청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 법인세 손금불산입하고 부가가치세 가산세를 부과한 처분의 당부

요지쟁점거래처는 매입거래 없이 매출거래만 있거나 매입거래가 전액 가공으로, 재화의 실제 공급사실이 확인되지 않는 이상 사실과 다른 세금계산서에 해당하고 스크랩등거래계좌를 사용하였다는 사정 만으로는 이 건 거래가 실제 거래라거나 부정한 행위가 아니라고 보기 어려움

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2014.5.20. 설립되어 OOO에 사업장(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 두고 구리 등 비철금속, 고철, 폐전선 등의 도소매업을 영위하고 있다.나. 청구법인은 2014년 제2기∼2016년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 매입처 OOO, OOO, ㈜A, ㈜B, OOO(이하 5곳 업체를 “쟁점매입처들”이라 한다)로부터 아래 ＜표1＞의 매입세금계산서 25건, 총 OOO원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 수취(이하 “쟁점거래”라 한다)하고, 관련 부가가치세 신고 시 매입세액을 공제하고, 2014∼2016사업연도 법인세 신고 시 이를 손금산입 하여 신고하였다.＜표1＞ 청구법인의 쟁점세금계산서 수취내역ㅇㅇㅇ다. 중부지방국세청장(조사1국·조사2국·조사4국) 및 광명세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점매입처들에 대해 각각의 세무조사를 실시하여 2014년 제2기∼2016년 제2기 부가가치세 과세기간 중 청구법인이 쟁점매입처들로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것이라는 과세자료를 처분청에 통보하였다.라. 처분청은 이에 따라 청구법인에게 과세자료 해명요청을 하였고, 청구법인이 제출한 자료를 검토한 결과 이를 신뢰할 수 없다고 보아 쟁점거래를 가공거래로 판단하여 쟁점세금계산서 관련 부가가치세를 매입세액에서 불공제 대상으로 과세예고통지를 한 후, 10년의 국세부과제척기간을 적용하여, 2024.4.16. 청구법인에게 아래 ＜표2＞와 같이 부가가치세 본세 및 가산세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.＜표2＞ 납부고지서상 경정·고지세액ㅇㅇㅇ마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.20. 이의신청을 거쳐 2025.6.17. 심판청구를 하였다.바. 처분청은 조세심판 사건 심리 중 「조세특례제한법」 제106조의9(스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례로서 이하 “매입자 납부특례규정”이라 한다)에 따라 쟁점세금계산서의 매입세액(OOO원)이 구리 스크랩계좌를 통해 국고에 납부된 것을 확인하고, 2024.10.30. 이를 부가가치세 매입세액의 기납부세액으로 반영하여 본세 및 가산세 전액에 대해 직권으로 감액·경정하였다.사. 처분청의 감액경정 이후 우리 원은 아래 ＜표3＞과 같이 세금계산서불성실가산세 총 OOO원을 잔존세액으로 보아 이를 대상으로 조세심판을 진행하였으며 2024.12.9. “기각” 결정(조심 2024인3349, 이하 “선행심판결정”이라 한다)하였다.＜표3＞ 선행심판결정상 감액·경정 내역ㅇㅇㅇ아. 처분청은 조세심판 결정 이후 쟁점세금계산서 수취에 대해 2014년 제2기 부가가치세 세금계산서불성실가산세 OOO원은 부과제척기간이 임박하여 2024.12.30. 과세예고통지 이후 2025.1.2. 즉시 고지하였고, 2015년 제1기, 2016년 제1기 및 2016년 제2기 부가가치세 세금계산서불성실가산세 3건 총 OOO원과 2014～2016사업연도 법인세 총 OOO원 및 대표자 상여처분 총 OOO원의 소득금액변동통지 대해 과세예고통지 후 2025.3.1. 각각 경정·고지하였으며, 그 세부내용은 아래 ＜표4＞ 및 ＜표5＞와 같다.＜표4＞ 부가가치세 고지내역ㅇㅇㅇ＜표5＞ 법인세 및 소득금액변동통지 경정·고지내역ㅇㅇㅇ자. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.20. 이의신청을 거쳐 2025.6.17. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가.

