청구법인이 양도한 쟁점토지(전·대지)를 교육사업에 직접 사용되지 아니한 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분의 당부

요지청구법인이 쟁점토지 전부를 계속하여 교육사업에 사용하였다고 보기는 어려우나, 쟁점토지 중 가설건축물을 설치하거나 묘목장을 조성하여 실습장으로 사용한 부분은 청구법인이 교육사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하는 것으로 볼 수 있으므로 이는 비사업용 토지에 해당하지 아니함

주문성북세무서장이 2022.12.9. 청구법인에 한 2020사업연도 법인세 OOO원의 부과처분 및 서울특별시 성북구청장이 2023.1.10. 청구법인에 한 2020년 귀속 법인지방소득세 OOO원의 부과처분은, ＜별지1＞ 기재 토지 중 서울특별시 성북구청장이 2018년도 귀속분 재산세 부과처분과 관련하여 학교 용도로 직접 사용된 것으로 인정한 토지(5,049㎡이고, ＜표2＞ 참고)를 「법인세법」제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 서울특별시 OOO에서 OOO대학교를 운영하는 학교법인이다.나. 청구법인은 2004.9.14.~2010.1.28. 취득한 서울특별시 OOO 소재 14필지 토지 28,701㎡(세부내역은 ＜별지1＞과 같고 이하 “양도토지”라 한다)를 2020.7.31. OOO원에 양도(양도소득 OOO원)하고,2020.3.1.～2021.2.28. 사업연도(이하 “2020사업연도”라 한다) 법인세 신고 시 교육사업에 직접 사용하는 부동산으로서 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보아, 「법인세법」제55조의2에 따라 비사업용 토지를 양도한 경우에 추가로 적용되는 토지등 양도소득에 대한 법인세액(양도소득의 100분의 10)을 추가로 신고·납부하지 아니하였다.다. 한편, 서울특별시 성북구청장(이하 “처분청2”라 한다)은 양도토지가 학교법인이 교육사업에 직접 사용하는 부동산으로 보아 「지방세특례제한법」제41조 제2항에 따라 재산세 등을 면제하였다가,양도토지가 교육사업에 직접 사용되지 않았다고 보아 부과제척기간이 경과하지 아니한 2016년 귀속분부터 재산세 등을 순차로 수시부과하였다.라. 성북세무서장(이하 “처분청1”이라 한다)은 양도토지에서 304㎡를 제외한 나머지 토지 합계 28,397㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 교육사업에 직접 사용되지 않은 비사업용 토지로서 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에 해당한다고 보아 2022.12.9. 청구법인에 2020사업연도 법인세 OOO원(가산세 OOO원을 포함)을 경정.고지하였고,처분청2는 이에 따라 2023.1.10. 청구법인에 2020년 귀속 법인지방소득세 OOO원을 경정.고지하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.3.3. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장“비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 「법인세법 시행령」 제92조의3에서 정하는 일정기간 동안(과세요건 ①) 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지를 제외한 토지(과세요건 ②)를 말하는 것으로 쟁점토지는 아래에서 보는 바와 같이 과세요건① 및 ②에 모두 해당하지 아니하여 「법인세법」제55조의2에서 정한 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.(1) [과세요건 ①에 대한 주장] 청구법인은 쟁점토지를 5년 이상 소유하다가 2020.7.31.

