청구인들이 쟁점법인의 수목원 조성사업을 위해 쟁점법인에게 쟁점토지를 사용승낙한 것이 「소득세법」 제41조에 따른 부당행위계산에 해당하는지 여부

요지청구인들은 쟁점법인의 쟁점사업을 위해 사용된 쟁점토지를 대가를 지급받지 않고 쟁점법인에게 제공한 것으로 보이는 점, 이에 반해 청구인들이 제시한 임대료납부 유예합의서는 청구인들이 쟁점토지의 사용승낙을 한 시점 이후에 작성된 것으로, 유예된 임대료의 납부기한을 특정하지 않고 상호 협의하에 조정 가능하다고 기재하여 임대료의 납부기한을 정한 것으로 보기 어렵고, 지급받을 임대료의 구체적인 산정 방법이 기재되어 있지 아니할 뿐만 아니라 계약 위반시 손해배상에 관한 명확한 규정도 없는 등 청구인들은 쟁점법인으로부터 임대료를 수취할 목적이 아니라 형식적으로 임대료납부 유예합의서를 작성한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구인들은 쟁점법인에게 쟁점토지를 무상 제공한 것으로 봄이 타당함

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구인 A과 B(이하 “청구인들”이라 한다)은 사촌지간으로, 2012년에 특수관계자인 주식회사 C(이하 “쟁점법인”이라 한다)과 토지사용 승낙서를 체결하여, 쟁점법인이 청구인들의 공동 소유인 OOO필지의 임야(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO 조성사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 위해 사용하는 데에 동의하였다.나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.2.5.부터 2025.4.18.까지 청구인들에 대한 개인제세 통합세무조사(2019∼2023년 귀속분)를 실시한 결과, 청구인들이 쟁점법인에게 대가를 지급받지 아니하고, 쟁점토지의 사용승낙을 한 것이 「소득세법」제41조에 따른 부당행위계산의 적용대상에 해당한다고 보아, 「소득세법 시행령」제98조 제4항 및 「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호에 따라 쟁점토지의 개별공시지가에 100분의 50 및 정기예금이자율을 곱한 금액이 ‘쟁점토지 무상제공 용역’의 시가로서 청구인들의 부동산임대소득이라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2025.8.6. 청구인들에게 아래 ＜표1＞과 같이 종합소득세를 각 경정·고지하였다.＜표1＞ 처분청의 종합소득세 부과내역OOO다. 청구인들은 이에 불복하여 2025.10.31. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가.

이유 2청구인들 주장쟁점법인은 쟁점사업(OOO 조성사업)을 진행하기 위한 인·허가를 받기 위해 2012년에 형식적으로 청구인들과 쟁점토지에 대한 ‘토지 사용승낙서’를 작성하였을 뿐, 쟁점법인이 쟁점토지를 무상 사용한 것으로 볼 수 없다.(1) 쟁점법인이 쟁점사업에 대한 인·허가를 받기 위해서는 청구인들의 쟁점토지에 대한 사용승낙이 필요하여 청구인들과 ‘토지 사용승낙서’를 작성하였을 뿐, 쟁점법인은 청구인들로부터 쟁점토지를 실제 임차하지 않았다.(2) 청구인들이 쟁점법인에게 쟁점토지를 사용승낙하고, 쟁점토지에 대한 임대료는 추후 쟁점사업이 활성화된 시점에 받기로 한 것은 경제적 합리성을 갖춘 거래이다.(가) 쟁점사업과 같은 수목원 조성사업은 인·허가 여부 및 사업 성과의 불확실성이 큰바, 쟁점법인 입장에서는 수익이 발생하지 않은 개발 단계에서 청구인들에게 지급할 임대료를 자의적으로 책정하여 이를 비용으로 선반영한다면 법인의 재무구조를 악화시키고, 산정금액의 객관성·정당성에 대한 문제가 발생할 수 있었다.(나) 쟁점토지는 이미 수목이 식재된 임야로서, 토지 자체만으로는 독립적인 활용이나 시장에서의 거래 가능성이 현실적으로 존재하지 않고, 수목원 조성공사가 완료되지 않은 상태에서는 토지로서의 감정평가 가치도 명확하지 않아 객관적인 임대료 산정 기준을 확정하기 어렵다.