이 건 부과처분이 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈한 절차상 하자 있는 처분에 해당하는지 여부 등

요지부과제척기간 만료가 임박하게 된 경위는 조사청의 과세자료 통보 지연 및 오통보, 처분청의 절차 반복 등 과세관청의 내부 사정에 기인한 것으로 보일 뿐 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없었다고 보기 어려움

주문대전세무서장이 2024.5.16. 청구인에게 한 2018년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구인은 2005.2.25. 개업하여 대전광역시 OOO에서 건설업을 영위하던 ㈜A의 대표이사였던 거주자(재직기간 2011.9.6.∼2018.9.7.)로, 위 법인은 2018.9.7. 본점 소재지를 전라남도 OOO로 이전 후 대표이사는 B으로, 상호는 ㈜C(이하 “쟁점법인”이라 한다)로 변경되었다.＜표1＞ 쟁점법인 주식 양도 전·후 주주 구성○○○나. 광주지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.5.30.∼2023.6.28. B에 대한 주식변동조사를 실시하는 과정에서 2018.8.18.∼2018.9.7. 청구인이 쟁점법인의 자금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 유출한 것으로 보아 2023.11.14. 처분청에 쟁점금액 관련 인정상여 과세자료를 통보하였다.다. 처분청은 2024.2.26. 청구인에게 위 과세자료내용에 따라 2018년 귀속 종합소득세에 대한 과세예고통지(이하 “1차 과세예고통지”라 한다)를 하였으나, 이후 쟁점법인의 2018년 귀속 법인세 경정 및 청구인에 대한 소득처분이 이루어지지 아니한 사실을 확인하고 이를 취소하였으며, 조사청은 2024.3.18. 쟁점법인 관할 순천세무서장(이하 “경정청”이라 한다)에게 법인세 경정에 대한 과세자료를 통보하였다.라. 경정청은 쟁점법인의 2018사업연도 법인세를 경정하면서 2024.3.27. 청구인에게 소득금액변동통지를 하였으며 처분청은 2024.4.4. 청구인에게 재차 과세예고통지(이하 “2차 과세예고통지”라 한다)를 한 후 2024.5.16. 2018년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.마. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.19. 이의신청을 거쳐 2024.12.26. 심판청구를 제기하였다.2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장(1) 이 사건 처분은 과세관청이 정당한 사유없이 청구인의 과세전적부심사 기회를 박탈한 중대한 절차적 하자가 있어 취소하여야 한다.(가) 최근 다수의 대법원 판례(대법원 2025.6.5.

이유 2선고 2025두33014 판결 등 다수)에서는 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외 사유에 해당한다고 할 수 없다고 판시하고 있다.따라서 과세관청이 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다.위 대법원 판례에서는 피고가 이 사건 건물에 대한 양도소득세 과세자료 등을 이관받은 시점이 2021.8.3.이고 과세예고통지가 있은 시점은 2022.5.2.(8개월 29일 소요)이었는데, (중략) 추가 조사를 할 것이 남아 있던 상황도 아니었던 점 등을 고려하면 피고는 별다른 이유 없이 후속 절차를 지연시킨 것으로 보일 뿐 과세예고통지가 늦어질 수밖에 없었던 정당한 사유가 증명되었다고 볼 수 없다는 이유로, 이 사건 처분이 과세전적부심사의 기회를 박탈한 절차적 하자가 있어 위법하다고 판단하였다.조사청은 조사종결일(2023.6.28.)로부터 과세자료를 국세통합전산망에 전산입력하고 지체 없이 통보해야 했으나, 1차 통보하는데 4개월 17일(2023.6.29.∼2023.11.14.)이 소요되었고, 파생자료 통보 업무도 잘못 처리하여 소득처분을 해야 할 경정청이 아닌 처분청으로 잘못 통보하여, 경정청으로 2차 통보하기까지 8개월 19일(2023.6.29∼2024.3.18.)