쟁점심판결정으로부터 특례제척기간을 적용하여 과세한 처분의 당부

요지쟁점심판결정은 임대소득의 귀속 변경이라는 새로운 사실관계를 확정한 것이 아니라, 모친의 납세의무를 승계하여 부과될 처분을 청구인의 본래 소득과 구분하지 않고 합산한 것이 잘못된 처분에 해당한다고 사실관계를 확인한 것에 불과한 것이고, 모친의 임대소득 재차 과세처분은 당초의 처분과 별개인 새로운 처분으로, 쟁점판결이 있는 날로부터 1년 이내에 할 수 있는 것이므로, 국세부과의 제척기간 및 특례제척기간이 도과한 뒤 과세된 이 건 처분은 잘못이 있음

주문노원세무서장이 2025.12.2. 청구인에게 한 2014~2019년 귀속 종합소득세 합계 OOO원(2014년 귀속분 OOO원, 2015년 귀속분OOO원, 2016년 귀속분 OOO원, 2017년 귀속분 OOO원, 2018년 귀속분 OOO원, 2019년 귀속분 OOO원)의 부과처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구인과 청구인의 동생 A 및 B(이하 “상속인들”이라 한다)은 부친인 C이 2013.11.26. 사망함에 따라 서울특별시 노원구 OOO 토지 및 그 위에 소재한 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 모친 D(이하 “모친”이라 한다)와 함께 공동으로 상속(상속지분비율은 모친 9분의 3, 청구인·A·B 각각 9분의 2임)받았고, 이후 청구인을 대표 공동사업자로 하여 모친(D)과 상속인들은 쟁점부동산에 대한 임대사업자로 등록한 후 부동산임대업을 영위하였으며, 상속지분 비율에 따라 소득금액을 분배하여 각각 2013～2019년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.나. 이후 모친이 2019.4.29. 사망함에 따라, 쟁점부동산에 대한 모친의 지분을 상속받은 상속인들은 쟁점부동산의 지분을 각각 3분의 1씩 보유하게 되었고, 이에 각자의 지분비율에 따라 쟁점부동산의 임대소득에 대하여 2019～2022년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.한편, 청구인은 B, A을 상대로 쟁점부동산에 대한 상속재산분할이 잘못되었으므로, 쟁점부동산의 지분에 대한 소유권을 확인하고 정산금을 지급할 것을 요구하는 내용으로 민사소송을 제기하였고, 이에 법원은 2023.7.6. 쟁점부동산에 대한 A·B의 지분을 청구인에게 이전하고(변경된 지분비율은 청구인 1,000분의 996, A 1,000분의 4, B 1,000분의 0임), B은 청구인에게 OOO원을 정산금으로 지급하라는 판결[서울북부지방법원 2023.7.6. 선고 OOO(본소) 판결 및 OOO(반소) 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다]을 하였다.다. A은 2023.10.4. 강남세무서장에게 쟁점판결에 따라 쟁점부동산의 지분이 변경되어, 쟁점부동산의 임대소득이 과다하게 신고되었으므로 기 납부한 2013～2022년 귀속 종합소득세를 감액하여 환급하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 제기한 후 2023.11.30. 이를 취하하였다.B은 2023년 9월 성동세무서장에게 쟁점판결에 따라 쟁점부동산 임대소득을 정산금으로 청구인에게 지급하였으므로 기 납부한 2013～2022년 귀속 종합소득세를 감액하여 환급하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 제기하였으나, 성동세무서장은 B의 경정청구를 거부하였고, B은 이에 불복하여 서울지방국세청장에게 이의신청을 제기하였으며, 서울지방국세청장은 B의 이의신청을 인용하여 해당 경정청구 거부처분을 취소하는 결정(이의-서울청-2024-205, 2024.9.27.)을 하였다.라. 처분청은 B의 경정청구를 검토하던 성동세무서장으로부터 쟁점판결에 따라 쟁점부동산에 대한 청구인의 지분이 증가한 사실에 대한 과세자료를 통보받아 확인하고, 처분청은 2024.6.27. 쟁점판결에 따라 청구인에게 2013～2018년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을, 2025.1.2. 청구인에게 2019～2022년 귀속 종합소득세 합계 OOO원(2019년 귀속분 OOO원, 2020년 귀속분 OOO원, 2021년 귀속분 OOO원 및 2022년 귀속분 OOO원)을 경정·고지하였다.마. 청구인은 2013～2018년 귀속 종합소득세 합계 OOO원의 부과처분에 불복하여 2024.8.28. 심판청구를 제기하였고, 이에 우리 원은 위 부과처분은 청구인이 모친의 납세의무를 승계하여 부과받은 것임에도 청구인 본래의 소득과 구분하지 않고 합산하여 부과한 잘못된 처분에 해당한다고 보아 청구주장을 인용하는 결정(조심 2024서4938, 2025.4.1.으로 이하 “쟁점심판결정”라 한다)을 하였다.바. 이에 처분청은 상속에 따른 납세의무자를 청구인으로 하여, 2025.12.2.

