청구법인이 주식 매매계약의 다음날 주식교환계약에 따라 취득한 피인수법인 주식이 기술혁신형 주식취득에 따른 세액공제 적용대상인지 여부

요지청구법인은 당초부터 피인수법인 주식 전부를 인수하고자 하였고 청구법인의 피인수법인 주식매매계약은 선행조건으로 주식교환계약의 적법 체결 및 유효 존속을 요구하고 있는 등 두 계약이 불가분 관계이자 피인수법인 주식 전부를 거래 대상으로 정하고 있는 등 주식매매·교환계약은 사실상 하나의거래를 이룬 것으로 보아 쟁점세액공제 적용함이 타당함

주문성동세무서장이 2025.4.3. 청구법인에게 한 2021사업연도 법인세 경정청구 거부처분(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제액 OOO원 중 OOO원)은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 컨텐츠 기획 및 개발업, 온라인 의류 판매업, 전자상거래업, 광고대행업 등을 주요 사업으로 영위하는 법인으로서 패션플랫폼 ‘OOO’, ‘OOO’ 등을 운영하고 있으며, 2021.5.13. 여성 패션플랫폼 ‘OOO’ 등을 운영하는 주식회사 A(이하 “피인수법인”이라 한다)의 주식 100%를 인수한 후 청구법인을 존속법인으로, 피인수법인 및 피인수법인의 100% 자회사 주식회사 B(이하 “B”라 한다)를 소멸법인으로 하여 청구법인이 피인수법인 및 B를 각각 흡수합병하는 거래를 추진하기로 피인수법인과 양해각서를 체결한 후 2021년 8월 주식매매(1주당 OOO원) 및 주식교환(비율 1:0.3950445)의 방식으로 피인수법인의 주식 100%를 취득(이하 “쟁점인수거래”라 한다)하였다.이후 피인수법인은 2021.12.15. 100% 지분을 보유하고 있던 B를 흡수합병하였고, 이어서 청구법인이 2021.12.29.을 합병기일로 하여 피인수법인을 흡수합병하였다.나. 청구법인은 쟁점인수거래를 통하여 피인수법인 주식 100%를 취득한데 대하여 「조세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 “조특법”이라 한다) 제12조의4 및 같은 법 시행령 제11조의4(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것, 조특법 제12조의4와 함께 이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제(이하 “쟁점공제”라 한다)를 적용받고자 2024.7.11. 처분청에 경정청구를 하였다.다. 처분청은 쟁점인수거래를 통해 취득한 주식 468,220주 중 주식매매를 통해 취득한 주식 288,845주에 대해서만 쟁점규정에 따른 세액공제(OOO원) 적용을 인정하고, 주식교환으로 취득한 주식 179,375주의 경우 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 2025.4.3. 청구법인의 경정청구를 일부 거부(OOO원)하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.28. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점규정은 벤처기업 인수 활성화를 도모하는 규정으로서, 청구법인이 피인수법인 지분 100%를 인수하는 내용의 구속력 있는 양해각서에 규정된 주식매매 및 주식교환을 통하여 하나의 거래로서 취득한 지분들은 그 입법취지상 쟁점규정에 따른 세액공제 대상이 된다.(가) 쟁점규정은 벤처기업 신기술의 이전을 촉진하고 벤처자금의 선순환 구조 형성을 목적으로 2014.1.1.

