미회수된 청구인의 가지급금 상당액을 쟁점법인과 특수관계가 소멸된 이후의 과세기간에 배당으로 소득처분하여 종합소득세를 부과한 처분의 당부

요지청구인이 쟁점법인의 주식 전부를 21.1.4. AAA에게 양도함에 따라 쟁점법인과의 특수관계가 소멸하였으나, 가지급금 상당액을 22사업연도 익금으로 산입하고, 이를 23년 귀속 배당으로 보아 종소세를 부과한 처분은 사실관계가 서로 부합하지 아니하나, 주식양수도 계약서상 BBB가 청구인 등에게 쟁점법인 주식을 명의신탁한 정황이 있으므로, 쟁점법인 주식 실소유자 및 종합소득세 귀속 시기 등을 재조사함이 타당함

주문진주세무서장이 2025.11.10. 청구인에게 한 2023년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 2021년에 양도한 a 주식회사 주식의 실제 소유자인지 여부와 소득처분에 따라 청구인에게 부과하여야 할 종합소득세의 귀속시기 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

이유1. 처분개요가. 청구인은 2012.1.10. 설립되어 부산광역시 연제구에 소재하며 주거용 건물 건설업을 영위하였던 a 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)에서 대표이사 겸 주주였는데, 2020.6.18. 쟁점법인의 대표이사직을 사임하고 같은 날 쟁점법인의 미분양 주택 등 경영상 문제를 해결할 수 있다는 b(청구인이 쟁점법인의 대표이사직을 사임한 2020.6.18. 쟁점법인의 대표이사로 취임하고 2020.7.15. 사임하였으며, 쟁점법인의 기존 주주들로부터 쟁점법인의 주식 전부를 매수한 자로 이하 “쟁점매수인”이라 한다)과 양도 및 양수계약(이하 “쟁점양수도계약”이라 하고, 그 계약서를 “쟁점양수도계약서”라 한다)을 체결하여 2021.1.4. 보유하던 쟁점법인의 주식 32,000주 전부를 쟁점매수인에게 OOO원에 양도하였다.나. 쟁점법인을 관할하는 동래세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점법인이 2022년부터 부가가치세 및 법인세 등을 신고하지 아니하고 연락이 두절된 상태로서 실제 사업을 영위하지 아니하는 법인인 것으로 판단하여 2022.12.31.자로 쟁점법인을 직권폐업 처리하였다.다. 감사원은 2024년 4월 법인의 무단폐업 이후 특수관계자로부터 미회수한 가지급금 등에 대한 사후관리 점검을 시달하였는데, 조사청은 쟁점법인의 2021사업연도 말까지 법인세 신고서상 대표이사 겸 주주였던 청구인에 대한 쟁점법인의 가지급금이 존재하였으며 또한 청구인이 2020년 쟁점법인의 대표이사직을 사임하고 2021년 보유하던 쟁점법인의 주식 32,000주 전부를 양도함에 따라 특수관계가 소멸되었으나 정당한 사유 없이 청구인에 대한 쟁점법인의 가지급금을 회수하지 아니한 것으로 보아,쟁점법인의 2022사업연도 법인세를 결정하면서 「법인세법」 제15조 제3항 및 같은 법 시행령 제11조 제9호에 따라 청구인으로부터 미회수된 가지급금 OOO원 및 그에 따른 인정이자 OOO원 합계 OOO원을 익금에 산입하고 「법인세법」 제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항에 따라 이를 청구인의 2022년 귀속 배당소득으로 구분하여 소득처분하고 이를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 청구인이 종합소득세를 신고하지 아니하자 2025.11.10. 청구인에게 2023년 귀속 종합소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.4. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장청구인은 쟁점법인의 주식과 사업의 권리 일체와 채권ㆍ채무 일체를 쟁점매수인에게 양도하였으므로 가지급금에 대하여 청구인에게 소득처분하고 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다.청구인은 2020.6.18.

