쟁점①·②매입세액을 공통매입세액으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

요지쟁점①매입세액은 메타버스·블록체인 등 디지털기술을 통해 청구법인이 교육 디지털 플랫폼으로 기능하도록 하고, 이는 청구법인이 제공하는 교육 프로그램의 경쟁력을 강화하여 과·면세 사업 모두에 공통적으로 기여할 것으로 보이는 점, 해당 기술이 어느 사업에 어느 비율로 사용될지 불분명하여 실지귀속을 구분할 수 없으므로 공통매입세액으로 보아 안분함이 타당

주문OOO세무서장이 2025.6.25. 청구법인에게 한 2024년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 공통매입세액 안분 계산시 C 서비스 패키지 개발은 과세사업으로 보아 관련 매입세액 OOO원을 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2020.7.1. 설립되어 OOO를 본점소재지로 하여 교육컨텐츠 및 교구판매업(과세), 출판업(면세) 등을 영위하는 법인(겸업사업자)으로, 2024년 제2기 과세기간 중 정보통신산업진흥원(NIPA) 등으로부터 국고보조금 OOO원을 지급받아 수행한 연구개발과제(이하 “쟁점연구과제”라 한다)와 관련한 매입세액 OOO원(이하 “쟁점①매입세액”이라 한다) 및 C 서비스 패키지 개발과 관련한 매입세액 5,202,000원(이하 “쟁점②매입세액”이라 한다)을 공제하여 2024년 제2기 부가가치세 환급세액 22,902,980원을 신고하였다.나. 처분청은 2024년 제2기 부가가치세 신고 내역을 검토한 결과, 쟁점①·②매입세액을 공통매입세액으로 보아 공통매입세액 안분 계산시 과세표준에 누락된 면세사업 수입금액 OOO원, 국고보조금 OOO원을 포함하여 과세표준을 재계산하여 2025.6.25. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.15. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 한국인터넷진흥원(KISA), 한국산업기술평가관리원(KEIT), 정보통신산업진흥원(NIPA)으로부터 국고보조금OOO을 수령하였고, 쟁점①매입세액은 위 국고보조금을 재원으로 지출하였다. 사업자가 과세사업을 위해 지출한 매입세액은 국고보조금 또는 면세사업에서 발생한 수입금액 등의 재원의 형태와 무관하게 오로지 매입한 재화나 공급하는 용역이 과세사업에 사용되었는지 여부에 따라 매출세액에서의 공제 여부가 결정되는바(조심 2012중609, 2012.5.31.), 「부가가치세법」 제38조 제1항 제1호에 따라 현재 매출이 발생하는 사업뿐만 아니라 향후 매출이 발생 예정인 사업을 포함하기 때문에 청구법인은 과세사업을 위해 쟁점①매입세액을 지출하였다.(가) 청구법인은 쟁점연구과제를 성공적으로 마치게 되면 다음과 같은 형태로 매출을 발생시킬 계획이며, 이러한 상업화 전략 등을 작성한 사업계획서를 작성하였다. 연구과제 보조금을 지원받기 위해서는 사업계획서, 신청자격에 대한 적정성 확인서, 관련 업무 이력 확인서, 참여 인력 리스트, 본 사업에 대한 원가검토보고서 등을 제출하는데, 담당 정부부처에서 이를 검토하여 해당 사업의 적절성, 실현 가능성, 지속가능성 등을 기준으로 엄격한 평가 절차를 거쳐 청구법인에게 국고보조금이 지급되었다.

