쟁점거래를 형식적 거래당사자인 뷰티메디칼을 끼워넣기한 가공거래로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

요지처분청 의견에 따르면 서승원이 뷰티메디칼에 의약품을 판매한 것도 동일하게 「약사법」 위반에 해당할 수 있으며, 회피행위 자체가 쟁점거래에 대한 과세근거가 되기 부족함

주문중부세무서장이 ＜별지＞ 기재와 같이 2025.10.24., 2025.10.27. 청구법인 주식회사 a과 청구인 b에게 한 부가가치세 합계 OOO원 및 종합소득세 합계 OOO원의 각 부과처분은 b과 주식회사 a이 2021년 제1기부터 2024년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 제약회사 및 의약품 수출업체와의 거래에서 수수한 세금계산서를 실지거래에 따라 정상적으로 수수한 세금계산서로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구인 b(이하 “b”이라 한다)은 2009.10.1. 개업하여 서울특별시 중구 OOO에서 OOO이라는 상호로 피부과 의원을 운영하고 있는 개인사업자이고, 청구법인 주식회사 a(대표이사는 b, 이하 “a”이라 하고, b과 함께 “청구인들”이라 한다)은 2015.12.30. 설립되어 서울특별시 중구 OOO에서 의약품 도매업 등을 영위하고 있는 법인사업자이다.나. 청구인들은 2021년부터 보톡스 등 의약품 도매업을 영위하면서, 아래 ＜표1＞과 같이 b이 제약회사로부터 의약품을 매입한 후 이를 a에게 판매하면 a은 의약품을 수출업체에 매출하는 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)를 하였다.＜표1＞ 쟁점거래 거래구조다. 처분청은 2025.3.27.부터 2025.8.31.까지 a의 2021년 제1기～2024년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 세무조사와 b의 2022년 귀속분 종합소득세 통합조사를 실시한 결과, a은 부가가치를 창출할 만한 독립적인 사업형태를 갖추지 못하였고 실질적인 사업활동을 수행한 사실이 없는 도관회사에 불과하므로, 쟁점거래와 관련하여 발급·수취한 세금계산서는 소위 ‘끼워넣기 거래’에 따른 가공세금계산서에 해당한다고 보고, b의 개인 계좌에 ATM기로 입금된 현금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 중 수입금액으로 신고된 금액을 제외한 OOO원을 신고누락한 것으로 보아,＜별지＞ 기재와 같이 2025.10.24. a에게 2021년 제1기～2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을, 2025.10.27. b에게 2021년 제1기～2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2022년 귀속 종합소득세 OOO원을 각 경정·고지하였다.라. 청구인들은 이에 불복하여 2025.12.18. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장(1) 쟁점거래는 거래상대방의 요구와 사업상 관리의 효율성 측면에서 이루어진 것으로, 실제 의약품을 수출하는 거래가 이루어졌고 청구인들에게 조세를 포탈한 사실이나 포탈할 목적이 없었으므로 a을 도관회사로 보아 과세한 처분은 취소되어야 한다.(가) 쟁점거래는 사업상의 필요에 따라 이루어진 실제 재화의 이동이 있었던 정상적인 거래에 해당한다.1) 제약회사는 의약품 판매의 특성상 의원과의 거래를 요구하였고 이에 반해, 수출업체는 대부분 법인사업자와 거래를 진행한다고 하여, 청구인들은 이미 설립하여 운영 중인 a을 이용하여 쟁점거래를 시작하게 되었다.청구인들은 의약품의 물량 흐름에 따라 거래명세표를 각각 작성하였고 사업장별로 대금을 수수하면서 세금계산서를 발행하였으며, 처분청은 세무조사 당시 쟁점거래를 통한 실제 물량의 흐름이 있었던 사실을 확인하였음에도, 특수관계인과의 거래라는 이유로 쟁점거래 전체를 부인하는 것은 납득할 수 없는 과도한 처분이라 하겠다.2) b은 2021년 4월 a이 수출업 허가 등을 준비할 당시 선박 출하 일정을 맞추기 위해 단 한 차례 OOO을 통해 의약품을 수출하였으나, 이후 모든 거래는 a을 통해 이루어졌다.처분청은 청구인들이 「약사법」 위반을 외관상 드러나지 않게 할 목적으로 a을 중간에 끼워 넣었다는 의견이나, 법원에서 의약품을 다른 나라로 수출하거나 국내에서 수출업체에 인도하는 것은 「약사법」 위반행위에 해당하지 않는다고 판결(대법원 2003.3.28.

