청구법인이 신축하여 지방자치단체에 기부채납한 쟁점건물이 과세 및 면세사업에 사용되는 것으로 보아 면세사업 관련 매입세액을 불공제 안분계산하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

요지청구법인은 민간투자법이 아닌 공유재산법에 근거하여 쟁점건물을 기부채납하였으므로 쟁점건물의 공급에 대하여 조특법 제105조 및 제106조의 영세율 또는 면세가 적용된다고 보기 어려우나, 쟁점건물의 기부채납은 부가가치세 과세대상 거래에 해당하고, 그에 따라 과세표준과 세액을 경정하게 되면 건물의 건설 관련 매입세액이 공제대상이 될 뿐만 아니라 건물의 기부채납 공급가액 또한 매출세액 과세대상이 됨으로써 결과적으로 납부세액이 늘어나게 되어 청구법인에게 불리하게 되는바, 불이익변경금지 원칙에 반한다 할 것이므로 이 건 처분은 그대로 유지하는 것이 타당

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 OOO 경상남도 OOO에서 OOO, 여가시설 등을 운영할 목적으로 설립되어 사업을 개시하였다.나. 청구법인은 OOO 건축 및 운영에 관하여 경상남도 OOO과 “A 건립 실시 협약”을 체결하였다가, OOO 일부 내용을 수정한 변경 협약을 체결(이하 당초협약 및 변경협약을 합하여 “쟁점협약”이라 한다)하여, 경상남도 OOO 일원에 OOO(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 건설한 후, OOO에 쟁점건물을 기부채납하는 조건으로 OOO로부터 쟁점건물을 20년간 사용·수익하는 허가를 받았다.다. 청구법인은 OOO에 쟁점건물을 기부채납하면서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제105조 제1항 제3호의2를 근거로 부가가치세 영세율 세금계산서 OOO원(이하 “쟁점영세율세금계산서”라 한다)을 발급하였다.라. 처분청은 2024.5.16.～2024.7.31. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 기부채납한 쟁점건물이 과·면세 사업에 공통으로 사용되는 것으로 보아 조특법 제105조 및 제106조 등에 따라 쟁점건물의 공급가액을 과세(영세율)매출과 면세매출로 안분하여 경정하고, 쟁점건물의 신축 관련 매입세액에 대하여 「부가가치세법」 제40조 및 같은 법 시행령 제81조 제1항 등에 따라 과·면세에 사용되는 면적에 따라 정산한 후 면세사업 관련 매입세액을 불공제하여, 2024.9.7. 청구법인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.11. 이의신청을 거쳐 2025.1.17. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인이 OOO에 기부채납한 쟁점건물은 「사회기반시설에 대한 민간투자법」(이하 “민간투자법”이라 한다)이 아닌 「공유재산 및 물품 관리법」(이하 “공유재산법”이라 한다)에 따른 것으로서 조특법상 부가가치세 면제 조항이 적용되지 아니한다.(가) 청구법인과 OOO가 체결한 실시 협약은 공유재산법에 규정되어 있지 않은 실시계획의 승인(제15조), 준공확인(제22조), 감독명령(제45조), 공익을 위한 처분(제47조) 등 절차적인 부분에 대하여 민간투자법의 일부 규정을 준용한 것일 뿐, 기부채납 자체는 민간투자법에 따른 건축물의 공급이 아니다.(나) 청구법인은 당초 OOO와 민간투자법에 따른 사업시행을 추진하려 하였으나, 민간투자법에 따른 사업시행자로 지정받는 것은 절차적인 어려움이 있고, 사업추진을 조속히 진행하기 위해 공유재산법에 따라 사업을 추진하게 되었다.

