청구법인이 취득한 쟁점지분이 조특법 제13조의3에 따른 내국법인의 소재·부품·장비전문기업 등에의 출자에 대한 과세특례 요건을 충족하는지 여부 등

요지쟁점계약에 의해 청구법인의 쟁점지분을 포함한 전체주식 취득에 관한 주요 거래조건이 확정되고, 이에 따른 거래당사자 간 구속력 있는 합의 및 이행이 이루어진 경우까지 대금의 지급연도가 다르다는 이유만으로 동일한 원인으로 취득한 주식에 대해 세액공제의 적용 여부를 달리 보는 것은 형평에도 어긋나는 것으로 보임

주문중부세무서장이 청구법인에 한 2022사업연도 법인세 경정청구에 대한 부작위 처분은 청구법인이 2021년에 취득한 A의 발행주식이「조세특례제한법」제13조의3 제3항에 따른 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보아 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

이유1.처분개요가.청구법인은 A(OOO에 소재한 OOO 제조 및 판매기업으로 이하 “ A”이라 한다)의 발행주식(이하 “ A주식”이라 한다) 전부를 취득하기 위해 2019.10.18. A의 주주인 미합중국 소재 B( A의 지분 OOO%를 보유하였던 법인으로 이하 “B”라 한다)를 비롯한 7개 법인 및 B를 소유하고 있는 C, D와 Equity Interest Transfer Agreement(이하 “쟁점계약”이라 한다)를 2019.10.18. 체결하였는데, 쟁점계약에 따르면 청구법인은 B가 보유한 A 지분(20.5%)과 나머지 법인들이 보유한 A 지분을 합한 80%는 확정된 가액에 먼저 인수하고, 나머지 B가 보유한 A 지분 20%(이하 “쟁점지분”이라 한다)는 Closing date(2020년 1월)로부터 3년을 Earn out 기간으로 하여 달성하는 기술 및 프로젝트에 대한 확인 수준에 따라 그 인수가액에 차등을 두어 지급하기로 하였다.나.청구법인은 쟁점계약에 따라 2020.3.26. 인수대금 OOO위안 (한화 약 OOO원)을 지급하고 A 지분의 80%를 인수하는 한편, 쟁점지분에 대해서는 2021.4.30. OOO달러(한화 약 OOO원)를 지급하여 5%를 우선 취득하고, 나머지 15%에 대해서는 2021.8.17. B 등과 Termination Agreement(이하 “종결합의”라 한다)를 체결하여 인수대금을 OOO달러(한화 약 OOO원)로 확정한 후 인수하였다.다. 한편, 청구법인은 A주식 외에도 주식회사 E(OOO 연구·개발업체로 OOO 상호가 F 주식회사로 변경되었으며 이하 “E”이라 한다)의 발행주식(이하 “E주식”이라 한다) OOO주를 취득하기 위해서 2021.7.21. G 및 H(중국 법률에 따라 OOO에 본점을 두고 설립된 법인)와 주식인수계약을 체결하여 G으로부터 OOO주, H로부터 OOO주를 취득하였고, E의 2021.7.21.자 유상증자에 참여하여 E주식 OOO주를 추가 취득하였는데, 이에 따라 청구법인이 2021년에 취득한 총 E주식 수는 OOO주(E 지분의 43.99%)이다.라. 청구법인은 2020사업연도 법인세 신고 시 2020년에 취득한 A주식 지분 80%에 대해서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제13조의3 제3항에 따른 내국법인의 소재·부품·장비 전문기업에의 출자·인수에 따른 세액공제(이하 “쟁점세액공제①”이라 한다)를 적용하여 산정한 OOO원을 법인세 산출세액에서 차감한 후 2020사업연도 법인세 OOO원을 신고·납부하였고, 2021사업연도 법인세 신고 시 2021년에 대가를 지급한 쟁점지분( A 전체 지분의 20%) 및 E주식에 대하여는 별도의 세액공제를 적용하지 아니한 채 2021사업연도 법인세 OOO원을 신고하였다.마. 청구법인은 2023.5.2. 아래 ＜표1＞과 같이 2021년에 대가를 지급한 쟁점지분에 대하여 쟁점세액공제①을 적용하고, E주식에 대해서는 조특법 제12조의4에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제(이하 “쟁점세액공제②”라 하고, 쟁점세액공제①과 합하여 “쟁점세액공제”라 한다)를 적용하여 과다하게 신고·납부한 2022사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라고 경정청구를 제기하였다.＜표1＞ 청구법인의 쟁점세액공제 청구액OOO바. 처분청이 청구법인에게 경정청구일로부터 2개월 이내에 그 처리결과를 통지하지 아니하자 청구법인은 「국세기본법」제45조의2 제3항에 따라 2024.3.8.

