사실과 다른 세금계산서 수수 여부 등

요지청구법인이 병·의원에 제공하였다고 주장하는 PG대행 용역 및 광고용역은 그 실체를 확인하기 어렵고, 청구법인이 실제 제공받았다고 주장하는 영업자들의 알선·중개 용역 역시 그 대가가 최종적으로 귀속된 자들이 대부분 병원장 등의 가족들로 확인되는 등 병원장의 소득 분산을 위한 명목상의 과정으로 보이는 점 등 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당

주문동화성세무서장이 2024.3.29. 청구법인에게 한 2018사업연도 법인세 부과처분은 지급명세서 불성실 가산세를 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2018.10.25. 개업하여 경기도 화성시 OOO에서 서비스업/온라인결제영업대행 영위 중이며 지분은 A 50%, B 50%로 이루어져 있다.나. 인천지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.9.14.∼2024.2.9. 청구법인에 대한 법인통합조사 및 2023.10.25.∼2024.3.29.「조세범 처벌법」 제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) 위반 혐의로 조세범칙조사를 실시하였다.(1) 그 결과, 조사청은 청구법인에 대하여, 2018∼2022사업연도에 OOO원의 허위 사업소득 지급명세서를 제출하고, 실제 재화나 용역의 거래 없이 총 OOO원(공급가액, 이하 같다)의 가공 세금계산서를 수취하고, OOO원의 허위 세금계산서를 발급하였으며, OOO원의 허위 세금계산서를 수취하였다고 보았고,또한, 청구법인의 대표자 C는 동일 혐의로 조사 선정된 관련법인인 ㈜D를 통해서 유사한 영업을 수행하며, 조사결과 OOO원의 허위 사업소득 지급명세서를 제출하고, 실제 재화나 용역의 거래 없이 OOO원의 가공 세금계산서를 수취하고, OOO원의 허위 세금계산서를 발급하였으며, OOO원의 허위 세금계산서를 수취한 것으로 보았다.(2) 이에 조사청은 청구법인의 「조세범 처벌법」 제10조 위반 및 대표자의 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 제8조의2 위반에 대하여 청구법인 및 대표자를 수원지방검찰청에 고발하였고,가공 및 과다 세금계산서 수취분 매입액과 허위 인건비는 손금부인하고, 과다 세금계산서 발급 매출액은 익금불산입 등을 하여, 법인세와 부가가치세를 경정한다는 경정결의서(안)을 처분청에게 통보하였다.다. 위와 같은 내용을 통보받은 처분청은 2024.3.28. 세무조사 결과통지 후 2024.3.29. 청구법인에 대하여, 2018, 2020, 2021, 2022사업연도 법인세 합계 OOO원(2018사업연도 OOO원, 2020사업연도 OOO원, 2021사업연도 OOO원, 2022사업연도 OOO원) 및 2018년 제2기, 2019년 제2기, 2020년 제2기, 2021년 제1기 · 제2기, 2022년 제1기 · 제2기 부가가치세 합계 OOO원(2018년 제2기 OOO원, 2019년 제2기 OOO원, 2020년 제2기 OOO원, 2021년 제1기 OOO원, 2021년 제2기 OOO원, 2022년 제1기 OOO원, 2022년 제2기 OOO원)을 경정·고지하고 OOO원의 법인세 및 부가가치세를 환급 결정하였으며, 가공 인건비(E) OOO원을 기타소득으로, 경비 사적사용 부분 OOO원을 대표자 상여로 각 소득처분하고, 2024.4.8.(2020∼2022사업연도 귀속)과 2024.4.16. (2019사업연도 귀속) 각각 소득금액변동통지를 하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가.