이유 2본 사업이 공유재산법에 따른 사업추진이라는 근거는 공모 및 실시협약서 등에 다수 명시되어 있다.OOO가 청구법인과 실시협약을 체결하기 전 단계에 실시한 공모에는 공유재산법 규정에 의거 기부채납 방식의 민간투자사업으로 사업을 추진하기 위한 공모라는 사실이 명시되어 있고, 실시협약서에도 공유재산법에 따른 사업시행임을 확인할 수 있는 조항들이 다수 있다.(다) 청구법인은 쟁점건물을 준공하여 소유권보존 등기를 하였다가 OOO의 기부채납 요구로 공유재산법 제7조 및 같은 법 시행령 제5조의 규정에 따른 기부채납 서류를 제출하였고, 이에 OOO는 공유재산법 제20조와 제21조 규정에 따른 조건을 부여하여 사용·허가를 하였다.(라) 민간투자법과 공유재산법은 기부채납 자산의 사용·허가상 명확한 차이점이 있다.민간투자법에서는 관리운영권을 물권(민간투자법 제27조 제1항)으로 보며, 사회기반시설의 관리·운영에 대하여 같은 법 제26조에서 주무관청에서 준공 확인을 받은 경우에는 사업시행자에게 관리운영권을 설정할 수 있고, 민간투자법에 의한 사업시행자 지위를 가지고 실시협약에서 정한 바에 따라 관리·운영되어야 하는 원칙상 실시 협약에 사업시행 조건과 권리의무관계가 규율되어 있어 시설물 이용에 있어 별도의 사용·허가가 필요치 않다.그러나 공유재산법은 ‘국유재산 등의 관리청이 하는 행정재산의 사용·수익에 대한 허가는 관리청이 공권력을 가진 우월적 지위에서 행하는 행정처분으로서 특정인에게 행정재산을 사용할 수 있는 권리를 설정하여 주는 강학상 특허에 해당(대법원 1998.2.27. 선고 97누1105 판결, 대법원 2006.3.9. 선고 2004다31074 판결 등 참조)되어, 시설물 준공 후 법에서 정한 기부채납 절차에 따라 지방자치단체에 기부채납 한 후 지방자치단체의 사용·수익허가 처분을 받아야 비로소 사용이 가능하다.(마) 청구법인은 공유재산법 제13조 및 같은 법 시행령 제9조 제1항 제1호에 따라 축조된 시설물을 같은 법 제7조 제1항 및 같은 법 시행령 제5조에 따른 절차로 기부채납하였고, 같은 법 제20조 제2항 제2호 및 제21조 제1항에 따라 사용허가를 받았으므로 공유재산법에 따른 기부채납에 해당한다.(2) 청구법인이 기부채납한 쟁점건물은 조특법 제106조 제1항 제7호의2의 부가가치세 면제 대상이 아니므로 건설 단계에서 부담한 부가가치세 매입세액을 불공제한 것은 부당하다.(가) 청구법인과 OOO가 추진한 사업은 민간투자법 제13조 및 시행령 제7조에 정한 법적 절차를 거치지 않았으므로 민간투자법에 따른 사업시행자의 지위에서 건설한 시설물을 기부채납한 것이 아니므로 조특법의 적용을 받는 부가가치세 면제 대상이 아니다.(나) 조특법상 부가가치세의 영세율·면세가 적용되기 위해서는 우선적으로 민간투자법에 따라 지정된 사업시행자가 민간투자법 규정에 따른 방식으로 공급하는 사회기반시설 및 용역에 해당되어야 한다. 민간투자법 제2조 제8호에는 사업시행자에 대한 정의를 규정하고 있는데 이 법에서의 사업시행자는 “민간투자법에 따른 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다”라고 규정하고 있다.(다) 민간투자법에 의한 사업시행자 지정은 민간투자법 제13조에 규정하고 있고, 민간투자법에서 규정하고 있는 조건·절차에 맞게 주무관청과 협상대상자가 실시 협약을 체결함으로써 사업시행자로 지정되는 것이다. 민간투자법 시행령 제7조의 따라 사업추진을 하는 경우에 주무관청은 민간에서 사업제안을 하면, 공고하기에 앞서 공공투자관리센터에 제안서 내용에 대한 검토를 받은 후 진행해야 한다.

