청구법인이 당초 공사비 외에 시공사와 협의하여 추가로 지급한 추가공사비의 손금 귀속시기가 언제인지 여부

요지청구법인은 추가공사비 중 일부에 대하여 변경계약, 대금 지급내역 등을 제시하고 있어 현재까지의 공사완료 및 대금 지급 여부 등을 재조사할 필요 있음

주문부산진세무서장이 2025.1.10. 및 2025.1.13. 청구법인에게 한 부가가치세 합계 OOO원(2019년 제2기분 OOO원, 2020년 제1기분 OOO원, 2021년 제2기분 OOO원, 2022년 제1기분 OOO원, 2022년 제2기분 OOO원) 및 2022사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2022사업연도에 계상한 분양원가 중 ＜별지1＞ 기재 공사대금 OOO원이 2022.9.29. 이전에 계약되어 이 건 심판청구의 결정일까지 기간 동안 공사가 완료되고 그 대금이 지급되어 지급의무가 확정되었는지를 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2005.11.25. 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다) 제35조에 따라 부산광역시 OOO 소재 OOO구역주택재개발정비사업(이하 “OOO구역정비사업”이라 한다)을 목적으로 설립된 법인으로, OOO구역정비사업을 진행하여 2022년 9월 아파트(OOO세대)를 준공인가받았다.나. 청구법인은 「법인세법」제113조 구분경리 규정에 따라 발생된 비용 중 비수익사업(조합원분양분)과 수익사업(일반분양분)에 각 속하는 개별손금은 실질귀속에 따라 구분하고, 공통손금은 조합원분양분 및 일반분양분 면적에 따라 안분하여 법인세를 신고·납부하면서,① 시공사인 A 주식회사(이하 “시공사”라 한다) 등에 지급한 총공사비를 공통손금으로 보아 수익사업분은 손비로 처리하고, 비수익사업분은 손금불산입하였으며, ② 청구법인이 조합원들에게 지급한 이사비 OOO원(이하 “쟁점이사비”라 한다), 조합원들이 금융기관에 이주비를 차입하도록 알선하면서 청구법인이 주택도시보증공사(HUG)에 지급한 이주비 대출지급보증료 OOO원 및 중도금 대출 지급보증료 OOO원(이하 “쟁점지급보증료”라 한다)을 지출한 사업연도의 선급공사원가(자산)로 계상하였다가 사업이 완료된 2022사업연도의 비용으로 인식함과 동시에 일반분양비율(56.28%)에 해당하는 금액을 손금으로 산입하였다.다. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 2019사업연도부터 2022사업연도의 법인세 통합조사를 실시한 결과, ① 시공사가 조합원들에게 제공한 물품(발코니 확장 등 5개 물품, 이하 “쟁점특별제공품”이라 한다)에 상당하는 금액 OOO원(이하 “쟁점특별제공액”이라 한다), 쟁점이사비 OOO원 및 쟁점지급보증료 OOO원을 비수익사업의 개별손금에 해당하는 것으로 보아 수익사업분 OOO원을 손금불산입하였고, ② 공사원가 중 OOO원(개별손금 및 공통손금 계상분, 이하 “쟁점공사원가” 또는 “쟁점공사”라 한다)을 대금지급 및 적격증빙을 수취하지 않은 것으로 보아 전액 손금불산입하였으며, ③ 쟁점특별제공액을 조합원들에게 귀속된 이익으로 보아 배당으로 소득처분하여야 한다는 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고,처분청은 2025.1.10. 및 2025.1.13. 청구법인에게 2019년 제2기분부터 2022년 제2기분 부가가치세 합계 OOO원(2019년 제2기분 OOO원, 2020년 제1기 OOO원, 2020년 제2기분 OOO원, 2021년 제1기분 OOO원, 2021년 제2기분 OOO원, 2022년 제1기분 OOO원, 2022년 제2기분 OOO원) 및 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하면서 배당으로 소득처분된 2022년 귀속 배당소득금액 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.31. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가.

