10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용하여 종합소득세를 부과한 처분의 당부

요지청구인은 이중장부 및 차명계좌를 통해 의도적으로 고액의 수입금액을 은닉하였으며, 매출액을 장기간 신고 누락한 것에 대한 합리적 이유 또한 제시하지 못하여, 10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용한 종합소득세 처분은 정당함

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구인은 2009.9.14. 개업하여 서울특별시 동대문구 OOO에 위치한 A(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 의료업을 영위하는 일반과세 사업자이다.나. 동대문세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.1.부터 2024.10.31.까지 조사기간동안 청구인에 대한 개인통합세무조사를 실시한 결과, 청구인이 이중장부 및 차명계좌를 사용하는 등 사기나 그 밖의 부정한 방법으로 2014년부터 2023년까지 10개 과세기간동안 쟁점사업장이 현금 등 수입금액 총 OOO원을 신고누락한 것으로 보아, 조사과세기간 중 2014년부터 2018년까지 사업연도(이하 “쟁점사업연도”이라 한다)는 신고누락 수입금액만 합산하였고, 2019년부터 2023년까지 사업연도는 청구인이 조사 시 제출한 부외경비를 추인하여 처분청에 종합소득세 결의(안) 통보하였다.다. 처분청은 조사청으로부터 통보된 결의(안)에 따라 2014년부터 2023년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 2024.12.4. 청구인에 경정·고지 하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.4. 이의신청을 거쳐, 2025.8.18. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견(1) 청구인은 사기나 그 밖의 부정한 행위로 종합소득세를 포탈한 것이 아니므로, 이와 다른 전제에서 10년의 부과제척기간을 적용하고 부정과소신고가산세를 부과한 처분은 위법하다.(가) 종합소득세와 같은 국세는 이를 부과할 수 있는 기간은 원칙적으로 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 하나, 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년의 부과제척기간이 적용된다.(나) 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고한 납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 과소신고가산세로 부과할 수 있음이 원칙이나, 부정행위로 국세를 과소신고한 경우에는 부정행위로 인한 과소신고납부세액의 100분의 40을 부정과소신고가산세로 부과할 수 있으므로, 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 과소신고한 경우에 한하여 10년의 부과제척기간을 적용하고 부정과소신고가산세를 부과할 수 있으며, 그렇지 아니한 경우에는 5년의 부과제척기간을 경과하여 한 과세처분은 당연무효가 되며 부정과소신고가산세를 부과할 수 없다.(다) 납세의무자의 행위가 부정행위에 해당하는지 여부는 형사처벌 법규의 구성요건에 준하여 엄격히 해석해야 하며, 조세포탈 목적 등 적극적 은닉 의도에서 비롯된 적극적 은닉행위로 국가의 조세수입을 감소시킨다는 점에 대한 인식이 존재하지 않는다면 부정행위로 평가될 수 없다.1) 「국세기본법」 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다고 규정하고 있으며, 「조세범 처벌법」 제3조 제6항은 ① 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장, ② 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취, ③ 장부와 기록의 파기, ④ 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐, ⑤ 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작, ⑥ 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작, ⑦ 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위가