이유 2청구법인 주장(1) (쟁점①) ‘스크랩등거래계좌’에 송금한 매입세액은 「부가가치세법」제38조의 “공제하는 매입세액”으로 보고 있어, 환언하면 쟁점매입세금계산서는 정상적인 세금계산서로 본다는 것이므로 매입세액공제는 인정하면서 쟁점매입액의 손금불산입 및 세금계산서불성실가산세를 부과하는 위법한 처분을 하고 있다.1) 매입자 납부특례규정 제5항에서 “스크랩등을 공급받은 스크랩등사업자가 제3항 제2호에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 스크랩등을 공급한 스크랩등사업자에게서 발급받은 세금계산서에 적힌 세액은 「부가가치세법」 제38조에도 불구하고 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있어, 환언하면 공급자의 스크랩등거래계좌로 부가가치세액을 입금하면 이는 곧「부가가치세법」 제38조의 “공제하는 매입세액”에 해당된다는 것이다. 「부가가치세법」제38조에서 규정하는 “공제하는 매입세액”에 해당된다면 해당 세금계산서는 정상적인 세금계산서로 본다는 것이고, 정상적인 세금계산서로 본다면 매입세액공제는 물론 쟁점매입액의 손금불산입 및 세금계산서 불성실가산세도 과세할 수 없는 것이다. 조세심판원도 매입자납부특례규정에 따라 스크랩등거래계좌를 통하여 거래대금을 송금하고 스크랩등을 매입하여 판매하는 사업자의 경우 거래사실확인서, 스크랩을 운송한 운송기사의 신분증 사본, 전자세금계산서, 대금지급계좌, 계근표 각 사본 등 거래 관련 증빙과 운송비 입·출금 통장 등 거래관련증빙이 제출된 점, 부가가치세가 탈루되지 않은 점, 매입처에 매입대금이 반환되지 않는 점, 「조세범 처벌법」 위반혐의로 고소된 매입처가 검찰로부터 무혐의처분은 받은 점 등을 들어 선의의 거래 당사자로서 주의의무를 다 한 것으로 보고 있고 그 이상의 입증책임을 부담시키는 것은 어렵다고 결정하고 있다(2016중1325, 2017.6.22. 외 다수). 또한, 쟁점매입처 구리 스크랩계좌로 매입대금이 송금된 점에 대하여 다툼이 없는 이 사건에서 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보기 위하여는 쟁점매입처 구리 스크랩계좌로 송금한 거래대금이 청구법인에 반환되었다는 사실을 처분청이 입증하여야 하는데, 단순히 구리 스크랩계좌로 입금된 거래대금이 전액 현금 출금되었다고 주장만 하고 있고, 그 자금이 청구법인에게 다시 입금된 점을 입증하지 못하고 있다.2) 처분청은 쟁점매입처들 중 ㈜B이 발행한 계량확인서상 오류를 문제삼아 해당 서류를 거래사실에 대한 증빙으로 볼 수 없다는 의견이나, 이는 팩스기기의 시간 설정이 잘못되어 발생한 오류에 불과한 것으로 인터넷(네이버 카페, 구글)에 검색해 본 결과 팩스를 보내는 자[이 사건의 경우 ㈜B]의 팩스기기의 ‘날짜, 시간설정’이 잘못되어 있는 경우 발생할 수 있다고 하는 포탈 사용자의 글, AI의 답변 등을 확인할 수 있다.3) 처분청은 쟁점매입처 중 OOO과의 거래와 관련하여 ① 청구법인이 발행한 계량확인서상 매입 물건이 A의 차량(OOO)으로 운반된 것으로 되어 있음에도 A에게 지급한 운반비 지급내역이 확인되지 않고, 개별화물 운송업자로 사업자등록된 A이 청구법인 및 OOO에 운송비 관련 세금계산서를 발급한 사실이 없는 점과 ② OOO이 ㈜C에 2015.5.21. 발행한 공급가액 OOO원 상당의 구리스크랩 등을 운반한 A의 차량을 조사기관 조사공무원이 잠복·밀착추적한 조사결과 세금계산서는 ㈜C에 발행되었지만 실물은 ㈜D에 운송되었다는 점 두 가지를 이유로 계량확인서를 신뢰할 수 없다고 한다. 그러나, 해당 차량이 OOO의 폐동을 매입하여 청구법인의 사업장에 운송한 내역은 2014.12.30. 1회, 2014.12.31. 2회, 2015.1.6.