이유 2따라서 사업계획서에는 연구에 대한 구체적인 절차와 인력 운용방안, 예상투입비용, 각 연구개발기관과의 협업 및 사업화 전략이 현실적이고 구체적으로 작성되었다.1) 한국인터넷진흥원(KISA) 과제의 경우, 기존의 학원 관리 프로그램인 M스위치와 연동된 ‘K-에듀케이션 플랫폼’ 개발이 완료되면 청구법인의 기존 시장인 팩토수학교실 등 1,000개원을 비롯하여 전국 7천개 학원 및 400개 공부방, M스위치 이용고객 등을 대상으로 블록체인 기반 디지털 오픈배지(Open Badge)서비스를 제공하고 월정액의 구독료를 수취하는 형태로 매출을 발생시킬 계획이다.2) 한국산업기술평가관리원(KEIT) 과제의 경우, 학교/학원 및 기관 등을 대상으로 ‘오픈배지 발급 서비스’(Open badge, 블록체인 기반의 개인의 교육 수료, 지식, 자격 등을 증명하는 디지털 증명서)를 제공하고 발급 1건당 수수료를 수취하거나, 지속적인 오픈배지 발행, 관리의 수요가 있는 학교, 기관 등에는 통합 패키지 솔루션을 제공하거나 솔루션을 구축해주고 그에 대한 대가를 수수하는 형태로 매출을 발생시킬 계획이다.3) 정보통신산업진흥원(NIPA) 과제의 경우, 중·고등학교, 대학교 및 대학원에 메타버스 기반으로 학습자료, 학습분석도구, 오픈배지 발급 등을 이용할 수 있는 교육 서비스 패키지를 제공하고 월 구독료를 수취하는 형태로 매출을 발생시킬 계획이다.(나) 위 사업계획서와 같이 쟁점연구과제가 성공했을 경우 발생할 청구법인의 매출은 「부가가치세법」 제26조 제1항에서 열거된 재화 또는 용역을 공급하는 경우에 해당하지 않아 면세사업이 아니다. 청구법인은 학생, 수강생에게 강의용역을 제공하는 것이 아니라 학교, 학원 등을 대상으로 교육관련 플랫폼에 대한 월 구독료 매출, 발급 수수료 매출, 솔루션 패키지 판매 또는 구축 매출이 발생하는 것이므로 부가가치세가 면제되는 교육용역을 제공한다고 볼 수 없다.교육관련 사업을 영위하는 청구법인은 「부가가치세법」 제25조 제1항 제6호의 교육용역의 공급 또는 제8호의 도서 등의 공급에 따른 매출만 면세사업에 해당한다. 면세사업인 교육용역(제6호)에 해당하려면 「부가가치세법 시행령」제36조 제1항 제1호에 따라 정부의 허가 또는 인가를 받은 학원·강습소 등에서 학생, 수강생을 대상으로 직접 강의용역을 제공하거나 원격교육 플랫폼 운영에 필요한 제반 시스템을 구축 및 유지하면서 파트너 강사와 계약을 통해 해당 플랫폼에서 파트너 강사가 기획·제작한 교육내용을 학원사업자의 책임과 계산에 따라 교육용역을 제공하는 경우이어야 한다[사전-2023-법규부가-0010(법규과-2186), 2023.8.25. 참고].결론적으로, 청구법인이 쟁점연구과제를 통해 향후 발생할 매출은 플랫폼 월 구독료 매출, 발급 수수료 매출, 솔루션 패키지 판매 또는 구축 매출의 형태로서 「부가가치세법」상 면세사업인 교육용역이나 도서 공급 등에 해당하지 아니하므로 과세사업에 해당하며, 기존의 청구법인의 주요 면세사업의 매출과 관련이 없는 신사업에 해당한다. 따라서 청구법인이 쟁점연구과제를 수행하면서 지출한 쟁점①매입세액은 과세사업과 관련된 것이므로 전액 공제되어야 한다.(2) 쟁점②매입세액은 태권도장 및 늘봄학교를 주된 대상으로 한 스마트 태권도 서비스 플랫폼 ‘C’에 관한 것으로 과세사업에 귀속되는 항목이므로 공제대상인 매입세액에 해당된다.‘C 사업계획안에 따르면, ‘C’ 서비스는 PC 본체 및 스크린 등 하드웨어, 태권도 관련 콘텐츠(터치센서를 활용한 게임, 모션캡처를 기반으로 한 품새 콘텐츠 등)와 서비스 웹 관리를 이용할 수 있는 플랫폼 구독 서비스를 태권도 학원 등을 대상으로 제공하는 구조이다.

