이 건 정비사업의 시행에 따라 청구법인이 취득한 비조합원용 토지에 대한 취득세 등을 과다하게 신고ㆍ납부하였으므로 그 일부를 환급해야 한다는 청구주장의 당부 등

요지① 청구법인이 이전고시일의 다음 날 취득하는 비조합원용 토지(기반시설용 토지를 제외하고, 이하 같다)의 면적을 지령 §11의2에 따른 비례산식을 적용할 수는 없으므로, 과다 신고·납부한 부분(2,226.62㎡)에 대한 취득세는 환급하는 것이 타당함② 재건축 사업에서의 비조합원용 토지의 취득시기는 지령 §20⑦(이전고시일의 다음 날)에 따라야 할 것이므로, 신탁등기일을 취득일로 보아 취득가격을 경정해야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움

주문대전광역시 동구청장이 2024.8.26. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 「지방세법」제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산(기반시설에 귀속된 토지를 제외한 것, 이하 같다)의 면적을 2,609.47㎡[=일반분양 토지(6,429.38㎡) - 제3자 취득 토지(3,819.91㎡)]로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 대전광역시 OOO일원 15,327㎡ 일원에서 시행하는 OOO정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)의 사업시행자로서 2022.12.28. 총 419세대 공동주택 및 부대복리시설(이하 “이 건 공동주택”이라 한다)의 임시사용승인을 거쳐 2023.2.10. 준공인가를 받고, 2023.7.28. 대지 및 건축물의 소유권 이전고시를 한 후,「지방세법 시행령」(2023.12.29. 대통령령 제34080호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제7항에 따라 소유권 이전고시일의 다음 날(2023.7.29.)에 비조합원용 부동산을 취득한 것으로 보고,같은 법 시행령 제11조의2에 따라 일반분양용 토지 6,429.38㎡ 중 과세대상토지 4,836.09㎡를 비조합원용 부동산의 취득 면적으로 하여 제18조의4 제1항 제3호에 따라 계산한 가액OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.＜표1＞ 이 건 정비사업용 토지 취득 및 귀속 현황(단위 : ㎡)○○○나. 그 후, 청구법인은 2024.6.28. ① 비조합원용 부동산의 취득일을 소유권이전고시의 다음 날로 본 것과 분양가액을 과세표준으로 한 것은 부당하고, ② 전용면적 85㎡ 이하의 주택분 부속토지 중 일반분양용 토지에 대하여는 농어촌특별세를 비과세하는 것이 타당하다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.8.26. 청구법인의 경정청구 중 위 ② 부분은 인용하고, ① 부분에 대한 경정청구를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.22. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 정비사업의 시행에 따른 비조합원용 토지에 대한 면적의 산출은 일반분양 토지 면적(6,429.38㎡)에서 제3자 취득 토지 면적(3,819.91㎡)을 제외한 나머지 면적(2,609.47㎡)을 그 과세 면적으로 계산하여야 함에도, 청구법인은 취득세 등의 신고·납부 당시 4,836.09㎡를 과세대상 면적으로 하였으므로, 과다하게 신고·납부한 취득세 등은 환급되어야 한다.(가) 2008.12.31. 법률 제9302호로 개정된 「지방세법」은 제105조 제10항 단서와 제110조 제1항 단서에서 ‘주택조합 등의 비조합원용 부동산 취득’을 취득세 과세대상으로 신설함으로써 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 부동산 중 조합원 외의 자에게 귀속되는 비조합원용 부동산이 새로이 취득세 과세대상으로 추가되었는바(대법원 2013.1.10.

이유 2선고 2011두532 판결, 같은 뜻임),주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지를 우선적으로 취득세 비과세대상인 조합원용 토지로 사용할 수 있음에도 조합원으로부터 신탁받은 토지를 우선적으로 조합원 외의 자에게 귀속되는 토지로 사용한다든가, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 비례적으로 조합원 외의 자에게 귀속되는 토지로 사용한다고 보는 것은 납세의무자가 여러 가지 선택 가능성이 있는 행위 중에서 세무상 더 불이익한 행위를 우선으로 행한 것으로 의제하는 것이어서 합리적이지 아니하다.따라서, 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 후, 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이라 하겠으나,조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 주택조합 등이 제3자로부터 매입한 토지의 면적으로 우선하여 산정하여야 한다(대법원 2015.10.29.