이유 31회 등 총 4차례로 매입처인 OOO에서 운송비를 지급한 내역, 운전자 A이 서명한 운송사실확인서(차량번호, 전화번호, 일자, 폐동 종류 기재), A이 작성한 차량출입기록부를 통해 실제 거래사실을 확인할 수 있다. 일반적으로 대부분의 영세 운송업자들은 간이과세자이건 일반과세자이건 운송비를 현금으로 받고 세금계산서를 발행하지 않는 경우가 대부분으로 운송비 관련 세금계산서가 발행되지 않았다는 이유로 운송이 없었다는 처분청의 의견은 현실을 무시한 탁상공론에 불과하고, 조사청의 잠복 조사는 청구법인과 무관한 OOO이 ㈜C에 2015.5.21. 발행한 공급가액 OOO원의 세금계산서와 관련된 것임에도 마치 청구법인과 OOO과의 거래분을 조사청에서 추적한 것처럼 사실관계를 곡해하고 있는바, 이는 OOO이 진실하지 못한 사업자이므로 OOO과 관련된 거래 증빙은 모두 허위인 것처럼 사실관계를 왜곡하기 위함인 것으로 보인다.4) 조사청은 쟁점매입처들을 세무조사하고 실물거래 없이 청구법인에게 쟁점세금계산서를 발행하였다고 「조세범 처벌법」 위반혐의로 검찰에 고발하였고 청구법인도 당시 검찰로부터 관련 거래자료 제시요구를 받아 제출한 바가 있다. 청구법인의 확인 결과 쟁점매입처들 중 OOO, OOO, ㈜A 및 OOO은 검찰로부터 무혐의 처분을 받은 사실을 확인하였고, ㈜B은 행방불명으로 기소중지된 것으로 파악되었는데, 처분청은 쟁점매입처에 대한 불기소처분의 내용만으로는 과세처분이 바로 취소되는 것이 아니고 행정소송을 제기하여 취소판결을 받아야만 한다고 주장하고 있다. 그러나, 민사소송이나 행정소송(세무소송)에서 형사재판에서 인정된 사실에 구속을 받는 것은 아니라고 하더라도 이미 확정된 관련 있는 형사판결에서 인정된 사실은 이를 채용할 수 없는 특별한 사정이 나타나 있지 아니하는 한 사실 인정의 유력한 자료가 되어서 이를 함부로 배척할 수 없는 것으로(OOO), 처분청이 쟁점매입처가 조사기관으로부터 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 고발될 때와 다른 새로운 과세처분의 정당성을 뒷받침할 수 있는 증빙, 즉 형사판결을 뒤집을 만한 증빙을 제시하지 못한다면 형사판결에서 인정된 사실을 채용할 수밖에 없는 것이다.5) 처분청은 쟁점매입처들이 조사청의 조사결과에 불복을 제기하지 않았고, 그 중 OOO과 OOO은 가공거래 확정처분을 사유로 오히려 매출세액의 환급을 구하는 경정청구서를 제출하였고 관할관청의 환급거부처분에 대하여 불복하여 대법원까지 상고하였으나 패소하였으므로 이 건 처분이 정당하다고 주장한다. 쟁점매입처들 입장에서 보면, 청구법인과의 매출거래를 부인당하면 세금계산서불성실가산세만 납부하면 되고, 쟁점매입처가 국가에 납부한 매출세액의 환급을 청구할 수 있어 납부할 가산세보다 환급세액이 크므로 굳이 청구법인과의 (매출)거래분에 대하여 불복할 이유가 없다. 