청구법인이 국외특수관계법인으로부터 연구개발용역을 제공하였음에도 그 용역대가를 과소수취하였는지 여부

요지신차운영팀은 설계팀과 밀접히 소통하며 시제품 제작까지의 연구개발 활동에 직접 관여하는 등 연구개발 활동에 해당하므로 관련 비용은 국외특수관계법인으로부터 수령하여야 할 용역대가에 해당하나 고객사로부터 별도 보전받았다고 주장하고 있는 금액에 대하여 실제 보전 여부 등을 재조사하는 것이 타당함

주문남동세무서장이 2024.3.28. 등 청구법인에게 한 2018~2023사업연도 법인세 합계 OOO원, 2019년 귀속 원천징수분 배당소득세 OOO원 및 2019년 제1기~2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분, 인천지방국세청장이 2025.1.2. 등 청구법인에게 한 2020~2024년 귀속 합계 OOO원의 이전소득금액 통지, 울산광역시 북구청장 및 인천광역시 남동구청장이 2024.5.9. 등 청구법인에게 한 2018~2023사업연도 법인지방소득세 합계 OOO원 및 2019년 귀속 특별징수분 법인지방소득세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 OOO팀에서 발생된 직·간접비용을 부품판매대가와는 별도로 고객사로부터 보전받았는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 1987.8.14. 설립되어 제어장치·화스너제품·금형의 개발·제작 및 판매 등, 기타 자동차용 제품 및 관련 장비의 설계·제조 및 판매 등을 수행하는 법인으로서,국외특수관계인인 OOO법인 A와 연구개발서비스계약(2017.1.1.) 및 변경계약(2020.12.23.)(이하 “쟁점용역계약”이라 한다)을 체결하고, 이에 따라 연구개발 용역 제공에 대한 대가로 A로부터 연구개발 상환비용에 이익을 가산(이익가산율 : 2017~2020사업연도는 5%, 2021사업연도 이후는 8%)한 금액(이하 “쟁점대가”라 한다)을 지급받았다.나. 인천지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.11.23.부터 2024.12.15.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 국외특수관계인인 A로부터 쟁점용역계약에 따른 용역대가를 과소수취한 것으로 보아 「국세조세 조정에 관한 법률」(2017.12.19. 법률 제15221호로 개정된 것, 이하 “국조법”이라 한다) 제4조 제1항의 정상가격에 의한 과세조정 규정에 따라 2018∼2023사업연도 합계 OOO원을 익금산입하고, 부가가치세 영세율과세표준을 증액하여야 한다는 내용의 과세자료를 처분청(남동세무서장)에 통보하였으며,이에 따라 남동세무서장은 2024.3.28. 등 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 2018~2023사업연도 법인세 합계 OOO원, 2019년 귀속 원천징수분 배당소득세 OOO원 및 2019년 제1기~2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각각 경정·고지하였고, 조사청은 2025.1.2. 등 청구법인에게 2020~2024년 귀속 합계 OOO원을 OOO법인인 B(이하 “B”이라 한다)의 배당으로 소득처분하여 각 이전소득금액 통지를 하였으며,울산광역시 북구청장 및 인천광역시 남동구청장은 2024.5.9. 등 아래 ＜표2＞와 같이 2018~2023사업연도 법인지방소득세 합계 OOO원 및 2019년 귀속 특별징수분 법인지방소득세 OOO원을 각각 경정·고지하였다(＜별지1＞ 기재 참고).＜표1＞ 남동세무서장의 경정내역(단위 : 원)○○○＜표2＞ 울산광역시 북구청장 및 인천광역시 남동구청장의 경정내역(단위 : 원)○○○다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.17., 2024.7.25., 2025.3.20. 및 2025.5.16. 각 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청들 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점용역계약의 체결 경위 및 이 건 과세처분의 구체적 내용은 다음과 같다.(가) 청구법인의 주주는 당초 C 그룹의 한국 내 자회사인 D였으나, 2016년경 E 그룹이 C 그룹의 전세계 제어장치 및 화스너 사업부분을 인수하면서 2016.7.1.