이유 2심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 청구법인이 2021년 쟁점지분( A 총 지분의 20%)을 취득할 당시 조특법 제13조의3 제3항에 따른 쟁점세액공제①의 공제요건을 전부 충족하였다.(가) 처분청은 청구법인이 2021년에 쟁점지분을 인수할 당시 이미 80%의 A 지분을 보유하고 있어 청구법인과 투자대상기업( A) 간에 특수관계가 성립하므로 쟁점세액공제①의 적용대상이 아니라는 의견이나, 특수관계 여부를 판단하는 기준 시점은 주식 취득의 원인행위인 쟁점계약 체결일(2019.10.18.)이어야 하고, 그 당시 청구법인은 A주식을 전혀 보유하고 있지 아니하였는바, 청구법인과 투자대상기업( A) 간에 특수관계가 성립하지 아니한다.1) 내국법인이 당초 특수관계가 없는 외국법인과 지분양수도계약을 체결하여 확정적인 주식 취득의 의사표시를 함으로써 지분인수 의무가 발생하였고, 그 지분인수계약 조건에 따라 사후적으로 주식이 인수됨으로써 주식의 양도가 이루어졌다면, 설령 사후적으로 주식을 인수할 당시 내국법인과 외국법인 간에 특수관계가 성립하게 되었다고 하더라도, 이는 내국법인의 당초 특수관계가 없는 외국법인에 대한 모험적 투자의 의사결정에 따른 출자이므로 원인행위에 해당하는 계약 체결 당시를 특수관계 판단의 기준 시점으로 삼아야 한다.이러한 판단 기준은 관련 산업을 영위하는 국내기업이 해외 기업을 직접 인수하여 핵심기술 확보를 촉진하고자 하는 쟁점세액공제①의 취지에도 부합한다.2) 법원은 쟁점세액공제①과 입법 취지 및 그 규정방식이 매우 유사한 창업기업 등에의 출자에 관한 과세특례(조특법 제14조)에 대한 법해석에서 “출자의 원인행위일을 기준으로 특수관계가 존재하는지 여부를 판단해야 한다”[서울고등법원 2020.11.26. 선고 2020누42776 판결로 대법원 심리불속행 판결(2020두57813)로 확정됨, 같은 뜻임]고 보았다.즉 법원은 특수관계가 없는 기업인지를 판단하는 시점은 출자에 따른 주식취득의 원인행위일이 되어야 한다고 보았는바, 쟁점세액공제①의 적용 시에도 주식취득계약 등과 같이 의무를 발생시키는 원인행위(계약 체결 시점)를 기준으로 내국법인과 외국법인(피인수법인) 간의 특수관계 여부를 판단하는 것이 타당하다.3) 청구법인이 A의 지분 100%를 취득하기로 한 시점은 명백하게 A의 80% 지분과 20%의 잔여 지분(쟁점지분)을 동시에 인수하기 위해 쟁점계약을 체결한 2019.10.18.이고, 청구법인의 A 지분 전부 인수에 대한 확정적·구속적 의사가 표시된 위 계약체결 당시에는 청구법인과 A 간에 특수관계가 존재하지 않았음은 분명하다.4) 청구법인은 A의 기존주주 중 설립자(B를 소유하고 있는 C과 D)들에게 Earn out 기간 동안의 성과에 따라 주식인수대가를 차등 지급하기 위하여 쟁점지분의 대가 산정방법에 대하여 별도로 정하였을 뿐 청구법인이 쟁점계약 및 종결합의에 따라 A의 지분 100%를 인수한 것은 하나의 거래(합의)에서 비롯되었다.가) 청구법인은 쟁점계약을 체결(2019.10.18.)할 당시 주식의 취득이라는 ‘거래 형태’, A의 지분 100%라는 ‘거래 대상’, 청구법인과 A 및 A의 기존 주주들이라는 ‘거래 당사자’ 등 주요 거래 요건을 모두 확정하였다.