이유 2쟁점법인에 대하여 포괄적 쟁점양수도계약(사업의 권리 일체와 채권ㆍ채무 일체)에 의하여 보유하던 쟁점법인의 주식을 쟁점매수인에게 양도하였으며 대표이사직 또한 계약 당일 사임하고 쟁점매수인이 같은 날 대표이사에 취임한 후 부산지방법원에 등기를 경료하였고 청구인은 주식양도에 따른 증권거래세를 납부함으로써 쟁점양수도계약을 완료하였다.쟁점양수도계약 제2조 및 제3조에 따라 당시 존재하는 가수금 및 가지급금에 대하여 쟁점매수인이 직접조사 후 독립적인 판단으로 인수하는 것으로 한바, 쟁점매수인은 이를 인수하는 것으로 결정하고 제4조에 의하여 청구인은 관련 서류 일체를 양도하고 쟁점매수인은 이를 인수하였다.「법인세법 시행령」 제106조에 따라 양도일 기준 소득처분에 따른 종합소득세는 양도인인 청구인이 부담하여야 하나, 쟁점매수인은 소득처분이 발생할 수 있는 가수금 및 가지급금과 부동산을 포함한 자산 및 부채 일체를 인수하였으며 쟁점양수도계약 당일 대표이사로 취임하고 등기상 경료함에 따라 소득처분이 발생할 수 있는 제반사항에 대하여 쟁점매수인이 모두 인수하였다 할 것이다.상기 내용과 같이 청구인은 2020.6.18. 포괄적 쟁점양수도계약에 의하여 쟁점매수인이 소득처분이 발생할 수 있는 제반사항 전부를 인수하였고 대표이사인 쟁점매수인에게 소득처분에 따른 종합소득세가 부과되어야 함에도, 쟁점법인의 대표이사직을 사임하고 포괄적 양도한 청구인에게 소득처분에 따른 종합소득세를 부과한 처분은 부당한바, 종합소득세를 취소하여야 함이 마땅하다.나. 처분청 의견청구인이 특수관계 소멸 시점까지 가지급금을 상환하지 아니한 사실이 명백하고, 처분청이 청구인을 소득 귀속자로 보아 과세한 이 사건 처분은 적법하다.청구인은 가지급금이 단순 회계상 계상에 불과하고 실질적으로는 양도ㆍ양수 과정에서 쟁점매수인에게 포괄 승계되었다는 취지로 주장하나, 이는 가지급금의 발생 경위를 구체적으로 소명하지 못한 추상적 주장에 그치는 것이며, 2021사업연도 법인세 신고 시에 가지급금 인수에 대한 계정별원장의 대체와 관련된 회계처리는 전무하고 청구인을 귀속자로 가지급금을 그대로 회계처리하여 신고하였음이 확인된다.특히, 청구인이 원용한 선결정례(심사소득 2002-0354, 2003.5.16.)는 전 대표자의 가지급금이 법인세 신고상 특정인에게 귀속된 것으로 계상되어 있고 달리 반증이 없는 경우, 이를 인수한 것으로 보아 상여처분 과세는 정당하다고 결정하였는데, 이는 가지급금의 귀속 판단은 장부상 계상 및 실질 사용관계에 따라 판단한다는 취지이다.이 건 가지급은 청구인이 쟁점법인에 대표이사로 재직하던 당시 법인 장부에 청구인에 대한 가지급금으로 계상된 금액으로 이는 단순한 ‘회계상 형식’이 아니라, 실제 자금 유출 사실에 기초하여 설정된 계정이다.가지급금은 법인이 채권자, 청구인이 채무자인 채권ㆍ채무 관계로 성립한 금액으로서 그 계상 자체로 법인의 자금이 법인 외부로 이전된 상태를 의미하고 이 건 가지급금은 청구인이 쟁점법인의 대표이사로 재직하던 중에 법인 장부에 계상되었으며, 이후 2021.1.4. 청구인은 보유하던 쟁점법인의 주식 전부를 쟁점매수인에게 양도함에 따라 쟁점법인과의 특수관계가 소멸하였다.그러나 특수관계가 소멸된 시점까지 해당 가지급금은 상환되지 아니하였고 쟁점법인 또한 이에 대한 실질적인 회수조치를 취한 사실이 확인되지 아니하는데, 세법상 특수관계자에 대한 가지급금이 특수관계 소멸 시점까지 회수되지 아니한 경우에는, 그 시점에 더 이상 회수 가능성을 기대하기 어렵고 이는 사실상 채권의 포기 또는 채무 면제와 동일한 경제적 효과를 발생시키는 것으로 보아야 한다.청구인은 2021.1.4.

