청구법인이 시공사로부터 통보받은 도급공사의 누적작업진행률에 산정방식에 오류가 있다고 보아 감리사가 작성한 공정확인서상 기재된 공정률을 근거로 작업진행률을 재산정하여 분양수입·공사원가를 익금·손금 산입한 처분의 당부

요지감리사의 공정확인서는 그 업무를 수행하기 위하여 작성된 것으로 작업진행률을 완벽히 대체한다고 보기 어렵고 쟁점사업과 관련한 사정에 비추어 시공사가 산정한 공사진행률에 명백한 오류가 있다고 보기는 어려우므로 쟁점사업의 작업진행률을 재계산하여 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있음

주문분당세무서장이 2024.2.7. 청구법인에게 한 2022사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 경기도 성남시 수정구 OOO 외 2필지 위에 신축하는 OOO 신축사업의 「법인세법 시행령」제69조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제34조 제1항 제1호에 따른 작업진행률 산식의 분모인 ‘총공사예정비’는 학교용지부담금을 포함하여 산정하고, 분자인 ‘해당 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액’은 청구법인이 A건설 주식회사로부터 통보받은 자료를 근거로 작업진행률을 산정하여 이에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

이유1. 처분개요가.청구법인은 2003.7.2. 주택건설업, 주택공급업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인으로 경기도 성남시 수정구 OOO 외 2필지 위에 신축하는 OOO 신축사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 시행사로서 2019.7.29. A건설 주식회사(이하 “A건설”이라 한다)와 공사도급계약을 체결하였다.나.청구법인은 A건설로부터 2022년말까지의 도급공사의 누적 작업진행률(공사원가 기준)이 88.25%라는 자료를 통보받아 이를 근거로 쟁점사업의 총 작업진행률을 84.4%로 산정하여 분양수입을 OOO원, 공사원가를 OOO원으로 하여 2022사업연도 법인세를 OOO원으로 신고하였다.다. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.10.17.부터 2024.1.8.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, A건설이 수행한 도급공사를 감리한 감리사들이 작성한 공정확인서에 기재된 공정률(96.03%)을 근거로 쟁점사업의 총 작업진행률을 92.03%로 산정하여 분양수입 OOO원을 익금산입하고, 누락한 공사원가 OOO원을 손금산입하는 내용 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2024.2.7. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.라.청구법인은 이에 불복하여 2024.4.26. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 쟁점사업 관련 공사수입금액을 법인세법령 및 과세관청의 예규 등에 따라 적법하게 산정하였다.(가) 청구법인은 쟁점사업과 관련하여 시공사인 A건설과 도급계약을 체결하면서 작업진행률 산정을 위한 자료를 A건설로부터 송부받기로 하였는데, A건설은 분기별로 도급공사의 회계공정률을 제공하였고, 청구법인은 그 회계공정률에 직접 수행한 용역비용(지급수수료, 감리용역비 등)을 통합하여 쟁점사업의 작업진행률을 산정하였다.(나) 「법인세법」상 ‘작업진행률’이란 같은 법 시행규칙 제34조 제1항에 따라 ‘해당 사업연도말까지 발생한 총 공사비 누적액’을 ‘총공사 예정비’로 나눈 값을 말하는 것으로, 법인세법령에서는 익금과 손금의 귀속시기를 객관적으로 정하기 위해 원칙적으로 공사원가를 기준으로 작업진행률을 산정하도록 하고 있다.여기서 작업진행률은 실질과세의 원칙상 실제 공사진행 상황에 따라 산정되어야 하는 것이므로 특별한 사정이 없는 한 공사를 직접 수행하는 시공사의 공사진행률을 기초로 산정함이 타당하다.(다) 법원과 과세관청은 청구법인과 같은 시행사의 경우 시공사의 공사진행률을 근거로 작업진행률을 산정하는 것이 타당하다고 판단한바 있다.1) 대법원은 예약매출에 해당하는 아파트 분양사업을 하는 법인이 수급인에게 공사의 일부 또는 전부를 도급하여 아파트를 건설하는 경우, 그 도급계약과 관련하여 이 사건 산식의 분자인 ‘당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액’에 포함되어야 하는 공사비는 그 도급계약에 따라 지급의무가 확정된 공사비가 아니라 ‘수급인의 실제 공사 진행 정도에 따라 그 법인에 사실상 지급의무가 발생한 공사비’(대법원 2014.2.27.