이유 2양도하였고, 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에 해당 토지가 비사업용토지에 해당하는지 여부를 판단하기 위해서는 「법인세법 시행령」제92조의3에 따라 ‘양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간’, ‘양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간’, ‘토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간’ 동안 쟁점토지가 「지방세법」등 관계 법률에 따라 재산세가 과세되는 토지에 해당하는지 여부에 대한 판단이 선행되어야 한다.(가) 처분청2는 당초 쟁점토지가 교육사업용 토지에 해당한다고 보아 「지방세특례제한법」 제41조에 따라 재산세를 면제하였다가 청구법인이 쟁점토지를 교육사업에 사용하지 아니하였다는 이유로 2016년 귀속분 재산세부터 순차적으로 재산세를 추징(수시부과)하고 있고 청구법인은 이에 불복하여 다투는 중이므로, 쟁점토지가 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 및 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 동안 「지방세법」 등 관계 법률에 따라 재산세가 과세되는 토지에 해당하는지 여부에 대한 판단이 선행되어야 한다.(나) 또한 청구법인은 쟁점토지에 대한 재산세가 부과된 2016년부터 2020년까지 귀속분 재산세(해당 재산세도 불복절차 진행 중임)를 제외하고 2007년부터 2015년까지 귀속분 재산세를 납부한 바 없는바, 쟁점토지 중 OOO 토지의 경우 보유기간(2009.2.18.～2020.7.31., 4,181일)의 60%를 초과하는 기간(2007.6.1.∼2015.6.1., 2,922일) 동안 재산세를 납부하지 아니한 토지로서 비사업용토지에서 제외되어야 한다.(2) [과세요건 ②에 대한 주장] 쟁점토지는 「지방세특례제한법」 제41조 제2항에 따라 ‘학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산’으로서 재산세가 감면된 토지에 해당하므로 「법인세법」제55조의2 제2항 제4호 가목에서 정한 ‘「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지’로서 비사업용 토지에 해당하지 아니하고, 이를 양도함에 따른 양도차익 또한 「법인세법」 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에 해당하지 아니한다.청구법인은 재산세를 감면받아 온 기간(과세기준일 기준 2007.6.1.～2020.6.6.) 동안 쟁점토지를 교육사업에 계속적·반복적으로 사용하여 왔으며, 이와 관련된 입증자료들은 선행 재산세 심판(조심 2021지2837, 2022지1337)에 증거자료로 제출한 바 있다.(가) 쟁점토지에 대하여 교육사업 활용 적합성을 조사한 결과 해당 부지가 학술림으로서 가치가 높다는 판단 아래, 체계적이고 구체적인 연구를 거쳐 계획적으로 쟁점토지를 실습장으로 활용하였으므로 교육사업에 일시적으로 사용한 것으로 볼 수 없다.(나) 쟁점토지를 다수의 정규 교과과정(조림학 및 실습, 측량학 및 실습 등 6개 과목)에서 주요 실습장으로 사용하였다.(다) 쟁점토지에서 매년 식목행사를 개최하기도 하였으며, ‘학교 소유 학술림 숲 가꾸기 사업’ 및 평생교육원 교과목(임업인, 귀산촌 전문과정)의 실습장으로도 사용하였다.(라) 쟁점토지에서 삼림대학 소속 교수 및 연구원들이 수목 생장환경, 도시숲, 도시생태계, 도시양봉 등에 관한 다양한 연구를 수행하였는바, 쟁점토지는 학술 연구목적으로도 활발히 사용되었다.(마) 쟁점토지를 실습장으로 사용하기 위하여 교육시설(관리실, 간이 강의실, 실습도구 창고)을 설치하고, 측량수업 등을 위한 각종 실습도구를 보관하였다.(바) 기타 배차신청서, 실습수업 협조요청서 등 쟁점토지가 학교 수업에 사용되었다는 것을 증명하는 다수의 근거자료가 있다.나.