이유 2신설된 규정으로서 개정법률안 발의 당시 벤처기업을 합병하여 신기술을 취득하는 '합병투자'에 대해서만 세제지원을 정하고 있었으나, 벤처기업 지분을 '인수'하는 경우에도 세제혜택을 부여하고자 개정법률안에 반영되었다.1) 쟁점규정의 입법 취지는 벤처기업에 대한 단순 지분투자거래를 지원하기 위한 것이 아니라, 벤처기업의 경영권 확보를 위한 인수 거래에 대해 세제혜택을 부여하기 위한 것이다.2) 청구법인의 경우, 벤처기업인 피인수법인의 경영권을 확보하기 위하여 피인수법인과 양해각서를 통해 피인수법인의 지분 100%를 인수하기로 약정한 후 이를 이행하기 위한 수단으로서, 주식매매 및 주식교환을 통한 일련의 거래로 피인수법인의 지분을 인수하였으며, 나아가 같은 해 12월 피인수법인을 합병함으로써 피인수법인이 보유하는 기술을 완전히 내재화하였는바, 청구법인이 지급한 인수대가는 위 입법 취지상 쟁점규정에 따른 세액공제 대상에 정확히 해당된다.3) 그런데, 처분청은 쟁점규정의 입법 취지와 달리 청구법인의 피인수법인을 인수하는 하나의 거래를 주식매매와 주식교환을 통한 각각의 독립적인 단순 지분투자로 쪼개어 구분함에 따라 피인수법인 인수를 위해 주식매매와 함께 이행된 주식교환에 대해서는 세액공제 적용이 배제되는 불합리가 발생하였다.(나) 쟁점규정의 “최초 취득일”을 해석함에 있어 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석이 필요하며, 쟁점규정의 입법취지와 쟁점인수거래 구조 등을 종합적으로 고려할 때, 100% 지분 인수가 모두 종결된 시점을 최초 취득일로 보아야 한다.1) 대법원은 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 하여 합목적적 해석을 인정하고 있다(OOO).2) 그리고, 대법원 2025.8.14. 선고 2025두32946 판결은 「조세특례제한법」은 특정분야에 대한 세제지원을 통해 국가정책목적을 달성하고자 하는 법률로서 다른 법률과 입법 목적이 달라, 「조세특례제한법」상 용어가 다른 법률의 용어와 동일한 의미라고 따로 명시되어 있지 아니한 경우 서로 다른 기준과 목적에 따른 법률 간 유사 개념을 일치되게 해석할 필요가 없다고 판단하였다.3) 따라서, 본건의 경우 단순히 규정의 문언에 국한할 것이 아니라 기술혁신형 주식취득 세액공제 제도의 입법취지와 거래당사자인 청구법인과 피인수법인의 거래 목적 등 실질을 살펴 취득일을 판단해야 하며, 쟁점규정이 벤처기업의 경영권 확보를 목적으로 한 기업인수거래에 대한 세제지원을 입법 취지로 두고 있는 점을 고려할 때, 주식매매와 주식교환을 통해 양해각서에 따른 100% 지분 인수가 모두 종결된 시점이 쟁점규정의 최초 취득일에 해당된다.(2) 주식매매와 주식교환은 청구법인이 피인수법인 100% 주식을 인수하는 과정에서 행하여진 경제적·사실적인 일체의 거래이다.(가) 애초부터 청구법인은 피인수법인의 지분 100%를 취득한다는 양해각서를 피인수법인과 체결하였으며, 동 양해각서에 따라 주식매매계약 및 주식교환계약을 체결하여 피인수법인의 지분 100% 취득을 이행하였다.1) 2021.5.13.

이유 3청구법인이 피인수법인과 체결한 양해각서에 따르면, 청구법인이 피인수법인의 주식 전부를 매수할 것을 정하면서 ‘본 양해각서는 각 당사자(OOO 및 A)에게 법적 구속력을 가진다’고 정하고 있으며, ‘청구법인이 본건 거래를 포기하거나, 진행하지 않기로 하는 등 양해각서에서 정한 피인수법인 지분 취득을 이행하지 아니할 경우, 청구법인이 별도로 손해배상 의무를 부담한다’는 점에 대해서도 구체적으로 정하고 있다.2) 이에 따라, 청구법인은 피인수법인 주식 전부를 매수하기로 한 양해각서의 이행을 위하여 2021.7.7. 이사회결의를 통해 피인수법인 지분 중 61.69%에 대해서는 주식매매계약, 나머지 38.31%에 대해서는 주식교환계약을 피인수법인 및 그 주주들과 체결하여 지분 100%를 인수하기로 정하였다.3) 위와 같이 주식매매와 주식교환은 서로 독립적인 별개의 거래가 아니라 청구법인과 피인수법인간 체결된 양해각서상 피인수법인의 지분 100% 취득한다는 약정사항을 이행하기 위해 이루어진 거래로서 양해각서라는 약정 하에 하나의 일련된 거래를 이루고 있다.(나) 주식매매와 주식교환은 각 계약이 전체적으로 경제적, 사실적으로 일체로서 행하여진 것으로 계약조건상 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있다.1) 대법원 2006.7.28. 선고 2004다54633 판결 및 대법원 2013.5.9. 선고 2012다115120 판결은 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지 여부는 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이고, 각 계약이 전체적으로 경제적, 사실적으로 일체로서 행하여진 것으로 그 하나가 다른 하나의 조건이 되어 어느 하나의 존재 없이는 당사자가 다른 하나를 의욕하지 않았을 것으로 보이는 경우 등에는, 각 계약을 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것으로 판단하였다.2) 조세심판원(2020부362, 2020.4.27.)도 토지를 2회에 걸쳐 분할하여 양도하여 양도소득세 감면을 받은 사안에 대하여 사실상 하나의 양도로 보아 감면을 배제한 사례가 있으며, 해당 사안에 대해 법원에서도 각 양도거래는 처음부터 경제적, 사실적 일체로 행하여진 것으로 그 전부가 하나의 불가분적 일체로서 양도된 것으로 판단하였다.3) 이와 관련하여 주식매매계약 조건을 살펴보더라도 ① 2021.8.26.을 거래 종결일로 하되 거래 선행조건으로 주식교환계약이 적법하게 체결되어 유효하게 존속하고 있을 것을 요구하여 주식교환계약이 무효가 되는 경우 주식매매계약도 효력을 상실함을 전제함으로써 두 계약이 불가분의 관계임을 나타내고 있으며, ② 거래 종결 전 확약사항으로서 피인수법인 이사회에서 주식매매 및 주식교환의 승인을 함께 요구하고 있다.4) 그리고, 주식교환계약 조건을 살펴보더라도 해당 계약은 2021.8.27.