이유 2선고 2011두13842 판결, 참조)라고 판단하였다.2) 국세청도 아파트 등의 예약매출에 있어 건설공사를 시공사에게 도급을 준 경우 시공사의 작업진행률에 따라 손익을 인식하여야 하고 감리회사가 확인한 기성고(실행공정률)에 의할 것은 아니라고 유권해석(국세청 서면2팀-932, 2004.5.3.)을 하여 법원과 동일한 입장을 취하고 있다.(라) 처분청은 합리적 이유없이 청구법인이 신고한 작업진행률을 부인하고, 감리사의 공정확인서에 기재된 공정률을 근거로 작업진행률을 산정하였는데, 감리사의 공정률은 법인세법령 및 조세심판원 선결정례 등에서 인정하지 않고 있는 작업진행률 산정방법이다.1) 감리사의 공정확인서는 시공사가 설계도서에 맞게 하는지 여부 등을 확인하기 위해 작성된 자료로서 임의성이 존재하므로 공사원가에 기초하여 객관적으로 작업진행률을 산정하도록 한 법인세법령의 취지에 부합하지 아니한다.2) 감리사는 통상 시공계획, 예정공정표, 시공도면 등을 검토하여 공정률을 산출하게 되는데, 건축, 전기, 통신, 토목 등의 공정별로 보할을 배정하여 전체 공정률을 산정한다.구체적으로 감리사는 투입 장비, 인원 및 자재 사용 현황 등 전반적인 공사 진척 정도를 검토하여 보할 공정표상의 각 공정 작업이 어느 정도 진행되었는지를 미리 정해진 보할 누계에 따라 평가하는 방법으로 공정률을 산출할 뿐, 실제로 투입된 각 자재, 인력에 관한 공사원가를 알 수 있는 위치에 있지 않아 산정된 공정률에는 공사원가가 전혀 반영될 수 없다.3) 조세심판원은 선결정에서 “감리사의 공정확인서는 감리사의 업무(곧, 시공사가 설계도서에 맞게 시공하는지 여부의 확인 등「주택법」제44조 소정의 감리사의 업무)를 수행하기 위하여 작성된 것으로 그에 따른 공정률이「법인세법 시행령」제69조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제34조 제1항 제1호 소정 작업진행률을 완벽히 대체한다고 볼 수도 없으므로 감리단의 공정률에 근거하여 작업진행률을 재계산한 처분은 잘못이 있다”(조심 2021광3623, 2022.3.21., 같은 뜻임)고 보았다.조세심판원은 또다른 선결정례에서 쟁점이 된 작업진행률은 시공사의 공사비 발생액을 기준으로 산정한 것으로 감리보고서의 공정률보다「법인세법」상 작업진행률에 부합한다(조심 2011중2071, 2011.12.14., 참조)고 판단한바 있다.법원 역시 감리단이 산정하는 공정률이 피고(과세관청)가 투입한 자재, 근로자의 인력 등의 물량을 실질적으로 반영한다고 볼 수 없다(인천지방법원 부천지원 2016.9.8.

이유 3선고 2015가단21815 판결, 참조)고 보는 등 법원과 조세심판원은 감리사의 공정률을 근거로 산정한 작업진행률을 법인세법령에 따른 방법으로 인정하지 않고 있다.(다) 처분청은 시공사의 공사진행률을 근거로 작업진행률을 산정한 청구법인의 방법을 부인하고, 감리사의 공정률을 근거로 작업진행률을 산정하면서도 청구법인의 산정방법을 부인한 근거 및 처분청의 방법을 적용할 수 있는 특별한 사정이 존재하는지에 대해 전혀 제시하지 않고 있다.1) 처분청은 ‘시공사에서 청구법인에게 제시한 공사진행률’에 어떤 오류가 있는지를 입증할 수 있는 구체적인 증빙자료를 제시하지 아니하였다.2) 법인세법령상 발생한 공사원가에 의해 작업진행률을 산정하는 것이 원칙임에도 처분청은 발생한 공사원가와 무관한 감리사가 산정한 공정률에 의해 작업진행률을 산정해야 하는 특별한 사정에 대해서는 제시하지 못하고 있고, 감리사의 공정률이 실제 공사의 완성정도에 부합하는 정확한 수치인지에 대해 확인된 사실도 없다.처분청은 막연하게 감리사의 공정확인서상 수치가 시공사의 공사진행률과 다르다는 점만을 이유로 감리사의 공정확인서상 수치를 작업진행률 산정 근거로 채택하였다.(라) 작업진행률의 차이는 익금과 손금의 귀속시기에만 영향을 미치는바, 청구법인이 인위적으로 귀속시기를 조정할 유인이 전혀 없고, 쟁점사업이 진행된 사업연도를 통합하여 청구법인이 납부해야 할 법인세를 산정하면 처분청이 이 건 처분 시 부과한 가산세만큼 법인세 납부세액이 증가하는 효과가 발생할 뿐이다.