이유 2청구법인 주장(1) (쟁점특별제공품) 청구법인은 수취한 세금계산서 등의 공사비만 공통손금으로 산입하여, 용역의 무상공급으로 세금계산서 등이 발행될 수 없는 시공사의 특별제공품은 당연히 공통손금으로 산입할 수 없음에도 이를 손금산입한 것처럼 추정하여 해당 금액을 손금불산입한 처분은 부당하다.(가) 「부가가치세법」제12조(용역공급의 특례) 제2항은 “사업자가 대가를 받지 않고 타인에게 용역을 공급한 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다”고 규정한바, 시공사가 조합원에게 무상제공한 쟁점특별제공품은 용역의 공급에 해당하지 않으므로 세금계산서(계산서)가 발행될 수 없다.청구법인은 시공사로부터 수취한 계산서 및 세금계산서 발행금액을 근거로 공사원가를 산정하고 그 금액을 전체 재개발사업의 공통손금으로 보아 수익사업분 분양비율 56.28%를 적용한 금액을 손금산입하여 2022사업연도 법인세를 신고하였다. 그렇다면 세금계산서 등이 발행될 수 없는 시공사의 특별제공품의 용역대가에 대하여 공통손금으로 산입하지 않았음이 객관적으로 입증된다.만일 조사청의 주장대로 청구법인과 시공사 간에 체결된 이 건 공사도급액에 쟁점특별제공품의 용역대가가 무상이 아닌 유상으로 제공되어 그 가액이 포함된 것으로 본다면, 이는 우리나라 굴지의 대기업인 시공사가 발코니 확장 등 5개 품목을 조합원에게 무상 제공하는 것으로 공사를 수주해 놓고 유상으로 제공한 것과 같게 된다. 이 경우 시공사가 청구법인 및 조합원을 상대로 공사비를 기망한 것과 같은 결과를 초래하게 되어 사회적 문제 등이 발생할 수 있다.(나) 쟁점특별제공품의 용역대가가 공사도급액에 포함되어 있다는 근거로 제시한 자료에 대하여 살펴보면,1) 시공사의 공사금액 대비 세금계산서 발행비율이 2022년 제1기까지는 15.02%이나, 2022년 9월 부분준공인가 고시된 2022년 제2분기에는 49.41%이어야 그 차액 비율에 상당하는 OOO원을 시공사가 조합원에게 제공한 특별제공품 용역대가로 제시하고 있다.통상적으로 정비사업 관련 전체 공사금액 대비 부가가치세 과세비율은 정비사업의 준공시점에 확정되므로 그동안 적용해왔던 과세비율 차액에 상당하는 금액이 조정될 수 있다. 또한 다른 원인으로 부가가치세 과세비율의 오류가 발생할 수 있음에도 준공시점 전후 부가가치세 과세비율의 차이가 발생하고 있다는 사실만으로 쟁점특별제공품의 용역대가가 공사도급액에 포함되었다고 단정할 수 없다.2) 청구법인과 시공사 간 체결된 공사도급계약서 제5조 제2항 제15호 시공사의 “시공범위 및 조건”에 쟁점특별제공품이 포함되어 있어 시공사의 특별제공품 공사비가 이 건 공사도급계약에 포함되었다고 보고 있다.통상적으로 대도시지역의 정비사업에 있어 그 정비사업 건설공사 규모가 수천억원(청구법인의 공사비는 OOO원임)에 달하여 유명 건설사들은 그 정비사업 공사를 수주하기 위하여 수년의 노력을 투입하는 등 수주경쟁이 치열하다(과열경쟁을 방지하기 위하여 국토교통부 대책마련 실시).이러한 건설사들의 수주경쟁 중 공식적이면서 설득력있게 언급되는 부분은 정비사업측에 무상 특화제공과 관련하여 시스템에어컨, 발코니확장 등을 무상으로 조합원들에게 제공하는 것이다. 이러한 행위는 비정상적이고 이례적인 거래가 아닌 대형 건설사들 업계의 관행으로서 정비사업공사에서 흔히 발생하는 공사 수주유형의 하나이다.시공사는 정비사업 공사수주에 따라 조합원에게 무상으로 제공하는 특별제공품 관련 공사도 정비사업의 건축물 신축 등 본 공사와 함께 진행하여야 하므로 공사도급계약서의 시공범위 등에 그 특별제공품 공사내용을 포함시키는 것은 당연하다고 보여진다.