이유 40시를 주식교환일로 하되 거래의 선행조건으로 주식매매계약의 체결과 거래를 정하여 주식매매계약이 무효가 되는 경우 주식교환계약도 효력을 상실함을 전제함으로써 두 계약이 불가분의 관계임을 나타내고 있다.5) 위와 같이 피인수법인 100% 지분 인수를 정하고 있는 양해각서의 이행을 위해 체결된 주식매매계약 및 주식교환계약은 한 계약의 선행조건을 또 다른 계약의 유효함으로 하는, 상호 견련성을 바탕으로 체결된 일련의 거래이다.6) 즉, 각 계약이 전체적으로 경제적, 사실적으로 일체로 행하여져 그 하나가 다른 하나의 조건이 되어 어느 하나의 존재 없이는 당사자가 다른 하나를 의욕하지 않았을 경우에 해당되므로, 주식매매와 주식교환은 애당초 계약조건상으로도 하나의 거래로서 상호 불가분의 관계에 있다.(3) 위와 같이 주식매매와 주식교환은 양해각서에 따른 견련 거래이므로, 2021.8.27. 주식매매와 주식교환 모두 효력이 발생되어 양해각서에 따른 피인수법인 인수 거래가 종결된 날이 쟁점인수거래에 따른 최초 취득일에 해당된다.(가) 청구법인은 피인수법인과 체결한 양해각서상 약정사항인 피인수법인의 지분 100%를 취득을 이행하기 위하여 주식매매와 주식교환을 하였으며, 각 거래들은 서로 독립되어 이루어지는 것이 아니라 전체적으로 하나의 거래로서 행하여진 것으로 두 거래에 의한 피인수법인 지분 100% 취득이 모두 완료하였을 때 쟁점인수거래가 종결된다.(나) 조세심판원(조심 2018서854, 2020.2.28.)도 거래당사자간에 정한 조건이 충족되기 전까지는 해당 거래가 이행된 것이 아닌 것으로 보아 조건부로 체결된 매매계약 사례에 대해서 해당 조건이 완료된 날을 양도시기로 판단하였다.(다) 처분청은 쟁점 인수거래에서 주식매매와 주식교환은 거래당사자·목적물·거래방법을 달리하고 있어 하나의 거래로 볼 수 없다고 주장하고 있다.(라) 그런데, 청구법인은 서로 아무런 관련 없는 두 거래를 각각 독립적으로 진행한 것이 아니라 애당초 피인수법인과의 양해각서에 따른 지분 100% 인수를 이행하기 위한 견련 관계의 거래를 진행한 것으로서 둘 중 어느 하나만 효력이 있다고 하여 거래가 종결되었다고 볼 수는 없으며, 두 거래가 모두 이행되었을 때 거래가 종결된 것으로 보는 것이 타당하다.(마) 따라서, 청구법인의 피인수법인에 대한 지분 인수와 관련하여 주식매매와 주식교환를 각각 따로 떼어내어 그 거래 종결일을 달리 볼 수는 없다.(4) 설령 주식매매와 주식교환을 개별적인 거래로 보더라도 주식매매는 거래종결일인 2021.8.26. 24시, 주식교환은 2021.8.27. 0시에 효력이 발생하므로, 주식매매와 주식교환은 동시에 효력이 발생한다.(가) 주식매매는 주식교환계약이 적법하게 체결되어 유효하게 존속할 것을 거래 종결의 선행조건으로 하면서 2021.8.26.을 거래종결일로 정하고 있고, 주식교환은 주식매매의 종결이 이루어질 것을 거래의 선행조건으로 하되, 그 거래가 종결되는 시점을 2021.8.27. 0시로 정하고 있다.(나) 즉, 본건의 특유한 구체적 사정으로서, 양해각서 및 각 계약의 내용에 따라 주식매매계약과 견련관계에 있는 주식교환계약은 늦어도 2021.8.26. 24시까지 유효하게 이루어질 것이 요구되었고, 이에 따라, 주식매매계약상 거래종결시점은 2021.8.26. 24시가 만료되는 시점이 되므로 주식교환의 효력 발생시기인 2021.8.27.