이유 2부정행위에 해당하는 것으로 규정하고 있다.2) 이와 같이 「국세기본법」은 「조세범 처벌법」상 형사처벌의 구성요건인 ‘부정행위’를 준용하여 10년의 장기 부과제척기간 및 부당과소신고가산세 규정의 요건을 정하고 있는 것인바, 따라서 납세의무자의 행위가 세법상 ‘부정행위’에 해당하는지 여부를 가림에 있어서도 형사처벌 법규의 구성요건에 준하여 엄격하게 해석하여야만 한다(대법원 2014.5.16. 선고 2011두29168 판결 등).3) 이에 따라 대법원은 부정행위란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다고 일관되게 판시하고 있다(대법원 2015.9.15. 선고 2014두252 판결 등 참조).4) 대법원은 위와 같은 전제에서, 납세의무자가 (i) 세법상 요구되는 장부를 비치하지 않거나(대법원 2000.4.21. 선고 99도5355 판결, 대법원 1983.5.10. 선고 83도693 판결), (ii) 세무상 증빙을 구비하지 않거나(대법원 1990.9.11. 선고 90도1491 판결), (iii) 사업자등록을 하지 않는 경우(대법원 1998.12.23. 선고 98도2856 판결)와 같이 납세의무자가 무신고 또는 과소신고와 더불어 세법상 의무를 이행하지 않은 경우에도 그와 같은 부작위만으로는 ‘부정행위’에 해당하지 않는다고 판단하고 있으며, (iv) 설령 납세의무자가 명의를 위장하여 소득을 얻더라도, 명의위장이 조세포탈의 목적에서 비롯되고 나아가 여기에 허위 계약서의 작성과 대금의 허위지급, 과세관청에 대한 허위의 조세 신고, 허위의 등기·등록, 허위의 회계장부 작성·비치 등과 같은 적극적인 행위까지 부가되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 명의위장 사실만으로 ‘부정행위’에 해당한다고 볼 수는 없다고 판단하고 있다(대법원 2018.3.9. 선고 2017두69991 판결).5) 대법원은 납세의무자가 ① 본인이 운영하는 홍콩법인의 소득을 사외유출시켜 조세피난처에 설립된 다수의 페이퍼컴퍼니 명의 계좌를 이용하여 관리하고, ② 페이퍼컴퍼니 명의 계좌의 자금을 다시 익명의 회사, 가명인, 또는 계좌번호로만 존재하는 해외금융계좌로 송금하였으며, ③ 위 해외금융계좌에서 관리하던 자금을 조세피난처의 신탁회사로 이전하는 등 비정상적인 거래를 통하여 과세관청의 자금 추적을 어렵게 한 사안에서, 납세의무자가 익명의 회사, 가명인, 또는 계좌번호로만 존재하는 해외금융계좌에서 이자를 수령한 행위와 그 과정에서 이루어진 행위들을 ‘부정행위’에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단(2018.12.13.

이유 3선고 2018두128 판결)하였다.특히, 위 대법원 판결은 부과제척기간과 관련하여, (i) 납세의무자가 다수의 중간 회사를 거쳐 계좌 명의 회사 주식을 소유한 것이 통상적인 투자구조 형태를 벗어난다고 볼 수 없는 점, (ii) 명의를 위장한 것만으로 바로 부정행위를 인정하기 부족한 점, (iii) 익명의 회사, 가명인, 또는 계좌번호로만 존재하는 계좌가 개설되고 거기에 돈이 송금되어 이자소득이 발생하는 과정에서 금지되는 불법적인 행위가 있었다고 볼 증거가 없고, (iv) 계좌의 실질소유자로 납세의무자 아닌 타인의 인적사항이 기재되지 않았으며, 계좌의 인출서명권도 납세의무자가 가지고 있는 점 등을 이유로 ‘부정행위’를 인정할 수 없다고 보아 5년의 부과제척기간을 적용하였다.6) 위와 같은 법령 및 판례에 비추어, 청구인이 부정행위로 종합소득세를 포탈하거나 과소신고한 것으로 볼 수 있기 위하여는 청구인이 조세를 포탈할 목적, 적극적인 은닉의도에서 과세관청에 대한 허위의 조세 신고, 허위의 등기·등록, 허위의 회계장부 작성·비치 등과 같은 적극적인 은닉행위까지 부가되는 등의 특별한 사정이 존재하여야 하며, 그렇지 아니한 채 단순히 임신중절수술에 대한 대가로 지급받은 현금 등에 대한 신고를 누락한 것으로 볼 수 있다면 부정행위가 존재하지 않는 것으로 보아야 한다.(2) 청구인은 임신중절수술 사실이 공개되는 것을 우려한 내방환자들의 요청에 따라 전 실장인 a가 현금 또는 직원 계좌로 수수료를 지급받아 부외경비로 지출하고, 그 내역을 엑셀 파일로 정리하도록 한 것에 불과하며, 청구인이 부정행위로 국세를 포탈하거나 과소신고를 한 것이 아니다.(가) 청구인의 행위가 부정행위에 해당하는지 여부는 당초 세무조사의 경과, 당초 처분 및 이의신청의 내용까지 종합적으로 고려하여 살펴볼 필요가 있다.1) 청구인은 「의료법」에 따른 의사로서 부가가치세 면제 대상인 의료보건용역을 공급하는 자인바, 청구인이 개원하여 산부인과 진료를 하기 시작한 초기만 하더라도 출산율 등이 현재와 같이 낮지 않았고, 이에 개원의 간의 경쟁도 극심하지 않아, 당초에는 인공임신중절수술 용역을 취급하는 의원의 비중이 많지 않았고, 청구인도 당초에는 그러한 용역을 예외적으로만 취급하였다.

