청구법인이 특수관계법인에게 토지매입용역을 무상제공한 것으로 보아 법인세를 부과한 처분의 당부

요지청구법인과 관련법인의 업무내용, 관련직원 진술 등에 비추어 청구법인은 특수관계법인에 토지매입용역을 무상제공한 것으로 보이고, 청구법인이 다른 하도급업체로부터 수령한 토지매입용역 제공 대가를 고려하여 산정한 위 용역의 시가에 잘못이 있다고 보기 어려움

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 OOO 부동산업, 부동산개발 및 공급업을 주된 목적사업으로 하여 설립된 회사로, 서울특별시 OOO지구 재개발사업을 위해 설립된 특수목적회사인 A 주식회사(이하 “A”라 한다) 등의 자산관리위탁회사(OOO) 역할을 수행하고 있다.이와 관련하여, 서울특별시장은 2006년 10월 서울특별시 OOO 일대를 OOO지구로 지정하였고, 2014.3.27. OOO지구 OOO계획 결정 변경으로 인하여 OOO지구 OOO구역은 OOO개의 구역으로, 같은 지구 OOO구역은 OOO개의 구역으로 각 분할되었으며, 각 구역 재개발사업의 사업시행자는 청구법인의 특수관계법인들인 A(OOO구역), A2 주식회사(OOO구역, 이하 “A2”라 한다), A3 주식회사(OOO구역, 이하 “A3”라 한다) 및 B 주식회사(OOO구역, 이하 “B”라 하고, 위 사업시행자들과 합하여 “쟁점시행사들”이라 한다)가 되었다.나. 서울지방국세청장은 청구법인에 대한 2018~2020사업연도 법인통합조사를 실시한 결과,청구법인이 2013년부터 2017년까지 위 재개발사업의 부동산용역 도급업체이자 특수관계법인들인 C 주식회사(2014.12.17. 설립, 이하 “C”라 한다) 및 D 주식회사(2000.9.18. 설립, 이하 “D”라 하고, E와 합하여 “쟁점도급업체들”이라 한다)를 대신하여 쟁점시행사들에게 OOO㎡(OOO평)의 토지매입용역을 제공한 후 쟁점도급업체들로부터 그 대가를 지급받지 아니하였고(토지매입용역의 제공은 2018~2020사업연도 중 완료된 것으로 보았다), 토지수용용역의 경우 2018~2019사업연도 중 A3를 제외한 쟁점시행사들에게 계약 없이 무상으로 그 용역을 제공한 것으로 보아,부당행위계산 부인 규정에 따라 토지매입용역의 시가로 약 3.3㎡(이하 “평”이라 한다)당 OOO원(쟁점도급업체들이 쟁점시행사들로부터 용역의 대가로 받은 평당 OOO원에서 쟁점도급업체들이 하도급업체들에게 하도급용역 수행대가로 지급한 평당 OOO원을 차감한 금액)을, 토지수용용역의 시가로 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “토지보상법”이라 한다) 시행령 제43조 제4항 및 별표 1의 ‘요율에 따른 금액’을 각각 적용하여 과세자료(기타 적출사항 포함)를 통보하였고,이에 따라 처분청은 2024.3.8. 청구법인에게 법인세 합계 OOO원(2018사업연도분 OOO원, 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원)을 각 경정·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.22 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 토지매입용역과 관련된 청구법인의 주장은 다음과 같다.(가) 청구법인은 쟁점도급업체들에게 토지매입용역을 제공한 것이 아니라 쟁점시행사들에게 정비사업지원계약상 업무지원용역을 제공한 것이고, 그 대가를 수령하였다.OOO지구 3구역 재개발사업은 2007년 4월 사업시행자였던 F 주식회사(구, G 주식회사로, 이하 “F”라 한다)의 주도하에 시작되었고, F는 과거 G그룹의 모기업 역할을 수행하였으나, 이후 연대보증채무 등으로 사업수행능력이 상실되었는바, 이에 F 소속이었던 임직원들은 2016년 3월 청구법인으로 소속을 변경하였다.이에 따라 청구법인은 2016년 3월부터 비로소 인적 조직을 갖추고, OOO지구 재개발사업 전반에 대한 업무지원용역을 제공하였다[임직원급여 제공 법인 : (2007년~2016년 2월) F, (2016년 3월~2020년) 청구법인].