이유 50시와 시간상 차이가 발생하지 않는다.(다) 위와 같이 주식매매와 주식교환은 그 효력이 동시에 발생하게 되어 그 취득시점을 다르다고 볼 수 없으므로, 주식교환에 의한 취득분을 주식매매 취득분과 같이 쟁점규정에 따른 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하며, 달리 취급할 이유가 없다.(5) 처분청은 「소득세법」상 취득시기인 대금청산일을 주식의 최초 취득일로 볼 때, 쟁점인수거래가 당사자·목적물·거래방법을 달리하는 주식매매와 주식교환으로 이루어졌으므로, 대금청산일이 서로 다르다는 의견이나, 「소득세법」상 취득시기를 준용하더라도 청구법인과 피인수법인이 계약당사자로서 체결한 양해각서에 따라 지분 100% 인수에 대한 대금이 모두 지급되어 쟁점인수거래가 종결된 시점이 대금청산일로서 최초 취득일에 해당된다.(가) 주식매매와 주식교환은 인수기업과 피인수기업간의 양해각서에 따라 양 당사자간에 이루어진 하나의 거래로서 피인수기업의 지분 100% 인수를 전제로 이에 대한 인수대금만 주식매매와 주식교환으로 나누어 지급된 것이므로, 주식매매와 주식교환을 통해 모든 대금이 지급된 날이 대금청산일이면서 최초 취득일에 해당된다.(나) 이와 관련하여 처분청에서 제시한 국세청 유권해석(서면-2015-법인-1426, 2015.11.26.)에서도 벤처기업의 주식에 대해 일정 지분을 취득하기로 하는 계약이 체결된 후 대금이 나누어 지급된 사례에 대해서 자산의 대금청산일을 원칙적인 취득시기로 준용해야 한다고 회신하였는데, 본건의 경우 역시 양해각서를 통해 지분 100% 인수를 약정하고, 이에 대한 대금을 주식매매와 주식교환으로 분할 지급하였으므로, 주식교환까지 종결되어 대금이 청산된 날이 주식의 취득시기로서 쟁점규정에 따른 최초 취득일에 해당된다.(6) 처분청은 쟁점 인수거래의 거래 목적 및 과정 등 특유한 사정에 대해 종합적으로 고려하지 아니하고, 주식매매와 주식교환으로 단순히 분리해야 한다는 의견이나, 쟁점인수거래는 일반적인 주식매매거래 사례들과 비교할 수 없을 뿐더러 유사 사례 역시 확인되지 아니한바, 입법취지 및 양해각서를 포함한 거래당사자간 특수한 계약내용을 고려하여 쟁점인수거래가 모두 종결된 시점을 최초 취득일로 보는 것이 타당하다.(7) 처분청이 주장하는 2021.12.28. 개정입법 사례 및 기존 예규는 다수의 주주를 대상으로 개별적으로 진행한 순차적인 취득거래에 적용되므로, 피인수법인의 지분 100%를 취득한 청구법인에게는 적용되지 않는다.(가) 처분청은 단기간에 순차 취득하는 거래에 대해서는 개정 법령의 부칙 및 입법취지, 기존 예규 등에 따라 최초 취득분에 대해서만 세액공제 대상이 될 수 있다고 주장하고 있다.(나) 그런데, 청구법인은 피인수법인의 지분을 개별적으로 순차 취득한 것이 아니라 본건 특유의 사정에 따라 피인수법인과 100% 주식인수를 약정한 후 주식매매와 주식교환을 하나의 거래로 이행하였고, 그 시기 역시 동시에 종결되었으므로 처분청에서 제시하는 사례에는 해당되지 않는다.나. 처분청 의견(1) 주식교환계약 따라 취득한 주식 179,375주는 쟁점규정에서의 “최초 취득일” 요건을 충족하지 아니하므로 이 건 경정청구에 대한 일부인용 처분은 정당하다.(가) 청구법인은 2021.8.26.