이러한 상황에서 향후 수목원이 완성되어 정상적인 수익이 발생 가능한 시점에 쟁점토지에 대한 감정평가액과 쟁점법인의 공사 투입 비용 등을 종합적으로 반영하여 쟁점토지에 대한 임대료를 객관적으로 산정한 후, 청구인들과 쟁점법인 간에 정산하는 것이 현실적으로 유일한 방안이었다.(다) 청구인들은 통상적인 임대사업과 같이 단순히 토지를 임대하여 임대료를 수취하는 것이 아니라, 쟁점법인이 진행하는 쟁점사업의 성과에 따라 수취할 임대료가 달라지는 형태의 사업을 영위하고자 하였는바, 청구인들과 쟁점법인의 경제적 이해관계가 상호 연결되어 있었다.따라서, 청구인들이 쟁점법인과 상호 합의하여 쟁점토지에 대한 임대료를 즉시 확정하지 아니하고, 사업의 성과가 구체화되는 시점까지 유예한 후 향후 정산하기로 한 것은 쟁점토지에 대한 임대료를 쟁점사업의 실질에 맞추어 합리적으로 확정하기 위한 것인바, 경제적 합리성을 결여한 조세회피 행위로 볼 수 없다.(3) 현재 쟁점법인은 허가받은 인·허가기간 내에 쟁점사업의 정상화를 위해 준비하고 있는 단계여서, 청구인들이 쟁점법인으로부터 임대료를 지급받을 수 없는 상태이므로 청구인들이 지급받을 권리를 포기한 임대료는 존재하지 아니한다.(가) 쟁점사업을 위한 수목원 부지 공사가 2013년부터 진행되었지만, 2017년 이후 공사가 중단되어 현재까지는 유지·관리만 이루어지고 있고, 준공 신고도 되지 않았다.공사 중단의 주요 원인은 설계변경 검토와 수목원 부지 중 일부 토지의 권리관계 문제 때문으로, 현재 이에 대한 해결방안을 모색 중인데, 쟁점법인은 쟁점사업에 대한 인·허가가 유효한 2027.9.30.까지 잔여 공정을 완료하고 준공을 신청할 예정이다.(나) 청구인들은 향후 쟁점사업이 개시된 후 소급하여 쟁점법인으로부터 임대료를 지급받을 예정인데, 현재 쟁점사업의 내용이 확정되지도 않았고, 쟁점사업을 통해 수익이 발생하지도 않아, 청구인들이 쟁점법인으로부터 지급받을 임대료를 산정할 근거가 없다.1) 쟁점법인이 작성한 2018.4.5.자 이사회의사록에 의하면 청구인들과 쟁점법인이 쟁점사업의 불확실성을 고려하여 수익이 발생하는 시점에 객관적인 감정평가를 거쳐 임대료를 산정하고, 이를 소급하여 정산하기로 합의한 사실을 명확히 확인할 수 있다.2) 청구인들이 쟁점토지에 대한 사용승낙서를 작성할 당시에는 쟁점사업에서 수

이유 3익이 발생할지 여부가 불확실하여 고정된 임대료를 사전에 확정하지 않고, 향후 쟁점사업이 실제로 개시되어 발생할 수익이 구체화되는 시점에 감정평가를 통해 쟁점토지의 객관적 가치를 산정한 후 청구인들과 쟁점법인 간에 수수할 임대료를 정산하기로 합의하였는데, 이는 청구인들이 쟁점토지에 대한 임대료를 포기하거나 쟁점토지를 무상으로 제공한 것이 아니라, 지급받을 임대료 금액의 수입시기를 조건부로 유예한 것이다.3) 「소득세법 시행령」 제48조에서 자산을 임대하여 발생하는 소득의 수입시기를 “계약 또는 관습에 따라 지급일이 정해진 날, 지급일이 정해지지 아니한 경우에는 실제로 지급을 받은 날”로 규정하고 있는바, 이 건과 같이 청구인들이 쟁점법인으로부터 지급받을 임대료 금액과 지급시기가 모두 확정되지 아니한 경우 소득세법령상 임대수입의 수입시기가 도래하였다고 볼 수 없다.처분청이 제시한 조세심판원의 선결정례(조심 2008중3213, 2009.6.24.)는 임대료 지급에 관한 아무런 합의나 약정이 없는 사안으로 이 건과 같이 임대인(청구인들)과 임차인(쟁점법인)이 임대료의 지급시기를 유예하기로 합의한 경우와는 사실관계가 다르다.(다) 개인에 대한 부당행위계산부인은 「소득세법」제41조 제1항에 따라 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우에 한하여 적용되는데, 청구인들은 쟁점법인의 쟁점사업 준비기간 동안 쟁점토지의 임대사업이 진행되기를 기다리고 있는 상태일 뿐 쟁점법인으로부터 지급받기를 포기한 임대료가 없으므로 부당하게 감소시킨 소득이 없다.