청구법인이 이전공공기관의 종전부동산 매각사업을 수행함에 따라 발생한 쟁점이익이 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부

요지청구법인이 국가로부터 위탁받은 업무를 대행하고 그 대가로 쟁점이익을 수령한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못

이유1. 처분개요가. 청구법인은 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」(이하 “농어촌공사법”이라 한다)에 따라 농어촌 정비사업, 농지은행 사업 및 농업 기반시설 종합관리 등을 주요 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2011.7.1. 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」(이하 “혁신도시법”이라 한다) 제43조 제3항 및 같은 법 시행령 제36조에 따라 수도권에 있는 이전공공기관의 청사 및 건축물과 그 부지를 매입할 수 있는 공공기관(이하 “매입공공기관”이라 한다)으로 지정되어, 이전공공기관의 종전부동산을 매입·관리(개발) 및 매각하는 사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 수행하고 있다.나. 청구법인은 쟁점사업에서 발생한 이익 중에서 혁신도시법상 청구법인에게 귀속되는 성과수수료 OOO원(이하 “쟁점이익”이라 한다)을 부가가치세 과세표준에 포함하여 2022년 제2기 및 2023년 제2기 부가가치세를 신고·납부하였다.다. 청구법인은 쟁점이익이 국가의 업무를 대행하거나 국가로부터 위탁받아 쟁점사업을 수행하고 받은 대가가 아니라 청구법인의 자체 사업에서 발생한 이익으로 보아, 쟁점이익은 부가가치세 과세대상이 아니므로 기 납부한 부가가치세를 환급해달라는 취지로 2024.12.24. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.4.16. 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.28. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건의 쟁점은 다음과 같다.이 건의 쟁점을 예를 들어 설명하면, 아래 ＜표1＞과 같이 ① 국가가 종전부동산을 청구법인에게 OOO원에 매각하고(자산 인수), ② 청구법인이 부동산을 개발하는데 OOO원을 투입하여(가치 창출) 개발이 완료된 부동산을 ③ 제3자에게 OOO원에 분양하여 OOO원의 이익이 발생하였고(가치 실현), ④ 혁신도시법에 따라 OOO원의 이익 중 OOO원(성과수수료)을 제외한 OOO원을 혁신도시건설특별회계(이하 “특별회계”라 한다)에 전입한 경우(이익 정산), 청구법인에 유보된 OOO원이 「부가가치세법」상 과세대상에 해당하는지 여부이다.＜표1＞ 이 건의 흐름 및 쟁점 단계 내용 비고 ① 자산 인수 청구법인은 자기자금으로 국가로부터 종전부동산을 OOO원에 매입 소유권 이전 완료 및 취득세 납부 ② 가치 창출 청구법인이 자기 책임하에 OOO원을 투입하여 토지를 개발·관리 시행사로서의 인허가 획득, 세금계산서 수수 및 부가가치세 신고 주체는 청구법인임 ③ 가치 실현 청구법인이 개발한 부동산을 제3자에게 OOO원에 매각 부가가치세 신고·납부 ④ 이익 정산 OOO원은 청구법인이 향유 청구법인이 향유한 OOO원이 부가가치세 과세대상인지 여부가 이 건의 쟁점임 (2) 쟁점이익은 청구법인이 쟁점사업을 수행한 결과 발생한 ‘이익’의 일부일 뿐, 청구법인이 국가에 역무를 제공하고 받은 대가가 아니다.위 ＜표1＞에 기재된 바와 같이, 청구법인은 쟁점사업의 모든 과정에서 독립된 사업자로서의 지위를 유지하면서 거래 단계별 과세의무를 모두 이행하였다. 「부가가치세법」 제4조에 따르면, 과세대상은 ‘사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급’이라는 거래행위가 있어야 한다. 그러나, 쟁점이익은 청구법인의 명의와 계산 및 책임으로 쟁점사업의 모든 과정이 완료된 후 발생한 최종 이익을 혁신도시법에 따라 국가에 전입(OOO원)하고 남은 ‘잔여이익’에 불과하다.