이유 2F으로 변경되었다.(나) 청구법인은 1987년 당시 자동차용 화스너, 스위치 및 릴레이 등의 노하우를 제공받기 위해 국외특수관계인인 OOO법인 G 및 그 자회사(5개사)와 기술도입계약을 체결하였고, 이후 추가적으로 상표권 사용계약을 체결하였으며, E 그룹의 인수 전까지 무형자산 사용에 대한 사용료를 지급해왔다.다만, 기술도입계약은 2010.9.10.자로 종료되고 이후 청구법인은 기업부설연구소를 설립하여 연구개발 활동을 수행하였으며, 가치가 있는 설계도면과 그와 유사한 아이디어를 형상화시킨 데이터는 청구법인 명의로 한국특허청에 특허, 실용신안, 디자인권 등에 대한 등록을 하고, 등록된 지식재산의 소유권은 청구법인에게 있었다.(다) 청구법인이 E 그룹으로 인수된 후에도 청구법인의 설계팀은 인수 전과 마찬가지로 주로 신차종에 대한 신규 프로젝트 관련 디자인 및 설계를 수행하며 신기술 업무를 담당하였으나, 가치있는 제품설계도나 실용신안 및 디자인은 E 그룹의 무형자산 정책에 따라 청구법인이 아닌 B 명의로 특허를 등록하였다.E 그룹은 그룹 내 모든 무형자산의 소유권을 최종 모회사인 B가 집중하여 소유하므로 청구법인은 2017.1.1.자로 보유하던 특허 등 지식재산을 모두 B에게 유상으로 양도하고 더 이상 지식재산을 보유하지 않게 되었다.(라) 전세계 무형자산의 소유권을 가지고 있던 B는 소유권과 라이선스권한을 분리하여 모든 소유권은 B가 소유하되 OOO 외 E 그룹 소속 관계사들에게 무형자산을 라이선스할 수 있는 권리는 OOO법인인 A에게 양도(2016.1.1.)하였고, 2016.1.1. 이후 무형자산을 개발하기 위한 연구개발원가와 위험을 둘 사이에 분담하기 위한 원가분담약정을 체결하였다.즉, B 및 A는 원가분담약정에 따라 무형자산의 라이선서로부터 전반적으로 기대되는 편익에 상응하는 무형자산의 연구개발원가를 부담하기로 하였는데, 청구법인을 포함한 OOO 외 지역에 소재하는 관계사가 수행하는 연구개발로 인해 발생하는 원가는 A가 전액 보상하며, 보상시 정상대가에 해당하는 용역대가를 가산하여 지급한다.(마) 청구법인도 이와 같은 정책에 따라 2017.1.1.

이유 3A와 쟁점용역계약을 체결하였고, 연구용역에 대한 대가로 청구법인의 설계팀 비용과 이에 정상이익을 가산한 금액을 A로부터 수령하고 있다.한편, A는 OOO 외 관계사들이 사용하는 B의 무형자산에 대한 라이선스 권한을 가지고 있으므로 청구법인이 사용하는 E 그룹의 기술, 특허, 노하우, 상표 등의 무형자산 사용에 대한 사용료를 청구하였는바, 2018~2022사업연도 중 A가 청구법인에게 지급한 연구개발용역 대가(쟁점대가)와 청구법인이 A에게 지급한 무형자산 사용료는 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 쟁점대가 및 무형자산 사용료 지급액(단위 : 원)○○○(바) 한편, 청구법인은 설계팀과 별도로 OOO팀을 운영하여 왔는데, 설계팀에서 완성한 제품 설계와 관련 데이터가 OOO팀에 전달되면 OOO팀은 금형제작 등을 위한 다음의 업무를 수행한다.＜표4＞ OOO팀의 업무내용○○○금형설계는 외주 금형제작업체에서 하고, 완성된 금형에 대해서는 고객사가 대가를 지급하므로 금형설계도나 완성된 금형의 소유권은 청구법인에게 있지 않고, 따라서 OOO팀에서는 무형자산이 창출되지 않는다.OOO팀의 신차개발이나 신차품질 과정에서 문제점이 확인되는 경우에는 원인에 따라 설계를 변경할 것인지, 금형을 수정할 것인지 등을 구분하여 설계의 변경이 필요한 경우에는 설계팀의 재작업이 이루어질 수 있다.