(4) 쟁점토지는 모두 산지(임야)로서, 일반적인 임대차 시장이 형성되어 있지 않으며, 별도의 개발 인·허가 없이는 독립적인 사용·수익이 사실상 불가능한 토지이므로, 처분청이 적용한 방법과 같이 정상적인 제3자 간 비교 가능한 임대차 거래를 전제로 하여 시가를 산정하는 것은 현실적으로 비합리적이다.대규모 공사가 진행되어 수목이 식재된 개발 중인 산지(쟁점토지)의 경우 단순 공시지가를 기준으로 임대료를 산정하는 것은 토지의 실질적 현황과 사용 상태를 전혀 반영하지 못한다.(5) 만일, 처분청의 의견처럼 쟁점사업을 통한 수익이 발생하기 전에 청구인들에게 쟁점토지의 무상사용이익에 대한 소득세를 부과할 경우, 향후 청구인들이 쟁점법인으로부터 임대료를 소급하여 받는 시점에 동일한 소득에 대해 이중과세되는 문제가 발생한다.(6) 처분청은 쟁점토지 외에 쟁점사업을 위해 사용승낙된 OOO 소재 임야의 소유자인 D는 이 건과 동일한 사유로 부과된 종합소득세 부과처분에 대해 불복을 제기하지 아니하였으므로 이 건 과세처분이 정당하다는 의견이나, 다른 납세의무자가 과세를 수용하고 불복하지 아니하였다는 사정은 개인적인 판단에 불과하며, 이를 근거로 이 건 처분의 적법성을 주장하는 것은 개별과세 원칙과 근거과세 원칙에 부합하지 아니한다.또한 D(청구인 A의 부친)와 청구인들은 서로 이해관계가 상충되어 분쟁 중인바, 양자의 입장이 동일하다고 보기 어렵다.나.

이유 4처분청 의견(1) 청구인들이 특수관계가 있는 쟁점법인에게 쟁점토지를 무상으로 임대한 행위는 「소득세법」상 부당행위계산의 부인대상이다.(가) 청구인들은 쟁점토지가 쟁점법인이 진행하는 수목원 조성 부지로 사용되는 데에 동의한다는 내용으로 토지 사용승낙서를 작성하면서 이에 따른 대가를 수취하지 아니하였고, 쟁점토지의 사용기간 및 임대료 산정방식에 대해서는 아무런 약정도 체결하지 아니하였는바, 청구인들이 쟁점법인에게 쟁점토지를 사용승낙한 행위는 경제적 합리성이 결여되었다.만일, 청구인들이 특수관계자가 아닌 임차인들과 정상적으로 거래하였다면 임대료를 받지 아니하면서, 쟁점토지를 무상 사용하도록 허가하지는 아니하였을 것이다.(나) 「소득세법 시행령」제98조 제2항 제2호에서 특수관계인에게 자산을 무상으로 제공한 경우를 부당행위계산의 유형으로 규정하고 있는바, 청구인들이 쟁점법인에게 쟁점토지를 무상으로 제공한 데에 경제적 합리성이 있다면 이를 입증하여야 함에도 그러한 증빙이 제시되지 아니하였다.(2) 쟁점법인은 쟁점토지 위에 수목원을 조성하는 쟁점사업을 계속해서 진행하는 등 쟁점토지를 실질적으로 사용하고 있는바, 쟁점토지 사용 승낙서가 인·허가를 받기 위한 형식적인 서류에 불과하다는 청구주장을 받아들일 수 없다.(가) 쟁점법인이 수취한 세금계산서의 내역을 볼 때 쟁점법인은 동·식물 식생 조사, 측량 및 경계측량, 실시설계, 인·허가변경 등 쟁점사업을 진행하기 위한 행정절차 및 사업준비를 2013년 10월경에 이미 마친 것으로 보인다.(나) 쟁점법인은 2013년 10월 이후에 쟁점사업을 위한 본격적인 공사를 진행한 사실도 수취한 세금계산서를 통해 확인된다.쟁점법인은 축대공사, 방수공사, 옹벽공사, 부지 조성공사, 관개용수 시설공사, 연못 및 계류공사, 수목원 연결도로 조성공사, 수목원 내 시설 및 구조물 건축공사 등을 실시하는 등 2013년경부터 수목원조성사업을 위해 쟁점토지를 계속해서 사용하였다.(다) 쟁점법인은 쟁점사업을 위해 지출한 비용을 건설중인 자산(2024년말 기준 OOO원)으로 계상하는 등 쟁점법인의 장부에서도 쟁점토지 위의 수목원 조성공사가 계속해서 진행 중인 사실이 나타난다.(라) 쟁점토지의 도면 및 항공사진에서도 쟁점토지의 토양을 파내는 공사가 상당 부분 진행된 것으로 나타난다.(마) 쟁점법인은 쟁점토지에서 쟁점사업을 진행하기 위해 ‘산지전용에 대한 원상복구비 예치금’을 예치하였고, 산지전용협의지 복구공사를 시행하고 관할 군청에 준공검사를 신청한 사실도 나타났다.(3) 청구인들이 특수관계가 있는 쟁점법인에게 쟁점토지를 무상으로 사용하게 한 때가 쟁점토지 임대수입의 기산일이다.조세심판원은 다수의 선결정에서 특수관계자 간 토지를 무상임대한 경우 임차인이 사실상 토지를 사용하는 시점을 임대소득의 기산일로 보고 있고(조심 2017전4473, 2018.5.17.