(2) 청구법인은 2022사업연도 쟁점사업의 작업진행률을 산정함에 있어 관계 법령에 따라 학교용지부담금을 부담할 의무를 합리적으로 추정하고 이를 총공사예정비에 포함하여 작업진행률을 산정하였는바, 청구법인의 추정이 합리적이지 않다는 점에 대한 증명 없이 단순히 그 지출이 확정되지 않았다는 이유만으로 학교용지부담금을 총공사예정비에서 제외하여 작업진행률을 산정한 처분은 부당하다.(가) 「법인세법 시행규칙」제34조 제2항에서 “총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다”고 규정하고 있고, 일반기업회계기준 제16장 문단 16.57에서 “진행기준하에서는 매 회계기간마다 누적적으로 공사수익과 공사원가를 추정한다”고 규정하고 있다. 이는 총공사예정비의 개념상 공사가 완성되기 전까지는 이를 산정함에 있어 ‘추정’의 과정이 개입될 수밖에 없다는 점을 입법자가 이미 허용한 것으로 이해되므로 그 지출이 확정된 비용만을 총공사예정비에 포함하여야 한다는 처분청의 주장은 법인세법령의 문언에 정면으로 반하는 것이다.(나) 「학교용지 확보 등에 관한 특례법」제5조 제1항에 따르면 시ㆍ도지사는 개발사업지역에서 단독주택을 건축하기 위한 토지를 개발하여 분양하거나 공동주택을 분양하는 자에게 학교용지부담금을 부과ㆍ징수할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2022사업연도 작업진행률 산정 시 관련 법상 학교용지부담금을 부담할 의무가 존재하는 것으로 보아 향후 지출이 예상되는 학교용지부담금을 총공사예정비에 포함하였는바, 이는 합리적인 추정이다.나.

이유 4처분청 의견(1)청구법인이 작업진행률 산정 시 근거로 삼은 시공사의 공정률은 산정방식에 명백한 오류가 있는바, 청구법인이 산정한 쟁점사업의 작업진행률을 신뢰할 수 없다.(가) 조사청은 세무조사 당시 청구법인에게 입주 전 사전점검을 14일 앞둔 2022년말 시점의 시공사 공정률이 88.25%에 불과한 이유 및 감리사의 공정률(96.03%)보다 시공사 공정률이 낮은 이유를 소명해 달라고 요청하였고, 청구법인은 이에 따라 시공사인 A건설로부터 회신받은 이메일을 제출하였다.(나) A건설 실무자는 이메일에서 “발생한 공사비가 아닌 지급의무가 확정된 공사비로 공사원가를 산정하였고 이로 인해 청구법인이 시행사로서 분양한 아파트의 입주 전 사전점검을 14일 앞둔 시점의 공정률은 통상 100%에 거의 육박할 것으로 보임에도 시공사의 공사진행률은 88.25%로 실제와 다르다”고 명백한 오류가 있었음을 인정하였다.(다) 감리사의 공정확인서는 법인세법령상 작업진행률을 완벽히 대체한다고 볼 수는 없지만, 쟁점사업의 경우에는 작업진행률 산정 시 감리사가 산정한 공정률이 시공사의 공사진행률보다 객관적인 자료인 것으로 보인다.1) 감리사는 비록 실제 투입한 공사비용에 근거하여 공정률을 산정하지 않지만, 출력인원·장비 투입·자재 사용현황은 실제 투입비용에 비례할 것이며, 감리사가 산정한 공정률은 실제 공사진행 현황을 반영하기 때문에 사업계획승인권자 등에 보고하여 관리·감독에 활용하도록 하고 있는바, 구조적으로 감리사가 산정한 공정률과 법인세법령상 작업진행률의 차이가 크게 발생할 수는 없을 것으로 보인다.2) 따라서, 청구법인이 명백한 오류가 있는 시공사의 공사진행률을 근거로 산정한 쟁점사업의 작업진행률을 신뢰할 수 없는바 감리사가 산정한 공정률을 근거로 쟁점사업의 작업진행률을 산정하는 것이 보다 신빙성 있고 합리적인 방법이라고 판단된다.(2) 청구법인은 2022사업연도 쟁점사업의 작업진행률 산정 시 부담의무가 불분명한 학교용지부담금 OOO원을 총공사예정원가에 포함하였는바, 이를 총공사예정비에서 제외함이 타당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점① 작업진행률에 의해 쟁점사업의 공사수입을 산정할 때 시공사에서 산정한 공사진행률에 오류가 있다고 보아 감리사의 공정률을 근거로 작업진행률을 산정하여 과세한 처분의 당부② 쟁점사업의 작업진행률 산정 시 학교용지부담금을 총 공사예정원가에서 제외할 수 있는지 여부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재다.