이유 6주식매매로 피인수법인 발행주식의 61.69%를, 2021.8.27.에 주식교환으로 38.31%를 취득하였고, 이에 따라 피인수법인 발행주식 전체에 대하여 조특법 제12조의4의 세액공제를 적용하여 줄 것을 청구하였으나, 조특법 제12조의4에서는 각호의 요건을 모두 갖추어 피인수법인의 주식 또는 출자지분을 “취득”하는 경우에 세액공제를 할 수 있다고 규정하면서, 같은 법 제1호에서 인수법인이 피인수법인의 주식 등을 “최초 취득한 날”을 “취득일”로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조의4 제1항에 따라 직전 2년 이내의 기간동안 그 주식 등을 보유한 사실이 없는 때를 “최초 취득한 날”로 보고 있으므로 2021.8.26.에 최초 취득한 부분만 쟁점규정의 적용 대상이 된다.(나) 주식매매거래와 주식교환거래는 하나의 거래가 아니다.청구법인은 주식매매거래와 주식교환거래를 병행하면서 계약간 거래일을 달리하였지만, 이는 당초부터 청구법인이 주식회사 A의 주식 전부를 인수하고 흡수합병할 목적으로 계획한 것으로서 주식매매와 주식교환을 하나의 거래로 보아야 한다고 주장하나,납세자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중해야 하며(OOO), 조세법률주의에 근거한 엄격해석의 원칙은 과세요건과 비과세 및 조세감면요건에 모두 적용되는 바, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세 요건이나 조세감면요건을 합리적 이유없이 확장·유추해석하는 것은 조세공평주의에 반하여 허용되지 아니하므로(OOO), 쟁점규정을 적용함에 있어서 주식매매거래와 주식교환거래를 하나의 거래로 보지 않는 것이 타당하다.실제 청구법인은 재무구조 악화방지와 자본시장법상 규제회피 등을 위해 주식매매거래일(2021.8.26.)과 주식교환거래일(2021.8.27.)을 달리하여 거래한 사실이 확인되고, 주식교환계약에 따라 취득한 주식(38.3%)은 최초 취득분인 주식매매계약에 따라 취득한 주식(61.7%)과는 아래 ＜표1＞과 같이 거래당사자·목적물·거래방법 등이 모두 다르며, 주식교환계약서 제8조에 따르면, “주식교환 이전에 주식매매계약의 종결이 이루어질 것”을 선행조건으로 정하고 있는바, 두 거래가 각각 별개의 거래임은 물론 그 성취시기도 상이하다.＜표1＞ 주식매매계약과 주식교환계약 비교 구분 주식매매거래(2021.8.26.) 주식교환거래(2021.8.27.) 거래당사자 A 외 48인 B 외 36인 목적물 A 등 일부주주의 보유주식 주식매매계약 후 잔여주식 거래방법 매매 상법상 주식의 포괄적 교환 따라서 이처럼 각각 구분된 별개의 계약에 의해 시기를 달리하여 피인수법인의 주식을 취득한 이상, 이러한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여 공제요건의 충족여부를 판단함이 타당하므로, 청구법인이 피인수법인의 주식을 100% 인수할 의도에 따라 실제 인수했다는 사실 및 흡수합병을 거쳤다는 점이 2차 취득분을 최초 취득분과 하나로 볼 수 있는 근거가 될 수 없다.결론적으로 경제적 목적이 동일하다고 할 수 있을 뿐, 사실상 하나의 거래라고 할 수 없는 서로 다른 날의 주식취득을 조특법상 세액공제 적용시 같은 날 취득한 것으로 보는 것은 확대해석 또는 유추해석하는 것으로서 조세법률주의에 반하는 것이므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.(다) 설령 쟁점인수거래를 하나의 거래로 인정하더라도 주식매매거래와 주식교환거래는 법리상 각각의 취득일(매매거래는 명의개서일인 2021.8.26., 교환거래는 교환일인 2021.8.27.)이 있어, 주식교환거