이유 4이런 경우 청구인은 전체 의료보건용역 용역에 관하여 신용카드 등 양성화된 방법으로 대금을 지급받고, 이에 대해 전체적으로 부가가가치세를 면제받으며, 세무대리인을 통해 소득세, 부가가치세 신고를 하면 충분하였다.2) 그러나, 이후 대한민국의 출산율이 급격히 낮아지고, 정상적인 분만 수술이나 산부인과 진료 등은 대형 병원 위주로만 이루어지게 되었으며, 쟁점사업장과 같은 동네 병원의 수익은 급격히 악화되기 시작하였는바, 청구인도 내방환자들의 요청이 있는 경우 인공임신중절수술 용역을 공급할 수밖에 없게 되었으며, 그러한 경우에는 해당 임신중절수술의 특성상 환자들이 자신의 신분과 수술 이력이 노출되는 것을 꺼리는 경우가 대부분으로, 청구인은 환자들의 요구에 따라 수술비를 현금으로 지급받는 경우가 많았고, 계좌이체를 이용하는 경우 수술 이력이 노출될 가능성이 없도록 청구인의 사업용 계좌나 원장 명의의 계좌가 아닌, 실장 등의 계좌로 이체하도록 하였다.다만, 청구인은 위와 같이 불가피하게 현금 등으로 수술비를 지급받고 그에 대한 매출을 누락하는 경우 종합소득세 과세표준 및 세액을 과소하게 신고될 것이 우려되었으나, 청구인으로서는 인공임신중절수술 용역의 공급 비중이 늘어가는 상황에서, 정확한 수입 및 지출을 관리하고 그에 따라 병원을 유지 및 운영하기 위한 목적에서 위와 같은 인공임신중절수술 용역의 공급내역, 그에 따른 수입 및 지출을 정확하게 파악해야 하기도 하였다.3) 이에 진료 및 수술 등의 업무로 병원의 행정, 세무 등의 업무를 처리할 수 없었던 청구인으로서는, 다른 직원을 통해 인공임신중절수술 용역 및 그에 따른 수입 및 지출을 기록, 관리하도록 하였고, 세무대리인과의 협의에 따라 임신중절수술 용역의 대가로 지급받은 현금 등의 대부분을 곧바로 병원 운영에 필요한 집기류 구매 등의 경비로 지출하거나 봉직의 등의 급여를 보전하는 등의 용도로 사용하도록 하였고, 초기만 하더라도 임신중절수술 용역의 대가로 지급받은 현금 등을 곧바로 병원 운영에 필요한 집기류 구매, 봉직의 등의 급여를 보전하는 등의 용도로 사용하고 남은 금원이 없거나 미미하였으나, 이를 장부상 경비로 계상하기에는 관련 직원 및 세무대리인의 부담이 매우 클 뿐만 아니라 현실적으로 현금 수취 및 사용내역을 일일이 파악하여 기록하기에는 병원 규모가 영세하였던 관계로, 결국 청구인은 봉직의 등의 급여를 포함한 병원 운영 경비를 실제보다 낮게 계상하여 부외경비를 과소신고하는 방법으로 종합소득세 과세표준 및 세액의 과소신고를 최소화해왔고, 인공임신중절수술 용역이라 하더라도 의료보건용역으로서의 성격은 그대로 유지하는 것으로 보아 그 용역의 대가에 대하여 별도로 부가가치세 신고납부를 하지는 않았다.＜표1＞ 5개년 급여내역(단위 : 원)OOO4) 이러한 점을 고려하여, 처분청도 당초 2019～2023년 귀속 종합소득세에 관한 세무조사를 실시하던 중 쟁점부과처분에 나아감에 있어 위와 같이 과소신고된 급여 등의 부외경비를 반영하여 각 과세표준 및 세액을 산정한 바 있으나, 처분청은 당초 위 2019년～2023년 귀속 종합소득세에 관한 세무조사를 하던 중 청구인이 실장 등의 계좌를 사용하였다는 사정 등을 이유로, 청구인이 부정행위로 쟁점사업연도 귀속 종합소득세를 과소하게 신고납부하였다고 보아 조사 범위를 확대하는 한편, 인공임신중절수술 용역은 부가가치세 면제 대상인 의료보건용역에 포함되지 아니하고, 이에 따라 청구인이 그에 대해 부가가치세를 별도로 신고납부하였어야 함에도 불구하고, 그 부가가치세 매출을 부정행위로 과소신고하였다는 이유로 2014년～2023년 사업연도 부가가치세까지 부과하였다.5) 그러나 청구인의 병원 운영 및 소득