이 소요되어, 과세관청이 귀책 사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하였다고 볼 수 없다.처분청도 파생자료가 즉시처리대상자료로 전환 당시 최초(2023.12.19.) 자료 처리 담당자는 부과제척기간 만료일이 6개월 이내(제척기간 만료일까지 5개월 12일)인 시효 임박 자료임에도 불구하고 신속하게 처리하지 않았고, 업무를 지연처리하여 인정상여 미처분 사실을 조기에 발견할 수 있었던 기회조차 얻지 못했다.인사이동 후 과세자료 재지정(2024.1.29.) 담당자도 시효임박 자료(제척기간 만료일까지 4개월 2일)임에도 신속하고 충분한 사전검토를 하지 않아 1차 과세예고통지일(2024.2.26.)까지 인정상여 미처분 사실을 인지하지 못했다가 2024.3.18.에서야 인지하고 1차 과세예고통지를 취소하였다.결국, 조사청의 자료 통보 절차의 미준수와 처분청의 과세자료 지연처리 및 검토 소홀 등 과세관청의 귀책사유로 인하여 1차 과세예고통지를 취소하고, 2차 예고통지를 거치는 과정에서 9개월 7일(2023.6.28.∼2024.4.4.)이 소요되어 부과제척기간 만료일이 3개월 이하에 해당하게 되었는바, 과세관청이 귀책 사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하였다고 볼 수 없다.(나) 당해처분은 과세관청의 귀책 사유 등으로 절차적 정당성을 갖추지 못해 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외 사유에 해당하지 않아, 과세전적부심사 청구일로부터 과세전적부심사 결정이 있기 전까지는 과세표준 등 경정을 유보해야 했으나(「국세기본법 시행령」 제63조15 제4항), 처분청은 과세전적부심사 결정(2024.5.13.) 전인 2024.5.5.

이유 3과세표준 및 세액을 경정하여 중대한 절차적 하자에 해당할 뿐만 아니라, 송달기준으로 보아도 과세전적부심사 결정서가 송달(2025.5.17.)되기 전인 2025.5.16.에 납부고지서가 송달되어 중대한 절차적 하자에 해당한다.설령, 과세표준 등 경정 유보 규정을 준수했다 하더라도 과세전적부심사청구 예외 사유에 해당하지 않아 그 적법성 여부를 심사하지 않은 채 ‘심사제외’ 결정 후에 이루어진 과세표준 등 경정은 중대한 절차적 하자에 해당한다.이 사건 처분은 과세관청의 귀책 사유 등으로 절차적 정당성을 갖추지 못하여 과세전적부심사청구 예외 사유에 해당하지 않음에도 통지 내용의 적법성에 관한 심사를 하지 않고, 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호 및 과세전적부심사사무처리규정 제33조 제4항 제4호의 규정에 따라 “심사제외결정”을 한 것은 중대한 절차적 하자에 해당한다.설령, 처분청이 절차적 정당성을 갖추었다고 하더라도 예외 규정을 들어 과세전적부심사청구에 관한 심사를 하지 않고 심사제외결정을 한 것 또한 청구인의 절차적 권리를 부당하게 침해한 것이다(서울고등법원 2023.10.20. 선고 2023누36239 판결).과세전적부심사청구 예외 사유에 해당하더라도 원칙적으로 「국세기본법」 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 「국세기본법 시행령」 제63조의15 제5항에서 규정한 방식에 따라 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 봄이 타당하고, 과세전적부심사청구를 청구하는 경우에는 처분청이 그 청구의 내용이나 처리능력 등에 비추어 이를 수용할 수 있다면 채택하거나 일부 채택하는 결정을 하는 것이 바람직한바, 처분청이 예외 사유만으로 심사제외사유를 확대해석하고, 법령이 아닌 국세청 내부의 훈령(과세전적부심사사무처리규정 제33조 제4항 제4호)을 근거로 “심사제외결정”을 한 것은 청구인의 절차적 권리를 부당하게 침해한 것으로 위법하다.처분청이 절차적 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는 과세관청의 귀책 사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 입증하여야 하나, 업무 과실과 해명할 기회를 주지하지 않은 사실만 있을 뿐 정당성을 인정할만한 객관적 증거는 없다(대법원 2025.6.12.