이유 3선고 2010두1804 판결, 같은 뜻임).(나) 이 건 정비사업의 경우 조합원으로부터 신탁받은 토지(11,507.09㎡) 중에서 조합원에게 귀속퇴는 토지(7,817.62㎡)를 제외하면 소유권 이전 고시일의 다음 날에 청구법인이 취득하여 과세대상이 되는 비조합원용 토지의 면적은 3,688.47㎡이고,일반분양분 토지 전체 면적(6,429.38㎡) 중에서 제3자로부터 취득한 토지 면적(현금청산분 3,819.91㎡)을 우선 산정하면 2,609.47㎡가 부족한데, 이는 비조합원용 토지의 면적 중의 일부로서 일반분양분 토지로 귀속된 것이고, 그 나머지 비조합원용 토지의 면적 중 1,051.2㎡은 기반시설분 토지로 귀속되는 것으로 보는 것이 합리적이다.따라서, 청구법인이 조합원으로부터 신탁받은 토지 중에서 소유권이전 고시 다음 날에 취득한 비조합원용 토지 면적 6,429.38㎡ 중에서 일반분양분 토지 면적을 2,609.47㎡(=6,429.38㎡-3,819.91㎡)로 산정하고, 이를 과세대상 면적으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.(2) 비조합원용 토지에 대한 취득세는 소유권 이전고시일의 다음 날(2023.7.29.)이 아닌 신탁으로 소유권이전등기를 경료한 날(2019.12.3.)로 보아 그 당시 개별공시지가를 기준으로 과세표준으로 산정하여야 한다.(가) 「지방세기본법」 제34조 제1항 제1호, 「지방세법」제10조에 의하면 취득세 납세의무는 과세물건을 취득하는 때 성립하고, 「지방세법」 제7조 제2항에 의하면 부동산의 취득은 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득한 때 취득한 것이고, 같은 법 시행령 제20조 제1항에 의하면 무상취득의 경우에는 그 계약일에 취득한 것으로 보며, 그 제14항에 의하면 제1항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.(나) 또한, 「신탁법」상의 신탁에서 수탁자는 재산권을 이전받기 위하여 따로 대가를 출연하는 것이 아니므로, 수탁자가 신탁재산을 이어받아 그에 관한 소유권 이전등기를 마쳤다면 그것은 무상으로 인한 소유권이전등기를 취득한 것에 해당하고(대법원 2017.6.15. 선고 2015두60853 판결, 같은 뜻임),신탁재산에 대한 소유권이전등기를 마치면 대내외적으로 소유권이 수탁자에게 완전히 이전되는 것이므로 신탁재산의 소유권은 소유권이전등기일에 이전된다(대법원 2018.2.8. 선고 2017두67810 판결, 같은 뜻임).(다) 「지방세법」제9조 제3항은 “신탁으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

이유 4다만, 신탁재산의 취득 중 주택조합 등과 조합원 간의 부동산 취득 및 주택조합등의 비조합원용 부동산 취득은 제외한다”고 규정하고 있고, 제1호는 “위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우”라고 규정하고 있고,일반적으로 신탁으로 토지를 취득하면 「지방세법」제9조 제3항에 따라 신탁등기 시점에 취득이 발생하는 것을 전제로 비과세가 논의되는바, 조합이 비조합원용 토지를 취득할 때도 신탁등기 시점에 취득이 발생하는 것을 전제로 그 취득에 대해 과세하겠다는 내용이 「지방세법」제9조 제3항 단서라 할 것인데,「지방세법 시행령」제20조 제7항은 이전고시일의 다음날에 비조합원용 토지의 취득이 발생한다고 규정하고 있으므로, 이를 납세의무 성립시기로 본다면 한 번의 취득행위에 대하여 법률상 두 번의 취득이 발생하는 논리적 결함이 발생한다.(라) 비조합원용 토지의 취득은 조합이 먼저 취득하고 수분양자가 다음으로 취득하는 것이 논리적 선후에 맞는 것인데 반해, 「지방세법 시행령」제20조 제7항에 따르면 수분양자가 비조합원용 토지를 먼저 취득하고 조합이 그보다 늦게 비조합원용 토지를 취득하게 되는 것이므로 타당하지 않고,또한, 조합의 비조합원용 토지 취득시기를 신탁등기일로부터 수 년이 지난 이전고시일 다음 날로 본다면, 취득세 산정의 요소가 되는 토지의 개별공시지가가 그 기간 동안 크게 변동(상승)하게 되는바, 비조합원용 토지를 실질적으로 취득한 당시의 개별공시지가를 적용받지 못하게 되어 조합에게 과도한 취득세를 부담시키는 것으로서 타당하지 않다.(마) 따라서, 청구법인은 2019.12.3. 일반분양분 토지에 대하여 조합원들로부터 신탁을 원인으로 소유권이전등기를 하였는바, 청구조합이 조합원으로부터 신탁받은 토지 중 비조합원용 토지 2,609.47㎡의 취득일은 구 「지방세법」 제7조 제2항에 따라 사실상 취득한 날인 2019.12.3.이라 할 것이며, 그 과세표준은 무상취득으로서 납세의무 성립일 당시의 개별공시지가인 2019년 개별공시지가를 적용하여 산정하는 것이 타당하다.(3) 결론적으로, 청구법인이 취득한 비조합원용 토지 2,609.47㎡(=일반분양분 토지 6,429.38㎡ - 제3자 취득 토지 3,819.91㎡)에 청구법인이 조합원으로부터 신탁으로 소유권을 이전등기한 2019.12.3. 당시의 개별공시지가(OOO원)를 곱하면 그 과세표준은 OOO원이고,여기에 무상취득의 세율을 적용하여 취득세 등을 계산하면 정당한 취득세 등은 OOO원인데, 처분청은 1차 경정청구에 따라 OOO원을 환급하고, 2차 경정청구에 따라 OOO원을 환급하였는바, 나머지 OOO원도 추가로 감액경정되어 환급되어야 한다.＜표2＞ 당초신고 및 정당세액 계산내역(청구법인 정리)(단위 : 원, ㎡)○○○나. 처분청 의견(1) 청구법인은 2022.1.1. 신설된 「지방세법 시행령」제11조의2 이후에 비조합원용 부동산을 취득한 것이므로, 「지방세법 시행령」 제11조의2를 적용하여 산출한 과세면적은 정당하다.(가) 재건축조합의 사업구역 내 토지에는 조합원이 신탁한 토지와 재건축조합이 비조합원 및 분양 미신청 조합원으로부터 매입한 토지 등이 혼재되어 있어 소유권 이전고시 이후 토지 등의 귀속이 확정될 때까지 어느 토지가 귀속되는지 알 수 없으므로,「지방세법 시행령」 제11조의2와 같이 조합원분양분 토지, 일반분양용 토지, 정비기반시설용 토지 등으로 각각 구분하여 그 구분별로 소유권 이전고시 이전의 조합원이 신탁한 토지, 비조합원용 토지, 정비기반시설용 토지 등의 구성 비율로 각각 안분하여 과세하는 것이 타당하다.(나) 이와 관련하여 대법원(2015.9.3.