이유 5세 신고 방식, 특히 부외경비의 과소신고 측면에 있어 쟁점사업연도의 경우와 2019년～2023년의 경우를 달리 볼 아무런 이유가 없고, 쟁점사업연도에 대해서만 신고된 급여(연간 약 OOO원 전후)를 봉직의 등 직원들에게 지급하다가 2019년부터 실 급여액 등을 증가시킨 바도 전혀 없으며, 현실적으로 그와 같은 경비 지출만으로 청구인의 병원을 유지, 운영하는 것은 불가능함에도 불구하고, 처분청은 쟁점사업연도 귀속 종합소득세에 대한 세무조사 및 과세를 함에 있어서는 위 2019년～2023년 귀속 종합소득세의 경우와는 달리 과소신고된 급여 등 부외경비에 대한 확인 및 공제를 일체 하지 아니하였는바, 그로 인해 해당 과세기간에 대해서는 누락된 매출액만을 과세표준에 가산함으로 인해 아래 ＜표2＞와 같이 과세표준 및 세액이 지나치게 과다하게 산정되었다.＜표2＞ 쟁점사업장 세액 종결보고 중 일부(단위 : 원)OOO나아가, 조사청은 청구인이 10년의 기간 동안 부정행위로 부가가치세의 부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하였다는 이유로, 부정과소신고가산세를 포함하여 청구인에게 2014년～2023년 부가가치세 부과처분을 하였으나, 과거 「모자보건법」 등에 따라 인공임신중절수술이 제한되었다고 하더라도, 그러한 이유만으로 그 제한 범위 내에서 이루어지는 경우와 달리 부가가치세 면제 대상인 의료보건용역으로서의 성격이 달라지는 것으로 볼 법령상 근거도 없으며, 청구인 및 내방환자들도 인공임신중절수술이 「모자보건법」상 제한 범위 내에서 이루어지는 임신중절수술과 마찬가지로 부가가치세 면제 대상인 의료보건용역에 해당하는 것으로 보아 부가가치세 거래징수, 신고납부를 일체 하지 아니하였다.6) 이에 처분청도 쟁점사업연도 귀속 종합소득세를 과세함에 있어서도 2019년～2023년 귀속 종합소득세 과세와 마찬가지로 부외경비를 추가적으로 확인 및 공제해야 한다고 결정하였고, 조사청도 인공임신중절수술 용역은 부가가치세 면제 대상이므로 청구인에게 부가가치세를 부과한 처분은 그 전부가 위법하다고 결정한 것이다.(나) 청구인이 직원명의 계좌로 수술비를 지급받거나 재무제표 파일, 현금흐름표 파일을 작성하도록 한 것은 환자들의 요청에 따라 부득이 임신중절수술비를 현금 등으로 지급받고 이를 관리하여 부외경비로 지출하기 위한 관리 목적에 따른 것에 불과하며, 청구인의 행위는 조세의 부과, 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하기 위한 부정행위에 해당하지 아니하는바, 따라서 이와 다른 전제에서 청구인에게 10년의 장기 부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용하여 이루어진 부과처분은 위법하다.1) 이 건에서 처분청은 청구인이 인공임신중절수술 용역에 대한 수수료를 차명계좌 및 현금으로 지급받고 이를 종합소득세의 과세표준에 산입하여 신고하지 아니한 채, 신고를 위한 장부와 별개의 Financial Statement 파일, Cash Flow 파일 및 