선의의 거래당사자라는 청구주장의 당부

요지쟁점세금계산서를 수취함으로써 취할 수 있었던 특별한 이익이 있었던 것으로 보이지 않고, 달리 위장사업자임을 인지하였다고 보이지 않는바, 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 판단

주문울산세무서장이 2026.1.12. 청구법인에게 한 2021년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2015.5.22. 개업하여 울산광역시 울주군에 소재하며 조선 해양 플랜트 공사를 전문으로 선박기자재ㆍ선박구조물 제조업을 영위하고 있는 법인사업자로 2021년 제2기에 주식회사 a(부산광역시 남구에 소재하며 선박임가공 서비스업을 영위하는 법인사업자로 이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 용역을 공급받고 아래와 같이 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서 6매(이하 “쟁점매입세금계산서”라고 하고, 매입세금계산서와 대응하는 용역 및 거래를 각각 “쟁점용역” 및 “쟁점거래”라 한다)를 수취하고 이에 해당하는 매입세액을 청구법인의 매출세액에서 공제하여 2021년 제2기 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.＜2021년 제2기 쟁점매입세금계산서＞나. 수영세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점매입처의 2021년 제1기～제2기 과세기간에 대하여 2021.9.27.부터 2022.6.1.까지 부가가치세 세목별조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 쟁점매입처가 실물거래를 한 사실이 없음에도 거짓으로 공급가액 또는 공급하는 사업자의 등록번호 등이 기재된 세금계산서를 수수한 것으로 확정하였으며, 쟁점매입세금계산서 또한 이에 해당하는 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.처분청은 통보받은 과세자료를 검토한 결과, 청구법인이 실제 용역을 공급받은 것은 인정되나, 해당 용역을 공급받고 실제로 용역을 공급하는 자가 아닌 위장사업자인 쟁점매입처의 명의로 쟁점매입세금계산서를 발급받은 것으로 보아, 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 청구법인의 부가가치세 매입세액 OOO원을 매출세액에서 불공제하고 「부가가치세법」 제60조 제3항 제4호에 따른 세금계산서 불성실 가산세 등을 포함하여 2026.1.12. 청구법인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.2.9. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견(1) 청구법인은 이 건 쟁점과 관련한 사실관계 및 처분내용에 대하여 다음과 같이 설명한다.(가) 청구법인은 2025.5.22. 설립되어, 울산광역시 OOO에서 조선 해양 플랜트 공사를 전문으로 선박기자재 및 구조물 제조업을 영위하고 있으며, 2021년 OOO모듈 공사를 수주하여 수행하는 과정에서 단기 인력 부족 문제에 직면하여 동종 업계의 여러 업체와 접촉하던 중 쟁점매입처와 배관 설치 인력 공급 계약을 체결하게 되었고, 청구법인 현장에서 인력을 공급받아 그 대가로 공급가액 합계 OOO원을 지급하고 쟁점매입세금계산서를 수취하였다.(나) 청구법인은 2021.7.1.

이유 2공사현장 사무실에서 청구법인의 대표와 쟁점매입처의 b 대표, 그리고 청구법인의 c 이사가 함께 배석하여 세부 사항을 논의 후 정식 업무협약서를 작성하고 날인하여 쟁점매입처와 계약을 체결하였으며, 쟁점거래 계약의 주요 내용은 주로 단기 작업에 사용되는 인당 계약 방식으로 쟁점매입처는 청구법인이 요구하는 일정에 인력만 공급하면 모든 업무는 현장에서 이루어지는 단순한 구조의 계약으로서 공급 인원 일당 OOO원으로 합의되었고, 계약에 따라 쟁점매입처의 인력은 2021년 7월 초 10명을 시작으로 10월달까지 약 4개월간 현장에 투입되어 공사를 진행하였으며, 이후 모두 철수하여 계약이 최종 종료되었다.(다) 대금 결제는 매월 말일을 기산으로 하여 투입된 인력의 수에 일당 OOO원을 곱하여 협의된 날짜에 부가가치세를 포함한 금액을 쟁점매입처의 사업용계좌로 성실하게 지급 완료하였는데, 이는 세금계산서상 부가가치세를 포함하여 기성대금을 계좌이체 방식으로 지급한 것으로, 금융거래 기록을 통해 확인이 가능하며, 또한 청구법인은 세금계산서를 근거로 부가가치세를 신고ㆍ납부하였고, 법인세 신고 시에도 해당 비용을 정상적으로 반영하는 등 세법상 요구되는 모든 절차를 성실하게 이행하였다.(라) 쟁점세무조사 결과, 쟁점매입처가 실물거래를 한 사실이 없음에도 거짓으로 공급가액 또는 공급하는 사업자의 등록번호 등이 기재된 세금계산서를 수수한 것으로 확정하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 인력공급 용역이 있었음을 확인하였음에도 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서, 이른바 위장 세금계산서로 확정지어 청구법인의 2021사업연도 법인세 경정 없이 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였으며, 청구법인은 쟁점매입처와의 거래가 실물거래이며 청구법인이 선의의 거래당사자임을 주장하며 처분청에 과세전적부심사를 청구하였으나, 처분청은 2025.12.18.

