실제 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수한 것으로 보아 부가가가치세 등을 부과한 처분의 당부

요지청구법인이 병·의원에 제공하였다고 주장하는 PG대행 용역 및 광고용역은 그 실체를 확인하기 어렵고, 청구법인이 실제 제공받았다고 주장하는 영업자들의 알선·중개 용역 역시 그 대가가 최종적으로 귀속된 자들이 대부분 병원장 등의 가족들로 확인되는 등 병원장의 소득 분산을 위한 명목상의 과정으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당

주문송파세무서장이 2024.4.11. 청구법인에게 한 2022사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 법인카드사용액 OOO원을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 2024.4.9. 2022년 귀속 OOO원을 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 이를 취소하고, 나머지 청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2020.9.1. 개업하여 서울특별시 송파구 OOO에서 전문, 과학 및 기술 서비스업/광고대행업을 영위 중이며 지분은 청구법인의 대표자 A 100%로 이루어져 있다.나. 인천지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.9.14.∼2024.2.9. 청구법인에 대한 법인통합조사 및 2023.10.25.∼2024.3.29.「조세범 처벌법」 제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) 위반 혐의로 조세범칙조사를 실시하였다.(1) 그 결과, 조사청은 2020∼2022년 실제 재화나 용역의 거래 없이 총 OOO원의 가공 세금계산서를 수취하고, OOO원의 허위 세금계산서를 발급하였으며, OOO원의 허위 세금계산서를 수취하였다고 보았고,(2) 이에 조사청은 청구법인의 「조세범 처벌법」 제10조 위반 및 대표자의 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 제8조의2 위반에 대하여 청구법인 및 대표자를 서울동부지방검찰청에 고발하였고,(3) 가공 및 과다 세금계산서 수취분 매입액은 손금불산입하고, 과다 세금계산서 발급 매출액은 익금불산입하여, 법인세와 부가가치세를 경정한다는 경정결의서(안)을 처분청에게 통보하였다.다. 위와 같은 내용을 통보받은 처분청은 2024.4.5.∼2024.4.11. 청구법인에 대하여, 2020∼2022사업연도 법인세 합계 OOO원(2020사업연도 OOO원, 2022사업연도 OOO원) 및 2020년 제2기∼2022년 2기 부가가치세 합계 OOO원(2020년 제2기 OOO원, 2021년 제1기 OOO원, 2021년 제2기 OOO원, 2022년 제1기 OOO원, 2022년 제2기 OOO원)을 경정·고지하고, 2022사업연도 경비 사적사용 부분 OOO원을 대표자 상여로 소득처분하고 2024.4.9.에 소득금액변동통지를 하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 「부가가치세법」 상 사실과 다른 세금계산서 가산세 관련(가) 세금계산서는 거래의 외형을 따져 판단하는 것으로, 청구법인은 당사자가 정한 대가에 따라 정상적으로 세금계산서를 수수하였으며 실질적인 용역공급에 따라 대가를 지급·수취하였으므로, 청구법인이 발행한 매출세금계산서와 수취한 매입세금계산서(이하 매출·매입세금계산서를 합하여 “쟁점세금계산서”라고 한다)는 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다.1) 「부가가치세법」 상 세금계산서 발급은 거래의 외형을 따져 판단하는 것으로 당사자가 정한 공급대가에 따라 정상적으로 세금계산서가 수수된 이상 적법한 세금계산서에 해당한다.가) 부가가치세 신고 및 세금계산서 발급의 적법성은 거래의 외형을 따져 판단하는 것일 뿐, 그 공급대가의 적정성 여부를 따져 판단하는 것이 아니다.나) 대법원은 일찍이, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 그것이 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 과세관청으로서는 납세의무자가 선택한 법률관계를 존중하여야 한다는 법리를 꾸준히 설시하였다(대법원 2012.1.19.선고 2008두8499 전원합의체 판결).다) 특히 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와 영세율 적용을 받는 과세거래를 함에 있어서 부당하게 낮은 대가로 물품을 공급한 것이 구 「부가가치세법」상 부당행위계산 부인 대상에 해당하는 경우에도, 당사자 합의에 따라 실제거래금액을 공급가액으로 하여 교부된 세금계산서가 정상적인 거래 시가를 공급가액으로 하지 않았다는 이유로 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다고 보았다(대법원 2004.9.23.