이유 2청구법인은 위 용역대가의 정산을 위하여 쟁점시행사들과 각 정비사업지원계약을 체결하고, 각각의 용역대가를 수령하였다.처분청은 청구법인이 쟁점도급업체들에게 토지매입용역을 무상으로 제공하였다는 의견이나, 청구법인은 유상으로 쟁점시행사들에게 토지매입용역과 구분되는 별개의 재개발사업지원용역을 제공하였을 뿐이다. 청구법인과 쟁점시행사들은 OOO지구 재개발사업의 수익실현 가능성이 구체화될 때를 기다렸다가, 용역제공 중에 계약서를 작성하였으나, 그 실질은 과거부터 제공된 청구법인의 업무지원용역의 대가를 정산하기 위한 것이었다.정비사업지원용역 계약서에 따르면, 쟁점시행사들은 청구법인이 2016년 4월부터 이 건 정비사업 추진을 위해 용역수행을 하였음을 인정하고 있는바(제11조 제3항), 해당 용역계약은 청구법인이 과거부터 수행해 온 업무지원용역을 정산하고 그 대가를 지급하는 데 목적이 있었음이 분명하다. 또한, 청구법인이 업무지원용역을 제공하고 대가를 지급받은 이상, 청구법인이 쟁점도급업체들에게 토지매입용역을 제공한 사실이 없는바, 무상용역제공에 따른 부당행위계산 부인 규정의 적용과 관련된 처분청의 의견은 이유 없다.(나) 매매계약이 체결된 OOO평 중 OOO평은 2018년 전에 매매계약이 체결되었으므로 과세대상에서 제외되어야 한다.1) 처분청은 2017년 12월 이전에 청구법인이 수행하지 않은 용역 대상 토지면적까지 모두 과세대상에 포함하였는바, 설령 처분청 의견처럼 청구법인이 무상으로 쟁점도급업체들에게 토지매입용역을 제공하였다고 하더라도 2018년 전에 매매계약이 체결된 면적은 과세대상에서 제외되어야 한다.청구법인은 2013.8.1. 설립되어 2016년 3월이 되어서야 인적 조직을 갖춘바, 설립 및 인적 조직의 구성조차 되지 않았던 청구법인이 토지매입용역 일체를 제공하였다는 의견은 성립할 수 없다. 처분청이 과세기간의 기산점으로 삼은 2018년을 기준으로 토지매매계약이 체결된 면적을 구분하면 청구법인이 토지매입용역 일체를 제공하지 않았음이 더욱 분명하다.＜표1＞ 2018년 기준 토지매입용역 수행내역○○○처분청은 OOO지구 3구역 및 OOO구역 중 계약이 체결된 전체 면적(OOO)에 대하여 청구법인이 무상으로 용역을 제공한 것으로 보아 과세하였으나, 과세기준이 된 2018년 전에 계약체결이 완료된 면적(OOO)은 청구법인이 OOO지구 재개발사업에 참여하기 전에 이미 매매계약 체결이 완료된 것으로서, 시기상 청구법인이 용역을 제공할 수 없었던 면적이므로 과세대상에서 제외되어야 한다.이 건의 경우, OOO지구 재개발사업이 2007년 4월 시작되면서 토지매입용역 회사는 OOO여명의 토지소유자들을 방문하여 사업전반에 대하여 설명하였고, 1건의 토지매매계약을 체결하기 위하여 토지소유자를 수십차례 방문해 설득하는 과정을 거쳤으며, 그 중 재개발사업에 동의하는 토지소유자들과 매매대금 및 조건, 세입자 이주대책, 이주비용부담 명도절차 등을 협상하여 매매계약을 체결하였다.더 나아가, F가 2009년 12월 H 주식회사(이하 “H”라 한다)와 체결한 포괄영업양수도 계약의 계약서 별첨자료에 따르면 토지매입용역 중 토지조서 분석은 F 및 하도급업체의 주도하에 2008년 8월경 이루어졌고, 동의서 징구 및 주민설명회도 2009년경에 이루어졌음을 확인할 수 있다.