이유 4선고 2025두31960 판결).(2) 쟁점법인에게 법인세 과세표준 등 경정 통지를 생략한 중대한 절차적 하자가 있으므로 이 사건 소득금액변동통지는 무효에 해당하므로 당해처분은 취소되어야 한다.(가) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 그 내국법인에 알려야 하고(「법인세법」 제66조 제70조), 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지해야 하고(「법인세법 시행령」 제109조 제1항), 법인의 과세표준 신고·결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여 등으로 처분하도록 규정하고 있다(「법인세법」 제67조).조세심판원 선결정례(조심 2023구37, 2023.10.10.)에 따르면 “쟁점법인이 결손법인으로서 법인세 과세표준 경정에 따른 세액이 발생하지 아니하더라도 처분청은 그 결정된 내용을 통지하였어야 하나, 통지한 사실이 없는 것으로 나타나므로 법인세 과세표준 경정은 그 효력이 발생하지 아니한 것으로 보이고, (중략) 소득금액변동통지는 법인세 과세표준의 결정 또는 경정을 전제로 하는 것인데, 이 건 소득금액변동통지는 위에서 본 바와 같이 존재하지 아니하는 법인세 과세표준 경정에 기하여 이루어져 중대한 하자가 있다고 봄이 상당하므로 위법하다고 판단된다”고 결정하였다.또한, 조세심판원 선결정례(조심 2023전10839, 2025.1.10.)에서도 “조사청이 쟁점법인에게 과세예고통지를 하고 처분청에게 과세자료를 통보하였으나, 처분청이 경정내용을 쟁점법인에게 통지한 사실이 없는 것으로 확인되므로 쟁점법인에 대한 2013사업연도 법인세 과세표준 경정은 당초부터 그 효력이 없었던 것”이라고 결정하였다.최근 대법원도 사업연도 결손금 감액 경정을 하면서 「법인세법」에 따른 통지 등 절차를 준수하였는지 여부에 관하여 아무런 심리를 하지 않은 채 결손금 감액 경정의 위법성을 다툴 수 없다고 판단하였다(대법원 2024.12.12. 선고 2021두34688 판결).따라서, 경정청이 쟁점법인의 법인세 과세표준과 세액을 경정할 때 세액이 발생하지 않았다는 이유로 “법인세 과세표준 등 경정(결정)통지”를 하지 않은 것으로 확인되므로 2018사업연도 법인세 경정은 그 효력이 발생하지 아니한 것으로 무효에 해당한다.(나) 이 사건 소득금액변동통지의 전제인 경정청의 경정이 무효에 해당하므로 소득금액변동통지도 무효이고 이를 이유로 과세한 이 사건 처분도 무효로서 취소되어야 한다.경정청의 쟁점법인에 대한 과세표준 등 경정청의 경정이 무효에 해당하고, 청구인에 대한 소득금액변동통지는 존재하지 아니하는 법인세 과세표준 경정에 기하여 이루어져 중대한 하자가 있다고 봄이 상당하므로 선결정례 및 대법원 판례에 따라 이 사건 처분은 무효에 해당한다.(3) 쟁점금액은 청구인에게 귀속된바 없으므로 이 사건 처분은 취소되어야 한다.(가) 쟁점금액 중 청구인의 배우자 D에게 2018.9.1. 이체된 금액 OOO원은 쟁점법인이 D으로부터 차입한 금액을 변제한 것으로, 이는 2018.5.4. 작성한 금전소비대차계약서 및 쟁점법인 양도를 위해 가결산한 합계잔액시산표상 단기차입금 계정에 의하여 확인되므로 쟁점금액에서 제외하여야 한다.설령, 차입금이 법인계좌로 입금되지 않아 단기차입금으로 볼 수 없다 하더라도, 위 변제금은 D에 송금되었고 D은 타법인의 대표이사로서 재력도 있어 소득처분은 D에게 해야 했으나, 처분청이 실지 귀속자가 청구인이라고 입증하지 못한 채(대법원 2001.6.15.