이유 2이는 이미 모든 단계[청구법인이 ① 국가로부터 부동산 매입(매입 거래), ② 매입 부동산의 관리 및 개발(개발 거래), ③ 제3자에 대한 분양(매각 거래)]에서 부가가치세가 정산된 사업의 최종 매각차익(소득)을 사후적으로 배분하는 과정이지, 청구법인이 국가에 새로운 역무를 제공하고 받은 대가가 아니다.이익의 정산은 과세 대상인 거래가 아니라, 일련의 사업 수행 결과물인 이익을 혁신도시법에 따라 국가와 청구법인 간에 배분하는 ‘소득의 이전 및 유보(retention)’ 과정일 뿐이다. 이미 독립된 사업자로서 부가가치세가 정산된 소득의 분배 과정에 대해 다시 ‘용역의 대가’라는 가공의 틀을 씌워 부가가치세를 과세하는 것은 「부가가치세법」의 기본 원리인 ‘거래세’ 성격에 정면으로 위배된다. 즉, 처분청의 이 건 처분은 청구법인이 물건(부동산)을 팔아서 남은 돈 중 자기 몫을 챙긴, 자기 이익의 유보에 대하여 부가가치세를 부과한 것이다.(3) 쟁점사업에 따른 전체 이익은 청구법인에 일단 귀속되었다가, 전체 이익에서 일부를 제외한 금액이 국가에 ‘전입’된다는 점에서, 그 전체 이익의 일부인 쟁점이익이 국가가 청구법인에게 용역대가로 지급하였다는 처분청의 논리는 성립할 수 없다.성과수수료가 용역의 대가가 되기 위해서는 쟁점사업의 전체 이익이 국가에 ‘원시적으로 귀속’된 후 국가가 청구법인에게 그 대가를 ‘지급’하는 구조여야 한다. 그러나, 혁신도시법 제44조 제4항은 종전부동산 매입에 따른 이익을 회계에 ‘전입’할 수 있다고 규정했을 뿐, 해당 이익이 국가에 직접 ‘귀속’된다고 규정하지 않았다.특히, 혁신도시법 내에서 용어의 사용례를 살펴보면 그 차이는 더욱 명백하다. 혁신도시법 제22조는 ‘공공시설 등의 귀속’이라는 제목 하에, 신규 공공시설은 관리청에 귀속되나, 종래의 공공시설은 사업시행자(청구법인)에게 ‘귀속’된다고 명시하여, 소유권이라는 물권적 권리의 원시적 주체가 청구법인임을 확정하고 있다. 반면, 같은 법 제44조 제4항의 ‘전입’은 회계 또는 주체 간의 자금 이동을 의미하는 것으로, 이는 ‘청구법인이라는 주체에게 이미 귀속된 이익’을 전제로 하여 그 중 일부를 사후적으로 국가 계정으로 옮기는 행정적 절차를 의미할 뿐이다.결국, 혁신도시법 제44조 제4항이 ‘전입’이라는 용어를 선택한 법리적 이유는, 청구법인이 자기 명의와 자금으로 부동산을 매입한 법률상 소유권자이기에 그로부터 발생한 이익 역시 일차적으로 청구법인에게 귀속되기 때문이다. 따라서, 성과수수료는 국가가 청구법인에게 지급하는 용역비가 아니라, 청구법인이 자기 이익 중 법령에 정해진 분담금(OOO)을 국가에 전입(환수)하고 남은 유보된 ‘잔여 이익’이다. 청구법인의 노력으로 벌어들인 돈 중 일부를 청구법인 주머니에 남겨두는 것은 「부가가치세법」상 용역의 공급이 성립할 수 없음은 자명하다. 만일, 처분청 의견대로 청구법인이 국가의 대행인이거나 수탁인이라면, 부동산 매각대금은 국가 계좌로 입금되고 청구법인은 수수료만 정산받았어야 한다.