이유 3반면, 청구법인은 2016년 3월에서야 인적 조직을 갖추고 OOO지구 재개발사업에 참여한바, 청구법인이 설립되기 전부터 수행된 토지매입용역을 청구법인이 수행하였다는 처분청의 의견은 논리적으로 타당성이 없다.＜표2＞ 토지매입용역 수행내역○○○2) 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다)상 사업시행계획인가를 받기 위해서는 토지소유자의 4분의 3 이상의 동의를 얻어야 하는바, 사업시행계획인가일(2015년~2017년) 이전까지 토지매입용역 핵심부분의 이행이 완료되었음이 분명하므로, 2018년 이전에 매매계약체결이 완료된 OOO평은 과세대상에서 제외되는 것이 합리적이다.처분청은 2018년~2020년 전체 OOO평에 대한 토지매입용역이 완료되었으므로, 종료시점을 귀속시기로 보아 부당행위계산 부인액을 익금산입해야 한다는 의견이나, 이는 도시환경정비사업의 단계별 진행과정 및 토지매입용역의 본질에 대한 이해의 부족에서 비롯된 의견에 불과하다.도시정비법에 따르면, 사업시행계획인가를 받았다는 것의 동의어는 토지매입용역 중 핵심부분(토지소유자 설득 및 동의서 징구)까지 이행이 완료된 것을 의미하고, 사업시행계획인가 신청 당시 청구법인은 인적 조직을 갖추지 못했기 때문에 토지매입용역을 수행할 수 있는 지위에 있지 않았다.구 도시정비법(2016.1.27. 법률 제13912호로 개정되기 전의 것) 제28조 제7항은 도시환경정비사업 시행계획인가 신청의 요건으로, 신청 이전에 사업시행자가 사업시행계획서에 대한 토지소유자 등의 4분의 3 이상의 동의를 얻을 것을 규정하고 있다.따라서 사업시행계획인가를 받았다는 것의 의미는 해당 인가일 이전에 토지매입용역 중 사업부지 내 지주현황 조사, 권리관계 분석, 실거래가 조사, 토지소유자 접촉 및 신뢰관계 구축, 토지소유자 동의서 징구 등의 업무가 모두 완료되었다는 것을 의미한다. 처분청이 인정하고 있는 바와 같이 OOO지구의 정비사업시행계획인가는 2015년 내지 2017년에 이루어진바, 이를 달리 이해하면 사업시행인가일 이전에 이미 각 재개발 구역에 관한 토지매입용역은 동의서 징구단계까지 용역제공이 완료된 것이 명백한 것이다.쟁점시행사들이 2015년 내지 2017년 당시 제출한 사업시행계획인가신청서에 따르면, 쟁점시행사들은 사업시행계획인가 신청 시 각 사업구역별 토지소유자의 동의내역을 기재하고 별도로 동의자 명부를 함께 제출했던바, 사업시행계획인가 신청 시점(2015년 내지 2017년)까지 토지매입용역은 사업구역별 지주현황과 권리관계를 조사업무, 토지소유자 설득 및 사업시행을 위한 동의서를 징구하는 업무까지 수행 완료되었음을 확인할 수 있다.3) 토지매입용역의 핵심은 토지소유자들을 설득하여 사업시행 동의를 구하고, 매매조건을 조율하여 매매계약까지 체결하는 과정에 있는 것이므로, 2018년 전까지 매매계약이 체결된 OOO평은 과세대상에서 제외되어야 한다.OOO지구 3구역 및 OOO구역 총 OOO평 중 OOO평은 이미 2018년 이전에 이미 매매계약 체결이 완료된 것이다.