이유 2모친의 2014~2019년 귀속 종합소득세 합계 OOO원(2014년 귀속분 OOO원, 2015년 귀속분 OOO원, 2016년 귀속분 OOO원, 2017년 귀속분 OOO원, 2018년 귀속분 OOO원, 2019년 귀속분 OOO원)을 청구인에게 각 경정·고지하였다.사. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.22. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 이 건의 쟁점은, 주위적 청구로 모친에 대한 이 건 처분 자체가 허용되는지 여부 및 예비적으로 위 과세 처분의 이유가 타당한지 여부인바, 주위적 청구와 관련하여 「국세기본법」 제26조의 2 제6항 제1호(이하 ‘제1호’라고 한다)의 특례제척기간 규정을, 조세심판을 제기한 당사자가 아닌 제3자인 모친에 대한 재처분에 대하여 적용하는 것이 허용되는지, 당초 처분보다 증액 결정을 하는 재처분이 허용되는지 여부를 중점적으로 검토하고자 한다.(가) 주위적 청구와 관련하여 청구인의 모친에 대한 이 건 처분은, ㉠ 위 제1호의 특례제척기간을 적용한 것이고 , ㉡ 조세심판을 청구한 자가 아닌 제3자인 모친에 대한 재처분 이유는, 조세심판원에서 납세의무자가 청구인이 아니라 제3자인 모친으로 변경되었기 때문이며(처분청의 답변서 참조) ㉢ 이 건 처분은 당초 처분과 다른 새로운 처분으로 당초 처분보다 세액을 증액한 증액 결정 처분이다.(나) 그러나, 확립된 대법원 판례는, 위 제1호에 의하여 허용되는 재처분의 범위에 대하여, 이의신청이나 조세심판 등을 제기한 자(즉, 결정의 청구인 내지 판결의 당사자)에 한하고 제3자에 대한 재처분은 불허되며(재처분의 인적 범위), 동일한 당사자에 대한 처분이라도 새로운 결정이나 증액 경정 결정은 불허된다라고 일관하여 판시하고 있다(재처분의 물적 범위).(다) 과세 실무 역시, 위 판례에 따라, “조세심판에서 청구인 외의 자가 적법한 납세의무자로 확인된 경우, 적법한 납세의무자로 확인된 자에 대하여 위 조세심판 결정을 이유로 「국세기본법」 제26조의 2 제6항 제1호에 따른 특례부과제척기간이 적용되지 않음”(서면-2024-법규기본-1269) 이라 명시하고 있다.＜확립된 판례의 입장으로 대법원 OOO 판결, 대법원 OOO 판결 이래 OOO 등 반복하여 판시함＞ ＜판시사항＞ 국세기본법 제26조의2 제2항에 의하여 과세제척기간 이후 판결·결정에 따른 후속조치로서 할 수 있는 경정결정 등의 물적·인적 범위 ＜판결요지＞ “구 국세기본법(1993.12.31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제2항은 그 문언상, 과세권자로서는 당해 판결 등에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 등이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 당해 판결 등에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니며, 또한 납세의무가 승계되는 등의 특별한 사정이 없는 한, ‘당해 판결 등을 받은 자로서’ 그 판결 등이 취소하거나 변경하고 있는 과세처분의 효력이 미치는 납세의무자에 대하여서만, 그 판결 등에 따른 경정처분 등을 할 수 있을 뿐이고, 그 취소나 변경 대상이 되고 있는 과세처분의 효력이 미치지 아니하는 제3자에 대하여서까지 위 규정을 적용할 수 있는 것은 아니다.” (라) 요컨대, 판례는, 확정된 판결 등의 기판력이 미치는 범위인, 쟁송대상이 되었던 인적·물적 과세단위를 기준으로 하여, 별개의 인적·물적 과세 단위에 대한 과세 처분의 경우 위 제1호 소정의 특례제척기간의 적용을 불허한다.