이유 2청구법인 주장(1) 「부가가치세법」 상 사실과 다른 세금계산서 가산세 관련(가) 세금계산서는 거래의 외형을 따져 판단하는 것으로, 청구법인은 당사자가 정한 대가에 따라 정상적으로 세금계산서를 수수하였으며 실질적인 용역공급에 따라 대가를 지급·수취하였으므로, 청구법인이 발행한 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)와 수취한 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하며, 쟁점매출세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라고 한다)는 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다.1) 「부가가치세법」 상 세금계산서 발급은 거래의 외형을 따져 판단하는 것으로 당사자가 정한 공급대가에 따라 정상적으로 세금계산서가 수수된 이상 적법한 세금계산서에 해당한다.가) 부가가치세 신고 및 세금계산서 발급의 적법성은 거래의 외형을 따져 판단하는 것일 뿐, 그 공급대가의 적정성 여부를 따져 판단하는 것이 아니다.나) 대법원은 일찍이, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 그것이 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 과세관청으로서는 납세의무자가 선택한 법률관계를 존중하여야 한다는 법리를 꾸준히 설시하였다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결).다) 특히 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와 영세율 적용을 받는 과세거래를 함에 있어서 부당하게 낮은 대가로 물품을 공급한 것이 구 「부가가치세법」상 부당행위계산 부인 대상에 해당하는 경우에도, 당사자 합의에 따라 실제거래금액을 공급가액으로 하여 교부된 세금계산서가 정상적인 거래 시가를 공급가액으로 하지 않았다는 이유로 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다고 보았다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결).라) 따라서, 「부가가치세법」상 세금계산서 관련 규정에서는 앞서 본 규정과 같이 특별히 당사자 간 법률관계를 부인하거나 조정하기 위한 규정을 별도로 두고 있지 않는 이상, 세금계산서의 위법성 여부를 판단함에 있어 그 대가의 적정성을 함부로 문제삼아 이를 허위 내지 가공세금계산서로 간주하여서는 안 된다.마) 처분청은 본건에서 청구법인의 PG(Payment Gateway)대행용역 및 광고대행용역이 실제로 존재한다는 점은 인정하면서도, 그 신용원가나 광고 실효성이 미비한 점 등에 비추어 그 공급대가가 과다하게 책정되었다는 점을 문제 삼고 있다.

이유 3그러나 앞서 본 판단기준에 비추어 보면 이러한 처분청의 지적은 결국 공급대가의 적정성을 문제 삼는 것으로서, 이는 「부가가치세법」에서 다루는 문제가 아니다.2) 쟁점세금계산서에 포함된 수수료는 모두 실질적인 용역공급에 따른 대가로써 지급·수취된 것으로 세금계산서상 공급가액에 포함될 수 있다.가) 본 건 상품과 동일한 구조로서, 고객 모집을 위한 중개용역을 타 하위업체로부터 제공받고 그에 대한 유치수수료를 지급하면서, 그 유치수수료에 최종적인 용역을 제공받는 고객에게 지급되는 페이백 금액이 포함된 경우와 관련하여, 관련 국세청 유권해석은 해당 페이백 금액이 용역공급과 대가관계가 있다면, 그 페이백 금액까지 포함한 수수료 전체 금액을 공급가액으로 하여 중개용역에 따른 세금계산서를 발급하여야 한다고 판단한 바 있다(서면-2021-법령해석부가-4637, 2021.9.14.).나) 이와 관련하여, 법원 역시 위 유권해석 사례의 거래구조, 즉 중국구매상 ? 면세점 ? 상위여행사(갑) ? 중위여행사(을) ? 하위여행사 ? 말단여행사의 거래구조에서, 최종 말단여행사가 페이백 금액에 대한 부가가치세 부담을 회피할 목적에서 설립된 가공의 업체(이른바, 폭탄업체)라 하더라도, 그러한 사실만으로 앞서 이루어진 상위 단계의 여행사간 알선·중개 용역을 가공거래로 볼 수는 없고, 따라서 중위여행사가 발급·수취한 세금계산서에서 페이백 금액이 포함되어 있다고 하여, 이를 허위세금계산서로 볼 수는 없다고 판단한 바 있다(서울행정법원 2022.11.17. 선고 2021구합60922 판결).다) 청구법인은 재료상, 세무사 등 병원과의 인적네트워크 갖춘 자로부터 중개용역을 지급받고, 그에 따른 정당한 대가를 영업자가 지정한 계좌로 지급하였을 뿐이므로, 동 수수료 상당액은 중개용역과의 대가관계 있는 금액이다.라) 위 유권해석상의 거래구조는 본건에서 쟁점이 되는 ① PG대행수수료 용역 공급구조인 병원 ? PG사 ? 청구법인 ? 영업자 및 ② 광고대행수수료 용역 공급구조인 병원 ? 청구법인 ? 영업자 와 국면이 완전히 동일하다.