이유 4처분청은 매매대금의 지급시기를 수차례 연장하며 토지매매계약이 2018~2020년에 완료되었고, 쟁점도급업체들이 2018년부터 부동산 용역 매출 명목으로 세금계산서를 발급하고 대금을 수령하였다는 이유만으로 청구법인의 용역매출 시기도 쟁점도급업체들의 용역매출 시기와 일치한다고 주장하나, 이는 토지매입용역의 본질 및 쟁점도급업체들이 수행한 용역의 범위와 청구법인이 수행한 용역의 범위 차이에 반하는 의견이다.쟁점도급업체들이 쟁점시행사들에게 제공하여야 하는 용역은 토지매입용역으로서 토지조서분석에서부터 세입자 명도까지인 반면, 청구법인이 수행한 용역은 이러한 용역들 중 상황에 따라 필요한 용역을 일부 제공한 것에 불과하다. 쟁점도급업체들의 경우 쟁점시행사들과의 계약에 따라 세입자 명도까지 모두 종료되어야 용역제공이 완료되는 반면, 청구법인은 쟁점도급업체들과의 계약 없이 상황에 따라 필요한 용역을 일부 제공한바, 청구법인의 용역 범위와 매출 시기를 쟁점도급업체들의 그것과 일치시킬 수는 없다.청구법인은 쟁점도급업체들과 계약 없이 상황에 따라 일시 우발적으로 일부 용역을 제공하였는바, 청구법인이 쟁점도급업체들에게 제공한 용역의 손익귀속시기는 「법인세법」 제40조 및 같은 법 시행령 제69조에 따라 일시 우발적으로 제공한 용역별로 구분하여 진행기준 또는 인도기준을 적용하여야 한다. 청구법인의 용역 매출시기와 쟁점도급업체들의 용역 매출시기가 일치한다는 처분청의 의견은 쟁점도급업체들이 계약에 따라 쟁점시행사들에 제공하여야 할 용역의 범위와 청구법인이 일시 우발적으로 쟁점도급업체들에 제공한 용역의 범위가 일치한다는 전제가 성립되어야 가능한 의견으로서, 토지매입용역의 시간적 업무흐름과 청구법인이 인적 조직을 갖춘 시점(2016년 4월)에 비추어 볼 때 성립할 수 없는 의견이다.토지매입용역의 핵심은 장기간 토지소유자들을 설득하고 협상하여 매매계약을 체결하는 그 과정에 있는 것이다. 토지매입용역은 단기간에 완료되는 업무가 아니라, 주민설명회를 개최하여 사업을 홍보하고, 토지소유자들과 신뢰관계를 구축하여 매도를 권유하고 설득한 후, 각 토지소유자와 매매조건을 조율하여 매매계약 체결을 중개하여, 사업시행자가 토지를 인도받을 수 있도록 돕는 장기 용역에 해당한다. 이때, 토지매입용역 중 가장 시간과 비용이 많이 투입되는 단계는 매매계약 체결 전까지 전국 각지의 수백명의 토지소유자들을 설득하여 사업 시행 동의를 구하고 매매조건 조율 후 매매계약이 체결되는 과정이며, 이미 토지소유자를 설득하여 매매계약을 체결한 이상, 이후의 과정은 계약 조건에 따라 진행되는 후속 절차에 불과한 것이다.처분청은 토지매입용역 중 단순한 사실행위에 불과한 잔금 지급 행위와 쟁점도급업체들의 용역 매출 발생시점이 단지 2018년 내지 2020년이라는 점을 근거로, 토지매입용역의 핵심업무 진행 당시(2015년 내지 2017년 사업시행인가계획 신청 및 토지매매계약 체결 시) 설립조차 되지 않았거나 인적 조직을 갖추지 못했던 청구법인이 해당 용역을 모두 수행한 것이라고 판단하는 오류를 범하였다. 처분청도 답변서에서 인정하였듯이, 2018년~2020년에 완료된 토지매매계약의 대부분은 매매대금의 지급시기가 수차례 연장되었던 것이다.

