위법한 조사 해당 여부

요지쟁점유상증자는 관련 사실관계를 외부 공시로 이미 공개하고 있고, 사전통지를 실시한다고 하더라도 조사목적을 달성하기 어려운 경우에 해당한다고 보기 어려운바, 위법한 세무조사에 해당함

주문기흥세무서장이 2024.12.11. 청구법인에게 한 2019사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유1.처분개요가.청구법인은 2019.11.13. 설립되어 경영 컨설팅 및 공공 관계서비스업 등을 영위하는 법인으로, 청구법인의 자회사인 주식회사 A 및 주식회사 B(이하 합하여 “특수관계법인들”이라 한다)의 발행 주식을 보유한 법인이다.나.서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 청구법인을 세무조사 대상자로 선정하고, 「국세기본법」제81조의7 제1항에 따라 세무조사 사전통지시 증거 인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없는 경우에 해당하는 것으로 보아 세무조사 사전통지를 생략하여 2024.7.2.부터 2024.9.20.까지 법인통합조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시하였고, 그 결과에 따라 특수관계법인들이 실시한 유상증자(이하 “쟁점유상증자”라 한다)시 기존 주주가 아닌 청구법인이 단독으로 참여하여 시가 대비 저가로 신주를 취득한 것으로 보아야 한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2024.12.11. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.다.청구법인은 이에 불복하여 2025.3.7. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 청구법인은 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호에 따라 정기선정 외 세무조사 대상자로 선정될 사유에 해당하지 않았는바, 쟁점세무조사는 위법한 세무조사에 해당하므로, 그에 따른 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.(가) 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호는 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의가 있고, 그와 같은 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 비정기 세무조사를 실시할 수 있도록 규정하고 있는데, 신고 내용에 탈루나 오류가 있음이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 말한다고 할 것이고(대법원 2010.12.23. 선고 2008두10461 판결 참조), 세무조사가 납세자의 재산권이나 영업에 미치는 막대한 영향, 과세관청이 함부로 세무조사를 하는 경우에 발생할 수 있는 각종 부작용 등에 비추어 법이 정한 세무조사 개시 사유에 해당하는지 여부는 엄격하게 해석하여야 할 것이며(대법원 2016.12.15. 선고 2016두47659 판결 참조), 적법하게 세무조사가 개시되었다는 점은 과세관청이 증명하여야 할 것이다(서울고등법원 2016.7.13.

이유 2선고 2015누57408 판결 참조).(나) 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호의 ‘명백한 조세탈루의 개연성’에 대하여 대법원 및 조세심판원은 혐의를 입증할 만한 강력한 정황과 자료가 충분히 뒷받침되어 상당한 정도의 개연성이 있고, 과세관청이 자의적으로 판단해서는 안되며, 외부에서 객관적으로 확보한 자료나 누구나 납득할 수 있는 합리적인 분석을 통해 조세탈루의 발생 가능성이 논리적ㆍ합리적으로 설명되는 경우로 해석하고 있다.(다) 조사청은 쟁점유상증자가 불균등증자에 해당하므로 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호에 따른 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의가 있고, 그와 같은 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하는 것으로 보아 청구법인을 세무조사 대상자로 선정하였다는 의견이나, 조사청이 쟁점세무조사 중 특수관계법인 중 주식회사 B(이하 “B”이라 한다)으로부터 「상속세 및 증여세법」상 시가평가보고서를 제출받아 쟁점유상증자시 B이 시가 대비 저가로 신주를 발행한 사실을 확인할 수 있었는바, 쟁점세무조사 전 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의가 있고, 그와 같은 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당한다고 보기 어렵고, 조사청이 청구법인을 조사대상으로 선정한 선정검토보고서, 분석보고서 등을 쟁점세무조사의 적법성을 입증하기 위한 증거자료로 제출하지 않는 이상 쟁점세무조사는 비정기 세무조사 선정사유를 위반한 위법한 세무조사에 해당한다.(2) 또한 「국세기본법」제81조의6 제1항에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행하되, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등에는 국세청장이 그 관할을 조정할 수 있다고 규정하고 있는데, 쟁점세무조사 개시 당시 청구법인 및 특수관계법인 모두 경기도에 본점이 소재한 법인들로 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 아닌 조사청이 쟁점세무조사를 수행할 특별한 사정을 입증하지 못한 이상 쟁점세무조사는 위법한 세무조사에 해당한다.(3) 쟁점세무조사는 세무조사 사전통지 제외 사유에 해당하지 않음에도 사전통지를 생략한 채 이루어진 위법한 세무조사에 해당하므로 그에 따른 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.(가) 「국세기본법」제81조의7 제1항은 ‘세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 ‘세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 세무조사를 하는 경우 세무조사를 개시할 때, 1. 사전통지사항, 2. 사전통지를 하지 아니한 사유, 3.