이유 3처분청 의견(1) 쟁점토지는 다음과 같이 학교법인이 목적사업에 “직접” 사용한 토지로 볼 수 없으므로 「법인세법」 제55조의2 제2항 4호 가목의 재산세가 면제되는 토지에 해당하지 아니하고, 처분청2 또한 청구법인이 쟁점토지를 교육사업에 직접 사용하지 않았다는 사유로 2016년부터 순차적으로 재산세를 수시부과하고 있는바, 「법인세법」 제55조의2에서 규정한 비사업용 토지에 해당한다.(가) 학교가 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것을 뜻하고, 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것인지는 해당 학교의 사업목적과 부동산의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용 관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하며(대법원 2015.5.14. 선고 2014두45680 판결 참조), 과세대상이 된 부동산이 면제 대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있다(대법원 1996.4.26. 선고 94누12708 판결 참조).(나) 청구법인은 쟁점토지를 산림환경시스템학과의 실습장으로 사용하였으므로 목적사업에 직접 사용하였다고 주장하나, 쟁점토지의 연도별 항공사진을 보면 전체 양도토지의 면적 28,701㎡ 중 비닐하우스 및 실습장이라 주장하는 면적은 극히 일부로 보이고 대부분의 면적은 자연림으로 방치되어 상태 변화 없이 유지된 것으로 확인되며, 강의계획서상 해당 학과의 학생 및 교수의 인원은 약 30명에 불과하고, 대부분의 제출자료는 계획서에 불과하며 증빙 사진은 언제 어디에서 촬영된 것인지 특정할 수 없는 점, 청구법인이 개최하였다는 식목행사는 쟁점토지의 일부인 묘포장에서 진행된 묘목 나눔행사로 1년에 하루 정도 진행되는 행사이며 일반인들을 대상으로 진행한 것이어서 이를 두고 쟁점토지를 학교목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수는 없는 점, 청구법인이 지방에 별도의 삼림을 소유하면서 지방의 산림에서 정기적으로 실습하고 있는 것으로 나타나는 점 등 쟁점토지의 전체 면적, 수업 장소로 이용된 면적, 그 횟수 및 수강인원을 고려할 때 청구법인이 쟁점토지를 계속적·반복적으로 교육사업에 사용하였다고 보기 어렵다.(다) 또한 청구법인이 2020.1.2. 교육부에 “교육용 기본재산 용도변경 및 처분 승인”을 위하여 “위 재산은 현재 미활용 토지로써 처분하더라도 교육 활동에 지장이 없을 것으로 사료된다”는 의견서를 제출하였고, 교육부는 2020.2.22.

이유 4쟁점토지에 대한 처분을 승인하였는바, 쟁점토지가 청구법인의 목적사업에 직접 사용한 토지에 해당하지 않는 것으로 인식하고 있었던 것으로 보인다.(라) 처분청2 또한 청구법인이 쟁점토지를 목적사업에 직접 사용하지 않았다는 판단 하에 “학교목적사업으로 감면받은 세액”을 추징하였다.(2) 청구법인은 쟁점토지에 대한 재산세 부과처분에 대한 심판청구가 진행 중이므로 직전 5년(2015.7.31.～2020.7.31.) 중 2년을 초과하는 기간 및 직전 3년(2017.7.31.～2020.7.31.) 중 1년을 초과하는 기간 동안 쟁점토지가 「지방세법」 등 관계 법률에 따라 재산세가 과세되는 토지에 해당하는지 여부에 대한 판단이 선행되어야 한다고 주장하나, 법인세는 그 부과 권한을 가진 관할 세무서장이 부과·징수하는 국세로, 재산세와 법인세는 그 근거 법률과 처분권자, 부과절차가 재산세 부과처분과는 별개인 독립한 처분으로 선.후행관계에 있다고 볼 수 없다.(3) 청구법인은 2015년 귀속분까지의 재산세 부과처분이 없다는 이유로 해당 기간이 재산세가 면제되는 토지에 해당한다고 주장하나, 처분청2는 쟁점토지에 대하여 재산세를 부과하여야 함에도 불구하고 재산세의 부과제척기간이 경과하여 재산세를 경정할 수 없었을 뿐 쟁점토지가 재산세가 면제되는 토지에 해당하게 되는 것은 아니다.