이유 3이를 불채택 결정하였다.(2) 청구법인은 쟁점매입처를 정상적인 사업자로 판단하고 거래관계에 대한 제반 주의의무를 다하였으므로 선의의 거래당사자로 보아야 할 것이다.(가) 청구법인과 처분청은 청구법인이 2021년 제2기에 OOO모듈 공사의 배관 설치 용역이 완료되었고 공사한 사실에 대하여는 서로 이견이 없다.(나) 조사청에서 쟁점세무조사를 실시하고 쟁점매입처 대표자 b을 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 고발하였으나, 경남거제경찰서장은 사실과 다른 세금계산서 발급 및 수취 범행에 관여하였는지에 관하여는 혐의 없음으로 불송치 결정한 것이 확인된다.(다) 처분청은 쟁점용역의 실제 공급자가 누구인지 명의상 공급자가 자료상은 아닌지에 관하여 의심을 가질만한 사정이 있는 경우이고, 쟁점매입처 대표자의 경력은 어떠했는지, 쟁점용역을 공급할 만한 인적ㆍ물적 시설을 갖추었는지 등 거래상대방을 확인하기 위한 노력을 하였다는 객관적인 자료가 없는 점 등을 이유로 청구법인이 제기한 과세전적부심사청구를 불채택하였다.(라) 그러나 청구법인은 쟁점매입처의 사업자등록증 사본, 쟁점매입처의 대표자 b의 신분증사본 뿐만 아니라, 쟁점매입처의 법인소재지 확인 사진, 쟁점매입처의 d 소장, e 반장을 관리책임자로 두어 쟁점용역 근로자를 관리ㆍ감독한 업무기록용 OOO사진, 청구법인에서 공사 참여한 쟁점매입처의 작업 현장 사진 등을 제출하였고 이를 통해 처분청은 실제 인력공급 용역이 이루어졌던 사실을 인정하였다.(마) 처분청은 실제 용역의 공급이 이루어진 사실은 인정하면서도 쟁점매입처에 대하여 조사청에서 실시한 쟁점세무조사 결과 쟁점매입처가 실물거래를 한 사실이 없음에도 거짓으로 공급가액 또는 공급하는 사업자의 등록번호 등이 기재된 세금계산서를 수수한 것으로 확정하였다는 이유만으로 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하고 있다.(바) 그러나 청구법인은 쟁점매입처로부터 인력을 공급받아 청구법인의 현장에서 배관 설치를 하였으며, 쟁점매입처의 d 소장 등과 인력공급 내용을 서로 확인하고 대금을 지급하며 쟁점매입세금계산서를 수취하였다.(사) 처분청은 쟁점매입처 대표자 b이 선박부품 임가공 관련 전문지식이 없다는 의견이나, 쟁점용역 계약은 청구법인이 필요한 재화를 쟁점매입처 사업장에서 제작ㆍ납품받는 것이 아니라 청구법인이 관리하는 공장에서 청구법인이 지급한 자재와 공구를 사용하여 배관 설치를 진행하는 것이며, 따라서 청구법인은 쟁점매입처의 사업장을 방문하거나 대표자의 전문성을 검증하는 것보다는 실제 투입되는 d 소장, e 반장 등 현장 인원들과 면담하여 인력의 전문성을 확인하는 과정을 거친 후 계약을 체결하였다.(아) 쟁점매입처는 청구법인에 위장사업자임을 숨기고 계약 관계를 유지하였으며, 청구법인은 쟁점매입처의 내부 운영 등은 알 수 없었고, 외형상 확인 가능한 모든 절차(사업자등록증과 대표자 신분증 확인, 계약서 작성, 세금계산서 수취, 대금 지급)를 성실하게 이행하였으며, 쟁점용역의 공급자인 쟁점매입처의 내부 사정을 알지 못한 점은 청구법인의 귀책으로 볼 수 없다.(자) 청구법인은 ①쟁점매입처로부터 인력을 공급받아 멕시코 프로젝트 모듈 공사 배관 설치를 실제 수행하며 이에 따른 대금을 지급(실물거래)하였고, ②OOO업무 기록, 현장사진, 안전보건교육 등을 통하여 실제 인력을 관리하고 소통하며 쟁점거래를 진행(관리ㆍ감독)하였으며, ③거래 전 쟁점매입처의 사업자등록증, 대표자 신분증, 실제 법인 소재지 사진 등을 확인(주의의무 이행)하였다.나.

