T TaxIndex 세무 공공자료 검색
ID 2002057357 예규·판례 조세심판원 2025-07-03

분할신설법인인 청구법인이 분할법인이 취득하여 보유하던 쟁점토지를 적격분할로 승계하여 보유하다가 양도한 경우 쟁점토지의 비사업용 토지 여부 판단시 취득시기를 분할법인의 취득일로 보아 「법인세법」(2009.5.21. 법률 제9673호로 개정된 것) 부칙 제4조를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

분할법인이 물적분할을 통하여 승계의 방법으로 분할신설법인에 자산을 이전한 것 또한 「법인세법」에 따른 자산의 양도에 해당한다고 볼 수 있음

세목
법인세
주의도
중요

요지분할법인이 물적분할을 통하여 승계의 방법으로 분할신설법인에 자산을 이전한 것 또한 「법인세법」에 따른 자산의 양도에 해당한다고 볼 수 있음

주문심판청구를 기각한다.

이유1.처분개요가.청구법인은 주식회사 A(이하 “분할법인”이라 한다)로부터 물적분할되어 2020.6.2. 설립된 법인으로, 물적분할시 분할법인 보유한 토지 중 부산광역시 OOO 외 3필지(아래 <표3> 참조, 이하 “쟁점토지”라 한다) 등을 포함한 토지 9필지를 승계취득하였고, 2021.11.30. 쟁점토지 등을 양도한 후 쟁점토지가 「법인세법」제55조의2 제1항 제3호(이하 “쟁점법률조항”이라 한다)에 따른 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 2021사업연도 법인세를 신고.납부하였다가, 청구법인의 쟁점토지 취득일이 분할법인의 쟁점토지 취득일인 2011.8.5.이므로 쟁점토지가 「법인세법」부칙 제4조(2009.5.21. 법률 제9673호로 신설된 후 2010.12.30. 법률 제10423호로 최종 개정된 것을 말하고, 이하 “쟁점부칙조항”이라 한다)에 따라 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 기간(이하 “특례기간”이라 한다) 내 취득한 토지에 해당하여 쟁점토지의 양도에 대하여 쟁점법률조항의 적용을 배제하여야 한다고 주장하면서 기신고.납부한 2021사업연도 법인세 OOO원을 환급해달라는 취지로 2023.11.21. 처분청에 경정청구를 제기하였다.나.처분청은 청구법인의 쟁점토지 취득일을 청구법인의 분할등기일(2020.6.2.)로 보아 쟁점토지가 쟁점부칙조항의 특례기간 내 취득한 자산에 해당하지 않는다고 보아 2024.1.22. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.다.청구법인은 이에 불복하여 2024.4.17. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 청구법인의 쟁점토지 취득일은 분할법인이 쟁점토지에 대하여 소유권 보존등기를 경료한 2011.8.5.로 쟁점토지의 경우 쟁점부칙조항의 특례기간 내 취득한 자산에 해당하여 쟁점법률조항의 적용이 배제되어야 한다.(가) 「법인세법」제47조는 분할법인의 분할에 따른 토지양도차익의 경우 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금산입할 수 있도록 규정하고 있어 그 양도차익에 대한 귀속시기를 분할시 양도한 사업연도가 아닌 분할신설법인이 제3자에게 이를 양도한 사업연도를 그 귀속시기로 선택할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 제46조의3에서 분할신설법인이 장부가액으로 양도받은 것으로 하고 시가와 차이에 대해서는 자산조정계정으로 분할신설법인이 타인에게 양도한 시기에 익금산입하도록 손금산입특례규정을 규정하고 있으며, 그 외 자산ㆍ부채의 경우에도 분할신설법인이 분할법인의 15년 이내의 결손금을 승계할 수 있고, 분할법인의 세무조정사항도 분할신설법원이 관리하여야 하며 감면ㆍ세액 공제도 분할법인의 10년 이내의 이월된 세액공제액이 적용가능하도록 규정하는 등 「법인세법」등에서 분할법인의 자산 등의 취득시기를 분할신설법인의 취득시기로 간주하여 권리의무가 확정되는 것으로 규정하고 있는바, 이러한 「법인세법」상 규정 등을 종합적으로 고려할 때 분할신설법인이 분할법인의 세무조정사항을 승계하고 자산ㆍ부채를 장부가액으로 포괄적으로 승계하는 것은 두 법인 상호간에 과세상 기업으로서의 계속성이 유지된다고 보는 것이 합리적이므로, 청구법인이 분할법인의 쟁점토지 취득일인 2011.8.5.에 쟁점토지를 취득한 것으로 보아야 한다.(나) 쟁점법률조항을 적용함에 있어 「법인세법」제55조의2 제4항 제3호의 입법 배경을 고려하여야 하는데, 법정 요건을 갖춘 법인의 분할에 대해서 이월과세 또는 과세이연을 받을 수 있게 제정된 조항인 구 「법인세법」제99조 제11항의 특별부가세의 대체입법으로서 2002.1.1.