이유 5선고 2015두47065 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)은 주택재건축조합이 유상으로 매입하거나 조합원들로부터 신탁받는 등의 방법으로 확보한 사업부지는 관리처분계획에서 정한 바에 따라 이전고시 후 공동주택 및 부대시설 부지가 되거나 도로, 공공용지 등 공공시설의 부지가 되어 지방자치단체 등에게 귀속되고, 그 중 공동주택 및 부대시설의 부지는 다시 조합원에게 분양된 부분과 비조합원인 일반에 분양된 부분으로 구분되며,여기서, 주택재건축조합이 확보한 사업부지는 정비사업의 종료 후 수분양자들의 취득하는 토지나 지방자치단체가 취득하는 토지 등에 개별적으로 대응관계를 이루어 승계되는 것이 아니라, 「도시 및 주거환경정비법」제69조 제2항에 의하여 「도시개발법」에 따른 환지가 있었던 것으로 간주되므로,주택재건축조합이 신탁받은 토지 중 과세대상이 되는 비조합원 분양분의 면적은 전체 사업부지에서 비조합원에게 분양된 비율에 따라 안분하여 산정함이 타당하다고 판시하였다.(다) 또한, 재건축 일반분양분 토지에 대한 취득세 과세기준을 명확하게 하기 위하여 2022.1.1. 신설된 「지방세법 시행령」제11조의2는, 조합에 과세되는 일반분양분 토지면적 중 조합이 추가매입한 토지 등 과세대상에서 공제하는 면적 산출시 대법원의 결정이 현행 세정 운영방식과 상이하여 전체 토지에서 추가매입토지 비율만큼 공제하는 방식으로 하도록 규정을 신설하였다(행정안전부 지방세정책과-34, 2022.1.4.).(2) 「지방세법 시행령」제20조 제7항 및 쟁점판결 등에 따라 일반분양분 토지의 취득일은 소유권 이전고시 다음 날로 보아야 한다.(가) 「도시 및 주거환경정비법」제86조 제1항에서 “사업시행자는 제83조 제3항 및 제4항에 따른 고시가 있은 때에는 지체 없이 대지확정측량을 하고 토지의 분할절차를 거쳐 관리처분계획에서 정한 사항을 분양받을 자에게 통지하고 대지 또는 건축물의 소유권을 이전하여야 한다.”라고 규정되어 있으므로, 이 건 정비사업부지 중 비조합원용 부분의 면적은 이전고시 이후에 특정된다.(나) 이에 대하여 쟁점판결은, 정비사업의 시행부지 중 비조합원용 부분의 면적은 이전고시 이후 특정되므로, 이러한 사정을 반영하여 「지방세법 시행령」 제20조 제7항은 비조합원용 부동산의 취득시기를 이전고시 다음날로 정해 두었고, 결국 주택재건축조합은 조합원으로부터 신탁받은 토지 중 이전고시에 의하여 비조합원용 부분으로 정해진 면적에 대해서는 이전고시 다음날을 취득일로 하여 취득세 등을 납부하여야 한다고 판시하였다.3. 심리 및 판단가. 쟁 점(1) 이 건 정비사업의 시행에 따라 청구법인이 취득한 비조합원용 토지에 대한 취득세 등을 과다하게 신고ㆍ납부하였으므로 그 일부를 환급해야 한다는 청구주장의 당부(2) 비조합원용 토지의 취득세 납세의무 성립일을 소유권 이전고시일의 다음 날(2023.7.29.)이 아닌 신탁으로 소유권이전등기를 경료한 날(2019.12.3.)로 보아 그 당시의 개별 공시지가를 기준으로 과세표준을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 대전광역시 중구 홍도동 23-3번지 일원 15,327㎡ 상의 낙후된 기존 건축물 등을 철거한 후, 그 토지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지함을 목적으로 2017.7.26. 설립되었다.(나) 청구법인은 이 건 정비사업에 대하여 처분청으로부터 2019.3.21. 사업시행인가, 2019.7.30. 관리처분계획의 인가 및 2022.12.28.