이유 4처분청 의견(1) 처분청은 이 건 쟁점과 관련한 사실관계 및 처분내용에 대하여 다음과 같이 설명한다.(가) 조사청은 2021.9.27.부터 2022.6.1.까지 쟁점세무조사를 실시한 결과, ① 복수의 관련인이 쟁점매입처의 사업장을 공동으로 사용하고 있던 점, ② 쟁점매입처의 대표자 b은 쟁점매입처 설립 전 호프집을 운영한 경력만 존재하고 선박임가공과 관련한 전문지식 및 경력을 보유하고 있지 않은 점, ③ 쟁점매입처가 제출한 근로소득지급명세서상의 직원이 쟁점매입처와 대표자 b을 알지 못한다고 진술한 점, ④ 쟁점매입처의 대표자 b은 쟁점매입처 명의와 계좌를 복수의 소속불명 팀장에게 빌려주고 그에 대한 소정의 수수료만 수취한 것으로 판단된 점, ⑤ 현장 투입인원에 대한 관리내역, 작업지시서, 작업진행률(기성고), 급여 지급내역, 근태관리, 지급명세서 등 정상적인 사업과정에서 용역을 제공하였다는 증빙서류를 제출하지 못한 점, ⑥ 총무로 불리는 f이 소속불명 팀장과 공모하여 자신의 자택에서 세금계산서를 발급한 점, ⑦ 매출처로부터 거래대금을 송금받은 후 성명불상의 물량팀장 및 개인들에게 이체하거나 현금인출하여 당일 계좌잔액을 OOO원 이하로 정산되는 등 전형적인 자료상의 금융거래 형태가 유지된 점 등이 확인되었다.(나) 쟁점매입처가 2021년에 발급한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 59매 및 2021년 수취한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 45매를 실물거래를 한 사실이 없음에도 거짓으로 공급가액 또는 공급하는 사업자의 등록번호 등이 기재된 세금계산서를 수수한 것으로 확정하고 처분청을 포함한 각 매출처 및 매입처 관할 세무서로 과세자료를 통보하였으며, 과세자료를 통보받은 처분청은 쟁점세무조사 결과 및 청구법인이 제출한 자료 등을 바탕으로 청구법인이 쟁점매입처가 아닌 제3의 미등록사업자로부터 쟁점용역을 공급받은 것으로 판단하였다.(다) 대형 조선사의 상위 협력업체들은 그 사업장 내에 여러 하청업체들을 두고 대형 조선사로부터 수주받은 용역 중 일부를 그 하청업체들에 하도급을 주어 처리하는 형태로 용역을 수행하는데, 하청업체들은 상위 협력업체로부터 주기적으로 일정하게 용역을 하도급 받는 것은 아니므로, 조선업계에는 유휴인력으로 인한 인건비 부담을 낮추기 위하여 상시적으로 고용된 근로자를 두는 것보다 단기간에 작업 물량을 처리하는 계약직 근로자 조직을 이끄는 소위 ‘물량팀장’을 통해 필요한 인력을 공급받거나 직접 일용직 근로자를 단기간 고용하는 방법으로 용역을 수행하는 관행이 있다.(라) 이때 사업자등록을 하지 않은 물량팀장이 재하청받은 거래와 관련하여 발생하는 세금계산서 문제를 처리하기 위하여 실물거래를 한 사실이 없음에도 거짓으로 공급가액 등이 기재된 세금계산서만을 발급해주는 업체인 이른바 ‘자료상’을 통해 거래상대방인 하청업체에 세금계산서를 발급하여 주는 사례나, 직접 고용한 일용직 근로자의 인건비에 대한 부가가치세 매입세액공제를 받을 수 없는 하청업체가 부가가치세를 줄이기 위한 방편으로 자료상으로부터 실물거래 없이 거짓으로 공급가액 등이 기재된 세금계산서를 발급받는 사례가 상당하며, 쟁점거래도 위와 같은 조선업계의 관행으로 인하여 발생한 거래 중 하나이다.(2) 청구법인을 쟁점매입세금계산서 수취와 관련하여 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 볼 수 없다.(가) 대법원 판례에 따르면, 세금계산서의 명의위장사실에 관한 선의ㆍ무과실에 대한 입증책임은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자에게 있으나, 청구법인이 제출한 증거자료만으로는 청구법인이 쟁점매입세금계산서에 기재된 공급자와 실제 공급자가 다르다는 사실을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 존재하지 않는다는