이유 3공사도급액(시공범위) = 무상제공 공사비(시공범위) + 유상공사비(시공범위) 만일 쟁점특별제공품이 공사도급금액에 포함되어 유상이라고 본다면 조합원 중 일부 세대가 특별제공품 중 일부만 선택(냉장고 미선택)할 경우 시공사는 그 선택되지 아니한 용역을 제공하지 않았으므로 당연히 그 용역대가는 공사도급액에서 감액되어야 마땅하다.그리고 공사도급액에서 감액된 그 용역비는 특별제공품을 선택하지 않은 조합원의 분담금을 감소시켜 주거나 별도로 환급해 주어야 조합원간 분담금의 납부액 등 형평성이 맞음에도 공사도급계약서에 특별제공품의 미선택 관련하여 조합원분담금 감액 및 환급규정을 두고 있지 않다.이와 같이 쟁점특별제공품이 공사도급액에 영향을 주지 않으려면 시공사가 청구법인으로부터 그 용역대가를 별도로 수령하거나 아니면 조합원에게 무상으로 제공할 경우에만 가능하다. 청구법인은 쟁점특별제공품의 용역대가를 시공사에게 별도로 지급한 사실이 없으므로 당연히 시공사가 조합원에게 무상으로 제공한 것이 된다.(2) (쟁점특별제공품의 배당소득 처분) 조합원분담금은 공사도급금액을 포함한 총공사비가 감안되어 도시정비법상의 비례율이 산출되어 산정된다. 만일 쟁점특별제공품이 공사도급액에 포함되었다면 비례율 감소로 조합원분담금이 증가되어 그 분담금을 납부한 것이므로 배당소득금액변동통지는 부당하다.(가) 도시정비법 제89조 및 같은 법 시행규칙 별지 제6호 서식에서 아래 ＜표1＞과 같이 조합원분담금을 산정하도록 규정하고 있다.＜표1＞ 조합원분담금(청산금) 산정 ○ 조합원분담금(청산금) 분양예정인 대지 및 건축물의 추산액(조합원 분양가액) - 분양대상자별 종전의 토지 및 건축물의 가격 × 비례율(조합원의 권리가액) * 비례율 = (사업완료 후의 대지 및 건축물의 총수입 - 총사업비)/ 종전의 토지 및 건축물의 총 가액 여기서 총수입 및 종전 부동산가액은 변동이 없고 총사업비가 증가되면 비례율이 낮아지게 되어 그만큼 조합원분담금이 증가되고, 반대로 총사업비가 감소되면 비례율이 높아지므로 분담금은 감소한다. 정비조합이 어떤 항목에 대한 대가를 유상으로 지출하였다면 총사업비에 포함될 것이고 무상이라면 총사업비에 포함되지 않을 것이므로 그 공사비가 유·무상에 따라 비례율 산정에 영향을 주게 되어 조합원분담금의 산정액이 달라지게 된다.쟁점특별제공품의 공사비가 총사업비에 포함된 것으로 볼 경우, 청구법인의 총사업비가 증가되어 비례율이 낮게 산출되고 조합원의 분담금은 증가하게 된다.