이유 3쟁점주식 전부를 양도하면서도 해당 가지급금을 상환하지 아니하였는데, 이는 특수관계 소멸 시점까지 회수되지 아니하였음을 의미하며, 다수 심판례(조심 2015부5033, 2016.3.29. 등)는 특수관계가 소멸하였음에도 회수되지 아니한 경우 그 시점에 사외유출이 확정된 것으로 보며, 가지급금 및 이자 상당액의 이익이 특수관계인에게 분여된 것으로 보아야 한다고 판단하였다.청구인은 포괄 쟁점양수도계약에 따라 쟁점매수인이 제반 사항을 인수하였으므로 청구인에게 소득처분에 따른 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 양수인이 인수한 것은 법인의 채권ㆍ채무 관계에 관한 사항일 뿐, 이미 특수관계 소멸 시점에 확정된 청구인의 소득 귀속까지 이전된다고 볼 수는 없으며, 조세채권은 법률에 의하여 성립하는 것으로서 과세요건이 성립한 이후의 사적 계약이나 약정으로 그 귀속을 변경할 수 없다.청구인의 주장대로라면, 특수관계자가 가지급금을 상환하지 아니한 채 지분을 양도함으로써 소득 귀속을 제3자에게 전가할 수 있게 되어 세법상 소득 귀속 원칙을 현저히 침해하는 결과가 발생하게 되는 것으로 따라서, 포괄 쟁점양수도계약은 본 건 귀속 판단에 영향을 미칠 수 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점법인과 특수관계가 소멸되는 시점까지 미회수된 청구인의 가지급금 등 상당액이 사외유출된 것으로 보아 소득처분하여 종합소득세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 쟁점법인의 법인세 신고는 2021사업연도가 마지막인 것으로 확인되며, 쟁점법인의 2020사업연도(결산확정일 2021.3.31.) 및 2021사업연도(결산확정일 2022.3.31.) 법인세 신고내용에 따르면, 쟁점법인의 주주ㆍ임원ㆍ직원 단기대여금(가지급금) 계정의 잔액은 각각 OOO원 및 OOO원으로 나타나고, 가지급금등의인정이자조정명세서(갑)에 청구인의 가지급금 인정이자는 각각 OOO원 및 OOO원으로 산정되었으며, 아래와 같이 2021사업연도 가지급금등의인정이자조정명세서(을)에 2021사업연도 말까지 계속해서 청구인(직책 대표)과 가지급금의 대여 및 회수가 이루어진 내역과 적수 계산이 이루어진 것으로 기재되어 있다.＜청구인 2021사업연도 가지급금등의인정이자조정명세서(을)＞(나) 국세통합전산망 자료에 따르면, 조사청은 2022.12.31.자로 쟁점법인을 직권폐업하면서 현재 사업장은 타인(주식회사 c)에게 소유권 이전되었으며, 실제로 사업을 하지 않는 것으로 확인된다는 의견을 남긴 것으로 나타난다.(다) 쟁점법인의 법인 등기사항일부증명서에 따르면, 아래와 같이 청구인은 최초 2012.9.12. 쟁점법인의 사내이사로 취임하였고 사내이사 및 대표이사로 재직하다가 2020.6.18. 쟁점법인의 대표이사직에서 사임하였으며, 같은 날 쟁점매수인이 대표이사직에 취임하고 2020.7.15. 사임한 것으로 확인된다.＜아래 사진 삽입을 위한 여백＞＜쟁점법인의 법인 등기사항일부증명서＞(라) 청구인은 2020.6.18. 쟁점법인의 대표이사직에서 사임하고 같은 날 쟁점매수인과 포괄적 쟁점양수도계약을 체결하여 2021.1.4. 보유하던 쟁점법인의 주식 전부와 청구인에게 속한 사업의 권리 일체 및 채권ㆍ채무 일체를 쟁점매수인에게 인계하였으므로, 정당한 사유 없이 특수관계가 소멸되는 날까지 청구인에 대한 쟁점법인의 가지급금을 회수하지 아니한 것으로 보아 가지급금 등을 소득처분하여 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하며, 이를 입증하고자 아래와 같이 2020.6.18.