이유 3즉, 민간투자법에서는 사업제안서 공고 전에 공공투자관리센터의 검토를 반드시 받아야 하는 것으로 규정하고 있다. 그러나 이 사업은 OOO가 공공투자관리센터의 검토 의견을 받아 진행한 사실이 없다.(라) 청구법인과 OOO가 협약에 따라 사업을 추진한 절차는 사업계획서(OOO 제안서) 제출 ⇒ 사업제안서 공모 공고OOO ⇒ 실시협약 체결OOO ⇒ 공사시행 ⇒ 준공 ⇒ 기부채납OOO ⇒ 사용·수익 허가OOO로 진행되었다. 민간투자법에는 민간의 제안서가 접수되면 30일내 공공투자관리센터 검토를 의뢰하여야 하고, 공공투자관리센터는 60일내 검토하여 의견서를 제출하여야 하며, 검토내용에 따라 제안이 거부될 수도 있다. 그러나 본 사업의 사업추진 진행 일정은 제안서가 제출OOO되고, 불과 6일 후 공고OOO되었는데, 이는 민간투자법에 따른 절차대로 사업을 추진하지 않았음이 명백하며, OOO가 공약사업을 조속히 추진하기 위해 민간투자법이 아닌 공유재산관리법에 따라 청구법인과 협약을 체결한 것이다.(마) 처분청은 청구법인이 민간투자법 제4조 제1호부터 제3호와 같은 방식으로 사업을 추진하였으므로 조특법의 영세율(면세) 적용 대상이라는 의견이나, 민간투자법의 적용을 받기 위해서는 사업을 추진하는 사업자의 지위가 중요한 요건인데, 청구법인은 민간투자법의 사업시행자로 지정받을 수 있는 요건을 충족하지 못하였다. 과세당국이 납세자를 민간투자법에 따른 사업시행자가 아니기 때문에 조특법의 적용을 받을 수 없다고 한 것에 대하여 조세심판원, 법원 등의 선결정례 및 판례 등을 보면, 민간투자법 제4조에서 정하는 방식으로 공급하는 경우에도 민간투자법에서 규정한 사업시행자가 공급하지 않는 경우에는 조특법이 적용되지 않는다고 결정·판시한바 있다.(바) 청구법인은 민간투자법에 따른 사업시행과 관련하여 조특법 제105조 및 제106조의 영세율 및 면제 규정의 적용이 가능한 사업자의 지위에 대해 국세청에 질의하였는데, 국세청은 조특법의 과·면세 적용 대상은 민간투자법에 따른 사업시행자의 지정은 기본적으로 충족되어야 할 요건이라고 하였다.(사) 실시 협약 전문 및 개별 조항에 민간투자법의 조항을 준용하는 내용은 다수 있으나, 준용이란 어떤 사항을 규율하기 위하여 만들어진 법규를 그것과 유사하나 성질이 다른 사항에 대하여 필요한 약간의 수정을 가하여 적용시키는 입법 기술을 말하는 것으로, 같은 종류의 규정을 되풀이하는 번잡을 피하기 위한 입법 기술의 하나이며, 준용의 주요 목적은 중복을 피하고 법문을 간소화하는데 있으므로 (한국법제연구원 법령 용어 해석) 유사한 사례에 대해서 다른 법에 규정한 부분을 따라서 해석하고 효과를 부여하는 것으로 준용하는 법의 직접적인 적용대상은 아니다.

이유 4또, 조특법 제105조 제1항 및 제106조 제1항은 부가가치세 영세율·면제가 적용되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 열거하고 있는데, 열거된 각 호에는 공급자의 요건(○○법에 따른 사업자)과 대상이 되는 재화나 용역의 종류(○○법에 따른 재화, 용역) 등을 별도로 규정하고 있다.조특법 제106조 제1항 제7호의2는 처분청이 이 건 매입세액 불공제의 근거로 하고 있는 조문으로 “「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제8호에 따른 사업시행자가 ..같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 공급하는 같은 법 제2조 제1호에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역”으로 규정하고 있는데, 위 법과 같은 항 제8호 및 8호의2, 8호의3은 “…○○추천을 받은자 혹은 ○○법에 따라 설립한 특수목적 법인이...「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호 방식을 준용하여 건설한…”으로 되어 있다.위와 같이 조특법은 민간투자법을 준용하여 건설한 시설의 부가가치세 면제에 대하여는 별도 항으로 규정하여 민간투자법에 따라 공급한 재화(용역)와 민간투자법을 준용하여 공급한 재화(용역)을 구분하고 있다.(아) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않으며(대법원 1984.6.26. 선고 83누709 판결, 1990.5.22. 선고 89누7191 판결, 1991.7.9. 