이유 4즉 조합원은 쟁점특별제공품의 공사비가 포함된 총사업비에 의해 산출된 조합원분담금을 납부하게 되어 쟁점특별제공품 공사비는 조합원분담금으로 충당된 것으로 보아야 한다.(나) 한편 정비조합이 「법인세법」제113조 및 같은 법 시행규칙 제76조에 따라 구분경리하면서, 개별손금의 분류상 오류 또는 공통손금을 수익사업과 비수익사업으로 안분계산함에 있어 비수익사업에 속하는 비용을 수익사업의 손금으로 과다계상한 금액에 대하여 손금불산입하고 소득처분을 할 경우, 국세청은 그 손금불산입에 대해 ‘기타’로 처분하도록 행정해석(서면-2019-법령해석과-2127, 참조)을 하고 있음에도 쟁점특별제공품을 손금불산입하면서 배당으로 소득처분한 것은 행정해석에 반하는 부당한 처분이다.(다) 또한 정비조합의 배당소득과 관련하여 확정된 판례(대법원 2024두42260)에 의하면, 청구법인이 최종 청산단계에서 청산금 등을 확인하지 않은 상태에서 쟁점특별제공품만을 따로 떼어내어 배당으로 소득금액변동통지를 한 것은 위법하다.(3) (쟁점이사비) 쟁점이사비는 정비조합의 원활한 사업진행을 위한 필수적인 경비로서 수익사업을 포함한 전체 재개발사업의 공통손금에 해당한다.(가) 정비사업이란 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역에서 정비기반시설을 정비하거나 주택 등 건축물의 개량 또는 건설을 하는 사업을 말하며, 정비사업비란 정비사업에 소요되는 비용으로 토지조성비용, 주택신축비용, 기타 간접비용으로 구성되며 사업시행자인 정비사업조합이 부담하도록 도시정비법 제92조에 규정하고 있다.정비조합은 정비사업의 원활한 수행을 위하여 도시정비법 제52조에 따라 조합원 이주대책을 세워야 하고, 장기간 주거를 상실한 다수의 조합원들의 주거지원과 보장 등을 위하여 같은 법 제61조에 따라 주택자금의 융자를 알선하는 등 임시거주에 상응하는 조치를 하여야 한다.(나) 건설사의 정비사업 공사수주에 있어 조합원에 대한 이사비의 지원금액이 수천만원에 달하는 등 과열 양상으로 변질되고 있는 것에 대한 조치로 국토교통부는 정비사업 단지 시공사 선정과정에서 건설사가 조합원에게 이사비나 이주비 등을 지원하는 행위를 전면금지하는 ‘재건축·재개발 등 정비사업 시공사 선정제도 개선방안’을 2017.10.30. 발표후, ‘정비사업 계약업무 처리기준’(국토교통부고시 제2018-101호)을 2018.2.9. 제정하여 시행하고 있다.재개발사업은 재건축사업에 비하여 영세거주자가 많아 시공사로부터 이사비를 지원받지 못할 경우 조합원들 이사의 원활한 진행에 차질을 가져올 수 있는 점 등을 고려하여, 청구법인은 자체적으로 정비사업비를 통해서 조합원 세대당 주택면적을 감안하여 약 OOO원 정도의 실비보전 명목으로 쟁점이사비를 지원하였다(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙」제55조에 현금청산자세입자에게 이사비를 지급하도록 규정하고 있음).(다) 쟁점이사비는 오로지 이 건 재개발사업의 원활한 사업진행을 위한 필수적인 비용으로서 「법인세법」에서 정한 손금의 요건을 갖추었고, 손금불산입 적용대상 및 위법비용에도 해당하지 않으며, 조합원의 출자비율이 100분의 1에 미달하여 특수관계인도 아니어 청구법인과 조합원의 거래는 부당행위계산 부인규정 적용대상도 아니다.