또한, 불복기간의 경과로 각하결정을 받아 확정될 경우 그 확정력은 그 처분으로 인하여 법률상 이익을 침해받은 자가 당해 처분이나 재결의 효력을 더 이상 다툴 수 없다는 의미일 뿐, 판결에 있어서와 같은 기판력이 인정되는 것이 아니어서 그 처분의 기초가 된 사실관계나 법률적 판단이 확정되고 당사자들이나 법원이 이에 기속되어 모순되는 주장을 판단을 할 수 없게 되는 것은 아니므로(OOO) 납세의무자가 의도적으로 불복을 하지 않았든지, 모르고 불복기간을 도과하여 불복하여 각하결정을 받았든지 그 처분이 합법적임을 인정하는 것은 아니다.

이유 4한편, OOO과 OOO의 패소 판결과 관련하여 서울고등법원 판결문(OOO) 내용을 보면, 처분청의 감액경정결정에 의하여 이미 감액된 부가가치세의 환급을 구하는 행정소송이며, 부가가치세 예정·확정신고 시 환급신고를 하였으나, 환급해 주지 않는 경우에는 국가를 상대로 당사자소송(행정소송의 일종)을 하여야 하는데, 취소소송(행정소송)을 제기하였기 때문에 각하결정을 한 것으로, 해당 판결은 처분청의 감액경정결정에 의하여 이미 감액된 부가가치세의 환급을 구하는 행정소송일 뿐 쟁점세금계산서의 가공 여부를 판단하는 소송이 아니어서 이 사건 쟁점과 관련이 없음에도 처분청은 손바닥으로 하늘을 가리려는 의도로 검찰에서는 무혐의 처분을 하였지만 법원에서는 일부 쟁점매입처들이 패소하였다는 의견을 제시하였다.6) 청구법인의 대표이사는 2010년부터 4년간 수집상으로부터 OOO 등을 매입하여 구좌업체(철강제조업체에 비철을 공급하는 업체를 말함)에 매도하는 ㈜E에서 근무하는 동안 세무조사를 경험하였고, 이 과정에서 해당 법인의 대표이사가 고액의 가공세금계산서 문제로 오랜기간 심판청구 및 행정소송을 거치며 심리적·금전적인 고통을 받다가 결국에는 폐업하고 대표의 개인가정까지 파탄하는 것을 곁에서 직접 목격하였기에 2014년 6월 독립하여 청구법인을 개업 시부터 비철 및 고철 매입할 때마다 치밀하게 증빙서류를 갖추게 되었다. 심지어 「국세기본법」제85조의3 제2항 본문에 따르면 장부 및 증거서류는 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존의무가 있지만, 10여년의 시간이 흘렀지만 관련증빙을 모두 보관하고 있는 바, 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당한다. 쟁점매입처가 법인인 경우는 법인등기부등본, 법인인감증명 및 부가가치세 과세표준확인, 부가가치세 신고서 사본, 납세증명서를 발급받게 하고 사업자등록증 사본, 명함 및 대표자 주민등록등본 또는 대표 신분증사본을 받고 국세청 홈페이지를 통하여 쟁점매입처가 사업자등록을 한 일반과세사업자인지 여부 및 법인실체 여부를 사전확인하였다. 또한, 쟁점매입처가 계근대를 설치한 야적장 및 운송차량을 보유하고 대표 본인이 직접 사업을 실지로 하는지 여부를 확인하기 위하여 거래 전에 임대차계약서 사본을 받아 사업장 임차 여부도 사전확인하고 쟁점매입처 사업장을 방문하여 사업장에서 쟁점매입처 대표와 함께 사진촬영하고 계근대와 비철 등이 적재되어 있는 사업장을 촬영하였다.