이유 2선고 2023누61408 판결 등)한 바 있다.설령, 쟁점거래에 「약사법」상 문제가 다투어질 여지가 있더라도 세법상 ‘끼워넣기 거래’에 해당하는지 여부는 실물의 이동, 대금지급 여부 등 해당 거래의 실체에 따라 판단하여야 하는 것인데, 「약사법」 위반 가능성에 따라 쟁점거래 관련 세금계산서 전부가 허위에 해당한다는 처분청 의견은 도저히 받아들일 수 없다.(나) a은 실체가 있는 정상적인 법인에 해당한다.1) a은 2015.12.30. 설립되어 OOO과는 구별되는 별도의 사업장OOO에 임대차계약을 체결하고, 법인세 등 각종 세금을 성실히 신고·납부하여 왔으며, 소속 임직원들에게 급여를 지급하고 원천징수의무까지 충실히 이행하였다.2) 처분청은 2021년도에 a의 직원이 없었다고 하나 사업 초창기에 a의 대표이사인 b이 법인의 업무를 처리할 수 있는 것이고, 2022년 상반기 중에 c이 a의 직원으로 근무한 사실은 명확하다.2022년 9월 이후 직원 d, e, f, g, h 등의 경우 a과 OOO 각 사업장에서 근로한 부분을 구분하여 별도로 급여를 지급하였고, 소규모 법인에서 대표이사가 실무를 주도하거나 효율적인 경영을 위해 어느 정도의 인적자원 및 물적시설을 공유하는 것은 일반적인 형태이므로, 이러한 부분을 이유로 법인의 실체를 부인하거나 거래를 부정하는 것은 타당하지 않다.또한 a 수출업무의 특성상 많은 인원이 필요하지 않으나 업무량이 증가함에 따라 OOO소속 직원 i이 a 직원으로 채용되어 2024년 5월까지 근무한 사실도 있다.(다) b은 a의 대표이사로서 거래조건을 결정하고 업무를 수행하였으며, a은 수출업체를 통해 실제 의약품을 정상적으로 수출하였다.1) b은 OOO의 원장이자 a의 주식을 100% 보유(배우자 지분 포함)하고 있는 대표이사이므로 법인의 대표이사 자격으로 거래조건을 결정하는 것은 지극히 당연한 일이라 할 것이다.처분청이 끼워넣기 거래 근거의 하나로 제시한 OOO에서 보관하여야 할 거래명세표를 a이 보관하고 있었다는 사실은 OOO과 a이 같은 건물의 4층과 5층을 각각 사업장으로 사용하고 있는 점에 비추어 볼 때, 참으로 실질을 도외시한 편협한 판단이라 아니할 수 없다.2) a의 사업자등록상 의약품 도소매업과 수출업 등을 영위하는 것으로 명시되어 있고, 실제로 수출업체를 통하여 의약품을 정상적으로 수출한 사실이 있다.처분청은 일부 수출업체들이 b이나 a이 아닌 제약회사와 거래를 직접 진행하기도 하였다 하나, 재고물량 확보를 위해 수출업체가 제약사에 직접 문의하는 것은 모든 유통업종에서 빈번하게 발생할 수 있는 일이고, 이러한 사례를 a의 실체를 부인하는 근거로 주장하는 것은 부당하다.3) 처분청은 a의 계좌를 b이 일부 개인 계좌처럼 사용하였다는 의견이나, a의 매입대금을 b이 대신 지급한 경우 법인의 가수금으로 회계처리 하였고, a의 계좌에서 b에게 이체한 금액에 대하여는 가수금 반제처리 하였으며, 처분청은 세무조사를 통해 이러한 사실을 확인하였으므로 별다른 문제가 되지 않는다 할 것이다.(라) 쟁점거래를 통해 탈루된 세액은 전혀 없고, 청구인들에게 어떠한 조세회피 의사도 없었다.쟁점거래는 수출할 보톡스 등을 제약회사에서 수출업체까지 공급하는 한정된 거래로 일명 ‘폭탄업체’ 등이 개입된 사실도 없고, 쟁점거래와 관련된 업체 중 어느 하나도 조세를 포탈한 사실이나 포탈할 목적이 없었음이 명확하다.(마) 의약품의 배송과정이나 동일한 컴퓨터에서 세금계산서가 발급되었다는 사실 등에 근거하여 쟁점거래의 실체를 부인할 수는 없다.1) 처분청은 a이 의약품을 직접 보관하거나 운송하지 않는 등 재고에 대한 위험을 부담하지 않는다는 의견이나, 수출용 의약품은