이유 2선고 2002두1588 판결).라) 따라서, 「부가가치세법」상 세금계산서 관련 규정에서는 앞서 본 규정과 같이 특별히 당사자 간 법률관계를 부인하거나 조정하기 위한 규정을 별도로 두고 있지 않는 이상, 세금계산서의 위법성 여부를 판단함에 있어 그 대가의 적정성을 함부로 문제삼아 이를 허위 내지 가공세금계산서로 간주하여서는 안 된다.마) 처분청은 본건에서 청구법인의 B(Payment Gateway)대행용역 및 광고대행용역이 실제로 존재한다는 점은 인정하면서도, 그 신용원가나 광고 실효성이 미비한 점 등에 비추어 그 공급대가가 과다하게 책정되었다는 점을 문제 삼고 있다. 그러나 앞서 본 판단기준에 비추어 보면 이러한 처분청의 지적은 결국 공급대가의 적정성을 문제 삼는 것으로서, 이는 「부가가치세법」에서 다루는 문제가 아니다.2) 쟁점세금계산서에 포함된 수수료는 모두 실질적인 용역공급에 따른 대가로써 지급·수취된 것으로 세금계산서상 공급가액에 포함될 수 있다.가) 본 건 상품과 동일한 구조로서, 고객 모집을 위한 중개용역을 타 하위업체로부터 제공받고 그에 대한 유치수수료를 지급하면서, 그 유치수수료에 최종적인 용역을 제공받는 고객에게 지급되는 페이백 금액이 포함된 경우와 관련하여, 관련 국세청 유권해석은 해당 페이백 금액이 용역공급과 대가관계가 있다면, 그 페이백 금액까지 포함한 수수료 전체 금액을 공급가액으로 하여 중개용역에 따른 세금계산서를 발급하여야 한다고 판단한 바 있다(서면-2021-법령해석부가-4637, 2021.9.14.).나) 이와 관련하여, 법원 역시 위 유권해석 사례의 거래구조, 즉 중국구매상 ? 면세점 ? 상위여행사(갑) ? 중위여행사(을) ? 하위여행사 ? 말단여행사의 거래구조에서, 최종 말단여행사가 페이백 금액에 대한 부가가치세 부담을 회피할 목적에서 설립된 가공의 업체(N, 폭탄업체)라 하더라도, 그러한 사실만으로 앞서 이루어진 상위 단계의 여행사간 알선·중개 용역을 가공거래로 볼 수는 없고, 따라서 중위여행사가 발급·수취한 세금계산서에서 페이백 금액이 포함되어 있다고 하여, 이를 허위세금계산서로 볼 수는 없다고 판단한 바 있다(서울행정법원 2022.11.17. 선고 2021구합60922 판결).다) 청구법인은 재료상, 세무사 등 병원과의 인적네트워크 갖춘 자로부터 중개용역을 지급받고, 그에 따른 정당한 대가를 영업자가 지정한 계좌로 지급하였을 뿐이므로, 동 수수료 상당액은 중개용역과의 대가관계 있는 금액이다.라) 위 유권해석상의 거래구조는 본건에서 쟁점이 되는 ① B대행수수료 용역 공급구조인 병원 ? B사 ? 청구법인 ? 영업자 및 ② 광고대행수수료 용역 공급구조인 병원 ? 청구법인 ? 영업자 와 국면이 완전히 동일하다.

이유 3따라서, 위 유권해석 취지에 따른다면, ① 본건상품에 따라 청구법인이 수취한 B대행수수료(8%)에 포함된 대행수수료(결제금액의 약 5% 상당액) 및 청구법인이 하위업체인 영업자에게 지급한 영업수수료, ② 청구법인이 병원으로부터 지급받은 광고대행수수료 및 영업자에게 지급한 영업수수료(광고대행수수료의 94%) 전액은 청구법인에 대하여 최종 고객인 병원을 모집·유치해 주는 중개·알선 용역을 제공하는 영업자에게 지급하기 위한 것으로서 그 대가관계가 인정되므로, 위 ① 및 ② 금액은 모두, 하위업체인 영업자가 그 수수료 상당액을 병원에 페이백을 한다고 하더라도, 청구법인이 쟁점세금계산서 발행·수취시에는 공급가액에 포함되어야 하는 것이다.마) 앞서 본 판례의 견지에서 본다면, 본 건에서 역시 비록 청구법인이 인지하지 못한 ‘하위 영업자가 지정한 송금처’와 ‘가맹점(병원)’간의 관계 즉, 단순한 인적 네트워크 확보의 용이성을 넘어선 사실상 동일인으로 취급될 여지가 있는 사실관계 등이 존재한다고 하더라도, 적어도 그와 무관한 상위단계인 청구법인의 하위 영업자에 대한 수수료 지급의 단계에 있어서는 정당한 중개용역에 따른 대가를 지급한 것에 불과하므로, 그 금액은 마땅히 세법상 공급가액에 포함되는 것으로 볼 수밖에 없다.(나) 가공세금계산서는 재화·용역의 공급 없이 발급·수취한 세금계산서를 말하는데, 본 사안의 경우 청구법인이 B사 및 병원 또는 광고시행사에 B대행용역 및 광고대행용역을 실질적으로 제공하였다는 사실과 동 용역을 위하여 병원관계법인으로부터 알선 및 중개 용역을 실질적으로 제공받았다는 사실이 확인되므로, 청구법인이 발급·수취한 세금계산서는 가공세금계산서에 해당하지 않는다.1) 쟁점세금계산서는 모두 B대행계약/광고대행계약에 따라 청구법인이 B사/가맹점(병원)에게 B대행업무/광고대행용역을 제공하면서 발행한 세금계산서이거나, 하위업체인 영업자로부터 영업대행용역을 지급받으면서 수취한 세금계산서이다.2) 쟁점세금계산서는 당사자간 합의에 따른 공급가액 등이 기재된 것으로서 가공세금계산서는 물론 위장세금계산서에도 해당하지 않는다는 것이 청구법인의 주위적 입장이다.