이유 3따라서 판례는 납세 의무자를 변경하는 재처분의 경우 [즉, “납세의무자가, A(심판 청구인)이 아니라 B(제3자)이다”는 재처분의 경우], 예외 없이, 위 제1호의 적용을 부정하는바, ① 공동상속인 중 1인에게 부과된 상속세 및 방위세를 각 취소하는 경우‘각 취소하는 데 필요한 처분을 할 수 있을 뿐이지, 위와 같이 취소된 상속세 및 방위세의 일부를 그 취소판결의 효력이 미치지 아니하는 원고들(다른 공동상속인)에게 추가로 부과하는 처분을 할 수 없다’고 하고(대법원 OOO 판결), ② 망인과 원고(자식)간 부담부 증여의 경우, ‘피고가 재처분의 근거로 들고 있는 위 국세심판원의 결정은 원고(자식)가 제기한 증여세 부과처분에 대한 것으로서, 이는 위 원고에 대한 증여세를 변경하는 효력을 가질 뿐, 망인이 부담할 이 건 양도소득세에 대하여까지 효력을 미칠 수는 없는 것이어서 결국 위 증액처분은 제척기간이 도과한 무효의 처분이라 할 것이다’라고 하고(대법원 OOO 판결) ③ ‘원심이, 소외인(공동상속인 중 1인)에 대한 상속세 부과처분을 취소하는 판결이 확정되었다고 하더라도 피고는 그 판결에 따라 소외인에게 부과된 상속세를 취소하는 데 필요한 처분을 할 수 있을 뿐이지 취소의 대상이 된 과세처분의 효력이 미치지 아니하는 원고들(다른 공동상속인들)에게 추가로 상속세를 부과하는 처분을 할 수는 없다고 판단한 것은 정당한 것’이라 하고(대법원 OOO 판결) ④ ‘제2차 납세의무자에 대한 부과처분을 주된 납세의무자에 대한 납세고지 절차의 하자 등을 이유로 취소하는 판결이 확정되었다고 하더라도, 주된 납세의무자에 대한 부과제척기간에 관하여는 구 「지방세법」제30조의4 제2항에 따른 특례가 적용될 수 없다’ 라고 판시하였다(대법원 OOO 판결).(마) 학설 역시 일반적으로, “대법원은 ‘과세단위의 동일성’을 기준으로 특례제척기간 규정의 적용 여부를 판단한다”고 보고 특히 조세심판으로 납세의무자가 청구인이 아닌 제3자로 변경되는 경우, 이론 없이 위 특례제척기간의 적용을 부정하고 있다.학설은 위 판례들을 유형화하여, ‘선행처분의 과세단위 밖에서 재처분’이 이루어진 경우로서, “본 건의 경우처럼”, 선행처분은 A라는 사람에 대한 것이었지만 선행처분이 취소되자 과세관청이 역시 동일한 소득이 B에게 귀속되는 것으로 보아 종합소득세를 부과하는 재처분을 ‘인적 과세단위의 변경’의 예로 들면서, 이러한 인적 과세단위 변경의 경우, “대법원 OOO 판결 이래, 대법원 OOO, 대법원 OOO 판결 등에서 특례제척기간을 이용한 재처분이 불가능하다는 것이 하나의 판례로 정립되어 있다”고 보는 반면, 후술하는바 “처분청이 제시하는 심판 결정례의 경우처럼” 선행처분이나 후행처분이나 모두 A라는 동일인에 대한 것으로서 세액 산출 근거 누락 등 절차적인 하자만 보완하여 재처분한 경우에는 위 특례제척기간 적용을 긍정하고 있다.(바) 과세 실무 역시, 판결 등에 따라 납세의무자가 변경된 경우, 위 제1호의 특례제척기간을 적용할 수 없다는 판례의 입장을 충실히 따르는바, 동일한 예규 등 해석 사례가 반복되고 있다.① ‘부동산신탁계약의 위탁자가 청구한 부가가치세 취소 심판에서 부가가치세 납세의무자가 위탁자가 아니라 수탁자라는 이유로 과세처분이 취소된 경우, 「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호에 따른 특례제척기간을 적용하여 수탁자에게 부가가치세를 과세할 수 있는지 여부’에 대하여, ‘조세심판에서 청구인 외의 자가 적법한 납세의무자로 확인된 경우, 적법한 납세의무자로 확인된 자에 대하여 위 조세심판 결정을 이유로 「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호에 따른 특례부과제척기간이 적용되지 않고’(서면-2024-법규기

이유 4본-1269, 2024.10.14.), ② ‘A회사의 심판청구 또는 행정소송에 대한 결정 또는 판결이 확정된 경우에 적용되는 「국세기본법」제26조의2 제2항 제1호의 부과제척기간 특례 규정이 불복하지 않은 B회사에게도 적용될 수 있는지 여부’에 대하여, ‘행정처분에 대한 심판 청구 또는 행정소송에 대한 결정 또는 판결의 효력은 당해 청구인 또는 소송을 제기한 자에게만(즉, 결정, 판결의 당사자에게만) 미치는 것이므로, 동일한 사항이라 하여 제3자가 이를 원용하여 「국세기본법」제26조의2 제2항 제1호의 부과제척기간 특례규정을 적용받을 수 없는 것이며’(징세과-180, 2009.10.15.), ③ 납세의무자가 A법인이 아니라 B법인이라는 판결이 확정된 경우 및 법원의 판결에 따라 종합부동산세 납세의무자가 변경된 경우, 「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호에 따른 특례부과제척기간을 적용할 수 없는 것이다(법규과-990, 2024.4.25.).