(가) 「법인세법」 제55조의2 제2항 4호 가목에서 규정한 “「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지”란 해당 법률에서 규정하는 비과세나 면제의 법률요건을 기준으로 판단하여야 하는 것으로 재산세의 부과처분 행위 여부를 기준으로 판단하는 것을 의미한다고 볼 수 없다.(나) 청구법인이 주장하는 과세기준일 2007.6.1.∼2015.6.1.에 대한 재산세는 처분청2가 2021년 4월 쟁점토지에 대한 현장 확인 당시 부과제척기간의 경과로 재산세 경정을 할 수 없었던 것일 뿐 해당 과세기간이 재산세 면제요건을 충족하는 것을 의미하는 것이 아니다.3. 심리 및 판단가. 쟁점학교법인이 양도한 쟁점토지(28,397㎡)를 교육사업에 직접 사용되지 아니한 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세 등을 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인의 양도토지에 대한 취득 및 양도 경과는 아래와 같다.(가) 청구법인은 2004.9.14.부터 2010.1.28.까지 아래 ＜표1＞과 같이 양도토지를 총 OOO원(장부가액)에 순차적으로 취득하였다.＜표1＞ 양도토지의 취득 및 양도 내역ㅇㅇㅇ(나) 청구법인과 처분청2는 2014.4.11. ‘업무협력 및 교류협약 체결’을 체결하였고, 그 내용을 보면, 청구법인은 양도토지에 OOO대학교 제3캠퍼스를 조성하여 조형대학 및 예술대학을 이전하고, 처분청은 이를 위한 각종 행정절차를 지원하는 것으로 나타난다.(다) 서울특별시장은 2015.11.19. 청구법인이 양도토지에 OOO대학교 제3캠퍼스를 조성할 수 있도록 ‘도시계획시설 및 세부시설 조성 계획 변경 결정’을 고시(서울특별시고시 제2015-367호, 2015.11.19.)하였고, 세부시설조성계획 조서에는 제3캠퍼스 조성지역(30,548㎡)이 일반관리구역 10,498㎡, 녹지보전구역 20,050㎡(건축행위 원칙적 불가)로 계획되어 있다.(라) 청구법인은 양도토지에 OOO대학교 제3캠퍼스를 조성하는 계획을 철회하고, 2020.2.22. 교육부장관으로부터 “교육용 기본재산 처분 허가”를 받아 2020.7.31. 양도토지를 주택건설사업자에 OOO원(감정가액 OOO원)에 양도하였다.(마) 청구법인이 2020.1.2.

이유 5교육부에 “교육용 기본재산 용도변경 및 처분 승인”을 위하여 “위 재산은 현재 미활용 토지로써 처분하더라도 교육 활동에 지장이 없을 것으로 사료된다”는 의견서를 제출하였고, 교육부는 2020.2.22. 쟁점토지에 대한 처분을 승인하였다.(2) 양도토지에 대한 재산세 부과처분에 대한 불복 경과는 다음과 같다.(가) 처분청2는 2007년부터 양도토지가 「지방세특례제한법」 제41조 제2항에 따라 학교법인이 교육사업에 직접 사용하는 부동산으로서 재산세 면제대상에 해당한다고 보아 재산세 등을 면제하였다.(나) 이후 처분청2는 2021년경부터 청구법인이 양도토지를 교육사업에 직접 사용하지 않았다고 보아 부과제척기간이 경과하지 아니한 2016년 귀속 재산세부터 순차적으로 재산세 및 지방교육세를 부과.고지하였다.(다) 우리 원은 청구법인이 양도토지에 대한 재산세 등 부과처분에 불복하여 제기한 심판청구(2023.7.13. 2018년 재산세 부과처분 먼저 결정)에 대하여 2018년도 재산세 과세기준일(2018.6.1.) 현재 청구법인이 쟁점토지 중 일부 면적을 묘목장 등 학교 용도로 사용하였다고 보아 일부 인용하는 것으로 결정하였다.(라) 처분청2는 이에 따라 2024.7.30. 아래 ＜표2＞와 같이 청구법인이 쟁점토지 중 5,049㎡를 학교 용도로 사용한 것으로 보아 2018년도 귀속분 재산세 총 부과세액 OOO원 중 OOO원을 감액.경정하였다.＜표2＞ 2018년도분 재산세 관련 교육용도 사용 인정 면적ㅇㅇㅇ(3) 청구법인이 취득한 이후 양도 당시까지 양도토지에 대한 사용현황은 아래와 같다.(가) 청구법인은 2007년부터 매년 관할 지방자치단체장에게 삼림과학대학의 정규수업 강의계획서(‘환경계획 및 실습, 측량학 및 실습, 조림학 및 실습 등 7개 강좌), 관련 실습사진, 학생 수송을 위한 대형버스 배차 신청서, 차량운행 및 주유일지 등 양도토지의 교육사업 사용현황을 제출하여 왔다.(나) 2007.3.12., 2009.9.14. 양도토지 중 서울특별시 OOO 토지(552㎡)에 가설건축물(컨테이너) 55㎡(3개동)가 설치되어 2018.6.1. 