이유 3결론적으로, 국가에 ‘전입’되는 쟁점사업의 이익은 「개발이익 환수에 관한 법률」상 ‘개발부담금’처럼 공법적 의무에 따라 사업자 수익의 일부를 사후 정산하는 개념일 뿐, 이를 근거로 국가가 쟁점사업의 주체라거나, 성과수수료가 용역 대가라고 해석하는 것은 부당하다.(4) 「부가가치세법」상 용역의 공급은 계약상 또는 법률상 모든 원인에 따라 역무 등을 제공하는 것인데, 청구법인과 국가는 혁신도시법에서 규정한 토지 양수도 거래를 수행하였을 뿐, 별도의 용역계약을 체결한 사실이 없다.「부가가치세법」 제11조에 따르면, 용역의 공급이 성립하기 위해서는 역무 제공의 근거가 되는 계약상 또는 법률상의 원인이 존재하여야 한다. 그러나, 청구법인과 국가는 혁신도시법 제43조 제3항에 따라 재화(종전부동산)의 ‘양수도 거래’를 수행하였을 뿐, ‘쟁점사업 용역 공급’의 원인이 되는 위수탁계약이 존재하지 않음은 명백하다. 따라서, 청구법인이 국가에 용역을 제공하였다고 주장하기 위해서는 ‘손실보전’이나 ‘성과수수료’라는 결과적 정산 항목 외에, 용역의 구체적 내용과 범위가 특정된 용역 공급의 실체가 존재함을 처분청이 증명하여야 한다.그러나, 처분청은 쟁점사업 수행과정에서 재화와 용역을 누구의 책임과 계산으로 매입하고 공급하는지는 외면한 채, ① 국가가 활용계획을 수립하고, ② 손실을 보전해 주며, ③ 이익을 특별회계에 전입한다는 단편적인 사정만을 근거로 쟁점사업을 ‘사실상’ 국가사업이라는 의견이나, 이는 「부가가치세법」상의 개별 거래별 과세원칙을 무시한 행정 편의적 해석에 불과하다.국가와 청구법인 간에 위수탁 용역이 존재하려면 쟁점사업 자체가 위수탁 구조여야 하고, 제3자에게 공급하는 재화나 용역의 법률상 공급자는 위탁자인 국가여야 한다. 그러나, 쟁점사업 수행에 있어 부동산 매각, 개발 관련 용역계약 등 모든 재화나 용역 거래의 당사자는 오로지 청구법인이고, 그 어디에도 국가가 거래의 당사자로 등장하거나 계산의 주체로 참여한 사실이 없다. 이처럼 외부 거래 단계에서 이미 청구법인을 독립된 사업자로 인정하여 과세가 이루어졌음에도 불구하고, ‘내부적 이익 정산 단계’에서만 돌연 ‘국가사업’으로 의제하여 성과수수료에 대하여 부가가치세를 부과한 것은 처분청이 그간 스스로 인정해 온 과세 행위와도 모순된다.(5) 청구법인은 대·내외적으로 종전부동산의 소유권을 이전받아 자신의 명의와 책임에 따라 쟁점사업을 수행하였을 뿐이다.부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 「부가가치세법」상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래 행위를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2017.5.18. 선고 OOO 판결).따라서, 쟁점사업의 계산과 책임 유무는 사업 종료 후 발생한 ‘최종 손익이 어디로 가는지’라는 ‘사후적 귀속’의 문제가 아니라, 부가가치세 과세물건인 종전부동산의 매입과 공급이라는 각 단계의 거래 과정에서 ‘누구의 명의’로 ‘계산과 책임을 부담하였는지’를 의미한다고 보아야 한다.위수탁 및 대행 용역에 대한 명확한 계약상 원인이 없는 상황에서, 백번 양보하여 처분청 의견대로 ‘실질적’ 위수탁 관계가 성립한다고 가정하더라도, 「부가가치세법」상 위수탁이 인정되려면 위수탁 대상 재화인 종전부동산의 공급에 대한 법률적 계산과 책임이 위탁자인 국가에 있어야 한다.