이유 5사실관계 및 판단(1)청구법인은 쟁점사업(OOO 신축사업)의 시행사로서 A건설을 시공사로 선정하여 ‘공동주택 및 오피스텔 분양사업’을 진행하였고, 쟁점사업 관련 주요 내용은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 쟁점사업의 주요 내용○○○(2)청구법인은 쟁점사업과 관련하여 ‘도급공사의 공사비’와 ‘청구법인의 자체용역비’를 통합하여 작업진행률을 산정하고 있는데, 청구법인과 처분청의 2022사업연도 쟁점사업 작업진행률 산정내역을 비교하면 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 2022사업연도 쟁점사업 작업진행률 산정내역 비교○○○(3)A건설은 쟁점사업과 관련하여 3개 지구(C1-BL, C2-BL, C3-BL)에서 청구법인에게 공사용역을 제공하였는데, 처분청은 아래 ＜표3＞과 같이 각각의 지구의 대해 감리사들이 작성한 공정확인서상 공정률의 평균을 도급공사의 공사진행률로 산정하였다.＜표3＞ 처분청이 산정한 도급공사의 공사진행률○○○(4)처분청의 2022사업연도 법인세 경정내역은 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 2022사업연도 법인세 경정내역○○○(5)처분청이 이 건 심판청구 시 제출한 증빙은 다음과 같다.(가) 조사청이 2023.10.17.부터 2024.1.8.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하고 작성한 조사보고서 중 쟁점사업의 진행률 산정과 관련된 내용은 아래 ＜표5＞와 같다.＜표5＞ 조사보고서의 주요 내용○○○(나) 청구법인은 조사청의 요청에 따라 ‘시공사에서 산정한 도급공사 진행률이 감리사가 산정한 공정률보다 낮은 이유’에 대해 A건설(시공사)에게 설명을 요청하였고, 이에 따라 A건설이 청구법인에게 보낸 이메일은 아래 ＜표6＞과 같다.＜표6＞ A건설이 청구법인에게 보낸 메일○○○(다) 청구법인의 대표이사가 조사청의 세무조사 당시 작성한 확인서의 주요 내용은 아래 ＜표7＞과 같다.＜표7＞ 청구법인의 대표이사 확인서의 주요 내용○○○(라) 처분청이 제출한 ‘OOO 1, 2, 3단지 입주자사전방문행사 계획안’을 보면 입주자 사전방문 행사기간은 2023.1.14.(토)부터 2023.1.16.(월)까지 3일간이고, 행사대상은 1단지(공동주택 130세대/오피스텔 108호실), 2단지(공동주택 130세대/오피스텔 112호실), 3단지(공동주택 90세대/오피스텔 62호실)인 것으로 나타난다.(6)청구법인이 이 건 심판청구 시 제출한 증빙은 다음과 같다.(가) 쟁점사업 도급공사의 2022년 진행률 산정과 관련하여 A건설이 청구법인에게 통보한 자료는 아래 ＜그림1＞과 같다.＜그림1＞ 도급공사의 진행률 산정 관련 A건설의 통보자료○○○(나) 청구법인은 쟁점사업과 관련하여 2022년까지의 자체 용역비, A건설이 수행한 도급 공사비가 기재되어 있는 원가산정내역서를 제출하였는데, 청구법인은 이를 근거로 쟁점사업의 2022년 작업진행률을 산정한 것으로 나타난다.(7) 청구법인이 제출한 처분청 답변에 대한 주요 항변 내용은 다음과 같다.(가) 처분청은 A건설 실무자가 송부한 이메일 회신 내용만을 근거로 A건설이 실제 발생한 공사비가 아닌 지급의무가 확정된 공사비를 기준으로 공사진행률을 산정하였다는 의견이나, A건설 실무자의 이메일은 현금주의에 의해 회계처리를 하였다는 답변이 아닐 뿐더러 실무자 개인의 의견에 불과하므로 A건설 전체의 의견을 대표한다고 말할 수도 없다.1) A건설이 청구법인에게 송부한 ‘회계상 공정률 요청 및 통보’건에서 알 수 있듯이 청구법인과 A건설은 대표이사의 직인이 날인된 공문 형식의 문서를 통해 쟁점사업과 관련된 업무를 처리해 왔는데, A건설 실무자의 이메일은 형식 및 구체적인 내용에서 A건설의 공식적인 입장을 표시한 것이라고 보기 어렵고 단순히 실무 담당자의 개인적인 의견을 표현한 것