현재까지 사용되고 있고, 해당 가설건축물에는 “OOO대학교 삼림과학대학 실습장”이라는 간판이 달려 있다.(다) OOO대학교 산림환경시스템학과의 강의계획서, 실습 장면을 촬영한 사진 등에는 쟁점토지의 일부에 나무(묘목)를 심을 수 있도록 밭갈이가 되어 있고, 그 옆의 묘목장에는 침엽수 묘목이 자라고 있으며 “OOO 실습묘포장”이라는 안내문이 설치되어 있는 것으로 나타난다.(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 교육사업에 직접 사용하였다고 주장하나,학교가 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것으로서(대법원 2018.6.15. 선고 2018두37519 판결, 같은 뜻임), 청구법인의 산림환경시스템학과 학생들이 2016～2020학년도에 산림측정학 및 실습 등 6개 과목을 수강하면서 쟁점토지의 일부에서 식생 등을 관찰하고 산림측정학 실습 등을 하였다 하더라도 수업장소로 이용된 면적, 횟수 및 수강 인원 등을 고려할 때 그와 같은 사용은 양도토지를 일시적이거나 부수적으로 수업 장소로 사용한 것일 뿐 이를 근거로 청구법인이 양도토지를 계속적으로 학교 용도에 직접 사용하였다고 볼 수는 없는 점,청구법인이 2020.1.2. 교육부에 “교육용 기본재산 용도변경 및 처분 승인”을 위하여 “위 재산은 현재 미활용 토지로써 처분하더라도 교육 활동에 지장이 없을 것으로 사료된다”는 의견서를 제출하였고, 교육부는 2020.2.22.

이유 6쟁점토지에 대한 처분을 승인한 것으로 나타나는바, 청구법인 또한 쟁점토지를 교육용으로 활용하고 있지 않는다고 인식하고 있었던 것으로 보이는 점,쟁점토지 중 OOO 토지에 대하여 2015년까지 재산세가 면제된 사실은 있으나, 학교 용도로 사용되지 아니하여 재산세 감면대상이 아님에도 부과제척기간이 경과하여 재산세를 부과하지 못하였을 뿐 해당 토지가 학교 용도로 사용되어 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지 전부를 계속하여 교육사업에 사용하였다고 보기는 어렵다고 판단된다.다만, 청구법인은 쟁점토지 중 OOO 토지(552㎡)에 가설건축물 55㎡(3개동)를 설치하여 산림실습 교육과 관련한 준비 장소 또는 교육기자재 등을 보관하는 장소로 사용하고 있고, OOO대학교 산림환경시스템학과의 강의계획서, 실습 장면을 촬영한 사진 등에는 쟁점토지의 일부에 나무(묘목)를 심을 수 있도록 밭갈이가 되어 있으며, 그 옆의 묘목장에는 침엽수 묘목이 자라고 있는 등 나머지 토지 중 일부에 묘목장을 조성하여 OOO대학교 산림환경시스템학과의 학생들이 실습장으로 사용한 것으로 보이는 점, 처분청2도 쟁점토지 중 일부에 대하여 청구법인이 교육사업에 직접 사용한 사실을 인정하여 재산세를 감면하여 준 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 쟁점토지 중 가설건축물을 설치하거나 묘목장을 조성하여 실습장으로 사용한 부분은 청구법인이 교육사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하는 것으로 볼 수 있다고 판단된다(조심 2023지4104, 2024.5.29., 같은 뜻임).따라서 쟁점토지 전부가 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 청구주장을 받아들이기는 어려우나, 쟁점토지 중 2018년 귀속 재산세 부과처분과 관련하여 청구법인이 교육사업에 직접 사용한 사실이 인정되어 부과처분이 취소된 부분(5,049㎡)은 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다고 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지1＞ 양도토지의 면적, 지목 등(2018년도)ㅇㅇㅇ＜별지2＞ 관련 법령(1) 법인세법(2020.8.18. 법률 제17476호로 일부개정되기 전의 것)제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액나. 「소득세법」 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것가.