이유 5따라서 청구조합이 부담한 쟁점이사비는 전체 재개발사업의 공통손금에 해당한다.(4) (쟁점지급보증료) 쟁점지급보증료는 수익사업을 포함한 전체 재개발사업의 원활한 진행을 위해 발생되는 필수적 지출비용으로서 수익사업을 포함한 전체 재개발사업의 공통손금에 해당한다.(가) 정비사업은 종전의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건축물을 신축하여 분양하는 사업으로서 정비사업의 원활한 사업을 추진하기 위하여 무엇보다도 해당 정비조합이 설정한 이주기간 이내에 조합원들의 적극적인 협조로 빠른 이주진행이 매우 중요하다.정비조합은 조합원들의 조기 이주를 장려하기 위하여 금융기관에서 기본이주비를 대출받도록 알선하고 HUG(주택도시보증공사)의 그 이주비 대출금의 보증에 따른 보증수수료(연 0.3% 정도로 보증을 받지 못할 경우 이주비 대출금의 이자율이 높아짐)를 정비사업비로 부담하고 있다.(나) 조합원의 이주비 대출금으로 쟁점보증수수료와 이주비 이자가 기본적으로 발생한다. 그 이주비 대출로 인한 이주비 이자가 전체 정비사업의 공통손금에 해당하는지 여부에 대한 소송에서 법원은 수익사업과 무관한 목적사업에만 대응되는 비용으로 볼 수 없고 수익사업과 비수익사업의 공통손금에 해당한다고 판단(서울행정법원 2023구합51205 판결)하고 있다.또한 정비조합이 부담한 이주비 이자가 「지방세법」상 취득세 과세표준에 포함되는지 여부에 대하여, 법원은 ‘이주비 이자는 정비사업의 진행에 필수적인 이주업무의 원활하고 신속한 완료를 위하여 필요한 사업경비로서 취득세 과세표준에 포함된다’고 판단(서울고등법원 2023누70383 판결)하고 있다. 위 판례를 준용하면, 「법인세법」상 자산의 취득가액(시행령 제72조)에 이주비 이자 뿐만 아니라 보증수수료도 포함되어야 당연하다(이 경우 정비조합은 신축 건축물을 바로 분양하므로 그 취득가액은 각 사업연도소득 계산시 손금산입됨).(다) 쟁점지급보증료는 조합원들의 이주비 대출에 따라 필수적으로 발생하는 비용으로서 정비조합이 부담한 이주비 이자비용과 그 지출성격이 같으므로 이주비 이자와 마찬가지로 수익사업을 포함한 전체 정비사업의 공통손금에 해당한다.(5) (쟁점공사원가) 이 건 재개발사업이 부분 준공인가된 2022사업연도에 일반분양 등 재개발 분양수입이 완료계산되어, 쟁점공사원가는 그 분양수입에 대응되는 추가적으로 지출되는 비용으로서 수익비용대응원칙에 따라 2022사업연도 각 사업연도 소득계산시 손금에 산입하여야 한다.(가) 손금의 귀속시기는 채무가 확정된 때로서 이러한 채무확정은 채무성립의 요건을 갖추고 현실적으로 급부를 하여야 할 상태를 말하며, 수익비용대응원칙에 의하면 건설원가와 같이 특정수익과 직접적 또는 개별적 관련이 있는 비용은 이를 수익에 종속시켜 그 수익이 귀속되는 사업연도와 동일한 사업연도의 손금으로 산입하여야 하고(서울고등법원 2012누3165 판결 참조), 정비사업의 수익의 확정이 있게 된 이상 이를 당해연도 법인세 산출에 있어서 익금으로 산입할 수 있는 것이고, 장차 그에 대응하는 추가적인 비용지출이 예상되어 있다고 하더라도 그와 같이 지출이 예상되는 비용은 수익과의 대응성이 인정되는 한 미리 당해연도의 손금으로 산입할 수 있다(대법원 2004.10.28. 선고 2003두10831 판결 참조).(나) 쟁점공사원가는 청구법인의 정비사업에 있어 사업시행인가 조건으로 이행하여야만 하는 공사비로서, 그러한 사업시행인가 조건을 이행하지 못할 경우 준공인가를 받을 수 없으므로 정비사업의 필수적 비용에 해당한다.