(사) 처분청들은 쟁점용역계약에 따른 보상대가에 설계팀 뿐만 아니라 OOO팀의 비용 또한 포함되어야 한다고 보았고, 2020사업연도 이전에 적용하던 이익가산율 5%를 8%로 하여 정상가격 과세조정 후 법인세 등을 부과하였다.(2) (쟁점①) OOO팀의 활동은 계약상으로 보나 실제 수행활동으로 보나 국외특수관계인을 위한 연구개발 활동에 해당하지 않으므로 이 건 처분은 부당하다.(가) OOO팀의 비용이나 활동은 청구법인과 국외특수관계인이 합의한 쟁점용역계약에서 정한 연구개발 상환비용이나 연구개발 활동에 해당하지 않는다.1) 국외특수관계인이 쟁점용역계약에서 청구법인에게 의뢰하고자 한 것은 지식재산(Intellectual Property)의 개발이므로, 보상대상 활동 또한 지식재산을 창출하는 연구개발 활동으로 한정된다.쟁점용역계약은 상환대상인 연구개발비용에 대한 정의 및 연구개발 활동의 범위를 규정하고(제1.8항), 청구법인이 제공하는 연구개발용역에 대한 대가의 계산방식도 상세히 규정하고 있다(제3.1항).연구개발 상환비용에 대해 규정한 제1.8항에 의하면, 연구개발 상환비용은 용역제공자의 손익계산서(FRIDA 손익계산서) I-17번째 줄 연구개발비용(RD_EXP)으로 분류된 비용을 의미한다고 하고 있으며, 청구법인은 설계팀의 비용만을 I-17로 분류하고 있다. 청구법인과 국외특수관계인은 I-17로 분류된 비용 외에 달리 연구개발 상환비용으로 합의한 비용이 없다.연구개발용역에 대한 대가를 규정한 제3.1항에 의하면, 연구개발 활동을 위해 발생한 비용은 상환하고, 이에 일정한 이익을 가산한 금액을 더하여 서비스대가로 지급한다고 되어 있다.연구개발용역 대가는 연구개발용역에 대한 보상이므로, 보상대가 계산시 포함되지 않는 비용, 즉 제외되는 비용은 당연히 쟁점용역계약에 열거된 연구개발 활동에 해당하지 않는다.2) OOO팀의 비용은 FRIDA I-17로 구분되어 있지도 않고, 달리 연구개발 상환비용으로 합의되지도 않았다.

이유 4OOO팀의 활동이 연구개발 활동에 해당하지 않는다는 점은 계약당사자가 쟁점용역계약에서 명확히 확인하였으므로, 계약을 달리 해석하여 OOO팀의 비용도 연구개발 상환비용에 해당한다고 주장할 여지는 전혀 없다.(나) OOO팀의 활동은 쟁점용역계약의 목적인 지식재산을 창출하는 것이 아닌 고객사의 요청에 따라 금형을 제작하여 고객사에게 제공하는 것으로, 연구개발 활동이 아니다.1) OOO팀의 활동과 설계팀의 활동을 비교하여 보면 OOO팀의 업무는 고객사, 설계팀, 외주금형제작업체와의 소통, 연결, 품질 검수를 통한 피드백을 포함하는 ‘프로젝트 관리’ 또는 ‘총괄’로서, 설계도면과 같은 지식재산을 창출하는 설계팀의 활동과는 기능적으로 차이가 있어, 이를 연구개발 활동으로 볼 수 없다.＜표3＞ OOO팀과 설계팀의 활동 비교○○○금형제작의 과정에서 OOO팀이 수행하는 설계팀과의 소통, 설계팀의 설계를 바탕으로 한 금형제작업체와의 협의 및 금형 시제품 외주제작은 연구개발 활동에 해당하지 않으며, 설사 금형제작 과정에서 설계도면의 수정이나 변경을 설계팀에게 제안한다고 하더라도 실제 설계를 다시 하고 문제를 해결하는 것은 설계팀이 직접 수행하므로 이 또한 연구개발 활동으로 볼 수는 없다.2) OOO팀의 활동으로 인해 창출되는 지식재산은 없다.