이유 4그러나, 국가는 단지 종전부동산을 청구법인에게 매각할 때 매도자로서의 책임만을 부담할 뿐, 쟁점사업 수행 과정에서의 공사계약, 임대차계약 및 최종 매각계약 어디에서도 거래상대방에 대한 국가의 법률적 책임은 확인되지 않는다. 결국, 쟁점사업 수행 과정에서 제3자에 대한 하자담보책임이나 계약 불이행 등 법률문제가 발생하는 경우, 그에 따른 법률상·계약상 불이익은 청구법인이 전적으로 부담하며, 국가는 어떠한 책임도 지지 않는다. 그럼에도 처분청은 사후적 정산 결과인 ‘손실보전’만을 근거로 청구법인이 부담하는 위험이 없다고 판단한 것은 「부가가치세법」상 거래 주체와 책임 귀속에 관한 법리를 오해한 것이다.(6) 쟁점사업 결과 발생한 이익의 ‘전입’과 ‘손실 보전’에 관한 혁신도시법의 개정 배경이나 국회 예산결산특별위원회의 검토보고 내용을 보더라도, 쟁점사업 손익의 ‘전입’이나 ‘보전’은 용역의 대가가 아니라, 개발이익의 ‘국고환수’나 매입 유도를 위한 ‘인센티브’에 해당함을 알 수 있다.청구법인이 종전부동산 매입을 결정하기 전의 혁신도시법은 매입에 따른 손실 발생 시 보전받는다는 내용이 없었고, 이익 발생 시에는 그 전액을 국고로 환수토록 규정되어 있었다. 이에 국회 예산결산특별위원회(이하 “예결위”라 한다)는 청구법인과 같은 매입공공기관의 적극적인 종전부동산 매입 참여를 유도하기 위해 손실은 정부가 ‘보전’하되, 이익 발생 시 그 중 일부를 투자기관이 ‘향유’할 수 있도록 하는 등의 인센티브 제공안을 개선방안으로 제시하였다.이후 2012.12.20. 대통령령 제24244호로 일부 개정된 혁신도시법 시행령은 개발이익의 일부를 성과수수료 명목으로 매입기관이 ‘향유’하도록 하고, 손실은 ‘보전’하는 방향으로 개정되었다(혁신도시법 시행령 제41조 제4항 및 제5항). 여기서 처분청 의견대로라면, 아래 ＜표2＞와 같이 혁신도시법 개정 전·후의 사업 주체가 바뀌는 논리적 모순이 발생한다.＜표2＞ 손실보전 유무에 따른 사업 주체성 비교 (개정 전) 개발손실을 청구법인이 단독 부담함에도 이익은 국가가 단독 환수하던 시기(처분청 논리에 의하면, 손실을 부담하는 청구법인이 사업주체에 해당) (개정 후) 청구법인 명의·책임·계산으로 사업을 수행하는 본질적 조건은 동일하나, 단지 정책적으로 손실 보전 보장과 이익 공유(성과수수료) 규정만이 추가됨 즉, 쟁점사업 수행의 주된 방식과 책임 구조는 동일함에도, 단지 사후적인 ‘손익 배분 방식’이 변경되었다는 사정만으로 「부가가치세법」상 사업 주체나 역무의 제공 여부가 바뀔 수는 없다. 개정 전 ‘손실보전’에 대한 보장이 없었던 시점의 사업주체가 청구법인이었다면, 개정 후에도 사업 주체는 당연히 청구법인이어야 하며, ‘손실보전’ 보장 규정이 신설됐다고 하여 국가와 청구법인 간에 새롭게 역무 제공 관계가 창설되었다고 볼 근거는 없다.나아가, 예결위 결산 검토보고서에 명시된 “개발이익의 일부를 투자기관이 향유”한다는 문구는 청구법인이 용역비를 수동적으로 ‘지급’받는 지위가 아니라, 사업의 원천적 주체로서 발생한 결실을 ‘나누어 갖는(Profit Sharing)’ 지위임을 보여주는 것이다.