이유 2제정된 조항인바, 위 조항은 기업 구조조정을 지원하기 위해 제정된 조항으로 해석하여야 하고, 세법해석시 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 볼 때 과세이연을 반영하여 분할신설법인이 승계한 토지의 취득시기는 분할법인이 취득한 시점을 취득시기로 적용함이 합리적이므로, 청구법인의 쟁점토지 취득일은 분할법인의 쟁점토지 취득일인 2011.8.5.로 보아야 한다.(2) 한편 분할법인은 2007.9.6. 등 부산광역시 OOO 외 11필지(아래 <표1> 참조, 이하 “당초 토지”라 한다)를 취득한 후 당초 토지가 OOO에 따라 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지로서 개발사업이 완료되자 당초 토지를 멸실등기한 후 2011.8.5. 지번과 지목이 변경된 쟁점토지 등에 대한 소유권보존등기를 경료하였고, 일반적으로 신축 건물의 경우 보존등기가 경료된 시점에 원시취득이 된 것과 같이 토지의 경우에도 개발사업이 완료되어 보존등기가 경료된 시점에 원시취득하게 된 것으로 보는바, 「법인세법」상 ‘취득’에 대한 명시적인 규정이 없는 이상 일반적인 세법상 ‘취득’의 개념에 따라 소유권보존등기 경료일인 2011.8.5.을 분할법인의 쟁점토지 취득일이라고 볼 수 있으므로, 청구법인의 쟁점토지 취득일도 2011.8.5.로 보아야 한다.(3) 쟁점토지 중 지목이 공원인 부산광역시 OOO 및 같은 리 1129 토지(아래 <표4> 참조, 이하 “쟁점②토지”라 한다)의 경우 「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제4호가 규정한‘「건축법」에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지로 제공한 토지’에 해당하므로 쟁점②토지의 경우 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간동안 비사업용 토지에서 제외되는 토지에 해당하는바, 이를 비사업용 토지로 볼 수 없다.(가) 「산업단지 및 개발에 관한 법률」제21조 제1항은 일반산업단지에 따른 실시계획의 승인시에는 「건축법」에 따른 인ㆍ허가를 받은 것으로 보고 있고, 「도시ㆍ군계획시설의 결정ㆍ구조 및 설치기준에 관한 규칙」제59조는 공공공지를 시ㆍ군내의 주요 시설물 또는 환경의 보호, 경관의 유지, 재해대책, 보행자의 통행과 주민의 일시적 휴식공간의 확보를 위하여 설치하는 시설이라고 규정하면서 같은 규칙 제52조 및 제54조는 각각 공원 및 녹지시설(경관녹지)을 공공공지로 열거하고 있으며, 「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제4호는 「건축법」에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지(公共空地)로 제공한 토지의 경우 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간동안 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 규정하고 있다.(나) 쟁점②토지의 경우 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상 경관녹지로 지정되어 있고, 분할법인이 2011.1.14. 부산광역시 OOO 소재의 건축물에 대한 건축허가를 받을 당시 이를 공공공지로 제공하였으므로 공공공지로서의 제공이 끝나는 날까지의 기간동안 비사업용 토지에서 제외되는 토지에 해당한다.나.