이유 3그 밖에 대통령령으로 정하는 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다’고 규정하고 있는바, 이와 같이 세무조사에 앞서 사전통지를 하도록 규정한 것은, 납세자의 자발적인 협력을 받아 세무 조사를 원활하게 수행함으로써 세무조사의 효율성을 도모하는 한편, 납세자가 조사대상 세목과 조사사유 등을 미리 파악한 다음 충분한 시간을 갖고 준비함으로써 세무조사과정에서 방어권을 적절하게 행사할 수 있도록 보장하는 데에 그 취지가 있다고 할 것이다.(나) 법원은 ‘세무조사 사전통지 제외사유가 없음에도 불구하고 세무조사 사전통지를 하지 아니한 채 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙에 어긋나는 것이라고 보아야 하고, 나아가 이와 같은 위반행위는 과세처분에 별다른 영향을 미치지 않는 사소한 절차위반이라고 볼 수는 없으며, 오히려 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차상의 하자에 해당하는 것’이라고 판시(서울고등법원 2019.4.10. 선고 2017누38128 판결)하였고, 사전통지를 생략한 세무조사 및 이에 터잡은 과세처분의 위법성이 문제된 사안에 대하여, 세무조사 사전통지에 대한 제외사유는 구체적 이어야 하고, 그와 같이 구체적인 제외사유가 실제로 있었는지 여부는 엄격하게 판단하여야 한다는 전제에서, ① 피고가 작성한 ‘중복조사 해당 여부 및 사전통지 제외사유 검토서’ 및 ‘세무조사 통지서’ 모두 「국세기본법」 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 하지 아니하였다는 기재만이 있을 뿐, 사전통지에 증거인멸 등 조사 목적을 달성할 수 없다고 판단하는 구체적인 근거 내지 사유에 관하여 아무런 기재가 없는 점, ② 피고 소속 공무원들이 이 사건 관련 세무조사 개시 당시에 원고 법인에게 증거인멸 등 조사목적을 달성 할 수 없다고 판단하는 구체적인 근거 내지 사유를 설명하였다는 점을 인정할 증거도 없다는 점, ③ 피고는 이 사건 세무조사 이전에 이미 부산광역시장으로부터 통보받은 내용과 자료 등에 대한 검토분석을 통해 직간접경비 내역을 상당 부분 파악하였던 것으로 보이는 점, ④ 원고 법인은 이 사건 세무조사 이전에 이미 법인세소득세 등에 관한 신고를 통해 과세관청에 특수관계인들에게 지급된 급여 등 직간접경비에 관한 신고를 하였으므로 관련 자료를 은폐 하거나 조작하는 것은 불가능 내지 현저히 곤란하였을 것으로 보이는 점, ⑤ 원고 법인이 이 사건 가산세 관련 세무조사를 전후하여 자료들에 대한 은폐 조작을 시도하려고 하였다는 점을 인정할 증거는 없고 오히려 피고 소속 공무원들이 요구하는 대로 자료 일체를 제출하였다는 점 등을 들어, 세무조사 사전 통지 제외사유가 없음에도 사전통지가 생략된 중대한 절차적 하자가 있다고 보아 당해 과세처분이 위법하다고 판단하였다(부산고등법원 2022.5.13.