이유 5자신이 주체로 참여하여 창출한 사업이익을 스스로 배분받아 누리는 행위는 「부가가치세법」상 ‘용역의 공급’이 될 수 없다.(7) 처분청 의견을 반박하면 다음과 같다.(가) 처분청은 청구법인의 업무가 국가의 정책적 감독과 통제 아래 이루어진다는 점에서 청구법인의 독자적 사업 주체성을 부인하나, 이는 ‘공법적 규제’와 ‘사법상 위탁’을 혼동한 오류이다.처분청이 처분의 근거로 제시하고 있는 혁신도시법 시행령 제38조의 활용계획 협의는 국토의 균형발전이라는 정책 정합성을 위한 공법적 절차로, 청구법인은 그 계획 범위 내에서 지구단위계획 수립, 용지 공급지침 마련, 분양가 산정 등 개발사업자로서의 의사결정을 독자적으로 수행하였다. 사업자가 자기사업을 수행함에 있어 국가의 지침을 따르는 것은 사업시행자로서의 공법상 의무일 뿐 역무를 제공하는 ‘용역계약’의 구속력과는 근본적으로 다르다. 은행이 금융감독원의 감독을 받는다고 해서 은행의 수익사업이 금융감독원의 위탁사업이 되지 않는 것처럼, 청구법인이 국가의 감독을 받는 것은 부동산 개발사업을 하는 당사자로서 부담하는 당연한 의무이지 용역관계의 증거가 아니다.소유권의 핵심인 처분권과 관리권이 법률상 청구법인에게 귀속되어 있는 이상, 정책적 목적을 위한 일정한 행정규제가 존재한다는 사실을 들어 청구법인이 수행한 사업의 주체성을 부인하거나, 이를 국가에 대한 용역 제공으로 의제하는 것은 실질과세원칙의 범위를 벗어난 자의적 해석이다.(나) 처분청이 제시한 조세심판원 결정례(조심 OOO, 2019.10.21.)는 ‘「법인세법」상 손익 귀속의 주체’가 누구인지가 쟁점인 결정례로, 이 건에 원용할 수 없으며, 법원은 그 결론마저 달리 판단하였다.이 건은 「부가가치세법」상 ‘용역의 공급’에 해당하는 ‘역무의 대가 관계’가 존재하는지 여부가 쟁점일 뿐, 「법인세법」상 소득의 최종적 실질 귀속자를 밝히는 사안이 아니다. 처분청은 위 결정례에 사용된 ‘대행’이라는 표현을 근거로 쟁점사업이 국가의 ‘대행사업’이라 주장하나, 법리적 의미의 ‘대행’이 성립하기 위해서는 청구법인의 자금조달 의무가 없어야 함은 물론, 모든 거래 명의가 국가가 되어 법률효과가 국가에 직접 귀속되어야 한다. 그러나, 이 건은 청구법인이 자기 명의와 신용으로 사채를 발행하여 부동산 매입자금을 조달하고, 자기 책임 하에 소유권을 행사했다는 점에서 본래적 의미의 ‘대행’ 관계는 성립할 수 없다. 따라서, 위 결정례에서 표현하고 있는 ‘대행’은 오직 「법인세법」의 경제적 실질 측면에서의 ‘최종적 이익의 향방’을 묘사한 표현으로 한정하여 해석되어야 한다.나아가, 위 사건에 대한 법원의 판결(광주지방법원 2020.8.20. 선고 OOO 판결)은 ‘종전부동산 사업에 따른 손익이 청구법인의 법인세 과세대상에 포함되는지 여부’에 관하여 세법해석상 대립이 존재한다고 판시하면서, “청구법인이 자신의 이름과 계산으로 이 사건 종전부동산을 매입 및 처분한 점” 등을 들어 위 결정례의 취지와는 정반대의 결론(손익의 귀속주체가 청구법인임)으로 해석될 수 있다고 판시하였다.위 결정례에서 처분청은 ‘사업의 주체 여부’가 아니라 ‘손익의 귀속 여부’가 쟁점이라는 의견이었고, 법원 역시 종전부동산 사업 손익의 귀속 주체에 대한 구체적 판단을 유보했다는 점에서, 위 결정례와 판례에서 다뤄지지 않았던 ‘사업 주체성’이 쟁점이 되는 이 건에 위 결정례를 원용할 수 없다.나.