이유 6임시사용승인을 거쳐 2023.2.10. 준공인가를 받고, 2023.7.28. 대지 및 건축물의 소유권 이전고시를 하였다.(다) 청구법인은 이 건 정비사업을 시행하는 과정에서 이 건 정비사업부지(15,327㎡) 중 11,057.09㎡는 조합원들로부터 신탁받고, 3,819.91㎡는 비조합원(현금청산자 등)으로부터 유상 매입하여 취득한 후, 유상 매입 토지에 대한 취득세 등은 각 토지의 잔금지급일을 기준으로 신고· 납부하였다.(라) 이 건 정비사업부지(15,327㎡)는 소유권이전고시 등에 따라 위 ＜표1＞과 같이, 15,298.2㎡로 변경되었으며, 그 중 7,817.62㎡는 조합원에게 귀속되었고, 1,051.2㎡는 기반시설로 인해 기부채납되었으며, 나머지 6,429.38㎡는 일반분양분 공동주택 및 부대시설 부속토지(비조합원용)로서 정비사업조합인 청구법인이 이를 취득하였다.(마) 청구법인은 이 건 정비사업의 소유권이전고시일(2023.7.28.)의 다음 날에 비조합원용 토지를 취득한 것으로 보아, 「지방세법 시행령」제11조의2 및 제18조의4 제1항 제3호에 따라 산출한 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.(바) 청구법인은 2024.6.28. 일반분양분 토지의 취득일은 소유권이전 고시일의 다음날이 아닌, 종전 조합원 토지를 신탁받아 소유권을 이전등기한 날이므로 취득세 과세표준 가액을 분양가액이 아닌 신탁등기 시점의 개별공시지가로 적용해달라는 주의적 청구와 전용면적 85㎡ 이하의 주택분 부속토지는 농어촌특별세를 비과세를 적용해달라는 예비적청구를 내용으로 한 경정청구를 하였고, 이에 처분청은 2024.8.26. 신탁등기 시점의 개별공시지가로 적용하여 달라는 주의적 경정청구는 거부하고, 예비적 경정청구는 인용하는 결정통지를 하였다.(사) 그 후, 청구법인은 2024.12.31. 개정되어 신설된 「지방세법 시행령」부칙 제3조의2에 따라 비조합원용 부동산의 취득세 과세표준액은 ‘분양가액’이 아닌 ‘공시지가’를 기준으로 적용하여 달라는 취지로 2025.1.3. 제2차 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.1.14. 취득세 과세표준액을 2023년도 개별공시지가를 기준으로 산정하여 취득세 등을 일부 경정하였다.(아) 행정안전부는 2021.12.31. 「지방세법 시행령」제11조의2를 신설한 후 그 주요개정 내용 등을 지방자치단체에 아래와 같이 송부하였다.＜ 행정안전부의 「지방세법 시행령」제11조의2 개정 내용 ＞○○○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.(가) 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.1) 「지방세법」제7조 제8항에서 「주택법」 제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조에 따른 재건축조합 및 소규모재건축조합(이하 이 장에서 “주택조합등”이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 보되 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 “비조합원용 부동산”이라 한다)은 제외한다고 규정하고 있고, 「지방세법 시행령」제11조의2에서 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산의 취득 면적은 다음 계산식에 따라 산출한 면적으로 한다고 규정하고 있다.