이유 4따라서, 위 유권해석 취지에 따른다면, ① 본건 상품에 따라 청구법인이 수취한 PG대행수수료(8%)에 포함된 대행수수료(결제금액의 약 5% 상당액) 및 청구법인이 하위업체인 영업자에게 지급한 영업수수료, ② 청구법인이 병원으로부터 지급받은 광고대행수수료 및 영업자에게 지급한 영업수수료(광고대행수수료의 94%) 전액은 청구법인에 대하여 최종 고객인 병원을 모집·유치해 주는 중개·알선 용역을 제공하는 영업자에게 지급하기 위한 것으로서 그 대가관계가 인정되므로, 위 ① 및 ② 금액은 모두, 하위업체인 영업자가 그 수수료 상당액을 병원에 페이백을 한다고 하더라도, 청구법인이 쟁점세금계산서 발행·수취시에는 공급가액에 포함되어야 하는 것이다.마) 앞서 본 판례의 견지에서 본다면, 본 건에서 역시 비록 청구법인이 인지하지 못한 ‘하위 영업자가 지정한 송금처’와 ‘가맹점(병원)’ 간의 관계 즉, 단순한 인적 네트워크 확보의 용이성을 넘어선 사실상 동일인으로 취급될 여지가 있는 사실관계 등이 존재한다고 하더라도, 적어도 그와 무관한 상위단계인 청구법인의 하위 영업자에 대한 수수료 지급의 단계에 있어서는 정당한 중개용역에 따른 대가를 지급한 것에 불과하므로, 그 금액은 마땅히 세법상 공급가액에 포함되는 것으로 볼 수밖에 없다.(나) 가공세금계산서는 재화·용역의 공급 없이 발급·수취한 세금계산서를 말하는데, 본 사안의 경우 청구법인이 PG사 및 병원 또는 광고시행사에 PG대행용역 및 광고대행용역을 실질적으로 제공하였다는 사실과 동 용역을 위하여 병원관계법인으로부터 알선 및 중개 용역을 실질적으로 제공받았다는 사실이 확인되므로, 청구법인이 발급·수취한 세금계산서는 가공세금계산서에 해당하지 않는다.1) 쟁점세금계산서는 모두 PG대행계약/광고대행계약에 따라 청구법인이 PG사/가맹점(병원)에게 PG대행업무/광고대행용역을 제공하면서 발행한 세금계산서이거나, 하위업체인 영업자로부터 영업대행용역을 지급받으면서 수취한 세금계산서이다.2) 쟁점세금계산서는 당사자간 합의에 따른 공급가액 등이 기재된 것으로서 가공세금계산서는 물론 위장세금계산서에도 해당하지 않는다는 것이 청구법인의 주위적 입장이다.