이유 3온도관리 등 보관조건이 까다로워 불필요한 상품의 하차와 재검수를 줄이는 것이 핵심이며, 같은 건물 내에 소재한 a과 OOO의 지리적 이점을 활용하여 a의 통합 관리하에 의약품을 신속히 배송한 데에 어떠한 문제가 있었다고 볼 수 없다.2) 처분청은 a과 OOO의 세금계산서가 한 곳에서 발행되었으므로 a의 실체가 없다는 의견도 제시하나, b이 a의 대표이사이고 세금계산서 등의 발행 건수가 소수이며, 각 사업장 소재지가 가깝고 업무의 효율성을 위하여 두 사업장의 업무를 함께 수행한 직원도 있는 점 등에 비추어, 이는 얼마든지 발생할 수 있는 일로 보인다.처분청이 이러한 사실관계를 도외시한 채 자료상에게나 적용되는 기준을 근거로 a을 도관으로 보는 것은 부당하며, a과 OOO의 세금계산서 수수내역 중 비정상적인 거래형태도 나타난다고 하나 이는 대부분 일시적인 귀속시기의 차이에서 비롯된 것일 뿐이며, a과 OOO의 거래금액 중 통상적이지 않은 가격으로 거래가 이루어진 부분이 있다면 특수관계인간 부당행위계산부인 규정을 적용할 것이지 물량흐름 전체를 부인하는 것은 타당하지 않다.(2) 처분청은 ATM기를 통한 현금입금액인 쟁점금액을 OOO의 수입금액 누락액으로 보았으나 이는 근거과세의 원칙에 부합하지 않는 부당한 과세에 해당한다.b이 운영하는 OOO의 경우 외국인 환자 비중이 높아 현금결제가 빈번하게 발생하는데, 진료비로 수령한 현금은 현금영수증을 발행한 후 의원에서 보관하다 야간진료로 입금이 어려운 평일을 제외하고 대부분 휴일에 b의 어머니 거주지 근처인 반포, 왕십리 인근에서 입금하였다.2022년 ATM기를 통해 입금된 쟁점금액은 OOO원에 이르고 처분청은 당초 예치조사를 통해 OOO의 모든 환자진료카드를 확보하였음에도, 환자별 수입금액 누락여부에 대한 대사도 하지 않고 단순히 전체 현금입금된 금액만을 집계하여 해명요구한 뒤, 해명내용을 이해할 수 없다는 이유로 쟁점금액에서 신고된 금액을 차감한 전액에 대하여 세금을 부과하는 것은 과세근거도 없는 부당한 처분이라 하겠다.청구인들은 세무조사시 실제 시술시 보톡스 용량이 많이 사용되는 부분에 대하여 처분청에 설명하였고, 재고수량이 차이도 단순착오로 인한 것인데 처분청은 이를 인정해 주지 않았다.나. 처분청 의견(1) 쟁점거래는 b이 부가가치 창출에 아무런 역할이 없고 사업형태를 갖추지도 못한 형식적 거래당사자인 a을 ‘끼워넣기’한 거래이므로 쟁점거래와 관련된 세금계산서는 가공세금계산서에 해당한다.(가) b은 의원을 운영 중인 본인이 의약품 도매업을 영위하는 경우 「약사법」을 위반할 소지가 있어 외관상 이를 드러내지 않기 위해 거래구조상 a을 형식적으로 끼워 넣고 쟁점거래를 한 것이다.1) 2020년경 코로나19 사태로 OOO에 결손이 발생하였고, b은 보톡스 및 필러 판매를 통해 이익을 얻고자 2021년 4월 ㈜j에 OOO원의 영세율 매출을 하였으나, 「약사법」상 의원을 개설한 자가 의약품을 유통하는 것이 불법행위에 해당하므로 2021년 5월부터 a을 거쳐 의약품을 판매하기 시작한 것으로 보인다.OOO은 보톡스 및 필러 구매대금 결제수단으로 b의 신용카드를 사용하였고 이를 통해 발생한 2022년 캐시백 금액만 OOO원에 달하며, 이러한 거래를 병원 원장인 b이 직접 할 수 없으므로 외관상 합법적으로 보이기 위해 b과 배우자가 100% 주주로 있는 a을 거래구조상 중간단계에 끼워 넣은 것이다.의약품 도매업은 보건소의 허가 사항인데 서울특별시 OOO은 2025.4.30.