(사) 처분청이 제시하는 조심 2017중2692 및 조심 2023인7487에 대하여, 위 심판원 결정례들은, 당초 처분의 당사자(심판청구인)와 재처분의 당사자가 동일한 경우로서, 누락한 절차상 하자를 보완하여 동일한 당사자에게 경정처분을 한 경우이고(인적 범위), 또한 증액 결정의 재처분이 아니라 감액 결정의 재처분을 한 경우(물적 범위) 위 특례제척기간을 적용한 경우이다. 즉, 위 결정례상의 재처분은, 판례의 위 제1호의 허용 범위에 관한 인적·물적 한계 내에서 이루어진 것이고, 본건과 무관한 것들이다.1) 반면에, 이 건은 납세의무자가 A(청구인)가 아니라 B(제3자)이다라는 납세의무자 변경 취지의 재처분으로서, 위 판례상의 재처분의 인적 범위를 위반하고, 이에 더하여 증액 결정 처분(당초 처분은 OOO원에서 재처분은 OOO원으로 증액 결정)으로서, 위 판례상의 재처분의 물적 범위를 정면으로 위반한 것으로 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 정리 표 구분 인적 과세 단위 물적 과세 단위 이 건 재처분 내용 납세의무자가, A(청구인)이 아니라 B(제3자, 모친)이다 : 납세의무자의 변경(= 당초 처분과 당사자 변경) 증액경정 결정 위 결정례상 재처분 내용 납세의무자가, A(청구인)으로 동일.(=당초처분과 당사자 동일) 다만 절차 위법(세액 산출근거 누락 등) 보완 감액경정 결정 2) 처분청이 제시하는, 조심 2017중2692에 관한 살펴보면, ① 당초 처분 당사자(심판청구인)과 동일한 당사자에 대한 재처분, 즉 납세의무자의 동일 및 세액 산출근거 등 절차 하자를 보완한 재처분에 대하여는 아래와 같다. 1. 처분개요 (중략) 라. 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기한 결과, 법원은 2015.9.10. 처분청이 1차 경정고지를 하면서 각 납세고지서에 가산세의 종류와 산출근거를 기재하지 아니한 사실을 인정할 수 있어 부과처분 전체를 취소하여야 한다는 취지로 ‘청구법인’ 승소를 선고하였다(대법원 2015.9.10. 선고 OOO판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다). 마.

이유 5처분청은 1차 경정고지 및 1차 소득금액변동통지를 결정·취소한 후 가산세 오류를 정정하고 각 납세고지서에 과세표준 및 세액의 산출근거 등을 정상적으로 기재하여 2016.2.22.‘청구법인’에게 2005～2009사업연도 법인세 합계 OOO원(2005사업연도분 OOO원, 2006사업연도분 OOO원, 2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원 및 2009사업연도분 OOO원)을 각 경정·고지(이하 “2차 경정고지”라 한다)하는 한편, 일용노무비 부당계상액 합계 OOO원(2007년 귀속분 OOO원 및 2008년 귀속분 OOO원)을 대표이사에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지(이하 “2차 소득금액변동통지”라 한다)를 하였다. ② 감액 경정의 재처분을 다툼에 대하여는 아래와 같다. 청구법인은 재조사결정에 따른 감액경정시 세액산정에 오류가 있다고 주장하나, 청구법인이 감액경정세액이라고 주장하는 OOO원과 처분청이 산정한 OOO원과의 차액 OOO원은 처분청이 이 건 감액경정을 하면서 당초 기납부세액에 반영되어 있던 소급공제법인세 고지세액 OOO원을 제외하고 각 사업연도 소득에 대한 법인세 고지세액 OOO원만을 기납부세액으로 공제하여 차감고지세액을 산정함으로써 발생한 것이고, 소급공제 법인세 고지세액은 소급공제 법인세액 환급결정(경정) 결의에 반영한 것이라 세액계산에 오류가 있다고 할 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점판결 확정일로부터 1년 내에 당초의 위법한 처분을 취소하고 그 잘못을 바로잡아 다시 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 3) 처분청이 제시하는, 조심 2023인7487에 관한 살펴보면, ① 당초 처분 당사자(심판청구인)과 동일한 당사자에 대한 재처분, 즉 납세의무자의 동일 및 세액 산출근거 등 절차 하자를 보완한 재처분에 대하여는 아래와 같다. 1. 