이유 3즉, 정부의 허가 또는 인가를 받은 학원·강습소 등에서 학생, 수강생을 대상으로 직접 강의용역을 제공하거나 원격교육 플랫폼 운영에 필요한 제반 시스템을 구축 및 유지하면서 파트너 강사와 계약을 통해 해당 플랫폼에서 파트너 강사가 기획·제작한 교육내용을 학원사업자의 책임과 계산에 따라 교육용역을 제공하는 형태에 해당하지 않는다.따라서 청구법인의 C 사업은 면세대상 교육용역이 아닌 과세사업에 해당하므로 관련 매입세액은 전액 공제되어야 한다.(3) 처분청은 청구법인이 공부방 및 학원 가맹사업자를 모집하고 해당 사업자들을 통해 교재(면세사업)와 교구(과세사업) 등을 판매한다는 의견이나, 청구법인은 가맹사업자를 모집하는 업을 영위하지 않는다. 청구법인의 모회사인 주식회사 A은 학원가맹 사업을 영위하나 청구법인은 교재 또는 교구 및 교육컨텐츠(프로그램)를 사용하는 교육기관에 판매하는 사업을 영위하고, 모회사의 가맹 학원에 공급하거나 학원 가맹업을 영위하지 않는다.청구법인의 브랜드 중 하나인 ‘OOO’는 온·오프라인 융합형 수학교육으로 교구, 워크북, 수학동화 등의 학습 컨텐츠를 제공한다. 「부가가치세법」에 따라 교재 및 그에 부수되는 재화를 공급하는 경우에는 면세매출로, 교구 단독으로 공급하는 경우에는 과세매출로 분류되며, 주식회사 A의 가맹학원이 아닌 공부방 또는 어린이집 등에 공급되고 있다.(4) 청구법인의 매출은 아래 ＜표1＞과 같이 공급하는 재화에 따라 교재는 면세사업으로, 교구는 과세사업으로 명확하게 구분되며, 쟁점연구과제의 결과물과 ‘C’ 프로그램 패키지는 과세사업 및 면세사업의 공통으로 사용될 수 없다.)))나. 처분청 의견(1) 청구법인은 2020년 개업 이후 매년 아래 ＜표2＞와 같이 정부수탁 연구개발과제를 수행한 것으로 나타나고, 2020년부터 현재까지 수행한 과제들과 관련된 과세 매출(기술료 수입 등)이 발생하지 않았다. 쟁점연구과제에 관한 매출이 발생하지 않는 현재 시점에서 쟁점①·②매입세액이 과세사업에 실지 귀속하였는지 여부는 청구법인의 전반적인 사업의 실질에 근거해서 판단하여야 한다.＜표2＞ 청구법인이 수행한 연구개발과제)))(가) 「부가가치세법」제40조에 따르면 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다고 규정하고 있다.(나) 사업자가 과세사업을 위해 지출한 매입세액은 국고보조금 등 재원의 형태와 무관하게 매입한 재화나 공급받은 용역이 과세사업에 사용되는지 여부에 따라 매출세액에서의 공제여부가 결정되나, 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 청구법인이 국고보조금을 지급 받아 연구과제를 수행하는 경우, 연구개발용역의 결과물은 완성되어 매출이 발생하는 시기에 구체적으로 과·면세 여부를 판단할 수 있을 것이므로 청구법인이 제출한 사업계획서를 통해 과세사업에 사용될 것이라는 예상만으로 매입세액 전액을 공제할 수는 없다.(다) 선결정례는 기술료 수익(과세사업)이 발생한 세부 연구과제와 직접 관련되어 귀속이 분명한 매입세액은 과세사업에 실지귀속된 세액이라 판단하였다(조심 2016서3282, 2017.7.7).

이유 4과세매출 발생 여부를 과세사업 실지귀속의 중요한 기준으로 보는 것으로, 과세 매출이 발생하고 있지 않은 시점에 매입세액의 장래 실지귀속 판단은 사업계획서 뿐만 아니라 사업의 운영 구조 및 기존 연구개발 용역의 활용실태 등 전반적인 사업 실질을 고려하여야 한다.(2) 쟁점연구과제의 결과물은 청구법인의 무형자산으로 향후 과세사업 및 면세사업에 공통적으로 사용될 수 있다.(가) 청구법인은 면세사업인 출판물 및 교육콘텐츠(전자출판물) 제조·판매업과 과세사업인 교구 및 학습서비스 공급업을 겸영하는 사업자로, 청구법인의 사업은 공부방 및 학원 사업자에게 교재(면세상품)나 교구(과세상품) 등을 판매하는바, 그 과정에서 공부방 및 학원 사업자로부터 가맹비를 받는 것은 아니지만 본사에서 공식 지정한 학원·공부방을 개설하는 계약을 체결한다. 해당 계약을 체결하면 청구법인의 브랜드OOO의 상표를 사용하고, 전용 워크북 및 실험교구를 통해 학생을 지도하는 교육과정을 제공하는 등 실질적으로 가맹업을 영위한다. 청구법인의 지정을 받은 공부방, 학원(가맹)사업자가 확대되면 그에 따른 청구법인의 과세 및 면세 매출이 증가하는 것이다. 