이유 3처분청 의견(1) 「상법」에 따른 분할은 「법인세법」상 양도에 해당하고, 그 양도로 인하여 발생한 양도손익의 귀속시기를 분할등기일이 속한 사업연도로 규정하고 있는 이상 청구법인이 물적분할로 취득한 쟁점토지의 취득일은 법인 분할등기일로 보아야 하는바, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 시점은 쟁점부칙조항에 따른 특례기간에 포함되지 아니하므로, 쟁점토지를 「법인세법」상 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아야 한다.(가) 「법인세법」제47조 제1항은 분할법인이 적격물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득한 경우 물적분할로 인하여 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당함을 전제로 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익을 손금에 산입할 수 있도록 과세이연에 관한 특례를 규정하고 있고, 이는 분할로 인한 양도손익이 분할등기일이 속하는 사업연도에 분할법인에게 귀속되었다는 것으로서 해당 자산의 법적ㆍ경제적 소유권이 분할신설법인으로 이전되었다는 것을 의미하며, 분할신설법인이 해당 자산에 대한 소유권 이전등기를 완료함으로써 해당 자산의 법적ㆍ경제적 소유권을 취득하게 되는 것이다.(나) 「법인세법 시행령」제92조의2 제4항 제2호에서 적격분할 등으로 인하여 발생한 소득에 대해서는 「법인세법」제55조의2 제1항 제3호를 적용하여 법인세를 과세하지 않도록 규정하고 있는데, 이는 분할법인이 보유한 비사업용 토지를 「상법」상 분할에 따라 분할신설법인에게 이전하는 행위가 양도차익이 실현되는 자산의 양도거래임을 전제하고 있다고 보아야 한다.(다) 또한 「법인세법 시행령」제92조의2 제6항에 따르면 「법인세법」제55조의2 제1항에 따른 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기, 취득시기에 관하여 같은 영 제68조를 준용하도록 규정하고 있고, 「법인세법 시행령」제68조는 부동산의 경우 대금청산일, 소유권이전등기일, 인도일, 사용수익일 중 빠른 날을 손익의 귀속시기로 규정하고 있는바, 분할법인이 분할절차에 따라 부동산을 분할신설법인에게 이전하는 것을 양도에 해당하는 것으로 보는 이상 분할신설법인의 부동산 취득시기는 위 조항에 따라 판단하여야 한다.(라) 청구법인은 쟁점토지를 물적분할로 승계취득한 이상 그 취득시기를 분할등기일 이후로 보아야 할 것인바, 청구법인의 분할등기일이 쟁점부칙조항상 특례기간에 포함되지 않고, 취득의 개념에 대하여 별도의 규정이나 예외 조항이 명시되어 있지 않는 이상 일반적인 부동산의 양도와 달리 판단하여야 할 이유가 없다.(2) 청구법인의 주장과 같이 청구법인의 쟁점토지 취득일을 분할법인의 쟁점토지 취득일로 보아야 한다고 하더라도 쟁점토지는 당초 분할법인이 2007.9.6.