이유 4선고 2021누21842 판결).(다) 조사청은 청구법인이 증거를 인멸할 개연성이 큰바, 사전통지를 생략한 쟁점세무조사가 정당하다는 의견이나, 쟁점유상증자의 경우 이미 공개된 자료를 통하여 쟁점유상증자에 따라 발행된 주식수 및 발행가액, 신주 취득자 등의 내용을 확인할 수 있고, 청구법인 및 특수관계법인이 진술을 담합하거나 증거인멸 등을 통하여 쟁점유상증자 사실에 대하여 은폐·조작하는 것이 불가능한 것으로 볼 수 있으며, 조사청이 진술을 담합하거나 증거를 인멸할 개연성이 있다는 점에 대하여 검토한 세무조사 사전통지 제외사유 검토조서 등을 제출하여 세무조사 사전통지를 생략할 수 있는 경우에 해당한다는 점을 입증하지 못한 이상 쟁점세무조사를 실시하기에 앞서 자의적으로 사전통지를 생략하였다고 볼 수 있다.(라) 한편 조사청은 쟁점세무조사 개시일 당일 청구법인의 대표이사 등에게 쟁점세무조사 사유 등에 대하여 설명하였으므로 사전통지 생략 등에 따른 절차적 하자가 인정되지 않는다는 의견이나, 쟁점세무조사 개시 당일 사전통지 예외사유로서 ‘「국세기본법」제81조의7 제1항 단서 규정에 의하여 사전통지를 생략’한다고 기재한 세무조사 개시 통지 공문만을 전달했을 뿐 구체적으로 ‘조사사무처리규정’ 제21조 제1항이 규정하고 있는 사유 중 어디에 해당하는지, 어떤 증거인멸 등 조사목적을 달성할 수 없다고 판단하는 구체적인 근거 내지 사유에 대해서는 구체적인 설명이 전혀 없었고, 조사청이 충분한 설명을 했다고 해도 세무조사에 앞서 사전통지를 하도록 규정한 취지가 납세자의 자발적인 협력을 받아 세무조사를 원활하게 수행함으로써 세무조사의 효율성을 도모하는 한편, 납세자가 조사대상 세목과 조사사유 등을 미리 파악한 다음 충분한 시간을 갖고 준비함으로써 세무조사과정에서 방어권을 적절하게 행사할 수 있도록 보장하는 데에 그 취지가 있는 것이므로, 단순히 조사 개시 당시에 그 개시 사유를 설명하였다는 사정만으로는 사전통지 미실시에 따른 세무조사의 위법성이 치유된다고도 볼 수 없다.(마) 따라서 쟁점세무조사는 사전통지를 제외할 수 있는 사유에 해당하지 않음에도 사전통지 없이 실시된 위법한 세무조사에 해당하고, 위법한 세무조사에 따른 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.(4) 조사청은 쟁점세무조사가 사전통지 생략 등 절차적 하자가 있더라도 그에 따른 처분의 위법성에 영향을 미칠만큼 중대한 것으로 볼 수 없으므로 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 사전통지 생략 요건에 해당되지 않음에도 사전통지를 생략한 경우 이와 같은 위반행위는 과세처분에 별다른 영향을 미치지 않는 사소한 절차위반이라고 볼 수는 없고, 오히려 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차상의 하자에 해당하는 것인바, 조사청의 의견을 받아들일 수 없다.나. 처분청 의견(1) 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호에 따른 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하지 않음에도 조사청이 청구법인을 대상으로 쟁점세무조사를 실시하였으므로 이는 위법한 세무조사에 해당한다고 주장하나, 대법원은 위 규정에 대하여 ‘조세의 탈루 사실을 확인할 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료에 의하여 인정할 수 있는 경우로 엄격하게 제한하여 해석할 것은 아니다’(대법원 2022.10.15.