이유 3다만, A의 설립자들(C과 D)에 대해서는 3년의 Earn out 기간 동안 기술책임자 및 연구개발 총괄책임자의 직책을 맡아 A에서 근무하도록 하고, 해당 기간 중 달성하는 기술 및 프로젝트 성취 정도에 따라 거래대가를 변동하여 지급하고자 하였기 때문에 가격이 조건부로 설정된 계약을 별도로 체결하였던 것일 뿐, 쟁점지분 거래의 경우에도 쟁점계약 체결 당시 그 가격이 산정되는 구체적인 조건이 설정되었고, Earn out 기간 동안의 기술확인 및 프로젝트 달성 결과에 따라 일정한 대가가 지급될 것임이 이미 예정되어 있었다.나) 청구법인은 2020년에 취득한 A 지분율을 80%가 아닌 100%로 하여 회계처리를 하였고, A주식의 취득가액도 A의 지분 80%에 대한 취득대가인 OOO원이 아니라 2020년말 당시 미지급금을 포함한 OOO원으로 계상하였다.(나) 처분청은 청구법인이 취득한 쟁점지분은 20%에 불과하여 쟁점세액공제①의 지분 취득요건(30% 내지 50%로 이하 “기준지분비율”이라 한다)을 충족하지 못한다는 의견이나, 해당 요건의 충족 여부는 청구법인이 쟁점계약에 따라 취득한 A의 지분 전체(100%)를 기준으로 판단하여야 한다.1) 쟁점세액공제①과 관련된 조특법 제13조의3 제3항 제1호 나목에서 내국법인이 소재·부품·장비 외국법인의 발행주식 총수 또는 출자 총액의 기준지분비율 이상을 직접 또는 간접적으로 취득하고, 해당 내국법인이 해당 주식 등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것을 세액공제의 요건으로 하고 있다.즉, 관련 조문에서 기준지분비율 이상의 주식을 직접 또는 간접적으로 취득할 것만을 규정하고 있을 뿐, 반드시 개별주식 취득 거래로 한정하여 기준 지분비율 이상의 주식을 동시에 인수하여야 한다거나 당해 사업연도 내에 기준 지분비율 이상의 주식을 인수하도록 규정하고 있지는 아니하다.2) 청구법인은 A의 지분 80%에 대한 지분양수도계약과 쟁점지분 양수도계약을 2019.10.18. 동시에 체결하여 하나의 계약으로써 A의 지분 100%를 인수한바, 2021년 중 인수가 완료된 잔여지분(쟁점지분)은 전체 지분 100% 거래에 포함되어 자연스럽게 지분 취득 요건을 충족하였다. 즉, 청구법인이 2021년도 중 쟁점지분을 취득할 당시 이미 청구법인은 A의 지분 80%를 보유하고 있었고, 쟁점지분 취득을 통해 A의 지분 100% 취득이 완료되었으므로 청구법인은 쟁점지분 취득 당시 기준지분비율 이상 취득요건을 충족한 것으로 보아야 한다.(나) 처분청은 Earn out 기간 중 인수한 쟁점지분 중 2021.8.17.자 종결합의 전에 인수한 5%와 그 후에 인수한 15%를 달리 취급하여 쟁점세액공제①의 적용 여부를 판단하여야 한다는 의견이나, 종결합의는 쟁점계약에서 정해진 조건에 따른 의무이행 행위(인수대가의 지급 및 주식이전 완료)에 따른 것이다.1) 매매계약의 본질은 재산권의 이전과 매매대금지급에 관한 당사자 쌍방의 합의에 있는 것이지, 매매대금의 확정여부는 매매계약의 성립에 본질적인 영향을 주는 사안이 아니다(대법원 1996.4.26.