이유 4작성된 쟁점양수도계약서를 제출하였는데,당해 계약서 첫째 장의 전문에는 갑에게 속한 사업의 권리 일체와 채권ㆍ채무를 매도하고자 하며, 을은 갑으로부터 이를 매수하고자 한다(전문 1), 갑의 대표 d가 양도물건 일체의 실질적 주인으로 본 계약을 체결한다(전문 2)고 명시하였고, 또한 당해 계약서 첫째 장의 ‘양도인 대표자’ 항목과 마지막 넷째 장 ‘갑의 대표’ 항목에는 청구인이 아닌 “d(실 사주)”, “갑의 대표 d”라고 기재되어 있는 것으로 나타난다.＜아래 사진 삽입을 위한 여백＞＜쟁점양수도계약서(2020.6.18. 작성)＞(마) 쟁점법인의 2020～2021사업연도 주식등변동상황명세서 일부 내용은 아래와 같으며, 청구인은 2021년에 보유하던 쟁점법인의 주식 32,000주 전부를 쟁점매수인에게 양도한 것으로 나타난다.＜쟁점법인의 2020사업연도 주식등변동상황명세서 일부＞＜쟁점법인의 2021사업연도 주식등변동상황명세서 일부＞(바) 청구인이 2021.4.9. 제출한 양도소득세 예정신고서 및 소명자료와 증권거래세신고서에 따르면, 청구인은 2012.1.6. 및 2015.9.22. 쟁점법인 주식 20,000주 및 12,000주를 1주당 OOO원에 각각 취득하고 2021.1.4. 보유하던 쟁점법인 주식 32,000주 전부를 1주당 OOO원으로 산정하여 쟁점매수인에게 OOO원에 양도한 것으로 나타나며, 쟁점법인의 2021사업연도 주식ㆍ출자지분 양도명세서 또한 청구인이 쟁점법인의 주식 32,000주를 2021.1.4. 양도한 것으로 나타난다.(사) 이 건 소득처분과 관련하여 쟁점법인의 2022사업연도 법인세 결의서 등에 따르면, 조사청은 쟁점법인의 2021사업연도 법인세 신고서상 청구인의 가지급금등의인정이자조정명세서(을) 등을 근거로 아래와 같이 2022사업연도 청구인으로부터 미회수된 가지급금을 OOO원으로, 그에 따른 인정이자를 OOO원으로 산정하여 익금산입(유보)하고 합계 OOO원을 청구인의 2022년 귀속 배당소득으로 구분하여 소득처분하였다.＜쟁점법인의 미회수 가지급금 관련 2022사업연도 세무조정＞(단위 : 원)＜쟁점법인 2022사업연도 소득금액변동통지내역＞(단위 : 원)(아) 이 건 소득처분과 관련하여 청구인의 2023년 귀속 종합소득세 결의서에 따르면, 처분청은 청구인이 인정배당 소득처분을 받았음에도 이에 대하여 종합소득세를 신고하지 아니한 것을 확인하고 인정배당소득 OOO원에 대하여 청구인의 2023년 귀속 종합소득세를 OOO원으로 결정하였다.(2) 심판조사관실은 2026.5.18.