이유 5점이 증명되지 않았으며, 오히려 다음의 각 사정에 비추어 보면, 청구법인은 쟁점거래의 실제 상대방이 쟁점매입처가 아님을 알고 있었거나, 또는 거래의 실제 상대방이 누구인지에 대하여 의심을 품고 이를 조사할 필요성이 있었음에도 이를 조사하지 않은 과실이 있다고 봄이 타당하다.(나) 청구법인은 2015.5.22. 개업하여 쟁점거래가 이루어진 2021년 제2기까지 한 장소에서 선박기자재 및 구조물 제조업을 영위하고 있는 장기계속사업자로 청구법인의 대표 g은 청구법인 설립 이전부터 관련 업종의 개인ㆍ법인 사업체를 운영한 이력이 있으며,따라서 청구법인 및 청구법인의 대표자는 쟁점거래가 이루어질 무렵 선박부품 제작 및 인력공급과 관련하여 상당한 거래경험을 갖추고 있었을 뿐만 아니라, 조선업 및 인력공급 거래과정에서 명의대여를 통하여 실물거래 없이 거짓으로 공급가액 등이 기재된 세금계산서가 발급되는 경우가 있다는 점에 대해서도 잘 알고 있었을 것인데,반면 쟁점매입처의 대표자는 선박부품 제조 또는 인력공급업체에서 근무하거나 운영한 경력이 없는 신규사업자로, 청구법인은 쟁점매입처와 고액의 용역공급계약을 체결하면서 쟁점매입처 대표자의 관련 업종 전문지식 또는 경력의 보유 여부 및 쟁점매입처가 실제로 선박 배관 제작용역을 공급시기에 맞추어 제대로 공급할 능력을 갖추었는지에 관하여 조사하지 않았다.(다) 청구법인 및 청구법인의 대표자는 관련 업종에서 상당한 사업경력을 갖춘 전문업체 및 전문가임에도 불구하고 신생업체인 쟁점매입처와 용역공급 계약을 체결함에 있어 사업장을 방문하거나 공사능력을 확인하고 대표자를 면담하는 등의 주의의무를 다하지 않은 과실이 있다.(라) 쟁점세무조사 과정에서 청구법인이 조사청에 제출한 소명자료에 따르면, 청구법인은 d 소장을 통해 쟁점매입처를 알게 되어 계약을 체결한 것으로 나타나는데, d은 쟁점매입처의 근로소득지급명세서상 근로이력이 나타나지 않는 자로 청구법인이 제출한 작업일보상에서도 d은 쟁점용역 공급기간 중 2021년 8월에만 23차례 출근하여 용역을 공급하였을 뿐, 다른 기간에는 출근 자체를 하지 않은 것으로 나타나며, 따라서 청구법인은 쟁점매입처의 관리책임자로도 볼 수 없는 d을 신뢰하고 계약을 체결하고 이후에도 계약을 계속 유지한 과실이 있다.(마) 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점매입세금계산서의 공급가액 합계는 OOO원으로 청구법인이 같은 과세기간에 수취한 총 매입액인 OOO원의 약 12.57%를 차지하는 상당한 금액이며,선의의 거래당사자에 해당하기 위해서는 거래당사자가 잘못을 알지 못하였고 알지 못한 데 대해 과실이 없어야 하는바, 거래상대방에게 합리적인 의심을 품게 되어 선량한 관리자로서 주의를 기울여 확인하여야 하는 내용은 거래과정에서 일반적으로 확인하는 내용보다 까다롭고 엄격할 수밖에 없으며, 고액의 계약을 체결할 때에는 더더욱 주의의무가 요구됨에도 불구하고,청구법인은 단순하게 쟁점매입처의 사업자등록증, 계좌사본 및 신분증만 확인하였을 뿐, 쟁점매입처 대표자의 경력은 어떠한지, 사업장은 존재하는지, 상당한 근로자들을 공급할 만한 인적ㆍ물적시설을 갖추었는지 등 거래상대방을 확인하는 절차를 소홀히 하였으며, 쟁점 매입세금계산서의 공급가액 합계가 청구법인의 총 매입액에서 차지하는 비율을 고려한다면 일반적인 확인절차보다 더 까다롭고 엄격하게 조사할 필요가 있었다.(바) 청구법인은 사업자등록증과 통장사본을 근거로 청구법인에 관리주의의무를 위반한 과실이 없다고 주장하나, 사업자등록증은 「부가가치세법」에서 부가가치세 등의 납세의무자 파악과 과세자료 확보를 위하여 사업자로 하여금 사업장 관할세무서장에게 등록신청을 하게 하여 관할세무서장이 그 사업자에