이유 5이는 달리 말하면 2017년 이전에 토지매매계약이 이미 체결되었다는 의미이다.이에 청구법인은 최소한 사업시행계획인가 신청 시점에 사업시행에 동의한 토지소유자의 토지면적 또는 2018년 전까지 용역의 핵심업무인 토지매매계약체결이 완료된 OOO평에 대하여 청구법인은 토지매입용역을 제공한 사실이 없으므로, 쟁점도급업체들의 용역범위와 매출시점을 그대로 청구법인의 부당행위계산 부인 귀속시기로 판단할 수 없음을 주장하는 바이다.4) 처분청은 쟁점도급업체들과 청구법인의 용역 매출시기 및 그 대가를 동일하게 보아 과세하였으나, 쟁점도급업체들과 동일한 위치와 자격에 있지 않는 청구법인을 고려할 때, 이는 상식적으로 보아도 부당하다.예를 들면, 어떤 상품에 대하여 발주처로부터 주문을 받아 임가공업체가 유상사급으로 임가공 용역을 제공하는 거래가 있다고 하면, 여기서 발주처는 쟁점시행사들, 임가공업체는 쟁점도급업체들, 유상사급 비용은 하도급업체 용역비에 비유할 수 있을 것이다.이러한 상황에서 청구법인과 같은 제3의 업체가, 임가공업체가 제공하여야 하는 임가공용역 전체를 제공하는 것이 아니라 일부를 임가공업체에게 수행해 주었다면, 제3의 업체가 제공한 일부 임가공용역의 공급시기와 그 대가는 그 업체가 수행한 일부 임가공용역의 제공시기와 난이도 등에 따라 결정되는 것이지, 임가공업체가 발주처에 제공하는 임가공용역 전체의 공급시기 및 대가와 일치할 수 없는 것이다.그러나, 처분청은 제3의 업체가 임가공업체에게 제공한 일부 임가공용역에 대하여, 용역대가는 임가공업체가 발주처로부터 받기로 한 임가공용역 대가 총액(이 건에서 평당 OOO원)에서 유상사급비용(이 건에서 평당 OOO원)을 차감한 금액(이 건에서 평당 OOO원)으로 하고, 용역의 공급시기도 제3의 업체가 제공한 일부 임가공용역의 제공시점을 구별하여 판단하지 않고 임가공업체의 전체 임가공용역 완료시기와 동일하다고 보아 과세처분을 한 것으로, 이는 「법인세법」상 손익의 귀속시기와 시가 규정에 부합하지 않는 처분에 해당한다.5) 청구법인은 나머지 OOO평에 대하여 토지매입용역과 구분되는 별개의 정비사업지원용역을 제공하고 용역대가를 수취하였다.처분청은 청구법인이 토지매입용역 및 토지수용용역의 대가 정산을 위하여 재개발사업지원계약을 체결하고 각 용역대가를 수취한 것이 아니라는 의견이나, 이는 청구법인의 주장을 오해한 것이다.청구법인은 청구이유서 어디에도 청구법인이 쟁점시행사들로부터 정산받은 용역 대가가 토지매입용역의 대가라고 주장한 사실이 없다. 청구법인은 일관되게 토지매입용역을 제공한 사실이 없고, 토지매입용역과는 구분되는 별개의 ‘재개발사업지원용역’을 제공하였을 뿐, 쟁점시행사들로부터 지급받은 용역대가도 ‘재개발사업지원용역’의 대가라고 주장하는 것이다.청구법인은 2016년 3월 인적 조직을 갖추고 OOO지구 재개발사업 업무에 착수하면서 재개발사업 전반을 지원하는 ‘재개발사업지원용역’을 제공해 왔던바, 이를 정산하기 위해 쟁점시행사들과 체결한 것이 재개발사업지원용역 계약이었다. 재개발사업지원용역 계약서 기재 내용에 따르면, 청구법인은 2016년 4월부터 쟁점시행사들에게 정비사업지원용역으로서 정비사업컨설팅업무, 세입자 이주·명도업무, 도시정비형 재개발사업 관리 및 설계·인허가 관리업무를 제공하여 왔다.즉, 청구법인은 2016년 4월부터 각 구역 중 매매계약이 체결되지 못한 나머지 OOO평에 대하여 재개발사업지원용역을 수행해 왔고, 위 용역수행에 대한 대가를 쟁점시행사들로부터 수취하였다.