이유 510:20경 및 10:35경 2회에 걸쳐 청구인을 대신하는 e(연락처 OOO)과 통화하여 이 건 쟁점과 관련하여 사실관계를 명료히 하고자 쟁점법인의 주주명부 등 자료들을 추가로 요청하였으나, 쟁점법인의 주식이 쟁점매수인에게 전부 양도된 후 현재 남아있거나 추가로 제출할 수 있는 쟁점법인의 자료가 없다고 진술하였으며,또한 e은 청구인이 제출한 증거자료인 쟁점양수도계약서상 ‘양도인 대표자’ 항목에 기재된 바와 같이 쟁점법인의 실사주는 청구인이 아닌 d로서, 실사주 d는 쟁점법인을 포함하여 ‘양도물건’ 항목에 기재된 여러 법인들을 실제 운영하였는데, 청구인을 쟁점법인의 대표이사로 내세우고 청구인 등에게 쟁점법인의 주식을 명의신탁하였으며, 사정상 청구이유서에 이러한 명의신탁과 관련한 사실관계는 기재할 수 없었다고 진술하였다.(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 「법인세법」 제15조 제3항은 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익 외에도 법인의 익금에 포함되는 사항을 대통령령으로 위임하고 있고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제11조는 제9호 가목에서 제2조 제5항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금을 수익의 범위에 포함하도록 규정하고 있는데, 당해 시행령 조항은 법인이 정당한 사유 없이 특수관계가 소멸되는 날까지 업무무관 가지급금이나 그 이자를 회수하지 않은 경우 법인이 실질적으로 그 채권을 포기하거나 채무를 면제하여 그 채권 상당액이 사외유출되었다고 보고 특수관계인에 대하여 소득처분을 하기 위한 전제로서 그 채권 상당액을 법인의 익금에 산입하는 근거 규정이다(대법원 2021.7.29. 선고 2020두39655 판결 참조).(나) 처분청은 청구인이 2021.1.4. 쟁점법인의 주식 전부를 쟁점매수인에게 양도하면서 쟁점법인에 대한 청구인의 채무인 가지급금 또한 인계하였다는 청구주장을 받아들이기 어려우므로 쟁점법인과 특수관계가 소멸되는 시점까지 미회수된 청구인의 가지급금 등 상당액을 소득처분하여 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다는 의견이나,쟁점법인이 2022.12.31.자로 직권폐업된 것과는 별개로 청구인은 2020.6.18. 쟁점법인의 대표이사직에서 사임하고 같은 날 쟁점매수인과 포괄적 쟁점양수도계약을 체결하여 2021.1.4.

이유 6보유하던 쟁점법인의 주식 전부를 쟁점매수인에게 양도함에 따라 쟁점법인과의 특수관계가 소멸된 것으로 나타나는 점, 반면에 조사청은 2021사업연도가 아닌 쟁점법인이 직권폐업된 2022사업연도의 법인세를 결정하면서 가지급금 등을 익금에 산입하고 그 상당액이 청구인에게 사외유출된 것으로 보아 이를 2022년 귀속 인정배당소득으로 구분하여 청구인에게 소득처분한 점, 이에 처분청은 청구인에게 소득처분된 인정배당소득의 귀속시기를 「소득세법 시행령」 제46조 제6호에 따라 쟁점법인의 2022사업연도 결산확정일을 수입시기로 하여 2023년 귀속 종합소득세를 부과한 점 등에 비추어, 이는 쟁점법인과의 특수관계가 소멸됨에 따라 가지급금 등 상당액을 쟁점법인의 익금에 산입하여야 할 사업연도 및 청구인의 인정배당소득에 대한 종합소득세 귀속시기가 이 건 사실관계와 각각 부합하지 아니한다.또한, 청구인이 제출한 쟁점양수도계약서에 기재된 내용과 e의 진술 등에 따르면, 쟁점법인을 포함한 여러 법인들의 실사주로 보이는 d가 청구인을 대표이사로 내세워 쟁점법인을 실질적으로 운영하고 청구인 등에게 쟁점법인의 주식을 명의신탁하였을 것으로 보이는 정황이 일부 드러나는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점법인의 실제 대표이사 겸 주주의 지위에 있었던 것으로 단정하기도 심히 어려워 보인다.(다) 따라서, 처분청은 청구인이 2021.1.4. 쟁점매수인에게 양도한 쟁점법인 주식의 실제 소유자인지 여부와 쟁점법인과의 특수관계가 이 날 소멸됨에 따라 가지급금 등 상당액을 쟁점법인의 익금에 산입하여야 할 사업연도 및 관련 소득처분에 따라 청구인에게 부과하여야 할 종합소득세의 귀속시기를 재조사하여 그 결과에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 국세기본법제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.(2) 법인세법(가) 2020.12.22. 법률 제17652호로 일부 개정된 것제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액2. 제57조 제4항에 따른 외국법인세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산하여 같은 조 제1항에 따른 세액공제의 대상이 되는 금액3. 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 소득금액③ 수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(나) 2018.12.24.