이유 5선고 2000두2952 판결), 청구인이 쟁점법인을 지배·관리하였고 송금 수취인이 배우자라는 이유만으로 청구인에게 상여 처분한 것은 위법하다(조심 2022부6373, 2023.7.20. 같은 뜻).(나) 2018.9.7. 청구인에게 이체된 OOO원은 청구인에 대한 쟁점법인의 미계상 가수금을 변제한 것으로 상여처분에서 제외하여야 한다.청구인은 쟁점법인 설립일 이후 법인자금이 필요한 경우에 쟁점법인에게 자금 대여 및 회수를 통장거래를 통하여 반복하였으나, 건설업의 경우에는 부채비율의 증가가 신용등급하락으로 이어져 금융권 대출 및 공공사업 참여에 어려움이 따르게 되어, 쟁점법인의 가수금 계정에 계상하지 않았었던 것을 쟁점법인 양도를 위해 가결산하는 과정에서 정리하여 계상한 것으로 가수금 원장, 금융자료 및 2018사업연도 가결산 재무상태표에 의하여 입증된다.위 가수금 원장상 청구인이 법인설립일(2005.2.25.)부터 법인양도일(2018.9.7.) 직전까지 쟁점법인에 입금된 금액(OOO원), 쟁점법인으로부터 출금된 금액(OOO원), 잔액(OOO원)이 예금 거래 등으로 확인됨에도 2017사업연도까지 가수금 계정이 없다는 것은 가수금이 미계상되었다는 명백한 방증이고, 위 가수금과 실제 이체받은 금액 간 차이가 발생하기는 하나 단기간에 결산한 것이므로 13년 전부터 반영하지 않았을 개연성과 기타 용도 입금 등을 고려하더라도 해당 이체받은 금액은 가수금을 변제받은 금액임이 입증된다.또한, 청구인이 제출한 2018사업연도 가결산 합계잔액시산표에 보통예금 OOO원과 쟁점법인의 2018.9.4. 거래후 잔액이 일치하고, 청구인에 대한 송금 내역에 퇴직금(OOO원)과 위 이체금액만 원 단위(OOO원)로 이체하였다는 것은 거래 당시 실제 가결산을 근거로 지급했음을 인정할 수 있다.조사청 조사에서 B이 문답한 내용은 본인이 주식 매수 대금으로 쟁점법인으로부터 융통한 사실을 숨기기 위한 일방적인 주장일뿐이고, 거래당사자인 청구인에게 조사 및 해명의 기회도 주지 않은 부실한 조사에 기인한 것으로 처분청의 의견은 부당하다.(다) 2018.9.7. 쟁점법인 계좌로부터 인출한 금액 OOO원 및 F 명의 계좌로 이체된 금액 OOO원은 B이 주식매수대금으로 쟁점법인으로부터 융통 후 청구인에게 지급한 것으로 상여처분에서 제외하여야 한다.B이 실제 쟁점법인을 인수하기 위하여 청구인에게 지급하여야 할 금액은 약 OOO원 상당인데 자금 여력이 없어, 부족한 기업인수 대금은 관행대로 쟁점법인으로부터 자금을 융통(가수)하여 지급할 상황이었다.전문건설업 주식매매는 일반적으로 “건설업면허 양도양수계약서” 형식으로 이루어지고 양도가액은 이익잉여금, 자본금, 건설업면허가치(공제조합출자금 포함) 등을 감안하여 결정하는바, 청구인측 대리인도 관례에 따라 주식매매가액을 산정하였고, 양도소득세 신고는 ‘건설업면허 양도양수계약서’에 액면가액 신고를 원칙으로 약정하고, 제15조(비밀유지) 및 제19조(특약사항)에 따라 손해배상 위험성 때문에 실거래가액이 아닌 액면가액으로 신고하였는바, 동 계약서상 액면가액 신고 규정이 있다는 것은 주식을 실거래가액으로 양도하였다는 방증이다.주식양도대금 잔금청산일은 2018.9.5.이었으나 B이 자금 여력이 없어 완납하지 못했고, 최종적으로 주식양도(기업매각)에 따른 대금 정산 등을 위하여 청구인의 임시사무실인 대전광역시 OOO)에서 2018.9.7.