쟁점용역계약의 목적인 지식재산이 고객이 요청한 제품에 대한 설계도면이나 도면 제작과 관련한 기술이라면 설계도면의 제작 또는 변경은 설계팀이 직접 수행하고 관련 기술은 설계팀이 창출하므로, 지식재산은 설계팀의 활동의 결과물이지 OOO팀 활동의 결과물은 아니다.만일, 지식재산이 금형의 설계도면이나 금형자체라면 금형은 설계도면을 바탕으로 외주금형제작회사가 설계 후 제작한 다음, 그 소유권은 고객사에게 이전되므로, OOO팀이 창출하는 지식재산은 없다.(다) 청구법인은 고객사와의 계약에 따라 고객을 위해 금형을 제작한 후 고객에게 소유권을 이전한다. OOO팀의 발생비용은 적정이익을 가산한 후 고객사로부터 지급받고 있는데, 이를 국외특수관계인을 위한 연구개발 활동으로 보는 것은 부당하다.1) 청구법인은 고객사와의 계약에 따라 부품판매대가와는 별개로 OOO팀의 발생비용에 적정이익을 가산한 금액을 고객사로부터 보상받고 있다. 이러한 거래 관계는 E 그룹으로 인수되기 이전부터 있어온 업계의 관행이다.2) 금형제작과 관련한 OOO팀의 활동에 대한 보상 방식은 고객사와의 계약에 따라, 판매하는 부품가격과 별개로 지급받거나 판매하는 부품가격에 일정금액을 추가하여 지급받는다. 어느 경우든 궁극적으로 보상받을 금액은 설계팀의 경우와 마찬가지로 발생비용에 이익을 가산하여 계산한다.금형제작비용을 제외하고 부품단가의 산정이 이루어지는 경우, 금형 제작 완료 시점에서 외주원가와 OOO팀 발생비용 및 이익을 포함한 금액을 일시불로 지급받으며, 금형제작비용을 부품단가의 산정에 포함하여 지급받는 경우에는 우선 OOO팀 비용과 가산할 이익 포함 총 금형제작비용을 청구법인의 장부에 자산으로 계상 후, 청구법인의 고객사에 대한 부품생산 및 판매량에 따라 생산량비례법으로 상각 후 상각비를 부품판매 가격에 가산하여 지급받는다.3) 청구법인과 고객사와의 부품 및 금형 공급계약서 제5조 제5항에 의하면, 협력사의 비용부담으로 금형을 제작하는 경우 그 제작비는 제품단가에 포함하여 상각하거나 일시불로 지급할 수 있다고 기재되어 있다.

이유 5이는 고객사가 소유할 금형을 청구법인(OOO팀)이 제작하는 경우 OOO팀의 발생비용 및 이익가산금액은 모두 판매하는 부품가격과는 별개로 고객사로부터 지급받는다는 뜻이다.4) 설계팀은 국외특수관계인이 원하는 지식재산을 창출하기 위해 대가를 받고 용역을 제공하고 있으나, OOO팀은 고객사로부터 대가를 받고 고객사가 요청한 금형을 제작하여 제공하는 활동을 하고 있다. 설계팀과 OOO팀이 각각 외부와 체결한 계약의 목적과 내용, 계약에 따른 의무를 이행하기 위한 각 팀의 활동 및 산출물, 그리고 활동에 대한 대가의 지급관계를 보면 OOO팀은 국외특수관계인이 아닌 고객사에게 금형제작 서비스를 제공하고 있음이 분명하므로 OOO팀의 비용은 연구개발 상환비용에 해당하지 않음이 명백하다.(라) 처분청들의 의견은 다음과 같이 부당하다.1) E 그룹이 청구법인을 인수(2016.7.1.)하기 이전인 2013년경 거래의 일방이 작성한 연구소 조직도보다는 거래당사자가 합의하여 체결한 계약 내용이 과세판단에 있어 더 존중되어야 한다.처분청들이 제출한 조직도는 청구법인이 E 그룹에 인수되기 이전인 2013년경 기업부설연구소를 신고하면서 사용하던 것으로, 이는 계약당사자 일방의 내부 조직도일 뿐이다.청구법인이 E 그룹으로 인수되고, 2017.1.1. 쟁점용역계약을 체결할 때 계약당사자는 계약의 목적에 따라 연구개발 활동의 정의 및 그에 대한 보상에 대해 조직도와 달리 합의할 수 있으므로, 청구법인의 조직도는 과세의 근거가 될 수 없다.