따라서 다른 교육콘텐츠 기업과 구별되는 새로운 콘텐츠의 개발, 또는 공부방·학원 사업자들이 원활하게 교육사업을 수행하는 것을 도와주는 기술서비스 개발 등은 청구법인의 과세 및 면세사업을 유지하는 데 필수요소이다.(나) 실제로 청구법인은 정부수탁과제 혹은 자체 연구개발용역 등으로 습득한 기술이나 결과물을 통해 과세매출이 발생하지 않았으나 청구법인의 무형자산으로 활용한 여러 사례가 있다.‘OOO’ 수학 프로그램은 청구법인의 대표상품으로, OOO 공부방, 학원 사업자가 늘어나면 교구(과세), 교재(면세) 판매의 수입을 공히 증가시킨다. 청구법인의 모회사인 주식회사 A은 과학기술정보통신부-정보통신산업진흥원(NIPA) 지원으로 수행한 정부수탁과제사업인 ‘2016년 디지털콘텐츠 동반성장 지원사업’의 결과물을 이용하여 기존 오프라인 중심 교구에서 온-오프라인 융합형 수학 상품으로 업그레이드하였다OOO.또한 2022년에 출시한 ‘OOO’라는 심리검사 앱은 평균 OOO원 이상의 비용이 소요되는 아동 심리검사를 무료로 제공하는 앱으로 청구법인의 연구개발 결과물을 교육기업의 사회적 환원이라는 공익적 목적으로 제공한 사례이다OOO.(다) 청구법인이 2022년 KEIT(한국산업기술평가관리원)과 협약을 맺고 소프트제국(주관연구기관)과 함께 공동개발한 연구결과물인 ‘OOO’는 2023년 7월에 무상으로 공급되고 있는 것이 확인되나 관련 매출은 발생하지 않았다. 위 사례들에 비추어 볼 때, 청구법인이 쟁점연구과제를 수행하면서 취득하게 된 교육 콘텐츠, 학습분석 서비스, 오픈배지, 학습이력, 큐레이션, 게이미피케이션 서비스 등의 기술은 청구법인의 무형자산으로 존재하여 향후 과세사업은 물론 면세사업의 매출 증대에 기여할 것이라고 예상된다.(3) 정부수탁과제 사업수행기관은 협약 종료 시점에 사업수행 결과보고서를 제출하게 되어 있다.

이유 5청구법인이 과거에 수행했던 정부 과제들이 완료된 이후에도 장기간 매출이 발생하지 않은 사례를 볼 때, 미래 상업화 전략 및 계획 등을 작성하여 국고보조금 지원기관에 제출하는 사업계획서는 구체적, 실질적 사업성에 대한 판단이 결여된 채 보조금 수령을 위한 형식적 절차에 불과한 것이라 판단된다.(4) 청구법인은 쟁점연구과제의 결과물 및 ‘C’ 프로그램에서 발생하는 매출이 현재 청구법인의 주요 면세매출과 관련없는 신사업에 해당하고 매출 형태가 「부가가치세법」에 열거된 면세매출에 해당하지 않기 때문에 쟁점①·②매입세액이 전액 공제대상이라고 주장한다.「부가가치세법」은 사업자가 과세사업을 위하여 사용하거나 사용할 목적으로 매입한 재화나 용역에 대한 매입세액만 공제하도록 규정하고 있다. 이는 매입의 최종 결과물이 과세로 판매되는 제품인지 여부와 별개로, 매입한 재화나 용역의 본래 목적과 성격이 과세사업에만 귀속되는지를 판단해야 한다는 것이다. 쟁점①·②매입세액의 내역은 각종 연구개발 용역, 홍보 용역OOO, 정보 인프라 용역(클라우드 컴퓨터 서비스) 등으로 청구법인의 면세 매출 증대에 간접적으로 기여할 수 있거나 청구법인의 이미지 제고 및 기술력 확보 등 과·면세 사업의 공통의 목적으로 사용될 가능성이 높다.(5) 「부가가치세법」은 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 안분계산 대상으로 규정하고 있으므로 청구법인이 쟁점①·②매입세액의 전액 공제를 주장하기 위해서는 면세매출이 발생하지 않음이 아니라 그 실지귀속이 명백하게 자기의 과세사업에만 귀속됨을 입증하여야 한다.쟁점①·②매입세액은 정부수탁 연구수행과정에서 발생한 점, 청구법인이 분할신설된 2020년 이후 여러차례 수행한 연구결과물이 구체적인 매출로 연결된 사례가 없는 점, 완성된 연구결과물과 연구 과정에서 매입한 용역이 청구법인의 무형자산으로 향후 과세사업 및 면세사업에 공통적으로 사용될 수 있는 점, 청구법인이 제출한 사업계획서는 국고보조금 수령을 위한 형식적 절차로 판단되는 점 등을 고려하면, 명백하게 과세사업에만 실지귀속된다고 보기 어렵다. 따라서, 쟁점①·②매입세액은 실지 귀속이 명확히 구분되지 않는 공통매입세액에 해당하며, 이를 안분하여 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점①·②매입세액을 공통매입세액으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다.