이유 5선고 2022두48202 판결)라고 판시하였는바, 조사청은 청구법인이 불균등 증자인 쟁점유상증자의 거래당사자에 해당한다는 사실을 확인하고, 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하는 것으로 보아「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호에 따라 청구법인을 세무조사 대상으로 선정하고 쟁점세무조사를 실시하였으므로 청구법인의 위 주장을 받아들이기 어렵다.(2) 조사청은 조사목적을 달성하기 위해 「국세기본법」상 절차에 따라 사전통지를 생략하고 쟁점세무조사를 실시한 것으로 이는 적법한 세무조사에 해당한다.(가) 「국세기본법」제81조의7 제1항은 세무조사의 통지와 관련하여 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사사유, 그 밖에 사항을 통지하여야 한다고 규정하면서, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 사전통지를 생략할 수 있도록 규정하고 있다. 또한 ‘국세청 조사사무처리규정’ 제21조 제1항은 세무조사 사전통지를 생략할 수 있는 사유를 열거하여 규정하고 있는데, 이중장부, 허위계약, 증빙서류 허위작성 및 변조, 차명계좌 이용, 명의 위장 등 부정한 방법으로 세금을 탈루한 혐의가 있는 경우(제2호), 사전통지시 거래 상대방 또는 제3자와 담합의 우려가 있는 경우(제6호) 및 이에 준하는 사유로 조사목적을 달성하기 어렵하도 인정되는 경우(제7호) 등을 규정하고 있다.(나) 법원 및 조세심판원은 혐의와 관련한 자료를 일부 확보하였으나 계약서, 대금 지급자료 등 세금 탈루 사실을 직접적으로 호가인할 자료를 확보하지 못하였다거나 세무조사 개시 당시 신고 내용에서 확인된 탈루나 오류의 혐의를 감추기 위해 말을 맞출 가능성이 있는 경우 등에는 세무조사 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없는 경우에 해당한다고 판단하여 「국세기본법」제81조의7 제1항 단서 조항에 따라 세무조사 사전통지를 생략할 수 있는 경우에 대하여 폭넓게 인정하고 있다.(다) 조사청은 청구법인이 불균등 유상증자인 쟁점유상증자의 거래당사자인 것을 확인하고, 사전통지를 할 경우 청구법인 및 특수관계법인이 진술을 담합하거나 증거를 인멸할 개연성이 크다고 판단하여 사전통지를 생략하고 쟁점세무조사를 실시하게 되었는바, 이는「국세기본법」제81조의7 제1항 단서 조항에 따라 세무조사 사전통지를 생략할 수 있는 경우에 해당하였다고 할 것이므로 쟁점세무조사는 적법한 세무조사에 해당한다.(3) 또한 조사청은 쟁점세무조사 개시 당일 청구법인의 대표이사 등에게 청구법인을 비정기 세무조사 대상자로 선정한 사유 등에 대하여 상세히 설명하고, 청구법인의 대표이사가 납세자권리헌장 낭독 확인서 등에 서명하여 조사청 담당자에게 제출하였으며, 쟁점세무조사 과정에서 청구법인에게 쟁점유상증자와 관련된 세무상 문제점 및 시가 산정 내역 등에 대하여 상세히 설명하였는바, 쟁점세무조사가 위법한 세무조사에 해당한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.3.심리 및 판단가.쟁점쟁점세무조사가 조사대상자 선정의 위법 및 사전통지 생략 등의 절차적 하자가 있는 위법한 조사에 해당하므로 그에 따른 이 건 처분이 위법·부당하다는 청구주장의 당부나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재다.사실관계 및 판단(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.(가) 특수관계법인들 중 주식회사 A의 경우 코스닥 상장법인으로, 2022.3.25. 청구법인에게 제3자 배정 방식으로 신주 64,135,793주를 1주당 발행가액 OOO원에 발행하는 것으로 유상증자를 실시하기로 결정하고, 2022.4.5.

이유 6청구법인이 유상증자 대금 OOO원을 납입하여 발행주식 64,135,793주를 취득한 것으로 확인된다.(나) 특수관계법인들 중 주식회사 B의 경우 2019.11.18. 기존 주주가 아닌 청구법인에게 제3자 배정 방식으로 신주 250,000주를 1주당 발행가액 OOO원에 발행하는 것으로 유상증자를 실시하기로 결정하고, 2019.12.6. 청구법인이 유상증자 대금 OOO원을 납입하여 B 발행주식 250,000주를 취득하였다.(다) 조사청은 청구법인이 특수관계법인들이 실시한 쟁점유상증자에 참여한 것이시가 대비 저가로 신주를 취득한 것으로 보아 청구법인을 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호의 사유에 해당하는 것으로 보아 비정기 세무조사 대상자로 선정하고, 같은 법 제81조의7 제1항 단서 조항에 따라 사전통지시 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에 해당하는 것으로 보아 세무조사 사전통지를 생략하고 쟁점세무조사를 실시하면서 청구법인에게 세무조사 개시 통지를 교부하였다.＜표＞ 세무조사 개시통지 공문○○○(2) 쟁점세무조사와 관련하여 조사청은 청구법인을 비정기 세무조사 대상으로 선정하고, 쟁점세무조사에 앞서 사전통지를 생략한 것과 관련하여 다음과 같은 자료를 제출하였다.(가) 조사청은 주식회사 A이 실시한 유상증자시 청구법인과 특수관계법인이자 A의 기존 주주인 B이 실권하여 청구법인이 취득한 신주 1주당 발행가액 OOO원의 경우 「상속세 및 증여세법」제39조에 따라 산정한 시가(1주당 가액 OOO원) 대비 저가에 해당한다는 의견으로 관련 시가 산정 자료를 제출하였다.(나) 조사청은 주식회사 B이 실시한 유상증자시 주식회사 B의 지배주주인 C 및 D 등이 실권하여 청구법인이 2019.12.6.