이유 6게 교부하는 것으로 단순한 사업사실의 등록을 증명하는 증서에 불과하고 그에 의하여 사업을 할 수 있는 자격이나 요건을 갖추었음을 인정하는 것은 아니므로(대법원 2005.7.15. 선고 2003도6934 판결 참조), 사업자등록증만으로 거래상대방을 확인하는데 최선을 다했다고 볼 수 없으며, 통장사본 역시 해당 계좌가 개설되어 있음을 증명하는 문서로 입금될 계좌를 지정해준 것에 불과하므로(서울고등법원 2013.5.22. 선고 2012누35445 판결 참조), 사업자등록증, 통장사본만으로 거래상대방을 확인하는데 최선을 다했다고 볼 수 없으며, 더군다나 이러한 서류들이 거래상대방의 적격성 여부를 확인할 수 있는 서류라고 볼 수 없다.(사) 수년의 사업경력을 보유한 청구법인은 명의위장 위험성 및 계약체결의 중요성에 관하여 잘 알고 있었다고 봄이 타당하며, 관련 업종의 경험과 경력이 전혀 없고 생면부지인 신생업체의 대표자와 계약을 체결함에 있어 앞에서 살펴본 바와 같이 사회 통념상 정상적인 거래가 아니라고 의심할 만한 사정들이 충분히 있었음에도 불구하고, 쟁점매입처가 실제 쟁점용역을 제공할 만한 인적ㆍ물적시설을 보유하고 있는지, 납기에 맞추어서 배관 제작업을 영위할 만한 능력이 있는지, 실제 사업을 운영하는 정상업체인지 여부 등을 확인하는 절차를 소홀히 하고 주의를 기울이지 않았다.(아) 이와 같이 청구법인은 쟁점매입처가 실제 배관 제작업을 영위하는 사업체가 아니라는 점에 관하여 의심할 만한 사정이 있었으며, 상대방이 거래적격자에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정을 밟을 수 있고 나아가 그러한 과정을 밟았어야 했으나 그 자체를 소홀히 하고 생략하였는바, 청구법인은 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점매입세금계산서가 정상적인 세금계산서라고 믿은 데에 선의ㆍ무과실이라는 주장은 인정하기 어렵다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인은 선의의 거래당사자에 해당하므로 쟁점용역에 대한 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 쟁점매입세금계산서 수취 등과 관련하여 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인의 사업자등록현황과 청구법인의 대표자 g의 선박 제조ㆍ임가공업과 관련된 이력은 아래와 같으며, 대표자 g은 2007년 주식회사 h(선박구성부분품 제조업)에서 근무하는 것을 시작으로 현재까지 청구법인을 운영하며 관련 업종에 종사하는 것으로 확인된다.＜청구법인 사업자등록현황＞＜청구법인 대표자의 선박 제조·임가공업 관련 이력＞(나) 처분청이 위장사업자로 확정한 쟁점매입처의 사업자등록현황과 쟁점매입처의 대표자 b의 총 사업이력은 아래와 같으며, 대표자 b은 과거 선박부품 제조 또는 인력공급업체에서 근무하거나 운영한 경력이 없는 것으로 확인된다.＜쟁점매입처 사업자등록현황＞＜쟁점매입처 대표자의 선박 제조ㆍ임가공업 관련 이력＞(다) 쟁점세무조사 결과, 조사청은 쟁점매입처가 실물거래를 한 사실이 없음에도 거짓으로 공급가액 또는 공급하는 사업자의 등록번호 등이 기재된 세금계산서를 수수한 것으로 확정하였으며, 쟁점매입세금계산서 또한 이에 해당하는 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였는데, 조사청이 작성한 조사종결 보고서 등에 나타나는 조사 내용 및 범칙처분 내용은 아래와 같다.＜쟁점세무조사 내용 등＞(라) 쟁점용역의 공급과 관련하여 청구법인은 2021.7.1.