선고 90누9797 판결 등) 특히, 조세특례에 대한 규정은 과세의 공평을 도모하고 조세정책을 효율적으로 수행하기 위해 목적으로 엄격해석 하여야 할 것이다.만약 청구법인과 OOO가 추진했던 사업이 민간투자법에 따라 진행된 것이라면, 민간투자법에 따라 추진하는 사업임을 공고문 및 협약서에 명시하여 당연히 민간투자법의 절차 및 조건에 따라 진행되는 것인데, 굳이 공고문, 협약서의 개별 조항에 민간투자법을 준용한다는 조문을 추가할 필요가 없었을 것이다.(자) 처분청은 청구법인이 영세율 세금계산서를 발급하고 영세율 세금계산서 발급 사유를 조특법 제105조 제1항 제3호의2로 작성 제출하여 민간투자법에 따른 사회기반시설을 기부채납한 것으로 시인하였다고 하지만, 당초 OOO에 기부채납에 따른 부가가치세를 요청하였으나, OOO가 OOO세무서의 질의답변 내용을 토대로 영세율 대상이라고 통보함에 따라 영세율 세금계산서를 발급한 것이지 민간투자법에 따른 기부채납을 인정한 것은 아니다.(3) 쟁점건물의 기부채납은 부가가치세 과세대상으로 기부채납 시설물의 건설과 관련된 매입세액은 공제되어야 한다.(가) 부가가치세 영세율 및 면세 적용 여부는 기부채납 당시의 사항에 의해 판단하여야 하고, 청구법인이 기부채납한 것은 쟁점건물인데, 면세사업 개시일 현재 기부채납 건물의 공급시기는 이미 완료되었고, 기부채납 대가로 받은 무상사용권이 무상사용권의 존속기간OOO에 계속적으로 공급된다고 보아야 하므로 기부채납 자산 관련 매입세액은 공제되어야 한다.(나) 쟁점건물의 기부채납은 「부가가치세법」상 면세대상으로 열거되어 있지 않다.1) 「부가가치세법」 제9조 제1항은 재화의 공급에 대하여 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다고 규정하고, 제2조 제2항은 재화라 함은 재산적 가치가 있는 물건 및 권리를 규정하고 있으며, 제3항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다고 규정하고 있으므로 법률에 특별한 규정이 없는 한 원칙적으로 모든 재화 또는 용역의 공급이 부가가치세의 부과대상이 된다고 할 것이다.

이유 5「부가가치세법」 제26조 제1항은 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 한 다음, 각 호에 면세대상인 재화 또는 용역을 열거하고 있는데, 제20호에는 국가, 지방자치단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역에 대하여 면세한다고 규정하고 있다. 위의 면세대상에 관한 규정은 예시적인 것이 아니라 제한적인 것으로서 위 법 조항에 없는 거래에 대하여는 이를 섣불리 면세대상으로 단정하여서는 아니될 것이다.2) 부가가치세법 기본통칙 9-18…8 제1호에 ‘사업자가 건물 등을 신축하여 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하고 그 대가로 일정기간 동 건물등에 대한 무상사용·수익권을 얻는 경우 해당 건물 등의 공급거래는 과세대상이 된다’라고 되어 있고, 제3호에는 ‘사업자가 생산·취득한 재화를 국가나 지방자치단체에 아무런 대가관계 없이 무상으로 기부채납하는 경우 부가가치세가 면제된다’라고 되어 있다. 「부가가치세법」 제29조 제3항은 부가가치세 과세표준을 대금, 요금 수수료 그밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함한다고 규정하고 있는데, 같은 법 시행령 제61조 제2항 제3호에서 기부채납의 경우 해당 기부채납의 근거가 되는 법률에 따라 기부채납된 가액을 공급가액으로 규정하고 있다.3) 기부채납은 국가 또는 지방자치단체가 부동산 등의 소유권을 무상으로 받아들이는 것을 말하며, 기부는 「민법」상의 증여와 같으며, 채납은 승낙에 해당하므로 기부채납의 대가로 일정기간 동안 재산권에 대한 무상사용·수익권을 얻는 경우에는 재화와 용역의 교환거래에 해당한다. 청구법인은 OOO에 쟁점건물을 기부채납하면서 관리운영권을 무상 취득하고 협약에서 정한 사용료 수익을 OOO에 납부하기로 하였는데, 이는 사업자가 자기의 비용을 투입하여 공공시설인 시설물 등을 완성하여 기부채납하고, 그에 대한 반대급부로 일정기간 무상사용권 등을 취득하는 것은 그 기부채납과 무상사용권 등 사이에 실질적ㆍ경제적 대가관계가 있어 부가가치세 과세대상이 되는 재화 내지 용역의 공급에 해당한다고 할 것(대법원 1990.4.27.