이유 4다만, 백번 양보하여 설령 처분청의 입장과 같이 병원관계법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서상 병원 가맹점에게 페이백되는 금원 부분이 지급·수취되는 수수료에서 제외된다고 가정하더라도, B대행용역 및 광고대행용역의 실질이 존재하고, 그에 따라 당사자간 사법상 유효한 합의가 존재하는 이상, 하위영업자로부터 수취한 매입세금계산서는 단순히 그 공급가액이 과다하게 기재된 세금계산서로서 허위세금계산서에 해당될 뿐, 용역의 공급조차 없이 임의로 수취·발급되어 세수누락의 위험성이 매우 높은 가공세금계산서에 해당된다고 판단될 여지는 없다.3) 마찬가지로, 청구법인의 입장에서는 직접 다수의 병원에 접촉할 수 있는 당사 자체적인 인적·물적 네트워크를 확보하고 있지 못한 상황이었으므로, 청구법인은 반드시 외부 제3자로부터 가맹점을 중개해줄 수 있는 용역을 실질적으로 제공받아야만, 본건에서 쟁점이 된 다수의 B대행계약 및 광고대행용역이 체결될 수 있었다.4) 이와 동일하게, 하위영업법인을 대신하여 병원관계법인이 관련계약을 체결할 수 있도록 알선용역을 제공하는 경우 동 병원관계법인에 알선에 따른 수수료를 지급하는 것은 당연한 것이고, 비록 그 금액이 과다하게 지급되었다 하더라도 쟁점매입세금계산서는 위장세금계산서가 될지언정 가공세금계산서에는 해당되지 않는다.(2) 「국세기본법」 상 과세전적부심사 기회박탈에 따른 절차상 하자 관련(가) 과세전적부심사 청구의 예외사유에 해당하지 아니하는 「조세범 처벌법」에 따라 고발된 사항이 아닌 사적경비 등과 관련된 법인세 및 소득변경처분의 적정성과 관련하여 청구법인에게 과세전적부심사의 기회 없이 고지 또는 환급되었으므로 이에 관한 처분은 무효이다.(나) 처분청은 청구법인에게 2024.3.28.경 세무조사 결과통지서를 송부하였으며 이에 대한 납부고지서(또는 환급통지서)는 2024.4.1.경에 송부한 것으로 확인된다. 이렇듯 처분청은 세무조사 결과통지일 송부 후 30일이 도과하지 않은 시점에 2020년도∼2022년도에 대하여 「조세범 처벌법」에 따라 고발된 사유에 해당되는 것과 그렇지 않은 것 전체에 대하여 납부고지서(또는 환급통지서)를 송부함으로써 청구법인은 「조세범 처벌법」에 따라 고발되지 않는 세목 및 세액인 사적경비 등의 사유로 부인한 법인세, 그리고 이에 따른 소득금액변경통지 처분의 적정성에 대하여 납세자의 과세전적부심사 청구 기회를 상실하였다.(다) 따라서 이와 같이 법령에서 규정하고 있는 납세자의 권리보호 절차를 거치지 않고 이루어진 처분청의 처분은 절차상 중대한 하자가 존재하므로 「조세범 처벌법」에 따라 고발되지 않는 세목 및 세액에 대하여는 취소되어야 마땅하다.나.