이유 6이 건 정비사업이 2022년 9월 부분(동별) 준공되어 일반분양수입이 2022사업연도에 완료됨에 따라 쟁점공사원가는 분양수입에 대응되는 비용에 해당한다.(다) 청구법인은 2022.11.5. 임시총회를 개최하여 당시 조합장과 이사 등 임원 전원을 해임하는 결의를 거쳐 청구법인의 집행부가 궐위되고, 청구법인의 사무실이 폐쇄되는 등 2022사업연도에 정상적인 조합업무를 집행하기 어려운 상황이었다. 이러한 청구법인의 사정으로 시공사가 시행하는 공사 외에 사업시행인가조건으로 이행하여야 할 ‘OOO초교 증축공사’, ‘OOO교회 신축공사’, ‘정비기반시설 설치공사’ 등이 지연되고, 진행된 공사비도 바로 지급하지 못한 상태였다.(라) 청구법인은 현재 청구법인이 정상적으로 운영되어 관련 용역계약서를 구비하고 대금을 지급한바, 쟁점공사원가(OOO원) 중 OOO원은 그 증빙이 확인되므로 2022사업연도 공사원가로 인정하여야 한다.나. 처분청 의견(1) (쟁점특별제공품) 쟁점특별제공품은 시공사의 공사원가에 포함되어 공통손금으로 계상되었고, 시공사가 조합원에게 제공한 특별제공품은 비수익사업(조합원분양)에서 발생한 개별손금이므로 손금불산입한 처분은 정당하다.(가) 청구법인은 시공사에 특별제공품의 용역대가를 별도로 지급한 사실이 없고 시공사가 조합원에게 제공한 쟁점특별제공품을 공통손금으로 산입하지 않았다고 주장하나, 청구법인과 시공사가 2017년 5월에 체결한 공사도급계약서 제5조 및 제7조를 보면 시공사가 조합원에게 특별제공하는 물품은 공사계약금액에 포함되는 시공범위로 확인된다.(나) 이 건 세무조사시 조사청이 시공사에 요청한 질의에 대하여 시공사는 ‘청구법인과 시공사가 체결한 도급공사계약에 따라 조합원에게 특별제공품을 제공한 것이고 시공사가 조합원에게 특별제공품을 무상으로 제공한 사실이 없다’는 취지로 회신하였다.(다) 또한 통상적으로 시공사는 아파트 공사용역과 관련하여 과세용역과 면세용역을 일정비율(면적비율 등)로 안분하여 세금계산서 및 계산서를 발급하는데, 계산서 발급금액 대비 세금계산서 발급금액 비율이 일정한 것이 일반적이고, 공사마무리 단계에서 시공되는 특별제공품의 시공비가 준공시점(2022년 9월)의 세금계산서 발급금액에 포함되어 2022년 제2기의 세금계산서 발급비율이 97.7%(일정비율 17.67%)로 급등한 것이다.(2) (쟁점특별제공품의 배당소득 처분) 쟁점특별제공품은 조합원에게 제공된 것으로 고유목적사업에 속하는 비용으로 보아야 하고, 이를 손금으로 보기 어려우며 조합원에게 귀속된바, 그 실질 귀속자인 조합원에게 배당으로 소득처분한 것은 정당하다.(가) 청구법인은 쟁점특별제공품이 총공사비에 포함될 경우 조합원의 권리가액이 감소하게 되어 조합원분담금이 증가하므로 배당소득 자체가 발생한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점특별제공품의 공사비가 조합원분담금으로 충당된다는 의미는 찾을 수 없고, 쟁점특별제공품 공사비는 각 조합원들에게 직접 대응되는 비용으로서 비례율에 의하여 조합원분담금과 반비례하여 충당되는 개념이 아니다.(나) 청구법인은 조합원이 직접 지불해야 할 특별제공품 공사비를 대신 지급하였고, 그에 따라 조합원은 지급받을 청산금 대신 쟁점특별제공품을 받은 것이며, 2022사업연도말 기준 청구법인의 수익사업(일반분양)에서 발생한 누계 잉여금이 OOO원을 상회하고 있던 상황에서 청구법인이 쟁점특별제공품에 대한 공사비(OOO원)를 지급하지 않았다면 청산시 해당 금액을 포함하여 결국 조합원에게 배분되었을 것이고, 이에 대한 배당소득세를 원천징수하여 납부하여야 했을 것이다.(다) 청구법인이 제시한 행정해석은 구체적인 정황과 사실관계를 토대로 답변한 것이 아닌 단순히 개별손금의