이유 4등 최초로 취득한 당초 토지에 대한 토지개발사업을 진행한 결과에 따라 현재 지번 및 지목으로 변경된 것인바, 청구법인의 쟁점토지 취득일은 분할법인이 최초로 당초 토지를 취득한 2007.9.6.으로 보아야 할 것이므로 쟁점부칙조항에 따른 특례기간 내 쟁점토지를 취득한 것으로 인정할 수 없다.(3) 쟁점②토지의 경우 지목이 임야인 토지로 해당 토지가 공공공지로 제공되었음이 구체적인 증빙자료를 통해 입증되지 않는 이상 이를 「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제4호의 공공공지로 인정할 수 없다.(가) 「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제4호는 「건축법」에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지로 제공한 토지는 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간은 비사업용 토지로 보지 않는다고 규정하고 있고, 「도시ㆍ군계획시설의 결정ㆍ구조 및 설치기준에 관한 규칙」제59조는 ‘공공공지’를 시ㆍ군내의 주요 시설물 또는 환경의 보호, 경관의 유지, 재해대책, 보행자의 통행과 주민의 일시적 휴식공간의 확보를 위해 설치하는 시설로 규정하고 있다.(나) 쟁점②토지의 경우 토지이용계획상 경관녹지로 지정된 지목이 공원인 토지이나 사실상 현황이 임야로서 종합합산과세대상 토지로 재산세가 부과된 것으로 나타나고, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」 및 「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」에서 ‘녹지’와 ‘공공공지’를 구분하여 규정하고 있어, 실제 ‘녹지’라고 하더라도 이를 ‘공공공지’라고 볼 수도 없다.(다) 청구법인은 쟁점②토지가 OOO실시계획상 조성된 녹지로서「건축법」에 따라 건축허가를 받을 당시 공공공지로 제공된 토지라고 주장하나, 쟁점②토지가 녹지로 조성된 사실이 OOO 산업단지계획 변경승인 및 지형도면 정정고시 등을 통해 확인될 뿐, 이를 공공공지로 제공된 사실을 확인할 수 있는 구체적인 증빙자료를 제시하지 못한 이상 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.3.심리 및 판단가.쟁점① 분할신설법인인 청구법인이 분할법인이 취득하여 보유하던 쟁점토지를 적격분할로 승계하여 보유하다가 양도한 경우 쟁점토지의 비사업용 토지 여부 판단시 취득시기를 분할법인의 취득일로 보아 「법인세법」(2009.5.21. 법률 제9673호로 개정된 것) 부칙 제4조를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부② 쟁점토지 중 일부는 건축허가 당시 공공공지로 제공한 토지로 건축물 착공일부터 공공공지 제공이 끝나는 날까지의 기간은 비사업용 토지에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부나.관련 법령 : <별지> 기재다.사실관계 및 판단(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.(가) 분할법인은 2007.9.6. 등 당초 토지를 아래 <표1>과 같이 취득한 것으로 확인되고, 쟁점부칙조항의 특례기간(2009.3.16.∼2012.12.31.) 내 취득한 토지는 당초 토지 전체 면적 합계 46,209㎡ 중 울산광역시 OOO 외 8필지 합계 1,361㎡인 것으로 확인된다.<표1> 당초 토지 상세내역○○○(나) 분할법인은 OOO 개발사업의 사업시행자로서 당초 토지에 대한 OOO 개발사업을 시행하였고, 2011.8.5. 당초 토지를 산업단지 개발사업 시행으로 인하여 말소등기를 경료하고, 쟁점토지 등 9필지에 대하여 산업단지 개발사업 시행으로 인하여 소유권보존등기 경료한 것으로 확인된다.<표2> 부산광역시고시 OOO개발실시계획 승인)○○○<표3> 개발사업 후 쟁점토지 등 토지 상세내역○○○(다) 청구법인은 분할법인으로부터 쟁점토지 등 위 <표3> 기재 토지를 승계취득하고, 이에 대하여 2020.6.2.