이유 5처분청 의견(1) 「부가가치세법」 상 사실과 다른 세금계산서 가산세 관련(가) 청구법인은 단순히 병·의원장의 가공경비 계상을 위해 고액의 B수수료 및 광고비와 관련된 세금계산서, 계약서 및 금융거래를 꾸민 뒤, 다시 병·의원장 등에게 여러 단계에 걸쳐 가공경비 계상을 통해 해당 금액을 돌려주었으므로, 청구법인이 수수한 포함된 페이백 금액은 과세표준에 포함할 수 없으며, 실질적인 용역의 공급 없이 지급·수취한 청구법인이 수수한 세금계산서는 허위 세금계산서에 해당한다.(나) 조사 결과, 조사청은 청구법인 및 하위법인의 실제 영업대행수수료, B/광고 영업대행업을 한 사업소득자들의 실제 영업대행수수료로 확인되는 경비로 인정하였으며, 이와 관련한 세금계산서를 가공 세금계산서로 판단한 사실이 없으므로 청구법인의 청구는 이유가 없다.(2) 「국세기본법」 상 과세전적부심사 기회박탈에 따른 절차상 하자 관련청구법인이 중대한 절차적 하자를 주장하는 세액은 실상 적부를 청구할 의사가 없는 세액에 해당하며, 환급액의 경우에는 납세자가 시간적·경제적 부담이 생기지 않는 처분으로 과세전적부심사 대상에 해당하지 않으며, 고지세액 및 환급세액 등 고려하였을 때 동 과세금액에 대하여 과세전적부심사 기회 박탈이 중대한 절차적 하자로 보기 어려우며, 처분은 적법하다.3. 심리 및 판단가. 쟁 점① 청구법인이 사실과 다른 세금계산서를 발급·수취한 것으로 보아 과세한 처분의 당부② 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기간이 경과하기 전에 이루어진 처분은 절차상 중대한 하자가 있는 부당한 처분이라는 청구주장의 당부나. 관련 법률(1) 부가가치세법제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3. 공급가액과 부가가치세액4. 작성 연월일5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트(2) 국세기본법제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우제81조의15(과세전적부심사) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우2.

이유 6「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우(3) 조세범 처벌법제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.1. 「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위2. 「소득세법」 및 「법인세법」에 따른 계산서를 발급하거나 발급받은 행위3. 「부가가치세법」에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위4. 「소득세법」 및 「법인세법」에 따른 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청은 청구법인의 사업구조에 대하여 각각 다음과 같이 설명한다.(가) 청구법인의 설명은 다음과 같다.1) 청구법인은 B(Payments Gateway)사의 업무대행(영업대행 및 기타 기술지원 업무 등) 및 광고대행을 주된 사업으로 하고 있다. 청구법인은 ① B사인 OOO등(이하 통틀어 ‘B사’라 한다)과 각 업무대행계약(이하 ‘B대행계약’이라 한다)을 체결하였으며, ② 청구법인의 병의원전용 광고사이트, 카카오페이, I 등에 가맹점 병원의 광고(배너광고)를 게시하고, 그 대가를 수취하는 계약(이하 ‘광고대행계약’이라 한다)을 가맹점 병원과 체결하였다.＜표1＞ B대행계약상 거래 및 수수료 지급구조○○○2) 청구법인은 B사의 영업대행 업무를 수행하고, 그 대가로 대행수수료를 수취한다. B사는 가맹점을 대행하여 가맹점이 소비자에게 판매한 상품 및 서비스의 판매 대금을 신용카드, 기타 지불수단의 발행자 및 사업자에게 청구하고, 지급받은 대금 중 전자결제대행 수수료(가맹점 수수료 및 장기무이자할부 수수료)를 제한 나머지 금원을 가맹점에 대하여 정산하는 서비스를 제공한다.＜표2＞ B사 사업구조○○○3) 청구법인은 B사로부터 가맹점 모집 업무(영업대행), 가맹점에 대한 프로그램의 설치 및 기술지원 업무, 가맹점 관리 업무 등 및 이에 부수되는 업무를 수행한다. 이러한 B사 업무대행의 대가로서 청구법인은 B사로부터 대행수수료를 지급받는데, 대행수수료는 ‘모집대행수수료’와 ‘관리대행수수료’로 구성되고, ‘모집대행수수료’의 경우 가맹점이 B사에게 지급하는 가입비의 일정비율로 산정되며, ‘관리대행수수료’의 경우 가맹점이 B사에게 지급하는 전자결제대행서비스수수료에서 ‘일반가맹점 모집 조건상 카드수수료 및 할부 수수료를 차감한 금액으로 산정된다.4) 한편, 본건에서 문제되는 ‘B사 병원전용 장기무이자할부 프로그램’(이하 ‘본건상품’이라 한다)은 B사가 병원시장 진입을 위하여 특별히 기획한 단독 상품이다. 일반적으로 장기무이자할부 상품의 경우 가맹점이 장기무이자할부 수수료를 부담하고, 해당 수수료는 할부 개월 수에 따라 비례하여 증가한다. 그러나 본건상품과 관련하여 가맹점은 B사에게 5%의 단일한 장기 할부 수수료만을 지급할 뿐 별도의 추가적인 수수료를 부담하지 않는다.