이유 5참조), 쟁점법인은 2013년부터 쟁점토지를 무상 사용하고 있으므로 처분청이 이 건 부과처분 당시 국세부과제척기간이 지나기 전에 발생한 임대소득(2019∼2023년 귀속분)에 대해 과세한 처분은 정당하다.(4) 「소득세법 시행령」제98조 제4항에서는 「법인세법 시행령」제89조를 준용하여 용역 제공에 따른 시가를 산정하도록 규정하고 있는데, 「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호에서 자산 또는 용역을 제공하거나 제공받는 경우로서 일반적인 시가를 산정할 수 없는 경우에는 당해 자산의 100분 50에 상당하는 금액에 정기예금이자율을 곱한 금액을 용역 제공의 시가로 보도록 규정하고 있다.처분청은 쟁점토지 임대료의 일반적인 시가로 볼 수 있는 금액이 없어 「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호에 따라 청구인들이 쟁점법인으로부터 지급받아야 할 임대료를 산정한 것인바, 처분청의 청구인들에 대한 임대소득 계산내역은 적정하다.(5) 청구인들과 함께 쟁점사업을 위해 토지의 사용을 승낙한 D(쟁점법인의 대표이사로 청구인 A의 부친)는 이 건과 동일한 이유로 부과된 종합소득세(OOO원)에 대해 별도로 불복을 제기하지 아니하였다.(6) 청구인들이 제출한 임대료 납부유예 합의서는 청구인들이 쟁점법인과 쟁점토지에 대한 사용승낙서를 작성한 2012년에 작성된 서류가 아니라 2018년에야 작성된 서류로, 청구인들이 쟁점토지를 최초 사용 승낙할 당시에는 이러한 합의가 존재하지 아니하였다.(가) 청구인들이 쟁점법인과 토지사용 승낙서를 작성할 당시에는 쟁점토지에 대한 임대료 납부유예에 대한 내용이 언급되어 있지 아니한 점, 세무조사 당시 청구인들은 임대료 납부유예 합의서를 제출하지 아니한 점, 청구인들 외에 쟁점법인에게 인근의 토지를 사용승낙한 D는 임대료 납부유예 확인서를 작성한 사실이 없는 점 등을 볼 때, 청구인들이 쟁점토지에 대한 사용승낙을 할 당시에는 임대료 납부를 유예하기로 합의한 사실이 없는 것으로 보인다.(나) 청구인들은 임대료 납부유예 합의서에 따라 향후 쟁점사업에서 수입이 발생한 이후 임대료를 지급받는다고 주장하는데, 청구인 B은 2021.1.10. 보유한 쟁점토지의 지분을 청구인 A에게 양도하였는바, 청구인 B이 쟁점토지를 공동 소유할 당시까지 확정되지 아니한 임대료를, 임대자산을 양도하여 더 이상 보유하고 있지 않은 상태에서 지급받는다고 주장하는 것은 비합리적이다.(다) 청구인들이 당초 쟁점법인과 쟁점토지의 사용승낙을 할 당시에는 D가 쟁점법인의 대표이사였으나, 청구인 A이 2017년에 D의 후임으로 쟁점법인의 대표이사로 취임하였고, 임대료 납부유예 합의서는 그 이후인 2018.4.6.에 작성되었다.(라) 청구인들과 함께 쟁점법인과 토지사용 승낙서를 작성한 D의 경우에는 쟁점법인과 임대료 납부유예 합의서를 작성한 사실이 없고, D는 이 건과 동일한 이유로 부과된 종합소득세(OOO원)에 대해 불복을 제기하지 아니하였는바, D와 달리 본인들에게 부과된 종합소득세를 취소해달라는 청구인들의 주장을 인정할 수 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인들이 쟁점법인의 쟁점사업을 위해 쟁점법인에게 쟁점토지를 사용승낙한 것이 「소득세법」제41조에 따른 부당행위계산에 해당하는지 여부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 양측이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 주요 사실관계는 다음과 같다.(가) 국세통합전산망상 쟁점법인의 사업자기본사항은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 쟁점법인의 사업자기본사항OOO(나) 쟁점법인의 2013.12.31. 기준 주주현황은 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 쟁점법인의 2013.12.31.