이유 6선고 98누596 판결 등 참조)이다.(다) 기부채납 당시 청구법인은 과세사업자였으며, 기부채납 후 면세사업을 겸영하였으므로 기부채납 관련 매입세액은 공제되어야 한다.1) 청구법인은 쟁점건물을 OOO 준공하여 OOO에 소유권을 이전(기부채납) 하였으며, OOO로부터 공유재산사용수익 허가를 받은 후, 쟁점건물에서 OOO을 운영하기 위해 「OOO의 관리에 관한 법률」에 따라 OOO 등록증을 발급받았으며, 사업자등록증에 면세업OOO을 추가하고, OOO을 정식 개장하였다.2) 기부채납의 공급시기는 청구법인이 국가에 기부의사를 표시하고 국가가 그 귀속 조치를 통지하여 기부채납 절차가 완료된 때로 보는 것OOO이므로, 쟁점건물의 기부채납 공급시기는 기부채납 절차가 완료된 OOO이다.부가가치세법 기본통칙 9-18…8에서 사업자가 건물을 신축하여 국가 등에 기부채납하고 그 대가로 무상사용 수익권을 얻는 경우 과세대상이고, 사업자가 사업을 수행하기 위한 인허가 조건에 의하여 사회기반시설을 국가 등에 기부채납하는 경우와 무상으로 기부채납하는 경우는 면제대상으로 규정하고 있다.이 건 기부채납 이후에 관리운영권을 취득하여 면세사업을 영위하였다고 하더라도 그 공급의 주체가 기부채납 이후 영위하는 사업이 과세·면세사업인지 여부를 제한하는 명문의 규정이 없는 이상 기부채납 후 청구법인이 면세사업을 추가하여 겸영하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.3) 청구법인의 사례와 비슷한 기부채납에 있어 국세청은 면세사업을 영위하기 위해 지방자치단체의 토지 위에 건물을 신축하여 기부채납한 후 사용수익권을 얻어 면세사업을 운영하는 경우 시설공사와 관련된 매입세액은 공제가능하다고 회신하였다.(라) 민간투자법이 적용된다고 보더라도 개정법률(조특법 제106조 제1항 제7호의2) 시행 전 매입세액은 공제되어야 한다.1) 매입세액은 기부채납 당시가 아닌 납세의무 성립 당시의 법을 적용하여야 하므로 2020.12.29. 조특법 개정법률 시행 전 이미 종료한 과세기간인 2019년 제2기부터 2020년 제2기에 공급이 이루어진 재화(용역)의 매입세액은 공제되어야 한다.2) 청구법인은 OOO 개장후 2021년 제2기 예정분부터 입장료 수입과 임대수입을 과세·면세로 구분하여 부가가치세 신고를 하였는데, 처분청은 청구법인이 기부채납한 쟁점건물은 조특법 제105조 및 같은 법 제106조가 적용이 되는 것으로 판단하고, 건물공사 관련 매입세액도 과·면세 사용 면적비율로 매입세액을 안분계산하여 2019년 제2기～2021년 제1기 기간에 신고한 매입세액을 2021년 제2기 부가가치세 경정·결정시 불공제하였다.3) 조특법은 2020.12.29. 개정(법률 제17759호) 시 부가가치세가 면제되는 사업을 할 목적으로 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역을 국가·지방자치단체에 공급하는 경우는 면세되는 조문(제106조 제1항 제7호의2)을 신설하였는데, 개정법률의 부칙 제1조(시행일)를 보면, 2021.1.1. 이후부터 시행한다고 규정하고 있고, 제2조(일반적 적용례) 제2항에 “이 법 중 부가가치세에 관한 개정 규정은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다”라고 규정하고 있다.4) 「부가가치세법」 제38조에 제1항 제1호 및 제2항에는 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다’라고 규정하고 있다.