이유 5쟁점매입처에서 비철 등을 적재한 운송차량이 청구법인 사업장에 들어오면 운전자로부터 쟁점매입처 계근대에서 계근하고 발행한 계량증명서와 거래명세표를 수령하고, 다시 청구법인 계근대에서 계근하고 계량확인서를 발행하여 중량을 확인하고 운전기사에게 청구법인 사업장에 비치하고 있는 차량출입기록부(날자, 상차지, 차량번호, 운전자 성명, 운전자 전화번호, 비철 종류와 중량)에 기록하게 하고 운송사실확인서(운전자 성명, 차량번호, 운전자 전화번호, 운송일자, 비철 종류, 운전자 싸인, 하차사진, 전자세금계산서 사본 및 신분증 사본 첨부)를 수령하고, 쟁점매입처의 스크랩등 거래 전용계좌통장사본을 받고 그 계좌로 송금하였다.(2) (쟁점②) 청구법인은 ‘사기나 기타 부정한 행위’를 한 사실이 없으므로 이 사건 부과처분은 「국세기본법」제26조의2 제1항에 따른 부과제척기간 5년을 경과한 처분이다.1) 조사청은 쟁점매입처를 세무조사하고 ‘사기 기타 부정한 행위’를 하였다며 「조세범 처벌법」 위반혐의로 검찰에 고발하였으나, 검찰은 쟁점매입처 5개 업체 중 4개는 무혐의처분을, 1개 업체는 행방불명으로 기소중지된 것으로 확인되었으며, 당시 청구법인도 검찰로부터 거래관련자료 제시요구를 받고 제출한 바가 있다.2) 부과제척기간 5년을 경과하여 고지한 국세의 부과제척기간이 10년이라고 주장하는 경우 그 입증책임은 주장하는 자인 처분청에게 있는바(OOO) 처분청이 청구법인이 ‘사기 기타 부정한 행위’를 했다고 제시하는 사실들은 그 근거가 매우 부족하다. 즉, ① ㈜B이 상차하면서 발행한 계량확인서 발행시간이 계량확인서를 청구법인에게 팩스로 보낸 시간보다 늦다는 지적은 팩스를 보내는 자의 팩스기기의 ‘날짜, 시간설정’이 잘못되어 있는 경우 충분히 발생할 수 있는 점, ② OOO과 ㈜C과의 거래분에 대한 조사기관의 잠복·밀착추적조사보고서에서 운송차량이 ㈜C이 아닌 ㈜D으로 확인된 사실의 경우 쟁점세금계산서와는 아무런 관련이 없는 사실관계라는 점, ③ 쟁점매입처가 검찰에 고발되었지만 4개 업체는 정상거래로, 1개 업체는 행방불명으로 조사가 되지 않은 점, ④ 청구법인으로부터 구리스크랩계좌로 입금된 거래대금이 입금 즉시 전액 현금출금되었다는 사안은 쟁점매입처가 매출처로부터 받은 자금이 다시 청구법인으로 입금되었다는 사실을 입증하지 못하는 한 쟁점세금계산와는 아무런 관련이 없는 사실관계라는 점 등이다.3) 심지어 처분청은 쟁점매입처를 세무조사한 조사청으로부터 2015.7.3.～2016.12.29. 기간동안 쟁점세금계산서는 실물거래 없는 허위세금계산서라는 과세자료를 통보받았으나, 특별한 사정도 없이 8년여 시간이 흐른 후, 이미 장부보존기간 5년, 국세부과제척기간 5년을 넘긴 후에 이 사건 부과처분을 하면서 과세의 정당성을 담보하기 위하여 청구법인이 ‘사기 기타 부정한 행위’를 했다는 구체적인 증빙제시도 없이 부과제척기간 10년이라고 주장하고 있을 뿐이다.4) ‘사기나 기타 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 아니한다고 대법원(2017.4.13.