이유 6청구인측 대리인 E, F, G과 매수인측 B, H 5명이 만났으며, 양측 대리인은 쟁점법인의 가결산 재무제표에 대하여 항목별로 세세히 설명한 후 양측 모두의 동의를 얻어 최종적으로 대금 정산 및 기업인수인계를 마무리하였는바, 이러한 사실은 당시 모임에 참석했던 F·G의 확인서와 B이 당일 자필로 서명한 ‘정산내역’에 의하여 입증된다.청구인측 대리인들은 B이 거래 진행 과정에서 보여준 여러 가지 행태를 보았을 때 법인 통장을 인계해도 주식 양도대금 등을 받지 못할 수도 있겠다는 생각이 들어 청구인 가수금 등을 즉시 송금(변제)하였고, 주식양도대금은 B과 은행에 동행하여 받으려고 하였으나 동행하지 않아 청구인측 E과 F이 은행에서 OOO원을 수표로 인출하였고, 타주주 양도대금 OOO원은 청구인측 대리인인 F 통장에 이체하면서 B이 법인으로부터 융통했다는 증거를 남기기 위하여 수령인을 B으로 표기하였으며, F은 청구인의 대리인이다. 그리고, 쟁점법인의 계약 관련 서류 및 통장을 포함한 법인 장부 일체를 B이 인수하여 가져갔다.청구인의 입장에서는 굳이 인정상여 처분에 따른 고율의 세금 부과 위험성을 감수해가며 주식양도(기업매각) 전에 법인자금을 사적으로 인출하고 주식을 액면가액으로 매매할 이유가 없으며 상식적이지도 않고, B이 청구법인으로부터 건설업 면허 및 출자증권만 매입한 것이라면 B이 면허대금 등을 법인에 입금해야 했으나 이러한 사실도 없다.나.처분청 의견(1) 이 건 부과처분은 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에 따라 처분한 것으로 절차적 하자가 있다는 청구인의 주장은 이유 없다.「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호 및 과세전적부심사사무처리규정 제5조 제3호에서는 세무조사결과 등 통지를 하는날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세전적부심사청구 대상이 아니라고 규정하고 있으며, 이러한 경우 제24조 3항 및 제33조 제4항에서는 심사제외결정을 한다라고 규정하고 있고, 과세전적부심사제도는 과세처분 이후의 사후적 구제제도와는 별도로 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전적 구제제도이나, 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우에는 이를 생략할 수 있는 등 과세처분의 필수적인 전제가 되는 것은 아니다(대법원 2012.10.11. 선고 2010두19713 판결).이 건 부과 처분과 같이, 관련 법령에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외 사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세전적부심사를 생략하더라도 위법하다고 볼 수 없는 것이다.이 건 과세예고통지 수령일이 2024.4.4.부터 제척기간 만료일인 2024.5.31.까지의 기간이 3개월 이내임으로 관련 법령에 따라 과세전적부심사청구 결정 없이 고지를 한 것은 적법한 절차에 의한 것이다.또한 과세전적부심사 절차를 거치지 않았다 하더라도 청구인에겐 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있을 뿐만 아니라, 청구인에게 과세전적부심사가 가능한 일자인 2024.2.22. 최초 과세예고통지를 한 사실이 있으므로 청구인의 절차적 권리를 처분청에서 고의적으로 침해했다고 볼 수 없고, 설령 절차적 권리가 다소 침해되었다고 가정하더라도 이 사건 과세처분을 취소할 정도라고 할 수 없는 것이다(서울행정법원 2023.1.26.