이유 4선고 94다34432 판결, 참조).종결합의는 A의 잔여 지분(20%) 인수의 원인행위인 쟁점계약에서 정한 조건에 따른 의무이행으로서 당초 계약 시 확정할 수 없었던 사후적 발생요건을 반영하여 당초 계약 내용대로 정리하여 서류화한 것에 불과하다.가) 거래당사자들은 Covid-19 사태로 인한 기술달성 확인 절차의 실질적 어려움 등을 고려하고, 기술달성 확인을 위한 비용과 시간의 소요를 줄이고자 합의를 통하여 당초 쟁점지분 양수에 대하여 예정한 조건 내에서 일정 수준으로 거래대가를 확정하였다.나) 당사자들이 쟁점계약 시 합의한 A 지분 15%에 대한 인수대가 산정방법은 OOO개의 기술확인이 1차연도 종료(2020년말) 시까지 이루어지는 경우 OOO달러, 2차연도 종료(2021년말) 시까지 이루어지는 경우 OOO달러였는데, 양측은 1차연도와 2차연도의 사이인 2021년 8월에 종결합의를 체결하면서 각 연도의 목표 달성 시 합의된 대가를 고려하여 최종적으로 A의 지분 15%를 OOO달러에 거래하기로 종결합의를 하였다.2) 상기와 같이 종결합의에서 도출된 거래 가격 및 인수 시기는 쟁점계약 당시 예정하였던 인수 가격 및 인수 기간 내에서 당사자 간의 합의에 따른 것으로서 이는 쟁점계약을 이행하기 위한 과정에 해당하고, 새롭게 특수관계 여부를 판단하는 주식취득의 원인 행위에 해당하지 아니한다.(2) G은 E에 대하여 실질적 지배권이 없어 ‘지배주주 등’에 해당하지 않으므로 청구법인이 G으로부터 취득한 E주식은 쟁점세액공제② 대상에 해당한다.(가) 조특법 제12조의4 제1항 제4호에서 쟁점세액공제②의 요건 중 하나로 “대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주가 해당 주식을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 ‘인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등’에 해당하지 아니할 것”을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조의4 제6항에서 “인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등의 범위에 관하여는 「법인세법 시행령」제43조 제3항 및 제7항을 준용한다”고 되어 있다.이에 따르면 ‘지배주주 등’이란 법인의 발행주식 총수의 100분의 1 이상의 주식을 소유한 주주 등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유주식 합계가 법인의 주주 등 중 가장 많은 경우에 해당하는 주주등을 말하며, 해당 주주가 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원도 해당 주주와 특수관계에 있는 사람에 해당한다.(나) G의 경우 2021년에 피인수법인(E)의 발행주식 총수의 100분의 1 이상을 소유하며, 청구법인의 기업집단에 소속된 계열회사인 E의 대표이사 및 주주로서 E의 지배주주 등에 해당하므로 세액공제 대상이 아니라는 것이 처분청의 의견이나, 법원은 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 대법원 2017.10.12.

이유 5선고 2016 다212722 판결, 참조)는 입장이다.1) 쟁점세액공제②는 인수ㆍ합병을 통한 기술거래, 벤처투자 등을 활성화하기 위하여 마련된 제도로서 형식상 혹은 외형상의 주식양수도 거래가 이루어진 경우에 대해서는 세액공제 혜택을 배제하고, 기술혁신형 중소기업의 주식의 지배력이 실질적으로 이전된 경우에 한하여 이를 적용받을 수 있도록 규정을 두고 있는데, 이는 ‘주식양수도 거래에 따라 피인수법인의 경영권 및 지배권이 주식의 양수인에게 실질적으로 이전·변동되는 경우’에 한하여 세액공제의 혜택을 적용하기 위한 것으로 이해된다.그렇다면, 피인수법인의 주주 등이 해당 주식 등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 ‘지배주주 등’에 해당하지 아니하여야 한다는 요건 역시 피인수법인의 경영권 및 지배권의 이전이라는 취지와 목적을 고려하여 해석되어야 한다.2) 만약, 양도인이 주식의 양도 이후에도 계속해서 피인수법인에 대하여 지배력을 행사하고 있거나, 주식을 양수한 인수법인에 대하여 지배력을 행사하고 있는 경우라면 외형상 주식양수도 거래가 발생하였을 뿐, 피인수법인에 대한 실질적인 지배력의 이전 또는 변동이 발생하지 아니하고 피인수법인의 종전 주주 등이 계속하여 피인수법인을 지배하고 있는 것으로 볼 수 있고, 이러한 경우에는 기술혁신형 주식취득에 대한 세제혜택에서 제외되어야 할 것이다.그러나, G은 E주식을 양도한 이후 E에 대한 어떠한 지배력을 갖고 있지 않으므로 E의 지배주주 등에 해당한다고 볼 수 없다.가) 청구법인이 2021년에 E주식을 취득함에 따라 E의 지분 43.99%를 보유하여 E에 대한 지배권을 행사하였다.나) G이 E의 대표이사로 재직하고 있는 이유는 청구법인과의 주식매매계약서상 계약조건에 따라 주식 양도 이후 5년간 E을 제외한 대학에서 근무 등 일체의 겸직이 금지되며, 그 기간 동안 E에 고용되어 청구법인(매수인)이 요구하는 업무를 수행하며 회사를 운영하는데 협력할 의무가 있었기 때문이다.또한, G은 해당 계약에 따라 E주식의 양도 이후 보유하고 있는 주식과 관련된 의결권을 청구법인(매수인)이 지명한 이사와 감사를 선임하는데 투표하고, 청구법인(매수인)이 원하거나 의도하는 방식으로 회사가 운영되도록 행사하여야 했으므로 G이 본인이 보유하고 있는 E주식에 대한 권리를 행사한다고 보기는 어렵다.나.