이유 6게다가, 두 팀이 같은 연구소 조직 내에 있는 것으로 그려졌다고 하더라도 세부내용을 보면 각 팀이 수행하는 활동과 조직 내 보고체계는 서로 다름을 알 수 있도록 명시적으로 구분하여 표시하고 있다.2) OOO팀의 활동은 연구개발 활동이 아니다.처분청들은 OOO팀 활동이 고객사, 설계팀, 외주금형제작업체와의 소통, 연결, 품질 검수를 통한 피드백을 포함하는 ‘프로젝트 관리’ 또는 ‘총괄’에 해당하므로 연구개발 활동에 해당한다고 하나, 명칭을 무엇이라 하던 OOO팀의 활동은 고객을 위한 (외주)금형제작 활동으로 연구개발 활동에 해당하지 않으며, 따라서 아래 3)과 같이 지식재산도 창출하지 않는다.3) OOO팀의 활동으로 인한 지식재산의 창출은 없다.처분청들은 OOO팀이 ‘쟁점용역계약 제1.5조 지식재산(b)호 제조공정 효율 노하우, (e)모든 영업비밀 및 노하우 및 기업 전유적 정보에 대한 권리'를 창출하여 국외특수관계인에게 이전하였다는 의견으로 이해되나, 구체적으로 어떤 노하우를 보유하는지, 해당 노하우가 어떻게 창출·이전되는지에 대해서 어떤 설명이나 자료제공이 없다.4) OOO팀의 발생비용은 고객사로부터 별도로 보상받는다.처분청들은 청구법인이 고객사에 금형을 공급하고 별도의 대가를 받은 것이 아닌 ‘일반적인 제품공급과 마찬가지로 판매마진'을 받은 것이며, 부품공급계약서에는 OOO팀의 어떠한 직간접비용을 보전하여 준다는 내용이 없으므로, 청구법인이 고객사로부터 금형제작 관련 OOO팀 발생비용을 상환받은 사실은 없다는 의견이나, 위의 (다)에 기재한 바와 같이 이는 사실과 다르다.5) 처분청들의 국조법 시행령 제6조의2 제1항에 대한 해석 및 적용은 타당하지 않다.처분청들은 국조법 시행령 제6조의2조 제1항 제3호 가목 “발생한 원가에는 용역 제공을 위하여 직접 또는 간접으로 발생한 비용 모두를 포함시킬 것”을 근거로 OOO팀의 활동은 설계팀의 연구개발 활동을 간접적으로 지원하는 것이므로 신차운영비의 발생 비용 또한 보상대상에 포함해야 한다고 보고 있다.그러나 이는 용역을 제공하는 조직이 발생시킨 비용을 청구할 때 간접비용도 포함하라는 취지로, 금형을 외주제작하는 OOO팀의 활동이 설계팀의 연구개발 활동을 간접적으로 지원하므로 간접적인 지원활동을 위해 발생하는 비용까지 연구개발 상환비용으로 보아 보상받아야 한다고 확대해석할 수 없다.(마) 쟁점①에 대한 청구법인 주장 결론국외특수관계인과의 거래는 정상가격으로 이루어져야 한다는 정상가격원칙은 OECD 모델조세조약 제9조 제1항의 “두 관계 기업들 간의 상업적, 금융적 관계에 있어서 정상거래들 간에 성립되었을 조건과 다른 조건이 설정되거나 부여된 경우, 그 다른 조건이 아니었더라면 그 관계 기업들 중 어느 한 기업에 발생했을 이익이 그 다른 조건으로 인해 발생되지 아니한 경우 그 이익은 한 기업의 이익에 포함되어 그에 따라 과세된다”에 근거를 두고 있다. 그리고 정상가격원칙을 적용하기 위한 분석의 시작은 거래에 대한 계약조건을 분석하는 것이라고 하고 있다(OECD 이전가격과세지침 1.36).이렇듯, 정상가격원칙의 적용을 위한 첫 시작은 계약조건을 분석하는 것인데, 처분청들은 충분한 근거도 없이 계약당사자간 정당한 계약내용을 부인하였고, 사실관계 또한 오인하여 불합리한 과세를 하였다.