수술동의서를 작성·관리한 것이 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장 또는 차명계좌를 활용한 재산은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐로써 부정행위에 해당한다는 전제에서 청구인에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하고 부정과소신고가산세를 부과하였으나, 이중장부의 작성이나 장부의 거짓 작성, 소득의 은닉을 통한 조세회피 목적에서 이루어진 적극적 은닉행위로서 부정행위에 해당하는 것으로 볼 수는 없다.2) 「국세기본법」 제26조의2 및 같은 법 시행령 제12조의2 제1항 및 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 제1호에서 정하는 ‘장부’라 함은 그 규정 취지상 세법상 보관의무가 있는 회계와 관련된 장부와 그 보조장부를 의미하는 것이지, 비망록 등 단순한 사실관계를 기

이유 6재한 것은 포함되지 않고, 장부의 거짓 기장은 소득의 축소를 위한 수익, 비용과 자산, 부채 및 자본 등 회계항목의 거짓을 의미하는 것이며, 그와 관련 없는 거짓은 포함되지 않고, 법인세와 사업소득세의 과세표준과 세액의 신고 시에는 재무상태표, 손익계산서 및 이익잉여금처분계산서 등을 첨부하여 제출하여야 하는바, 다른 회계장부의 조작이 없는 세무신고서의 부속서류인 재무상태표, 손익계산서 등의 거짓 작성은 앞서 본 판례의 취지상 사전소득 은닉행위로 볼 수 없고 장부의 거짓 기장이 아닌 허위신고로 보아야 하며, 대신 적극적 은닉 의도가 나타난 사정이 덧붙여진 경우에 한하여 부정행위로 인정이 될 수 있고(대법원 2014.2.21. 선고 2013도13829 판결 등), 차명계좌를 이용한 재산, 소득의 은닉이 사전소득 은닉행위에 해당하는지에 관하여 판례는 일반적으로 다른 사람 명의의 예금계좌를 빌려 예금하였다 하여 그 차명계좌 이용행위 한 가지만으로 구체적인 행위의 동기, 경위 등 정황을 떠나 어느 경우에나 적극적 소득은닉행위가 된다고 단정할 수는 없다는 입장이다(대법원 1999.4.9. 선고 98도667 판결, 대법원 1988.12.27. 선고 86도998 판결 등).3) 우선, 청구인이 비록 내방환자들의 요청에 따라 「모자보건법」상 제한 범위를 벗어나 인공임신중절수술 용역을 공급한다고 하더라도, 이러한 경우에도 그러한 용역은 환자의 신체, 건강에 영향을 미치는 의료보건용역에 해당하여 「의료법」이 적용되는 것으로서, 환자의 자기결정권 보호 등의 차원에서 인공임신중절수술의 경우에도 「의료법」에서 정한 절차 및 방식에 따라 의사 등 의료인에 의하여 행하여져야만 하는 것이고, 이에 「의료법」 제24조의2에 따라 환자 등에 의한 서면 동의가 필요한 것인바, 이러한 이유로 청구인은 의료분쟁 방지 등의 차원에서 위 규정에 따라 환자, 그 보호자나 연인 등 보호자로부터 수술동의서를 징구받은 것에 불과하여, 위와 같은 수술동의서의 작성 및 비치를 이유로 청구인이 부정행위로 조세의 부과, 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하였다는 취지의 처분청 의견은 타당하지 아니함이 명백하다.4) 한편, 청구인은 전 실장인 a를 통해 원무를 처리하고, 청구인 및 봉직의 등은 본업인 의료행위에만 매진하였는데.