이유 6사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인의 2024년 제2기 부가가치세 신고 내역과 처분청의 경정 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 부가가치세 신고 및 경정 내역)))(나) 청구법인의 2022년 제1기～2024년 제1기 과세 및 면세 매출은 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 청구법인의 매출 내역)))(다) 청구법인은 쟁점연구과제에 관하여 국고보조금으로 쟁점①매입세액을 지출하고, 한국산업기술진흥원(KIAT)의 ‘신기술(AI, Metaverse, NFT) 적용, 하이플렉스 예체능 러닝 플랫폼 구축 연구’의 결과를 심화 발전시켜 ‘C 서비스 패키지 개발하는 과정에서 쟁점②매입세액을 청구법인의 자체 자금으로 지출하였으며, 그 내역은 아래 ＜표5＞와 같다.＜표5＞ 쟁점①·②매입세액 내역)))(라) 청구법인 쟁점연구과제에 관하여 지급받은 국고보조금은 아래 ＜표6＞과 같다.＜표6＞ 국고보조금 수령 내역)))(마) 쟁점연구과제와 관련하여, 청구법인과 지원기관 간에 작성한 협약서의 주요 내용은 다음과 같다.＜표7＞ 정보통신산업진흥원(NIPA))))＜표8＞ 한국산업기술평가관리원(KEIT))))＜표9＞ 한국인터넷진흥원(KISA))))＜표10＞ 한국산업기술진흥원(KIAT))))(바) 쟁점①매입세액과 관련하여, 청구법인이 작성한 쟁점연구과제 사업계획서 중 사업화 전략에 대해 다음과 같이 기재되어 있다.＜표11＞ 정보통신산업진흥원(NIPA)의 연구과제 관련)))＜표12＞ 한국산업기술평가관리원(KEIT)의 연구과제 관련)))＜표13＞ 한국인터넷진흥원(KISA)의 연구과제 관련)))(사) 쟁점②매입세액과 관련하여, ‘C’ 사업화 프로젝트 내부보고서에는 다음과 같이 기재되어 있다.(아) 청구법인의 홈페이지에 의하면, 청구법인의 사업은 학습 컨텐츠(브랜드)를 판매하는 것으로 브랜드마다 영유아부터 초등저학년을 위한 교구기반의 창의사고력 제품과 교재, 디지털 기술을 적용한 수학 컨텐츠를 제공하는 것으로 나타나고,B 수학교육원(공부방)에서 청구법인의 교육 프로그램(컨텐츠, 교구, 교재 등)을 활용하여 학생들을 지도·교육하는바, 청구법인은 수학교육원(공부방) 개설 계약을 체결한 사업자에게 청구법인의 상표를 사용하도록 제공하고, 전용 워크북 및 실험교구를 제공하며, 학생을 지도할 수 있도록 교육과정(노하우)을 제공하는 것으로 나타난다. 공부방 개설 절차는 ① 공부방 개설 희망자가 신청서를 작성하여 지역 지사와 상담한 후 ② 본사(청구법인) 승인을 거쳐 초도물품비(기본 교구 및 교재비)를 입금한 후, ③ 본사 기본교육을 이수한 후 본사에 지정·등록되는 것으로 나타난다.＜표14＞ 청구법인의 교육 브랜드)))(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴보건대, 청구법인은 쟁점①·②매입세액이 학교 또는 학원 사업자들을 대상으로 하는 과세사업을 영위하기 위하여 필요한 최신 디지털기술 개발에 관한 매입세액이므로 공통매입세액이 아니라고 주장하나,(가) 「부가가치세법」제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 의하면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하여 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 과세사업 관련 부분과 면세사업 관련 부분으로 안분하여야 하고, 그 안분은 원칙적으로 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 산정하여야 한다.