연도에는 OOO원이었다.＜그림1＞ 청구법인의 현금 및 현금성 자산과 단기차입금 내역아울러 대주단의 별도 법인 설립요구가 없었다면 청구법인이 OOO 개발사업을 직접 진행하였을 것이고, 이 경우 후순위대출 자체가 발생하지 않아 이자수익이 발생할 여지가 없었다는 점도 고려되어야 한다.이상과 같이 OOO 개발사업이 안정적으로 진행되려면 개발사업의 실질적 주체인 청구법인의 자금난을 해소하는 것이 무엇보다 중요하였다. 청구법인은 OOO 개발사업의 성공을 위하여 장래의 이자수익 중 일부를 포기하더라도 대주단보다 먼저 후순위대출의 일부를 조기에 회수할 사업상·경제상 필요가 있었다. 대주단도 이러한 필요성을 납득하였기 때문에 대출금 일부를 이 건 후순위대출의 원금 상환에 사용하도록 동의하였던 것이다.(사) 처분청은 OOO의 가치가 2.5배 상승하여 후순위대출의 원금 회수가 보장되었기 때문에 청구법인이 후순위대출의 원금이라도 우선적으로 회수해야만 하는 특별한 사정이 없었다는 의견이나, 이는 부동산 개발사업의 구조와 특성 등을 고려하지 않은 것으로 타당하지 않다.부지는 부동산 개발사업의 핵심 자산이므로 이를 사업 중간에 처분할 수 없기 때문에 부지 가격이 상승하였다는 사실 자체로 원금의 상환이 보장되는 것이 아니고, 또한 OOO는 대주단에게 담보로 제공되었기 때문에 가치 상승에 따른 이익은 대주단에게 귀속된다.부지의 가격 상승이 개발사업의 성공 가능성을 보장하는 것도 아니다. OOO 개발사업과 같은 고급 주거시설의 수요는 경기 변화 등에 매우 민감하게 변동하기 때문에 예상하지 못한 거시경제 환경 내지 정부정책 등의 변화에 따라 개발사업이 실패할 가능성이 있다.