이유 4피부과의원 개설자는 의약품을 판매할 수 없다는 의견을 처분청에 회신한 바 있다.2) 청구인들은 2021년 4월 a이 의약품을 수출하기 위한 절차를 밟는데 시간이 소요되었다고 주장하나, a은 2025년 1월에 이르러서야 서울특별시 OOO으로부터 의약품 도매상 허가를 받았으므로 청구주장을 신뢰할 수 없다.또한 청구인들은 의약품을 수출할 경우 「약사법」을 위반할 소지가 없다고 주장하나, 청구인들이 제출한 판례는 제약사가 의약품을 판매한 사실에 대한 것이므로 개인 의원의 경우에는 적용할 수 없는 것으로 보인다.(나) a에서 보톡스 등 의약품의 정보를 파악하여 상담, 주문, 발주, 보관 및 자금관리, 세금계산서 발급 등의 업무를 전담하였던 직원은 없었다.청구인들이 제출한 근로소득지급명세서상 2021년도에 a에 소속된 근로소득자는 없었고, c이 2022.4.21.부터 2022.6.20.까지 근무한 것으로 되어 있으나 세무조사 당시 c의 근로계약서 등의 자료는 제출되지 아니하였다.2022년 9월～11월 기간 동안 d, e, f, g, h 5명이 a에 입사한 것으로 되어 있으나, 이들은 모두 OOO에서 계속해서 근무한 자들로 OOO에서 대부분의 급여를 수령하였다.일부 수출업체에서 a 직원 i에게 상품을 문의하고 발주를 진행하였다고 하나, i 또한 OOO의 직원으로 의원에서 대부분의 급여를 수령하였다.(다) b이 모든 거래조건을 결정하고 대금이체 등을 하였으며, a은 쟁점거래에서 아무런 역할을 수행하지 아니하였다.1) a에 대한 세무조사 착수 당시 쟁점거래에 대하여 설명할 수 있는 직원은 없었고 쟁점거래는 오로지 b 원장만이 알고 있다고 하였다.또한 세무조사 당시 OOO이 제약회사로부터 받은 거래명세표를 a 사업장에서 보관하고 있는 것으로 확인되는 등 거래명세서 또한 각 사업장별로 분리하여 보관되지 아니하였으며, 거래명세서 외 제품 출고와 수령 등에 관한 실물 증빙자료는 확인되지 않았다.b과 수출업체들과의 OOO 메시지 내용을 살펴보면, b이 단가협상부터 제품발주와 입출고 등 모든 과정을 관리한 것을 알 수 있고, 수출업체가 b을 ‘원장’으로 호칭하고 있어 b이 개인 피부과의원 원장이라는 사실을 알고 있었던 것으로 보인다.2) 일부 수출업체들은 a이나 b이 아닌 제약회사와 직접 연락하여 거래를 진행한 사실도 있다.수출업체 k와 l이 제출한 거래사실 확인서상 동 업체들은 ㈜m의 영업팀장 n(현재 퇴사)로부터 a을 소개받았으나, 상품 문의와 주문 및 수령 모든 과정을 n를 통해 진행한 것으로 나타나, a은 쟁점거래에서 아무런 역할을 수행하지 않았던 것으로 보인다.3) 2022년 a이 ㈜o에 지급해야 할 매입대금 OOO원을 b이 개인 신용카드로 결제하고 a의 가수금으로 처리한 사실도 있다.또한 2023년도에 a 계좌에 ATM기를 통해 현금이 OOO원 입금(118회)되었다가 동 금액이 b의 개인계좌로 다시 이체되었으나, a은 이에 대한 회계처리도 하지 않았고, 청구인들은 a이 OOO에 용역을 제공하고 받은 대가라 하나 이에 대하여 객관적인 증빙자료를 제출하지 아니하였다.이와 같이 b은 a의 법인계좌를 자신의 개인 계좌처럼 사용하였는바, 이는 제3자 간의 정상적인 거래에서는 일어날 수 없는 불합리한 행태에 해당한다.(라) a은 자금융통 및 재고관리에 관한 위험을 실질적으로 전혀 부담하지 아니하였다.1) 쟁점거래에서 수출업체가 a 계좌로 매입대금을 선지급하면 a은 당일 야간 또는 다음날 새벽 OOO계좌로 대금을 이체하였고, a의 영세율 매출에 따른 부가가치세 환급세액 또한 OOO에 이체하였으며 이는 b이 직접 이체한 것이라고 진술하였다.2) 청구인들은 OOO이 제약회사에 의약품을 주문하면