이유 6기준 주주현황OOO(다) 쟁점토지의 소유자 변경내역은 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 쟁점토지(임야)의 소유자 변경내역OOO(2) 쟁점토지의 공동 소유자인 청구인들 및 E은 2012년(월일 미기재)에 아래 ＜표5＞와 같이 쟁점법인과 토지사용 승낙서를 작성하였고, 쟁점법인은 2013년 11월에 동일한 내용으로 D가 소유한 인근 토지와 관련해서도 토지사용 승낙서를 작성한 사실이 확인된다.＜표5＞ 토지사용 승낙서의 주요 내용OOO(3) OOO가 2013.6.26. 발급한 수목원조성계획 승인서에 의하면 쟁점법인은 쟁점토지에 수목원 부지조성을 허가받은 것으로 나타나는데, 주요 내용은 아래 ＜표6＞과 같다＜표6＞ 수목원조성계획 승인서(OOO 발급)OOO(4) 처분청이 제출한 이 건 과세처분에 대한 증빙은 다음과 같다.(가) 처분청은 쟁점법인이 발급받은 세금계산서의 기재사항(품목, 공급자, 공급가액)을 근거로 쟁점사업과 관련하여 공사시기 및 공사금액을 추정한 내역을 아래 ＜표7＞과 같이 제출하였다.＜표7＞ 처분청이 추정한 쟁점사업 관련 공사 내용OOO(나) 처분청은 쟁점법인이 쟁점사업을 위해 지출한 비용을 장부에 건설중인 자산으로 계상하였다는 의견으로, 아래 ＜표8＞과 같이 쟁점법인의 연도별 건설중인 자산 증감내역을 제출하였다.＜표8＞ 쟁점사업 관련 건설중인 자산 증감내역OOO(다) 처분청은 쟁점토지의 도면 및 아래 ＜그림＞과 같이 쟁점토지 항공사진을 증빙으로 제출하였는데, 이에 의하면 임야였던 쟁점토지의 토사가 상당 부분 파헤쳐지는 등 수목원 조성공사가 진행되었다는 의견이다.＜그림＞ 쟁점토지 항공사진OOO(라) 처분청은 「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호에 따라 쟁점토지의 연도별 공시지가에 1/2 및 정기예금이자율을 곱한 금액을 쟁점토지에 대한 연간임대료로 보았는데, 쟁점토지의 평가금액 및 연도별 연간 임대료 산정내역은 각각 아래 ＜표9＞와 같다.＜표9＞ 2019∼2023년 쟁점토지의 임대료 시가 산정액OOO(마) 처분청이 산정한 청구인들의 쟁점토지에 대한 부동산임대소득금액은 아래 ＜표10＞과 같다.＜표10＞ 쟁점토지에 대한 부동산임대소득금액OOO(바) 국세통합전산망상 청구인들과 함께 쟁점법인에게 토지를 사용승낙한 D에게 2019∼2023년 귀속 종합소득세 합계 OOO원이 부과되었으나, D가 이에 대해 불복한 사실은 확인되지 아니한다.(5) 청구인들이 이 건 심판청구시 제출한 증빙은 다음과 같다.(가) 쟁점법인의 2018.4.5.자 이사회의사록의 주요 내용은 아래 ＜표11＞과 같다.＜표11＞ 쟁점법인의 2018.4.5.자 이사회의사록OOO(나) 청구인 A(임대인으로 “갑”)과 쟁점법인(임차인으로 “을”) 간의 임대료납부 유예합의서(2018.4.6. 작성)의 주요 내용은 아래 ＜표12＞와 같다.＜표12＞ 임대료납부 유예합의서의 주요 내용OOO(다) 청구인 B은 2021.1.14.