이유 6처분청도 업무지원용역은 토지매입용역과 성격을 달리하는 별도의 용역임을 인정하는바, 청구법인은 그 별도의 ‘재개발사업지원용역’을 제공했음을 주장하는 것으로, 이와 달리 청구법인의 주장을 오해한 처분청의 의견은 모두 이유 없다.(다) 토지매입용역과 관련하여 처분청의 시가 적용에는 오류가 존재한다.1) 처분청은 도급대가인 평당 OOO원에서 하도급대가인 평당 OOO원을 차감하여 토지매입용역의 시가를 산정하였으나, 이는 청구법인이 수행한 용역의 범위와 달리 산정된 것이므로 합리적으로 산정된 시가로 볼 수 없다.도급대가인 평당 OOO원은 재개발사업에 필요한 토지매입과정 전체 용역에 대한 대가로, 청구법인이 수행하지 아니한 용역의 대가가 포함되어 있다. 도급용역의 범위는 토지조서 분석, 동의서 징구, 주민설명회, 인허가 진행상황 자료 배포, 매매계약 체결, 세입자 명도 등 사업 초기단계에서 수행되어야 하는 업무가 상당 부분 포함되어 있다.청구법인은 2013.8.1. 설립되어 2016년 3월이 되어서야 인적 조직을 갖춘바, 시간의 흐름상 설립조차 되지 않았던 청구법인이 토지매입용역 일체를 제공하였다는 의견은 성립할 수 없는바, 설령 청구법인이 쟁점도급업체들에게 용역을 제공하였다고 하더라도 그 용역의 대가는 토지매입용역 일체의 도급대가인 평당 OOO원과 동일할 수 없다.＜표3＞ 도급용역, 하도급용역 및 청구법인 수행용역 비교○○○즉, 설령 처분청 의견대로 청구법인이 쟁점시행사들이 아닌 쟁점도급업체들에 용역을 제공한 것으로 본다고 하더라도 그 용역의 대가는 단순히 도급대가 평당 OOO원에서 하도급대가 평당 OOO원을 차감한 가액이 아니라, 청구법인이 수행한 용역의 시가를 별도로 산정하는 것이 합리적이고, 청구법인이 수행한 용역은 하도급용역보다 난이도나 시간투입이 적은 것이 명백하므로 그 대가는 하도급대가인 평당 OOO원을 초과할 수 없다.2) 처분청이 산정한 시가는 아무런 근거가 없는 것으로, 토지매입용역의 시가 산정 시 최소한 쟁점시행사들 및 쟁점도급업체들이 실제 지출한 비용은 모두 고려되어야 한다.처분청은 토지매입용역의 시가를 평당 OOO원으로 산정하여 과세하였으나, 이는 쟁점도급업체들이 실제로 쟁점시행사들로부터 받은 용역대금과 쟁점도급업체들이 하도급업체들에게 지급한 또는 지급할 예정인 용역대금의 차액을 초과한 것이다.