이유 6처분청 의견(1) 쟁점사업은 청구법인의 고유목적 사업에 해당하지 않는다.(가) 혁신도시법의 구조상 청구법인은 법률상 주어진 명확한 행정적 의무를 이행하는 기관으로서 국가정책 집행의 실질적 대행자 역할을 수행하고 있다.혁신도시법 제43조 제3항은 국토교통부장관이 매입공공기관인 청구법인을 지정하여 종전부동산을 매입·관리하도록 규정하고 있다. 동 규정은 청구법인의 역할이 자율적인 경영활동이나 독자적 의사결정에 의한 사업 수행이 아니라, 국가가 혁신도시 조성과 수도권 과밀 해소, 국가 균형발전이라는 공익적 목적 달성을 위해 행정적 수단으로 청구법인을 매입공공기관으로 지정한 것이다.혁신도시법 시행령 제41조는 청구법인이 종전부동산의 매각을 완료할 때까지 임대·관리할 수 있도록 허용하고 있으며, 이 과정에서 발생한 수익, 비용을 국가에 귀속시키고 있다.(나) 성과수수료 지급방식을 살펴보면, 쟁점사업은 국가의 성과관리를 통한 위탁적 사업 수행임을 증명한다.혁신도시법 시행령 제41조 및 ‘종전부동산 매입공공기관 등의 손익산정 및 정산지침’(이하 “정산지침”이라 한다) 제14조에 따르면, 성과수수료 지급 구조는 국가가 업무 수행 성과를 검토하여 지급 여부와 규모를 결정하는 방식으로 규정하고 있다. 이는 국가가 민간 또는 준정부기관에 위탁한 업무에 대해 성과에 따라 지급하는 성과보상금과 동일한 경제적 성격을 가지며, 국가의 관리·감독하에 평가되는 구조적 특성을 갖추고 있다.(다) 청구법인은 혁신도시법상 “매입공공기관”과는 별도로 “매각대행기관”이 구분되어 있다고 주장하나, 양 기관의 업무 본질은 모두 국가 정책목표를 달성하기 위한 위탁·대행적 성격을 공유하고 있다.양 기관의 구분은 단지 업무 처리방식의 차이일 뿐이며(매각대행기관은 종전부동산을 매입하지 않음), 본질적으로 국가로부터의 업무 위탁이라는 공통된 성격을 지니고 있다. 따라서, 청구법인의 업무 역시 국가 정책수행을 위한 위탁·대행업무로 이해하여야 한다.또한, 청구법인은 「지방공기업법」 및 같은 법 시행령에 따르면 국가 또는 지방자치단체의 업무를 대행하는 경우 반드시 위탁계약 등 별도의 계약을 체결하도록 규정하고 있는데, 청구법인은 쟁점사업과 관련한 위탁계약을 체결한 바가 없으므로 쟁점사업이 국가로부터 위탁받은 사업이 아니라고 주장하나, 「지방공기업법」상 별도 위탁계약의 필요성은 특별법인 혁신도시법에 적용되지 않는다. 즉, 혁신도시법에서 청구법인을 매입공공기관으로 규정하고 있고, 매입공공기관의 수익·비용 귀속 구조 및 업무 수행방식을 직접 규정하고 있으므로, 별도의 위탁계약 체결을 체결하지 않더라도 법률상 국가의 위탁 업무 구조가 성립한다. 따라서, 쟁점사업을 위탁·대행 업무로 보기 위해서는 별도의 위탁계약이 필요하다는 청구법인의 주장은 이유 없다.(라) 청구법인은 청구법인 명의로 세금계산서를 발급·수취한 점을 보더라도 청구법인이 국가와 위탁 또는 대행관계에 있지 않다고 주장하나, 이는 단지 형식적 거래 구조일 뿐이며, 실질과세원칙상 중요한 것은 실질적인 경제적 책임 및 수익의 귀속 주체가 누구인가 하는 점이다.