이유 6OOO)은 판시하고 있어 구리 스크랩 등을 공급받는 자가 구리스크랩등거래계좌에 거래대금을 입금만 하면 「조세특례제한법」제106조의9 제5항에 따라 매입세액공제를 인정받을 수 있는데도 불구하고, 굳이 쟁점매입처와 청구법인이 ‘위계 기타 부정한 행위’를 할 필요성이 전혀 없다.5) 위에서 언급한 바와 같이 청구법인은 거래 전에 쟁점매입처가 사업자등록을 한 일반과세사업자인지 여부 및 법인실체 여부를 사전확인하고, 계근대를 설치한 야적장 및 운송차량을 보유하고 대표 본인이 직접 사업을 실지로 하는지 여부를 확인하기 위하여 쟁점매입처 사업장을 방문하여 사업장을 직접 확인하고, 물건을 청구법인 사업장에서 받으면서 다시 청구법인 계근대에서 계근을 하고 차량출입기록부에 차량번호, 상차지, 운전자 성명 등을 기재하고 운송사실확인서에 서명하게 하고 신분증까지 받고 대금은 구리전용거래계좌로 송금한 사실이 관련증빙에 의하여 확인되고 있고, 구리전용거래계좌로 송금한 금액이 다시 청구법인이 돌려받았다는 사실을 처분청이 입증하지 못한다면 쟁점거래는 ‘사기 기타 부정한 행위’에 의한 거래가 아니라 정상적인 거래이다.(3) (쟁점③) 설령 부과제척기간을 10년으로 본다고 하더라도 2014년 2기 부가가치세 부과처분의 경우, 처분청은 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 것이므로 이 건 부과처분은 절차상 중대한 하자가 있어 무효사유에 해당되어 취소되어야한다.1) 조사청이 쟁점매입처들을 2015년에 세무조사를 실시하고 검찰에 고발함과 동시에 처분청 등에 과세자료로 통보되었으나, 처분청은 특별한 사정도 없이 8년 이상의 시간이 흐른 후에 부과제척기간이 거의 종료되는 시점에 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제1호(세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우)를 근거로 과세전적부심사청구대상에서 제외하여 2014년 2기 부가가치세를 과세전적부심사청구 전에 부과처분하였다.2) 처분청은 청구법인이 2024.4.8. 과세예고통지에 대해 과세전적부심사청구를 하였으나, 이를 취하하고 고지서를 2024.4.16. 송달받은 후 조세심판원에 2024.5.30.에 심판청구를 한 사실과 고지 이후에도 불복청구가 가능하므로 과세전적부심사를 제외하여도 상관없다고 주장하고 있으나, 청구법인은 과세예고통지를 받고 어차피 과세할 것으로 예상하고 과세전적부심사청구를 하지 않았는데도 불구하고 처분청은 청구법인이 취하했다고 허위의 사실을 주장하고 있으며, 설령 취하한 사실이 있다고 하더라도 이 사건인 2025.1.2.에 고지한 2014년 2기 부가가치세사건(세금계산서불성실가산세, OOO원)과는 관련이 없다.3) 이와 같이 아무런 특별한 사유없이 오랫동안 과세자료를 처리하지 않고 보유하고 있다가 부과제척기간이 임박하여 과세한 경우도 「국세기본법」제81조의15 제3항 제1호에 해당된다고 하면 특정사건에 대하여 과세전적부심사청구를 거칠 것인지, 거치지 않을 것인지 하는 것은 과세관청의 의사에 달려 있어 과세전적부심사제도 자체를 형해화시킬 수 있는 것이다.나.