이유 5회사분할을 등기원인으로 2020.6.19.를 접수일로 하여 소유권이전등기 경료한 후 쟁점토지 및 부산광역시 OOO 도로 2,372.4㎡ 등 5필지를 2021.11.30. 이를 제3자에게 양도하였다.(라) 쟁점토지 관할 지방자치단체장은 아래 <표4>와 같이 쟁점토지를 「지방세법」상 종합합산과세대상토지 등으로 보아 2017∼2021년 귀속 재산세를 부과한 것으로 확인된다.<표4> 쟁점토지 대상 재산세 부과 현황○○○(마) 쟁점②토지의 경우 토지이용계획상 일반공업지역 내 경관녹지로 나타나고, 처분청이 쟁점②토지 관할 지방자치단체장(부산광역시 OOO군수)에게 쟁점②토지에 대한 공공공지 해당 여부를 문의한 결과 쟁점②토지의 경우 공공공지에 해당한 사실이 없다고 회신한 것으로 확인된다.<표5> 쟁점②토지 공공공지 해당 여부 회신문○○○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 분할법인의 쟁점토지에 대한 소유권보존등기일인 2011.8.5.을 청구법인의 쟁점토지 취득일로 보아야 하고, 쟁점토지가 쟁점부칙조항에 따른 특례기간 내 취득한 토지에 해당하므로 쟁점법률조항의 적용이 배제되어야 한다고 주장하나, 「법인세법」제47조 제1항은 분할법인이 적격물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득한 경우 물적분할로 인한 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당함을 전제로 ‘물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익’을 손금에 산입할 수 있도록 하는 과세이연에 관한 특례규정을 두고 있는데, 이는 분할법인이 물적분할을 통하여 승계의 방법으로 분할신설법인에 자산을 이전한 것 또한 「법인세법」에 따른 자산의 양도에 해당한다고 볼 수 있는 점(대법원 2018.5.11.

이유 6선고 2014두44342 판결, 같은 뜻임), 「법인세법 시행령」제92조의2 제6항은 비사업용 토지 양도 과세특례를 적용하기 위한 양도소득의 귀속 사업연도.양도시기 및 취득시기는 일반적인 손익 귀속 시기를 규정한 같은 법 시행령 제68조를 준용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제68조는 자산의 양도 등으로 인한 손익귀속사업연도는 대금청산일로 하되 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용.수익하는 경우에는 그 이전등기일.인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 하도록 규정하고 있는바, 분할신설법인의 토지 취득일을 분할등기일로 보아야 할 것인 점, 「소득세법」제88조에서 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도ㆍ교환과 마찬가지로 법인에 대한 현물출자로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것 역시 양도에 해당하는 것으로 규정하고 있는 점(조심 2020서2572, 2021.6.7., 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구법인의 위 주장을 인정하기는 어려우므로, 처분청이 청구법인의 분할등기일을 쟁점토지의 취득일로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 부산광역시 OOO 소재의 건축물에 대한 착공(2011.9.14.) 이후 쟁점②토지가 경관녹지로서 공공공지로 계속 제공된 이상 「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제4호에 따라 해당 기간동안 비사업용 토지에서 제외되는 토지에 해당한다고 주장하나, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」제4조 제1호는 공공시설 중 하나로 ‘녹지’와 ‘공공공지’를 각각 열거하고 있고, 「도시ㆍ군계획시설의 결정ㆍ구조 및 설치기준에 관한 규칙」제59조는 공공공지를 ‘시ㆍ군내의 주요시설물 또는 환경의 보호, 경관의 유지, 재해대책, 보행자의 통행과 주민의 일시적 휴식공간의 확보를 위하여 설치하는 시설’로 규정하고 있으며, 같은 규칙 제54조는 녹지를 「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」 제35조 각 호의 완충녹지.경관녹지 및 연결녹지 등으로 규정하고 있는바, 쟁점②토지의 경우 토지이용계획상 경관녹지로 확인될 뿐이고, 쟁점②토지의 관할 지방자치단체장이 그 사실상 현황을 임야로 보아 재산세를 부과한 사실이 확인되므로 이를 공공공지로 인정하기는 어려운 점, 처분청이 쟁점②토지 관할 지방자치단체인 부산광역시 OOO군수에게 쟁점②토지의 공공공지 해당 여부를 문의한 결과 쟁점②토지의 경우 공공공지에 해당한 사실이 없다고 회신한 점, 또한 청구법인이 2020년경 쟁점②토지를 취득하기 이전에 부산광역시 OOO 소재의 건축물에 대한 사용승인이 된 것으로 확인되고, 이를 「건축법」에 따라 건축허가를 받을 당시 공공공지로 제공한 토지라고 볼 특별한 사정이 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구법인의 위 주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.4.결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.<별지> 관련 법령 등(1) 법인세법제46조(분할 시 분할법인등에 대한 과세) ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 분할(이하 “적격분할”이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격분할로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.1.

원문 출처 확인