처분개요 가. 청구인은, 부친(父親) 망(亡) A(이하 “피상속인”이라 한다)이 사망(2020.10.16.)한 후인 2020.11.23. 피상속인이 중고자동차 매매업을 주업으로 영위하던 B(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에 대하여 상속에 따른 대표자 변경을 사유로 사업자등록정정을 하고, 쟁점사업장을 운영해 왔다. 나. 처분청은, 피상속인이 조사대상기간 동안에 중고자동차 매출액 OOO원, 알선수수료 수입금액 OOO원 및 중고자동차 매입액 OOO원을 각각 신고누락한 것으로 보고, 「국세기본법」제24조 에 따라 2022.5.27. 상속으로 인한 납세의무 승계자인 청구인에게 아래 ＜표1＞과 같이 2017년 제1기~2018년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2016년~2018년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 각각 경정ㆍ고지(이하 “당초 처분”이라 한다)하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.7.28. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2022.12.13. 처분청이 상속으로 인한 납세의무 승계에 따라 종전 처분과 관련 납세고지를 함에 있어 납세의무 승계자인 공동상속인들의 성명은 물론 공동상속인별로 상속분에 따라 안분하여 계산한 세액으로 부과세액을 특정함과 아울러 반드시 산출근거 내지 계산명세를 기재하거나 첨부하였어야 함에도 그렇게 하지 아니하고 피상속인이 납부할 부가가치세 및 종합소득세 총액을 청구인에게 부과한바, 이는 부과징수 절차상 중대한 하자에 해당한다는 취지로 종전 처분을 취소하는 결정(조심 2022인7211, 2022.12.13.)을 하였다. 라.

이유 6처분청은 위 심판결정에 따라 종전 처분을 취소하고, 종전 처분의 하자를 치유하기 위하여 피상속인에 대한 상속세 조사 시 확인된 상속인들의 상속재산을 한도로 공동상속인별로 상속분에 따라 안분하여 계산한 세액으로 부과세액을 특정하여, 「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호[심판청구에 대한 결정이 확정된 날(2022.12.13.)부터 1년 내에 경정 등 필요한 처분]에 따라 2023.1.12. 청구인(상속지분 33.2%) 및 모친(母親) C(상속지분 66.8%)에게 OOO와 같이 2017 년 제1기~2018년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2016년~2018년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 각각 경정·고지(이하 “경정 처분”이라 한다)하였다. ② 이 건은 감액 경정의 재처분을 다툼으로 한 상속으로, 납세의무의 승계는 당연히 연대채무자인 공동상속인들에게 상속분에 따라 안분배당하여 고지되어야 하는바, 처분청이 ‘당초 처분’으로서 청구인에 대하여 총액(100%)만 고지하여 조세 심판에서 취소된 경우, ‘재처분’으로서 동일한 청구인에게 세액을 안분배당하여 33.2%로 감액하여 재처분하자 청구인이 이를 판례의 물적 허용범위 밖의 ‘새로운 처분’이라고 다툰 사안이다. 마. 청구인은 이에 불복, 경정 처분 중에서 청구인의 상속지분(33.2%)에 해당하는 2017년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2016년 귀속 종합소득세 OOO원(이하 “쟁점처분”이라 한다)은 위 심판결정과 달리 새로운 처분으로서 국세의 부과제척기간이 도과되었으므로 취소대상이라는 청구취지로 하여 2023.3.31. 심판청구를 제기하였다. 즉, 위 재처분은, 납세의무자 변경(납세의무자가 A가 아니라 B이다) 및 증액 결정 취지의 본건의 재처분과 본질적인 차이가 있다.(아) 따라서, 위 제1호 특례제척기간을 적용하여 부과한 모친에 대한 본건 재처분은, 당초 처분의 당사자(청구인)가 아닌 제3자인 모친에 대한 처분이라는 점에서 위 제1호의 허용범위에 관한 위 판례의 인적 한계에 반하고, 당초 처분에 비하여 증액 경정 처분이라는 점에서 위 판례의 물적 한계에도 반하는 것이다.