이유 6처분청 의견(1) 청구법인이 쟁점지분을 취득한 시점은 2021년이므로 쟁점세액공제①의 적용 시 2021년 상황을 기준으로 판단하여야 하고, 이 경우 청구법인은 쟁점세액공제①의 요건인 특수관계인 요건, 주식취득 요건(30% 내지 50% 이상 주식 취득)을 충족하지 못한다.(가) 세법상 주식의 취득시기는 대금청산일이므로 청구법인이 쟁점지분을 취득한 시점은 대금을 청산한 2021년이고, 조특법 제13조의3에서 쟁점세액공제①은 주식을 취득하는 경우 ‘주식 등 취득가액의 100분의 5’에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제하도록 하고 있는바, 청구법인이 쟁점지분을 취득한 2021년을 기준으로 세액공제 요건의 충족 여부를 판단해야 한다.1) 청구법인은 쟁점계약에 따라 2020년에 A의 지분 80%를 우선 취득하고, 나머지 지분 20%에 대한 대가는 2021년에 지급하여 그 지분을 취득하였다.일반적으로 부동산은 대금을 분할 지급(계약금, 중도금, 잔금)하여 취득하므로 분할 납부방식으로 취득하지만, 주식은 대금을 지급한 금액만큼만 취득하므로 분납에 의한 주식취득이라는 용어가 적절하지 아니하다.2) 청구법인은 A의 지분 80%를 인수하지 않을 경우 쟁점지분도 인수하지 아니하므로 두 개의 취득 행위가 유기적으로 연결되어 분리될 수 없다고 주장하나, 쟁점지분을 인수하지 않는다고 하여 이미 성립한 A의 지분 80% 취득 행위가 취소되는지가 불분명하므로 두 개의 취득행위를 각각 별개로 보아야 한다.청구법인이 쟁점지분을 취득하지 않는다고 하여 이미 취득한 A의 지분(80%) 취득계약이 해제된다는 사실을 확인할 수 없고, 청구법인은 총 3차례에 걸쳐서 A의 지분 80%, 5%, 15%를 취득하였는데, 1%의 지분 취득에 대한 대가가 첫 번째는 OOO원, 두 번째는 OOO원, 세 번째는 OOO원으로 각각 달랐다.(나) 청구법인이 쟁점지분을 취득한 시점(2021년)을 기준으로 청구법인이 A과 특수관계가 있는지를 판단해야 한다.1) 조특법 제13조의3에서 외국법인과 특수관계에 있는 법인이 소재·부품·장비 관련 외국법인의 지분을 취득하는 경우 쟁점세액공제①의 대상이 아니라고 규정하고 있는데, 청구법인은 2020년에 이미 A의 지분 80%를 취득하여 A과 특수관계가 있었으므로 2021년 추가 취득한 쟁점지분에 대해서 쟁점세액공제①을 적용받을 수 없다.2) 청구법인은 쟁점지분의 취득대가를 추정하여 2020년에 A의 지분 100%를 취득한 것으로 회계처리를 하였다고 하나, 회계상 발생주의에 따라 아직 취득을 완료하지 않는 주식에 대해서도 취득한 것으로 회계처리할 수도 있겠지만, 세법은 권리의무확정주의에 따라 권리의무가 확정된 사항에 대해서만 인식을 하여야 하고, 임의적 판단은 엄격히 제한되어 있다.3) 조특법 제13조의3 제3항에서 취득 당시 외국법인과 특수관계 가 있는 법인인 경우 세액공제를 배제한다고 되어 있기 때문에 특수관계 여부의 판단은 문언에 따라 청구법인이 쟁점지분을 취득한 시점을 기준으로 하여야 한다.청구법인은 쟁점계약 당시 A과 특수관계가 없으므로 쟁점세액공제①의 적용대상이라고 주장하나, 조특법 제13조의3 제3항은 인수대상법인과 특수관계가 있는 상태에서 취득한 주식에 대해서 적용하지 않는다고 규정하고 있으므로 특수관계가 있는 상태에서 취득한 쟁점지분은 적용대상이 아니고, 소재·부품·장비의 안정적인 수급목적을 이미 달성한 상태에서 추가로 취득하는 주식에 대해서는 세액공제를 배제함이 타당하다.4) 청구법인이 2021년에 쟁점지분을 취득하였음에도 청구주장과 같이 특수관계 여부 판단을 2019년(쟁점계약 시점)을 기준으로 한다면, 세액공제의 적용(공제율, 적용요건)은 취득시점으로