이유 5운반기사가 제약회사 물류창고에서 OOO사업장이 소재한 건물 지하 3층의 창고로 운반하고, 수출업체에서 퀵서비스 배송기사를 통해 이를 가져간다고 하였으나, 직원들은 의약품 입출고 담당 직원이 누구인지 알지 못한다고 하였다.세무조사 당시에는 지하 3층 창고가 폐쇄되어 제약회사에서 a의 사업장으로 의약품을 배송하고 a의 직원(회계담당)이 이를 수출업체에 통보하면, 수출업체에서 보낸 퀵서비스 배송기사가 의약품을 운송하였다.또한 쟁점거래의 당사자인 OOO과 a이 작성한 계약서상 물품의 보관 및 운송 책임과 이에 대한 보상의무 등과 관련된 내용은 전혀 확인되지 않는다.(마) a과 OOO의 세금계산서 발행은 한 곳에서 이루어진 것으로 보이고, 독립된 정상사업자 간에는 나타날 수 없는 비정상적인 거래형태도 나타난다.1) a과 OOO두 사업장의 전자세금계산서 발행이 이루어진 컴퓨터의 IP와 랜카드 고유번호가 동일한 것으로 나타나고, a 사업장에서 두 사업장의 회계업무를 담당하던 직원이 동시에 작업한 것으로 보인다.2) a이 수출업체에 영세율 매출세금계산서를 먼저 발행하면 OOO이 이후 a에 매출세금계산서를 발행하여, a은 선매출 후매입하는 거래형태를 보이기도 한다.청구인들이 제출한 거래명세서상 OOO이 a에 판매한 의약품들은 당월에 모두 a이 수출업체에 공급한 것으로 나타나나, 2022.1.31.자 거래의 경우 OOO이 a에 OOO원을 매출하고 a이 수출업체에 OOO원을 공급하였다가, OOO이 2022.4.7.

이유 6수정세금계산서를 발급하여 OOO원을 매출한 것으로 하여 a이 OOO원을 손해보는 비정상적인 거래도 존재하며, 2022년 2월의 경우에도 a이 먼저 매출세금계산서를 발행하고 3월에 이르러서야 OOO으로부터 매입세금계산서를 수취한 거래가 확인된다.(바) a은 OOO의 마케팅, 진료상담, 기타 관리업무를 위해 설립되었다.b은 a이 OOO 법인으로 병원의 인사, 회계, 마케팅, 의약품 공급관리 등의 업무를 하는 법인이라고 주장하였으나 a은 2023년 5월까지 해당 용역에 대한 매출세금계산서를 발행한 적이 없다.a이 OOO법인으로서 정상적인 역할을 수행하였다면 a이 제약회사로부터 의약품을 매입하고 OOO에 시술용 의약품을 공급하여야 하나, 실상은 OOO이 직접 의약품을 매입하고 있으며 오히려 OOO이 a을 통해 의약품을 판매하는 비정상적인 거래구조를 띠고 있다.(2) b의 개인계좌에 현금으로 분산 입금된 쟁점금액은 보톡스 재고누락으로 발생한 수입금액을 입금한 것이므로, 신고된 금액을 제외하고 수입금액 누락액에 대하여 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다.(가) 2022년 b의 13개 개인 계좌에 229회에 걸쳐 ATM기로 분산입금된 현금입금액은 OOO원으로, 마장역, 남대문, 반포, 방이동 등 다양한 지역에서 입금되어 이는 보톡스 재고누락과 관련한 현금 수입금액을 입금한 것으로 보인다.청구인들은 당초 현금 수입금액으로 신고된 금액을 따로 보관하고 있다가 b의 어머니가 입금한 것이라고 주장하나, 병원 진료실에 보관되어 있을 현금을 고령의 모친이 서울 여러 지역에서 분산하여 입금하였다는 진술은 신빙성이 부족하다.(나) 2022년 OOO의 재고대장상 보톡스 3,044병이 누락되어 있고, 피부과전문의 자문에 따라 환자 1인당 보톡스 1병을 사용한 것으로 계산할 때 2022년 OOO의 보톡스 사용량이 15,472병 과다하게 계상된 것으로 판단된다.위 재고누락분 등 합계 18,516병에 보톡스 평균 매입단가OOO및 이윤 10%를 더한 금액을 곱하면 OOO원에 달하는 수입금액 누락액이 발생한다.따라서 b의 개인계좌에 현금으로 분산 입금된 쟁점금액을 OOO의 수입금액으로 보아 b에게 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점① 쟁점거래를 형식적 거래당사자인 a을 ‘끼워넣기’한 가공거래로 보아 청구인들에게 부가가치세를 부과한 처분의 당부② b의 개인 계좌에 ATM기로 입금된 쟁점금액을 OOO의 수입금액으로 보아 신고누락분에 대하여 종합소득세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법률(1) 국세기본법제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.(2) 부가가치세법제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2. 공급받는 자의 등록번호.