이유 6에 불과하다.2) A건설 실무자가 이메일상 “회계상 공정률에 미반영된 전표가 많기 때문으로 이해되며”, “공사비는 계약이 어떻게 되는지 지금 확인할 수 없으나”, “사업비의 경우 반영이 덜 된 부분도 있을 것으로 파악됩니다”와 같이 기재한 내용은 실무 담당자의 추측에 불과하고 이에 대한 아무런 증빙이 첨부되지 않아 그 내용의 정확성을 확인하는 것도 불가능하며, A건설 실무자는 2023.11.16. 오후 9시 6분에 청구법인으로부터 이메일을 수신하여 2023.11.17. 오전 9시 44분에 급하게 회신하다 보니 별다른 근거 없이 답변한 것으로 보인다.3) 해당 이메일과 관련하여 당초 청구법인 담당자가 A건설 실무자에게 보낸 이메일은 아래 ＜그림2＞와 같은데, 청구법인의 담당자는 A건설 담당자와 2023.11.16. 오후 유선통화를 하는 과정에서 생긴 의문에 대해 물어보기 위해 해당 이메일을 보낸 것이고, 처분청은 A건설 실무자의 이메일을 근거로 A건설이 현금주의에 의해 쟁점사업의 공사비를 회계처리한 것으로 보았으나, A건설 실무자는 이메일상 “정확히는 Cash 투입시기가 아닌 전표 처리 시점 기준이라 합니다. 따라서 말씀하신 발생주의 원칙이 맞는 거 같아요”라고 회신하여 실제 공사가 이루어진 정도를 반영하여 발생주의 원칙에 따라 공정률을 산출하였음을 확인해 주었고, 대형 건설사인 A건설이 기업회계기준을 따르지 않고 현금주의를 적용하여 회계장부를 작성한다고 보는 것은 일반적인 상식에도 어긋난다.＜그림2＞ 청구법인 담담자가 A건설 담당자에게 보낸 이메일○○○(나) 「주택법 시행규칙」제20조의2 제1항에서 “사업주체는 법 제48조의2 제1항에 따른 사전방문을 주택공급계약에 따라 정한 입주지정기간 시작일 45일 전까지 2일 이상 실시해야 한다”고 규정하고 있는바, 분양아파트의 경우 입주자 사전방문의 기준 시기는 ‘실제로 준공이 이루어지는 시기’가 아닌 ‘주택공급계약에 따른 입주지정기간 시작일’임을 알 수 있다.따라서, 아파트 신축 현장에서는 당초 주택 공급계약 당시의 예정보다 공사 진척도가 미진하여 실제 준공되기까지 한참이 남았음에도 불구하고 사전방문을 진행하는 경우가 상당수 존재하고, 특히, 2020년부터 코로나19 사태로 인해 건설자재 수급이 어려워 주택건설공사가 지연되는 경우가 많이 발생하였다.쟁점사업의 공사기간은 코로나19가 한참인 2020.12.1.부터 2023.2.27.까지여서 건설자재 수급에 어려움을 겪어 쟁점사업은 공사 일정이 예정보다 상당히 지연되었고, 이런 이유에서 입주자 사전점검을 14일 앞둔 2022년말 시점 도급공사의 작업진행률이 88.25%에 불과하였다.청구법인은 이런 상황에서 「주택법 시행규칙」에 따라 입주자 사전점검을 하다 보니 개별 세대의 전유부분만을 공개하고, 공유부분은 비공개하였으며, 조경, 부대토목 및 세대 마감공사가 일부 미완료 된 상태에서 사전방문을 진행하다보니 다수의 입주예정자가 민원을 제기하여 경기도 성남시장은 2023년 2월에 시공사(A건설) 및 신탁회사[㈜B신탁]에 ‘사전방문 보완 및 민원해소 방안을 마련하라’는 내용의 공문(아래 ＜그림3＞ 참고)을 2차례 송부하였다.＜그림3＞ 경기도 성남시장이 청구법인에 보낸 이행지시 공문○○○(다) 처분청은 시공사가 진행하는 3개 지구 각각의 감리사 공정률을 단순 평균하여 도급공사의 공사진행률을 산정하였는데, 이는 아무런 법적 근거가 없을 뿐더러 처분청은 이에 대한 타당성 검토도 하지 않은 것으로 보인다.(8) 경기도 성남시장이 ㈜B신탁(쟁점사업 관련 신탁회사)에 통보한 주택건설사업계획승인 공문(2020.8.31.자 시행)에 “OOO C-1BL 공공주택 중 면제대상(오피스텔 108호)을 제