이유 7쟁점사업의 경제적 실질은 국가의 특별회계에 의한 손익 귀속 구조로 인해 국가가 최종적인 책임자이며, 청구법인은 단지 행정적 업무 수행기관으로서 형식적 절차에 의해 세금계산서를 본인의 명의로 발급·수취한 것이다.(2) 쟁점사업은 국가의 책임과 계산하에 수행된 사업이다.(가) 청구법인의 업무과정에서 발생하는 모든 수익, 비용 및 손실이 특별회계를 통해 국가가 직접 관리·통제·보전한다는 점에서 국가가 실질적으로 쟁점사업의 주체이다.청구법인은 쟁점사업에서 손실이 발생하는 경우 특별회계로부터 손실을 보전받는 것은 청구법인이 대행사업자 또는 위수탁사업자이기 때문에 보전받는 것이 아니라 쟁점사업을 의무적으로 수행하여야 하는 청구법인의 헌법상 재산권을 보장하기 위한 결과라고 주장하고 있으나, 헌법상의 재산권 보호는 일반적인 사유재산의 보호 개념으로, 국가가 직접 특정 정책사업의 손실을 책임지고 보전하는 구조와는 근본적으로 다르다.비록 청구법인이 채권 발행 등을 통해 자체적으로 종전부동산 매입 및 사업 수행자금을 조달하였다고 하더라도, 이는 혁신도시법상 국가의 계획·관리·감독하에 수행된 업무절차의 일부이다. 또한, 혁신도시법 제44조에 따르면 국가는 매입공공기관 등에 종전부동산 매입대금의 일부를 융자할 수 있는 등 쟁점사업의 자금 조달 역시 국가의 실질적 책임과 경제적 관리하에서 이루어진 업무이다.(나) 청구법인의 업무는 국가의 정책적 감독과 통제하에 이루어지며, 독립적인 소유권 행사와는 명확히 구분된다.혁신도시법 제38조 제3항에 따르면, 매입공공기관은 국토교통부장관이 수립한 종전부동산의 활용계획에 따라 국토교통부장관과 협의하여 처분계획을 수립·시행하도록 규정하고 있으므로, 청구법인은 독자적인 의사결정하에 임의로 종전부동산을 활용하거나 처분할 수 없으며 국가의 계획과 지침에 따라 종전부동산의 처분 절차를 수행한다는 점에서, 청구법인의 업무는 국가의 정책적 감독과 통제 아래 이루어지며, 독립적인 소유권 행사와는 명확히 구분된다.(다) 조세심판원은 과거 청구법인이 쟁점사업의 법인세 부과 처분에 대하여 심판청구를 청구한 사건에 대하여, 청구법인이 쟁점사업과 관련하여 매각 및 관리로 인한 손익을 별도의 회계 계정(자산·부채)으로 처리하여 이와 관련한 결과를 정기적으로 국가에 보고하는 업무체계를 구축하고 있다는 사실을 명확히 판단하였다(조심 OOO, 2019.10.21.). 이는 조세심판원도 혁신도시법상 청구법인이 독립적인 사업 운영 주체로서의 지위가 아니라, 국가로부터 위탁된 업무를 수행하는 대행기관으로서의 지위를 가지고 있고, 쟁점사업에서 발생한 수익의 실질적 귀속자가 국가라고 판단한 것이다.청구법인은 위 결정례가 「법인세법」상 손익 귀속의 주체가 누구인지가 쟁점으로, 이 건에 원용할 수 없다고 주장하나, 위 심판례의 결정 요지는 과세요건의 공통 요소(업무의 실질, 손익 귀속, 국가 통제, 보고 체계)에 관한 사실판단이며, 이는 세목을 불문하고 동일하게 적용되어야 한다.또한, 청구법인은 위 사건에 대한 법원의 판결(광주지방법원 2020.8.20.