이유 5다만, 백번 양보하여 설령 처분청의 입장과 같이 병원관계법인으로부터 수취한 쟁점매입세금계산서상 병원 가맹점에게 페이백되는 금원 부분이 지급·수취되는 수수료에서 제외된다고 가정하더라도, PG대행용역 및 광고대행용역의 실질이 존재하고, 그에 따라 당사자간 사법상 유효한 합의가 존재하는 이상, 하위영업자로부터 수취한 매입세금계산서는 단순히 그 공급가액이 과다하게 기재된 세금계산서로서 허위세금계산서에 해당될 뿐, 용역의 공급조차 없이 임의로 수취·발급되어 세수누락의 위험성이 매우 높은 가공세금계산서에 해당된다고 판단될 여지는 없다.3) 마찬가지로, 청구법인의 입장에서는 직접 다수의 병원에 접촉할 수 있는 당사 자체적인 인적·물적 네트워크를 확보하고 있지 못한 상황이었으므로, 청구법인은 반드시 외부 제3자로부터 가맹점을 중개해줄 수 있는 용역을 실질적으로 제공받아야만, 본건에서 쟁점이 된 다수의 PG대행계약 및 광고대행용역이 체결될 수 있었다.4) 이와 동일하게, 하위영업법인을 대신하여 병원관계법인이 관련계약을 체결할 수 있도록 알선용역을 제공하는 경우 동 병원관계법인에 알선에 따른 수수료를 지급하는 것은 당연한 것이고, 비록 그 금액이 과다하게 지급되었다 하더라도 쟁점매입세금계산서는 위장세금계산서가 될지언정 가공세금계산서에는 해당되지 않는다.(2) 「법인세법」 상 지급명세서 불성실 가산세 관련(가) 지급명세서 불성실 가산세는 소득자에 대한 지급액 등을 잘못 적어 그 ‘지급사실을 확인할 수 없는 경우’에 적용되는 것으로서, 지급자가 그 소득의 실질귀속자가 따로 있음을 용이하게 알 수 없는 경우에는 실질귀속자가 누구인지 일일이 파악하여 원천징수할 의무가 존재하지 않는다.1) 관련 법령은 제출된 지급명세서가 불분명한 경우로서, 지급자 또는 소득자의 주소, 성명, 소득의 종류, 소득의 귀속연도, 지급액 등을 적지 않았거나 잘못 적어 지급사실을 확인할 수 없는 경우, 지급명세서 가산세를 납부하도록 규정하고 있다. 이때 지급명세서가 불분명한 경우라 함은, 단순히 소득자에 대한 지급액 등을 적지 않았거나 잘못 적은 경우를 모두 일컫는 것이 아니라, 그와 같이 잘못 적어 ‘지급사실을 확인할 수 없는 경우’를 의미하여, 그때 비로소 ‘제출된 지급명세서가 불분명’한 경우에 해당된다.2) 대법원 판례에 따르면, 원천징수의무자에게는 실질귀속자를 조사하여 원천징수할 의무가 있기는 하나, 거래 또는 소득금액의 지급 과정에서 성실하게 조사하여 확보한 자료 등을 통해서도 그 소득의 실질귀속자가 따로 있음을 알 수 없었던 경우에는 실질귀속자를 기준으로 원천징수할 의무가 없다(대법원 2013.4.11. 선고 2011두3159 판결).(나) 청구법인은 영업자를 소득자로 하여 지급명세서를 작성·제출하였으며, 이는 모두 실제 공급된 용역 내용에 부합하게 작성·제출된 것이므로, 지급명세서 불성실 가산세 부과대상이 될 수 없다.1) 청구법인은 광고대행계약을 체결한 상대방인 영업자를 병원에 대한 영업네트워크를 확보한 업체 내지는 사업자 개인으로 생각하였을 뿐이며, 이들 영업자가 영업대행수수료를 송금할 것을 부탁한 계좌주가 누구인지 알지 못하였으며, 알 수도 없었다. 이처럼 청구법인은 용역 공급자로서 지급명세서상 ‘소득자’에 해당하는 영업자가 지정한 계좌로 입금하였을 뿐이므로, 청구법인 입장에서 이를 넘어서서 실질 귀속자를 기준으로 원천징수할 의무가 존재하지 않으며, 지급명세서 불성실 가산세가 부과되기 위한 ‘지급사실을 확인할 수 없는 경우’에도 해당하지 않는다.2) 청구법인은 영업자가 지정한 계좌로 입금함으로써 ‘소득자’인 영업자에 대한 소득의 지급을 모두 이행한 것으로 볼 수 있다.

이유 6대법원은 “계약의 한쪽 당사자가 상대방의 지시 등으로 급부 과정을 단축하여 상대방과 또 다른 계약관계를 맺고 있는 제3자에게 직접 급부를 하는 경우(이른바 삼각관계에서 급부가 이루어진 경우), 그 급부로써 급부를 한 계약당사자가 상대방에게 급부를 한 것일 뿐만 아니라 그 상대방이 제3자에게 급부를 한 것이다”고 판시하고 있다(대법원 2018.7.12. 선고 2018다204992 판결). 동 판례에 비추어 볼 때, 대금의 지급 구조가 ‘청구법인 → 영업자 → 계좌주(페이백 대상자)’인 이 건에 있어, 청구법인은 영업자의 지시로 페이백 대상자에게 대금을 지급함으로써 영업자에 대한 지급 의무 역시 이행한 것이 된다.(다) 지급명세서 불성실 가산세의 경우 법령상 부과제척기간이 연장되는 경우에 해당하지 않으므로, 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다.1) 지급명세서 불성실 가산세는 「법인세법」에서 규정하고 있는 가산세로 국세의 부과제척기간인 5년의 부과제척기간이 적용되는 것으로 확인된다. 다만 5년을 초과하는 부과제척기간을 적용할지 여부와 관련하여, 지급명세서 제출의무는 납세자의 협력의무로 과세표준신고서를 제출하는 항목이 아니므로 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호(납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않은 경우에는 7년의 부과제척기간을 적용)에 적용되지 않으며, 납세자인 청구법인은 지급명세서의 제출과 관련하여 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제 받은 내역이 존재하지 않는다는 점에서 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제2호(납세자가 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제 받은 경우에는 10년의 부과제척기간을 적용) 역시 적용될 수 없다. 또한 지급명세서 불성실 가산세는 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제3호(납세자의 부정행위로 인하여 계산서 불성실 가산세와 세금계산서 불성실 가산세가 발생하는 경우에는 10년의 부과제척기간을 적용)에서 나열하는 계산서 및 세금계산서 가산세 항목이 아니라는 점에서 부과제척기간 5년이 아닌 연장된 부과제척기간을 적용할 수 있는 경우에도 해당하지 않는다.2) 이 건 역시 지급명세서 제출불성실 가산세가 문제된다고 하더라도 부과제척기간은 지급명세서 제출 기한의 다음날부터 10년이 아닌 5년이 적용되어야 할 것이므로, 2018년도분 지급명세서 가산세에 대한 부과제척기간 기산일은 지급명세서 제출기한의 다음 날인 2019.3.11.인 것으로 판단(조심 OOO, 2019.11.25.)되며 이에 따라 계산된 부과제척기간은 2024.3.10.까지 인 것으로 확인된다. 따라서 처분청이 2024.3.28.에 부과한 지급명세서 가산세는 부과제척기간을 도과하여 이루어진 부적법한 처분에 해당한다.(3) 「국세기본법」 상 과세전적부심사 기회박탈에 따른 절차상 하자 관련(가) 과세전적부심사 청구의 예외사유에 해당하지 아니하는 「조세범처벌법」에 따라 고발된 사항이 아닌 「소득세법」상 지급명세서 가산세, 사적사용 등과 관련된 법인세 및 소득변경처분의 적정성과 관련하여 청구법인에게 과세전적부심사의 기회 없이 고지 또는 환급되었으므로 이에 관한 처분은 무효이다.(나) 처분청은 청구법인에게 2024.3.28.경 세무조사 결과통지서를 송부하였으며 이에 대한 납부고지서(또는 환급통지서)는 2024.3.29.경에 송부한 것으로 확인된다.